单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28914 篇文献，本页显示第 18621 - 18640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 18621 | 2024-08-07 |
The expression profiles of signature genes from CD103+LAG3+ tumour-infiltrating lymphocyte subsets predict breast cancer survival
2023-07-24, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-023-02960-1
PMID:37488535
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研究论文 | 本研究通过分析乳腺癌样本的单细胞转录组数据，识别了具有高表达CD103和LAG3的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）亚群，并基于这些亚群的标记基因表达谱开发了一个与TIL相关的预后模型，用于预测乳腺癌患者的生存情况。 | 本研究首次识别了CD103+LAG3+ TIL亚群，并开发了一个新的预后模型CLTRP，该模型能够区分乳腺癌患者的预后、药物敏感性、分子和免疫特征以及免疫治疗结果。 | NA | 研究旨在揭示肿瘤浸润淋巴细胞的不同亚群及其在乳腺癌中的作用，并开发新的生物标志物以预测免疫治疗反应。 | 乳腺癌患者的肿瘤浸润淋巴细胞亚群及其预后影响。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析 | Cox分析和LASSO回归 | 转录组数据 | 1089名乳腺癌患者用于训练集，3619名乳腺癌患者用于验证集 |
| 18622 | 2024-08-07 |
Machine Learning-Based Proteomics Reveals Ferroptosis in COPD Patient-Derived Airway Epithelial Cells Upon Smoking Exposure
2023-Jul-24, Journal of Korean medical science
IF:3.0Q1
DOI:10.3346/jkms.2023.38.e220
PMID:37489716
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研究论文 | 本研究利用机器学习算法分析了慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者来源的气道上皮细胞在吸烟暴露下的蛋白质组变化，揭示了铁死亡在其中的显著作用。 | 本研究首次采用机器学习方法分析COPD患者气道上皮细胞在吸烟暴露下的蛋白质组变化，识别出铁死亡作为关键差异响应。 | 研究样本量较小，仅包括五名COPD患者和五名非COPD患者，可能影响结果的普遍性。 | 旨在通过机器学习算法识别COPD患者气道上皮细胞在吸烟暴露下的关键生物学途径。 | COPD患者和非COPD患者的气道上皮细胞。 | 机器学习 | 慢性阻塞性肺疾病 | 质谱分析 | 机器学习算法 | 蛋白质组数据 | 五名COPD患者和五名非COPD患者，共检测到7,953种蛋白质 |
| 18623 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics reveals the drivers and therapeutic targets of lymph node metastasis in lung adenocarcinoma
2023-07-22, Aging
DOI:10.18632/aging.204890
PMID:37487008
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研究论文 | 该论文揭示了肺腺癌淋巴结转移的驱动因素和治疗靶点 | 首次通过单细胞转录组学揭示了6q缺失和20q增加可能促进肺腺癌的淋巴结转移 | 未提及样本的多样性和临床数据的验证 | 旨在发现针对肺腺癌淋巴结转移的驱动因素和治疗靶点 | 研究了肺腺癌及其淋巴结转移相关的细胞亚群 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 18624 | 2024-08-07 |
A universal tool for predicting differentially active features in single-cell and spatial genomics data
2023-07-22, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-38965-2
PMID:37481581
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研究论文 | 本文介绍了一种更新版的singleCellHaystack工具，该工具能够预测单细胞和空间基因组数据中的差异活性特征 | singleCellHaystack现在接受连续特征，如RNA或蛋白质表达、染色质可及性或单细胞、空间甚至批量基因组数据的模块分数，并能处理1D轨迹、2-3D空间坐标以及更高维的潜在空间作为输入坐标 | NA | 开发一种无偏见且高效的探索性数据分析工具，用于预测单细胞和空间基因组数据中的差异活性特征 | 单细胞和空间基因组数据中的差异活性特征 | 基因组学 | NA | NA | NA | 基因组数据 | 数百万个细胞 |
| 18625 | 2024-08-05 |
Regulatory role of Chitinase 3-like 1 gene in papillary thyroid carcinoma proved by integration analyses of single-cell sequencing with cohort and experimental validations
2023-Jul-21, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-023-02987-7
PMID:37480002
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研究论文 | 本研究探讨了Chitinase 3-like 1基因在乳头状甲状腺癌中的调节作用 | 首次通过单细胞RNA测序及实验验证确认CHI3L1在乳头状甲状腺癌中的正调控作用 | 尚未充分探索CHI3L1在乳头状甲状腺癌中的作用 | 揭示乳头状甲状腺癌发展中的分子机制 | 乳头状甲状腺癌细胞及患者样本 | 数字病理学 | 乳头状甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 14个乳头状甲状腺癌患者和110个病例的免疫组化分析 |
| 18626 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing reveals the landscape of the human brain metastatic microenvironment
2023-07-21, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05124-2
PMID:37479733
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了人脑转移微环境的组成。 | 首次揭示了肿瘤相关成纤维细胞在转移脑肿瘤中的关键作用以及与患者生存的潜在关联。 | 样本来源主要限于乳腺癌和肺癌，可能限制了结果的普适性。 | 识别支持脑转移监测和药物指导的有效生物标志物。 | 分析来自五个脑肿瘤组织样本的10,896个细胞。 | 数字病理学 | 脑转移 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 分析了来自五个脑肿瘤组织样本的10,896个细胞 |
| 18627 | 2024-08-07 |
Distinct Requirements for Adaptor Proteins NCK1 and NCK2 in Mammary Gland Development
2023-07-21, Journal of mammary gland biology and neoplasia
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s10911-023-09541-1
PMID:37479911
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研究论文 | 研究了适配蛋白NCK1和NCK2在小鼠乳腺发育中的分布和功能 | 揭示了NCK蛋白在乳腺形态发生中的需求，并提出Nck表达失调可能驱动乳腺癌进展和转移 | NA | 探讨NCK1和NCK2在乳腺发育中的作用 | 小鼠乳腺发育中的NCK1和NCK2 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 使用公开可用的单细胞RNA测序数据，以及Nck1或Nck2全局敲除的小鼠 |
| 18628 | 2024-08-07 |
Comparative analyses of the prognosis, tumor immune microenvironment, and drug treatment response between left-sided and right-sided colon cancer by integrating scRNA-seq and bulk RNA-seq data
2023-07-21, Aging
DOI:10.18632/aging.204894
PMID:37480572
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，比较了左侧和右侧结肠癌的预后、肿瘤免疫微环境及药物治疗反应的差异 | 构建并验证了针对左侧和右侧结肠癌患者的基因预后模型，并发现右侧结肠癌患者的风险评分与更高的转移风险、N阶段、病理分期和微卫星稳定性相关 | 研究未发现左侧和右侧结肠癌患者在八种选定化学药物或靶向药物的敏感性上有显著差异 | 旨在预测左侧和右侧结肠癌患者的预后及治疗反应 | 左侧结肠癌（LCC）和右侧结肠癌（RCC）患者 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq） | 基因预后模型 | RNA测序数据 | 使用了TCGA-COAD队列和GSE103479队列的数据 |
| 18629 | 2024-08-07 |
Author Correction: Single-cell transcriptomics identifies Mcl-1 as a target for senolytic therapy in cancer
2023-Jul-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40080-9
PMID:37474528
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18630 | 2024-08-07 |
150 risk variants for diverticular disease of intestine prioritize cell types and enable polygenic prediction of disease susceptibility
2023-Jul-12, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2023.100326
PMID:37492107
|
研究论文 | 本研究通过全基因组关联研究分析了724,372个个体，识别了150个独立的基因组广泛显著DNA变异，并结合人类肠道单细胞RNA测序数据，揭示了肠道疾病发展的细胞类型和基因。 | 本研究首次通过大规模GWAS和单细胞RNA测序数据的整合，确定了与肠道疾病相关的关键细胞类型和基因，并开发了有效的多基因风险评分用于疾病风险预测。 | NA | 研究肠道疾病的遗传风险变异，并探索其与特定细胞类型和基因的关系。 | 肠道疾病的遗传变异、相关细胞类型和基因。 | 遗传学 | 肠道疾病 | 全基因组关联研究（GWAS）、单细胞RNA测序 | 多基因风险评分（PGS） | DNA变异、RNA序列 | 724,372个个体 |
| 18631 | 2024-08-05 |
Integrated single-cell and spatial transcriptomic profiling reveals higher intratumour heterogeneity and epithelial-fibroblast interactions in recurrent bladder cancer
2023-07, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1338
PMID:37488671
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研究论文 | 本研究整合了单细胞RNA测序和空间转录组分析，探讨了六个膀胱癌组织的肿瘤微环境 | 首次在空间水平观察到膀胱复发肿瘤中癌相关成纤维细胞（CAFs）与恶性细胞之间的增强相互作用 | 本研究仅使用了六个膀胱癌组织样本，样本数量较少可能影响研究结果的普适性 | 研究复发性膀胱癌的肿瘤微环境及其异质性 | 六个膀胱癌组织样本，其中三个来自原发肿瘤，三个来自复发肿瘤 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组分析 | NA | 组织样本 | 六个膀胱癌组织样本 |
| 18632 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing analysis reveals development and differentiation trajectory of Schwann cells manipulated by M. leprae
2023-07, PLoS neglected tropical diseases
IF:3.4Q1
DOI:10.1371/journal.pntd.0011477
PMID:37478057
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研究论文 | 本研究揭示了麻风分枝杆菌对施旺细胞的感染及其发育和分化轨迹 | 首次系统性地进行施旺细胞在麻风分枝杆菌感染后进行单细胞分辨率的时间过程分析，揭示了细胞的异质性及其遗传特征和功能富集 | 研究可能对施旺细胞以外的细胞类型缺乏分析，未涵盖所有与麻风相关的生物过程 | 研究施旺细胞如何被麻风分枝杆菌感染并与宿主细胞相互作用 | 被麻风分枝杆菌感染的施旺细胞 | 数字病理学 | 麻风 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 18633 | 2024-08-07 |
Metronomic Administration of Topotecan Alone and in Combination with Docetaxel Inhibits Epithelial-mesenchymal Transition in Aggressive Variant Prostate Cancers
2023-07, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-22-0427
PMID:37476073
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研究论文 | 研究通过低剂量连续给药的拓扑替康（METRO-TOPO）单独使用及与多西他赛联合使用，抑制侵袭性变异前列腺癌中的上皮-间质转化（EMT） | 首次展示了METRO-TOPO单独使用及与多西他赛联合使用能下调EMT标志物及CD44和CD44/CD133“干细胞样”细胞群，有效抑制前列腺癌的侵袭性扩散 | NA | 探索拓扑替康单独使用及与多西他赛联合使用对侵袭性变异前列腺癌的治疗效果 | 侵袭性变异前列腺癌（包括转移性去势抵抗性前列腺癌、神经内分泌变异和紫杉烷耐药亚型） | 数字病理学 | 前列腺癌 | RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及欧洲裔美国人和非洲裔美国人的侵袭性变异前列腺癌亚型样本 |
| 18634 | 2024-08-07 |
A Th1-like CD4+ T-cell Cluster That Predicts Disease-free Survival in Early-stage Lung Cancer
2023-07, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0167
PMID:37476074
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研究论文 | 本研究旨在识别早期肺癌患者中负责抗肿瘤免疫的T细胞簇 | 发现了一种新的Th1样CD4+ T细胞簇Th7R，该细胞簇在预测早期肺癌无病生存期方面具有鉴别能力 | NA | 识别早期肺癌患者中负责抗肿瘤免疫的T细胞簇 | 早期肺癌患者的T细胞簇 | 数字病理学 | 肺癌 | 质谱流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 血液样本，淋巴结和肿瘤浸润T细胞 | 50名早期肺癌患者 |
| 18635 | 2024-08-07 |
Lumican is a potential predictor on the efficacy of concurrent chemoradiotherapy in cervical squamous cell carcinoma
2023-Jul, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e18011
PMID:37483824
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研究论文 | 本研究旨在通过分析基因表达数据和单细胞RNA测序数据，识别宫颈鳞状细胞癌中预测同步放化疗疗效的新型生物标志物 | 本研究首次发现Lumican（LUM）在宫颈鳞状细胞癌患者中高表达与同步放化疗疗效不佳相关，并可能通过PARs和IL1信号通路影响免疫微环境 | NA | 识别宫颈鳞状细胞癌中预测同步放化疗疗效的新型生物标志物 | 宫颈鳞状细胞癌患者及其同步放化疗疗效 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 15名宫颈鳞状细胞癌患者 |
| 18636 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals the clinical implications of myeloid-derived suppressor cells in head and neck squamous cell carcinoma
2023, Pathology oncology research : POR
DOI:10.3389/pore.2023.1611210
PMID:37475874
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了骨髓来源抑制细胞（MDSCs）在头颈鳞状细胞癌（HNSC）中的临床意义 | 发现了MDSCs在HNSC中的丰富性和其作为不良预后标志物的潜力，并确定了一组与MDSC相关的预后基因 | NA | 探讨MDSCs在HNSC中的作用及其作为免疫治疗靶点的可能性 | 头颈鳞状细胞癌中的骨髓细胞和MDSCs | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 较大的患者群体 |
| 18637 | 2024-08-07 |
Development of Spondyloarthritis After COVID-19 in HLA-B27-Positive Monozygotic Twins: Case Reports With Single Cell Transcriptome Profiling
2023-Jan-01, Journal of rheumatic diseases
IF:2.2Q3
DOI:10.4078/jrd.22.0027
PMID:37476527
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病例报告 | 本文描述了两名23岁同卵双胞胎在COVID-19后被诊断为脊柱关节病的病例，并通过单细胞转录组分析探讨了其与典型放射性轴性脊柱关节病的差异。 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了COVID-19后脊柱关节病患者外周血单个核细胞的转录组特征与典型放射性轴性脊柱关节病的差异。 | 病例数量有限，需要更多研究来验证这些发现。 | 探讨COVID-19与脊柱关节病之间的可能联系，并通过单细胞转录组分析揭示其分子机制。 | 两名23岁同卵双胞胎在COVID-19后被诊断为脊柱关节病的病例。 | NA | 脊柱关节病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 两名患者 |
| 18638 | 2024-08-07 |
Insight of a lipid metabolism prognostic model to identify immune landscape and potential target for retroperitoneal liposarcoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1209396
PMID:37483592
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研究论文 | 本研究通过基于脂质代谢相关基因（LMAGs）的预测模型，探索了腹膜后脂肪肉瘤（RPLS）的潜在靶点和免疫景观 | 本研究首次基于脂质代谢相关基因构建了预测模型，并识别了与抗原呈递细胞负相关的潜在靶点ELOVL2 | NA | 旨在通过脂质代谢相关基因探索腹膜后脂肪肉瘤的潜在靶点和免疫景观 | 腹膜后脂肪肉瘤（RPLS） | 数字病理学 | 腹膜后脂肪肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO算法 | 基因表达数据 | 234例样本，包括TCGA队列（58例）、GSE30929队列（92例）、FD队列（50例）、scRNA-seq队列（4例）和验证队列（30例） |
| 18639 | 2024-08-07 |
Sox, Fox, and Lmx1b binding sites differentially regulate a Gdf5-Associated regulatory region during elbow development
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1215406
PMID:37492222
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研究论文 | 本文研究了转录因子Sox、Fox和Lmx1b结合位点在肘关节发育过程中对Gdf5相关调控区域的差异化调控作用 | 首次揭示了Fox/Sox结合位点对Gdf5相关调控区域活性的正向调控作用，以及Sox-only位点的抑制作用 | 研究主要集中在鸡和小鼠模型上，可能不完全适用于其他物种 | 探究Gdf5相关调控区域在肘关节发育中的调控机制 | Gdf5相关调控区域及其结合位点在肘关节发育中的作用 | 生物学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位杂交（ISH）、定点突变 | NA | 基因表达数据 | 鸡和小鼠的肢体和膝盖样本 |
| 18640 | 2024-08-07 |
Identifying SARS-CoV-2 infected cells with scVDN
2023, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2023.1236653
PMID:37492254
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研究论文 | 本研究提出了一种深度学习框架——单细胞病毒检测网络（scVDN），用于预测单细胞的感染状态，特别是在识别SARS-CoV-2感染细胞方面表现出色 | scVDN在识别SARS-CoV-2感染细胞方面优于四种最先进的机器学习模型，即使在真实数据中标签极度不平衡的情况下也能达到完美的AUC评分 | NA | 开发一种有效的工具来识别单细胞水平的SARS-CoV-2感染细胞，以促进病毒研究和改善公共卫生 | SARS-CoV-2感染细胞的识别 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 深度学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | 多个鼻拭子样本来自多个贡献者，包含多种细胞类型 |