单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27574 篇文献，本页显示第 18601 - 18620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 18601 | 2024-08-08 |
Gut microbiome is linked to functions of peripheral immune cells in transition cows during excessive lipolysis
2023-03-03, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-023-01492-3
PMID:36869370
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研究论文 | 研究探讨了过度脂解过程中肠道微生物群与过渡期奶牛外周免疫细胞功能之间的潜在联系 | 首次揭示了过度脂解期间肠道微生物群及其与次级胆酸合成相关的功能如何抑制过渡期奶牛单核细胞功能 | NA | 探究过度脂解期间肠道微生物群与过渡期奶牛免疫抑制之间的关系 | 过渡期奶牛的肠道微生物群和外周免疫细胞功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 16S扩增子测序, 宏基因组学, 靶向代谢组学 | NA | 转录组, 微生物组, 代谢组 | 涉及过度脂解和低/正常脂解的奶牛样本 |
| 18602 | 2024-08-08 |
Tumor microenvironment remodeling after neoadjuvant immunotherapy in non-small cell lung cancer revealed by single-cell RNA sequencing
2023-03-03, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01164-9
PMID:36869384
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了非小细胞肺癌患者在接受新辅助PD-1阻断联合化疗后肿瘤微环境的转录组变化 | 揭示了与治疗反应相关的特定癌症细胞转录组特征，并发现了预测免疫治疗反应的新生物标志物 | 研究受限于接受联合治疗的患者样本量较小 | 探索非小细胞肺癌患者在接受新辅助免疫治疗后的肿瘤微环境变化及其与治疗反应的关系 | 非小细胞肺癌患者的单细胞转录组 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 92,000个单细胞，来自3名治疗前和12名治疗后的非小细胞肺癌患者 |
| 18603 | 2024-08-08 |
Single-Cell Characterization of the Frizzled 5 (Fz5) Mutant Mouse and Human Persistent Fetal Vasculature (PFV)
2023-03-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.64.3.8
PMID:36867129
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研究论文 | 本研究通过免疫组织化学和单细胞RNA测序技术，对Fz5突变小鼠和人类持续胎儿血管（PFV）的细胞组成和相关分子特征进行了表征 | 首次详细描述了PFV中的细胞类型及其分子特征，并揭示了Fz5突变小鼠和人类PFV之间的细胞类型和分子特征的相似性 | 研究样本仅包括Fz5突变小鼠和两个人类PFV样本，可能不足以全面代表所有PFV病例 | 旨在表征PFV的细胞组成和相关分子特征，并为深入理解该疾病奠定基础 | Fz5突变小鼠和人类PFV的细胞组成和分子特征 | 数字病理学 | 儿童失明 | 单细胞RNA测序（sc-RNAseq） | NA | 细胞 | Fz5突变小鼠和两个人类PFV样本 |
| 18604 | 2024-08-08 |
Increased retinoic acid signaling decreases lung metastasis in salivary adenoid cystic carcinoma by inhibiting the noncanonical Notch1 pathway
2023-03, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-023-00957-7
PMID:36879115
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和外显子捕获测序，深入研究了唾液腺腺样囊性癌（SACC）肺转移的分子机制，并发现视黄酸信号通路的增强通过抑制非经典Notch1通路减少肺转移。 | 本文首次发现视黄酸（RA）作为内源性拮抗剂，通过纠正细胞分化错误，抑制SACC的肺转移。 | 研究仅基于两名无MYB-NFIB融合和NOTCH1突变的SACC患者样本，可能存在样本量不足的问题。 | 探索唾液腺腺样囊性癌肺转移的分子机制，并评估视黄酸信号通路在其中的作用。 | 唾液腺腺样囊性癌（SACC）患者的原发和转移组织。 | 数字病理学 | 唾液腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），外显子捕获测序 | NA | RNA | 两名SACC患者 |
| 18605 | 2024-08-08 |
Single-cell gene set enrichment analysis and transfer learning for functional annotation of scRNA-seq data
2023-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad024
PMID:36879897
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研究论文 | 本文开发了两种新方法——单细胞基因集富集分析（scGSEA）和单细胞映射器（scMAP），用于自动化单细胞转录组数据的细胞功能注释 | scGSEA结合潜在数据表示和基因集富集分数以单细胞分辨率检测协调的基因活性；scMAP使用迁移学习技术将新细胞重新定位并情境化到参考细胞图谱中 | 大多数现有方法依赖于最初为批量RNA测序开发的技术，或仅利用从细胞聚类中识别的标记基因进行监督注释 | 克服现有细胞功能注释方法的局限性，自动化单细胞转录组数据的注释过程 | 单细胞转录组数据的细胞功能注释 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 迁移学习 | 单细胞转录组数据 | 使用模拟和真实数据集进行验证 |
| 18606 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq analysis reveals dual sensing of HIV-1 in blood Axl+ dendritic cells
2023-Feb-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106019
PMID:36866043
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研究论文 | 本研究揭示了HIV-1在血液Axl+树突状细胞中的双重感知机制 | 首次识别了血液AxlDC亚群的特殊能力来识别和复制HIV-1并启动不同的转录程序 | 没有明显的局限性信息 | 研究Axl+树突状细胞对HIV-1的抗病毒响应 | 主要研究人类原代血液树突状细胞的不同亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 主要针对多种血液树突状细胞亚群，具体样本数量未明 |
| 18607 | 2024-08-05 |
resVAE ensemble: Unsupervised identification of gene sets in multi-modal single-cell sequencing data using deep ensembles
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1091047
PMID:36875765
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研究论文 | 提出了一种使用深度集成的无监督基因集识别方法。 | 使用自编码器的集成和随后的排名聚合提取共识特征，从而减少偏倚。 | 缺乏样本量和具体应用案例的实例验证。 | 旨在改进单细胞测序数据分析中的功能标识。 | 不同模态的单细胞测序数据。 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | 集成自编码器 | 测序数据 | 使用了不同模态的数据集，具体样本数量未说明 |
| 18608 | 2024-08-05 |
The intestine: A highly dynamic microenvironment for IgA plasma cells
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1114348
PMID:36875083
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综述 | 本文章讨论了肠道上皮细胞与IgA浆细胞的空间相互作用及其对IgA浆细胞生成、归巢和寿命的潜在贡献 | 介绍了空间转录组学作为一种新技术，用于解决肠道IgA浆细胞生物学中的未解问题 | NA | 探讨肠道微环境对IgA浆细胞的影响及其生物学特性 | IgA浆细胞和肠道上皮细胞 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 18609 | 2024-08-08 |
Destin2: Integrative and cross-modality analysis of single-cell chromatin accessibility data
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1089936
PMID:36873935
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研究论文 | 提出了一种名为Destin2的新型统计和计算方法，用于单细胞ATAC-seq数据的跨模态降维、聚类和轨迹重建 | Destin2通过整合来自峰可及性、基序偏差分数和伪基因活性的细胞水平表观基因组数据，学习共享流形，并进行聚类和/或轨迹推断 | NA | 开发一种跨模态分析方法，用于单细胞染色质可及性数据的整合和分析 | 单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | ATAC-seq | NA | 单细胞数据 | 实际scATAC-seq数据集 |
| 18610 | 2024-08-08 |
Precision immunointerception of EGFR-driven tumorigenesis for lung cancer prevention
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1036563
PMID:36875137
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研究论文 | 本研究针对常见的EGFR突变，开发了一种多肽疫苗E Vax，并在小鼠模型中评估了其预防EGFR突变驱动的肺癌发生的效果 | 开发了一种针对EGFR L858R、T790M和Del19突变的多肽疫苗E Vax，并证明了其在小鼠模型中有效预防肺癌发生 | 研究结果主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证 | 开发和评估针对EGFR突变的新型疫苗，以预防肺癌的发生 | EGFR突变驱动的肺癌 | 数字病理学 | 肺癌 | 流式细胞术和单细胞RNA测序 | NA | NA | 使用了同基因和遗传工程改造的EGFR突变驱动的小鼠肺癌模型 |
| 18611 | 2024-08-08 |
A novel autophagy-related long non-coding RNAs signature predicting progression-free interval and I-131 therapy benefits in papillary thyroid carcinoma
2023, Open medicine (Warsaw, Poland)
DOI:10.1515/med-2023-0660
PMID:36880066
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研究论文 | 本研究旨在探讨自噬相关长非编码RNA在甲状腺乳头状癌中的预后和预测价值 | 构建了一个新的六长非编码RNA签名，用于预测甲状腺乳头状癌患者的无进展间隔和I-131治疗效益 | NA | 探索自噬相关长非编码RNA在甲状腺乳头状癌中的预后和预测价值 | 甲状腺乳头状癌患者的自噬相关基因和长非编码RNA表达数据 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 长非编码RNA分析 | NA | 基因表达数据 | 来自TCGA数据库的甲状腺乳头状癌患者数据 |
| 18612 | 2024-08-08 |
Defining Selective Neuronal Resilience and Identifying Targets of Neuroprotection and Axon Regeneration Using Single-Cell RNA Sequencing: Computational Approaches
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3012-9_2
PMID:36881293
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研究论文 | 本文描述了一种计算工作流程，用于分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）的小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）在视神经压迫（ONC）后的表达谱 | 本文采用监督分类方法，通过迭代策略从损伤反应中解卷积类型特异性基因签名，以识别与恢复力相关的分子标志物 | NA | 旨在识别46种分子定义的RGC类型之间的生存动态差异及其相关分子特征 | 小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）在视神经压迫后的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 监督分类方法 | 基因表达数据 | 六个时间点的RGCs scRNA-seq数据 |
| 18613 | 2024-08-08 |
Defining Selective Neuronal Resilience and Identifying Targets for Neuroprotection and Axon Regeneration Using Single-Cell RNA Sequencing: Experimental Approaches
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3012-9_1
PMID:36881292
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了轴突损伤后不同神经元类型的生存和基因表达变化 | 利用单细胞RNA测序技术，系统地追踪轴突损伤后的神经元生存和基因表达变化 | NA | 识别区分具有恢复力和易感性的神经元群体的分子特征，揭示神经保护和轴突再生的潜在靶点 | 神经元类型在神经退行性疾病中的不同影响 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用小鼠视网膜作为实验样本 |
| 18614 | 2024-08-08 |
Effects of Dlx2 overexpression on the genes associated with the maxillary process in the early mouse embryo
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1085263
PMID:36891149
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研究论文 | 研究Dlx2过表达对小鼠早期胚胎上颌突相关基因的影响 | 通过bulk RNA-Seq、scRNA-Seq和CUT&Tag分析，全面揭示了Dlx2过表达对上颌突早期发育的转录调控效应 | NA | 阐明Dlx2在颅面发育中的转录调控作用 | 小鼠早期胚胎上颌突的发育 | 发育生物学 | NA | RNA-Seq, scRNA-Seq, CUT&Tag | NA | RNA | E10.5上颌突的小鼠胚胎 |
| 18615 | 2024-08-08 |
scRNA-seq reveals aging-related immune cell types and regulators in vaginal wall from elderly women with pelvic organ prolapse
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1084516
PMID:36891295
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了老年女性盆腔器官脱垂患者阴道壁中与年龄相关的免疫细胞类型及其关键调控因子 | 首次探讨了盆腔器官脱垂患者盆腔微环境中与年龄相关的差异，并发现了新的细胞类型和关键调控因子 | NA | 揭示盆腔器官脱垂患者盆腔微环境中与年龄相关的免疫细胞类型及其关键调控因子 | 老年女性盆腔器官脱垂患者的阴道壁 | 数字病理学 | 盆腔器官脱垂 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 包括对照组（<60岁）、年轻盆腔器官脱垂组（<60岁）和老年盆腔器官脱垂组（>60岁） |
| 18616 | 2024-08-08 |
Ferroptosis Suppressor Protein 1 Inhibition Promotes Tumor Ferroptosis and Anti-tumor Immune Responses in Liver Cancer
2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2023.03.001
PMID:36893885
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研究论文 | 研究探讨了铁死亡抑制蛋白1（FSP1）在肝细胞癌（HCC）中的表达及其作为治疗靶点的潜力 | 首次揭示了FSP1在HCC中的高表达及其通过抑制铁死亡促进肿瘤生长的机制，并发现FSP1抑制剂能有效减少HCC负担并增强免疫浸润 | 研究主要集中在体外和动物模型中，需要进一步的临床试验验证FSP1抑制剂的疗效和安全性 | 探索FSP1作为HCC治疗新靶点的潜力 | 肝细胞癌（HCC）及其治疗 | 数字病理学 | 肝癌 | 逆转录定量聚合酶链反应，染色质免疫沉淀，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括人类HCC和配对非肿瘤组织样本，以及使用 hydrodynamic tail vein injection 模型的动物实验 |
| 18617 | 2024-08-08 |
A multi-use deep learning method for CITE-seq and single-cell RNA-seq data integration with cell surface protein prediction and imputation
2022-Nov, Nature machine intelligence
IF:18.8Q1
DOI:10.1038/s42256-022-00545-w
PMID:36873621
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research paper | 本文介绍了一种名为sciPENN的多用途深度学习方法，用于CITE-seq和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集成，以及细胞表面蛋白表达预测和插补 | sciPENN方法支持CITE-seq和scRNA-seq数据集成，蛋白质表达预测，蛋白质表达插补，预测和插补不确定性的量化，以及从CITE-seq到scRNA-seq的细胞类型标签转移 | NA | 克服CITE-seq和scRNA-seq数据集成中的计算挑战，提高信息内容 | CITE-seq和scRNA-seq数据集成的多用途深度学习方法 | machine learning | NA | CITE-seq, scRNA-seq | deep learning | single-cell multi-omics data | 多个数据集 |
| 18618 | 2024-08-05 |
Integrative Analysis Revealed LINC00847 as a Potential Target of Tumor Immunotherapy
2023-Oct, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-023-04387-z
PMID:36864364
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研究论文 | 本研究揭示了LINC00847作为肿瘤免疫治疗潜在靶点的可能性 | 通过分析单细胞RNA-seq数据，首次发现LINC00847与LUAD患者的免疫细胞浸润相关，并可能影响PD-L1的表达 | 本研究集中于单一癌症类型，缺乏对其他类型癌症的验证 | 识别肺腺癌的潜在生物标志物，以促进生物标志物驱动的治疗和改善治疗结果 | 研究了LUNG癌症中与免疫细胞浸润相关的长非编码RNA | 数字病理学 | 肺癌 | RNA-seq | NA | 生物数据 | 从单细胞RNA-seq数据集中筛选了四个与LUAD预后相关的lncRNA |
| 18619 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-Seq reveals transcriptional regulatory networks directing the development of mouse maxillary prominence
2023-09, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2023.02.008
PMID:36841529
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序揭示了小鼠上颌突发育过程中的转录调控网络 | 研究中识别了与间充质命运转变相关的一系列关键转录因子，并推导了由这些转录因子指导的基因调控网络 | 尽管揭示了转录调控网络，但具体的机制尚未完全阐明 | 研究小鼠上颌发育过程中转录动态及其调控机制 | 探索小鼠上颌突中神经嵴来源的间充质的发育及其转录网络 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 约28,000个细胞 |
| 18620 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics implicates the FEZ1-DKK1 axis in the regulation of corneal epithelial cell proliferation and senescence
2023-Sep, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13433
PMID:36851859
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研究论文 | 本研究揭示了FEZ1-DKK1轴在角膜上皮细胞增殖和衰老调控中的作用 | 首次通过单细胞转录组学揭示了FEZ1和DKK1作为角膜干/祖细胞增殖和衰老的重要调节因子 | 未深入探讨其他可能参与角膜上皮细胞调控的因子 | 研究角膜干/祖细胞增殖和衰老的调控机制 | 多次传代的角膜干/祖细胞及其相关轴 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | NA | 多次传代的初级角膜干/祖细胞 |