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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1841 | 2026-05-19 |
Modeling human B cell development with pluripotent stem cells
2026-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.04.722674
PMID:42146710
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研究论文 | 建立一种从人类多能干细胞高效生成B细胞的方案,并验证其能准确再现成人骨髓B淋巴细胞生成过程 | 首次实现从不同人类多能干细胞系来源的定型造血祖细胞高效生成B细胞,并揭示IL-7对功能性IgH重排的抑制效应以及卵黄囊祖细胞与定型造血祖细胞均具有B细胞潜能 | 未提及临床转化验证或长期体内功能评估 | 开发基于人类多能干细胞的B细胞生成方案,用于研究早期B淋巴细胞生成及提供治疗性浆细胞来源 | 人类多能干细胞及其分化的B细胞(前B细胞、前体B细胞、幼稚B细胞、浆细胞) | 数字病理学 | NA | 多组学单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种人类多能干细胞系 | 10x Genomics, 其他未明确公司在文中未指定 | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 1842 | 2026-05-19 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2026-May-05, JACC. Basic to translational science
DOI:10.1016/j.jacbts.2026.101542
PMID:42090754
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研究论文 | 通过单核RNA测序和空间转录组学分析,发现白细胞介素-1β驱动致心律失常性心肌病的疾病进展 | 首次在人类ACM样本中结合单核RNA测序和空间转录组学,鉴定出与纤维化和炎症细胞类型共存的疾病相关空间生态位,并证明抗IL-1β中和抗体在Dsg2突变小鼠中可减轻纤维化、维持心脏功能并减少心律失常机制 | 研究主要基于有限的患者样本和动物模型,抗IL-1β治疗在人体中的安全性和有效性需要进一步临床试验验证 | 探索致心律失常性心肌病中疾病进展的分子机制及潜在治疗靶点 | 人类ACM患者的心肌样本和对照供体样本,以及Dsg2突变小鼠模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | ACM患者和对照供体的心肌样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单核RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单核RNA测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 1843 | 2026-05-19 |
Alzheimer's Disease and circadian disruption sex-specifically contribute to a loss of bone maintenance in APP/PS1 model mice
2026-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.01.722089
PMID:42146604
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研究论文 | 本研究探索了阿尔茨海默病和昼夜节律紊乱对APP/PS1模型小鼠骨维持丧失的性别特异性影响 | 结合高分辨率微计算机断层扫描、拉曼光谱和单细胞RNA测序,首次揭示了昼夜节律紊乱与阿尔茨海默病在骨重塑中的协同机制 | 未阐述 | 探究遗传和环境因素(昼夜节律紊乱)对骨结构、骨髓祖细胞活性和单核细胞衍生巨噬细胞的影响 | APP/PS1转基因小鼠模型 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像、文本 | APP/PS1小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1844 | 2026-05-19 |
Clonal embeddings allow exploratory analysis of lineage-resolved single-cell data
2026-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.30.720820
PMID:42146635
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研究论文 | 开发了一种名为clone2vec的机器学习方法,用于从谱系解析的单细胞数据中学习克隆嵌入,实现可扩展的探索性分析 | 直接利用细胞表达流形学习克隆嵌入,无需离散细胞类型标签,对少细胞克隆保持稳定,并支持跨数据集对齐 | 未提及 | 解决稀疏克隆数据和注释依赖带来的分析挑战,提供谱系耦合单细胞数据的探索性分析通用方案 | 胚胎发生、肿瘤发生和造血过程中的前瞻性条形码数据集,以及TCR测序分析的肿瘤微环境 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序,TCR测序 | clone2vec(嵌入学习模型) | 单细胞转录组数据 | 涉及多个数据集,包括胚胎发生、肿瘤发生、造血过程及肿瘤微环境样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1845 | 2026-05-19 |
Tumor glycosylation engages CD301b-mediated myeloid regulation in breast cancer
2026-May-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9347231/v1
PMID:42147159
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研究论文 | 该研究揭示了肿瘤糖基化通过CD301b介导的髓系调控影响乳腺癌进展的机制 | 首次鉴定C型凝集素受体CD301b及其人类同源物CLEC10A在乳腺癌肿瘤微环境中的免疫调控作用,并发现Tn糖抗原与CD301b⁺免疫细胞之间的互作促进肿瘤生长 | 主要基于小鼠模型和有限的人类样本,缺乏大规模临床验证,且机制细节尚需进一步阐明 | 研究肿瘤糖基化如何通过糖-凝集素相互作用调控乳腺癌免疫微环境 | 小鼠三阴性乳腺癌模型及人类乳腺癌样本 | 免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型及人类乳腺癌组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 1846 | 2026-05-19 |
Histone deacetylases and cell-cycle regulators orchestrate cell-identity transitions during Arabidopsis root regeneration
2026-05-04, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2026.03.013
PMID:41889170
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序、ATAC测序、成像和突变体分析,描绘拟南芥根再生过程中细胞重编程的轨迹,揭示组蛋白去乙酰化酶和细胞周期调控因子在细胞身份转变中的作用 | 首次在单细胞水平揭示拟南芥根再生过程中细胞重编程的连续状态,发现I类组蛋白去乙酰化酶HDA9和HDA19在早期关闭旧身份和防止应激反应中的作用,以及DOF转录因子OBP1和SMR蛋白调控细胞分裂速率以促进新身份获取的机制 | 未提及 | 揭示拟南芥根再生过程中细胞重编程的分子机制 | 拟南芥根再生细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC测序, 成像, 突变体分析 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据, 图像数据 | 未明确提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium用于单细胞RNA测序和ATAC测序 |
| 1847 | 2026-05-19 |
Robust identification of cell-cell communication heterogeneity in single cells
2026-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.29.721691
PMID:42146454
|
研究论文 | 提出scRICH框架,整合机制性多尺度数学模型与学习策略,从单细胞和空间转录组数据中捕获细胞间通讯的复杂性,并揭示细胞类型内的通讯行为异质性 | 首次将机制性多尺度数学模型与学习策略相结合,利用RNA剪接的动态信息联系细胞间通讯与细胞命运决定,并通过构建多层调控网络连接细胞间相互作用与细胞内响应的尺度 | 研究未明确说明局限性 | 开发能够从单细胞转录组数据中稳健识别细胞间通讯异质性的计算框架 | 单细胞转录组数据和空间转录组数据,以及EGF配体/受体在皮肤等效类器官角质形成细胞中的共表达 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 1848 | 2026-05-19 |
Comparison of single-cell sequencing technologies for allele-specific expression analysis in rabbit spermatids
2026-05, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2026.111224
PMID:41780767
|
研究论文 | 比较不同单细胞测序技术在兔精子细胞等位基因特异性表达分析中的应用 | 首次在兔精子细胞中分析等位基因特异性表达,并比较短读长和长读长测序技术的性能,发现了可能与遗传生物控制相关的候选基因 | 仅使用了有限的样本,未来需要进一步评估候选基因在遗传生物控制中的适用性 | 分析兔精子细胞中的等位基因特异性表达,以识别可用于遗传生物控制的候选基因 | 兔精子细胞 | 机器学习和基因组学 | NA | 短读长测序、长读长测序 | NA | 测序数据 | 未明确说明,涉及兔精子细胞样本 | Illumina、Oxford Nanopore Technologies、Pacific Biosciences | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq、ONT MinION/GridION、PacBio Sequel II | 短读长Illumina测序和长读长ONT/PacBio测序 |
| 1849 | 2026-05-19 |
Single-cell transcriptomics identifies NF-κB/STAT3-associated neutrophil inflammatory reprogramming in rheumatoid arthritis synovium
2026-05, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2026.111231
PMID:41831621
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析类风湿性关节炎滑膜中的中性粒细胞异质性及其炎症重编程机制 | 首次在单细胞水平揭示RA滑膜中性粒细胞的NF-κB/STAT3轴驱动的炎症重编程,并鉴定C1和C3炎症表型以及M3/M4功能模块 | 验证仅基于bulk RNA-seq队列(n=19),缺乏功能实验的直接验证 | 阐明类风湿性关节炎滑膜中中性粒细胞的异质性和炎症重编程机制 | 8名RA患者滑膜组织的66,539个细胞,包括中性粒细胞和其他基质细胞 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 8名RA患者(66,539个细胞)和19名独立队列的bulk RNA-seq样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1850 | 2026-05-19 |
Endothelial cells recruit pro-inflammatory macrophage clusters via App-Cd74 exacerbating ICI-associated myocarditis
2026-05, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2026.111238
PMID:41905617
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现内皮细胞通过App-Cd74信号轴招募促炎性巨噬细胞簇,加剧ICI相关心肌炎 | 首次在单细胞水平揭示内皮细胞通过App-Cd74轴与Cxcl9+Cxcl10+巨噬细胞簇相互作用,加重ICI相关心肌炎的免疫病理机制,并利用深度学习框架scTenifoldXct验证该配体-受体相互作用 | 未提及具体局限性,但基于小鼠模型的研究结果可能需在人类样本中验证 | 阐明免疫检查点抑制剂相关心肌炎的免疫病理机制并探索潜在治疗靶点 | 小鼠ICI心肌炎模型的心脏组织 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度学习框架(scTenifoldXct) | 单细胞转录组数据 | 小鼠ICI心肌炎模型的心脏组织样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1851 | 2026-05-08 |
Abi3S212F Alzheimer's disease variant alters plaque structure and disrupts microglia
2026-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.71452
PMID:42092345
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研究论文 | 本研究通过构建Abi3S212F小鼠模型,发现该阿尔茨海默病风险变体会改变淀粉样斑块结构并导致小胶质细胞功能障碍 | 首次在体内揭示ABI3S209F/Abi3S212F变体通过破坏细胞骨架动力学导致小胶质细胞功能障碍和死亡,并证明这种损伤发生在斑块形成之前 | 未提及具体局限性 | 阐明ABI3S209F(Abi3S212F)阿尔茨海默病风险变体对小胶质细胞功能和淀粉样病理的影响机制 | Abi3S212F基因敲入小鼠与两种人源化β-淀粉样蛋白(Aβ)模型杂交的后代 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学, 单细胞分析, 共聚焦成像 | NA | 图像, 转录组数据 | 不同年龄段的小鼠样本(具体数量未说明) | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 10x Visium, 10x Chromium | 空间转录组学使用10x Visium平台,单细胞分析使用10x Chromium平台 |
| 1852 | 2026-05-19 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals APOE genotype-dependent sex differences in Alzheimer's disease
2026-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.71463
PMID:42108391
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研究论文 | 单细胞转录组分析揭示APOE基因型依赖性性别差异在阿尔茨海默病中的作用 | 首次在单细胞水平全面研究性别与APOE基因型之间的相互作用 | 未提供具体局限性信息 | 探索阿尔茨海默病中性别和APOE相关差异的单细胞转录组学变化 | 阿尔茨海默病患者的脑细胞类型(54种高分辨率细胞类型) | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1853 | 2026-05-19 |
Integrin β3 Promotes Retinal Neovascularization via Endoplasmic Reticulum Stress-Mediated Endothelial Cell Senescence
2026-May-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.5.40
PMID:42149032
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研究论文 | 本研究探索整合素β3通过内质网应激介导的内皮细胞衰老促进视网膜新生血管形成的机制 | 首次揭示整合素β3通过PERK/eIF2α/ATF4通路激活内质网应激,驱动内皮细胞衰老,进而促进视网膜新生血管形成 | 主要基于体外细胞实验和动物模型,缺乏临床样本验证 | 阐明整合素β3驱动视网膜新生血管形成的分子机制 | 视网膜血管内皮细胞,特别是氧诱导视网膜病变模型中的内皮细胞亚群 | 机器学习 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 氧诱导视网膜病变小鼠模型及人视网膜微血管内皮细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1854 | 2026-05-19 |
Myeloid Cell States in Influenza-Associated Pulmonary Aspergillosis Are Shaped by Iron Overload and Metabolic Reprogramming
2026-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.22.720189
PMID:42079193
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研究论文 | 通过整合小鼠模型和单细胞RNA测序,揭示流感相关肺曲霉病中由铁过载和代谢重编程驱动的髓系细胞状态变化 | 首次利用单细胞转录组学结合小鼠模型阐明IAV感染后肺内铁积累如何通过免疫代谢重编程损害髓系细胞抗真菌功能,并验证与人类患者转录缺陷的相似性 | 未提及 | 探究流感A病毒感染后肺部微环境如何导致继发性曲霉感染的机制 | 小鼠肺单核细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺曲霉病,流感 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据(转录组) | 小鼠模型,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1855 | 2026-05-19 |
Synovial transcriptional clusters link cartilage degeneration to cell-type-specific gene expression in knee osteoarthritis
2026-Apr-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.21.719697
PMID:42079156
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研究论文 | 探究膝骨关节炎滑膜转录簇与软骨退变及细胞类型特异性基因表达的关系 | 首次通过共识聚类分析将人类膝骨关节炎滑膜组织划分为四个转录簇,并揭示其与软骨退变严重程度及细胞类型特异性基因表达的关联 | 未提及 | 识别膝骨关节炎滑膜转录簇,并阐明其与滑膜组织学特征、细胞类型相关基因表达及软骨退变严重程度的关系 | 膝骨关节炎患者的滑膜组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学 | 共识聚类 | 转录组数据 | 135例膝骨关节炎患者滑膜组织用于批量RNA-seq,18例用于单细胞RNA-seq | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1856 | 2026-05-19 |
Turep: Detecting cross-cancer tumor-reactive T cells in single-cell and spatial transcriptomics data
2026-Apr-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.21.719961
PMID:42079298
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研究论文 | 介绍了一种名为Turep的深度学习方法,用于通过单细胞和空间转录组数据稳健地跨癌种预测肿瘤反应性T细胞 | 通过整合七种人类恶性肿瘤的配对单细胞RNA和T细胞受体测序数据,识别出泛癌肿瘤反应性基因特征,并利用生成式数据增强解决数据不平衡问题 | 未明确提及局限性 | 开发一种能够在跨癌种场景下稳健预测肿瘤反应性T细胞的工具 | 肿瘤浸润淋巴细胞中的肿瘤反应性T细胞与非反应性旁观者T细胞 | 机器学习 | 泛癌(七种人类恶性肿瘤) | 单细胞RNA测序,T细胞受体测序,空间转录组学 | 深度学习模型 | 单细胞基因表达数据,T细胞受体序列数据,空间转录组数据 | 七种人类恶性肿瘤的配对单细胞RNA和T细胞受体测序数据,具体样本量未明确 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 1857 | 2026-05-19 |
Dissecting the coordinated progression of cell states in spatial transcriptomics with CoPro
2026-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.17.719309
PMID:42079111
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研究论文 | 提出CoPro计算框架,用于检测空间转录组学中细胞状态的协调进展 | 能够以监督和非监督模式检测细胞类型内部或之间的共变基因程序,并解析多个重叠的空间模式 | 未提及局限性 | 识别在空间中连续变化且在不同细胞类型之间协调的基因表达程序 | 结肠、脑、肝脏和肾脏组织样本 | 空间转录组学 | 与衰老相关的肝脏疾病 | MERFISH, SeqFISH+, Xenium, 组织学推断转录组数据 | NA | 空间转录组数据 | 来自结肠、脑、肝脏和肾脏组织的数据集 | NA | 单细胞水平空间转录组学 | MERFISH, SeqFISH+, Xenium | 用于单细胞水平空间转录组学分析的平台 |
| 1858 | 2026-05-19 |
Microporous annealed particle scaffolds avoid foreign body response by down regulating complement-fibroblast-macrophage signaling loop
2026-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.17.719225
PMID:42079188
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研究论文 | 该研究通过比较多孔退火颗粒支架与纳米多孔水凝胶的皮下植入反应,揭示了支架孔隙度如何调节补体-成纤维-巨噬细胞信号环,从而避免异物反应 | 首次阐明MAP支架通过下调C5a信号串扰通路抑制补体-成纤维-巨噬细胞信号环,从而避免异物反应 | NA | 研究植入物孔隙度如何影响异物反应,并揭示MAP支架减少纤维包囊及改善组织整合的机制 | MAP支架和纳米多孔水凝胶植入后的免疫反应及组织整合情况 | 机器学习和数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、多重细胞因子检测 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白组数据 | 小鼠皮下植入模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1859 | 2026-05-19 |
Transcriptomic profile reveals cellular composition contribute to hyaline-vascular variant in unicentric Castleman disease-associated paraneoplastic pemphigus
2026-Apr-20, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljag153
PMID:42008118
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研究论文 | 整合转录组学分析揭示单中心Castleman病相关副肿瘤性天疱疮中透明血管变异型的细胞组成特征 | 首次通过单细胞RNA测序揭示内皮细胞在血管透明化和基质失调中的核心作用,并阐明内皮-免疫细胞互作机制 | 未提及 | 通过整合转录组和细胞分析,阐明单中心Castleman病相关副肿瘤性天疱疮的细胞和分子发病机制 | 33例UCD-PNP患者的淋巴结样本(包含5例进行单细胞测序) | 计算机视觉 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 33例UCD-PNP患者淋巴结样本(5例进行单细胞测序,共58,811个细胞) | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | Illumina NovaSeq 6000测序平台 |
| 1860 | 2026-05-19 |
Mechanotransduction unifies healthy nondiabetic wound healing over time by promoting a Cd14+/C1qa+ fibroblast subpopulation
2026-Apr-15, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2026.02.027
PMID:41997300
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析遗传诱导和病理生理性糖尿病小鼠伤口愈合过程中的成纤维细胞异质性,发现机械传导通路在健康伤口愈合中促进Cd14+/C1qa+成纤维细胞亚群,而在糖尿病模型中该通路被选择性消耗 | 首次在伤口愈合所有阶段系统表征糖尿病模型中成纤维细胞异质性,揭示机械传导通路(FAK和MAPK)在生理性愈合中的关键作用,并发现遗传性糖尿病中WNT通路过度激活导致愈合障碍 | 仅在小鼠模型中研究,未在人类样本中验证;未深入探讨机械传导通路与WNT通路之间的交互机制 | 探究糖尿病对伤口愈合过程中成纤维细胞异质性和机械传导通路的影响 | C57BL/6野生型小鼠(非糖尿病)、高脂饮食诱导的病理生理性糖尿病小鼠和瘦素受体缺陷的遗传性糖尿病小鼠的伤口组织 | 单细胞测序 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三种小鼠模型(非糖尿病、病理生理性糖尿病、遗传性糖尿病)在术后第0、2、7、30天收集伤口组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |