单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1841	2025-07-25	Integrative causal and single-cell analyses reveal genes responsive to endocrine disruptors driving human male infertility 2025-Jul-22, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118709 PMID:40700968	研究论文	本研究通过整合因果分析和单细胞分析，揭示了内分泌干扰物（EDCs）响应基因与男性不育的关联	首次系统性识别EDCs相关基因，并通过Mendelian随机化和共定位分析验证其与男性不育的因果关系，结合单细胞RNA测序揭示这些基因在生殖细胞中的表达模式	研究主要基于已有数据库和大规模数据集，缺乏实验验证部分基因功能的具体机制	探究内分泌干扰物导致男性不育的分子机制	人类睾丸组织及与男性不育相关的基因	生物医学	男性不育	Mendelian随机化分析、共定位分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、GWAS数据、单细胞RNA测序数据	大规模cis-eQTL和GWAS数据集及人类睾丸组织单细胞RNA测序样本
1842	2025-07-25	Differential molecular signatures in response to CD19-CAR T cell therapy compared with conventional pharmacotherapy in systemic lupus erythematosus 2025-Jul-22, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.06.2132 PMID:40701862	研究论文	比较CD19-CAR T细胞疗法与传统药物治疗在系统性红斑狼疮(SLE)中的分子特征差异	首次揭示了CD19-CAR T细胞疗法在SLE中诱导的独特分子特征，包括补体激活和I型干扰素反应的显著抑制，以及脂质代谢途径的上调	样本量较小(7例接受CAR-T治疗的患者)，且为观察性研究	比较CD19-CAR T细胞疗法与传统药物治疗在SLE中的生物学效应差异	系统性红斑狼疮患者	免疫治疗	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序，全血转录组分析	NA	基因表达数据	7例接受CD19-CAR T治疗的患者，30例标准药物治疗后缓解的患者，31例接受利妥昔单抗、贝利尤单抗或环磷酰胺治疗的患者
1843	2025-07-25	Systematic characterization of full-length RNA isoforms in human colorectal cancer at single-cell resolution 2025-Jul-22, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwaf049 PMID:40702779	研究论文	本研究通过高深度长读长单细胞RNA测序技术，系统表征了人类结直肠癌中全长RNA异构体的多样性及其剪接变化	首次在单细胞分辨率下全面解析结直肠癌中全长转录本变异，揭示了癌症细胞转录复杂性的增加、3'-UTR缩短及内含子保留减少等新特征，并发现iCMS3亚型具有更高的剪接因子活性和更显著的3'-UTR缩短	样本量相对较小（仅12例CRC患者），且仅关注结直肠上皮细胞	探究结直肠癌中RNA剪接失调的分子机制及其在肿瘤发生中的作用	结直肠癌患者的结直肠上皮细胞	基因组学	结直肠癌	高深度长读长单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	12例CRC患者的结直肠上皮细胞
1844	2025-07-25	Protocol for conducting a single-cell sequencing assay for transposase-accessible chromatin analysis 2025-Jul-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103960 PMID:40700014	研究论文	本文提供了一个用于进行单细胞转座酶可及染色质测序分析（scATAC-seq）的协议	提供了一个详细的scATAC-seq分析协议，包括数据预处理、下游分析和计算多组学整合的步骤	协议主要面向scATAC-seq新手，可能对经验丰富的研究者帮助有限	简化scATAC-seq的分析流程，帮助研究人员更好地进行染色质可及性研究	公开可用的scATAC-seq数据集	基因组学	NA	scATAC-seq	NA	基因组数据	NA
1845	2025-07-25	Single-cell and spatial multiomics identifies heterogeneous xylem development driven by mechanical stress in Populus 2025-Jul-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.038 PMID:40701155	研究论文	通过单细胞和空间多组学技术研究机械应力驱动的杨树木材异质性发育	首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和代谢组学技术，揭示了正常木材和张力木材中纤维细胞的同一性和发育异质性	研究主要集中于杨树，结果在其他树种中的普适性需要进一步验证	探究机械应力下木材形成的细胞和分子机制	杨树正常木材、张力木材和对侧木材	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、磷酸化蛋白质组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、代谢组数据、磷酸化蛋白质组数据	三种不同发育状态的杨树木材组织(正常、张力、对侧)
1846	2025-07-25	A systematic review of single-cell RNA sequencing applications and insights in Oryza sativa response to environmental stresses 2025-Jul-19, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-025-10836-1 PMID:40682700	综述	本文系统综述了2017年至2024年间在水稻中进行的单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究，重点关注水稻对环境胁迫的响应	填补了水稻单细胞RNA测序研究综述的空白，并强调了scRNA-seq技术在水稻研究中的最新进展和应用	仅涵盖2017至2024年间的研究，可能未包括最新的研究成果	探讨scRNA-seq技术在水稻研究中的应用及其对作物改良策略的贡献	水稻（Oryza sativa）的不同组织（根、叶、花和种子）及其对环境胁迫的响应	植物生物学	NA	scRNA-seq, ATCT-seq, snRNA-seq, Stereo-seq	NA	转录组数据	涵盖2017至2024年间的水稻scRNA-seq研究
1847	2025-07-25	Sceptic: pseudotime analysis for time-series single-cell sequencing and imaging data 2025-Jul-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03679-3 PMID:40676652	研究论文	提出了一种名为Sceptic的支持向量机模型，用于监督性伪时间分析，以提高单细胞数据的时间顺序预测准确性	Sceptic模型在预测能力上显著优于现有方法，并且能够应用于多种单细胞数据类型，包括单核图像数据	未明确提及具体局限性，但可能包括对新数据类型的适应性和计算效率问题	提高单细胞伪时间嵌入的预测准确性，并扩展其应用范围至多种单细胞数据类型	时间序列单细胞RNA测序数据、scATAC-seq数据和显微镜图像数据	生物信息学	NA	支持向量机(SVM)	SVM	单细胞RNA测序数据、scATAC-seq数据、显微镜图像数据	NA
1848	2025-07-25	Meta-Analysis of Gene Expression in Bulk-Processed Post-Mortem Spinal Cord from ALS Patients and Normal Controls 2025-Jul-16, NeuroSci IF:1.6Q4 DOI:10.3390/neurosci6030065 PMID:40700130	meta-analysis	该研究对ALS患者和正常对照者的尸检脊髓组织进行了基因表达的荟萃分析	通过荟萃分析减弱了个体研究中基因表达偏差的影响，并识别出213个差异表达基因	研究基于批量处理的尸检组织，可能掩盖了细胞类型特异性的表达变化	探究ALS患者脊髓组织中基因表达的差异及其与疾病病理的关系	ALS患者和正常对照者的尸检脊髓组织	生物信息学	肌萎缩侧索硬化症(ALS)	基因表达荟萃分析，空间转录组学	NA	基因表达数据	569个样本（454个ALS，115个对照），来自348个个体（262个ALS，86个对照）
1849	2025-07-25	EDNRB2 regulates fate, migration, and maturation of hair cell precursors in regenerating avian auditory epithelium explants 2025-Jul-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2502713122 PMID:40627393	研究论文	本研究揭示了EDNRB2在鸟类听觉上皮毛细胞再生过程中对前体细胞命运、迁移和成熟的关键调控作用	首次发现EDNRB2信号通路在鸟类毛细胞再生过程中调控前体细胞命运决定、迁移和成熟的关键作用	研究仅基于体外鸡基底乳头培养模型，未验证在体情况	阐明EDNRB2在鸟类听觉上皮毛细胞再生中的具体作用机制	鸡基底乳头的支持细胞和毛细胞前体细胞	听觉再生生物学	听力损失	单细胞RNA测序、RNA测序、药理学抑制、组织学评估	鸡基底乳头外植体培养模型	基因表达数据、组织学图像数据	未明确说明具体样本数量（鸡基底乳头外植体）
1850	2025-07-25	Phenotypic heterogeneity and plasticity in colorectal cancer metastasis 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100881 PMID:40393458	研究论文	本研究探讨了结直肠癌（CRC）中表型异质性和可塑性在肿瘤进展、转移和治疗抵抗中的关键作用	通过单细胞多组学和空间转录组学数据揭示了具有再生和炎症表型的癌细胞状态，并鉴定了AP-1和NF-κB作为关键调控因子	研究中发现的调控因子和外在信号驱动表型异质性的具体机制仍需进一步验证	揭示结直肠癌转移中表型异质性和可塑性的调控机制	结直肠癌患者的原发性和转移性肿瘤样本	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞多组学、空间转录组学	NA	单细胞多组学数据、空间转录组学数据	结直肠癌患者的原发性和转移性肿瘤样本（具体数量未提及）
1851	2025-07-25	Single-cell profiling of bone metastasis ecosystems from multiple cancer types reveals convergent and divergent mechanisms of bone colonization 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100888 PMID:40412393	research paper	通过单细胞RNA测序分析多种癌症类型骨转移生态系统的异质性，揭示了骨转移的趋同和趋异机制	首次在多种癌症类型的骨转移中识别出三种不同的生态系统原型，并验证了这些原型与组织来源之间的相关性	样本量相对较小（42例骨转移样本），且未涵盖所有可能的癌症类型	研究骨转移生态系统的异质性及其机制	42例来自8种癌症类型的骨转移样本	digital pathology	multiple cancer types	single-cell RNA sequencing, immunostaining, bulk RNA sequencing/microarray	NA	RNA sequencing data, tissue sections	42例骨转移样本（来自8种癌症类型）和158例骨转移样本（来自超过10种癌症类型）的验证数据
1852	2025-07-25	SpaLinker identifies phenotype-associated spatial tumor microenvironment features by integrating bulk and spatial sequencing data 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100893 PMID:40480216	研究论文	介绍了一种名为SpaLinker的创新集成框架，用于通过整合大量和空间测序数据来识别与表型相关的空间肿瘤微环境特征	SpaLinker利用空间转录组学数据在分子、细胞和组织结构水平上解析空间分辨的肿瘤微环境，并通过整合大量RNA测序数据评估空间定义特征的预后意义	由于空间测序样本的临床注释稀缺，定量关联空间分辨特征与临床表型仍具挑战性	提高空间测序技术的临床实用性，识别与表型相关的空间肿瘤微环境特征	肿瘤微环境（TME）	数字病理学	泛癌	空间转录组学（ST）、RNA-seq	NA	空间测序数据、RNA测序数据	多种肿瘤ST数据集
1853	2025-07-25	Integrin β1 activity controls colony morphology during human pluripotent stem cell state transitions 2025-Jul-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102538 PMID:40541174	研究论文	研究整合素β1在调控人类诱导多能干细胞（hiPSC）从初始态到启动态转变过程中对集落形态的影响	揭示了整合素β1在调控多能干细胞状态转变中的新作用，并展示了整合素抑制剂如何帮助在体外精确调控hiPSC的功能和特性	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响	探究整合素β1在调控人类诱导多能干细胞状态转变中的作用	人类诱导多能干细胞（hiPSC）	干细胞生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
1854	2025-07-25	spRefine Denoises and Imputes Spatial Transcriptomics with a Reference-Free Framework Powered by Genomic Language Model 2025-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.22.649977 PMID:40631230	研究论文	介绍了一个名为spRefine的深度学习框架，利用基因组语言模型对空间转录组数据进行去噪和插补	spRefine是一个无需参考框架的深度学习模型，能够联合去噪和插补空间转录组数据，并提高数据整合的鲁棒性	未明确提及具体限制	克服空间转录组数据的高噪声和缺失基因测量问题，提高数据质量和分析准确性	空间转录组数据	空间转录组学	NA	基因组语言模型	深度学习框架	空间转录组数据	不同规模的数据集
1855	2025-07-25	PROFET Predicts Continuous Gene Expression Dynamics from scRNA-seq Data to Elucidate Heterogeneity of Cancer Treatment Responses 2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.662030 PMID:40631077	研究论文	开发了一个名为PROFET的计算框架，用于从稀疏采样的单细胞RNA测序数据中重建连续的、非线性的单细胞基因表达轨迹	PROFET采用了一种新颖的Lipschitz正则化梯度流方法和神经力匹配技术，首次实现了从静态快照数据中推断连续的单细胞表达轨迹	方法在合成数据上开发，虽然在小鼠和人类数据集上进行了验证，但可能仍需更多真实世界数据的进一步验证	研究旨在解决单细胞RNA测序无法追踪连续基因表达动态变化的问题，并解析癌症治疗反应中的异质性	激素受体阳性乳腺癌细胞对CDK4/6抑制剂palbociclib的治疗反应	计算生物学	乳腺癌	scRNA-seq, 神经力匹配	PROFET框架(基于Lipschitz正则化梯度流和神经力匹配)	单细胞RNA测序数据	合成数据、小鼠和人类数据集(具体数量未明确说明)
1856	2025-07-25	HMBOX1 reverses autophagy mediated 5-fluorouracil resistance through promoting HACE1-induced ubiquitination and degradation of ATG5 in colorectal cancer 2025-07, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2025.2477443 PMID:40126194	研究论文	本研究揭示了转录因子HMBOX1通过促进HACE1诱导的ATG5泛素化和降解，逆转自噬介导的5-氟尿嘧啶耐药性，从而增强结直肠癌对化疗的敏感性	首次发现HMBOX1通过调控HACE1介导的ATG5泛素化降解途径抑制自噬，进而逆转5-FU耐药性	研究主要基于体外实验和临床样本分析，缺乏动物模型验证	探索结直肠癌化疗耐药性的分子机制并寻找潜在治疗靶点	结直肠癌细胞及患者组织样本	肿瘤生物学	结直肠癌	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组化、质谱蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	结直肠癌耐药细胞系及患者组织样本（具体数量未明确说明）
1857	2025-07-25	M2 Macrophage-Derived Extracellular Vesicles Reprogram Immature Neutrophils into Anxa1hi Neutrophils to Enhance Inflamed Bone Regeneration 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416159 PMID:40277454	研究论文	本研究揭示了M2巨噬细胞来源的细胞外囊泡（M2-EVs）在减轻牙周炎引起的骨丢失中的关键作用，并发现了一种具有修复特性的Anxa1中性粒细胞亚群	发现了M2-EVs通过干扰中性粒细胞成熟轨迹，促进Anxa1修复亚群的分化，从而增强炎症骨再生	未明确M2-EVs的具体作用机制及Anxa1中性粒细胞亚群在其他炎症模型中的适用性	探究M2巨噬细胞与中性粒细胞的相互作用对炎症骨再生的影响	牙周组织中的M2巨噬细胞和中性粒细胞	免疫学	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1858	2025-07-25	Gas Bubbles from Biodegradable Magnesium Implants Convey Mechanical Cues and Promote Immune Cell Stimulation 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503123 PMID:40349156	研究论文	研究生物可降解镁植入物产生的气泡对周围组织和细胞行为的影响	揭示了镁植入物降解产生的气泡通过机械和炎症途径影响组织愈合的复杂局部反应	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证	探究镁植入物降解产生的气泡对周围组织和细胞行为的生物学影响	大鼠的软组织和免疫细胞	生物医学工程	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
1859	2025-07-25	Single-cell and spatial transcriptome analysis revealed cellular heterogeneity of glycosyltransferases in cervical cancer, and identified GALNT3-negative epithelial cells as a protective factor: a retrospective cohort study based on public database 2025-07-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002520 PMID:40387729	研究论文	结合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，研究糖基转移酶在宫颈癌中的作用，发现GALNT3阴性上皮细胞是保护性因素	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，系统分析糖基转移酶在宫颈癌中的异质性，并鉴定GALNT3阴性上皮细胞为保护性因素	基于公共数据库的回顾性研究，样本来源和数量可能受限	探究糖基转移酶在宫颈癌发展中的作用及其临床意义	宫颈癌上皮细胞	数字病理	宫颈癌	scRNA-seq, stRNA-seq	NA	RNA测序数据	公共数据库中的回顾性队列数据
1860	2025-07-25	Evaluation of tumor pseudocapsule using computed tomography-based radiomics in pancreatic neuroendocrine tumors to predict prognosis and guide surgical strategy: a cohort study 2025-07-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002511 PMID:40395025	研究论文	本研究通过基于计算机断层扫描的放射组学评估胰腺神经内分泌肿瘤的假包膜状态，以预测预后并指导手术策略	结合放射组学和机器学习术前识别假包膜状态，为小肿瘤的手术策略提供依据	研究样本来自单一医疗中心，可能影响结果的普遍性	评估假包膜状态以预测胰腺神经内分泌肿瘤的预后和手术合理性	胰腺神经内分泌肿瘤患者	数字病理	胰腺神经内分泌肿瘤	scRNA-seq, 放射组学	机器学习	影像数据	475例胰腺神经内分泌肿瘤患者