单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1841 - 1860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1841 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics of retinoblastoma: a visual window on intra-patient heterogeneity
2025-Sep-02, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14814-5
PMID:40898088
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析视网膜母细胞瘤的组织学异质性，首次实现相邻分子亚型的空间定位 | 首次在视网膜母细胞瘤中实现分子亚型1和2的相邻空间定位，揭示组织学特征与分子谱的强相关性 | 仅分析单个病例样本，样本量有限，需要更多病例验证 | 探索视网膜母细胞瘤的组织学异质性与分子亚型的关系 | 视网膜母细胞瘤患者眼球切除标本中的不同分化区域 | 空间转录组学 | 视网膜母细胞瘤 | 空间转录组学，免疫组织化学 | 聚类分析 | 空间转录组数据，组织图像 | 1例原发性视网膜母细胞瘤病例，16个感兴趣区域 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1842 | 2025-10-06 |
A single-cell transcriptome atlas of pig skin reveals cellular heterogeneity from embryonic development to postnatal aging
2025-Sep-02, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02390-w
PMID:40898171
|
研究论文 | 构建了涵盖10个发育阶段的猪皮肤单细胞转录组图谱，揭示了从胚胎发育到出生后衰老的细胞异质性变化 | 首次在猪皮肤中构建从胚胎期到老年期的完整单细胞图谱，发现新型AUTS2⁺成纤维细胞亚型及其神经调节功能 | 研究主要基于猪模型，人类直接适用性需要进一步验证 | 解析皮肤从胚胎发育到衰老过程中的细胞动态变化和分子机制 | 荣昌猪皮肤组织 | 单细胞组学 | 皮肤衰老 | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹分析，跨物种比较分析 | 单细胞转录组数据 | 443,529个细胞，涵盖胚胎第56天至出生后7年共10个发育阶段 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1843 | 2025-10-06 |
Mapping T cell dynamics to molecular profiles through behavior-guided transcriptomics
2025-Sep, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01126-4
PMID:39930061
|
研究论文 | 开发了一种将T细胞活体成像数据与单细胞转录组学整合的方法，用于分析动态T细胞行为相关的基因程序 | 将BEHAV3D活体成像平台与单细胞RNA测序相结合，创建了行为引导转录组学(BGT)方法，能够关联T细胞动态行为与分子特征 | 需要使用者具备基本的细胞培养、成像和编程技能，实验周期较长（一个月） | 开发整合T细胞动态行为与转录组分析的方法，识别功能性T细胞的生物标志物 | 患者来源的肿瘤类器官(PDO)与工程化T细胞的共培养体系 | 单细胞分析 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 活体成像, 荧光激活细胞分选 | BEHAV3D平台, 计算机模拟 | 图像数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 活体成像 | NA | BEHAV3D三维活体成像平台 |
| 1844 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome analysis profiles cellular and molecular alterations in aortic tissue from patients with Behçet's syndrome
2025-Sep-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keaf252
PMID:40372706
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析白塞综合征患者主动脉组织的细胞和分子变化 | 首次在单细胞水平揭示白塞综合征患者主动脉组织的细胞组成变化和细胞间通讯异常 | 样本量较小（仅3例患者和3例对照），需更大样本验证 | 分析白塞综合征患者主动脉组织中不同细胞亚群的表达谱、表型、功能和细胞间通讯 | 白塞综合征患者和动脉粥样硬化患者的主动脉组织 | 数字病理学 | 白塞综合征 | 单细胞RNA测序 | Seurat, Harmony, CellChat | 单细胞转录组数据 | 6例参与者（3例白塞综合征，3例动脉粥样硬化） | SeekOne | 单细胞RNA测序 | SeekOne® MM High Flux Single Cell Transcriptome Kit V4.1 | SeekOne® MM高通量单细胞转录组试剂盒V4.1 |
| 1845 | 2025-10-06 |
LaGrACE: estimating gene program dysregulation with latent regulatory network
2025-Sep, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-025-00115-3
PMID:40588571
|
研究论文 | 提出了一种名为LaGrACE的新方法，用于结合组学数据和临床信息评估基因程序的失调情况 | 开发了能够整合组学数据和临床信息来估计基因程序失调的新方法，并在单细胞分辨率下有效识别药物反应信号 | NA | 开发评估基因程序失调的方法以增强疾病亚群中分子机制的发现 | 合成数据、bulk RNA-seq临床数据集（乳腺癌、慢性阻塞性肺疾病）和单细胞RNA-seq药物扰动数据集 | 机器学习 | 乳腺癌,慢性阻塞性肺疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 潜在调控网络模型 | 基因表达数据, 临床数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1846 | 2025-10-06 |
A semi-supervised Bayesian approach for marker gene trajectory inference from single-cell RNA-seq data
2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf454
PMID:40802529
|
研究论文 | 提出了一种名为BayesTraj的半监督贝叶斯框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断标记基因轨迹 | 将轨迹推断从无监督学习转变为半监督学习，整合谱系拓扑和标记基因表达的先验知识，通过概率混合模型和参数函数捕获基因动态 | 未明确说明方法对特定类型数据或实验条件的适用性限制 | 从静态单细胞转录组数据中准确推断细胞发育轨迹和命运转换 | 单细胞RNA测序数据中的细胞发育轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯概率模型，Hamiltonian Monte Carlo | 单细胞转录组数据 | 模拟数据集和真实数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1847 | 2025-10-06 |
Comprehensive in silico analyses of keratin heterodimerisation
2025-Aug-29, European journal of cell biology
IF:4.5Q2
DOI:10.1016/j.ejcb.2025.151513
PMID:40912191
|
研究论文 | 通过计算生物学方法系统研究角蛋白异源二聚化的配对偏好性和分子基础 | 开发了整合AlphaFold Multimer建模、VoroIF-GNN界面质量评估和相互作用能计算的高通量计算流程 | 主要依赖计算预测，实验验证相对有限 | 阐明角蛋白异源二聚化的结构原理和配对机制 | 角蛋白异源二聚体和波形蛋白同源二聚体 | 计算生物学 | NA | AlphaFold Multimer建模、VoroIF-GNN评估、相互作用能计算、结构比较 | AlphaFold Multimer、图神经网络 | 蛋白质结构数据、空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1848 | 2025-10-06 |
Hair follicle epithelial stem cells contribute to interfollicular epidermis during homeostasis
2025-Aug-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.193496
PMID:40627455
|
研究论文 | 本研究揭示了毛囊KROX20标记的干细胞群体在稳态期间对毛囊间表皮的贡献 | 首次发现KROX20转录因子标记的毛囊干细胞可迁移至毛囊间表皮并参与表皮稳态调控 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类皮肤中验证 | 探究毛囊干细胞在表皮稳态维持中的作用机制 | 小鼠毛囊干细胞和毛囊间表皮 | 发育生物学 | NA | 谱系追踪, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1849 | 2025-10-06 |
Bridging the gap of late-gestation nephrogenesis using a non-human primate model
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.18.670897
PMID:40894529
|
研究论文 | 本研究利用非人灵长类动物模型探索晚期妊娠肾单位生成机制 | 首次在恒河猴中发现晚期妊娠特有的分化肾单位祖细胞谱系分支，揭示了WNT和SEMA信号通路成分在侧支肾单位生成期间的组成变化 | 研究样本量有限，且依赖于公共数据库的人类数据整合 | 阐明晚期妊娠肾单位生成的分子机制 | 恒河猴胎儿肾脏细胞和人类胎儿肾脏细胞 | 发育生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, RNAScope验证 | NA | 单细胞转录组数据 | 9个恒河猴胎儿肾脏样本和8个人类胎儿肾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1850 | 2025-10-06 |
Single-cell spatial transcriptomics unravels the cellular landscape of abdominal aortic aneurysm
2025-Aug-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.190534
PMID:40857411
|
研究论文 | 本研究利用超高分辨率空间转录组技术解析腹主动脉瘤的细胞空间景观 | 首次应用Seq-Scope超高分辨率空间转录组技术揭示腹主动脉瘤中细胞类型的空间异质性，发现GPNMB高表达巨噬细胞通过CD44信号通路诱导平滑肌细胞表型转换的新机制 | 研究基于小鼠模型，需要在人类样本中进一步验证 | 解析腹主动脉瘤微环境中的细胞空间组织和分子机制 | Apoe-/-小鼠的腹主动脉瘤组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,免疫荧光染色 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | Seq-Scope | Seq-Scope超高分辨率空间转录组技术 |
| 1851 | 2025-10-06 |
Cytoplasmic dynamics are overlooked in single nuclei RNA-seq but can be rescued by CytoRescue, a generative AI model to recover cytoplasm enriched gene
2025-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.15.670239
PMID:40894560
|
研究论文 | 开发了一种名为CytoRescue的生成式AI模型，用于恢复单核RNA测序数据中被削弱的细胞质富集基因表达信号 | 首次提出专门针对单核RNA测序数据中细胞质信号恢复的生成式AI模型，能够有效恢复细胞质富集基因的表达 | 未明确说明模型在哪些特定组织类型或条件下的适用性限制 | 解决单核RNA测序技术中细胞质信号缺失的根本限制，增强其转录组分析的全面性 | 单核RNA测序数据中的细胞质富集基因 | 机器学习 | 肺癌 | 单核RNA测序，生成式AI | 生成式AI模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 1852 | 2025-10-06 |
Macrophages drive a fibrogenic gene program of periductal fibroblasts in pediatric primary sclerosing cholangitis
2025-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.14.670195
PMID:40894696
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示巨噬细胞通过细胞间通讯驱动小儿原发性硬化性胆管炎中胆管周围成纤维细胞的纤维化基因程序 | 首次整合空间转录组学、批量RNA测序和蛋白质组学揭示巨噬细胞与肝星状细胞在PSC胆管周围纤维化中的特异性相互作用网络 | 研究样本主要来自儿科患者，结果在成人PSC中的普适性需要进一步验证 | 阐明原发性硬化性胆管炎中胆管周围纤维化的细胞相互作用机制 | 小儿原发性硬化性胆管炎患者的肝组织样本和血浆样本 | 空间生物学 | 原发性硬化性胆管炎 | MERSCOPE空间转录组学, 批量RNA-seq, SomaScan蛋白质组学 | NA | 空间转录组数据, 批量RNA测序数据, 蛋白质组数据 | 包含早期和晚期PSC患者以及自身免疫性肝炎患者的肝组织和血浆样本 | Vizgen, Illumina, SomaLogic | 空间转录组学, 批量RNA-seq, 蛋白质组学 | MERSCOPE, NovaSeq, SomaScan | MERSCOPE空间转录组技术用于细胞定位分析，批量RNA-seq用于基因表达验证，SomaScan用于血浆蛋白检测 |
| 1853 | 2025-10-06 |
Spatial and multi-omic profiling reveals genes and pathways associated with cytotoxic lymphocyte infiltration in malignant rhabdoid tumor
2025-Aug-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7303174/v1
PMID:40894019
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和多组学分析揭示恶性横纹肌样瘤中细胞毒性淋巴细胞浸润的相关基因和通路 | 首次结合空间转录组学和多组学技术系统分析MRT肿瘤免疫微环境特征，发现候选肿瘤抗原多样性、抗原加工呈递基因上调与'热'肿瘤免疫微环境的强关联 | 样本量有限，未明确说明具体样本数量；部分基因名称在摘要中未完整呈现 | 探究恶性横纹肌样瘤中免疫细胞浸润的分子机制和特征 | 恶性横纹肌样瘤样本 | 空间转录组学 | 恶性横纹肌样瘤 | 空间转录组学, 多组学分析 | NA | 空间转录组数据, 多组学数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 1854 | 2025-10-06 |
Systematic characterization of cell type-specific master metabolic regulators in Alzheimer's disease
2025-Aug-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7207381/v1
PMID:40894034
|
研究论文 | 本研究开发了scFUMES算法，系统性地识别了阿尔茨海默病中细胞类型特异性的主要代谢调控因子 | 开发了整合多组学数据的scFUMES算法，首次在细胞类型特异性水平系统揭示了AD中的主要代谢调控因子及其网络基础 | 研究主要基于计算预测，实验验证相对有限，需要更多功能研究确认调控机制 | 揭示阿尔茨海默病中细胞类型特异性的代谢调控网络和主要代谢调控因子 | 人脑组织中的神经元、小胶质细胞等脑细胞类型 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 相互作用组学, 基因组学, 转录组学, 代谢组学 | scFUMES算法 | 多组学数据 | 来自大型人脑生物样本库的样本，涉及中颞回和背外侧前额叶皮层两个AD易感区域 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学整合分析 | NA | NA |
| 1855 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveals distinct cell type dynamics following opioid dependence in mice with the common human variant in the μ-opioid receptor, Oprm1 A118G
2025-Aug-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7199524/v1
PMID:40894067
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示了携带人类μ-阿片受体A118G变体的小鼠在阿片依赖后不同细胞类型的动态变化 | 首次结合空间转录组学系统评估A118G变异对阿片依赖中细胞动态的影响，发现神经胶质细胞而非神经元功能障碍在遗传风险中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，人类样本验证尚需进行；A118G变异的确切分子机制仍未完全阐明 | 探究μ-阿片受体A118G基因变异如何影响阿片依赖风险的神经生物学机制 | 携带人类Oprm1 A118G变体的小鼠模型 | 空间转录组学 | 阿片使用障碍 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 阿片暴露小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1856 | 2025-10-06 |
TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice
2025-Aug-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006
PMID:40609533
|
研究论文 | 本研究发现TET2突变的克隆性造血可通过外周髓系细胞浸润减轻阿尔茨海默病进展 | 首次揭示TET2特异性突变（而非其他CH驱动因子）对AD的保护作用，并阐明其通过增强髓系细胞脑内浸润和吞噬功能的机制 | 研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据，人类直接证据有限 | 探究克隆性造血与阿尔茨海默病的相互作用机制 | TET2突变髓系细胞、AD小鼠模型、人诱导多能干细胞衍生小胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序，iPSC分化，骨髓移植 | 小鼠AD模型 | 基因测序数据，行为学数据，病理学数据 | UK Biobank人群数据，小鼠实验模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1857 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomic Changes in Patient-Derived Glioma and U87 Glioblastoma Cell Cultures Infected with the Oncolytic Virus VV-GMCSF-Lact
2025-07-20, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26146983
PMID:40725231
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析溶瘤病毒VV-GMCSF-Lact感染人胶质瘤细胞后的转录组变化 | 首次在单细胞水平比较患者来源胶质瘤细胞、非恶性脑细胞和U87胶质母细胞瘤细胞对溶瘤病毒的转录反应 | 研究仅针对特定溶瘤病毒株VV-GMCSF-Lact，未与其他病毒疗法比较 | 探究溶瘤病毒治疗胶质瘤的细胞特异性反应机制 | 患者来源胶质瘤细胞、非恶性脑细胞、U87胶质母细胞瘤细胞系 | 单细胞转录组学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 患者来源胶质瘤细胞培养物和U87细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1858 | 2025-10-06 |
Chronic Alcohol Consumption Enhances the Differentiation Capacity of Hematopoietic Stem and Progenitor Cells into Osteoclast Precursors
2025-Jul-17, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.06.010
PMID:40683559
|
研究论文 | 本研究探讨慢性酒精消费如何增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体分化的能力 | 首次在非人灵长类动物模型中揭示慢性酒精消费通过改变HSPCs的分化倾向促进破骨细胞生成的新机制 | 研究仅使用恒河猴模型，未在人类样本中验证 | 探究慢性酒精消费对骨代谢失衡的影响机制 | 恒河猴造血干细胞和祖细胞及其分化产物 | 单细胞组学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序,光谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 恒河猴模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1859 | 2025-10-06 |
Inflammatory, Functional, and Compositional Changes of the Uterine Immune Microenvironment in a Lymphangioleiomyomatosis Mouse Model
2025, Journal of cellular immunology
DOI:10.33696/immunology.7.227
PMID:40893807
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术探究淋巴管平滑肌瘤病小鼠模型中子宫免疫微环境的炎症、功能和组成变化 | 首次在子宫特异性Tsc2基因敲除小鼠模型中揭示子宫自然杀伤细胞功能失调促进LAMCore细胞肺转移的新机制 | 研究基于小鼠模型，在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究淋巴管平滑肌瘤病中子宫免疫微环境变化与肿瘤细胞转移的关系 | 子宫特异性Tsc2基因敲除小鼠模型中的子宫免疫细胞 | 单细胞生物学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 单细胞RNA测序, ELISA, 流式细胞术, 免疫组化, 功能实验 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 蛋白质浓度数据, 细胞表型数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1860 | 2025-10-06 |
Deciphering cellular heterogeneity and pathway dynamics in urinary samples: a UMAP-Based approach to understanding acute kidney injury
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1573469
PMID:40900831
|
研究论文 | 本研究通过UMAP分析尿液单细胞RNA测序数据，揭示急性肾损伤中的细胞异质性和ECM相关通路变化 | 首次在AKI尿液样本中应用UMAP分析细胞异质性，并发现MAPK1在ECM通路中的关键调控作用 | 使用公开数据集，样本量有限，需要进一步实验验证临床意义 | 探索急性肾损伤尿液样本中的细胞组成和基因表达模式 | AKI和非AKI患者的尿液单核细胞 | 单细胞基因组学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序 | UMAP | 单细胞基因表达数据 | 公开数据集GSE180595中的AKI和非AKI患者尿液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |