单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1841 - 1860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1841 | 2025-10-06 |
Uncovering key biomarkers, potential therapeutic targets and development of deep learning model in heart failure
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0330780
PMID:40901835
|
研究论文 | 通过生物信息学分析和深度学习模型识别心力衰竭的关键生物标志物和潜在治疗靶点 | 结合多种生物信息学方法识别出四个关键基因，并首次开发基于卷积神经网络的诊断模型 | 基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证 | 探索心力衰竭的分子机制并开发诊断模型 | 心力衰竭相关基因表达数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 基因表达分析, 单细胞RNA测序, 分子对接 | CNN | 基因表达数据 | 公共数据库中的心力衰竭相关样本 | NA | 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | NA | NA |
| 1842 | 2025-10-06 |
Multi-Omics Integration with Machine Learning and Molecular Docking Reveals Crosstalk Mechanisms and Drug Candidates in Metastatic Melanoma and Vitiligo
2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology
DOI:10.2147/CCID.S533281
PMID:40904412
|
研究论文 | 本研究通过多组学整合与机器学习方法揭示了转移性黑色素瘤与白癜风之间的相互作用机制并筛选潜在治疗药物 | 首次系统阐明转移性黑色素瘤与白癜风之间的遗传互作机制，建立基于枢纽基因的预后模型并筛选靶向治疗化合物 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证 | 阐明转移性黑色素瘤与白癜风的相互作用机制并开发个性化治疗方案 | 转移性黑色素瘤和白癜风相关基因及患者数据 | 机器学习 | 黑色素瘤,白癜风 | 差异表达分析,WGCNA,单细胞RNA测序,分子对接 | 机器学习算法,AUCell算法,CellChat分析 | 基因表达数据,单细胞数据 | 来自GEO和TCGA数据库的公共数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1843 | 2025-10-06 |
Exploring immunological alterations of B cells in peripheral immunity via single-cell RNA sequencing: insights into primary membranous nephropathy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1622395
PMID:40904455
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序探索原发性膜性肾病患者外周免疫中B细胞的免疫学改变 | 首次在单细胞水平揭示PMN患者B细胞的异质性和功能多样性，发现亚群0浆细胞和B10调节性B细胞在疾病发病机制中的独特作用 | 样本量较小（6例患者和3例健康对照），需要更大规模研究验证发现 | 探索原发性膜性肾病中B细胞的免疫致病机制 | 原发性膜性肾病患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例PMN患者和3例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1844 | 2025-10-06 |
From trash to treasure: tumor draining lymph nodes as a multi-omics goldmine in cancer therapy
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1636942
PMID:40904508
|
综述 | 探讨肿瘤引流淋巴结在癌症治疗中的双重角色及其多组学研究价值 | 提出“淋巴结多模态保护研究(LNMPR)”概念，强调通过整合空间转录组学、单细胞分析等多组学技术解析淋巴结免疫动态 | NA | 系统梳理肿瘤引流淋巴结生物学功能的演变历程及其在癌症治疗中的临床意义 | 肿瘤引流淋巴结(TDLNs) | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 空间转录组学, 单细胞分析, 成像技术 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | NA |
| 1845 | 2025-10-06 |
SPINK1 facilitates tumor progression via the EGFR/JAK/STAT3 axis in oral squamous cell carcinoma: insights from single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1585277
PMID:40904507
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示SPINK1通过EGFR/JAK/STAT3轴促进口腔鳞状细胞癌进展的分子机制 | 首次在单细胞水平阐明SPINK1在OSCC中的双重作用机制，包括肿瘤发生和免疫调节功能 | 未明确说明样本数量和具体实验平台细节 | 阐明SPINK1在口腔鳞状细胞癌中的功能作用和分子机制 | 口腔鳞状细胞癌组织和细胞系 | 单细胞转录组学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, qPCR, 免疫印迹, 功能获得和缺失实验 | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1846 | 2025-10-06 |
An immune-focused supplemental alignment pipeline captures information missed from dominant single-cell RNA-seq analyses, including allele-specific MHC-I regulation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1596760
PMID:40861433
|
研究论文 | 开发了一种名为nimble的补充比对工具，用于捕获传统单细胞RNA-seq分析中遗漏的免疫相关信息 | 通过自定义基因空间和可定制评分标准，能够恢复标准分析中丢失的复杂免疫基因数据，包括等位基因特异性MHC-I调控 | NA | 提高单细胞RNA-seq数据分析的准确性和完整性，特别关注免疫相关基因 | 单细胞RNA-seq数据中的免疫基因表达，包括主要组织相容性复合体和杀伤细胞免疫球蛋白样受体 | 生物信息学 | 结核病 | 单细胞RNA-seq, 伪比对 | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1847 | 2025-10-06 |
Single-cell analyses reveal that monocyte gene expression profiles influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts
2024-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.12.623270
PMID:39605411
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析发现单核细胞基因表达谱影响急性治疗队列中HIV-1病毒库大小 | 首次通过无偏倚高通量单细胞RNA测序揭示单核细胞基因表达与HIV-1病毒库大小的负相关关系 | 样本量相对有限，需要更大规模研究验证 | 研究宿主基因表达差异是否调节抑制性ART期间HIV-1病毒库大小 | 急性感染期开始ART治疗的HIV-1感染者外周血单核细胞 | 单细胞基因组学 | 艾滋病 | 单细胞RNA测序，完整前病毒DNA检测 | NA | 单细胞基因表达数据 | 14名主要队列参与者 + 38名独立验证队列参与者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1848 | 2025-10-06 |
Liquid Biopsy for Proliferative Diabetic Retinopathy: Single-Cell Transcriptomics of Human Vitreous Reveals Inflammatory T-Cell Signature
2024 Nov-Dec, Ophthalmology science
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.xops.2024.100539
PMID:39220810
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析增生性糖尿病视网膜病变患者玻璃体液，揭示炎症性T细胞特征 | 首次在疾病状态下对人类玻璃体进行单细胞转录组表征，发现PDR玻璃体主要由T细胞组成 | 样本量较小（5例患者6只眼睛），为病例系列研究 | 通过阐明PDR患者玻璃体的单细胞图谱，识别可靶向的细胞类型和相应信号通路 | 接受玻璃体切除术的PDR患者的玻璃体和外周血样本 | 数字病理 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5例成人患者（6只眼睛）的玻璃体细胞和外周血单核细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | Chromium 10x | 基于液滴的单细胞RNA测序平台 |
| 1849 | 2025-10-06 |
MultiSC: a deep learning pipeline for analyzing multiomics single-cell data
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae492
PMID:39376034
|
研究论文 | 提出了一种名为MultiSC的深度学习流程，用于分析多组学单细胞数据 | 开发了首个能够有效整合三种组学数据（基因表达、染色质可及性、转录因子蛋白表达）的多组学单细胞分析流程 | NA | 解决多组学单细胞数据整合分析工具缺乏的问题 | 多组学单细胞数据 | 机器学习 | NA | NEAT-seq | 多模态约束自编码器, 矩阵分解模型, 多元线性回归 | 多组学数据（基因表达、染色质可及性、蛋白表达） | NA | NA | 单细胞多组学测序 | NA | NA |
| 1850 | 2025-10-06 |
The choroid plexus synergizes with immune cells during neuroinflammation
2024-Sep-05, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.07.002
PMID:39089253
|
研究论文 | 本研究通过活体双光子成像和单细胞转录组学揭示了脉络丛在神经炎症中与免疫细胞协同作用的机制 | 首次发现脉络丛上皮细胞会短暂特化以滋养免疫细胞，并协调其招募、存活和分化，同时调控紧密连接以控制血脑屏障通透性 | 研究使用LPS诱导的脑膜炎小鼠模型，可能与人类疾病存在物种差异 | 阐明脉络丛在神经炎症调控中的分子机制 | 清醒小鼠的脉络丛组织和免疫细胞 | 神经科学 | 脑膜炎 | 纵向双光子成像, 单细胞转录组学 | LPS诱导的脑膜炎小鼠模型 | 影像数据, 转录组数据 | 未明确样本数量的小鼠实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1851 | 2025-10-06 |
HA-1-targeted T-cell receptor T-cell therapy for recurrent leukemia after hematopoietic stem cell transplantation
2024-09-05, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024024105
PMID:38683966
|
研究论文 | 本研究评估了靶向HA-1抗原的T细胞受体T细胞疗法在造血干细胞移植后复发白血病患者中的安全性和可行性 | 首次开发针对次要组织相容性抗原HA-1的TCR-T疗法用于移植后白血病复发治疗 | 研究样本量较小（9例患者），且非为评估疗效而设计 | 评估HA-1 TCR-T细胞疗法在造血干细胞移植后复发白血病患者中的可行性和安全性 | 造血干细胞移植后复发白血病和髓系肿瘤患者 | 细胞治疗 | 白血病 | 单细胞RNA测序，T细胞受体基因转移 | NA | 临床数据，单细胞RNA测序数据 | 9例造血干细胞移植受者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1852 | 2025-10-06 |
A randomized, placebo-controlled trial of the BTK inhibitor zanubrutinib in hospitalized patients with COVID-19 respiratory distress: immune biomarker and clinical findings
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1369619
PMID:39906744
|
研究论文 | 评估布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂赞布替尼对COVID-19呼吸窘迫住院患者的免疫生物标志物和临床疗效的随机对照试验 | 首次在COVID-19患者中评估新一代BTK抑制剂赞布替尼对免疫反应和临床结局的影响，并采用单细胞转录组分析揭示其免疫调节机制 | 大多数患者同时接受类固醇和抗病毒治疗可能影响结果，队列2样本量过小（仅4例），临床恢复指标未显示显著改善 | 评估BTK抑制剂赞布替尼在SARS-CoV-2感染伴呼吸窘迫患者中的安全性和有效性 | COVID-19住院患者（无需机械通气或机械通气≤24小时） | 临床医学 | COVID-19 | 单细胞转录组分析，血清学检测 | NA | 临床数据，实验室检测数据，转录组数据 | 队列1：63例患者（赞布替尼30例，安慰剂33例）；队列2：4例患者 | NA | NA | NA | NA |
| 1853 | 2025-10-06 |
Organelle symphony: Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 and nuclear factor-kappa B in stroke pathobiology
2026-Apr-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01404
PMID:40146002
|
综述 | 本文综述了核因子E2相关因子2和核因子κB在卒中病理生物学中的作用机制 | 重点探讨了两种关键转录因子在卒中中通过细胞器互作调控氧化应激和炎症的机制，并引入单细胞测序等新技术视角 | 作为综述文章，未涉及原始实验数据验证 | 阐明Nrf2和NF-κB在缺血性和出血性卒中中的分子机制及相互作用 | 卒中相关的转录因子信号通路及细胞器功能 | 分子病理学 | 卒中 | 单细胞测序、空间转录组学 | NA | 文献资料 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 1854 | 2025-09-06 |
RNA-seq dataset of the estrogen-dependent regulation of the transcriptome in mouse mammary gland organoids
2025-Oct, Data in brief
IF:1.0Q3
DOI:10.1016/j.dib.2025.111984
PMID:40896136
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序分析雌激素处理的小鼠乳腺类器官转录组，揭示雌激素信号通路对乳腺上皮基因的调控作用 | 首次利用乳腺类器官模型结合bulk mRNA-seq技术系统研究雌激素依赖性转录组调控，为单细胞水平研究提供基础数据 | 仅使用bulk RNA-seq技术，未能解析细胞异质性；研究局限于小鼠模型，需进一步验证人体相关性 | 探究雌激素信号通路对乳腺上皮细胞转录组的特异性调控机制 | 小鼠乳腺上皮类器官 | 转录组学 | 乳腺癌 | RNA-seq, next-generation sequencing | DESeq2 | RNA测序数据 | 雌激素处理的成熟小鼠乳腺类器官（11天处理周期） | NA | NA | NA | NA |
| 1855 | 2025-09-06 |
Combined endurance and resistance exercise training alters the spatial transcriptome of skeletal muscle in young adults
2025-Sep-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113301
PMID:40894879
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术结合免疫荧光和计算方法，解析了联合耐力与抗阻运动训练对人类骨骼肌肌纤维和单核细胞群体的分子适应机制 | 首次采用空间转录组学技术揭示运动诱导的肌纤维类型特异性基因表达变化，并结合单细胞RNAseq数据发现间质细胞群体与血管生成相关的运动诱导转变 | 研究样本仅限于年轻成年人，未涵盖其他年龄组或特殊人群 | 全面分析联合耐力与抗阻运动训练引起的骨骼肌分子变化 | 人类骨骼肌组织中的肌纤维和单核细胞群体 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学、免疫荧光、单细胞RNAseq | 计算方法（未指定具体模型） | 空间转录组数据、单细胞RNAseq数据、图像数据 | 年轻成年人骨骼肌样本（具体数量未明确说明） | NA | NA | NA | NA |
| 1856 | 2025-09-06 |
MEK inhibition prevents human skin graft rejection by promoting CD8+TCF1+ over CD8 effector T cells
2025-Sep-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113310
PMID:40894910
|
研究论文 | 本研究探讨MEK抑制剂trametinib通过调节CD8+T细胞分化延缓人类皮肤移植排斥反应的机制 | 首次在人类移植模型中揭示MEK抑制剂通过促进CD8+TCF1+干细胞样T细胞积累而非减少移植物浸润来延长移植物存活 | 研究基于NSG小鼠重建模型，可能无法完全模拟人类体内免疫环境 | 评估MEK抑制剂在器官移植中的免疫调节作用 | 人类皮肤移植模型和重建的免疫系统 | 移植免疫学 | 移植排斥 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用NSG小鼠重建第三方人类PBMCs的皮肤移植模型 | NA | NA | NA | NA |
| 1857 | 2025-09-06 |
Screening, Validation, and Machine Learning-Based Evaluation of Serum Protein Biomarkers for Esophageal Squamous Cell Carcinoma Based on Single-Cell Subtype-Specific Genes
2025-Sep-05, Journal of proteome research
IF:3.8Q1
DOI:10.1021/acs.jproteome.5c00475
PMID:40799020
|
研究论文 | 基于单细胞亚型特异性基因筛选、验证血清蛋白生物标志物，并利用机器学习构建食管鳞状细胞癌诊断模型 | 整合scRNA-seq、蛋白质组学和ELISA技术，利用成纤维细胞和上皮细胞的异质性相关基因开发诊断流程，并构建了交互式网络诊断工具 | 模型在验证集的AUC为0.767，性能有待进一步提升 | 开发食管鳞状细胞癌的早期诊断生物标志物和诊断模型 | 食管鳞状细胞癌患者、高级别上皮内瘤变病例和正常对照 | 数字病理学 | 食管癌 | scRNA-seq, 蛋白质组学, ELISA, 机器学习 | SVM | 蛋白质表达数据 | 344例ESCC患者、46例HGIN病例和390例正常对照 | NA | NA | NA | NA |
| 1858 | 2025-09-06 |
Patient-Derived Organoids from Multiple Sites of a Single Tumor Recapitulates Intratumoral Heterogeneity in Patients with Gastric Cancer
2025-Sep-05, Gut and liver
IF:3.4Q2
DOI:10.5009/gnl250108
PMID:40910272
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学分析胃癌患者单个肿瘤不同部位来源的类器官，评估其重现肿瘤内异质性的能力 | 首次在单肿瘤多部位来源的类器官模型中系统揭示神经内分泌标志物上调和热休克蛋白异质性对免疫应答的影响 | 类器官模型在捕捉肿瘤内异质性方面存在局限，需要更全面的评估方法 | 评估患者来源类器官模型重现胃癌肿瘤内异质性的能力 | 胃癌患者单个肿瘤不同部位来源的类器官 | 肿瘤生物学 | 胃癌 | 单细胞转录组学、免疫组织化学染色 | 患者来源类器官(PDO)模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 单个胃癌肿瘤的多部位采样 | NA | NA | NA | NA |
| 1859 | 2025-09-06 |
Cuproptosis-Related Gene FDX1 Induces Malignant Progression and Immune Suppression in Triple-Negative Breast Cancer
2025-Sep-05, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-025-11242-9
PMID:40911146
|
研究论文 | 本研究探讨铜死亡相关基因FDX1在三阴性乳腺癌中的促癌作用及免疫抑制机制 | 首次发现FDX1通过调控铜死亡途径促进TNBC恶性进展并抑制CD8 T细胞免疫应答 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型，临床样本验证尚不充分 | 阐明FDX1基因在三阴性乳腺癌发生发展中的作用及免疫调控功能 | 三阴性乳腺癌细胞系、CD8 T细胞和小鼠模型 | 癌症生物学 | 三阴性乳腺癌 | scRNA-seq, qPCR, CCK-8, Transwell, CFSE, LDH, ELISA, IHC | NA | 基因表达数据、细胞功能实验数据 | 单细胞RNA测序数据集、体外培养细胞系及小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 1860 | 2025-09-06 |
Spatial Transcriptomics Reveals Transcriptomic and Immune Microenvironment Reprogramming during Thyroid Carcinoma Dedifferentiation
2025-Sep-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202506925
PMID:40908584
|
研究论文 | 利用空间转录组学技术揭示甲状腺癌去分化过程中的转录组和免疫微环境重编程机制 | 首次通过空间转录组测序解析甲状腺癌去分化的时空动态过程，发现PDCD4和TYMP作为关键调控因子并揭示TYMP⁺TAMs在免疫抑制微环境形成中的作用 | 样本量较小（7例样本），需进一步扩大验证 | 阐明甲状腺癌从分化型向未分化型转变的分子机制 | 人甲状腺癌组织样本（包含ATC、PDTC和DTC共存区域） | 空间转录组学 | 甲状腺癌 | 空间转录组测序(spRNAseq), 全外显子测序, inferCNV分析 | 轨迹分析 | 空间转录组数据, 基因组数据 | 7例包含多类型癌区域的组织样本 | NA | NA | NA | NA |