单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28647 篇文献，本页显示第 18561 - 18580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 18561 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals microenvironment context-specific routes for epithelial-mesenchymal transition in pancreas cancer cells
2023-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.30.542969
PMID:37398348
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术探讨胰腺癌细胞在缺氧或生长因子诱导下上皮-间质转化（EMT）的转录基础 | 发现FAT1蛋白在上皮细胞中富集并抑制EMT，以及AXL受体酪氨酸激酶在缺氧条件下与YAP核定位相关，这些发现为胰腺癌治疗提供了新的潜在药物靶点 | 研究主要集中在单细胞RNA测序数据分析，未涉及临床试验验证 | 揭示胰腺癌细胞在不同微环境条件下EMT的特定信号通路 | 胰腺癌细胞在缺氧或生长因子诱导下的上皮-间质转化 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 18562 | 2024-08-05 |
Transcriptome sequencing and single-cell sequencing analysis identify GARS1 as a potential prognostic and immunotherapeutic biomarker for multiple cancers, including bladder cancer
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1169588
PMID:37404826
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研究论文 | 本研究识别GARS1作为多种癌症（包括膀胱癌）的潜在预后和免疫治疗生物标志物 | GARS1在多种癌症中表现出预后价值，并与免疫调节通路紧密相关，未被广泛探索 | GARS1的角色在肿瘤免疫学中的影响仍然未完全理解 | 研究GARS1在多种癌症中的表达及其预后和免疫学影响 | 人类癌症中的GARS1表达及其在膀胱癌细胞中的生物学功能 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 转录组测序和单细胞测序 | NA | mRNA和蛋白表达数据，单细胞数据 | NA |
| 18563 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing reveals tumor heterogeneity and a signature based on NK cell marker genes for predicting prognosis in hepatocellular carcinoma
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1200114
PMID:37397471
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研究论文 | 本文构建了一个基于NK细胞相关基因的肝细胞 carcinoma (HCC) 患者预后预测模型 | 使用NK细胞标记基因作为创新生物标志物进行HCC的预后评估 | NA | 研究旨在评估NK细胞相关基因预测HCC患者预后的可行性 | 以肝细胞癌患者为研究对象 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序 | Cox回归和lasso回归 | 基因表达数据 | 从TCGA数据集中获得数据，涉及161个HCC相关的NK细胞标记基因 |
| 18564 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics and data analyses for prokaryotes-Past, present and future concepts
2023, Advances in applied microbiology
DOI:10.1016/bs.aambs.2023.04.002
PMID:37400172
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研究论文 | 这篇文章探讨了原核生物的单细胞转录组学及其数据分析的过去、现在和未来概念 | 提出了针对细菌的单细胞RNA测序新方法，并讨论了实验与数据分析中面临的挑战 | 在实验工作流程和数据处理分析中仍然存在难题，例如放大过程中引入的偏差 | 研究原核生物单细胞转录组学的应用以及如何优化实验和数据分析 | 主要针对原核生物，尤其是细菌的单细胞mRNA测序 | 数字病理学 | NA | mRNA测序 | NA | NA | NA |
| 18565 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA sequencing of leaf sheath cells reveals the mechanism of rice resistance to brown planthopper (Nilaparvata lugens)
2023, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2023.1200014
PMID:37404541
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术揭示了水稻对褐飞虱的抗性机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术分析了不同水稻细胞类型在抵抗褐飞虱中的作用 | 研究的细胞类型尚不全面，可能遗漏其他相关细胞的作用 | 探讨水稻对褐飞虱的抗性分子机制 | 比较易感和抗性水稻品种的叶鞘细胞反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 共分析了30,000个细胞来自两个水稻品种 |
| 18566 | 2024-08-05 |
Deciphering the contributions of cuproptosis in the development of hypertrophic scar using single-cell analysis and machine learning techniques
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1207522
PMID:37409114
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研究论文 | 本研究探讨了铜诱导细胞死亡在肥厚性瘢痕形成中的作用。 | 通过单细胞分析和机器学习算法，鉴定出新的治疗靶标基因（如ATP7A、ULK1和MTF1）并提出治疗新思路。 | 未提及样本量和具体实验设置的详细信息，可能影响结果的普适性。 | 研究铜诱导细胞死亡在肥厚性瘢痕形成中的潜在作用。 | 主要关注肥厚性瘢痕及相关细胞（如成纤维细胞）。 | 数字病理学 | 肥厚性瘢痕 | 单细胞测序，转录组数据分析，qRT-PCR | 随机森林，支持向量机 | 基因表达数据 | 未提供具体的样本量 |
| 18567 | 2024-08-05 |
Integration analysis of single-cell and spatial transcriptomics reveal the cellular heterogeneity landscape in glioblastoma and establish a polygenic risk model
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1109037
PMID:37397378
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组测序分析了胶质母细胞瘤的细胞异质性，建立了一个多基因风险模型 | 该研究提出了一种基于恶性细胞转变的TPRGRS，通过整合分析bulkRNA-seq和scRNA-seq数据，为胶质母细胞瘤患者提供个性化药物方案的可能性 | 未提及研究的具体局限性 | 探究胶质母细胞瘤中的细胞异质性及其对肿瘤进展的影响 | 胶质母细胞瘤中的恶性细胞亚群体 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 空间转录组测序 (stRNA-seq), bulk RNA测序 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 涉及三个数据集的患者样本 |
| 18568 | 2024-08-05 |
A tricarboxylic acid cycle-based machine learning model to select effective drug targets for the treatment of esophageal squamous cell carcinoma
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1195195
PMID:37383713
|
研究论文 | 本文基于TCA循环相关基因构建了一种预测食管鳞状细胞癌的风险评分模型 | 创新性地将TCA循环基因与食管鳞状细胞癌相关联，并建立预测模型 | 未全面探讨TCA循环在食管鳞状细胞癌中的所有潜在作用 | 研究TCA循环基因在食管鳞状细胞癌中的角色，并预测患者预后 | 食管鳞状细胞癌样本及相关TCA循环基因 | 机器学习 | 食管癌 | 单细胞测序 | Cox回归和Lasso回归模型 | 基因表达数据 | 38类8种细胞类型的单细胞序列数据 |
| 18569 | 2024-08-05 |
Deciphering the role of NETosis-related signatures in the prognosis and immunotherapy of soft-tissue sarcoma using machine learning
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1217488
PMID:37408763
|
研究论文 | 该论文探讨了NETosis相关基因在软组织肉瘤预后和免疫治疗中的作用 | 研究提供了NETosis评分系统以预测免疫治疗反应，展现了个性化治疗的潜力 | 关于NETosis在软组织肉瘤中的作用的研究仍然有限 | 研究NETosis相关基因在软组织肉瘤中的作用及其预后价值 | 使用TCGA和GEO数据库中的大规模队列研究NETosis相关基因 | 机器学习 | 软组织肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO回归和支持向量机递归特征消除（SVM-RFE） | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的大规模样本 |
| 18570 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing highlights the role of PVR/PVRL2 in the immunosuppressive tumour microenvironment in hepatocellular carcinoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1164448
PMID:37383234
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中的免疫抑制作用，特别是PVR/PVRL2轴的作用 | 首次揭示了VCAN+肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）可能经历M2样极化，并发现TIGIT-PVR/PVRL2轴在免疫抑制微环境中的重要作用 | 研究仅限于体外实验，尚未进行临床试验验证 | 深入理解肝细胞癌中肿瘤微环境的异质性和细胞间通讯网络 | 肝细胞癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 35786个未选择的单细胞来自3个肝细胞癌肿瘤和3个匹配的邻近样本 |
| 18571 | 2024-08-07 |
The Regulation Network of Glycerolipid Metabolism as Coregulators of Immunotherapy-Related Myocarditis
2023, Cardiovascular therapeutics
IF:3.4Q2
DOI:10.1155/2023/8774971
PMID:37388276
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和代谢组学分析，研究了免疫疗法相关心肌炎中甘油酯代谢的调控网络 | 首次揭示了线粒体调控的甘油酯代谢在免疫疗法相关心肌炎中的关键作用，特别是DGKZ蛋白的作用 | NA | 探究免疫疗法相关心肌炎中代谢重编程的机制 | 免疫细胞在免疫疗法相关心肌炎中的异质性和代谢网络差异 | NA | 心肌炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS） | NA | RNA序列，代谢组学数据 | Pdcd1-/-Ctla4+/-和野生型小鼠心脏的CD45+单细胞 |
| 18572 | 2024-08-07 |
Impact of Cuproptosis-related markers on clinical status, tumor immune microenvironment and immunotherapy in colorectal cancer: A multi-omic analysis
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.06.011
PMID:37389187
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨了铜死亡相关标记物在结直肠癌中的临床状态、肿瘤免疫微环境和免疫治疗中的作用 | 构建了一种基于铜死亡相关标记物的新型评分系统（CuproScore），用于预测结直肠癌患者的预后、肿瘤微环境及免疫治疗反应 | NA | 探讨铜死亡及其相关生物标志物在结直肠癌中的功能和临床价值 | 结直肠癌中的铜死亡相关标记物及其对临床状态、分子功能和肿瘤微环境的影响 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 多组学分析（转录组学、基因组学和单细胞转录组） | NA | 转录组数据 | 15对结直肠癌组织样本，以及4种结直肠癌细胞系的体外实验 |
| 18573 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of neural stem cells derived from human trisomic iPSCs reveals the abnormalities during neural differentiation of Down syndrome
2023, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2023.1137123
PMID:37396785
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了从唐氏综合征患者和正常对照患者的诱导多能干细胞（iPSCs）分化而来的神经干细胞（NSCs），揭示了唐氏综合征神经分化过程中的异常情况。 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了唐氏综合征神经分化过程中的分子机制异常，特别是发现了一组未能分化为神经干细胞的唐氏综合征iPSCs（DS-iPSCs-ND），并分析了其异常表达模式。 | 研究仅限于细胞水平，未涉及临床患者，且未探讨这些发现如何转化为临床治疗策略。 | 探究唐氏综合征神经分化过程中的分子机制异常。 | 唐氏综合征患者的诱导多能干细胞（iPSCs）及其分化后的神经干细胞（NSCs）。 | 数字病理学 | 唐氏综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从唐氏综合征和正常对照的iPSC样本中分别获得了8,500和10,922个细胞，从NSC样本中分别获得了7,182和9,324个细胞。 |
| 18574 | 2024-08-07 |
Single cell transcriptome profiling reveals cutaneous immune microenvironment remodeling by photodynamic therapy in photoaged skin
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1183709
PMID:37404811
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析，探讨了5-氨基酮戊酸光动力疗法（ALA-PDT）对光老化皮肤中免疫微环境的改造作用 | 首次详细揭示了ALA-PDT如何通过改变免疫细胞的功能和相互作用，逆转光老化皮肤的免疫衰老状态 | 研究仅限于人类前臂的伸侧皮肤样本，且结果需要进一步在更广泛的样本和人群中验证 | 探讨ALA-PDT对光老化皮肤免疫微环境的影响及其潜在机制 | 光老化皮肤中的免疫细胞及其功能变化 | 数字病理学 | 皮肤老化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 光老化皮肤样本在ALA-PDT治疗前后的对比 |
| 18575 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic profiling of dorsal root ganglion: an overview
2023, Frontiers in neuroanatomy
IF:2.1Q3
DOI:10.3389/fnana.2023.1162049
PMID:37405309
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综述 | 本文综述了单细胞转录组测序技术在背根神经节（DRG）中的应用，以增进对人类和啮齿动物DRG神经元分子转录组、细胞类型和功能注释的全面理解 | 利用单细胞（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）技术，提供了对DRG神经元组成和功能异质性的单细胞分辨率理解 | NA | 总结当前关于DRG单细胞转录组测序的文献，以全面理解DRG神经元的分子转录组、细胞类型和功能注释 | 背根神经节（DRG）中的感觉神经元 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 18576 | 2024-08-07 |
IL-15 promotes self-renewal of progenitor exhausted CD8 T cells during persistent antigenic stimulation
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1117092
PMID:37409128
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研究论文 | 本文研究了IL-15在持续抗原刺激下促进前体耗竭CD8 T细胞自我更新的机制 | 首次揭示了IL-15在慢性感染和癌症中促进前体耗竭CD8 T细胞自我更新的作用 | NA | 探讨IL-15在维持抗原特异性CD8 T细胞池中的作用及其作为免疫干预治疗靶点的潜力 | 耗竭的CD8 T细胞及其在慢性感染和癌症中的亚群 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和肾细胞癌患者的肿瘤浸润淋巴细胞 |
| 18577 | 2024-08-07 |
Manifold Interpolating Optimal-Transport Flows for Trajectory Inference
2022-Dec, Advances in neural information processing systems
PMID:37397786
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Manifold Interpolating Optimal-Transport Flow (MIOFlow)的方法，用于从间断时间点采集的静态样本中学习随机连续的群体动态变化 | MIOFlow结合了动态模型、流形学习和最优传输，通过训练神经常微分方程(Neural ODE)来插值静态群体快照，并受到带有流形地面距离的最优传输的惩罚。此外，通过在称为测地线自动编码器(GAE)的自动编码器的潜在空间中操作，确保流遵循几何结构 | NA | 开发一种新的方法来学习从静态样本中推断群体动态变化 | 群体动态变化 | 机器学习 | NA | 神经常微分方程(Neural ODE) | 自动编码器 | 数据 | 模拟数据和scRNA-seq数据 |
| 18578 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq reveals actinic keratosis-specific keratinocyte subgroups and their crosstalk with secretory-papillary fibroblasts
2023-Nov, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.19289
PMID:37357444
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研究论文 | 这项研究探讨了与日光角化症相关的角质形成细胞亚群及其与分泌性乳头状成纤维细胞之间的相互作用。 | 研究揭示了特定于日光角化症的角质形成细胞簇以及其功能，特别是IL1R2+WFDC2+聚类在AK发展中的重要性。 | 研究未详细探讨不同细胞间相互作用的全部机制和其他可能的信号通路。 | 研究的目的是调查角质形成细胞的异质性及其在日光角化症发展中的作用。 | 研究对象为日光角化症组织和其邻近正常皮肤中的角质形成细胞和成纤维细胞簇。 | 数字病理 | 日光角化症 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 细胞数据 | 13个角质形成细胞亚群 |
| 18579 | 2024-08-07 |
Advanced Progression for the Heterogeneity and Homeostasis of Intestinal Stem Cells
2023-Oct, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-023-10578-2
PMID:37351833
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综述 | 本文综述了肠道干细胞（ISCs）的异质性和稳态的最新进展，利用类器官和单细胞RNA测序技术阐明了细胞异质性 | 通过类器官和单细胞RNA测序技术，揭示了ISCs的异质性和稳态的关键因素，并识别了几种潜在的ISCs类型 | ISCs在肠道肿瘤发生、化疗抵抗和结肠癌偶尔复发中的复杂作用仍有待进一步讨论 | 旨在阐明ISCs的复杂性，揭示肠道隐窝微环境的整合，并为治疗开发创造新机会 | 肠道干细胞的异质性和稳态 | NA | 结肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 18580 | 2024-08-07 |
Identification and validation of cancer-associated fibroblast-related subtypes and the prognosis model of biochemical recurrence in prostate cancer based on single-cell and bulk RNA sequencing
2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05011-7
PMID:37369799
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序技术，识别和验证了与癌症相关成纤维细胞（CAFs）相关的亚型，并开发了前列腺癌生化复发（BCR）相关的CAF预测模型。 | 本研究首次通过非负矩阵分解（NMF）聚类方法，基于CAF相关基因揭示了肿瘤微环境（TME）的免疫特征差异，并建立了BCR相关的CAF签名，用于准确预测前列腺癌患者的预后和免疫治疗反应。 | NA | 研究前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的特征，并开发预测前列腺癌患者生化复发（BCR）的CAF签名。 | 前列腺癌患者的癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在生化复发（BCR）中的作用。 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序 | 非负矩阵分解（NMF） | RNA序列数据 | 来自TCGA和GEO数据库的批量RNA-seq数据，以及从GEO数据库下载的单细胞RNA测序数据 |