单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
18521	2024-08-08	Single-Cell and Transcriptome-Based Immune Cell-Related Prognostic Model in Clear Cell Renal Cell Carcinoma 2023, Journal of oncology DOI:10.1155/2023/5355269 PMID:36925653	研究论文	本研究通过分析单细胞数据库中与免疫细胞相关的差异标记基因，构建了针对透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的预后风险模型，以辅助临床诊断和靶向治疗	本研究利用单细胞转录组数据和配体-受体关系对数据，构建了一个多层网络，并基于此网络筛选出与预后相关的基因，最终建立了一个预后风险评分模型	NA	构建一个基于单细胞和转录组数据的免疫细胞相关预后模型，以评估透明细胞肾细胞癌的预后	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	多层网络	单细胞数据	使用了来自TCGA和CPTAC的ccRCC表型和表达谱数据
18522	2024-08-08	Mixed Response to Cancer Immunotherapy is Driven by Intratumor Heterogeneity and Differential Interlesion Immune Infiltration 2022-07, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-22-0050 PMID:36923281	研究论文	本研究通过全外显子测序和单细胞测序分析同一患者淋巴结转移瘤样本，揭示了肿瘤内异质性和肿瘤间免疫浸润差异导致免疫治疗混合反应的机制	首次通过临床前模型和临床队列研究，证实肿瘤内异质性改变同一患者中肿瘤浸润淋巴细胞的特征，导致免疫治疗混合反应	研究样本量有限，且仅基于PD-1阻断疗法的队列研究，可能限制了结果的普适性	探讨肿瘤内异质性和肿瘤间免疫浸润差异如何影响免疫治疗反应	淋巴结转移瘤样本及其肿瘤浸润淋巴细胞	数字病理学	癌症	全外显子测序，单细胞测序	NA	基因组数据，细胞数据	503名接受PD-1阻断单药治疗的患者
18523	2024-08-05	Single-Cell Analysis of Patients with Axial Spondyloarthritis After Anti-TNFα Treatment: Experimental Data and Review of the Literature 2023-Aug, Clinical reviews in allergy & immunology IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s12016-023-08959-z PMID:36884135	研究论文	本研究使用单细胞转录组学和蛋白质组学分析了抗TNFα治疗前后轴性脊柱关节炎患者的外周免疫景观	首次在单细胞水平上阐明了抗TNFα治疗对轴性脊柱关节炎患者的免疫细胞亚群影响	研究可能未涵盖所有免疫细胞亚群的功能，因此对轴性脊柱关节炎的整体免疫机制仍可能存在未解之处	阐明抗TNFα治疗对轴性脊柱关节炎患者免疫系统的影响	关注轴性脊柱关节炎患者的免疫细胞亚群及其在治疗前后的变化	数字病理学	轴性脊柱关节炎	单细胞转录组学和蛋白质组学	NA	NA	轴性脊柱关节炎患者的外周免疫细胞
18524	2024-08-05	Cancer-associated Fibroblasts in Bladder Cancer: Origin, Biology, and Therapeutic Opportunities 2023-08, European urology oncology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.euo.2023.02.011 PMID:36890105	综述	本文综述了膀胱癌中与癌症相关的成纤维细胞的起源、生物学和治疗机会	提供了对膀胱癌中CAFs的分类、标志物及其表型和功能特性的深入理解	膀胱癌中CAFs的研究尚不如其他肿瘤广泛，现有知识深度不足	探讨CAFs在膀胱癌生物学中的作用，以改善患者管理	膀胱癌中与癌症相关的成纤维细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	文本	NA
18525	2024-08-05	T-cell exhaustion: A potential target biomarker of the tumour microenvironment affecting oesophageal adenocarcinoma 2023-07, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3496 PMID:36879295	研究论文	本研究探讨了T细胞耗竭在食管腺癌中的作用及其潜在机制	通过筛选T细胞耗竭相关的风险模型，提出了食管腺癌的新型生物标志物，促进新的治疗方式和免疫靶标的开发	目前尚不清楚T细胞耗竭在食管腺癌发病机制中的具体作用	研究T细胞耗竭如何影响食管腺癌的免疫抑制和治疗抗性	样本分为四类，涉及食管腺癌患者的生存预后及其免疫特征	数字病理	食管癌	单细胞测序	LASSO回归	基因组数据	NA
18526	2024-08-08	Downregulation of MALAT1 is a hallmark of tissue and peripheral proliferative T cells in COVID-19 2023-06-05, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1093/cei/uxad034 PMID:36869729	研究论文	研究探讨了COVID-19中T细胞转录组中长非编码RNA（lncRNA）的表达，特别是MALAT1的调控及其与T细胞激活相关基因的关系	首次揭示MALAT1抑制及其相关基因特征是人类增殖T细胞的标志	NA	研究COVID-19中T细胞的功能及其在疾病中的作用	COVID-19患者的T细胞及其转录组	NA	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括来自COVID-19患者的肺和血液样本
18527	2024-08-05	Towards artificial intelligence to multi-omics characterization of tumor heterogeneity in esophageal cancer 2023-06, Seminars in cancer biology IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.semcancer.2023.02.009 PMID:36868394	综述	本综述讨论了食道癌的肿瘤异质性及其多组学特征	引入人工智能和深度学习算法分析食道癌患者特定的多组学数据	未明确提到具体的研究局限性	全面评估食道癌的肿瘤异质性与精准肿瘤学的关系	食道癌的多组学数据及其对肿瘤异质性的影响	计算机视觉	食道癌	单细胞测序和空间转录组学	深度学习	组学数据	NA
18528	2024-08-05	Single-Cell Transcriptomics Reveals the Difference of Aortic Atherosclerosis Response to Phytosterols and Oxidation Products of Sterols 2023-Jun, Molecular nutrition & food research IF:4.5Q1 DOI:10.1002/mnfr.202200811 PMID:36877953	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了饮食来源的植物甾醇和甾醇氧化产物对主动脉动脉粥样硬化的影响	本研究首次识别了体内不同功能的四种成纤维细胞亚群，并揭示了它们在动脉粥样硬化中的作用	研究主要基于ApoE-/-小鼠模型，可能无法完全反映人类的病理过程	探讨植物甾醇及其氧化产物对主动脉动脉粥样硬化细胞的影响	研究对象为ApoE-/-小鼠的主动脉细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	研究中使用了ApoE-/-小鼠的多个主动脉细胞样本
18529	2024-08-08	Effects of invivo CXCR4 blockade and proteasome inhibition on bone marrow plasma cells in HLA-sensitized kidney transplant candidates 2023-06, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2023.02.022 PMID:36871629	研究论文	本研究探讨了CXCR4拮抗剂plerixafor与蛋白酶体抑制剂bortezomib联合使用对HLA敏感的肾移植候选者骨髓浆细胞的影响及其安全性	首次研究了plerixafor与bortezomib联合使用对骨髓浆细胞的影响，并揭示了治疗后浆细胞中氧化磷酸化、蛋白酶体组装、细胞质翻译和自噬相关基因的富集	研究样本量较小，仅为12名参与者，且仅包括3名参与者的单细胞RNA测序数据	验证CXCR4拮抗剂plerixafor对骨髓浆细胞驻留的影响及其与蛋白酶体抑制剂bortezomib联合使用的安全性和转录效应	HLA敏感的肾移植候选者的骨髓浆细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	12名参与者，其中3名进行了单细胞RNA测序
18530	2024-08-08	C3aR in astrocytes mediates post-thoracotomy pain by inducing A1 astrocytes in male rats 2023-06, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2023.166672 PMID:36871753	研究论文	本研究探讨了C3aR受体在星形胶质细胞中通过诱导A1星形胶质细胞表达介导雄性大鼠胸廓切开术后疼痛的作用。	研究证实了C3aR通过诱导A1星形胶质细胞极化在慢性胸廓切开术后疼痛中的作用，并发现通过下调C3aR抑制A1激活可以增加抗炎的A2星形胶质细胞并减少促炎的M1小胶质细胞激活。	NA	确定C3aR在星形胶质细胞中是否通过诱导A1表达介导胸廓切开术后疼痛。	雄性大鼠胸廓切开术后疼痛模型。	NA	胸廓切开术后疼痛	RT-PCR, 蛋白质印迹, 共免疫荧光, 单细胞RNA测序	NA	NA	NA
18531	2024-08-08	Single-cell profiling of ineffective erythropoiesis in a mouse model of β-thalassaemia intermedia 2023-06, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.18706 PMID:36872867	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了Th3/+ β-地中海贫血小鼠模型中的无效红细胞生成	首次在单细胞水平上详细揭示了无效红细胞生成的进展，并识别了一种名为ThReticulocytes的独特细胞群体	NA	探究β-地中海贫血中无效红细胞生成的详细发病机制	Th3/+ β-地中海贫血小鼠	数字病理学	地中海贫血	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
18532	2024-08-08	Single cell molecular alterations reveal target cells and pathways of conditioned fear memory 2023-05-15, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2023.148309 PMID:36870465	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了条件性恐惧记忆（CFM）再巩固过程中海马体细胞的转录调控基因变化及其目标细胞	首次揭示了CFM再巩固过程中海马体细胞的转录调控基因变化，并发现了与神经退行性疾病相关基因的关联，为CFM在预防阿尔茨海默病中的作用提供了新的转录视角	目前的研究仅限于正常C57小鼠，需要进一步在阿尔茨海默病模型小鼠中进行研究以验证初步结论	探索条件性恐惧记忆再巩固过程中海马体细胞的转录调控基因变化及其目标细胞	海马体细胞及其在条件性恐惧记忆再巩固过程中的转录调控基因变化	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	成年雄性C57小鼠的海马体细胞
18533	2024-08-05	SCREENING OF POTENTIAL CORE GENES IN THE PERIPHERAL BLOOD OF ADULT PATIENTS WITH SEPSIS BASED ON IMMUNOREGULATION AND SIGNAL TRANSDUCTION FUNCTIONS 2023-05-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002115 PMID:36880832	研究论文	基于免疫调节和信号转导功能，筛选潜在的核心基因用于脓毒症成人患者的外周血	首次通过RNA-seq技术和生物信息学方法综合分析脓毒症患者外周血中的核心基因，识别和验证潜在的研究靶点	样本量相对较小，只包含23名脓毒症患者和10名正常志愿者，可能影响结果的泛化能力	筛选和验证脓毒症患者外周血中的潜在核心基因，以理解其免疫调节作用	脓毒症患者的外周血样本以及正常志愿者的外周血样本	数字病理学	脓毒症	RNA-seq	NA	基因表达数据	总共33个样本（脓毒症患者23个，正常志愿者10个）
18534	2024-08-05	Insights into the characteristics of primary radioresistant cervical cancer using single-cell transcriptomics 2023-May, Human cell IF:3.4Q3 DOI:10.1007/s13577-023-00882-x PMID:36867313	研究论文	本研究利用单细胞转录组学探讨了原发性放射抗性宫颈癌的特征	开发了三种放射抗性和两种放射敏感的原发性宫颈癌细胞系，并保持了肿瘤内异质性	尚未提及具体的研究局限性	研究宫颈癌的放射抗性特征	来自患者标本的宫颈癌细胞系	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	CR细胞系	细胞系特征数据	五种细胞系（包括三种放射抗性和两种放射敏感）
18535	2024-08-05	High-resolution anatomical and spatial transcriptome analyses reveal two types of meristematic cell pools within the secondary vascular tissue of poplar stem 2023-05-01, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2023.03.005 PMID:36895162	研究论文	本研究结合高分辨率解剖分析和空间转录组技术，定义了杨树干次生 vascular 组织中 meristematic 细胞的特征	研究推断出次生 vascular 组织中存在两种类型的 meristematic 样细胞池，基于高分辨率显微镜和空间转录组结果	在技术上对木质树干从初级到次级 vascular 组织的全貌分子特征进行表征存在挑战	理解 vascular 植物（如森林树木）的演化、生长和次生径向生长调节机制	杨树干中初级和次级 vascular 组织的发展过程中 meristematic 细胞的特征	数字病理学	NA	空间转录组技术	NA	基因表达数据	涉及转基因树和单细胞测序样本
18536	2024-08-05	Cancer-specific tissue-resident memory T-cells express ZNF683 in colorectal cancer 2023-05, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-023-02202-4 PMID:36869093	研究论文	本研究调查了组织驻留记忆T细胞在结直肠癌中的作用，并表征了癌症特异性Trm细胞	首次识别ZNF683作为结直肠癌特异性组织驻留记忆T细胞的候选标记物	样本量仅包括结直肠癌相关的免疫细胞，可能限制了研究结果的广泛适用性	研究组织驻留记忆T细胞在结直肠癌中的作用及其特征	结直肠癌组织中的CD103+/CD8+肿瘤浸润淋巴细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	细胞，RNA	17,257个结直肠癌浸润免疫细胞
18537	2024-08-05	Gene Regulatory Network Inference Using Convolutional Neural Networks from scRNA-seq Data 2023-05, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2022.0355 PMID:36877552	研究论文	本文提出了一种基于卷积神经网络的基因调控网络推断方法	创新性地提出了一种监督卷积神经网络（CNNSE），从基因对的2D共表达矩阵中提取基因表达信息	没有提及具体的局限性	研究和改进基因调控网络的推断准确性	单细胞RNA测序数据中的基因表达信息	计算机视觉	NA	RNA-seq	CNN	图像	在模拟数据上进行测试，未提供真实样本数量
18538	2024-08-08	Intestinal cell type-specific communication networks underlie homeostasis and response to Western diet 2023-05-01, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20221437 PMID:36880999	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和统计建模研究了肠道细胞的动态特性和潜在的细胞机制，特别是在西方饮食影响下的变化	揭示了新的肠道细胞亚群和发育轨迹模型，以及西方饮食对特定免疫细胞群和肠上皮细胞功能的影响	NA	探究肠道细胞在免疫和炎症反应中的作用，特别是在高脂高糖饮食下的影响	肠道细胞，包括肠上皮内淋巴细胞、固有层淋巴细胞、常规树突状细胞和肠上皮细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	统计建模	RNA序列数据	涉及不同饮食（常规饮食和高脂高糖饮食）的小鼠肠道细胞样本
18539	2024-08-08	Construction of endothelial cell-related and autophagy-related prognostic models for hepatocellular carcinoma based on single-cell data 2023-May, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16172 PMID:36894323	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据构建了与内皮细胞和自噬相关的肝细胞癌预后模型	首次使用单细胞RNA测序数据构建了与内皮细胞和自噬相关的肝细胞癌预后模型	NA	开发与自噬相关的预后模型，用于肝细胞癌患者的预后预测	肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序 (ScRNA-Seq)	Cox回归模型	RNA测序数据	涉及多种细胞类型的肝细胞癌患者数据
18540	2024-08-05	Improved Bacterial Single-Cell RNA-Seq through Automated MATQ-Seq and Cas9-Based Removal of rRNA Reads 2023-04-25, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03557-22 PMID:36880749	研究论文	该文章改进了细菌单细胞RNA测序协议，通过自动化和rRNA去除技术提高了RNA测序的效率和准确性	集成了自动化和更高效的逆转录酶，降低了细胞损失和提高了基因检测灵敏度	未提及研究中的限制因素	探讨细菌单细胞RNA测序中基因表达的异质性	研究对象为不同生长条件下的沙门氏菌单细胞	数字病理学	细菌感染	MATQ-Seq	NA	RNA测序数据	大量沙门氏菌单细胞样本