单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
18401	2024-08-07	Enolase represents a metabolic checkpoint controlling the differential exhaustion programmes of hepatitis virus-specific CD8+ T cells 2023-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2022-328734 PMID:37541771	研究论文	本文研究了肝炎病毒特异性CD8+ T细胞的代谢检查点，特别是酶醇，如何控制不同疲劳程序的差异，并探讨了抗病毒治疗对这些细胞代谢状态的影响。	首次识别酶醇作为疲劳T细胞的代谢检查点，并展示了代谢旁路如何改善糖酵解和T细胞效应功能。	研究主要集中在体外和动物模型中，需要进一步的人体临床试验来验证这些发现。	探讨代谢调控如何影响慢性肝炎B和C病毒感染中的T细胞疲劳状态，并评估抗病毒治疗对此的影响。	慢性HBV和HCV感染患者的病毒特异性CD8+ T细胞的代谢状态、疲劳程度和转录组。	免疫学	肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	慢性HBV感染患者31例，HCV感染患者52例
18402	2024-08-07	Function and therapeutic value of astrocytes in diabetic cognitive impairment 2023-10, Neurochemistry international IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.neuint.2023.105591 PMID:37543309	综述	本文综述了星形胶质细胞在糖尿病认知障碍中的作用及其治疗价值	首次系统总结了糖尿病环境对脑星形胶质细胞的影响及其机制，并强调了反应性星形胶质增生对糖尿病认知障碍的贡献和潜在治疗靶点	NA	探讨星形胶质细胞在糖尿病认知障碍中的病理机制和潜在治疗价值	星形胶质细胞在糖尿病认知障碍中的作用	NA	糖尿病认知障碍	单细胞转录组、原位测序	NA	NA	NA
18403	2024-08-07	Single-cell characterization of tumor evolution from precursor diseases 2023-10, Trends in cancer IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.trecan.2023.07.012 PMID:37544795	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和B细胞受体测序（scBCR-seq），研究了从癌前病变到多发性骨髓瘤（MM）的细胞和分子进化特征	利用单细胞测序技术深入研究癌前病变到多发性骨髓瘤的进化过程	NA	阐明癌前病变的特征，以理解肿瘤进展中的恶性转化	癌前病变到多发性骨髓瘤的细胞和分子进化	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），B细胞受体测序（scBCR-seq）	NA	RNA序列	NA
18404	2024-08-07	Integrated analysis of multiple methods reveals characteristics of the immune microenvironment in medulloblastoma 2023-Oct, Brain tumor pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s10014-023-00467-4 PMID:37558814	研究论文	本文通过四种方法（流式细胞术、免疫组化、批量RNA表达和单细胞RNA测序）探索了髓母细胞瘤的免疫微环境特征，并与其他脑肿瘤进行了比较	本文采用了多种方法的综合分析，为高度异质性的肿瘤如髓母细胞瘤提供了更好的研究选择	每种方法都有其自身的优势和局限性	探索髓母细胞瘤的免疫微环境特征	髓母细胞瘤的免疫微环境	NA	髓母细胞瘤	流式细胞术、免疫组化、批量RNA表达、单细胞RNA测序	NA	组织样本	髓母细胞瘤、室管膜瘤、高级别胶质瘤和低级别胶质瘤的手术样本
18405	2024-08-05	Identifying spatial domains of spatially resolved transcriptomics via multi-view graph convolutional networks 2023-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad278 PMID:37544658	研究论文	本文提出了一种名为STMGCN的新型无监督学习框架，通过多视图图卷积网络识别空间域	STMGCN通过结合基因表达和邻接图，利用注意力机制自适应融合特定视图嵌入以增强潜在嵌入的表达能力	实验结果主要基于两个模拟数据集和五个真实空间转录组数据集，可能存在平台间的局限性	研究旨在通过有效整合基因表达数据与空间信息来识别空间域	研究对象为空间转录组数据中的基因表达图	数字病理学	NA	图卷积网络	多视图图卷积网络	数据集	两个模拟数据集和五个真实空间转录组数据集
18406	2024-08-07	Single-cell causal network inferred by cross-mapping entropy 2023-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad281 PMID:37544659	研究论文	本文提出了一种新的因果关系准则——邻域交叉映射熵（NME），用于从稳态数据和时间序列数据中推断基因调控网络（GRNs）	NME能够量化变量间的‘连续因果关系’或功能依赖性，基于其函数连续性与变化的邻域大小，显示出比现有方法更优越的性能	NA	旨在解决由于数据噪声和分子非线性导致的基因间因果关系识别难题	基因调控网络（GRNs）及其在单细胞RNA测序数据中的应用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	邻域交叉映射熵（NME）	基因数据	NA
18407	2024-08-07	Reanalysis of single-cell data reveals macrophage subsets associated with the immunotherapy response and prognosis of patients with endometrial cancer 2023-09-15, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2023.113736 PMID:37541419	研究论文	本文通过分析单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，揭示了与子宫内膜癌患者免疫治疗反应和预后相关的巨噬细胞亚群	首次识别出与子宫内膜癌免疫治疗反应相关的巨噬细胞亚群，并构建了一个预测子宫内膜癌患者预后的基因标志物	NA	研究子宫内膜癌的肿瘤微环境特征及其对免疫治疗反应和预后的影响	子宫内膜癌患者的巨噬细胞亚群及其与免疫治疗反应和预后的关系	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	83名子宫内膜癌患者
18408	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis and protein profiling reveal broad immune system activation in IgG4-related disease 2023-09-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.167602 PMID:37561593	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析和蛋白质谱分析揭示了IgG4相关疾病中的广泛免疫系统激活	首次综合分析IgG4-RD患者外周免疫细胞的基因表达与蛋白质特征，发现多种细胞类型的激活及其相互作用	样本量较小，仅涉及9例IgG4-RD患者和7例健康对照，结果的普遍适用性仍需进一步验证	探讨IgG4-RD中的免疫系统激活机制及其潜在的治疗靶点	9名治疗未干预的IgG4-RD患者及7名匹配的健康对照	数字病理学	IgG4相关疾病	单细胞RNA测序，表面蛋白质组分析	NA	基因组数据，蛋白质组数据	共分析61,379个PBMCs样本来自9名患者和7名健康对照
18409	2024-08-05	Development of a versatile LCM-Seq method for spatial transcriptomics of fluorescently tagged cholinergic neuron populations 2023-Sep, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2023.105121 PMID:37536628	研究论文	本文提出了一种激光捕获显微切割-测序(LCM-Seq)方法，用于荧光标记的胆碱能神经元群体的空间转录组学研究	提出了一种新的方法，通过空间位置定义的神经元池的批量RNA-Seq克服了现有单细胞转录组学的技术限制	仅涉及中等降解RNA的纳克量，可能限制了部分低丰度转录本的检测能力	开发一种新方法以提高神经元转录组的覆盖度和差异表达分析的准确性	荧光标记的胆碱能神经元群体	数字病理学	NA	RNA-Seq	NA	转录组数据	大约300个聚合神经元
18410	2024-08-05	Spatial transcriptomics reveals heterogeneity of macrophages in the tumor microenvironment of granulomatous slack skin 2023-09, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6151 PMID:37550813	研究论文	该文章首次通过空间转录组学研究了Granulomatous slack skin中的巨噬细胞异质性	首次绘制了GSS的转录组图并揭示了其中巨噬细胞的多样性和各自特征	仅研究了一个冷冻GSS样本，样本量有限	研究Granulomatous slack skin中巨噬细胞的特征和其在肿瘤微环境中的作用	Granulomatous slack skin中的巨噬细胞	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	1个冷冻样本
18411	2024-08-05	Interleukin-34-NF-κB signaling aggravates myocardial ischemic/reperfusion injury by facilitating macrophage recruitment and polarization 2023-Sep, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104744 PMID:37556943	研究论文	本研究探讨了白细胞介素34（IL-34）在心肌缺血/再灌注损伤中的作用，以及其对巨噬细胞募集和极化的影响	本研究首次揭示IL-34通过促进NF-κB通路的激活来加剧心脏重塑和心力衰竭，提供了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，临床验证尚需进一步开展	旨在探讨IL-34对缺血/再灌注后心脏重塑和心力衰竭的影响	采用IL-34敲除小鼠模型进行心脏重塑的研究	心脏病学	心肌缺血	RNA-seq，流式细胞术，免疫荧光	NA	基因表达数据，免疫细胞数据	使用了IL-34敲除小鼠及急性冠状动脉综合症患者的血清样本
18412	2024-08-07	Bifidobacterium adolescentis orchestrates CD143+ cancer-associated fibroblasts to suppress colorectal tumorigenesis by Wnt signaling-regulated GAS1 2023-09, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12469 PMID:37533188	研究论文	研究探讨了双歧杆菌 adolescentis 在结直肠癌中的作用及其通过 Wnt 信号通路调控 GAS1 影响癌症相关成纤维细胞的机制	发现了双歧杆菌 adolescentis 通过诱导 CD143+ 癌症相关成纤维细胞并激活 Wnt/β-catenin 信号通路中的 GAS1 来抑制结直肠肿瘤的发生	NA	阐明肠道微生物与肿瘤微环境在结直肠癌发病机制中的相互作用	双歧杆菌 adolescentis 和癌症相关成纤维细胞在结直肠癌中的作用	NA	结直肠癌	单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq), 流式细胞术, 免疫荧光染色, 染色质免疫沉淀定量实时 PCR (CHIP-qPCR)	NA	细胞, 组织	两个独立队列的结直肠癌患者, 多种结直肠癌动物模型和细胞系模型
18413	2024-08-07	Heterogeneous tumor microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma: An emerging role of single-cell analysis 2023-Sep, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.6407 PMID:37537839	综述	本文综述了使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和其他单细胞分析技术揭示胰腺导管腺癌（PDAC）中不同细胞亚群异质性的新发现	应用scRNA-seq在PDAC中开始揭示疾病进展与胰腺肿瘤微环境（TME）异质性之间的关联	需要更深入地理解PDAC微环境中肿瘤内异质性	探讨单细胞技术在评估PDAC进展中不同亚群（如肿瘤性导管细胞、癌相关成纤维细胞和免疫细胞）作用中的新兴角色	胰腺导管腺癌（PDAC）中的异质性肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
18414	2024-08-07	Study on the changes of LHR, FSHR and AR with the development of testis cells in Hu sheep 2023-Sep, Animal reproduction science IF:2.2Q1 DOI:10.1016/j.anireprosci.2023.107306 PMID:37541020	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胡羊睾丸细胞组成及FSHR、LHR和AR表达在不同发育阶段（新生儿、青春期和成年期）的变化	首次详细描述了胡羊睾丸细胞在不同发育阶段的组成变化及其激素受体表达的动态变化	NA	探讨胡羊睾丸细胞在不同发育阶段的组成变化及其激素受体表达的动态变化	胡羊睾丸细胞及其中的FSHR、LHR和AR表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	不同发育阶段的胡羊睾丸细胞
18415	2024-08-07	Abnormal chromatin remodeling caused by ARID1A deletion leads to malformation of the dentate gyrus 2023-09, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-023-01199-w PMID:37543710	研究论文	研究通过生成Arid1a条件性敲除小鼠模型，探讨了ARID1A基因在海马体中的功能，特别是其在齿状回发育中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了Arid1a在维持齿状回祖细胞池和后期有丝分裂神经元存活中的必要性，并通过转录组和ChIP-seq分析展示了ARID1A通过调节Prox1的组蛋白修饰水平来影响神经干细胞的增殖和分化	NA	探究ARID1A基因在海马体发育中的作用及其在智力障碍中的遗传基础	ARID1A基因在海马体中的功能及对神经干细胞增殖和分化的影响	NA	智力障碍	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), ChIP-seq	NA	RNA序列, 组蛋白修饰数据	Arid1a条件性敲除小鼠
18416	2024-08-07	Neutrophil infiltration leads to fetal growth restriction by impairing the placental vasculature in DENV-infected pregnant mice 2023-Sep, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104739 PMID:37544202	研究论文	本文研究了登革病毒（DENV）感染怀孕小鼠后，中性粒细胞浸润导致胎儿生长受限的机制，主要通过破坏胎盘血管系统	首次揭示了DENV感染中中性粒细胞在胎盘病理损害中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果	探讨DENV感染怀孕期间对胎儿不良结果的机制	DENV-2感染的怀孕Ifnar1-/-小鼠及其胎盘	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
18417	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals tumor heterogeneity within salivary gland pleomorphic adenoma: A preliminary study 2023-Sep, Journal of oral pathology & medicine : official publication of the International Association of Oral Pathologists and the American Academy of Oral Pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1111/jop.13465 PMID:37549038	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了唾液腺多形性腺瘤中的肿瘤细胞异质性	首次详细探讨了唾液腺多形性腺瘤中肿瘤细胞的异质性和细胞骨架重塑相关基因的作用	研究样本仅来自两名捐赠者，可能影响结果的普遍性	探究唾液腺多形性腺瘤中肿瘤细胞的异质性和细胞骨架重塑的作用	唾液腺多形性腺瘤中的肿瘤细胞	数字病理学	唾液腺肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	27,810个细胞来自两名唾液腺多形性腺瘤患者
18418	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing in dissecting microenvironment of age-related macular degeneration: Challenges and perspectives 2023-09, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2023.102030 PMID:37549871	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示年龄相关性黄斑变性（AMD）发展过程中的细胞成分和调控机制方面的最新发现，并讨论了利用单细胞技术探索AMD病理生理学的主要挑战和未来方向。	单细胞RNA测序技术相较于传统的批量RNA测序技术，在揭示复杂微环境的异质性方面具有优势。	文章讨论了利用单细胞技术探索AMD病理生理学的主要挑战，包括技术限制和数据解读的复杂性。	总结单细胞RNA测序技术在AMD研究中的应用，并探讨其未来发展方向。	年龄相关性黄斑变性（AMD）的细胞成分和调控机制。	数字病理学	老年性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	未具体说明样本数量
18419	2024-08-07	Isolating salient variations of interest in single-cell data with contrastiveVI 2023-09, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-01955-3 PMID:37550579	research paper	本文介绍了一种名为contrastiveVI的框架，用于在处理控制组和治疗组单细胞RNA测序数据时，分离出共享和治疗特异性的潜在变量	引入contrastiveVI框架，专门设计用于分离治疗组和控制组单细胞数据中的变异，以更好地理解治疗反应的异质性	NA	旨在通过分离治疗组和控制组单细胞数据中的变异，更好地理解治疗反应的异质性	处理控制组和治疗组单细胞RNA测序数据中的变异	digital pathology	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	contrastive variational inference (contrastiveVI)	单细胞RNA测序数据	使用了三个治疗组和控制组的单细胞RNA测序数据集
18420	2024-08-07	Unsupervised removal of systematic background noise from droplet-based single-cell experiments using CellBender 2023-09, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-01943-7 PMID:37550580	研究论文	本文开发了一种基于液滴单细胞实验噪声生成现象学的深度生成模型，用于无监督地去除系统性背景噪声，并提供了无噪声的定量分析。	提出的模型能够准确区分含细胞液滴和无细胞液滴，学习背景噪声特征，并以端到端的方式提供无噪声的定量分析。	NA	开发一种新的方法来去除液滴单细胞实验中的系统性背景噪声，以提高数据质量和减少批次效应。	液滴单细胞测序实验中的背景噪声。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序（snRNA-seq）、细胞转录组和表位测序（CITE-seq）	深度生成模型	测序数据	NA