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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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1821 | 2025-10-05 |
Identification of sepsis biomarkers through glutamine metabolism-mediated immune regulation: a comprehensive analysis employing mendelian randomization, multi-omics integration, and machine learning
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1640425
PMID:40909263
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研究论文 | 通过整合孟德尔随机化、多组学分析和机器学习方法,识别与谷氨酰胺代谢介导的免疫调控相关的脓毒症生物标志物 | 首次结合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习算法,系统揭示谷氨酰胺代谢通过HLA-DR+ NK细胞影响脓毒症风险的机制 | 研究样本量有限,主要依赖公共数据库数据,需要进一步实验验证机制 | 识别脓毒症的早期诊断生物标志物并阐明其发病机制 | 脓毒症患者和健康对照者的外周血单核细胞及相关的基因组和转录组数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 机器学习, RT-qPCR | CatBoost, XGBoost, NGBoost | 基因组数据, 转录组数据, 代谢组数据 | 使用多个公共数据集(GSE167363, GSE236713, GSE28750),包含1400种血浆代谢物、731种免疫细胞表型和脓毒症GWAS数据 | NA | 单细胞RNA测序, 基因组关联分析 | NA | NA |
1822 | 2025-10-05 |
Identification of cuproptosis-related genes in chronic apical periodontitis based on bulk and single-cell RNA sequencing analyses and experimental validation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1559220
PMID:40909264
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析,识别了慢性根尖周炎中与铜死亡相关的关键基因,并进行了实验验证 | 首次将新发现的细胞死亡途径——铜死亡与慢性根尖周炎联系起来,结合bulk和单细胞测序技术进行综合分析 | 样本量相对较小(CAP和HC各3例用于单细胞分析),需要在更大样本中验证结果 | 探索铜死亡相关基因在慢性根尖周炎发病机制中的作用 | 慢性根尖周炎患者和健康对照者的牙周组织 | 生物信息学 | 慢性根尖周炎 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 免疫组织化学染色 | ROC曲线分析, 细胞通讯分析 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 临床样本CAP组3例,健康对照组3例(单细胞测序);GEO数据库数据集GSE237398和GSE223924 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
1823 | 2025-10-05 |
Programmed cell death-driven remodeling of the melanoma microenvironment enables prognostic stratification and therapeutic prediction
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1612217
PMID:40909289
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序数据全面表征了黑色素瘤中程序性细胞死亡的特征及其与肿瘤异质性、预后和免疫治疗结局的关联 | 首次在黑色素瘤中系统评估程序性细胞死亡的异质性,开发了基于15个基因的预后特征模型,能够有效预测患者生存和免疫治疗反应 | 研究结果需要在前瞻性队列中进一步验证,机制研究尚不充分 | 全面表征程序性细胞死亡相关特征及其与黑色素瘤异质性、预后和免疫治疗结局的关联 | 黑色素瘤患者(皮肤和肢端亚型)的单细胞和批量RNA测序数据 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,机器学习 | LASSO, Ridge, XGBoost | 基因表达数据 | 多个黑色素瘤队列数据 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
1824 | 2025-10-05 |
Developing a prognostic model of glutamine metabolism-related genes associated with clinical features and immune status in melanoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1485006
PMID:40909968
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析构建了与黑色素瘤临床特征和免疫状态相关的谷氨酰胺代谢相关基因预后模型 | 首次系统识别谷氨酰胺代谢相关基因并构建黑色素瘤预后风险模型,揭示其与免疫细胞浸润和免疫检查点表达的关系 | 仅通过RT-PCR验证了部分基因表达,缺乏更深入的机制研究 | 开发基于谷氨酰胺代谢相关基因的黑色素瘤预后预测模型 | 黑色素瘤患者和A375细胞系 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | scRNA-seq, RT-PCR, 生物信息学分析 | Cox回归风险模型, 列线图 | 基因表达数据, 临床数据 | 来自GEO和TCGA-SKCM数据库的黑色素瘤患者数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 使用R包Seurat进行scRNA-seq数据处理 |
1825 | 2025-10-05 |
Csf1+ AD-MSCs promote stroke repair by activating the resident microglia
2025, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.)
DOI:10.3389/ebm.2025.10611
PMID:40910104
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研究论文 | 本研究探讨了Csf1+脂肪来源间充质基质细胞通过激活驻留小胶质细胞促进脑出血修复的机制 | 首次发现Csf1+ AD-MSCs亚群通过抑制单核细胞浸润和激活驻留小胶质细胞促进脑组织修复 | 研究仅使用大鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究AD-MSCs促进脑出血修复的作用机制 | 脑出血大鼠模型和脂肪来源间充质基质细胞 | 单细胞转录组学 | 脑出血 | 单细胞转录组测序,组织病理学技术 | NA | 单细胞RNA测序数据,组织病理图像 | 脑出血大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1826 | 2025-10-06 |
EGCG-releasing nanofibrous scaffold enhances wound healing via γδ T cells modulation
2026-Feb, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 本研究开发了一种释放EGCG的纳米纤维支架,通过调节γδ T细胞活性促进伤口愈合 | 首次将具有对齐拓扑结构的EGCG释放纳米纤维支架与γδ T细胞调节机制相结合用于伤口愈合治疗 | 研究仅在C57BL/6J小鼠模型中进行,缺乏临床验证 | 探索γδ T细胞在EGCG释放纳米纤维支架促进伤口愈合中的作用机制 | 6-8周龄雄性C57BL/6J小鼠的伤口愈合模型 | 组织工程 | 伤口愈合障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | C57BL/6J小鼠伤口模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1827 | 2025-10-06 |
Cancer-associated fibroblasts regulating nanomedicine to overcome sorafenib resistance in hepatocellular carcinoma with portal vein tumor thrombus
2026-Feb, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 本研究开发了一种靶向门静脉癌栓的纳米载体,通过共同递送siRNA和多激酶抑制剂来克服肝细胞癌对索拉非尼的耐药性 | 首次开发了靶向PVTT的纳米载体系统,通过下调CAFs中CXCL12表达来重塑肿瘤微环境并克服索拉非尼耐药 | 研究目前仅在原位小鼠模型中进行验证,尚未进入临床试验阶段 | 开发新型纳米药物以克服肝细胞癌门静脉癌栓对索拉非尼的耐药性 | 肝细胞癌门静脉癌栓模型和癌症相关成纤维细胞 | 纳米医学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 原位小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
1828 | 2025-10-06 |
Evolution of comparative transcriptomics: biological scales, phylogenetic spans, and modeling frameworks
2025-Oct, Current opinion in genetics & development
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.gde.2025.102387
PMID:40774064
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综述 | 本文探讨比较转录组学在生物尺度、系统发育范围和建模框架三个方向上的演变趋势 | 系统总结了比较转录组学从组织器官水平向细胞类型中心的范式转变,以及从有限模式生物向更广泛系统发育覆盖的扩展 | 作为综述文章,未涉及具体实验数据和分析方法的局限性 | 探讨比较转录组学领域的发展方向和未来趋势 | 比较转录组学研究的方法论和发展路径 | 自然语言处理 | NA | RNA测序, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | 机器学习 | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
1829 | 2025-10-06 |
Inhibition of Macrophage ARID3A Alleviates Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury After Heart Transplantation by Reducing THBS1/CD47 Signaling-Mediated Neutrophil Extracellular Traps Formation
2025-Sep-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509952
PMID:40913516
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研究论文 | 本研究揭示巨噬细胞ARID3A通过调控THBS1/CD47信号通路影响中性粒细胞胞外诱捕网形成,从而加剧心脏移植后心肌缺血再灌注损伤的机制 | 首次发现M1巨噬细胞通过THBS1/CD47轴促进NETs形成,并鉴定4-OI作为特异性抑制ARID3A的治疗候选物 | 中性粒细胞与其他非心肌细胞相互作用的精确机制仍需进一步探索 | 探究心脏移植后心肌缺血再灌注损伤的分子机制及治疗策略 | 小鼠模型中的巨噬细胞和中性粒细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,分子对接分析 | NA | 基因表达数据 | 髓系特异性ARID3A基因敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1830 | 2025-09-07 |
Comment on "Unraveling the role of gut microbiota on the formation of nephrolithiasis: insights from integrated analysis of GWAS, single-cell transcriptomics, bulk RNA sequencing and network pharmacology"
2025-Sep-06, Urolithiasis
IF:2.0Q2
DOI:10.1007/s00240-025-01839-5
PMID:40913665
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
1831 | 2025-10-06 |
Systemic comparison of molecular characteristics in different skin fibroblast senescent models
2025-Sep-05, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003312
PMID:39329281
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研究论文 | 系统比较不同皮肤成纤维细胞衰老模型的分子特征 | 首次系统比较四种不同诱导方式(UVB照射、D-半乳糖刺激、阿扎那韦处理、复制衰竭诱导)产生的皮肤成纤维细胞衰老模型与天然衰老细胞的转录组特征差异 | 研究仅关注转录组水平特征,未涉及蛋白质组或表观遗传学层面的验证 | 比较不同衰老模型与天然衰老皮肤成纤维细胞的分子特征差异 | 人类皮肤原代成纤维细胞(来自儿童和老年人)及四种衰老模型细胞 | 细胞生物学 | 皮肤衰老相关疾病 | 流式细胞术、免疫荧光染色、实时定量PCR、免疫细胞共培养、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、转录组数据 | 儿童和老年人皮肤成纤维细胞样本及四种衰老模型 | NA | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1832 | 2025-10-06 |
What makes the human brain special - from cellular function to clinical translation
2025-Sep-05, Journal of neurophysiology
IF:2.1Q3
DOI:10.1152/jn.00120.2025
PMID:40912899
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综述 | 本文综述了人类大脑在神经元、胶质细胞和皮层回路方面的物种特异性差异及其临床转化研究 | 整合多模态研究方法系统阐述人类大脑从分子表达到系统水平的独特性,并关注动物研究向临床转化的挑战 | NA | 探索人类大脑相较于其他物种的特殊性及其临床转化潜力 | 人类脑组织样本中的神经元、胶质细胞和皮层回路 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞记录、网络记录、单细胞转录组学、形态学分析 | NA | 转录组数据、形态学数据、电生理数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1833 | 2025-10-06 |
Unraveling cellular dynamic changes in tumor evolution induced by long-term low dose-rate radiation
2025-Sep-05, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03128-9
PMID:40913060
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了长期低剂量率辐射诱导肿瘤细胞恶性演化的动态过程 | 首次发现长期低剂量率辐射通过ANGPTL4-SDC4配体-受体对促进肿瘤恶性演化,并系统阐明了其分子机制 | 研究主要基于BEAS-2B细胞系,需要在更多细胞类型和体内模型中进一步验证 | 探究长期低剂量率辐射对肿瘤细胞恶性演化的影响及其分子机制 | BEAS-2B细胞系及辐射诱导的肿瘤细胞 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, FACS, 分子对接, 多重免疫组化, qRT-PCR, 免疫共沉淀 | 细胞轨迹分析, 细胞通讯分析 | 单细胞转录组数据, 基因组数据, 蛋白互作数据 | BEAS-2B细胞系建立的辐射模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1834 | 2025-10-06 |
STAMP: Single-cell transcriptomics analysis and multimodal profiling through imaging
2025-Sep-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.027
PMID:40532697
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研究论文 | 开发了一种名为STAMP的新型单细胞分析方法,通过成像平台实现转录组和蛋白质组的多模态分析 | 通过成像技术替代传统测序,实现低成本、高通量的单细胞多模态分析,同时保留细胞结构和形态 | NA | 克服传统单细胞RNA测序的可扩展性、成本高和细胞破坏等限制 | 外周血单核细胞、细胞系和干细胞 | 数字病理 | NA | 转录组成像、蛋白质组成像、H&E染色 | NA | 图像、转录组数据、蛋白质组数据 | 10,962,092个高质量细胞/核和6,030,429,954个转录本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多组学分析 | NA | STAMP成像平台 |
1835 | 2025-10-06 |
Combination antiretroviral therapy and MCL-1 inhibition mitigate HTLV-1 infection in vivo
2025-Sep-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.06.023
PMID:40645177
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研究论文 | 本研究通过建立人源化小鼠模型,评估联合抗逆转录病毒疗法与MCL-1抑制剂对HTLV-1c感染的预防和治疗效果 | 首次发现HTLV-1c感染导致细胞内在凋亡失调,并证明MCL-1特异性抑制剂(而非其他BCL-2家族蛋白抑制剂)能有效清除HTLV-1c感染细胞 | 研究基于人源化小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 开发针对HTLV-1c感染的有效预防和治疗策略 | 人源化小鼠模型和HTLV-1c感染细胞 | 传染病学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序, 细胞内流式细胞术 | 人源化小鼠模型 | 基因表达数据, 流式细胞数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
1836 | 2025-10-06 |
Bone marrow immune remodeling in depression: TNF/NF-κB mediated leukocyte redistribution and construction of an interpretable predictive model
2025-Sep-04, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115487
PMID:40911995
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研究论文 | 本研究通过建立心理应激小鼠模型,系统研究了应激诱导的免疫失调机制,并构建了基于外周血参数的抑郁症预测模型 | 揭示了TNF/NF-κB通路介导的骨髓免疫重塑在应激诱导抑郁症中的调控作用,并构建了可解释的机器学习预测模型 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需要进一步验证 | 探索抑郁症的神经免疫相互作用机制并开发临床诊断生物标志物 | 心理应激小鼠模型 | 机器学习 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序,蛋白质相互作用网络,机器学习,SHAP分析 | 随机森林(RF) | 血液细胞参数,转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 心理应激小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1837 | 2025-10-06 |
Essential role of CD56dimNKG2C+ NK cells trained by SARS-CoV-2 vaccines in protecting against COVID-19
2025-Sep-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.031
PMID:40450518
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研究论文 | 本研究揭示了SARS-CoV-2灭活疫苗通过训练CD56dimNKG2C+ NK细胞与巨噬细胞协同作用在预防COVID-19中的关键机制 | 首次发现疫苗训练的特定NK细胞亚群(CD56dimNKG2C+)与M2样巨噬细胞在肺部保护中的协同作用,并揭示老年人群接种后这些适应性细胞缺失的现象 | 研究主要使用恒河猴模型,人类样本验证有限;老年人群样本特征需进一步扩大验证 | 评估SARS-CoV-2疫苗在先天免疫层面的保护机制 | 恒河猴模型和人类外周血单个核细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序,飞行时间质谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 恒河猴模型和人类参与者(包括年轻和老年群体) | NA | 单细胞RNA-seq,质谱流式细胞术 | NA | NA |
1838 | 2025-10-06 |
Recognition of molecular clusters and a novel prognostic signature based on natural killer cell-related genes in skin cutaneous melanoma
2025-Sep-03, World journal of surgical oncology
IF:2.5Q1
DOI:10.1186/s12957-025-03975-z
PMID:40903770
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研究论文 | 基于自然杀伤细胞相关基因识别皮肤黑色素瘤的分子亚型并构建新型预后特征 | 首次基于NK细胞相关基因对皮肤黑色素瘤进行分子分型,并构建了12基因预后特征 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 开发皮肤黑色素瘤的预后预测模型和治疗靶点 | 皮肤黑色素瘤患者样本 | 生物信息学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 实时定量PCR, 体细胞突变分析 | 多机器学习算法组合, Cox回归分析 | 基因表达数据, 临床数据 | 来自TCGA、GEO、GTEx等公共数据库的皮肤黑色素瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
1839 | 2025-10-06 |
NUTM2A-AS1 as a potential key regulator in cancer: unraveling its ceRNA networks and impact on tumor biology
2025-Sep-03, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-03019-y
PMID:40903777
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综述 | 本文全面综述了长链非编码RNA NUTM2A-AS1在多种癌症中的ceRNA调控网络及其对肿瘤生物学的影响 | 系统揭示了NUTM2A-AS1作为ceRNA通过不同miRNA-mRNA轴在多种癌症中的调控机制,并首次整合其在八种不同癌症类型中的功能 | 主要基于现有文献综述,缺乏原创性实验验证和临床数据支持 | 阐明NUTM2A-AS1在癌症发生发展中的调控机制及其临床转化潜力 | NUTM2A-AS1长链非编码RNA及其在多种癌症中的ceRNA网络 | 生物信息学 | 多种癌症 | 生物信息学分析,CRISPR,单细胞RNA测序 | NA | 文献数据,表达谱数据,临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1840 | 2025-10-06 |
Establishment of Drosophila intestinal cell lines as tools for multiomic screening and deciphering intestinal biology
2025-Sep-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-17336-z
PMID:40897748
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研究论文 | 本研究首次建立了果蝇肠道细胞系,为肠道生物学研究提供了新工具 | 首次成功建立果蝇肠道来源的细胞系,填补了该领域长期缺乏细胞系资源的空白 | NA | 建立果蝇肠道细胞系作为多组学筛选工具并解析肠道生物学 | 果蝇肠道细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3个细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |