单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1821	2025-05-12	PDGF-BB overexpressing dental pulp stem cells improve angiogenesis in dental pulp regeneration 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1578410 PMID:40343206	research paper	研究通过scRNA-seq发现PDGF(+)间充质亚群具有增强的血管生成特征，并通过过表达PDGF-BB的DPSCs改善牙髓再生中的血管生成	通过scRNA-seq识别PDGF(+)亚群并验证其与血管的关联，以及通过基因工程增强DPSCs的血管生成能力	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验	改善牙髓再生中的血管生成问题	牙髓干细胞（DPSCs）和PDGF(+)间充质亚群	digital pathology	dental disease	scRNA-seq, 多重免疫组化, 慢病毒载体转染	NA	RNA-seq数据, 免疫组化图像	人类牙髓样本和大鼠肾囊移植模型
1822	2025-05-12	Leveraging transcriptome-wide association studies identifies the relationship between upper respiratory flora and cell type-specific gene expression in severe respiratory disease 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322864 PMID:40343915	研究论文	本研究利用转录组范围关联研究（TWAS）探讨了上呼吸道菌群与严重流感样疾病（ILI）中免疫细胞特异性基因表达的关系	首次结合GWAS数据和scRNA-seq数据，通过TWAS方法揭示了上呼吸道菌群与免疫细胞基因表达的关联，并识别了影响ILI进展的关键免疫细胞类型和通路	研究样本量相对有限（1195例GWAS数据），且仅关注了严重ILI患者	探究上呼吸道菌群如何通过调节免疫细胞功能影响ILI的疾病进展	上呼吸道菌群和免疫细胞（如CD4+T效应记忆细胞、cDCs、NK细胞等）	基因组学与免疫学	呼吸道疾病	GWAS、scRNA-seq、LDSC、MAGMA、scDRS、FUSION	TWAS	基因组数据和单细胞转录组数据	1195例严重ILI相关的GWAS数据
1823	2025-05-12	scRNA-seq and scATAC-seq analyses highlight the role of TNF signaling pathway in chronic obstructive pulmonary disease model mice 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322538 PMID:40343927	研究论文	通过scRNA-seq和scATAC-seq分析，研究TNF信号通路在慢性阻塞性肺疾病模型小鼠中的作用	结合scRNA-seq和scATAC-seq技术，揭示了TNF信号通路在COPD模型小鼠中的重要作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中验证	探究TNF信号通路在慢性阻塞性肺疾病(COPD)发病机制中的作用	C57BL/6小鼠的肺组织样本	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	COPD小鼠模型	单细胞测序数据	未明确说明数量的小鼠肺组织样本
1824	2025-05-12	scMitoMut for calling mitochondrial lineage-related mutations in single cells 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf072 PMID:40036721	研究论文	介绍了一个名为scMitoMut的R包，用于在单细胞水平准确识别与线粒体谱系相关的突变	利用基于beta-二项分布的统计方法为每个突变分配质量q值，提高了谱系相关突变检测的敏感性和精确度	未提及具体的局限性	开发一个高效的工具，用于单细胞测序中线粒体DNA突变的检测，以促进细胞谱系追踪	线粒体DNA（mtDNA）	生物信息学	结直肠癌	单细胞DNA测序、scATAC测序、10× Genomics单细胞多组学测序	NA	单细胞测序数据	混合细胞系群体、人类结直肠癌scATAC数据集、血液或脑组织细胞
1825	2025-05-12	Apolipoprotein E is a novel marker for chondrocytes in the growth plate resting zone 2024-Aug-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4656728/v1 PMID:39149484	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，发现载脂蛋白E（ApoE）是生长板静息区软骨细胞的新标记物	首次发现ApoE作为小鼠和人类生长板静息区软骨细胞的全面标记物，解决了该领域缺乏特异性标记物的问题	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	寻找生长板静息区软骨细胞的特异性标记物	小鼠和人类生长板静息区软骨细胞	分子生物学	骨骼发育疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、荧光原位杂交（FISH）	ApoE-mCherry敲入小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明样本数量，涉及小鼠模型和人类生长板样本
1826	2025-05-12	STFormer: Learning to Explore Spot Relationships for Spatial Transcriptomics Prediction from Histology of Colorectal Cancer 2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782295 PMID:40031511	研究论文	提出了一种名为STFormer的深度学习方法，用于从结直肠癌组织学图像预测空间转录组学数据	引入了Style-Aug模块增强特征泛化能力，并采用Cross-WSI Transformer模块高效捕获跨WSI的斑点关系	未明确提及具体局限性	开发一种更准确预测空间转录组学数据的深度学习方法	结直肠癌组织学图像和空间转录组学数据	数字病理学	结直肠癌	深度学习	Transformer	图像	内部和外部数据集（具体数量未提及）
1827	2025-05-12	HyperCell: Advancing Cell Type Classification with Hyperdimensional Computing 2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782122 PMID:40039180	research paper	提出了一种利用超维计算提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类准确性的新方法	首次将超维计算应用于单细胞RNA测序数据的细胞类型分类，提高了分类准确性	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类的准确性	单细胞RNA测序数据	genomics	NA	scRNA-seq, 超维计算	QuantHD	基因表达数据	多个数据集（具体数量未提及）
1828	2025-05-12	Genetic and transcriptomic landscape of colonic diverticulosis 2024-05-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331267 PMID:38443061	研究论文	通过遗传和转录组学研究结肠憩室病的遗传和细胞决定因素及其与其他胃肠道疾病的关系	首次整合DNA和RNA测序数据，结合单细胞RNA-seq和全基因组关联研究，揭示了结肠憩室病的遗传和转录组学特征	研究样本量相对较小，且仅针对特定人群	揭示结肠憩室病的遗传和细胞机制及其与其他胃肠道疾病的关联	404例结肠憩室病患者（172例）和对照者（232例）的结肠组织	遗传学与转录组学	结肠憩室病	DNA测序、RNA测序、单细胞RNA-seq、全基因组关联研究（GWAS）、孟德尔随机化（MR）	多基因风险评分（PRS）	遗传数据、转录组数据	404例（172例憩室病患者，232例对照）
1829	2025-05-12	Vascular mechanisms of post-COVID-19 conditions: Rho-kinase is a novel target for therapy 2023-06-02, European heart journal. Cardiovascular pharmacotherapy DOI:10.1093/ehjcvp/pvad025 PMID:37019821	research paper	该研究探讨了COVID-19后遗症（长期COVID）中的血管功能障碍机制，并提出Rho激酶作为新的治疗靶点	研究发现Rho激酶激活是COVID-19后遗症患者血管纤维化和肌球蛋白轻链磷酸化的关键机制，并提出了fasudil作为潜在治疗药物	研究样本量较小（37例患者），且仅针对住院后康复的COVID-19患者	探究COVID-19后遗症中血管功能障碍的机制并寻找潜在治疗靶点	COVID-19康复患者（27例）和风险因素匹配的对照组（10例）	心血管疾病研究	COVID-19后遗症	wire myography, histopathology, immunohistochemistry, spatial transcriptomics	NA	生物标志物、影像学数据、组织活检	37例（27例COVID-19康复患者和10例对照组）
1830	2025-05-11	Novel therapeutic targets uncovered by genome-wide integrative analysis in bronchopulmonary dysplasia 2025-Dec, The journal of maternal-fetal & neonatal medicine : the official journal of the European Association of Perinatal Medicine, the Federation of Asia and Oceania Perinatal Societies, the International Society of Perinatal Obstetricians DOI:10.1080/14767058.2025.2469837 PMID:39988826	研究论文	通过整合基因组关联研究、单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，揭示了支气管肺发育不良的遗传机制和潜在治疗靶点	首次整合GWAS、scRNA-seq和MR分析，识别出与BPD相关的关键基因和药物相互作用	研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源可能有限	识别BPD的基因表达失调并探索相关分子通路	支气管肺发育不良(BPD)患者	基因组学	支气管肺发育不良	GWAS, scRNA-seq, MR	NA	基因组数据、转录组数据	NA
1831	2025-05-11	The Role of Autophagy and Cell Communication in COPD Progression: Insights from Bioinformatics and scRNA-seq 2025-Dec, COPD IF:2.2Q3 DOI:10.1080/15412555.2024.2444663 PMID:39991824	research paper	研究通过生物信息学和单细胞RNA测序技术探讨自噬和细胞通讯在慢性阻塞性肺疾病（COPD）进展中的作用	利用生物信息学工具识别吸烟激活的自噬相关基因，并通过scRNA-seq数据分析细胞通讯模式，揭示COPD的免疫景观	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探讨自噬和细胞通讯在COPD进展中的作用	COPD患者中的自噬相关基因和细胞通讯模式	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
1832	2025-05-11	Pdia3 deficiency exacerbates intestinal injury by disrupting goblet and Paneth cell function during ischemia/reperfusion 2025-Jun, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111682 PMID:39988288	research paper	本研究探讨了PDIA3在肠缺血/再灌注损伤中维持肠道完整性和免疫功能的作用	首次揭示了PDIA3在肠缺血/再灌注损伤中通过影响杯状细胞和潘氏细胞功能维持肠道屏障功能的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探索PDIA3在肠缺血/再灌注损伤中的保护作用及其机制	人类和小鼠的肠道上皮细胞，特别是杯状细胞和潘氏细胞	分子病理学	肠缺血/再灌注损伤	单细胞RNA测序、免疫组化、转录组分析	肠道上皮特异性条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、组织病理学数据	人类肠系膜动脉缺血患者样本和Pdia3基因敲除小鼠模型
1833	2025-05-11	Pathogenesis, attenuation, and treatment strategies for keloid management 2025-Jun, Tissue & cell IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.tice.2025.102800 PMID:39999656	review	该综述探讨了瘢痕疙瘩的发病机制、减缓和治疗策略	综述了单细胞RNA测序和转录组学在理解瘢痕疙瘩发病机制中的应用，并讨论了新型纳米治疗技术的进展	瘢痕疙瘩治疗后容易复发，治疗过程复杂，需要长期随访	探讨瘢痕疙瘩的发病机制及治疗策略	瘢痕疙瘩的病理生理学及治疗方法	NA	皮肤疾病	单细胞RNA测序, 转录组学	NA	NA	NA
1834	2025-05-11	Identification of novel biomarkers and drug targets for frailty-related skeletal muscle aging: a multi-omics study 2025-May-09, QJM : monthly journal of the Association of Physicians DOI:10.1093/qjmed/hcaf108 PMID:40343466	研究论文	通过多组学研究识别与衰弱相关骨骼肌衰老的新型生物标志物和药物靶点	首次发现24个生物标志物基因，并构建了基于转录组特征的预测模型，揭示了内皮细胞在肌肉退化中的关键作用	研究结果需要在更大样本中进行验证，且药物靶点的临床转化效果尚不明确	识别早期检测和治疗干预衰弱相关骨骼肌衰老的生物标志物和药物靶点	人类骨骼肌衰老过程	生物信息学	老年疾病	转录组学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析、贝叶斯共定位分析	机器学习预测模型	转录组数据、单细胞测序数据	未明确说明样本数量
1835	2025-05-11	Bi-level identification of governing equations for nonlinear physical systems 2025-May-09, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-025-00804-x PMID:40346196	研究论文	介绍了一种名为BILLIE的双层优化框架，用于从观测数据中识别非线性物理系统的控制方程	利用强化学习的策略梯度算法实现双层优化，同时发现和验证方程	未明确提及具体限制	从观测数据中识别非线性物理系统的控制方程	非线性物理系统（如湍流和三体系统）及单细胞测序数据	机器学习	NA	单细胞测序	强化学习	观测数据	未明确提及具体样本量
1836	2025-05-11	Biomarkers Related to Interferon-γ Pathway in Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury and the Potential Molecular Mechanisms 2025-May-09, Cardiovascular toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12012-025-09999-x PMID:40346414	研究论文	探讨干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤(MIRI)中的分子机制及其潜在生物标志物	通过挖掘转录组和单细胞测序数据，首次揭示了干扰素-γ通路相关基因Myd88和Trp53在MIRI中的作用机制	研究主要基于公开数据集，缺乏实验验证	阐明干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤中的分子机制	心肌缺血再灌注损伤患者样本	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, 转录组分析	PPI网络分析	基因表达数据	GSE160516和GSE83472数据集中的样本
1837	2025-05-11	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2025-May-08, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf045 PMID:40036847	研究论文	本文报告了首个小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊分泌细胞的转录组特征及其免疫细胞群	首次构建小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，明确了分泌细胞的转录组特征和免疫细胞群的组成	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	理解精囊这一研究较少的生殖组织的细胞组成及其功能	小鼠精囊组织	单细胞测序	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
1838	2025-05-11	Impact of intercellular adhesion molecule 1-positive dental pulp stem cells in deep caries progression 2025-May-08, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14248 PMID:40343788	研究论文	研究探讨了深龋进展中ICAM1阳性牙髓干细胞的作用及其对免疫微环境的影响	首次揭示了ICAM1+ DPSCs在深龋进展中的关键作用及其与单核巨噬细胞的相互作用	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证这些发现	开发针对深龋的治疗策略	牙髓干细胞(DPSCs)和深龋病变组织	牙科医学	龋齿	单细胞测序、免疫荧光/流式细胞术、RT-qPCR、Western Blot、ELISA、SCENIC和RNA-seq	NA	基因表达数据和细胞表型数据	人类和小鼠模型的牙髓组织样本
1839	2025-05-11	PP1A Modulates the Efficacy of Lenvatinib Plus ICIs Therapy by Inhibiting Ferroptosis in Hepatocellular Carcinoma 2025-May-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501730 PMID:40344394	研究论文	本文研究了PP1A在肝细胞癌中通过抑制铁死亡调节Lenvatinib联合ICIs治疗效果的机制	发现PP1A通过去磷酸化Keap1抑制铁死亡，并揭示了其在调节抗肿瘤免疫中的作用	研究主要基于体外和动物实验，临床转化效果尚需进一步验证	探索PP1A在肝细胞癌治疗抵抗中的作用机制	肝细胞癌细胞和动物模型	肿瘤生物学	肝细胞癌	转录组分析、铁死亡代谢物分析、单细胞测序	NA	分子生物学数据、测序数据	体外培养细胞和动物模型
1840	2025-05-11	Mature tertiary lymphoid structures evoke intra-tumoral T and B cell responses via progenitor exhausted CD4+ T cells in head and neck cancer 2025-May-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59341-w PMID:40335494	research paper	研究头颈癌中成熟三级淋巴结构（mTLS）通过祖细胞耗竭的CD4+ T细胞促进肿瘤内T和B细胞反应的机制	揭示了mTLS通过祖细胞耗竭的CD4+ T细胞激活B细胞和DC-LAMP树突状细胞，从而支持CD8+ T细胞活化的新机制	研究仅针对头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者，未涉及其他癌症类型	探究mTLS在肿瘤免疫中的作用机制及其对免疫检查点阻断（ICB）治疗反应的影响	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者的肿瘤组织	肿瘤免疫学	头颈癌	单细胞RNA测序、抗原受体测序和空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者肿瘤组织样本（具体数量未提及）