单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1821	2025-05-17	CD49d promotes T-cell senescence in chronic lymphocytic leukaemia 2025-May-15, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.20135 PMID:40375447	research paper	该研究探讨了CD49d在慢性淋巴细胞白血病（CLL）中对T细胞衰老的影响	揭示了CD49d在CLL患者T细胞衰老中的新作用，并提出了针对CD49d依赖性衰老途径可能逆转T细胞功能障碍的治疗策略	研究未涉及CD49d如何具体调控T细胞衰老的分子机制	探究CD49d对CLL患者T细胞生物学的影响	CLL患者和健康捐赠者的CD4+和CD8+ T细胞	免疫学	慢性淋巴细胞白血病	流式细胞术和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据和基因表达数据	未明确提及样本数量，但包括CLL患者和健康捐赠者的T细胞
1822	2025-05-17	Deciphering the Immunomodulatory Function of GSN+ Inflammatory Cancer-Associated Fibroblasts in Renal Cell Carcinoma Immunotherapy: Insights From Pan-Cancer Single-Cell Landscape and Spatial Transcriptomics Analysis 2025-May-15, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70062 PMID:40375605	研究论文	本研究通过泛癌单细胞RNA测序和空间转录组学分析，探讨了GSN+炎症性癌症相关成纤维细胞在肾细胞癌免疫治疗中的免疫调节功能	首次利用泛癌单细胞RNA测序和空间转录组学分析GSN iCAFs的亚型及其在ICI治疗中的空间分布特征，并开发了预测ICI反应的Caf.Sig模型	研究主要基于体外和动物模型实验，临床验证仍需进一步扩大样本量	探究GSN+炎症性癌症相关成纤维细胞在免疫检查点抑制剂治疗中的作用机制	泛癌患者样本和肾透明细胞癌(ccRCC)样本	癌症免疫治疗	肾细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学测序(ST-seq)、机器学习	Caf.Sig模型	RNA测序数据	泛癌患者样本和ccRCC样本(具体数量未明确说明)
1823	2025-05-17	METAB-HTX: prospective, longitudinal cohort study evaluating cardiac and systemic metabolism after heart transplantation 2025-May-15, ESC heart failure IF:3.2Q2 DOI:10.1002/ehf2.15330 PMID:40375600	研究论文	METAB-HTX是一项前瞻性纵向队列研究，评估心脏移植后的心脏和全身代谢情况	该研究首次全面评估心脏移植后代谢恶化与心脏功能及生存率的关系，并采用多种先进技术进行深度代谢和心脏表型分析	研究仅纳入400名患者，样本量相对有限，且随访时间为5年，可能无法完全反映长期代谢变化的影响	探究心脏移植后代谢变化与心脏功能及预后的关系，优化移植后代谢监测和治疗策略	心脏移植患者	心血管疾病研究	心血管疾病	心脏磁共振成像和光谱学(cMRI/MRS)、冠状动脉造影、第三代和第四代测序技术(长短读长测序)、单细胞测序	NA	临床数据、影像数据、基因组数据	400名心脏移植患者，随访5年
1824	2025-05-17	Spatiotemporal analysis of lung immune dynamics in lethal Coccidioides posadasii infection 2025-May-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.02562-24 PMID:39611685	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析致命性球孢子菌感染中的肺部免疫动态	识别了单核细胞来源的表达巨噬细胞作为组织重塑和纤维化的潜在介导者，并揭示了TGF-β和IL-6信号通路的激活	研究聚焦于致命性急性感染，可能不适用于所有类型的球孢子菌病	深入了解致命性球孢子菌感染中的免疫反应机制	致命性球孢子菌感染中的肺部免疫细胞	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA序列数据	NA
1825	2025-05-17	Tumor-colonizing Pseudoalteromonas elyakovii metabolically reprograms the tumor microenvironment and promotes breast ductal carcinoma 2025-May-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03873-24 PMID:40192290	研究论文	探讨肿瘤内微生物群与乳腺癌导管癌发展的关系及其对肿瘤微环境的代谢重编程作用	揭示了肿瘤内微生物群在乳腺癌发展中的具体作用及其促进肿瘤生长的机制	样本量较小（102例），且研究仅针对乳腺癌导管癌，未涵盖其他类型乳腺癌	研究肿瘤内微生物群对乳腺癌导管癌发展的影响及其潜在临床应用价值	乳腺癌导管癌患者肿瘤组织中的微生物群	肿瘤微生物学	乳腺癌	qRT-PCR、双免疫荧光染色、SweAMI探针杂交、scRNA-seq	NA	微生物组成数据、基因表达数据	102例乳腺癌导管癌样本
1826	2025-05-17	Comprehensive single-cell transcriptomic reveals different destinies of melanocytes and dynamic changes of immune microenvironment in a psychological stress-induced leukoderma and leukotrichia mouse model 2025-May-14, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01236-z PMID:40361040	research paper	通过单细胞转录组学分析心理压力诱导的白癜风和白毛小鼠模型中黑色素细胞的不同命运及免疫微环境的动态变化	发现了两种具有不同命运的黑色素细胞簇以及CXCL16-CXCR6轴激活的促炎微环境，为压力诱导的白癜风发病机制提供了新见解	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究心理压力诱导的白癜风和白毛的发病机制	C57BL/6 J小鼠模型中的黑色素细胞和免疫微环境	digital pathology	vitiligo	single-cell RNA sequencing, immunohistochemistry	chronic unpredictable mild stimulation (CUMS) mouse model	RNA-seq data, immunohistochemistry data	C57BL/6 J小鼠模型
1827	2025-05-17	Dual oxic-anoxic co-culture enables direct study of anaerobe-host interactions at the airway epithelial interface 2025-May-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01338-24 PMID:40366160	research paper	该研究介绍了一种双氧-缺氧共培养（DOAC）方法，用于研究厌氧菌与宿主细胞在气道上皮界面的相互作用	开发了一种新的双氧-缺氧共培养（DOAC）平台，能够在维持宿主细胞氧供的同时，研究厌氧菌与上皮细胞的相互作用	共培养时间限制在约48小时，可能无法完全模拟长期相互作用	研究厌氧菌与宿主细胞在气道疾病病理生理学中的相互作用机制	厌氧菌和气道上皮细胞	微生物学与细胞生物学	气道疾病	双氧-缺氧共培养（DOAC）、bulk RNAseq、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1828	2025-05-17	scSTD: A Swin Transformer-Based Diffusion Model for Recovering scRNA-seq Data 2025-May-14, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3570265 PMID:40366848	research paper	介绍了一种名为scSTD的新型框架，结合Swin Transformer和潜在扩散模型，用于恢复单细胞RNA测序数据	首次将Swin Transformer架构与潜在扩散模型结合，用于scRNA-seq数据的恢复，能够更准确地恢复基因表达谱并保留细微的生物变异	未提及具体的数据集规模或计算资源需求，可能在实际应用中存在限制	解决单细胞RNA测序数据中的丢失事件和技术噪声问题，提高下游分析的可靠性	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	Swin Transformer, latent diffusion model	gene expression data	NA
1829	2025-05-17	Potential mechanisms of epigenetic regulation in diabetic retinopathy from the perspectives of multi-omics 2025-May-14, Diabetology & metabolic syndrome IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s13098-025-01723-7 PMID:40369608	research paper	本研究通过多组学数据探索了糖尿病视网膜病变（DR）的表观遗传调控机制	构建了DR相关的全面表观遗传调控网络，并鉴定了关键调控基因	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证	探索糖尿病视网膜病变的表观遗传调控机制	糖尿病视网膜病变（DR）相关的表观遗传修饰	生物信息学	糖尿病视网膜病变	DNA甲基化分析、mRNA和miRNA表达分析、单细胞RNA测序	NA	基因组学数据、转录组学数据	包括10,716个差异甲基化基因、1,181个差异表达mRNA和615个差异表达miRNA
1830	2025-05-17	Direct microglia replacement reveals pathologic and therapeutic contributions of brain macrophages to a monogenic neurological disease 2025-May-13, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.019 PMID:40311614	研究论文	本文探讨了Krabbe病中巨噬细胞的作用，并通过直接替换小胶质细胞揭示了其在病理和治疗中的贡献	使用单细胞测序揭示了早期干扰素反应特征，并通过直接小胶质细胞替换显著改善了疾病模型小鼠的生存和病理	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究巨噬细胞在Krabbe病病理生理和造血干细胞移植中的作用	Krabbe病小鼠模型和人类脑标本	神经科学	Krabbe病	单细胞测序	twitcher (Galc) 小鼠模型	基因表达数据	NA
1831	2025-05-17	Microglia transcriptional states and their functional significance: Context drives diversity 2025-May-13, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.009 PMID:40328255	综述	探讨小胶质细胞在不同环境下的转录状态多样性及其功能意义	综述了单细胞测序技术揭示的小胶质细胞转录状态多样性，并评估非稳态条件如何诱导特定环境下的转录特征	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的总结	理解小胶质细胞转录状态与功能的关系，并推动针对小胶质细胞的治疗策略	小胶质细胞	神经科学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
1832	2025-05-17	Combining spatial transcriptomics with tissue morphology 2025-May-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58989-8 PMID:40360467	review	本文介绍了一种将空间转录组学与组织形态学相结合的框架，重点讨论了将形态学特征转化为或整合到空间转录组学中的方法	提出了一个分类框架，用于结合空间转录组学和组织形态学，包括转化和整合两种方法	NA	探索空间转录组学与组织形态学相结合的方法及其应用	空间转录组学数据和组织形态学特征	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, imaging AI	NA	gene expression data, morphological features	NA
1833	2025-05-17	TAT-CRE inhalation enables tumor induction corresponding to adenoviral Cre-recombinase in a lung cancer mouse model 2025-May-13, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08146-0 PMID:40360735	research paper	该研究比较了TAT-CRE和腺病毒Cre重组酶在诱导小鼠肺癌模型中的效果，发现TAT-CRE是一种安全且有效的替代方法	提出TAT-CRE作为一种生物安全级别S1的替代方法，用于诱导肺癌，并可能应用于其他癌症模型	研究中发现的TAT-CRE诱导的肺肿瘤在微血管和巨噬细胞方面存在差异，可能影响某些研究结果	比较TAT-CRE和腺病毒Cre重组酶在诱导肺癌模型中的效果，寻找更安全的基因工程方法	小鼠肺癌模型	癌症研究	肺癌	计算机断层扫描、单细胞RNA测序、免疫组织化学和流式细胞术	NA	图像、RNA序列数据	NA
1834	2025-05-17	Arginine methylation modulates tumor fate and prognosis in clear cell renal cell carcinoma 2025-May-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02505-3 PMID:40360844	research paper	该研究探讨了精氨酸甲基化相关基因在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的预后价值，并开发了一个基于精氨酸甲基化的预后模型	首次系统地评估了精氨酸甲基化相关基因在ccRCC中的预后意义，并构建了一个具有临床指导价值的预后特征模型	需要进一步的临床验证来确认模型的预测准确性，并且未涉及实验验证	评估精氨酸甲基化相关基因在ccRCC中的预后价值并开发预后模型	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者	digital pathology	肾癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	Cox回归模型	转录组数据	来自TCGA、E-MTAB-1980和ICGC数据库的公共数据集
1835	2025-05-17	Profiling triple-negative breast cancer-specific super-enhancers identifies high-risk mesenchymal development subtype and BETi-Targetable vulnerabilities 2025-May-13, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02342-6 PMID:40361105	研究论文	该研究通过分析三阴性乳腺癌（TNBC）中的超级增强子（SEs）异质性，识别出一个高风险间充质发育亚型，并发现其对BET抑制剂（BETi）具有更高的敏感性	发现了由SE-VAX2核心转录调控回路驱动的高风险间充质发育亚型，并验证了其对BETi的敏感性	临床样本和实验模型的多样性可能影响结果的广泛适用性	研究TNBC中SEs的异质性及其对BETi疗效的影响，以推进BETi的精准治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系和临床样本	肿瘤生物学	三阴性乳腺癌	H3K27ac ChIP-Seq, bulk RNA-Seq, scRNA-Seq, stRNA-Seq, CERES评分	NA	测序数据	TNBC细胞系和临床样本
1836	2025-05-17	The immunological age prediction of monocytes indicates that gestational diabetes mellitus accelerates the aging of monocytes in offspring 2025-May-13, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-025-00513-z PMID:40361109	research paper	该研究通过单细胞测序技术探索了妊娠期糖尿病（GDM）对子代单核细胞衰老的影响	首次在单细胞水平上揭示了GDM加速子代单核细胞衰老的转录组特征，并建立了预测单核细胞免疫年龄的随机森林模型	样本量相对有限，且部分数据来自公开数据库	探究GDM对子代免疫细胞衰老的影响	56名健康个体（0-100岁）的单核细胞，包括GDM母亲子代的单核细胞	生物医学	妊娠期糖尿病	单细胞测序，随机森林模型	随机森林	单细胞转录组数据	56个样本（6个自测样本+50个GEO公开数据）
1837	2025-05-17	Recent advances in multimodal approaches for investigating placental development and related diseases 2025-May-09, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.05.004 PMID:40374418	综述	本文总结了多模态方法在研究胎盘发育及相关疾病中的最新进展	整合了先进成像、单细胞和空间组学以及人工智能（AI）的多模态方法，提供了对胎盘发育和疾病的全面分析	数据标准化、AI模型的可解释性以及伦理问题	推进对胎盘相关疾病的科学理解和临床管理	胎盘发育及相关疾病	数字病理学	妊娠相关疾病	超声、MRI、单细胞转录组学、空间分析、AI预测模型	AI	图像、分子数据	NA
1838	2025-05-17	Piezo1 regulates fibrocartilage stem cell in cartilage growth and osteoarthritis 2025-May-08, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.04.013 PMID:40345612	research paper	本研究探讨了机械敏感离子通道Piezo1在颞下颌关节（TMJ）软骨生长和骨关节炎中的作用	首次揭示了Piezo1在调节纤维软骨干细胞（FCSC）分化和维持颞下颌关节稳态中的关键作用，并发现其在骨关节炎病理条件下的保护性作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究Piezo1在颞下颌关节发育和骨关节炎中的作用机制	人类TMJ样本和小鼠模型	骨科学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、条件性基因敲除（CKO）、组织学和免疫组化分析	Gli1-CreERT2; Piezo1fl/fl 条件敲除小鼠	基因表达数据、组织学图像	人类TMJ样本和小鼠模型（具体数量未提及）
1839	2025-05-17	Transcriptomic Plasticity of Human Alveolar Macrophages Revealed by Single-Cell RNA Sequencing Following Drug Exposure: Implications for Therapeutic Development 2025-May-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094439 PMID:40362676	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究药物暴露后人类肺泡巨噬细胞的转录组可塑性，为治疗开发提供新见解	揭示了肺泡巨噬细胞转录程序的可塑性，并证实药物可以重编程这些细胞的表型	研究仅基于体外实验，未在体内模型中验证	探讨肺泡巨噬细胞的转录可塑性及其在肺纤维化治疗中的潜在应用	人类肺泡巨噬细胞	单细胞转录组学	肺纤维化	scRNA-seq, qPCR	NA	RNA测序数据	NA
1840	2025-05-17	Single-Cell Transcriptomics Reveals Stem Cell-Derived Exosomes Attenuate Inflammatory Gene Expression in Pulmonary Oxygen Toxicity 2025-May-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094462 PMID:40362698	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术揭示了干细胞来源的外泌体在减轻肺氧毒性炎症基因表达中的作用	首次报道了外泌体在肺氧毒性中的作用及机制，并整合了单细胞RNA测序和批量分析技术	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究干细胞外泌体保护肺组织的机制及潜在分子调控网络	小鼠肺氧毒性模型	单细胞转录组学	肺氧毒性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	小鼠模型