单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1821	2025-03-29	Cross-expression analysis reveals patterns of coordinated gene expression in spatial transcriptomics 2024-Sep-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.17.613579 PMID:39345494	research paper	该研究提出了一种名为交叉表达的新框架，用于发现邻近细胞间协调表达的基因对	引入了交叉表达框架，能够量化空间相邻细胞间的协调基因表达，从而在单细胞分辨率下理解组织基因表达程序	NA	研究邻近细胞如何协调其基因表达	空间转录组数据中的基因对	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
1822	2025-03-29	IKKε-deficient macrophages impede cardiac repair after myocardial infarction by enhancing the macrophage-myofibroblast transition 2024-Sep, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01304-0 PMID:39261656	研究论文	本研究探讨了IKKε在心肌梗死后炎症中的调控作用及其对心脏修复的影响	揭示了IKKε通过调控巨噬细胞-肌成纤维细胞转变(MMT)影响心肌梗死后的心脏修复过程，并发现5-氮杂胞苷(5-Aza)可恢复p-p38水平并减少MMT	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究IKKε在心肌梗死后炎症反应和心脏修复中的作用机制	IKKε敲除小鼠和野生型小鼠的心脏巨噬细胞	心血管疾病	心肌梗死	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和磷酸化蛋白阵列技术	小鼠心肌梗死模型	基因表达数据和蛋白质磷酸化数据	未明确说明具体样本数量，使用IKKε敲除小鼠和野生型小鼠进行实验
1823	2025-03-29	FGF receptors mediate cellular senescence in the cystic fibrosis airway epithelium 2024-Jun-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174888 PMID:38916962	研究论文	本研究探讨了FGF受体在囊性纤维化（CF）气道上皮细胞衰老中的作用及其对粘液纤毛清除功能的影响	首次揭示了FGFR/MAPK p38信号通路在CF气道上皮细胞衰老中的关键作用，并提出了通过抑制FGFRs来改善粘液纤毛功能障碍的新治疗策略	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探究CF气道上皮细胞衰老的分子机制及其对疾病进展的影响	非CF和CF供体的人原代支气管上皮细胞、CF支气管上皮细胞系、Cftr基因敲除大鼠	细胞生物学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及人原代细胞、细胞系和动物模型
1824	2025-03-29	Restoration of neuronal progenitors by partial reprogramming in the aged neurogenic niche 2024-Apr, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00594-3 PMID:38553564	研究论文	该研究探讨了部分重编程如何影响老年小鼠大脑中的神经生成区域，并发现其能恢复神经母细胞比例至年轻水平	首次系统性地研究了部分重编程对老年大脑神经生成区域的影响，并发现其对神经母细胞及其前体细胞的恢复作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证其在人类中的效果	探究部分重编程对老年大脑神经生成区域的影响及其潜在应用	老年小鼠大脑中的神经生成区域和神经母细胞	神经科学	老年性疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	老年小鼠大脑组织
1825	2025-03-29	Single-cell profiling of murine bladder cancer identifies sex-specific transcriptional signatures with prognostic relevance 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107703 PMID:37701814	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究小鼠膀胱癌中性别特异性转录特征及其预后相关性	首次在小鼠膀胱癌模型中应用单细胞RNA测序技术，揭示了性别特异性转录特征及其与人类膀胱癌数据的关联	研究仅基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究	探究膀胱癌中性别差异的生物学基础及其临床意义	小鼠BBN诱导的膀胱癌模型及人类BLCA数据集	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠BBN诱导的肿瘤样本及多个人类BLCA数据集
1826	2025-03-29	Transcriptional Signatures of Hippocampal Tau Pathology in Primary Age-Related Tauopathy and Alzheimer's Disease 2023-Sep-12, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.09.12.23295440 PMID:37745408	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，比较了原发性年龄相关tau病变（PART）和阿尔茨海默病（AD）中CA1锥体神经元的转录变化	发现了与神经元内tau病理相关的两种新型基因表达特征，并揭示了PART和AD在tau病理相关的转录变化上的相似性	样本量较小（PART和AD各6例，对照4例），且仅研究了海马CA1区的神经元	探究PART和AD中tau病理相关的分子变化及其相似性	CA1锥体神经元（有/无tau病理）	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病/原发性年龄相关tau病变	GeoMx空间转录组学	NA	mRNA表达数据	6例PART患者、6例AD患者和4例对照
1827	2025-03-29	Transgenic ferret models define pulmonary ionocyte diversity and function 2023-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06549-9 PMID:37730992	研究论文	研究通过转基因雪貂模型探索肺离子细胞的多样性和功能	首次使用条件性遗传雪貂模型研究肺离子细胞生物学和功能，揭示了离子细胞在囊性纤维化中的关键作用	研究仅限于雪貂模型，尚未在人类中验证	阐明肺离子细胞在气道中的生物学功能和囊性纤维化中的作用	转基因雪貂模型和囊性纤维化雪貂	生物医学研究	囊性纤维化	条件性遗传模型、单细胞转录组学、体内谱系追踪	FOXI1-Cre::ROSA-TG, FOXI1-KO, FOXI1-Cre::CFTR	基因表达数据、生理功能数据	转基因雪貂模型和囊性纤维化雪貂
1828	2025-03-29	Variant STAT4 and Response to Ruxolitinib in an Autoinflammatory Syndrome 2023-06-15, The New England journal of medicine DOI:10.1056/NEJMoa2202318 PMID:37256972	研究论文	研究STAT4基因的功能获得性变异与自身炎症综合征对鲁索替尼反应的影响	首次发现STAT4基因的功能获得性变异与致残性全硬化性硬斑病(DPM)相关，并证明JAK抑制剂鲁索替尼能改善该病的炎症表型	研究样本量较小(仅4名患者)，且缺乏长期随访数据	探究DPM的遗传学病因和潜在治疗方法	来自三个无亲缘关系家庭的4名DPM患者	医学遗传学	自身炎症综合征	基因组测序、单细胞RNA测序、体外细胞功能实验	NA	基因组数据、转录组数据、临床数据	4名患者(来自3个家庭)
1829	2025-03-29	Single-cell transcriptome reveals cell division-regulated hub genes in the unicellular eukaryote Paramecium 2023-Jun, European journal of protistology IF:1.9Q4 DOI:10.1016/j.ejop.2023.125978 PMID:37080141	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了单细胞真核生物草履虫在细胞分裂过程中调控的关键基因	首次在草履虫中揭示了细胞分裂过程中上调基因的功能关联，并鉴定了可能在此过程中起关键作用的枢纽基因	研究仅限于Paramecium cf. multimicronucleatum这一特定物种，结论在其他纤毛虫中的普适性需要进一步验证	探究纤毛虫细胞分裂过程中的分子调控机制	Paramecium cf. multimicronucleatum细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	加权基因共表达网络分析(WGCNA)	基因表达数据	未明确说明样本数量的草履虫细胞
1830	2025-03-29	A mannitol-based buffer improves single-cell RNA sequencing of high-salt marine cells 2023-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.26.538465 PMID:37163054	研究论文	本文介绍了一种基于甘露醇的缓冲液（PBS-M），用于提高高盐海洋生物细胞的单细胞RNA测序（scRNA-seq）质量	提出了一种新型缓冲液PBS-M，显著减少细胞死亡和环境mRNA，从而揭示以往无法检测的细胞状态	研究仅针对海鞘血细胞进行了验证，未涉及其他海洋生物细胞	优化单细胞RNA测序技术，使其适用于高盐环境下的海洋生物细胞	海鞘血细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，研究对象为海鞘血细胞
1831	2025-03-29	Ageing hallmarks exhibit organ-specific temporal signatures 2020-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2499-y PMID:32669715	research paper	该研究通过小鼠多个器官的RNA测序和血浆蛋白质组学分析，揭示了衰老过程中基因表达的线性和非线性变化及其在器官间的异同	首次在整体生物水平上分析了衰老的动态过程，揭示了不同器官间衰老标志物表达的时间特征和同步性差异	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	理解衰老过程中不同器官的分子变化特征及其相互关系	Mus musculus（小鼠）的17个器官和血浆	生物医学	老年疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 血浆蛋白质组学	NA	基因表达数据, 蛋白质组数据	10个不同年龄点的小鼠多个器官和血浆样本
1832	2025-03-28	The role of TIGIT-CD226-PVR axis in mediating T cell exhaustion and apoptosis in NSCLC 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02052-2 PMID:39725799	研究论文	本研究探讨了TIGIT-CD226-PVR信号轴在非小细胞肺癌（NSCLC）中T细胞耗竭和凋亡中的调控作用	揭示了TIGIT-CD226-PVR信号轴在CD27+/CD127+T细胞亚群中的高度活性及其与功能衰退和耗竭的密切关联，并通过实验证明调控该轴可显著恢复T细胞增殖和效应功能	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索NSCLC中T细胞耗竭和凋亡的分子机制，以提高免疫治疗效果	非小细胞肺癌（NSCLC）中的CD27+/CD127+T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞测序技术	小鼠模型	基因表达数据	NA
1833	2025-03-28	Restorative Effects of Short-Chain Fatty Acids on Corneal Homeostasis Disrupted by Antibiotic-Induced Gut Dysbiosis 2025-Apr, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.010 PMID:39732390	研究论文	研究探讨了抗生素诱导的肠道菌群失调（AIGD）和无菌条件对小鼠角膜昼夜节律基因表达、屏障完整性、神经密度和免疫细胞活性的影响，并发现短链脂肪酸（SCFAs）能显著恢复AIGD小鼠的角膜完整性	首次揭示了肠道菌群通过调节昼夜节律基因表达和维持屏障功能对角膜生理的关键作用，并发现SCFAs在恢复角膜完整性中的潜在治疗价值	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究肠道菌群对角膜稳态的影响及SCFAs的修复作用	小鼠角膜	微生物组学	角膜功能障碍	RNA测序、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
1834	2025-03-28	Integrating single-cell sequencing and machine learning to uncover the role of mitophagy in subtyping and prognosis of esophageal cancer 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02061-1 PMID:39948301	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和机器学习技术，探讨了线粒体自噬相关基因在食管癌分型和预后中的作用	首次利用单细胞测序分析食管癌微环境异质性，并通过机器学习算法识别出两个核心基因HSPD1和MAP1LC3B，构建了预后模型	研究结果需要更多独立队列验证，分子对接结果需要实验验证	阐明线粒体自噬相关基因在食管癌分型和预后中的分子机制	食管癌患者	数字病理学	食管癌	RNA-seq, 单细胞测序	LASSO回归, Random Forest, XGBoost	基因表达数据	TCGA数据库中的食管癌患者数据，两个外部验证队列
1835	2025-03-28	Single-cell insights into HNSCC tumor heterogeneity and programmed cell death pathways 2025-Apr, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102341 PMID:40068384	研究论文	该研究利用单细胞测序技术揭示头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的肿瘤异质性，并探索程序性细胞死亡通路	通过单细胞测序识别了HNSCC中C2 MALAT1+肿瘤亚群的独特特征，并开发了新的预后模型MTRS	研究可能受限于样本量或特定亚群的分析深度	解析HNSCC的肿瘤异质性，寻找治疗靶点并优化预后模型	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的肿瘤亚群	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	LASSO回归	单细胞RNA测序数据	NA
1836	2025-03-28	Pathogenesis of systemic sclerosis: an integrative review of recent advances 2025-Apr-01, Journal of rheumatic diseases IF:2.2Q3 DOI:10.4078/jrd.2024.0129 PMID:40134549	综述	本文综述了系统性硬化症（SSc）的发病机制最新研究进展，强调了从基础研究向精准治疗方法的转变	整合了最新的转录组、基因组、蛋白质组和表观基因组数据，探索了流式细胞术和单细胞RNA测序等技术在研究致病细胞亚型中的潜力	NA	探讨系统性硬化症的发病机制，并推动未来研究向个性化和精准干预方向发展	系统性硬化症（SSc）的发病机制	医学研究	系统性硬化症（SSc）	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	转录组、基因组、蛋白质组、表观基因组数据	NA
1837	2025-03-28	Clinical efficacy and chemoresistance analysis of precision neoadjuvant chemotherapy for borderline resectable pancreatic cancer: a prospective, single-arm pilot study 2025-Mar-28, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002342 PMID:40146255	研究论文	本研究评估了基于患者来源类器官（PDOs）的新辅助化疗（NAC）在临界可切除胰腺癌（BRPC）中的临床疗效和安全性	利用PDOs进行药物敏感性测试，个性化调整NAC方案，并探索了吉西他滨耐药的潜在机制	单臂试验设计，样本量较小（19例患者）	评估PDOs指导的NAC在BRPC中的疗效和安全性，并探索吉西他滨耐药的分子机制	临界可切除胰腺癌（BRPC）患者	数字病理	胰腺癌	scRNA-seq	NA	临床数据和单细胞转录组数据	25例患者中19例符合条件
1838	2025-03-28	Phosphodiesterase 5 inactivation in vascular smooth muscle cells aggravates aortic aneurysm and dissection 2025-Mar-27, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6411 PMID:40145405	research paper	该研究探讨了血管平滑肌细胞中磷酸二酯酶5A（PDE5A）的失活如何加剧主动脉瘤和夹层（AAD）的发病机制	首次揭示了SMC特异性PDE5A在AAD发病中的关键作用，并通过基因敲除和过表达小鼠模型验证了其机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，临床转化需进一步研究	阐明PDE5A在主动脉瘤和夹层发病中的分子机制	人类和小鼠主动脉组织、血管平滑肌细胞（SMCs）	血管病理学	主动脉瘤和夹层（AAD）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Western blotting、免疫荧光、免疫组化染色	PDE5A基因敲除和过表达小鼠模型	基因表达数据、组织病理学图像	人类和小鼠主动脉组织样本，具体数量未明确说明
1839	2025-03-28	Single cell RNA sequencing shows that cells expressing Sox9 postnatally populate most skeletal lineages in mouse bone 2025-Mar-26, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf043 PMID:40143416	研究论文	通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术，研究发现小鼠骨骼中的成骨细胞前体细胞均来源于表达Sox9的祖细胞	揭示了Sox9表达祖细胞在出生后骨骼发育中的重要作用，以及一类位于软骨膜和生长板软骨细胞之间的独特软骨细胞对成骨细胞谱系的贡献	研究仅在小鼠模型中进行，结果是否适用于人类尚需验证	探究小鼠骨骼中成骨细胞前体细胞的来源	小鼠骨骼中的成骨细胞前体细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	NA	基因表达数据	小鼠骨骼组织样本
1840	2025-03-28	CellPhoneDB v5: inferring cell-cell communication from single-cell multiomics data 2025-Mar-25, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01137-1 PMID:40133495	研究论文	本文介绍了CellPhoneDB v5，一个用于从单细胞多组学数据推断细胞间通讯的生物信息学工具包	增加了约1000种非肽配体介导的相互作用，提供了新的查询方式，整合了空间转录组学和染色质可及性数据的新策略，并引入了交互式可视化模块CellPhoneDBViz	需要基本的Python知识，且协议执行时间约为15分钟	提高细胞间通讯推断的精确度，为生理微环境中的组织生物学提供新见解	单细胞多组学数据中的细胞间通讯	生物信息学	NA	单细胞基因组学技术、空间转录组学技术、染色质可及性测定	NA	单细胞多组学数据	NA