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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1821 | 2026-02-27 |
Engineering a spatiotemporal macrophage circuit via STING phase separation to override immune suppression in pancreatic cancer
2025-Nov-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2504718122
PMID:41264244
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于STING相分离的时空巨噬细胞重编程平台,用于克服胰腺癌的免疫抑制微环境 | 首次利用STING相分离原理构建时空可控的巨噬细胞回路,实现TAMs的序贯重编程并防止过度炎症反应 | 研究目前处于临床前模型阶段,尚未进行人体临床试验验证 | 开发新型巨噬细胞靶向免疫治疗策略以克服胰腺癌免疫抑制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)及其肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1822 | 2026-02-27 |
Genetically Engineered Mouse Models for Alzheimer Disease and Frontotemporal Dementia: New Insights from Single-Cell and Spatial Transcriptomics
2025-Nov, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.006
PMID:39743215
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综述 | 本文综述了阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型,并基于单细胞和空间转录组学研究总结了主要发现 | 整合了最新的单细胞转录组学、多组学和空间转录组学数据,为神经退行性疾病模型提供了新的分子和细胞层面见解 | 没有模型是完美的,可能存在物种差异和病理不完全模拟的问题 | 研究神经退行性疾病的病因和潜在治疗方法 | 基因工程小鼠模型,特别是阿尔茨海默病和额颞叶痴呆模型 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学, 多组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞 RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1823 | 2026-02-27 |
GreenCells: A comprehensive resource for single-cell analysis of plant lncRNAs
2025-10, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110678
PMID:40912654
|
研究论文 | 本文介绍了GreenCells数据库,一个专门用于在单细胞水平探索植物长非编码RNA的综合资源 | 开发了首个专注于植物lncRNA的单细胞分析数据库,整合了多物种数据并识别了lncRNA标记基因及共表达网络 | NA | 研究植物lncRNA在单细胞分辨率下的表达和功能 | 八种植物物种的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1824 | 2026-02-27 |
Computational Drug Repurposing for Alzheimer's Disease via Sheaf Theoretic Population-Scale Analysis of snRNA-seq Data
2025-Sep-29, ArXiv
PMID:41256885
|
研究论文 | 本文提出了一种基于鞘理论的计算药物重定位模型,用于阿尔茨海默病的治疗,通过分析大规模单核RNA测序数据来识别药物靶点 | 首次将持久鞘拉普拉斯算子应用于阿尔茨海默病的药物重定位,结合群体水平的单核RNA测序数据进行蛋白质-蛋白质相互作用分析 | 研究依赖于公共数据集,可能未涵盖所有阿尔茨海默病亚型或细胞类型,且药物预测模型需进一步实验验证 | 开发一种计算药物重定位方法,以针对阿尔茨海默病的分子靶点筛选现有药物 | 阿尔茨海默病相关的微胶质细胞和脑血管组织中的多种细胞类型,涉及数十万个细胞核 | 计算生物学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序 | 机器学习模型 | 单核RNA测序数据 | 涉及多患者、多区域研究的数十万个细胞核 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 1825 | 2026-02-27 |
The urokinase receptor/uPAR is a major effector of p53 gain-of-function mutations in gemcitabine-treated pancreatic ductal adenocarcinoma
2025-09, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110561
PMID:40759369
|
研究论文 | 本文研究了在胰腺导管腺癌中,TP53功能获得性突变通过上调uPAR表达,促进吉西他滨治疗后癌细胞侵袭和转移的机制 | 揭示了TP53功能获得性突变通过上调PLAUR/uPAR表达,驱动吉西他滨治疗后胰腺癌细胞的侵袭性增强和化疗耐药,并利用单细胞RNA测序技术验证了PLAUR在特定恶性上皮细胞簇中的表达增加 | 研究主要基于细胞系和TCGA数据,缺乏体内实验验证,且EGFR沉默对uPAR介导的ERK1/2激活无影响的机制未完全阐明 | 探究TP53功能获得性突变在胰腺导管腺癌化疗耐药和侵袭转移中的作用机制 | 胰腺导管腺癌细胞系(PANC1和MIA PaCa-2)及TCGA数据库中的患者数据 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、基因沉默、细胞迁移和侵袭实验 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | TCGA数据库中的胰腺导管腺癌样本及PANC1、MIA PaCa-2细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1826 | 2026-02-27 |
SMAD1/5-mediated recruitment of the histone demethylase KDM1A controls cell fate programs in embryonic stem cells
2025-09, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110591
PMID:40812426
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研究论文 | 本研究揭示了SMAD1/5通过招募组蛋白去甲基化酶KDM1A来调控小鼠胚胎干细胞中细胞命运程序的转录抑制机制 | 发现了SMAD1/5通过招募KDM1A去除增强子相关的H3K4me1/2标记,从而调控细胞类型特异性基因表达程序的新机制 | 研究主要基于小鼠胚胎干细胞模型,在人类细胞或其他生物系统中的普适性尚需验证 | 探究SMAD1/5在小鼠胚胎干细胞中调控细胞命运的具体分子机制 | 小鼠胚胎干细胞(mESCs) | 表观遗传学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq) | NA | 基因表达数据,染色质修饰数据 | Smad1/5双敲除(S1/5 dKO)和野生型(WT)小鼠胚胎干细胞 | NA | 单细胞RNA测序,染色质免疫沉淀测序 | NA | NA |
| 1827 | 2026-02-27 |
CREB Drives Acinar to Ductal Cells Reprogramming and Promotes Pancreatic Cancer Progression in Preclinical Models of Alcoholic Pancreatitis
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101606
PMID:40812683
|
研究论文 | 本研究探讨了在酒精性慢性胰腺炎背景下,CREB与致癌KrasG12D/+在促进胰腺癌进展中的分子相互作用 | 揭示了CREB在酒精性胰腺炎模型中驱动腺泡细胞向导管细胞重编程并加速胰腺癌进展的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明慢性炎症下CREB与Kras*协同促进胰腺癌进展的分子机制 | 胰腺腺泡细胞、导管病变、胰腺上皮内瘤变 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、Western blotting、磷酸激酶阵列、定量PCR、谱系追踪 | 遗传工程小鼠模型(KC, KCC-/-) | 基因表达数据、组织学图像 | 多种遗传背景的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1828 | 2026-02-27 |
Single cell and TCR analysis of immune cells from AAV gene therapy-dosed Duchenne muscular dystrophy patients
2024-Dec-12, Molecular therapy. Methods & clinical development
DOI:10.1016/j.omtm.2024.101349
PMID:39524974
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和T细胞受体测序,分析了接受AAV基因治疗的杜氏肌营养不良症患者治疗前后的外周血单个核细胞,以探究免疫反应机制 | 首次在AAV基因治疗临床试验中结合单细胞转录组和TCR测序,揭示了治疗后T细胞干扰素反应基因的诱导以及特定TCR克隆的扩增,并发现部分扩增克隆与既往疱疹病毒感染相关 | 样本量较小(仅5名参与者),且仅有一例发生血栓性微血管病,限制了统计效力与普遍性结论的得出 | 探究高剂量AAV基因治疗在杜氏肌营养不良症患者中引发的免疫反应机制,特别是血栓性微血管病发生的潜在原因 | 接受AAV基因治疗的杜氏肌营养不良症患者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 杜氏肌营养不良症 | 单细胞RNA测序,T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据,TCR序列数据 | 5名患者治疗前后的外周血单个核细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1829 | 2026-02-27 |
The IL-1β inhibitor canakinumab in previously treated lower-risk myelodysplastic syndromes: a phase 2 clinical trial
2024-11-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54290-2
PMID:39537648
|
研究论文 | 本研究是一项II期非随机单臂临床试验,评估IL-1β抑制剂卡那单抗在先前治疗过的低风险骨髓增生异常综合征患者中的安全性和疗效 | 首次在低风险MDS患者中评估IL-1β抑制剂卡那单抗的临床活性,并利用单细胞RNA测序分析揭示其作用机制与遗传复杂性的关联 | 样本量较小(25例患者),且为非随机单臂设计,可能限制结果的普遍性和因果推断 | 评估靶向IL-1β信号通路是否能挽救MDS患者的无效红细胞生成 | 先前治疗过的低风险骨髓增生异常综合征患者 | 数字病理学 | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 25例患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1830 | 2026-02-27 |
MerTK+ macrophages promote melanoma progression and immunotherapy resistance through AhR-ALKAL1 activation
2024-10-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ado8366
PMID:39365866
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序识别了表达高水平MerTK的巨噬细胞亚群,揭示了其在黑色素瘤进展和免疫治疗耐药中的作用机制 | 首次发现AhR-ALKAL1通路激活驱动MerTK+巨噬细胞的免疫抑制表型极化,并开发了靶向递送AhR拮抗剂的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;靶向递送系统的临床转化潜力需进一步评估 | 探究巨噬细胞异质性在黑色素瘤微环境中的调控机制及免疫治疗耐药成因 | 黑色素瘤微环境中的MerTK+巨噬细胞亚群 | 单细胞组学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量(基于小鼠模型) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1831 | 2026-02-27 |
SpaTopic: A statistical learning framework for exploring tumor spatial architecture from spatially resolved transcriptomic data
2024-09-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adp4942
PMID:39331720
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaTopic的统计学习框架,用于从空间分辨转录组数据中探索肿瘤的空间结构 | SpaTopic通过整合单细胞转录组学和空间分辨转录组数据,协调spot聚类和细胞类型反卷积,利用主题建模将肿瘤微环境分层为具有一致细胞组织的空间域,提高了空间架构注释的性能 | NA | 开发一个统计学习框架,以探索和解释肿瘤空间分辨转录组数据中的空间架构 | 肿瘤组织及其微环境 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间分辨转录组学,单细胞转录组学 | 主题建模 | 空间分辨转录组数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 空间分辨转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1832 | 2026-02-27 |
Chemically programmed metabolism drives a superior cell fitness for cartilage regeneration
2024-09-13, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adp4408
PMID:39259800
|
研究论文 | 本研究通过药物筛选发现化合物FPH2能增强人软骨细胞的适应性,促进关节软骨再生,并揭示其通过抑制肉碱棕榈酰转移酶I和优化代谢稳态的机制 | 首次发现FPH2能诱导软骨细胞进入“超级适应”状态,并通过代谢编程提升细胞适应性,为软骨再生提供新策略 | 研究主要基于动物模型,人类临床应用效果需进一步验证;单细胞转录组学分析可能未覆盖所有细胞亚群 | 探索增强软骨细胞适应性和促进关节软骨再生的化学方法 | 人软骨细胞和关节软骨组织 | 细胞治疗与再生医学 | 骨关节炎 | 药物筛选、单细胞转录组学、动物模型实验 | NA | 转录组数据、组织图像 | 大鼠动物模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1833 | 2026-02-27 |
High-Lactate-Metabolizing Photosynthetic Bacteria Reprogram Tumor Immune Microenvironment
2024-09, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202405930
PMID:38924191
|
研究论文 | 本研究筛选出一种高乳酸代谢光合细菌(LAB-1),用于重编程肿瘤免疫微环境,以增强免疫治疗效果 | 首次通过正交实验模拟肿瘤微环境并利用乳酸作为唯一有机碳源筛选高乳酸代谢光合细菌,并证明其能选择性定植于肿瘤组织、降低乳酸水平、提高pH值,从而有效重编程肿瘤免疫微环境 | 研究仅在鼠源4T1模型中进行验证,尚未在人类肿瘤或更广泛的肿瘤模型中测试其普适性与安全性 | 通过降低肿瘤组织中的乳酸水平来重编程肿瘤免疫微环境,以增强肿瘤免疫治疗的效果 | 高乳酸代谢光合细菌(LAB-1)及其在鼠源4T1肿瘤模型中的作用 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 鼠源4T1肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1834 | 2026-02-27 |
Tracing Immunological Interaction in Trimethylamine N-Oxide Hydrogel-Derived Zwitterionic Microenvironment During Promoted Diabetic Wound Regeneration
2024-08, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202402738
PMID:38885961
|
研究论文 | 本研究开发了一种新型三甲胺N-氧化物(TMAO)衍生的两性离子水凝胶,以促进糖尿病伤口愈合,并通过单细胞RNA测序探索了其周围的多细胞生态系统 | 首次利用TMAO衍生的两性离子水凝胶调控免疫微环境,揭示了巨噬细胞和中性粒细胞在糖尿病伤口愈合中的关键作用,并验证了两性离子微环境对适应性免疫系统激活的影响 | 未明确提及研究的具体局限性,如样本量、实验模型或长期效果评估 | 解析糖尿病伤口愈合的免疫调节机制并开发治疗策略 | 糖尿病伤口愈合过程中的多细胞生态系统,特别是巨噬细胞和中性粒细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1835 | 2026-02-27 |
Single-cell transcriptome atlas of testes from mice with high-fat diets
2024-06-04, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03435-5
PMID:38834587
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,分析了肥胖和瘦小鼠睾丸中的超过70,000个细胞,以探究高脂饮食诱导的肥胖对非生精细胞和精子发生的影响 | 首次提供了饮食诱导肥胖小鼠睾丸的单细胞RNA-seq数据集,为研究高脂饮食相关的男性生殖损伤提供了创新性见解和方向 | 研究主要基于小鼠模型,结果向人类转化的适用性可能有限,且未详细探讨肥胖影响的具体分子机制 | 探究肥胖对睾丸在分子水平的影响,特别是高脂饮食如何破坏睾丸内的细胞间通讯网络和影响精子发生 | 肥胖和瘦小鼠的睾丸细胞,包括非生精细胞和从精原细胞到精子的所有生精细胞 | 数字病理学 | 肥胖相关生殖损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过70,000个细胞来自肥胖和瘦小鼠的睾丸 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1836 | 2026-02-27 |
Direct comparison of mass cytometry and single-cell RNA sequencing of human peripheral blood mononuclear cells
2024-05-30, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03399-6
PMID:38816402
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研究论文 | 本文直接比较了人类外周血单个核细胞在单细胞RNA测序和质谱流式细胞术中的细胞类型比例及蛋白质与mRNA测量的相关性 | 首次在同一细胞样本上同时进行单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和流式细胞术,为评估数据一致性和开发整合预测方法提供了金标准数据集 | 研究仅针对人类外周血单个核细胞,未扩展到其他组织或疾病状态,且样本量有限 | 评估单细胞转录组学和蛋白质组学测量之间的一致性,并为单细胞分析工具提供基准数据集 | 人类外周血单个核细胞 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, 流式细胞术 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | 一个分割样本的人类外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 1837 | 2026-02-27 |
Time-course RNAseq data of murine AB1 mesothelioma and Renca renal cancer following immune checkpoint therapy
2024-05-03, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03294-0
PMID:38702329
|
研究论文 | 本文提供了小鼠AB1间皮瘤和Renca肾癌在接受免疫检查点治疗后的时间进程RNAseq数据,包括整体和单细胞测序 | 结合时间进程的整体RNA测序和单细胞测序,在治疗前和治疗后多个时间点分析免疫微环境,并比较不同样本解离协议的影响 | 研究基于小鼠模型,可能无法完全反映人类疾病情况;样本数量相对有限 | 表征免疫检查点阻断治疗反应的时间关键转录事件,并评估样本处理协议对转录信息质量的影响 | 小鼠AB1间皮瘤和Renca肾细胞癌模型 | 转录组学 | 间皮瘤, 肾癌 | RNA-seq, 单细胞测序 | NA | RNA序列数据 | 144个整体RNAseq样本(来自两种癌症类型,跨越4个时间点),12个单细胞测序样本(治疗前1小时) | NA | 整体RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1838 | 2026-02-27 |
Bulk and single-cell transcriptome datasets of the mouse fetal and adult rete ovarii and surrounding tissues
2024-04-13, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03227-x
PMID:38615064
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研究论文 | 本研究提供了小鼠胎儿和成年卵巢网及其周围组织的批量、单细胞和细胞核水平转录组数据集,以揭示卵巢网在卵巢稳态和生理反应中的潜在功能 | 首次利用Pax8-rtTA; Tre-H2B-GFP小鼠模型对卵巢网的三个区域进行转录组分析,整合了批量、单细胞和细胞核水平的数据 | 研究主要基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类,且卵巢网的具体功能机制仍需进一步验证 | 探索卵巢网在卵巢发育、女性成熟和成年生育力中的角色 | 小鼠胎儿和成年卵巢网组织,包括卵巢内网、卵巢外网和连接网三个区域 | 数字病理学 | NA | 转录组分析,包括批量、单细胞和细胞核水平测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1839 | 2026-02-27 |
Single-cell RNA-sequencing of virus-specific cellular immune responses in chronic hepatitis B patients
2024-04-08, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03187-2
PMID:38589415
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了慢性乙型肝炎患者中病毒特异性细胞免疫反应的转录组特征 | 创建了首个包含HBV特异性T细胞、非初始T细胞和PD1 T细胞的单细胞转录组数据集,并同时分析了血液和肝脏组织样本 | 样本量相对有限(21名患者和10名健康对照),且肝脏活检样本仅来自5名患者的匹配子集 | 深入理解慢性乙型肝炎中失调的免疫反应机制,特别是T细胞功能异常的表型 | 慢性乙型肝炎患者和健康对照者的免疫细胞,包括HBV特异性T细胞、非初始T细胞和PD1 T细胞 | 单细胞组学 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 21名慢性乙型肝炎患者和10名健康对照者,包含5名患者的匹配肝脏活检样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10X Genomics平台(用于186,123个细胞)和全长Smart-seq2协议(用于1,069个细胞) |
| 1840 | 2026-02-27 |
SOXC are critical regulators of adult bone mass
2024-Apr-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47413-2
PMID:38580651
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型和单细胞转录组学揭示了SOXC转录因子(特别是SOX4)在调控成年骨量中的关键作用,包括促进骨吸收和抑制骨形成 | 首次明确了SOXC转录因子在成年骨量调控中的冗余和特异性作用,特别是SOX4在调节骨吸收与骨形成平衡中的主导角色,并通过单细胞转录组学揭示了其分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性尚需进一步验证;单细胞转录组学数据仅提供了表达谱,功能验证有待深入 | 探究SOXC转录因子如何调控成年骨量,并阐明其分子机制 | 小鼠模型(SOXC功能缺失和功能获得模型)以及Lepr间充质细胞 | NA | 骨质疏松症 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |