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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 18321 | 2024-08-05 | 
         No detectable alloreactive transcriptional responses under standard sample preparation conditions during donor-multiplexed single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells 
        
          2021-01-20, BMC biology
          
          IF:4.4Q1
          
         
        
          DOI:10.1186/s12915-020-00941-x
          PMID:33472616
         
       | 
      
      研究论文 | 这篇文章探讨在标准样本制备条件下,混合来自无关供体的外周血单核细胞是否会引起可检测的异体反应。 | 首次评估在标准scRNA-seq样本制备条件下,混合外周血单核细胞是否导致显著的基因表达变化。 | 未考虑在其他样本制备条件下的潜在异体反应。 | 确定在单细胞RNA测序中的样本混合是否引起异体反应。 | 外周血单核细胞(PBMCs)来自无关供体。 | 数字病理学 | NA | 10x Genomics scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 一个供体的PBMCs,与无关供体的PBMCs混合 | NA | NA | NA | NA | 
| 18322 | 2024-08-05 | 
         ZipSeq: barcoding for real-time mapping of single cell transcriptomes 
        
          2020-08, Nature methods
          
          IF:36.1Q1
          
         
        
          DOI:10.1038/s41592-020-0880-2
          PMID:32632238
         
       | 
      
      研究论文 | 本文提出了一种名为‘ZipSeq’的方法,用于在活组织中实时映射单细胞转录组。 | 创新点在于使用图案照明和光封闭的寡核苷酸即时为活细胞打印条形码,解决了细胞位置与转录组关联的局限性。 | 目前方法在实时定位细胞转录组方面存在不同的局限性。 | 本研究旨在提高细胞转录组数据与细胞在三维空间中位置的整合能力。 | 研究对象包括体外创伤愈合、活淋巴结切片和活肿瘤微环境中的细胞。 | 数字病理学 | 肿瘤 | 光照和光封闭的寡核苷酸 | NA | 基因表达数据 | 在各种设置中发现新的基因表达模式,具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA | 
| 18323 | 2024-08-05 | 
         Building a Human Thymus: A Pointillist View 
        
          2019-11-19, Immunity
          
          IF:25.5Q1
          
         
        
          DOI:10.1016/j.immuni.2019.10.003
          PMID:31747579
         
       | 
      
      研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序分析稀有样本,探讨人类胎儿早期的胸腺基质细胞类型及其相关的T淋巴细胞发展 | 阐明了早期人类胎儿中胸腺基质细胞类型和T淋巴细胞的发育过程 | 样本稀有,可能限制结果的普遍适用性 | 研究胸腺基质细胞的来源及早期T淋巴细胞的形成 | 早期人类胎儿的胸腺相关细胞 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 稀有样本 | NA | NA | NA | NA | 
| 18324 | 2024-08-04 | 
         Single-cell sequencing of the retina shows that LDHA regulates pathogenesis of autoimmune uveitis 
        
          2024-02, Journal of autoimmunity
          
          IF:7.9Q1
          
         
        
          DOI:10.1016/j.jaut.2023.103160
          PMID:38160538
         
       | 
      
      研究论文 | 本文研究了LDHA在自身免疫性葡萄膜炎中对病理发生的调节作用 | 研究发现LDHA的抑制可以恢复炎症下T效应细胞和T调节细胞的不平衡,并揭示了其在自身免疫性葡萄膜炎中的作用机制 | 未提及具体的临床数据或者长期观察结果 | 旨在揭示自身免疫性葡萄膜炎中视网膜损伤的细胞动态和致病机制 | 实验自身免疫性葡萄膜炎小鼠及葡萄膜炎患者外周血单核细胞 | 数字病理学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 实验中使用了自身免疫性葡萄膜炎小鼠和人类患者的样本 | NA | NA | NA | NA | 
| 18325 | 2024-08-05 | 
         Single-cell transcriptomic profiling reveals a pathogenic role of cytotoxic CD4+ T cells in giant cell arteritis 
        
          2024-01, Journal of autoimmunity
          
          IF:7.9Q1
          
         
        
          DOI:10.1016/j.jaut.2023.103124
          PMID:37952293
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究揭示了细胞毒性CD4+ T细胞在巨细胞动脉炎中的致病作用 | 通过单细胞RNA测序和T细胞受体谱分析深入探讨了CD4 T细胞在巨细胞动脉炎中的作用 | 研究可能受到样本大小限制,仅包括八名巨细胞动脉炎患者和八名健康对照 | 进一步阐明CD4 T细胞在巨细胞动脉炎中的角色 | 114,799个循环CD4 T细胞来源于活动性和缓解期的巨细胞动脉炎患者与健康对照 | 数字病理学 | 巨细胞动脉炎 | 单细胞RNA测序和T细胞受体谱分析 | NA | 细胞数据 | 114,799个CD4 T细胞,来自8名巨细胞动脉炎患者和8名健康对照 | NA | NA | NA | NA | 
| 18326 | 2024-08-04 | 
         Single-cell transcriptomics uncovers a non-autonomous Tbx1-dependent genetic program controlling cardiac neural crest cell development 
        
          2023-03-21, Nature communications
          
          IF:14.7Q1
          
         
        
          DOI:10.1038/s41467-023-37015-9
          PMID:36941249
         
       | 
      
      研究论文 | 这篇文章揭示了一个非自主的Tbx1依赖的基因程序,该程序控制心脏神经嵴细胞的发展 | 首次使用单细胞RNA测序揭示了心脏神经嵴细胞的动态转变及其在Tbx1缺失下的非自主变化 | 未提及研究的限制 | 探讨心脏神经嵴细胞在发育过程中的命运动态 | 对照小鼠胚胎和Tbx1失活小鼠的神经嵴细胞进行单细胞RNA测序 | 数字病理学 | 先天性心脏病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 来自对照小鼠和Tbx1失活小鼠的神经嵴细胞 | NA | NA | NA | NA | 
| 18327 | 2024-08-05 | 
         BOMA, a machine-learning framework for comparative gene expression analysis across brains and organoids 
        
          2023-02-27, Cell reports methods
          
          IF:4.3Q2
          
         
        
          DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100409
          PMID:36936070
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究提出了一种机器学习框架BOMA,用于比较大脑和类器官之间的基因表达分析 | 开发了一种全球对齐和局部细化的机器学习框架,能够揭示大脑和类器官间保护的和特定的发育轨迹 | 没有提到具体的局限性 | 旨在比较和分析大脑与类器官之间的基因表达差异 | 研究对象为人类大脑和人类类器官,以及非人灵长类动物的大脑 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 使用多个人类大脑和类器官的样本,具体数量未说明 | NA | NA | NA | NA | 
| 18328 | 2024-08-05 | 
         Preparation of single cell suspensions enriched in mouse brain vascular cells for single-cell RNA sequencing 
        
          2021-09-17, STAR protocols
          
          IF:1.3Q4
          
         
        
          DOI:10.1016/j.xpro.2021.100715
          PMID:34401781
         
       | 
      
      研究论文 | 本文建立了用于小鼠大脑血管细胞的单细胞RNA测序的细胞分离程序 | 创新性在于提供了一种高效的细胞分离方法以获取高质量的脑血管细胞 | 未提及具体的实验条件和样本来源的限制 | 研究目标是改善脑血管细胞的分离与表征以进行转录组分析 | 研究对象为小鼠脑血管细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 18329 | 2024-08-05 | 
         Lentiviral vectors transduce lung stem cells without disrupting plasticity 
        
          2021-Sep-03, Molecular therapy. Nucleic acids
          
         
        
          DOI:10.1016/j.omtn.2021.06.010
          PMID:34458011
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究探讨了逆转录病毒载体在不影响气道干细胞功能的情况下转导肺干细胞。 | 该研究首次证明了逆转录病毒载体转导不会改变气道干细胞的可塑性与功能。 | 研究主要针对人类囊性纤维化和非囊性纤维化肺供者的细胞,可能不适用于其他类型的肺病。 | 探讨病毒载体转导或治疗转基因的异位表达是否会影响气道干细胞的功能。 | 研究对象为来自人类囊性纤维化和非囊性纤维化肺供者的初级气道基底细胞。 | 数字病理学 | 肺癌 | 逆转录病毒载体 | NA | 细胞文化 | 来自囊性纤维化和非囊性纤维化肺供者的初级气道基底细胞 | NA | NA | NA | NA | 
| 18330 | 2024-08-05 | 
         Intratumoral injection of caerin 1.1 and 1.9 peptides increases the efficacy of vaccinated TC-1 tumor-bearing mice with PD-1 blockade by modulating macrophage heterogeneity and the activation of CD8+ T cells in the tumor microenvironment 
        
          2021, Clinical & translational immunology
          
          IF:4.6Q2
          
         
        
          DOI:10.1002/cti2.1335
          PMID:34429969
         
       | 
      
      研究论文 | 本文展示了结合E7抗原特异性免疫疗法及IL-10和PD-1阻断剂,局部注射caerin 1.1/1.9肽能增强TC-1肿瘤微环境的免疫活性 | 首次展示了caerin 1.1/1.9肽在结合抗PD-1治疗下对肿瘤免疫细胞类型的影响 | 该研究未详细探讨不同剂量的caerin肽对免疫反应的影响 | 改善临床免疫疗法对肿瘤的响应 | 接种E7抗原的TC-1肿瘤小鼠 | 数字病理学 | NA | 流式细胞术、单细胞转录组学与蛋白质组学 | NA | 细胞, 蛋白质 | 受试者为接种E7抗原的TC-1肿瘤小鼠 | NA | NA | NA | NA | 
| 18331 | 2024-08-05 | 
         Deciphering Müller cell heterogeneity signatures in diabetic retinopathy across species: an integrative single-cell analysis 
        
          2024-May-03, European journal of medical research
          
          IF:2.8Q2
          
         
        
          DOI:10.1186/s40001-024-01847-y
          PMID:38698486
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过单细胞分析阐明了糖尿病视网膜病变中穆勒细胞的复杂特征 | 首次揭示了不同物种中穆勒细胞的异质性及其在糖尿病视网膜病变中的作用 | 未明确提到该研究的局限性 | 深入理解糖尿病视网膜病变中穆勒细胞的细胞机制 | 糖尿病视网膜病变中的穆勒细胞 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 使用了斯普拉吉-道利大鼠模型和人类患者的样本 | NA | NA | NA | NA | 
| 18332 | 2024-08-04 | 
         A cuproptosis-related signature predicts prognosis and indicates cross-talk with immunocyte in ovarian cancer 
        
          2024-May-02, Discover oncology
          
          IF:2.8Q2
          
         
        
          DOI:10.1007/s12672-024-00981-7
          PMID:38696071
         
       | 
      
      研究论文 | 本文构建了一个新的与铜死亡相关的基因特征,具有良好的预后能力,以评估卵巢癌患者的结果 | 建立了与铜死亡相关的预后模型,并发现了其与免疫细胞的交互作用和化疗反应的关系 | 本研究主要依赖于TCGA和GEO数据库,可能存在数据偏差问题 | 研究铜死亡与卵巢癌进展之间的关系 | 卵巢癌患者的基因组数据和细胞实验 | 数字病理学 | 卵巢癌 | RNA测序 | LASSO-Cox回归模型 | 基因组数据 | TCGA中583名卵巢癌患者和GEO中260名卵巢癌患者 | NA | NA | NA | NA | 
| 18333 | 2024-08-05 | 
         Development of an Automated Morphometric Approach to Assess Vascular Outcomes following Exposure to Environmental Chemicals in Zebrafish 
        
          2024-May, Environmental health perspectives
          
          IF:10.1Q1
          
         
        
          DOI:10.1289/EHP13214
          PMID:38701112
         
       | 
      
      研究论文 | 本文开发了一种自动化形态度量方法来评估环境化学物质对血管的影响 | 提出了一个基于深度学习的定量框架ECA-ResXUnet,用于自动分割血管网和提取特征 | 对环境化学物质对血管的影响研究还不够全面 | 研究环境化学物质对血管形态的影响并开发评估方法 | Tg(fli1a:eGFP)斑马鱼胚胎作为实验对象 | 数字病理学 | NA | 高含量成像平台和单细胞RNA测序 | ECA-ResXUnet | 图像 | 对150种环境化学物质处理的斑马鱼幼体进行了评估 | NA | NA | NA | NA | 
| 18334 | 2024-08-04 | 
         ProtoCell4P: an explainable prototype-based neural network for patient classification using single-cell RNA-seq 
        
          2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
          
         
        
          DOI:10.1093/bioinformatics/btad493
          PMID:37540223
         
       | 
      
      研究论文 | 本文提出了一种名为ProtoCell4P的原型基础神经网络,用于基于单细胞RNA测序进行患者分类并提供可解释性 | 该模型通过利用细胞知识和细胞的代表(称为原型)来缓解样本稀缺和细胞数量多样性的问题,具备良好的可解释性 | 样本数量通常较小,单细胞表达轮廓较嘈杂,并且高维性可能限制了一些分析 | 旨在设计深度学习模型对患者表型进行精准分类 | 研究对象为通过单细胞RNA测序数据获得的患者样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 原型基础神经网络 | 单细胞表达数据 | 样本数量通常较小,具体数字未给出 | NA | NA | NA | NA | 
| 18335 | 2024-08-05 | 
         Generation of ventralized human thalamic organoids with thalamic reticular nucleus 
        
          2023-05-04, Cell stem cell
          
          IF:19.8Q1
          
         
        
          DOI:10.1016/j.stem.2023.03.007
          PMID:37019105
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究报告了一种将人类胚胎干细胞转化为具有不同核身份的腹侧丘脑类器官的方法 | 实现了以前未能达到的丘脑模式,展现了丘脑网状核的特征 | 未影响整体丘脑谱系发育的神经功能变化可能限定了结果的适用性 | 探索人类丘脑中核特异性发育与病理的机制 | 使用腹侧丘脑类器官研究TRN特异性与病相关基因的功能 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 组织样本 | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 18336 | 2024-08-05 | 
         The 'omics of obesity in B-cell acute lymphoblastic leukemia 
        
          2023-05-04, Journal of the National Cancer Institute. Monographs
          
         
        
          DOI:10.1093/jncimonographs/lgad014
          PMID:37139973
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究探讨了肥胖如何影响人类B细胞急性淋巴细胞白血病的功能 | 使用多组学方法揭示了肥胖相关的B细胞特异性标志与生存结果之间的关联,提供了新的见解 | 研究未提及样本的多样性和肥胖机制的广泛性 | 理解脂肪细胞如何影响B细胞急性淋巴细胞白血病中的代谢和耐药性 | 正常和恶性B细胞,特别是B细胞急性淋巴细胞白血病细胞 | 数字病理学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | RNA测序,质谱 | NA | 血清和血浆样本 | 健康供体和B-ALL患者的样本 | NA | NA | NA | NA | 
| 18337 | 2024-08-05 | 
         Categorization of lung mesenchymal cells in development and fibrosis 
        
          2021-Jun-25, iScience
          
          IF:4.6Q1
          
         
        
          DOI:10.1016/j.isci.2021.102551
          PMID:34151224
         
       | 
      
      研究论文 | 该文章探讨了肺间充质细胞在发育和纤维化过程中的分类及其转录组特征 | 本研究识别并描绘了一种新的细胞群体,并描述了细胞亚型特异性转录因子 | 未明确提出该研究的具体局限性 | 研究肺间充质细胞的异质性及其在发育和纤维化中的作用 | 小鼠和人类的肺间充质细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 涉及小鼠和人类的胚胎、出生后、成人及老年期的纤维化肺中间充质细胞 | NA | NA | NA | NA | 
| 18338 | 2024-08-05 | 
         The derepression of transposable elements in lung cells is associated with the inflammatory response and gene activation in idiopathic pulmonary fibrosis 
        
          2021-Jun-09, Mobile DNA
          
          IF:4.7Q1
          
         
        
          DOI:10.1186/s13100-021-00241-3
          PMID:34108012
         
       | 
      
      研究论文 | 本文探讨了转座元件在特发性肺纤维化中的去抑制与炎症反应和基因激活的关联 | 研究首次展示了转座元件在特发性肺纤维化患者肺细胞中的失调与基因表达和炎症反应的关联 | 研究中仅使用了24名样本,可能无法全面代表特发性肺纤维化患者的多样性 | 确定转座元件是否与特发性肺纤维化相关 | 健康供体与特发性肺纤维化患者的肺细胞转录组 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 24名受试者(16名健康供体和8名特发性肺纤维化患者) | NA | NA | NA | NA | 
| 18339 | 2024-08-05 | 
         Uphyloplot2: visualizing phylogenetic trees from single-cell RNA-seq data 
        
          2021-Jun-05, BMC genomics
          
          IF:3.5Q2
          
         
        
          DOI:10.1186/s12864-021-07739-3
          PMID:34090344
         
       | 
      
      研究论文 | Uphyloplot2是一种可视化单细胞RNA测序数据的系统。 | 该工具能够直接从推断的RNA-seq数据或Newick格式的树状图文件生成系统发育图,简化了以往繁琐的手动分析。 | 目前没有提及该工具的具体限制。 | 本研究旨在提供一种简单的工具,以从单细胞RNA-seq数据及其他来源生成系统发育图,以展示肿瘤的克隆性。 | 研究对象是通过单细胞RNA测序获得的肿瘤细胞数据。 | 数字病理学 | 肿瘤 | RNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 18340 | 2024-08-05 | 
         Early precursors and molecular determinants of tissue-resident memory CD8+ T lymphocytes revealed by single-cell RNA sequencing 
        
          2020-05-15, Science immunology
          
          IF:17.6Q1
          
         
        
          DOI:10.1126/sciimmunol.aaz6894
          PMID:32414833
         
       | 
      
      研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究CD8 T细胞在对病毒感染反应中的基因表达模式 | 揭示了在病毒感染早期,组织中特定CD8 T细胞前体的转录异质性 | 研究可能未涵盖所有组织环境下的CD8 T细胞特征 | 探讨CD8 T细胞在病毒感染中的分化过程 | CD8 T细胞在脾脏和小肠内的特定亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 在病毒感染过程中对不同分化阶段的个体CD8 T细胞进行了分析 | NA | NA | NA | NA |