单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 18281 - 18300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 18281 | 2024-08-05 |
scBKAP: A Clustering Model for Single-Cell RNA-Seq Data Based on Bisecting K-Means
2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2022.3230098
PMID:37015596
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研究论文 | 本文提出了一种基于分裂K均值的单细胞RNA测序数据聚类模型scBKAP | scBKAP结合了自编码网络与MPDR模型，能有效解决现有方法的高遗漏率和高维度问题 | 本文未提及对不同类型数据集的适应性和泛化能力的验证 | 发展一种新的聚类方法以改善单细胞RNA-seq数据的处理和分析 | 针对单细胞RNA测序数据进行集群分析 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 自编码器和分裂K均值 | 基因表达数据 | 21个公共单细胞RNA-seq数据集和模拟数据集 |
| 18282 | 2024-08-05 |
ITGA5 promotes tumor angiogenesis in cervical cancer
2023-05, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.5873
PMID:36999964
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研究论文 | 本研究探讨了整合素α5（ITGA5）在宫颈癌中的肿瘤血管生成作用 | 证实了ITGA5与宫颈癌患者预后之间的相关性，并揭示其在肿瘤细胞中的血管生成机制 | 研究可能受限于样本选择以及对ITGA5功能的细致机制阐述不足 | 探究ITGA5在宫颈癌进展中的作用及其对患者预后的影响 | 155例人类宫颈癌组织样本及单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 免疫组化法、qRT-PCR、西方印迹、ELISA、免疫荧光 | NA | 组织样本、基因表达数据 | 155个宫颈癌组织样本 |
| 18283 | 2024-08-08 |
KRT13-expressing epithelial cell population predicts better response to chemotherapy and immunotherapy in bladder cancer: Comprehensive evidences based on BCa database
2023-05, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106795
PMID:36989746
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术评估了高表达角蛋白13（KRT13）的上皮细胞群对膀胱癌（BCa）治疗反应的预测能力，并构建了基于KRT13群体基因特征的人工神经网络预测模型。 | 首次发现KRT13高表达的上皮细胞群能预测膀胱癌患者对新辅助化疗和免疫检查点治疗的更好反应，并开发了一个开放访问的BCa数据库。 | NA | 研究KRT13表达的上皮细胞群在膀胱癌治疗中的预测作用。 | 膀胱癌患者对新辅助化疗和免疫检查点治疗的反应。 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | 人工神经网络 | 基因数据 | NA |
| 18284 | 2024-08-08 |
Comprehensive analysis of arachidonic acid metabolism-related genes in diagnosis and synovial immune in osteoarthritis: based on bulk and single-cell RNA sequencing data
2023-May, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-023-01720-4
PMID:36995411
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研究论文 | 本文通过综合分析探讨了花生四烯酸代谢相关基因在骨关节炎滑膜中的作用，并基于大量和单细胞RNA测序数据构建了骨关节炎的诊断模型。 | 本文首次揭示了花生四烯酸代谢途径相关基因在骨关节炎滑膜炎症中的作用，并构建了基于这些基因的骨关节炎诊断模型。 | NA | 探讨花生四烯酸代谢相关基因在骨关节炎滑膜中的作用及其在骨关节炎诊断中的应用。 | 骨关节炎滑膜中的花生四烯酸代谢相关基因。 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA测序 | NA | RNA | 30名骨关节炎患者 |
| 18285 | 2024-08-08 |
CCL17 acts as an antitumor chemokine in micromilieu-driven immune skewing
2023-May, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.110078
PMID:37001380
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研究论文 | 本文研究了CCL17在肿瘤微环境中的抗肿瘤作用及其机制 | 首次提供了CCL17通过招募传统T细胞、NKT细胞和NK细胞发挥抗肿瘤功能的直接证据 | 研究主要基于小鼠模型和数据库分析，需要进一步的人体临床研究验证 | 探讨CCL17在肿瘤微环境中的直接作用及其功能状态 | CCL17、CCL22及其受体CCR4在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | RNA序列 | 使用了Balb/C小鼠、Nude小鼠和NSG小鼠三种模型，以及TCGA数据库中的癌症患者数据 |
| 18286 | 2024-08-08 |
Systemic immune dysregulation in severe tuberculosis patients revealed by a single-cell transcriptome atlas
2023-05, The Journal of infection
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.jinf.2023.03.020
PMID:37003521
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组图谱揭示了严重结核病患者中的系统性免疫失调 | 首次通过单细胞RNA转录组和T/B细胞受体测序，全面分析了不同严重程度的结核病患者的免疫景观 | 研究样本量相对较小，可能需要更大规模的研究来验证结果 | 旨在揭示结核病，尤其是严重结核病患者的免疫机制，为治疗策略的设计提供依据 | 27个样本中的213,358个细胞，包括健康捐赠者和不同严重程度的结核病患者 | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 27个样本，包括6名健康捐赠者和21名活动性结核病患者（6名轻度，6名中度和9名重度病例） |
| 18287 | 2024-08-08 |
Live-attenuated vaccine sCPD9 elicits superior mucosal and systemic immunity to SARS-CoV-2 variants in hamsters
2023-05, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-023-01352-8
PMID:37012419
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研究论文 | 本文比较了mRNA疫苗BNT162b2、腺病毒载体疫苗Ad2-spike和减毒活疫苗候选物sCPD9在叙利亚仓鼠中的免疫反应和临床前疗效 | 研究表明，减毒活疫苗sCPD9诱导了最强大的免疫反应，包括快速病毒清除、减少组织损伤、快速分化前浆细胞、强烈的系统性和黏膜体液反应，以及在挑战异源SARS-CoV-2后快速回忆肺组织中的记忆T细胞 | NA | 研究旨在比较不同COVID-19疫苗对SARS-CoV-2变种的免疫效果 | 叙利亚仓鼠 | 疫苗学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 叙利亚仓鼠 |
| 18288 | 2024-08-08 |
Integrative analysis of multi-omics data to identify three immune-related genes in the formation and progression of intracranial aneurysms
2023-May, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-023-01725-z
PMID:37014439
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研究论文 | 本研究通过综合分析多组学数据，识别与颅内动脉瘤形成和进展相关的三个免疫相关基因 | 构建了一个由三个基因（CXCR4、S100B和OSM）组成的模型，该模型在鉴别动脉瘤与对照样本方面显示出良好的诊断价值 | NA | 识别与颅内动脉瘤形成相关的关键生物标志物 | 颅内动脉瘤的形成和进展 | 生物信息学 | 颅内动脉瘤 | 多组学数据分析 | LASSO逻辑回归 | 基因表达数据 | NA |
| 18289 | 2024-08-08 |
Clustering Single-Cell RNA Sequence Data Using Information Maximized and Noise-Invariant Representations
2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2022.3227202
PMID:37015582
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研究论文 | 本文提出了一种名为sc-INDC的深度神经网络，用于学习单细胞RNA测序数据的信息最大化且噪声不变的表示，并进行聚类 | sc-INDC模型通过学习信息最大化且噪声不变的表示，有效克服了单细胞RNA测序数据中的噪声影响，并显著降低了时间复杂度 | NA | 克服单细胞RNA测序数据中的噪声和计算挑战，提高聚类效率 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | RNA序列数据 | 14个公开可用的单细胞RNA测序数据集 |
| 18290 | 2024-08-08 |
MCPIP1 restrains mucosal inflammation by orchestrating the intestinal monocyte to macrophage maturation via an ATF3-AP1S2 axis
2023-05, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2022-327183
PMID:37015751
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研究论文 | 本文研究了MCPIP1在调节肠道巨噬细胞分化和功能中的作用，以及其在炎症性肠病（IBD）发病机制中的影响。 | 揭示了MCPIP1通过ATF3-AP1S2轴调控肠道巨噬细胞成熟的新机制。 | NA | 探究MCPIP1在调节肠道巨噬细胞功能中的作用及其在IBD发病机制中的影响。 | MCPIP1在肠道巨噬细胞分化和功能中的作用。 | 免疫学 | 炎症性肠病 | ScRNA-seq, RNA-seq, 荧光素酶 assay, CUT&Tag assay, 蛋白质印迹 | NA | 单细胞RNA测序数据 | Mcpip1 ∆Mye小鼠和Mcpip1 fl/fl同窝小鼠，以及IBD患者。 |
| 18291 | 2024-08-05 |
Universal recording of cell-cell contacts in vivo for interaction-based transcriptomics
2023-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.16.533003
PMID:36993443
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研究论文 | 本文报道了一种新的通用方法uLIPSTIC，用于记录细胞间的物理相互作用 | uLIPSTIC能够独立于受体和配体，记录免疫细胞与非免疫细胞间的相互作用 | 原有的LIPSTIC方法仅限于测量CD4助手T细胞与抗原呈递细胞之间的相互作用 | 研究细胞间相互作用对免疫功能的影响 | 研究细胞间接触的不同免疫细胞及其与非免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | NA | 酶转移标记技术 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 18292 | 2024-08-08 |
An immunometabolism subtyping system identifies S100A9+ macrophage as an immune therapeutic target in colorectal cancer based on multiomics analysis
2023-04-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.100987
PMID:36990096
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研究论文 | 本研究通过免疫代谢分型系统，在结直肠癌中识别出S100A9+巨噬细胞作为免疫治疗的新靶点 | 开发了一种免疫代谢分型系统，并发现S100A9+巨噬细胞在免疫抑制的肿瘤微环境中起关键作用 | NA | 研究肿瘤微环境中的免疫代谢及其对结直肠癌免疫治疗反应的影响 | 结直肠癌患者及其肿瘤微环境中的免疫代谢特征 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 多组学分析 | NA | 单细胞转录组 | 训练队列和验证队列的结直肠癌患者 |
| 18293 | 2024-08-05 |
Temporal tracking of microglial and monocyte single-cell transcriptomics in lethal flavivirus infection
2023-04-04, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-023-01547-4
PMID:37016414
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研究论文 | 本研究首次定义了小胶质细胞和单核细胞在致命黄病毒感染过程中单细胞转录组的响应 | 揭示了小胶质细胞和单核细胞在严重神经炎症中的时间特异性转录适应及其在抗病毒免疫反应中的作用 | 目前尚未明确定义小胶质细胞在此反应中的具体贡献 | 探讨小胶质细胞和单核细胞在西尼罗病毒脑炎中的免疫反应 | 研究小胶质细胞和单核细胞在神经炎症中的不同角色 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | RNA序列数据 | NA |
| 18294 | 2024-08-05 |
Structure-preserving visualization for single-cell RNA-Seq profiles using deep manifold transformation with batch-correction
2023-04-04, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04662-z
PMID:37016133
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研究论文 | 本文提出了一种通用的可视化方法，称为深度可视化（DV），用于处理单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的降维和可视化 | 该方法能够在统一框架中同时处理数据的固有结构和批次效应，适用于不同应用领域和数据规模的多种数据集 | 尚未提及具体的限制 | 研究旨在提供一种能保持数据结构并处理批次效应的可视化方法 | 本文研究对象为不同应用场景的单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | NA | 深度可视化（DV） | 结构图学习 | 数据集的2D或3D可视化 | 九个复杂组织数据集 |
| 18295 | 2024-08-08 |
Kernelized multiview signed graph learning for single-cell RNA sequencing data
2023-Apr-04, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05250-y
PMID:37016281
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研究论文 | 本文提出了一种基于多视角带符号图学习的联合估计多个基因调控网络的方法，用于单细胞RNA测序数据 | 本文创新性地采用了图信号处理（GSP）和核化方法，通过优化基因表达的总变化并确保学习到的网络之间的相似性，提高了基因调控网络恢复的性能 | NA | 旨在更好地描述在不同但相关条件下单细胞基因调控网络 | 单细胞基因调控网络 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 带符号图学习 | 基因表达数据 | NA |
| 18296 | 2024-08-05 |
Retinoic acid signaling modulation guides in vitro specification of human heart field-specific progenitor pools
2023-04-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36764-x
PMID:37012244
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研究论文 | 本文研究了视黄酸信号调节如何指导人类心脏领域特异性前体细胞的体外特化 | 揭示了视黄酸信号调节如何指导人类多能干细胞形成具有不同命运潜力的心脏领域特异性前体细胞 | 未提及 | 提高对人类心脏发育与先天性心脏畸形的理解 | 研究了来自患有左心发育不全综合征患者的前体细胞的转录调控失调 | 数字病理学 | 先天性心脏病 | 基因标记、单细胞转录组学、外源性人鼠胚胎嵌合体 | NA | 细胞数据 | NA |
| 18297 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq of heart reveals intercellular communication drivers of myocardial fibrosis in diabetic cardiomyopathy
2023-04-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.80479
PMID:37010266
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研究论文 | 本文研究了糖尿病心肌病中心肌纤维化的细胞间通信驱动因素 | 首次在单细胞分辨率下识别了促纤维化微环境中的关键配体-受体相互作用，提出了新的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类疾病的情况 | 探讨糖尿病心肌纤维化的发病机制及治疗靶点 | 糖尿病小鼠心脏中的纤维母细胞和巨噬细胞等细胞类型 | 数字病理学 | 糖尿病心肌病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 糖尿病小鼠的心脏细胞样本 |
| 18298 | 2024-08-08 |
Lung development and regeneration: newly defined cell types and progenitor status
2023-Apr-03, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-022-00149-0
PMID:37009950
|
综述 | 本文综述了肺发育和再生的当前理解，特别强调了多组学方法和单细胞转录组学在解析细胞参与者和分子信号方面的作用 | 本文引入了多组学方法和单细胞转录组学来深入解析肺发育和再生过程中的细胞和分子机制 | NA | 探讨肺发育过程和再生能力的当前理解 | 肺发育和再生的细胞和分子过程 | NA | NA | 多组学方法，单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA |
| 18299 | 2024-08-08 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing identifies a signature based on macrophage marker genes involved in prostate cancer prognosis and treatment responsiveness
2023-Apr-03, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01037-9
PMID:37010617
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了一个基于巨噬细胞标记基因的签名，用于预测前列腺癌患者的预后和治疗反应性 | 首次开发并验证了一个新的巨噬细胞相关签名（MRS），能够准确预测患者生存结果，评估免疫特征，推断治疗益处，并为个性化治疗提供辅助工具 | NA | 构建一个基于巨噬细胞标记基因的签名，用于预测前列腺癌患者的预后和治疗反应性 | 前列腺癌患者 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 机器学习 | RNA-Seq数据 | 1056名前列腺癌患者 |
| 18300 | 2024-08-05 |
IL-33-induced keratoconjunctivitis is mediated by group 2 innate lymphoid cells in mice
2023-Apr, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.alit.2022.10.003
PMID:37010996
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研究论文 | 本文研究了IL-33诱导的小鼠角结膜炎的免疫细胞机制 | 首次确认IL-33诱导的角结膜炎中，群体2先天淋巴细胞（ILC2）在疾病过程中发挥关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，可能无法完全代表人类的病理过程 | 探究IL-33诱导的角结膜炎中哪些免疫细胞参与该疾病的机制 | 小鼠，特别是IL-33转基因小鼠和Rag2缺失小鼠 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 多只小鼠，具体样本数未指明 |