单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1801	2025-03-29	Benchmarking algorithms for spatially variable gene identification in spatial transcriptomics 2025-Mar-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf131 PMID:40139667	研究论文	本文提出了一个基准框架，用于评估空间转录组学中识别空间可变基因的算法	通过分析30个合成和74个真实世界数据集，提出了一个全面的基准框架，以验证不同算法的有效性	未提及具体算法的局限性，仅提到缺乏全面的基准测试	评估和比较空间转录组学中识别空间可变基因的算法	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	30个合成数据集和74个真实世界数据集
1802	2025-03-29	Stressed hepatocyte sustains alcohol-associated hepatitis progression by producing leukocyte cell-derived chemotaxin 2 2025-Mar-26, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334318 PMID:40139745	研究论文	本研究探讨了白细胞源性趋化因子2（LECT2）在肝细胞-中性粒细胞相互作用中的调节作用及其对酒精性肝炎（AH）进展的影响	发现了LECT2通过与其相互作用蛋白PHB2结合，促进活性氧（ROS）产生，从而加剧酒精性肝损伤的新机制	研究主要基于动物模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证	阐明LECT2在酒精性肝炎发病机制中的作用	酒精性肝炎患者样本、基因修饰小鼠及体外培养细胞	肝脏病理学	酒精性肝炎	RNA测序（bulk和single-cell）、基因修饰技术	基因敲除小鼠模型、过表达小鼠模型	RNA测序数据、血清和肝脏样本数据	酒精性肝炎患者样本及多组基因修饰小鼠
1803	2025-03-29	Single-cell RNA sequencing reveals an IL1R2+Treg subset driving immunosuppressive microenvironment in HNSCC 2025-Mar-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04015-1 PMID:40131478	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，发现了一种IL1R2+Treg亚群在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中促进肿瘤进展，并验证了其临床诊断价值	首次识别了IL1R2+Treg亚群在HNSCC中的免疫抑制功能，并探索了联合靶向IL1R2和CTLA4的抗肿瘤效果	研究主要基于小鼠模型和临床样本验证，人体内的具体机制还需进一步研究	探究Treg亚群在HNSCC肿瘤微环境中的免疫抑制机制及其临床意义	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的调节性T细胞（Tregs）	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、组织微阵列（TMA）、酶联免疫吸附试验（ELISA）	肿瘤负荷小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及临床样本和小鼠模型
1804	2025-03-29	DNA methylation-regulated HLA-C expression modulates immune responses and metabolic alterations to influence prognosis in mesothelioma 2025-Mar-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04012-4 PMID:40131544	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了HLA-C在间皮瘤中的表达及其对免疫反应和代谢的影响	首次全面揭示了HLA-C通过DNA甲基化调控在间皮瘤预后中的作用机制，并识别了关键的中介因子	研究主要基于TCGA数据，需要进一步实验验证	阐明HLA-C在间皮瘤进展中的作用及其调控机制	间皮瘤肿瘤微环境中的免疫细胞和代谢物	肿瘤免疫学	间皮瘤	单细胞RNA测序、eQTL分析、孟德尔随机化	孟德尔随机化模型	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	TCGA间皮瘤队列数据（具体样本量未明确说明）
1805	2025-03-29	Applying integrated transcriptome and single-cell sequencing analysis to develop a prognostic signature based on M2-like tumor-associated macrophages for breast cancer 2025-Mar-25, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02161-7 PMID:40131644	research paper	本研究通过整合转录组和单细胞测序分析，开发了一个基于M2样肿瘤相关巨噬细胞的乳腺癌预后特征	首次基于M2样肿瘤相关巨噬细胞相关基因构建乳腺癌预后模型，并结合单细胞转录组数据进行验证	研究依赖于公共数据库数据，未进行大规模临床样本验证	开发乳腺癌预后预测模型并探索潜在治疗靶点	乳腺癌患者和细胞系	digital pathology	breast cancer	transcriptome sequencing, scRNA-seq, qRT-PCR	RiskScore model, nomogram	gene expression data	TCGA-BRCA、GSE20685和GSE176078数据集中的样本
1806	2025-03-29	Ginsenoside Rb1 and Berberine Synergistically Protect Against Type 2 Diabetes Mellitus via GDF15/HAMP Pathway Throughout the Liver Lobules: Insights from Spatial Transcriptomics Analysis 2025-Mar-25, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107711 PMID:40147680	研究论文	本研究探讨了人参皂苷Rb1和小檗碱通过GDF15/HAMP通路在肝小叶中对2型糖尿病的协同保护作用	首次利用空间转录组学揭示了Rb1和BBR组合治疗在肝小叶各区域对代谢的全面调控作用，并提出了GDF15/HAMP通路作为关键机制	研究仅基于db/db小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究人参皂苷Rb1和小檗碱组合治疗对2型糖尿病的保护作用及其分子机制	db/db小鼠模型	代谢组学	2型糖尿病	空间转录组学分析	db/db小鼠模型	转录组数据	NA
1807	2025-03-29	Claudin18.2-positive gastric cancer-specific changes in neoadjuvant chemotherapy-driven immunosuppressive tumor microenvironment 2025-Mar-24, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02981-y PMID:40128286	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光技术，分析了37例胃癌样本，揭示了CLDN18.2阳性胃癌在化疗驱动的免疫抑制肿瘤微环境中的特异性变化	首次揭示了化疗在CLDN18.2阳性胃癌中诱导的免疫抑制肿瘤微环境特异性变化，包括NK细胞、Tregs和TAMs的异常表现及细胞间相互作用	样本量较小（仅37例胃癌样本，其中11例CLDN18.2阳性），可能影响结果的普遍性	探究CLDN18.2阳性胃癌在化疗驱动的肿瘤微环境中的特异性变化	37例胃癌样本（包括11例CLDN18.2阳性病例）	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序，多重免疫荧光	NA	基因表达数据，免疫荧光图像	37例胃癌样本（11例CLDN18.2阳性）
1808	2025-03-29	Coordinated regulation of cortical astrocyte maturation by OLIG1 and OLIG2 through BMP7 signaling modulation 2025-Mar-24, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2025.03.008 PMID:40139307	研究论文	本研究揭示了bHLH转录因子Olig1和Olig2通过调节Bmp7表达协同调控皮质星形胶质细胞成熟的关键机制	首次发现Olig1和Olig2通过直接结合Bmp7增强子抑制其表达来促进星形胶质细胞成熟	研究主要聚焦于皮质星形胶质细胞，其他脑区星形胶质细胞的成熟机制仍需进一步探索	阐明调控皮质星形胶质细胞成熟的分子机制	皮质星形胶质细胞	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序、基因敲除	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量（使用基因修饰小鼠模型）
1809	2025-03-29	Integrated single-cell transcriptome and comparative genome analysis reveals the origin of intermuscular bones in zebrafish 2025-Mar-22, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142397 PMID:40127795	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组和比较基因组分析，揭示了斑马鱼肌间骨的起源	首次结合单细胞转录组和比较基因组分析，鉴定了与肌间骨发育相关的保守基因，并揭示了BMP信号通路在肌间骨形成中的关键作用	研究仅针对斑马鱼模型，结果在其他鱼类中的普适性需要进一步验证	探究鱼类肌间骨的分子调控机制和进化过程	斑马鱼肌间骨组织	基因组学	NA	单细胞转录组测序、比较基因组分析	NA	基因组数据、转录组数据	15种鱼类（4种有肌间骨，11种无肌间骨）的基因组数据及斑马鱼肌间骨组织的单细胞转录组数据
1810	2025-03-29	Hepatic Growth Factor as a Potential Biomarker for Lung Adenocarcinoma: A Multimodal Study 2025-Mar-19, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47030208 PMID:40136462	研究论文	本研究通过整合多种分析方法，探索炎症细胞因子与肺腺癌之间的因果关系，并发现肝细胞生长因子（HGF）作为潜在生物标志物的重要临床意义	首次采用孟德尔随机化（MR）分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组测序（RNA-seq）数据的综合方法，揭示了HGF等炎症细胞因子与肺腺癌的因果关系及其在肿瘤微环境中的作用	研究未涉及具体干预措施或治疗效果的验证，且样本来源和数量未明确说明	探索炎症细胞因子与肺腺癌（LUAD）之间的因果关系及其分子机制	炎症细胞因子和肺腺癌患者	生物医学研究	肺腺癌	孟德尔随机化（MR）分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
1811	2025-03-29	Multi-Omics Profiling Reveals Glycerolipid Metabolism-Associated Molecular Subtypes and Identifies ALDH2 as a Prognostic Biomarker in Pancreatic Cancer 2025-Mar-18, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo15030207 PMID:40137171	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了胰腺癌中甘油脂代谢相关的分子亚型，并鉴定ALDH2作为预后生物标志物	首次在胰腺癌中系统研究甘油脂代谢的分子特征，并发现新的预后生物标志物ALDH2	研究结果需要更多独立队列验证，ALDH2的功能机制有待进一步研究	探索甘油脂代谢在胰腺癌中的分子特征及其临床意义	胰腺癌患者样本	癌症研究	胰腺癌	多组学分析（包括单细胞RNA测序、空间转录组学、脂质组学）、随机森林算法	随机森林(RF)	多组学数据（基因组、转录组、脂质组）	930例胰腺癌样本
1812	2025-03-29	K-Volume Clustering Algorithms for scRNA-Seq Data Analysis 2025-Mar-11, Biology DOI:10.3390/biology14030283 PMID:40136539	研究论文	本文提出了一种名为K-Volume的新型聚类算法，用于分析单细胞RNA测序数据	该算法使用由簇内点定义的总凸体积作为生物学相关且几何可解释的标准，同时通过非线性优化优化层次结构和每层的簇数	NA	解决计算生物学中高维和结构化数据聚类的关键挑战	单细胞和多组学数据集	计算生物学	NA	scRNA-Seq	K-Volume聚类算法	单细胞RNA测序数据	NA
1813	2025-03-29	The influence of age on cellular senescence in injured versus healthy muscle and its implications on rotator cuff injuries 2025-Mar-07, Journal of shoulder and elbow surgery IF:2.9Q1 DOI:10.1016/j.jse.2025.02.008 PMID:40057173	研究论文	研究年龄对受伤与健康肌肉中细胞衰老的影响及其在肩袖损伤中的意义	首次在肩袖肌肉组织中识别出六种主要细胞群，并发现老年患者的FAPs中衰老标志物及纤维化和炎症相关基因表达更高	样本来源仅限于接受手术的患者，可能无法完全代表一般人群	探讨年龄如何通过细胞衰老影响肩袖损伤的发生和修复	年轻和老年患者的肩袖肌肉组织样本	生物医学	肩袖损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	年轻和老年患者的肩袖肌肉组织样本（具体数量未提及）
1814	2025-03-29	Burn-Related Glycocalyx Derangement and the Emerging Role of MMP8 in Syndecan Shedding 2025-Mar-06, Biology DOI:10.3390/biology14030269 PMID:40136525	research paper	该研究探讨了烧伤后糖萼紊乱及MMP8在糖萼脱落中的新作用	首次提出MMP8在烧伤后糖萼脱落和肺损伤中的关键作用	样本量较小（28例患者），且为观察性研究	揭示烧伤后糖萼紊乱的分子机制及潜在治疗靶点	烧伤患者血清及体外肺组织模型	分子病理学	烧伤	scRNA-seq, 微阵列转录组分析	体外肺组织模型	转录组数据, 血清蛋白数据	28例烧伤患者
1815	2025-03-29	AJGM: joint learning of heterogeneous gene networks with adaptive graphical model 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf096 PMID:40073230	研究论文	提出了一种自适应联合图形模型（AJGM），用于从具有未知异质性的单细胞或批量数据中估计多个基因网络	引入整体网络捕捉所有样本共享的关系，通过自适应权重连接子类型网络和整体网络，更有效地关注跨网络共享的基因关系，提高网络估计的准确性	未明确说明模型在处理非高斯分布数据时的具体表现，以及在实际应用中的计算复杂度	推断基因网络以揭示生物途径和基因间的功能关系	单细胞或批量基因表达数据	生物信息学	三阴性乳腺癌	自适应联合图形模型（AJGM）	GGM, AJGM	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
1816	2025-03-29	mastR: an R package for automated identification of tissue-specific gene signatures in multi-group differential expression analysis 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf114 PMID:40098239	research paper	介绍了一个名为mastR的R包，用于在多组差异表达分析中自动识别组织特异性基因标记	mastR是一种针对标记的批量RNA-seq数据设计的自动化标记识别方法，明确考虑了背景表达	虽然mastR在标记选择性能上与Seurat相当或更好，但未明确提及其在处理复杂数据集时的局限性	开发一种自动化方法，用于从标记的批量RNA-seq数据中识别组织特异性基因标记	标记的批量RNA-seq数据和模拟的scRNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	edgeR, limma	RNA-seq数据	NA
1817	2025-03-29	Glomerular CD68+ macrophages infiltration at initial biopsy predicts response to standard immunosuppression in proliferative lupus nephritis: CD68+ Mø predicts LN treatment response 2025-Mar, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2025.103392 PMID:40024206	研究论文	该研究探讨了初次活检时肾小球CD68+巨噬细胞浸润对增殖性狼疮性肾炎标准免疫抑制治疗反应的预测作用	首次发现肾小球CD68+巨噬细胞浸润程度可预测治疗反应，并开发了结合临床参数的智能预测模型	样本量相对有限，且需要在更大人群中验证模型的普适性	建立预测增殖性狼疮性肾炎对标准免疫抑制治疗反应的模型	247例新诊断的增殖性狼疮性肾炎患者	数字病理学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序和免疫组化分析	机器学习算法	组织病理图像和临床数据	247例患者（分为推导队列和验证队列），其中10例进行了重复活检
1818	2025-03-29	Integrated Analysis of WES and scRNA-Seq Data Reveals the Genetic Basis of Immune Dysregulation in Unexplained Recurrent Pregnancy Loss 2025-Mar, Journal of clinical laboratory analysis IF:2.6Q2 DOI:10.1002/jcla.70011 PMID:40066928	研究论文	通过全外显子组测序和单细胞RNA测序数据的综合分析，揭示了不明原因复发性流产（uRPL）中免疫失调的遗传基础	首次在uRPL患者中发现了MUC基因、脂质代谢基因和结构基因的变异，并通过单细胞RNA测序数据验证了这些变异对免疫细胞功能的影响	样本量较小（仅13名患者），可能影响结果的普遍性	揭示不明原因复发性流产（uRPL）的分子机制	不明原因复发性流产（uRPL）患者	基因组学与转录组学	复发性流产	全外显子组测序（WES）、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因组数据、转录组数据	13名中国uRPL患者的绒毛膜样本
1819	2025-03-29	Metabolic stress and age drive inflammation and cognitive decline in mice and humans 2025-Mar, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.70060 PMID:40110679	研究论文	研究代谢应激和年龄如何驱动小鼠和人类的炎症及认知衰退	揭示了代谢应激通过炎症机制（特别是小胶质细胞介导的）促进认知障碍的新机制，并发现分泌型磷蛋白1（SPP1）在代谢驱动的认知障碍中的潜在作用	机制尚未完全明确，且研究主要基于小鼠模型和有限的人类死后组织样本	探讨代谢应激与认知障碍之间的关联及其潜在的炎症机制	小鼠和人类（阿尔茨海默病和2型糖尿病患者）	神经科学	阿尔茨海默病, 2型糖尿病	高脂饮食模型、空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、认知评估数据	小鼠模型及人类死后组织样本（具体数量未提及）
1820	2025-03-29	Single-Cell Transcriptomics Identified Fibrosis-Activated Valve Interstitial Cells Involved in Functional Tricuspid Regurgitation 2025-Mar, JACC. Asia DOI:10.1016/j.jacasi.2025.01.013 PMID:40148022	研究论文	通过单细胞转录组学技术研究功能性三尖瓣反流（TR）中瓣膜间质细胞的纤维化激活及其分子机制	首次在功能性TR中鉴定出纤维化激活的瓣膜间质细胞（VICs），并揭示了COMP-CD47和FGF2-FGFR1相互作用的改变可能作为潜在治疗靶点	样本量较小（10例患者），且仅针对中度至重度功能性TR患者进行研究	研究功能性三尖瓣反流（TR）中细胞组成和基因表达模式的变化，以揭示其发病机制	三尖瓣组织样本，包括5名中度至重度功能性TR患者和5名非疾病对照者	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和多重荧光检测	NA	单细胞转录组数据	10例患者（5例TR患者和5例对照）的84,102个细胞