单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1801	2025-07-24	Serum amyloid A1-induced intrahepatic regulatory T-cell dysfunction drives autoimmune hepatitis progression 2025-Jun-09, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001419 PMID:40489740	研究论文	本研究探讨了自身免疫性肝炎（AIH）中调节性T细胞（Tregs）的功能障碍及其与血清淀粉样蛋白A1（SAA1）的关系	揭示了AIH中肝内Tregs功能受损的机制，并发现SAA1通过toll样受体2影响Tregs功能，提出了针对SAA1的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类AIH患者中进行验证	探究AIH中Tregs功能障碍的机制及潜在治疗靶点	自身免疫性肝炎（AIH）小鼠模型中的调节性T细胞（Tregs）	免疫学	自身免疫性肝炎	单细胞RNA测序（10× Genomics平台）、AAV8介导的基因治疗	FoxP3-DTR/eGFP小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，使用AIH小鼠模型进行研究
1802	2025-07-24	Deficient FANCL Predisposes Endothelial Damage: A New Therapeutic Target for Pulmonary Hypertension 2025-Jun-06, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202408-1655OC PMID:40479584	research paper	该研究探讨了FANCL缺陷如何促进肺动脉高压（PAH）的发展，并提出靶向修复FANCL作为治疗PAH的新策略	首次揭示了FANCL缺陷在PAH发病机制中的关键作用，并通过基因补充和药物干预验证了其治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体临床试验中验证	阐明FA通路、DNA损伤与PAH之间的相互作用机制	FANCL基因缺陷小鼠模型、PAH患者肺标本和肺动脉内皮细胞、野生成和Fanclkf/kf小鼠的原代培养肺微血管内皮细胞	分子病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、腺相关病毒介导的基因过表达	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	临床样本（PAH患者肺标本和PAECs）、小鼠模型和体外培养细胞
1803	2025-07-24	A single-cell spatial chart of the airway wall reveals proinflammatory cellular ecosystems and their interactions in health and asthma 2025-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02161-3 PMID:40399607	研究论文	应用单细胞空间转录组学揭示健康和哮喘状态下气道壁的细胞生态系统及其相互作用	首次揭示了健康和哮喘气道壁中促炎性细胞生态系统的空间分布及其相互作用机制	研究样本可能不足以代表所有哮喘亚型，且未探讨其他呼吸道疾病中的类似现象	解析气道壁细胞的空间分布及其在健康和哮喘状态下的相互作用	健康和哮喘患者的气道壁细胞	单细胞空间转录组学	哮喘	单细胞空间转录组学	NA	空间转录组数据	健康和哮喘患者的气道壁样本
1804	2025-07-24	Single-cell transcriptome analyses reveal the mechanism of mitochondrial activity in erectile dysfunction 2025-Jun, Sexual medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1093/sexmed/qfaf049 PMID:40689149	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了线粒体功能在勃起功能障碍（ED）中的机制	首次在单细胞水平上系统性地描述了ED的细胞异质性，并识别了与ED相关的线粒体基因和功能通路	样本代表性有限且缺乏直接实验验证	探究线粒体功能对勃起功能障碍细胞异质性的影响	勃起功能障碍患者的组织样本	单细胞转录组学	勃起功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	64,993个高质量细胞
1805	2025-07-24	Preterm birth increases susceptibility to hyperglycemia induced glomerular alterations in male mice 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00103-5 PMID:40442182	research paper	该研究探讨了早产对高血糖诱导的肾小球改变的影响	首次研究了早产对糖尿病肾病进展的影响，并揭示了早产如何增加高血糖诱导的肾损伤的易感性	研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性小鼠或人类数据	确定早产对高血糖暴露后肾脏健康的影响	早产和足月出生的CD-1小鼠	NA	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、组织学、分子和成像技术	NA	分子和成像数据	早产和足月出生的CD-1小鼠
1806	2025-07-24	D-SPIN constructs gene regulatory network models from multiplexed scRNA-seq data revealing organizing principles of cellular perturbation response 2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.19.537364 PMID:37131803	research paper	介绍了一种名为D-SPIN的计算框架，用于从单细胞mRNA测序数据中构建基因调控网络模型	D-SPIN能够从数千种不同扰动条件下的单细胞mRNA测序数据中构建基因调控网络的定量模型，揭示细胞对扰动的响应机制	未明确提及具体局限性	揭示细胞信息处理和生理控制的原则	单细胞mRNA测序数据	computational biology	NA	scRNA-seq	D-SPIN	gene expression data	数千种不同扰动条件下的数据
1807	2025-07-24	Engineered vasculature induces functional maturation of pluripotent stem cell-derived islet organoids 2025-May-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.024 PMID:40412386	研究论文	该研究通过工程化血管系统，促进了多能干细胞来源的胰岛类器官的功能成熟	首次在非灌注模型和微流体装置中构建了三维血管化的SC-胰岛类器官，揭示了血管化对SC-β细胞功能成熟的关键作用	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索血管化对多能干细胞来源胰岛类器官功能成熟的影响	人多能干细胞来源的胰岛类器官(SC-islets)、人原代内皮细胞(ECs)和成纤维细胞	组织工程	糖尿病	scRNA-seq、微流体技术	NA	基因表达数据、生理功能数据	未明确说明具体样本数量，涉及体外培养的细胞和小鼠模型
1808	2025-07-24	Quantification of single cell-type-specific alternative transcript initiation 2025-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.29.651292 PMID:40654755	研究论文	开发了一种新的生物信息学方法TSRdetector，用于检测不同组织、细胞类型或疾病中基因转录起始区域（TSR）的显著使用变化	TSRdetector是一种专门设计用于检测基因TSR在不同条件下使用变化的新方法，能够处理单细胞RNA测序和批量RNA测序数据	未明确提及方法的局限性	探索基因转录起始区域（TSR）在不同组织和细胞类型中的选择性激活机制	人类健康与糖尿病肾脏、小鼠B细胞分化、人类胚胎干细胞多能性转变	生物信息学	糖尿病	scRNA-seq, bulk-RNA-seq, Smart-seq2	NA	RNA-seq数据	10X snRNA-seq数据集、Smart-seq2数据集、批量RNA-seq数据集
1809	2025-07-24	Neural signaling contributes to heart formation and growth in the invertebrate chordate, Ciona robusta 2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.28.651085 PMID:40654768	研究论文	该研究揭示了神经肽tachykinin与经典Wnt信号通路在调控脊索动物模型心肌祖细胞增殖中的作用	首次阐明了神经肽tachykinin及其受体在心肌祖细胞增殖和心肌心管形成中的具体作用机制	研究仅基于Ciona robusta模型，在高等脊椎动物中的普适性有待验证	探究神经信号对心脏发育和生长的调控机制	Ciona robusta（一种脊索动物）的心脏发育过程	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）, CRISPR-Cas9基因敲除	NA	基因表达数据	成年Ciona robusta心脏组织
1810	2025-07-24	Integrating Single-Cell Sequencing and Transcriptome Analysis to Investigate the Role of Ferroptosis in Ischemic Stroke and the Molecular Mechanisms of Immune Checkpoints 2025-05, World neurosurgery IF:1.9Q2 DOI:10.1016/j.wneu.2025.123908 PMID:40118372	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和转录组分析，探讨铁死亡在缺血性卒中中的作用及免疫检查点的分子机制	利用单细胞转录组数据和机器学习算法识别了与铁死亡相关的关键基因，并验证了其诊断价值	研究仅基于公开数据集，缺乏实验验证	识别缺血性卒中中铁死亡相关的关键基因，探索其分子机制和潜在生物标志物	缺血性卒中患者和对照组的星形胶质细胞及T细胞亚群	生物信息学	缺血性卒中	单细胞转录组测序，Lasso回归，支持向量机算法	机器学习算法	转录组数据	公开数据集GSE247474
1811	2025-07-24	Distinct adipose progenitor cells emerging with age drive active adipogenesis 2025-Apr-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj0430 PMID:40273250	研究论文	研究揭示了中年时期脂肪祖细胞（APCs）在促进内脏脂肪形成中的关键作用及其机制	发现了一种新的脂肪祖细胞亚群CP-A，其在中年时期活跃增殖并促进脂肪生成，揭示了白血病抑制因子受体信号在此过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性需要进一步验证	探究年龄依赖性脂肪重塑的分子机制	小鼠脂肪祖细胞（APCs）	细胞生物学	代谢性疾病	单细胞RNA测序、谱系追踪、移植实验	NA	基因表达数据	小鼠模型
1812	2025-07-24	AI-based phenotyping of hepatic fiber morphology to inform molecular alterations in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2025-Apr-22, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001360 PMID:40262132	研究论文	利用AI技术对代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）中的肝纤维形态进行表型分析，以揭示其分子改变	开发了基于AI的FibroNest算法，用于量化肝纤维形态表型，并发现这些表型能更敏感地捕捉MASLD相关分子改变	样本量较小（94例肝活检），且仅部分样本（13%）同时患有HCC	全面表征MASLD中肝纤维形态表型及其相关分子改变	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）患者的肝活检样本	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	多层组学分析、空间单细胞转录组（CosMx）	FibroNest算法	肝活检图像、转录组数据	94例MASLD患者的肝活检样本（其中12例并发HCC）
1813	2025-07-24	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.019 PMID:39755116	研究论文	该研究探讨了谷胱甘肽在植物细胞周期和细胞重编程中的作用	发现谷胱甘肽通过缩短G1期加速细胞分裂和重编程，并提出了一个模型解释其在伤口附近的细胞周期调控机制	研究仅限于拟南芥根部细胞，尚未在其他植物或组织中验证	研究细胞周期在细胞重编程中的作用	拟南芥根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序、活体成像	NA	基因表达数据、图像数据	NA
1814	2025-07-24	Integrating short-read and long-read single-cell RNA sequencing for comprehensive transcriptome profiling in mouse retina 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279167.124 PMID:40050124	研究论文	本文通过整合短读长和长读长单细胞RNA测序技术，对小鼠视网膜进行了全面的转录组分析	开发了一种结合短读长和长读长测序技术的方法，显著提高了转录异构体的识别能力，发现了大量先前未表征的转录异构体	研究仅限于小鼠视网膜细胞，结果在人类或其他组织中的适用性尚需验证	建立一种高效方法来表征组织样本中的转录异构体	小鼠视网膜细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（短读长Illumina测序和长读长Oxford Nanopore测序）	NA	RNA测序数据	约30,000个小鼠视网膜细胞，包含15.4亿条Illumina短读长和14亿条Oxford Nanopore长读长数据
1815	2025-07-24	A simplified preparation method for single-nucleus RNA-sequencing using long-term frozen brain tumor tissues 2025-Apr-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97053-9 PMID:40229354	研究论文	本文优化了一种从长期冷冻的儿童胶质瘤组织中分离完整细胞核的方法，用于单核RNA测序	提出了一种快速、简单且低成本的细胞核分离方案，适用于冷冻脑肿瘤组织，并改进了3'测序文库以包含更短的RNA片段	方法主要针对冷冻脑肿瘤组织，可能不适用于其他类型的组织或新鲜样本	优化单核RNA测序方法，以研究罕见肿瘤实体	长期冷冻的儿童胶质瘤组织	数字病理学	脑肿瘤	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA序列数据	冷冻的原发性胶质瘤组织
1816	2025-07-24	Long-lasting B cell convergence to distinct broadly reactive epitopes following vaccination with chimeric influenza virus hemagglutinins 2025-Apr-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.025 PMID:40132593	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和B细胞受体库测序，确定了嵌合血凝素（cHA）疫苗接种诱导的B细胞的特异性、功能和亚群	研究发现cHA疫苗能够诱导B细胞对血凝素茎部保守区域的广泛中和表位产生持久的反应，并重塑HA特异性记忆B细胞池	研究仅基于一期临床试验数据，样本量和长期效果需要进一步验证	评估嵌合血凝素疫苗诱导的B细胞反应的特异性和持久性	接种cHA疫苗的受试者的B细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序，B细胞受体库测序	NA	RNA序列数据	一期临床试验的受试者
1817	2025-07-24	Expansion of OSMR expression and signaling in the human dorsal root ganglion links OSM to neuropathic pain 2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.26.645611 PMID:40236060	研究论文	该研究探讨了OSM-OSMR信号在人类背根神经节(DRG)中的表达及其与神经病理性疼痛的关联	揭示了OSM通过MAPK信号通路直接激活人类感觉神经元的新机制，并发现OSM单独即可诱导与疼痛相关的转录组特征	研究主要基于体外实验和测序数据，需要更多体内实验验证	探究OSM-OSMR信号通路在人类神经病理性疼痛中的作用机制	人类背根神经节(hDRG)组织及培养的神经元	神经生物学	神经病理性疼痛	RNA测序(RNA-seq)、单核RNA测序(single-nuclei RNA-seq)、单细胞RNA测序(single-cell RNA-seq)、CRISPR编辑、免疫组化、膜片钳电生理	NA	基因表达数据、电生理数据	来自神经病理性疼痛患者的hDRG组织
1818	2025-07-24	DNTT-mediated DNA damage response drives inotuzumab ozogamicin resistance in B-cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Mar-13, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026085 PMID:39791601	研究论文	本文研究了B细胞急性淋巴细胞白血病中DNTT介导的DNA损伤反应如何驱动inotuzumab ozogamicin（InO）耐药性	通过全基因组CRISPR筛选发现DNTT缺失是InO耐药的主要驱动因素，并揭示了DNTT在白血病中对calicheamicin反应的关键调控作用	研究主要基于体外实验和动物模型，需要更多临床数据验证DNTT作为生物标志物的可靠性	探究B细胞急性淋巴细胞白血病患者对InO治疗反应差异的遗传基础	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）细胞	癌症生物学	B细胞急性淋巴细胞白血病	全基因组CRISPR筛选、单细胞RNA测序	患者来源异种移植模型	基因组数据、转录组数据	参与儿童肿瘤学组AALL1621试验的B-ALL患者样本
1819	2025-07-24	Efficient count-based models improve power and robustness for large-scale single-cell eQTL mapping 2025-Mar-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.01.18.25320755 PMID:40093202	research paper	提出了一种名为jaxQTL的高效单细胞eQTL映射框架，用于分析大规模单细胞转录组数据	jaxQTL采用基于计数的高效模型，能够识别低表达eGenes，并在大规模数据集中保持计算可行性	虽然提高了识别能力，但仍未完全解决GWAS与eQTLs之间的缺失关联问题	开发高效的单细胞eQTL映射方法，以识别疾病相关eQTLs	单细胞转录组数据（scRNA-seq）	生物信息学	类风湿性关节炎	scRNA-seq	负二项模型	单细胞转录组数据	982个样本（OneK1K scRNA-seq数据）
1820	2025-07-24	Endogenously generated Dutch-type Aβ nonfibrillar aggregates dysregulate presynaptic neurotransmission in the absence of detectable inflammation 2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.25.639746 PMID:40060689	研究论文	本研究探讨了荷兰型Aβ非纤维聚集体在内源性生成情况下对突触前神经传递的调节作用，且未检测到炎症反应	揭示了荷兰型Aβ非纤维聚集体在无炎症情况下对突触前神经传递的异常调节作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探究荷兰型Aβ非纤维聚集体对神经传递的影响	转基因小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	A11免疫组化、循环D,L-α-肽-FITC显微镜、单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	图像数据、转录组数据	转基因小鼠样本