单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27585 篇文献，本页显示第 18121 - 18140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 18121 | 2024-08-08 |
Associations between brain gene expression perturbations implicated by COVID-19 and psychiatric disorders
2023-06, Journal of psychiatric research
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.jpsychires.2023.03.033
PMID:37105022
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研究论文 | 本研究通过整合COVID-19脑组织单细胞RNA测序数据和精神疾病的全基因组关联研究总结统计数据，进行元分析，探讨COVID-19引起的脑部变化与精神疾病遗传易感性之间的关联 | 首次揭示了COVID-19引起的脑部基因表达扰动与精神分裂症之间的显著关联 | NA | 探讨COVID-19引起的脑部变化与精神疾病遗传易感性之间的关联 | COVID-19脑组织和精神疾病 | 神经科学 | 精神疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 18122 | 2024-08-08 |
MLSpatial: A machine-learning method to reconstruct the spatial distribution of cells from scRNA-seq by extracting spatial features
2023-06, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106873
PMID:37105115
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MLSpatial的新型计算方法，该方法通过学习基因表达模式与细胞空间位置之间的关系，基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据预测细胞间距离分布，从而重建细胞的空间分布。 | MLSpatial方法创新地利用scRNA-seq数据重建细胞的空间分布，这在癌症免疫治疗等需要细胞空间信息的场景中尤为重要。 | MLSpatial的性能依赖于细胞类型，且需要scRNA-seq数据与FISH数据具有相似的背景条件。 | 开发一种能够从scRNA-seq数据中重建细胞空间分布的计算方法。 | 研究对象包括果蝇胚胎和骨肉瘤细胞的scRNA-seq数据。 | 机器学习 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 果蝇胚胎数据包含3039个细胞的FISH数据和1297个高质量细胞的scRNA-seq数据；骨肉瘤数据包含645个细胞的MERFISH数据。 |
| 18123 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the transcriptomic landscape of kidneys in patients with ischemic acute kidney injury
2023-May-20, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000002679
PMID:37083129
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了缺血性急性肾损伤患者的肾脏转录组图谱 | 发现了在缺血性急性肾损伤中上调的新型促凋亡基因，并揭示了细胞特异性的转录组图谱和改变的信号通路 | NA | 通过单细胞RNA测序技术定义缺血性急性肾损伤患者的转录组图谱 | 缺血性急性肾损伤患者的肾脏 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个缺血性急性肾损伤患者的肾脏样本及三个公共单细胞RNA测序数据集作为对照 |
| 18124 | 2024-08-05 |
Graph deep learning enabled spatial domains identification for spatial transcriptomics
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad146
PMID:37080761
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研究论文 | 本文构建了一种基于图深度学习的空间聚类方法，以进行空间转录组学的空间域识别 | 提出了一种新的基于图深度学习的空间聚类方法，利用残差门控图卷积神经网络和贝叶斯高斯混合模型 | NA | 旨在提高空间转录组学中空间域的识别精度 | 关注于基因表达谱和空间位置的数据 | 数字病理学 | NA | 图深度学习 | 残差门控图卷积神经网络 | 基因表达数据 | 多个空间转录组学数据集 |
| 18125 | 2024-08-05 |
Dimensionality reduction and visualization of single-cell RNA-seq data with an improved deep variational autoencoder
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad152
PMID:37088976
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研究论文 | 本研究提出了一种改进的变分自编码器模型DREAM，用于单细胞RNA测序数据的降维和可视化分析 | DREAM模型结合了变分自编码器和高斯混合模型，并通过引入零膨胀层显式解决'缺失'事件 | 研究主要集中在模型的降维与可视化，未深入探讨其他潜在应用 | 研究旨在提高单细胞RNA测序数据的降维与可视化能力 | 主要研究对象为单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 变分自编码器 | 数据集 | 九个单细胞RNA测序数据集 |
| 18126 | 2024-08-08 |
Benchmarking of analytical combinations for COVID-19 outcome prediction using single-cell RNA sequencing data
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad159
PMID:37096588
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研究论文 | 本研究评估了分析选择对使用五个scRNA-seq COVID-19数据集进行患者预后预测模型质量的影响 | 研究强调了集成学习的优势，不同学习方法之间的一致性以及在使用多个数据集作为模型输入时对数据集标准化的稳健性 | NA | 评估分析选择对患者预后预测模型质量的影响 | 使用单细胞RNA测序数据的COVID-19患者预后预测模型 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 集成学习方法，经典机器学习到现代深度学习方法 | 单细胞RNA测序数据 | 五个scRNA-seq COVID-19数据集 |
| 18127 | 2024-08-05 |
Organoids from mouse molar and incisor as new tools to study tooth-specific biology and development
2023-05-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.03.011
PMID:37084723
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研究论文 | 本研究建立了来源于小鼠磨牙和切牙的牙齿类器官模型，用于研究牙齿特异性生物学和发育 | 首次从小鼠牙齿中开发牙齿类器官，展示了其长期扩展能力和特异性表型特征 | 研究中未提及大样本或多样本间的比较，更广泛的种类和临床相关性尚未探讨 | 研究小鼠牙齿特异性生物学和发育的新工具 | 小鼠早期后出生的磨牙和切牙 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 细胞模型及其衍生的转录组数据 | NA |
| 18128 | 2024-08-08 |
[Single-cell transcriptome analysis reveals development atlas of mouse molar pulp cells]
2023-May-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序技术分析小鼠磨牙发育过程中的牙髓细胞，构建时空发育图谱，揭示牙齿发育的过程和调控机制 | 利用单细胞RNA测序技术全面发现转录组水平的细胞间异质性，为研究器官发育过程和调控机制提供了有力工具 | NA | 构建小鼠磨牙牙髓细胞的时空发育图谱，揭示牙齿发育的发育过程和调控机制 | 小鼠磨牙的牙髓细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 从C57BL/6小鼠的出生后第0天和第3天的下颌第一磨牙中分别获取了10个样本 |
| 18129 | 2024-08-08 |
AAV-mediated gene augmentation therapy of CRB1 patient-derived retinal organoids restores the histological and transcriptional retinal phenotype
2023-05-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.03.014
PMID:37084726
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研究论文 | 本研究通过AAV介导的基因增强疗法，对来自CRB1患者的视网膜类器官进行治疗，恢复了其组织学和转录组学上的视网膜表型 | 首次展示了AAV.hCRB1或AAV.hCRB2治疗改善CRB1患者来源视网膜类器官表型的概念验证 | NA | 探索CRB1基因突变导致的遗传性视网膜病变的治疗方法 | CRB1患者来源的视网膜类器官 | NA | 视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织学和转录组学数据 | CRB1患者来源的视网膜类器官与同源对照 |
| 18130 | 2024-08-05 |
[Tumor cell-based glycolytic metabolism and single-cell sequencing of urinary exfoliated cells for the diagnosis and molecular profiling of urothelial carcinoma]
2023-May-08, Zhonghua bing li xue za zhi = Chinese journal of pathology
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研究论文 | 探讨HK2测试和单细胞测序在尿路上皮癌（UC）诊断中的价值 | 提供了一种新的可靠方法，结合HK2测试和细胞学来提高UC早期诊断的敏感性 | 样本量较小，仅限于265名怀疑UC患者或术后患者 | 研究HK2测试和单细胞测序在尿路上皮癌的诊断价值 | 265名来自中国医学科学院肿瘤医院的怀疑UC患者或术后患者的尿液标本 | 数字病理学 | 尿路上皮癌 | 单细胞测序，HK2检测 | NA | 尿液样本 | 265名疑似尿路上皮癌患者的尿液样本 |
| 18131 | 2024-08-05 |
Clonally resolved single-cell multi-omics identifies routes of cellular differentiation in acute myeloid leukemia
2023-05-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2023.04.001
PMID:37098346
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研究论文 | 本文介绍了一种新方法CloneTracer，能够为急性髓系白血病（AML）中的单细胞RNA测序数据增加克隆分辨率 | CloneTracer提供了对AML患者样本的克隆解析，揭示了白血病细胞分化的路径，并识别出了特异性调节的表面标记 | 虽然研究揭示了LSC的活跃程度和特征，但仍存在健康和前白血病细胞在休眠干细胞部分占主导地位的限制 | 揭示急性髓系白血病（AML）中细胞分化的路线 | 19名AML患者的样本 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 19个AML患者的样本 |
| 18132 | 2024-08-08 |
ICAT: a novel algorithm to robustly identify cell states following perturbations in single-cell transcriptomes
2023-05-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad278
PMID:37086439
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ICAT的新算法，用于在单细胞转录组扰动实验中准确识别细胞状态 | ICAT算法采用自监督特征加权和控制引导聚类，无需事先了解现有细胞状态或鉴别标记基因，能够准确解析跨异质条件的细胞状态 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据中细胞对扰动反应的定义 | 单细胞转录组扰动实验中的细胞状态识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用模拟和真实数据集进行验证 |
| 18133 | 2024-08-05 |
m6 A promotes planarian regeneration
2023-May, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13481
PMID:37084418
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研究论文 | 本研究揭示了m6 A修饰在调节整个生物体再生中的不可或缺的作用 | 本研究首次揭示了m6 A修饰如何通过细胞间通讯和细胞周期相关基因调控计划生物的再生 | 研究中未明确探讨m6 A修饰在其他生物体内的作用 | 研究m6 A修饰在计划生物再生过程中的作用 | 计划生物及其成体干细胞（neoblasts） | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA数据 | NA |
| 18134 | 2024-08-08 |
Modulation of virus-induced neuroinflammation by the autophagy receptor SHISA9 in mice
2023-05, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-023-01357-3
PMID:37081201
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研究论文 | 研究揭示了SHISA9作为自噬货物受体在单纯疱疹病毒1型感染中通过调节IKKi的降解来调控神经炎症的作用 | 首次发现SHISA9通过介导IKKi的自噬依赖性降解，在病毒感染的不同阶段调节微胶质细胞和星形胶质细胞的抗病毒和炎症反应 | NA | 探讨SHISA9在病毒诱导的神经炎症中的作用及其机制 | 小鼠的微胶质细胞和星形胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Shisa9小鼠与野生型小鼠 |
| 18135 | 2024-08-08 |
Exploration of the heterogeneity and interaction of epithelial cells and NK/T-cells in Laryngeal Squamous Cell Carcinoma based on single-cell RNA sequencing data
2023 May-Jun, Brazilian journal of otorhinolaryngology
IF:1.7Q2
DOI:10.1016/j.bjorl.2023.02.003
PMID:37105033
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据探索喉鳞状细胞癌中上皮细胞和NK/T细胞的异质性及其相互作用 | 本研究揭示了喉鳞状细胞癌的新异质性，并发现了一种新的机制和治疗靶点 | NA | 探索喉鳞状细胞癌中上皮细胞和NK/T细胞的异质性和分化轨迹 | 喉鳞状细胞癌中的上皮细胞和NK/T细胞 | 数字病理学 | 喉鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 包含LSCC01和LSCC02样本的GSE150321数据集 |
| 18136 | 2024-08-08 |
The transcriptional and regulatory identity of erythropoietin producing cells
2023-05, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-023-02314-7
PMID:37106166
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA和转座酶可及染色质(ATAC)测序技术，在低氧条件下分子识别了Epo产生细胞，并揭示了其在肾脏中的特定细胞群——Norn细胞，及其在人和小鼠中的保守性。 | 首次通过单细胞测序技术识别并命名了肾脏中主要的内分泌Epo产生细胞——Norn细胞，并提供了其在人类中的保守性证据。 | 研究主要集中在小鼠和人类肾脏组织，未涉及其他物种或组织类型。 | 旨在揭示Epo产生细胞的分子和基因组背景，以促进更有效的贫血治疗。 | Epo产生细胞及其在肾脏中的分子特征和保守性。 | NA | 贫血 | 单细胞RNA测序，转座酶可及染色质(ATAC)测序 | NA | RNA | Epo报告小鼠和人类肾脏组织 |
| 18137 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics reveal topological immune landscapes of Asian head and neck angiosarcoma
2023-04-27, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04856-5
PMID:37106027
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研究论文 | 这篇文章研究了亚洲头颈部血管肉瘤的肿瘤免疫景观 | 通过空间转录组学揭示了肿瘤微环境的拓扑特征和免疫信号 | 未提供关于研究设计或样本选择的具体限制信息 | 了解亚洲头颈部血管肉瘤的免疫微环境 | 81例血管肉瘤病例，包括47例亚洲头颈部血管肉瘤 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 (10X Visium) | NA | 基因组测序数据和基因表达数据 | 81例病例 |
| 18138 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing reveals the immune microenvironment landscape related to anti-PD-1 resistance in metastatic colorectal cancer with high microsatellite instability
2023-04-27, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-023-02866-y
PMID:37106440
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研究论文 | 该研究使用单细胞RNA测序分析与抗PD-1耐药相关的转移性结直肠癌免疫微环境。 | 首次揭示了在MSI-H/dMMR转移性结直肠癌中，IL-1β驱动的MDSCs和CD8+ T细胞浸润与抗PD-1耐药性的相关性。 | 样本量较小，仅限于特定的患者群体，可能影响结果的普遍性。 | 探讨MSI-H/dMMR转移性结直肠癌中抗PD-1耐药的分子机制。 | 研究对象为MSI-H/dMMR转移性结直肠癌患者的肿瘤微环境细胞。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞数据 | 23名MSI-H/dMMR转移性结直肠癌患者的样本 |
| 18139 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomes reveal heterogeneity of chlorine-induced mice acute lung injury and the inhibitory effect of pentoxifylline on ferroptosis
2023-04-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-32093-7
PMID:37100790
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探讨了戊四唑（PTX）对氯气诱导的小鼠急性肺损伤（ALI）的影响及其对铁死亡的抑制作用 | 本研究首次揭示了氯气诱导的ALI中细胞异质性及PTX通过抑制铁死亡过程的潜在作用 | NA | 探讨PTX对氯气诱导的ALI的影响及其对铁死亡的抑制作用 | BALB/c雌性小鼠及其肺组织 | 数字病理学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 32只小鼠分为四组：对照组、氯气组、氯气+Fer-1组、氯气+PTX组 |
| 18140 | 2024-08-08 |
Analysis of cardiac single-cell RNA-sequencing data can be improved by the use of artificial-intelligence-based tools
2023-04-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-32293-1
PMID:37100826
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研究论文 | 本文通过整合三种人工智能技术（AI）到一个工具包中，用于评估单细胞RNA测序（scRNAseq）数据，以改善心脏单细胞RNA测序数据的分析 | 本文引入了AI自动编码、AI稀疏建模和AI半监督学习三种技术，用于细胞类型和亚群的分离、差异激活基因和信号机制的识别以及细胞亚群间转变的追踪 | 目前可用的工具在处理和解释这些庞大的数据集时效果有限 | 提高心脏单细胞RNA测序数据的分析效果 | 心脏单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | 自动编码器（Autoencoder） | 基因表达数据 | 三个scRNAseq数据集，来自小鼠和猪的心脏 |