单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27585 篇文献，本页显示第 18081 - 18100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 18081 | 2024-08-08 |
Multiomic landscape of immune pathogenesis in Kimura's disease
2023-Apr-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106559
PMID:37123228
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研究论文 | 本研究通过批量RNA测序和流式细胞术分析，揭示了Kimura病中eosinophils中TMEM176A的高表达和Erk/MAPK信号通路的过度激活，并探讨了S100P在myeloid细胞中促进活性氧（ROS）产生的作用。 | 首次系统研究Kimura病的免疫发病机制，并提出Erk/MAPK信号通路可能是潜在的治疗靶点。 | NA | 探究Kimura病的免疫发病机制及其潜在治疗靶点。 | Kimura病的免疫发病机制及治疗靶点。 | 数字病理学 | 罕见慢性炎症性疾病 | RNA测序 | NA | RNA | Kimura病与健康对照组的eosinophils和myeloid细胞。 |
| 18082 | 2024-08-08 |
Suprabasal cells retaining stem cell identity programs drive basal cell hyperplasia in eosinophilic esophagitis
2023-Apr-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.20.537495
PMID:37131652
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研究论文 | 本研究探讨了嗜酸性食管炎（EoE）中基底细胞增生（BCH）的分子机制 | 发现EoE中的BCH是由保留干细胞转录程序的非增殖性细胞扩张引起的，这一发现未在胃食管反流病（GERD）中观察到 | 研究仅限于EoE患者，未涉及其他疾病状态的比较 | 揭示嗜酸性食管炎中基底细胞增生的分子驱动因素 | 嗜酸性食管炎患者的食管上皮细胞 | NA | 嗜酸性食管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 所有EoE患者 |
| 18083 | 2024-08-05 |
Insufficient epitope-specific T cell clones are responsible for impaired cellular immunity to inactivated SARS-CoV-2 vaccine in older adults
2023-04, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00379-0
PMID:37117789
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研究论文 | 本研究揭示了老年人对灭活SARS-CoV-2疫苗的细胞免疫减弱与特异性T细胞克隆不足有关 | 本研究提供了老年人对灭活疫苗反应减弱的机制性见解，特别是在T细胞克隆扩展方面 | 研究可能未涵盖所有影响免疫反应的因素，样本量较小可能影响结果的普遍性 | 探讨老年人对灭活SARS-CoV-2疫苗免疫反应的潜在机制 | 研究对象为接种灭活SARS-CoV-2疫苗的老年人和年轻人 | 免疫学 | 新型冠状病毒肺炎 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 老年人和年轻人的捐赠者样本 |
| 18084 | 2024-08-08 |
Depicting pseudotime-lagged causality across single-cell trajectories for accurate gene-regulatory inference
2023-Apr, PNAS nexus
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/pnasnexus/pgad113
PMID:37113980
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研究论文 | 本文介绍了DELAY，一种用于推断伪时间排序的单细胞轨迹上基因调控关系的卷积神经网络 | DELAY结合了监督深度学习和伪时间滞后轨迹的联合概率矩阵，克服了普通基于格兰杰因果关系方法的重要局限，如无法推断反馈循环等循环关系 | NA | 准确理解转录因子与其目标基因之间的时间滞后关系，以识别基因调控网络中的因果交互作用 | 单细胞轨迹上的基因调控关系 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | CNN | 单细胞数据 | NA |
| 18085 | 2024-08-05 |
The EBV Gastric Cancer Resource (EBV-GCR): A Suite of Tools for Investigating EBV-Associated Human Gastric Carcinogenesis
2023-03-27, Viruses
DOI:10.3390/v15040853
PMID:37112833
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研究论文 | 本研究构建了一个名为EBV胃癌资源（EBV-GCR）的在线工具套件，用于研究EBV相关的人类胃癌发生 | 创新性地整合了TCGA和单细胞RNA测序数据，提供了探究EBV在胃癌中的作用的独特机会 | 未明确说明具体的局限性 | 研究EBV在胃癌发生中的作用及EBVaGC和EBVnGC之间的差异 | EBV相关的胃腺癌（EBVaGC）和EBV阴性胃腺癌（EBVnGC） | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组学和基因组学数据 | 包括数千个主要人类癌症样本的公共数据集 |
| 18086 | 2024-08-05 |
[Research progress of single-cell sequencing technology in liver diseases]
2023-Feb-20, Zhonghua gan zang bing za zhi = Zhonghua ganzangbing zazhi = Chinese journal of hepatology
|
综述 | 本文主要回顾了单细胞测序技术在肝脏疾病中的研究进展 | 探讨了单细胞测序技术在理解肝脏疾病发病机制中的创新性应用 | 由于肝脏疾病病因复杂，治疗选择相对有限 | 深入研究肝脏疾病的发病机制 | 单细胞测序技术在肝脏疾病中的应用 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因组、转录组和表观基因组数据 | NA |
| 18087 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics reveals immune infiltrate in sepsis
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1133145
PMID:37113759
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研究论文 | 本研究探讨了与脓毒症中免疫细胞浸润丰度相关的枢纽基因 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了脓毒症中的免疫浸润特征 | 未提及具体的样本来源和实验条件的局限 | 探索脓毒症中免疫细胞浸润的相关基因 | 脓毒症样本与正常样本中的免疫细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞转录组学 | t-SNE | 基因表达数据 | 61个脓毒症样本与正常样本 |
| 18088 | 2024-08-05 |
Inferring spatial transcriptomics markers from whole slide images to characterize metastasis-related spatial heterogeneity of colorectal tumors: A pilot study
2023, Journal of pathology informatics
DOI:10.1016/j.jpi.2023.100308
PMID:37114077
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研究论文 | 本研究通过全切片图像推断空间转录组标记，以表征与结直肠肿瘤转移相关的空间异质性 | 提出了一种通过全切片图像推断RNA模式的新的预测转录组数据的方法 | 结果表明变换器和图卷积网络无法超越卷积神经网络，且对相关疾病基因的性能表现不佳 | 研究转录组数据与结直肠肿瘤转移的关系 | 来自4位III期（pT3）匹配结直肠癌患者的组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组技术（Visium） | 卷积神经网络、变换器和图卷积网络 | 图像 | 4位III期结直肠癌患者的组织样本 |
| 18089 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics reveals the heterogeneity and FGG+CRP+ inflammatory cancer-associated fibroblasts replace islets in pancreatic ductal adenocarcinoma
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1112576
PMID:37124494
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组技术揭示了胰腺癌中肿瘤微环境的空间异质性和炎症相关成纤维细胞的特征 | 首次展示了FGG+CRP+炎症相关成纤维细胞在胰腺导管腺癌中替代胰岛的现象 | 仅分析了有限的样本和空间位置，可能无法全面代表所有情况 | 探讨胰腺癌中的肿瘤微环境空间异质性 | 正常胰腺组织、胰腺癌组织、相邻肿瘤组织和肿瘤基质 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | t-分布随机邻居嵌入 | 基因表达数据 | 分析了18,075个空间点 |
| 18090 | 2024-08-05 |
Construction of cancer- associated fibroblasts related risk signature based on single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq data in bladder urothelial carcinoma
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1170893
PMID:37124542
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研究论文 | 本研究构建了基于癌症相关成纤维细胞的风险标志，以解读膀胱尿路癌的免疫景观并筛选合适的治疗方案 | 首次结合单细胞RNA测序和大规模RNA测序数据构建膀胱尿路癌的CAFs风险标志 | 尚未在临床环境中验证风险标志的广泛适用性 | 研究膀胱尿路癌中的CAFs特征并建立CAFs风险标志 | 膀胱尿路癌样本及相关CAFs基因 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序，RNA-seq | Cox回归，LASSO回归 | 基因数据 | 涉及124个CAF相关基因 |
| 18091 | 2024-08-05 |
Multi-omics analysis reveals a macrophage-related marker gene signature for prognostic prediction, immune landscape, genomic heterogeneity, and drug choices in prostate cancer
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1122670
PMID:37122696
|
研究论文 | 本研究揭示了一种与巨噬细胞相关的标记基因签名在前列腺癌预后预测中的应用价值 | 通过多组学分析构建了9个基因的巨噬细胞相关标记基因预后签名，提供了新的视角和理论基础 | 未提及具体的局限性 | 探讨巨噬细胞相关网络在前列腺癌预后和治疗中的价值 | 前列腺癌患者的巨噬细胞相关标记基因 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞测序，LASSO-Cox回归分析 | NA | 基因数据 | 307个巨噬细胞相关标记基因 |
| 18092 | 2024-08-08 |
Gene length is a pivotal feature to explain disparities in transcript capture between single transcriptome techniques
2023, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2023.1144266
PMID:37122996
|
研究论文 | 本文比较了三种不同器官（心脏、肺和肾脏）的单细胞和单核转录组技术，探讨了转录组输出差异及其对下游分析的影响 | 首次直接比较单细胞和单核RNA测序技术在转录组输出方面的差异，并发现基因长度和外显子含量是影响捕获效率的关键因素 | 研究仅限于三种器官，且仅比较了两种技术，未涵盖所有可能的技术和器官 | 探讨单细胞和单核RNA测序技术在转录组捕获方面的差异及其对下游分析的影响 | 三种不同器官（心脏、肺和肾脏）的单细胞和单核转录组 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三种器官的单细胞和单核转录组数据 |
| 18093 | 2024-08-08 |
The serum soluble scavenger with 5 domains levels: A novel biomarker for individuals with heart failure
2023, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2023.1140856
PMID:37123263
|
研究论文 | 研究探讨血清可溶性清道夫含5个结构域（SSC5D）水平与心力衰竭（HF）之间的关系 | 发现SSC5D是心力衰竭的一个特异性反应，可能作为新型生物标志物和治疗靶点 | 研究为回顾性分析，且样本主要来自上海总医院，可能存在地域和样本选择的局限性 | 探索SSC5D作为心力衰竭生物标志物的潜力 | 心力衰竭患者及正常人的血清SSC5D水平 | NA | 心血管疾病 | 定量实时聚合酶链反应，单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 276名心力衰竭或正常患者，1755种分泌蛋白，小鼠心肌梗死或主动脉缩窄模型 |
| 18094 | 2024-08-08 |
Transcriptomic analysis identified SLC40A1 as a key iron metabolism-related gene in airway macrophages in childhood allergic asthma
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1164544
PMID:37123407
|
研究论文 | 本研究通过转录组分析，在儿童过敏性哮喘的气道巨噬细胞中鉴定出与铁代谢相关的关键基因SLC40A1 | 首次揭示了SLC40A1基因在儿童过敏性哮喘中的潜在作用及其与铁代谢的关系 | NA | 探讨铁代谢相关基因在儿童过敏性哮喘发病机制中的作用 | 儿童过敏性哮喘患者的气道巨噬细胞 | NA | 过敏性哮喘 | 转录组分析、定量逆转录聚合酶链反应（qRT-PCR）、免疫荧光 | NA | 转录组数据 | 三个儿童哮喘基因表达数据集 |
| 18095 | 2024-08-08 |
Comparative analysis between high-grade serous ovarian cancer and healthy ovarian tissues using single-cell RNA sequencing
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1148628
PMID:37124501
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术比较了高级别浆液性卵巢癌与健康卵巢组织的细胞亚群和基因功能差异 | 首次详细比较了健康卵巢与卵巢癌细胞在细胞周期、细胞通讯等方面的差异，并验证了相关基因表达 | NA | 探讨高级别浆液性卵巢癌与健康卵巢细胞在功能、基因表达及细胞交互模式上的差异 | 高级别浆液性卵巢癌与健康卵巢组织 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（ScRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 6867个健康卵巢细胞和17056个卵巢癌细胞 |
| 18096 | 2024-08-08 |
Cell annotation using scRNA-seq data: A protein-protein interaction network approach
2023, MethodsX
IF:1.6Q2
DOI:10.1016/j.mex.2023.102179
PMID:37128282
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研究论文 | 本文介绍了一种基于蛋白质-蛋白质相互作用网络的方法，用于量化scRNA-seq数据中与任何生物过程相关的通路活性 | 本文扩展了先前开发的基于蛋白质-蛋白质相互作用网络的框架，使其能够量化与任何生物过程或基因列表相关的通路活性 | NA | 旨在开发一种通用的工具，用于分析健康和疾病条件下多细胞类型中的通路活性 | 健康和癌症乳腺癌样本中的各种生物过程 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-seq | 蛋白质-蛋白质相互作用网络 | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 18097 | 2024-08-08 |
Vasculature atrophy causes a stiffened microenvironment that augments epidermal stem cell differentiation in aged skin
2022-07, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-022-00244-6
PMID:37117774
|
研究论文 | 本文研究了皮肤血管退化导致的真皮硬化如何增强老年小鼠皮肤中表皮干细胞的分化 | 首次报道了皮肤血管退化引起的真皮硬化会增强表皮干细胞的分化和半桥粒脆性，并揭示了这一过程与Piezo1离子通道和pentraxin 3分子的关系 | NA | 探讨衰老过程中外部微环境因素如何影响干细胞功能 | 老年小鼠皮肤中的表皮干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 老年小鼠皮肤样本 |
| 18098 | 2024-08-08 |
Alzheimer's disease modification mediated by bone marrow-derived macrophages via a TREM2-independent pathway in mouse model of amyloidosis
2022-01, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-021-00149-w
PMID:37118355
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研究论文 | 本研究评估了在淀粉样变性小鼠模型中，单核细胞衍生的巨噬细胞（MDM）是否通过TREM2依赖性途径发挥作用，并探讨了PD-L1免疫检查点阻断对认知改善的影响。 | 发现MDM通过TREM2非依赖性途径在淀粉样变性小鼠模型中具有疾病修饰活性。 | NA | 评估单核细胞衍生的巨噬细胞在淀粉样变性小鼠模型中的作用机制。 | 淀粉样变性小鼠模型中的单核细胞衍生的巨噬细胞。 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Trem25xFAD小鼠 |
| 18099 | 2024-08-08 |
Accumulation of cytotoxic T cells in the aged CNS leads to axon degeneration and contributes to cognitive and motor decline
2021-04, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-021-00049-z
PMID:37117598
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研究论文 | 研究揭示了在衰老的中央神经系统（CNS）中，细胞毒性CD8 T淋巴细胞的积累导致轴突退化，并促进认知和运动功能的下降 | 首次详细探讨了CD8 T细胞在衰老CNS中的作用，并通过单细胞转录组学分析了其群体异质性 | 研究主要基于小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨衰老CNS中细胞毒性CD8 T细胞的作用及其对神经结构和功能的影响 | 衰老的中央神经系统中的CD8 T细胞及其对轴突和认知功能的影响 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 成年和老年小鼠脑组织，以及老年人类白质尸检材料 |
| 18100 | 2024-08-08 |
Mapping Genetic Susceptibility to Stenosis in the Proximal Airway
2023-11, The Laryngoscope
DOI:10.1002/lary.30718
PMID:37102306
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研究论文 | 本研究旨在识别与近端气道狭窄（SGS）相关的候选风险基因，并探索其生物学功能和表达富集的细胞类型 | 首次通过单细胞RNA测序和通路富集分析，详细研究了与SGS相关的基因及其在不同细胞类型中的表达模式 | 研究未发现免疫细胞在候选风险基因中的显著富集，这可能是研究的局限之一 | 识别与近端气道狭窄相关的候选风险基因，并探索其生物学功能和细胞类型特异性表达 | 近端气道狭窄（SGS）的遗传基础 | 遗传学 | 呼吸道疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 通路富集分析（PEA） | 基因表达数据 | 20个与SGS表型相关的基因 |