单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27648 篇文献，本页显示第 17981 - 18000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 17981 | 2024-08-05 |
Seven-colour multiplex immunochemistry/immunofluorescence and whole slide imaging of frozen sections
2023-07, Journal of immunological methods
IF:1.6Q4
DOI:10.1016/j.jim.2023.113490
PMID:37172777
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研究论文 | 本研究提出了一种新的七色多重免疫化学/免疫荧光成像工作流程，以在冷冻组织切片中同时检测七个生物标志物 | 该方法允许在冷冻切片中同时标记和检测多个标志物，克服了传统荧光显微镜所面临的处理限制 | 该方法的适用性可能受到样本类型和组织切片质量的限制 | 研究旨在开发一种新的影像工作流程，以便在肿瘤免疫微环境研究中实现多标志物的同时检测 | 研究对象为转移性黑色素瘤中的肿瘤免疫微环境 | 数字病理学 | 肿瘤 | 多重免疫化学/免疫荧光 (mIHC/IF) | NA | 图像 | NA |
| 17982 | 2024-08-05 |
Receptor for hyaluronan-mediated motility (RHAMM) defines an invasive niche associated with tumor progression and predicts poor outcomes in breast cancer patients
2023-07, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6082
PMID:37186300
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研究论文 | 本研究探讨了RHAMM在乳腺癌进展中的作用，并提出了新的预后标志。 | 开发了27基因RHAMM相关标志（RRS），并证明其在乳腺癌患者中的预后价值。 | 尚未完全建立RHAMM表达与肿瘤进展之间的因果关系。 | 研究RHAMM如何影响乳腺癌的侵袭性及其与预后之间的关系。 | 研究乳腺癌患者中RHAMM的表达及其与肿瘤微环境的相互作用。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | CRISPR/Cas9 | 细胞转化模型 | 基因表达数据 | 内部乳腺癌患者队列以及独立队列 |
| 17983 | 2024-08-05 |
Target enrichment of uncultured human oral bacteria with phage-derived molecules found by single-cell genomics
2023-Jul, Journal of bioscience and bioengineering
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.jbiosc.2023.04.005
PMID:37188549
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研究论文 | 该研究探讨了利用噬菌体衍生分子检测和分离未培养的人类口腔细菌。 | 创新点在于使用多重单细胞测序获取大量未培养的口腔细菌基因组，并基于未培养细菌的SAG设计了能选择性捕捉特定细菌的分子。 | 该研究未能全面了解这些未培养细菌的功能和存在模式。 | 研究的目的是探索噬菌体衍生分子在检测和分离未培养细菌中的应用。 | 研究对象为人类口腔中的未培养细菌。 | 微生物组学 | NA | 单细胞基因组学 | NA | 基因组数据 | 450个单放大基因组(SAGs) |
| 17984 | 2024-08-08 |
Navigating the immunometabolic heterogeneity of B cells in murine hepatocellular carcinoma at single cell resolution
2023-Jul, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.110257
PMID:37182447
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序技术分析了小鼠肝细胞癌模型中B细胞的组成、分布、表型、功能和代谢特征 | 首次详细描述了肝细胞癌微环境中B细胞的代谢异质性及其对功能的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 深入理解肝细胞癌中B细胞的免疫学特性，为免疫治疗提供新靶点 | 肝细胞癌中的B细胞及其代谢状态 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自同种异体肝细胞癌小鼠模型的肝细胞癌和邻近肝组织 |
| 17985 | 2024-08-08 |
Cystathionine-γ-lyase attenuates inflammatory response and pain of osteoarthritis
2023-Jul, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.110289
PMID:37182456
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研究论文 | 研究探讨了胱硫醚-γ-裂解酶（CSE）在减轻骨关节炎（OA）炎症反应和疼痛中的作用 | 首次发现CSE通过抑制NF-κB信号通路减轻OA中的炎症和退行性变化 | NA | 探索CSE作为治疗骨关节炎潜在疗法的效果 | 骨关节炎患者的炎症反应和疼痛 | NA | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫组织化学 | NA | RNA | 涉及人类软骨和前交叉韧带切断（ACLT）大鼠模型 |
| 17986 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Atlas of Newcastle Disease Virus in Chickens Both In Vitro and In Vivo
2023-06-15, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.05121-22
PMID:37191506
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了新城疫病毒（NDV）感染鸡肺组织细胞和鸡胚成纤维细胞系DF-1的异质性反应 | 首次在单细胞转录组水平上描述了NDV在鸡肺中的目标细胞类型，并区分了病毒感染和未感染细胞，揭示了病毒感染后的主要信号通路和细胞间通讯 | NA | 研究新城疫病毒（NDV）在鸡体内的细胞内复制及其在不同细胞类型中宿主反应的异质性 | 鸡肺组织细胞和鸡胚成纤维细胞系DF-1 | 数字病理学 | 家禽疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及鸡肺组织细胞和鸡胚成纤维细胞系DF-1的多个细胞样本 |
| 17987 | 2024-08-08 |
Remodeling of the immune and stromal cell compartment by PD-1 blockade in mismatch repair-deficient colorectal cancer
2023-06-12, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2023.04.011
PMID:37172580
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了错配修复缺陷和微卫星不稳定性高（d-MMR/MSI-H）结直肠癌患者在接受新辅助PD-1阻断治疗后，免疫和基质细胞的动态变化。 | 研究发现，在病理完全反应（pCR）的肿瘤中，治疗后CD8 Trm-mitotic、CD4 Tregs、促炎性IL1B Mono和CCL2 Fibroblast的数量减少，而CD8 Tem、CD4 Th、CD20 B和HLA-DRA Endothelial细胞的比例增加。 | NA | 揭示免疫检查点抑制剂治疗成功机制，并寻找提高治疗效果的潜在靶点。 | 错配修复缺陷和微卫星不稳定性高的结直肠癌患者。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 19名患者 |
| 17988 | 2024-08-05 |
Mathematics of neural stem cells: Linking data and processes
2023-06, Cells & development
IF:2.1Q3
DOI:10.1016/j.cdev.2023.203849
PMID:37179018
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综述 | 本文解释了数学建模如何改善对成人大脑中干细胞动态的机制理解 | 结合单细胞测序技术和数学建模，为干细胞生物学领域的一些重要问题提供了独特的机会 | NA | 探讨成人干细胞动态的数学建模及单细胞测序的影响 | 成人干细胞及其分化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | 数学模型 | 细胞数据 | NA |
| 17989 | 2024-08-05 |
Early alterations in the MCH system link aberrant neuronal activity and sleep disturbances in a mouse model of Alzheimer's disease
2023-06, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01325-4
PMID:37188873
|
研究论文 | 本研究表明MCH系统在早期阿尔茨海默病中的变化与异常神经活动和睡眠障碍相关 | 发现MCH系统在早期阿尔茨海默病中脆弱，且其功能受损与异常兴奋性驱动和睡眠缺陷相关 | 未提及特定的样本限制或实验条件的局限性 | 研究MCH系统在早期阿尔茨海默病中的作用及其对神经活动和睡眠质量的影响 | 使用阿尔茨海默病小鼠模型作为研究对象 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组分析 | NA | 细胞和神经元活动数据 | App小鼠和阿尔茨海默病患者的样本 |
| 17990 | 2024-08-05 |
Hes1 marks peri-condensation mesenchymal cells that generate both chondrocytes and perichondrial cells in early bone development
2023-06, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2023.104805
PMID:37172728
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研究论文 | 本研究展示了围绕凝聚体的间充质细胞对软骨和膜软骨的贡献 | 首次明确了Hes1标记的间充质细胞在早期骨发育中的重要性 | 未探讨Hes1在不同发育阶段的功能变化 | 探究早期骨发育中间充质细胞的角色 | 位于骨骼发育中的间充质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | Prrx1-cre标记的肢芽间充质细胞 |
| 17991 | 2024-08-08 |
An empirical Bayes method for differential expression analysis of single cells with deep generative models
2023-05-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2209124120
PMID:37192164
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度生成模型的单细胞差异表达分析的贝叶斯方法lvm-DE | lvm-DE方法利用深度生成模型的不确定性进行差异表达分析，并能控制假发现率(FDR) | NA | 开发一种新的方法来进行单细胞RNA测序数据的差异表达分析 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 深度生成模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 17992 | 2024-08-05 |
A scalable unsupervised learning of scRNAseq data detects rare cells through integration of structure-preserving embedding, clustering and outlier detection
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad125
PMID:37185897
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研究论文 | 本文提出了一种新的框架用于聚类大规模单细胞数据并识别稀有细胞亚群体 | 创新点在于结合了保持结构的嵌入、聚类和异常检测的方法，特别是使用了PaCMAP和高斯混合模型来处理稀疏的高维单细胞RNA-seq数据 | 对高维数据的准确聚类方法仍然存在挑战，尽管本研究提供了一种新的方法，但在某些情况下可能仍不够准确 | 旨在通过单细胞RNA-seq分析，开发更有效的聚类和稀有细胞识别方法 | 研究对象为单细胞RNA-seq数据中的稀有细胞亚群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯混合模型，孤立森林，单类支持向量机 | 单细胞RNA-seq数据 | 使用多种公开数据集进行验证，涉及不同的细胞类型和稀有细胞亚群体 |
| 17993 | 2024-08-08 |
P-CSN: single-cell RNA sequencing data analysis by partial cell-specific network
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad180
PMID:37170676
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研究论文 | 本文提出了一种新的部分细胞特异性网络方法（p-CSN），用于单细胞RNA测序数据分析，通过基于部分独立性的统计方法消除c-CSN的奇异性，并进一步提出单细胞网络熵（scNEntropy）来量化细胞状态 | 提出了基于部分独立性统计的p-CSN方法，有效减少了c-CSN在网络构建中的假阴性问题，并优化了下游分析性能 | NA | 改进单细胞RNA测序数据分析方法，提高基因-基因关联的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达和基因-基因关联 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | p-CSN | 基因表达数据 | 多个数据集 |
| 17994 | 2024-08-08 |
scAnno: a deconvolution strategy-based automatic cell type annotation tool for single-cell RNA-sequencing data sets
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad179
PMID:37183449
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研究论文 | 开发了一种基于去卷积策略的自动化细胞类型注释工具scAnno，用于单细胞RNA测序数据集 | scAnno通过联合去卷积策略和逻辑回归，能够在没有先验信息的情况下准确识别细胞类型特异性基因，并提供了人类和鼠类的参考基因表达谱 | NA | 开发一种自动化细胞类型注释工具，以提高单细胞RNA测序数据集的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据集中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 逻辑回归 | 基因表达数据 | 人类30种细胞类型和50种组织，鼠类26种细胞类型和50种组织 |
| 17995 | 2024-08-08 |
Natural γδT17 cell development and functional acquisition is governed by the mTORC2-c-Maf-controlled mitochondrial fission pathway
2023-May-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106630
PMID:37192973
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研究论文 | 本文探讨了mTORC2通过调控c-Maf表达控制γδT17细胞功能命运承诺的内在代谢机制 | 首次揭示了mTORC2通过调节Drp1介导的线粒体分裂和线粒体功能障碍，影响γδT17细胞的发育和功能获取 | NA | 研究γδT17细胞发育的内在代谢机制 | γδT17细胞的发育和功能获取 | NA | NA | scRNA-seq | NA | RNA | NA |
| 17996 | 2024-08-08 |
Exploring the role of pyroptosis in shaping the tumor microenvironment of colorectal cancer by bulk and single-cell RNA sequencing
2023-May-18, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-023-02897-8
PMID:37198617
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研究论文 | 本研究通过批量和单细胞RNA测序探索了焦亡在结直肠癌肿瘤微环境中的作用 | 首次在批量和单细胞RNA测序水平上全面调查了焦亡在结直肠癌中的作用 | NA | 研究焦亡在结直肠癌中的机制及其对治疗的影响 | 结直肠癌样本及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA测序 | LASSO Cox回归分析 | RNA-seq数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus (GEO)数据库和The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库的结直肠癌样本 |
| 17997 | 2024-08-05 |
Celloscope: a probabilistic model for marker-gene-driven cell type deconvolution in spatial transcriptomics data
2023-05-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02951-8
PMID:37198601
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研究论文 | 本文提出了一种新的概率模型Celloscope，用于从空间转录组数据中进行细胞类型的解混合 | Celloscope利用既有的标记基因知识进行细胞类型解混合，这是一种创新的方法 | NA | 研究空间转录组数据中不同细胞类型的空间排列 | 针对小鼠脑组织和前列腺组织的细胞类型进行解混合 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学 | 概率模型 | 基因表达数据 | NA |
| 17998 | 2024-08-05 |
Cellular population dynamics shape the route to human pluripotency
2023-05-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37270-w
PMID:37198156
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研究论文 | 人类细胞重编程到诱导性多能性是一个低效的过程，本研究探讨了细胞亚群及其相互作用 | 研究通过微流控技术和时间多组学识别并解决不同细胞亚群及其相互作用，指出HGF/MET/STAT3轴是重编程的强效增强因子 | 研究主要依赖微流控系统，而在常规培养皿中需要外源供应HGF以提高效率 | 探究细胞重编程中重要的中间阶段及其功能 | 不同细胞亚群及其在重编程过程中的相互作用 | 生物医学 | NA | 微流控技术, 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 17999 | 2024-08-08 |
scBrainMap: a landscape for cell types and associated genetic markers in the brain
2023-05-17, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baad035
PMID:37195696
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研究论文 | 本文介绍了scBrainMap数据库，该数据库收录了多种物种大脑细胞类型及其相关遗传标记 | scBrainMap数据库通过单细胞转录组技术，提供了高分辨率的大脑细胞类型分类，并包含了跨物种、跨脑区和疾病状态的数据 | NA | 旨在解析大脑细胞组成的多样性及其特性 | 大脑细胞类型及其遗传标记 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组技术 | NA | 基因数据 | 包含6,577,222个单细胞，涉及14个物种、124个脑区和20种不同的疾病状态 |
| 18000 | 2024-08-05 |
ACSL4 serves as a novel prognostic biomarker correlated with immune infiltration in Cholangiocarcinoma
2023-May-16, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-10903-5
PMID:37193981
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研究论文 | 本研究探讨了ACSL4在胆管癌中的预后价值和潜在功能 | ACSL4作为胆管癌的新型预后生物标志物，首次揭示了其与免疫浸润细胞的相关性 | 本研究的局限性在于缺乏临床验证和具体的机制研究 | 研究ACSL4在胆管癌中的预后价值及其可能的功能 | 胆管癌（CHOL）患者 | 数字病理学 | 胆管癌 | 西方印迹、qPCR、EdU实验、CCK8实验、穿透实验和伤口愈合实验 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 利用TCGA和GEO数据库中的胆管癌数据集，具体样本量未提及 |