单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1781	2025-07-24	Pan-Cancer Spatial Profiling Reveals Conserved Subtypes and Niches of Cancer-Associated Fibroblasts 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-2181 PMID:40440095	research paper	该研究通过泛癌空间分析揭示了癌症相关成纤维细胞（CAF）的保守亚型和微环境	利用空间多组学数据首次定义了四种基于空间组织和细胞邻域的CAF亚型，为CAF分类提供了新框架	研究主要依赖于空间多组学数据，可能未完全涵盖所有肿瘤类型的CAF异质性	解析肿瘤微环境中CAF的空间异质性及其在治疗反应中的作用	多种癌症类型中的癌症相关成纤维细胞（CAF）	digital pathology	cancer	single-cell spatial multiomics	NA	spatial multiomic data	多种癌症类型的广泛单细胞空间多组学数据集
1782	2025-07-24	Single-cell transcriptional profiling reveals PAX5-mediated naïve B cell differentiation defect in severe adenoid hypertrophy 2025-Jul-15, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114675 PMID:40675241	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了严重腺样体肥大中PAX5介导的幼稚B细胞分化缺陷	首次在严重腺样体肥大中发现幼稚B细胞积累和PAX5过表达导致的B细胞分化阻滞	样本量相对较小，未进行功能验证实验	探究腺样体肥大的分子机制	儿科腺样体肥大患者的腺样体组织	单细胞转录组学	腺样体肥大	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	45,917个单细胞转录组(来自SHA和MHA患者)
1783	2025-07-24	Interleukin-27-producing cells in gram-negative neonatal sepsis display diverse phenotypes and functions in the liver 2025-Jul-14, ImmunoHorizons DOI:10.1093/immhor/vlaf026 PMID:40682363	research paper	该研究通过单细胞水平分析揭示了在革兰氏阴性新生儿败血症中，肝脏内产生IL-27的细胞具有多样化的表型和功能	首次在单细胞水平上详细描述了新生儿败血症中IL-27产生细胞的表型和功能多样性，并揭示了这些细胞的转录组特征	研究仅使用了小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究新生儿败血症中IL-27产生细胞的特性及其在免疫失调中的作用	新生小鼠的肝脏细胞	免疫学	新生儿败血症	单细胞RNA测序、流式细胞术、全动物成像	IL-27p28eGFP报告小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，使用报告小鼠模型进行研究
1784	2025-07-24	NeuN expression in health and disease: A histological perspective on neuronal heterogeneity 2025-Jul-11, Histology and histopathology IF:2.5Q2 DOI:10.14670/HH-18-965 PMID:40697072	综述	本文综述了神经元核蛋白（NeuN）在健康和疾病状态下的表达模式及其在神经科学研究与诊断中的应用	提出NeuN不应被视为二元标记物，而应作为神经元状态的动态指标，并建议采用多标记策略和分子工具提高神经元分析的分辨率	NeuN并非在所有成熟神经元中普遍表达，且在病理条件下其表达可能动态变化，这限制了其作为神经元死亡标志物的解释	探讨NeuN表达模式、调控机制及其在研究和诊断中的意义	神经元核蛋白（NeuN/Rbfox3）及其在不同神经元类型和病理条件下的表达	神经病理学	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病和帕金森病）、脑缺血再灌注损伤、创伤性脑损伤和癫痫	免疫组织化学、空间转录组学、RNA测序	NA	组织学数据和转录组数据	NA
1785	2025-07-24	scGGC: a two-stage strategy for single-cell clustering through cellular gene pathway construction 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf368 PMID:40698866	研究论文	提出了一种名为scGGC的新型单细胞聚类模型，通过整合图自编码器和生成对抗网络技术，提高了单细胞RNA测序数据的聚类准确性	scGGC的创新包括两部分：(i)构建包含细胞-细胞和细胞-基因关系的邻接矩阵，以捕捉图结构中的复杂相互作用，实现非线性降维和初始聚类；(ii)通过从初始聚类中选择高置信度样本进行对抗神经网络训练，提升聚类性能	未明确提及具体限制，但高维度、噪声和数据稀疏性仍是单细胞聚类分析的普遍挑战	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和细胞类型特异性标记基因的识别	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图自编码器(GAE)和生成对抗网络(GAN)	单细胞RNA测序数据	九个公开可用的scRNA-seq数据集
1786	2025-07-24	Applications and techniques of single-cell RNA sequencing across diverse species 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf354 PMID:40698863	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在不同物种中的应用和技术	scRNA-seq技术提供了前所未有的细胞异质性、谱系分化和细胞类型特异性基因表达模式的见解	技术和财务障碍限制了其在非模式生物和具有复杂细胞组成的组织中的应用	探讨scRNA-seq在分子生物学、肿瘤学、发育生物学和生态基因组学等领域的应用	不同物种的细胞	分子生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
1787	2025-07-24	Path-MGCN: a pathway activity-based multi-view graph convolutional network for determining spatial domains 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf365 PMID:40698867	研究论文	提出了一种基于通路活性的多视图图卷积网络Path-MGCN，用于确定空间转录组数据中的空间域	Path-MGCN首次整合了通路信息，通过注意力机制自适应融合空间和功能邻近性的多视图图卷积网络，提高了空间转录组数据分析的准确性和可解释性	未明确提及具体限制，但可能受限于通路数据库的覆盖范围和计算复杂度	开发一个准确且可解释的框架来分析空间转录组数据，以理解组织结构和分子通路	人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌和小鼠脑组织的空间转录组数据	数字病理学	乳腺癌	基因集变异分析(GSVA)、Zero-inflated negative binomial解码器	多视图图卷积网络(GCN)与注意力机制	空间转录组数据	多个数据集(人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌和小鼠脑组织)
1788	2025-07-24	SpaDCN: Deciphering Spatial Functional Landscape from Spatially Resolved Transcriptomics by Aligning Cell-Cell Communications 2025-Jul, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202402111 PMID:39962819	研究论文	提出了一种名为SpaDCN的空间动态图卷积网络框架，用于从空间分辨转录组数据中解析空间功能景观	通过整合细胞间通讯动态和基因表达数据，在空间背景下揭示具有一致细胞组织的空间功能区域	未明确提及具体局限性	解决空间分辨转录组技术中识别病理相关空间功能景观的挑战	空间分辨转录组数据	数字病理	癌症	空间分辨转录组技术(SRT)	动态图卷积网络(SpaDCN)	基因表达数据	NA
1789	2025-07-24	Single-Cell Transcriptome Reveals Aquaporin-Mediated Carbon Nanosol-Induced Growth Promotion of Plants 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504459 PMID:40305768	研究论文	研究通过单细胞转录组揭示了水通道蛋白介导的碳纳米溶胶促进植物生长的机制	首次在单细胞水平上解析了碳纳米溶胶促进植物生长的分子机制，并发现水通道蛋白在此过程中的关键作用	研究仅针对烟草根部细胞，未涉及其他植物组织或其他植物物种	探究碳纳米溶胶促进植物生长的分子机制	烟草根部细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序、荧光标记追踪、伪时间轨迹分析	NA	单细胞转录组数据、荧光成像数据	7,897个细胞，代表13种不同的细胞类型
1790	2025-07-24	PP1A Modulates the Efficacy of Lenvatinib Plus ICIs Therapy by Inhibiting Ferroptosis in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501730 PMID:40344394	研究论文	本文研究了PP1A通过抑制铁死亡调节Lenvatinib联合ICIs治疗肝细胞癌的效果	揭示了PP1A通过去磷酸化Keap1抑制铁死亡，进而影响Keap1-Nrf2相互作用和PD-L1转录的新机制	研究主要基于体外和动物实验，临床转化效果尚需进一步验证	探索PP1A在肝细胞癌治疗抵抗中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌细胞系和动物模型	肿瘤生物学	肝细胞癌	转录组分析、铁死亡代谢物分析、单细胞测序	NA	分子生物学数据、测序数据	未明确说明样本数量，使用细胞系和动物模型
1791	2025-07-24	Immune-Vascular Synergy: A Photodynamic Hydrogel Activating ALDH2 to Combat Inflammation and Enhance Angiogenesis in Diabetic Wound Healing 2025-Jul, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202500391 PMID:40364604	research paper	该研究开发了一种光动力水凝胶，通过激活ALDH2来对抗炎症并促进糖尿病伤口愈合中的血管生成	提出了一种双功能策略的光动力水凝胶，独特地整合了ALDH2激活与免疫-血管调节，以解决糖尿病伤口愈合中的多重挑战	未提及具体的临床前或临床试验阶段，可能缺乏人体试验数据	开发一种新型治疗方法以改善糖尿病伤口愈合	糖尿病伤口组织	生物医学工程	糖尿病	光动力疗法、单细胞测序	NA	临床标本、实验数据	未明确提及具体样本数量
1792	2025-07-24	MatriCom, a single-cell RNA-sequencing data mining tool to infer cell-extracellular matrix interactions 2025-Jul-01, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.263927 PMID:40501363	研究论文	介绍了一个名为MatriCom的网络应用和R包，用于从单细胞RNA测序数据推断细胞外基质（ECM）成分之间以及不同细胞群体与ECM之间的通讯	开发了MatriCom工具，利用独特的MatriComDB数据库，包含超过25,000个经过整理的相互作用，用于从表达数据中推断相互作用，并构建了首个人类肾脏基质通讯网络	未明确提及具体限制，但可能依赖于数据库的覆盖范围和准确性	研究细胞外基质（ECM）成分之间以及细胞与ECM之间的通讯机制	单细胞RNA测序数据集中的细胞外基质成分和细胞群体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	46个健康成体组织的scRNA-Seq数据集
1793	2025-07-24	Single-cell and spatial transcriptomics of stricturing Crohn's disease highlights a fibrosis-associated network 2025-Jul, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02225-y PMID:40562913	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学技术研究了克罗恩病（CD）狭窄病变中的纤维化相关网络	结合单细胞和空间转录组学技术，揭示了克罗恩病狭窄病变中的关键转录组和细胞网络，以及多细胞遗传风险因子的空间组织	样本量相对较小（61个样本，来自21名CD患者和10名非IBD患者），可能影响结果的普遍性	研究克罗恩病狭窄病变的纤维化机制及其相关细胞和基因网络	克罗恩病患者的肠道狭窄病变组织	数字病理学	克罗恩病	单细胞转录组学，空间转录组学	NA	转录组数据	61个样本（来自21名CD患者和10名非IBD患者）
1794	2025-07-24	Atlas of amnion development during the first trimester of human pregnancy 2025-Jul, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01696-9 PMID:40659869	研究论文	通过单细胞转录组学技术，研究人类妊娠早期羊膜的细胞类型及其动态重塑过程	首次系统鉴定了人类妊娠早期羊膜的主要细胞类型和亚型，揭示了上皮-间质和上皮-免疫细胞间的动态转变及关键细胞间通讯通路	研究仅聚焦于妊娠早期羊膜发育，未涵盖整个妊娠周期	阐明羊膜在早期妊娠中的细胞组成、动态重塑及发育机制	人类妊娠早期羊膜组织	发育生物学	NA	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量（人类早期妊娠羊膜组织）
1795	2025-07-24	Featured Immune Characteristics of Periodontitis and Primary Sjögren's Syndrome Revealed by Single-Cell Transcriptome Analyses 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70713 PMID:40696268	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示牙周炎和原发性干燥综合征的免疫特征	首次在单细胞水平上全面比较了牙周炎和原发性干燥综合征的免疫细胞景观，并揭示了两种疾病之间的共同分子机制	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探究牙周炎和原发性干燥综合征在免疫细胞层面的关联和共同分子机制	健康对照组、牙周炎患者和原发性干燥综合征患者的外周血单个核细胞	生物信息学	牙周炎, 原发性干燥综合征	单细胞转录组测序, NicheNetr分析	Seurat, NicheNetr	单细胞RNA测序数据	来自NCBI和NGDC数据库的健康对照组、牙周炎和原发性干燥综合征患者的PBMC数据
1796	2025-07-24	Extracellular Origins of Cognition: Lessons from Primate Neocortical ECM 2025-Jul, Proteomics IF:3.4Q2 DOI:10.1002/pmic.13979 PMID:40696865	comments	本文评论了Vilicich等人的研究，该研究通过多模态方法构建了人类和非人灵长类动物发育中新皮质的ECM图谱	研究整合了单细胞转录组学、蛋白质组学和免疫组织荧光技术，揭示了ECM在皮质层和发育阶段的特异性分布	评论文章未直接进行实验研究，主要基于对他人研究的分析和讨论	探讨ECM在神经发育中的作用及其与神经发育障碍的潜在关联	人类和非人灵长类动物的发育中新皮质	神经科学	神经发育障碍	单细胞转录组学、蛋白质组学、免疫组织荧光	NA	分子数据、图像数据	NA
1797	2025-07-24	Leveraging hypoxia-related genes signature for predicting the prognosis of bladder cancer 2025-Jun-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-2025-118 PMID:40687655	研究论文	本研究探讨了缺氧相关基因（HRGs）在膀胱癌（BC）中的功能作用，并构建了一个预后风险模型	开发了一个基于HRGs的新型预后风险模型，并分析了其与免疫微环境、突变模式、药物敏感性及基因发育轨迹的关系	研究对缺氧在膀胱癌中的机制探讨仍有限，且模型需进一步验证	探索HRGs在膀胱癌中的功能作用，并构建预后风险模型以优化患者治疗效果	膀胱癌患者及其缺氧相关基因	生物信息学	膀胱癌	ssGSEA、qRT-PCR、单细胞测序	预后风险模型	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
1798	2025-07-24	A pre-menopausal single-cell atlas for ovarian drug discovery 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.20.660779 PMID:40666883	研究论文	本文介绍了一个针对绝经前女性的单细胞图谱（PreMeno Atlas），旨在促进卵巢生物学研究和避孕靶点发现	首次整合了绝经前女性的单细胞数据集，包括14个组织的511,365个细胞，特别关注卵巢细胞基因特征和潜在药物靶点	研究主要基于绝经前女性数据，可能不适用于其他年龄段人群	促进对绝经前阶段卵巢生物学的理解，并支持针对年轻人群（如生育管理）的卵巢基因靶点识别	绝经前女性的卵巢细胞和其他13种组织细胞	单细胞生物学	生育管理	单细胞测序，空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	511,365个细胞（来自14个组织）
1799	2025-07-24	MHCIIhiLYVE1loCCR2hi Interstitial Macrophages Promote Medial Fibrosis in Pulmonary Arterioles and Contribute to Pulmonary Hypertension 2025-Jun-20, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326173 PMID:40357547	research paper	该研究探讨了间质巨噬细胞（iMΦ）在肺动脉高压（PH）中促进肺动脉中膜纤维化的作用及其机制	首次发现MHCIIhiLYVE1loCCR2hi iMΦs通过WNT11/PCP通路促进肺动脉平滑肌细胞向成纤维细胞样表型转化，从而加剧肺动脉中膜纤维化	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证相对有限	阐明间质巨噬细胞在肺动脉高压发病机制中的作用	肺动脉高压患者和实验性PH动物的肺组织样本	病理生理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、谱系追踪、组织学分析、共培养实验、转基因动物实验	动物模型（Sugen-5416+缺氧+常氧刺激模型）	基因表达数据、组织学图像数据	患者样本和实验动物样本（具体数量未明确说明）
1800	2025-07-24	Dissecting the liver inflammation ecosystem identifies annexin A1 as a pro-resolving target for liver failure 2025-Jun-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001427 PMID:40560812	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，解析了急性-慢性肝衰竭（ACLF）中的免疫景观，并发现ANXA1作为潜在的治疗靶点	首次全面描述了ACLF的免疫特征，并鉴定出ANXA1-FPR1轴作为炎症调控的关键通路	研究主要基于观察性数据，需要进一步实验验证ANXA1的治疗效果	解析ACLF的免疫机制并寻找治疗靶点	急性-慢性肝衰竭患者的肝脏组织和免疫细胞	免疫学	肝衰竭	单细胞RNA测序、空间测序、生物信息学分析	NA	RNA测序数据	ACLF患者、急性肝衰竭患者、失代偿性肝硬化患者和对照组的肝脏样本