单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1781	2025-03-30	Pig jejunal single-cell RNA landscapes revealing breed-specific immunology differentiation at various domestication stages 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530214 PMID:40151618	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了野猪、金华猪和杜洛克猪空肠组织的免疫细胞差异，揭示了不同驯化阶段猪品种间免疫功能的特异性分化	首次在单细胞分辨率下构建了猪空肠组织的单细胞图谱，揭示了免疫细胞在驯化过程中的保守性和异质性，并发现了金华猪群体中具有独特抗体生产的浆细胞群体	研究仅聚焦于空肠组织，未涵盖整个肠道或其他器官的免疫细胞变化	探究猪在不同驯化阶段空肠免疫功能的演化及其分子机制	野猪、金华猪（中国地方品种）和杜洛克猪（集约化品种）的空肠组织	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、标记基因分析、免疫评分、基因鉴定和细胞通讯分析	NA	单细胞RNA测序数据	26,246个细胞，来自野猪、金华猪和杜洛克猪的空肠组织
1782	2025-03-30	Unraveling the PANoptosis Landscape in Osteosarcoma: A Single-Cell Sequencing and Machine Learning Approach to Prognostic Modeling and Tumor Microenvironment Analysis 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/6915258 PMID:40151638	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，探索了骨肉瘤中的PANoptosis（包括细胞焦亡、凋亡和坏死性凋亡）景观，并开发了一个稳健的预后模型	首次在骨肉瘤中整合单细胞测序和101种机器学习算法构建预后模型，揭示了PANoptosis在肿瘤微环境中的关键作用	需要进一步临床验证模型在指导个性化治疗中的实用性	探索骨肉瘤中PANoptosis的分子特征并开发预后预测模型	骨肉瘤患者样本	数字病理	骨肉瘤	scRNA-seq, 机器学习	CoxBoost等101种算法	基因表达数据	来自GEO数据库(GSE162454)的单细胞数据及TARGET和GEO数据库的批量转录组数据
1783	2025-03-30	Endothelial response to blood-brain barrier disruption in the human brain 2024-Dec-26, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187328 PMID:39724015	研究论文	研究人类脑内皮细胞对血脑屏障破坏的急性反应	首次在人类脑内皮细胞中研究了超声介导的血脑屏障破坏后的急性反应，揭示了特定的转录和超微结构变化	样本量较小，仅针对复发性胶质母细胞瘤患者进行研究	探索人类脑内皮细胞对血脑屏障破坏的反应机制	复发性胶质母细胞瘤患者的脑内皮细胞	神经科学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、透射电子显微镜	NA	基因表达数据、超微结构图像	复发性胶质母细胞瘤患者（具体数量未提及）
1784	2025-03-30	Single-cell RNA sequencing-derived signatures define response patterns to atezolizumab + bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2024-Dec-19, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.016 PMID:39709141	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示晚期肝细胞癌对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的响应模式	利用单细胞RNA测序技术定义了21种细胞表型的基因表达特征，揭示了两种不同的响应模式，并确定了与临床结果相关的分子亚组	研究样本量相对有限，且仅针对晚期肝细胞癌患者	揭示阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗晚期肝细胞癌的临床获益与耐药性的细胞过程	晚期肝细胞癌患者	数字病理	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	422例RNA测序样本（317例接受阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗，47例接受阿特珠单抗治疗，58例接受索拉非尼治疗）
1785	2025-03-30	Scaling deep identifiable models enables zero-shot characterization of single-cell biological states 2024-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.11.566161 PMID:38014345	research paper	本文介绍了一种名为scShift的深度可识别模型，用于解决单细胞RNA-seq数据分析中的批次效应问题，并展示了其在零样本表征单细胞生物状态方面的能力	开发了scShift，一个深度变分推理框架，能够有效解耦批次依赖和独立的变异，并在大规模单细胞图谱训练中展现出零样本能力	未明确提及具体限制，但可能依赖于大规模数据集的有效性和多样性	解决单细胞RNA-seq数据分析中的批次效应问题，实现跨数据集的生物差异识别	单细胞RNA-seq数据，特别是肺纤维化状态和COVID-19后纤维化	machine learning	lung fibrosis, COVID-19	scRNA-seq	deep variational inference framework	single-cell RNA-seq data	超过200个训练的scShift模型，涉及大规模单细胞图谱
1786	2025-03-30	STMGraph: spatial-context-aware of transcriptomes via a dual-remasked dynamic graph attention model 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae685 PMID:39764614	research paper	提出了一种名为STMGraph的双视图动态深度学习框架，用于空间转录组数据分析，以提高空间域聚类和批次效应校正的准确性和鲁棒性	结合了双掩码机制（MASK-REMASK）和动态图注意力模型（DGAT），通过自监督更新图链接关系，生成更全面的节点表示	未明确提及具体局限性	开发一种通用的空间转录组数据分析工具，以提高空间域聚类和批次效应校正的准确性和鲁棒性	空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics (ST)	DGAT (dynamic graph attention model)	spatial transcriptomics data	NA
1787	2025-03-30	Comprehensive Characterization of a Subfamily of Ca2+-Binding Proteins in Mouse and Human Retinal Neurons at Single-Cell Resolution 2024-Sep, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0145-24.2024 PMID:39260891	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据集全面分析了小鼠和人类视网膜神经元中Ca2+结合蛋白亚家族（CaBPs）的基因表达谱	揭示了CaBP1、CaBP2和CaBP5在视网膜内神经元中的表达模式，特别是发现双极细胞类型表达CaBP1、CaBP2和CaBP5的不同组合，而非单一CaBP	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证	探究CaBPs在小鼠和人类视网膜神经元中的表达模式及其在视觉功能中的作用	小鼠和人类视网膜神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序、单细胞逆转录聚合酶链反应	NA	转录组数据	小鼠和人类视网膜神经元样本
1788	2025-03-30	iIMPACT: integrating image and molecular profiles for spatial transcriptomics analysis 2024-06-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03289-5 PMID:38844966	研究论文	本文开发了一种名为iIMPACT的多阶段统计方法，用于整合空间转录组学数据中的分子信息和组织学图像的形态特征	iIMPACT方法通过AI重建的组织学图像和基因表达测量的空间背景，识别和定义基于组织学的空间域，并检测特定域的差异表达基因，提高了准确性和可解释性	NA	提高空间转录组学数据的聚类分析准确性和可解释性	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学分析	AI重建	图像和分子数据	NA
1789	2025-03-30	Clearance of VWF by hepatic macrophages is critical for the protective effect of ADAMTS13 in sickle cell anemia mice 2024-03-28, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021583 PMID:38142410	研究论文	本研究探讨了肝巨噬细胞在镰状细胞贫血（SCA）中的作用，特别是Clec4f+Marcohigh巨噬细胞亚群在清除ADAMTS13切割的VWF和镰状红细胞中的关键作用	首次揭示了Clec4f+Marcohigh巨噬细胞亚群通过去唾液酸化依赖的方式清除VWF，并证实了巨噬细胞介导的VWF清除对ADAMTS13保护效应的必要性	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类SCA患者中验证	阐明肝巨噬细胞在SCA病理机制中的作用及其与ADAMTS13保护效应的关系	镰状细胞贫血小鼠模型中的肝巨噬细胞	血液病学	镰状细胞贫血	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重误差稳健荧光原位杂交	小鼠疾病模型	基因表达数据、空间分布数据	未明确说明样本数量，使用SCA小鼠模型
1790	2025-03-30	Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae216 PMID:38725155	research paper	该论文介绍了一个名为Escort的新框架，用于评估单细胞RNA测序数据在轨迹推断中的适用性，并量化分析决策对轨迹属性的影响	开发了Escort框架，通过数据驱动的方法评估单细胞RNA测序数据的轨迹推断适用性，减少了分析过程中的不确定性和决策负担	未提及具体的局限性	解决单细胞RNA测序数据分析中方法选择和参数不确定性的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	NA
1791	2025-03-30	Unique lymphocyte transcriptomic profiles in septic patients with chronic critical illness 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1478471 PMID:39691721	research paper	通过单细胞RNA测序分析，研究脓毒症幸存者中慢性危重症患者的淋巴细胞转录组特征	揭示了脓毒症后慢性危重症患者中T细胞、B细胞和NK细胞的独特转录模式，特别是在CD8+ T效应记忆细胞和NK细胞中的耗竭和免疫抑制特征	样本量相对较小，且仅分析了特定时间点的转录组数据	研究脓毒症幸存者中慢性危重症患者的免疫系统特征	健康受试者、急性脓毒症患者、快速恢复患者和慢性危重症患者	免疫学	脓毒症	scRNA-seq, ELISpot, 细胞因子分析, T细胞增殖实验	NA	RNA测序数据, 功能实验数据	健康受试者12人，急性脓毒症患者4人，快速恢复患者4人，慢性危重症患者5人（scRNA-seq）；健康受试者19人，急性脓毒症患者68人，快速恢复患者27人，慢性危重症患者20人（功能验证）
1792	2025-03-30	An estrogen-sensitive fibroblast population drives abdominal muscle fibrosis in an inguinal hernia mouse model 2022-04-19, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.152011 PMID:35439171	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了雌激素敏感的成纤维细胞群在腹股沟疝小鼠模型中驱动腹部肌肉纤维化的机制	发现了两种可能与疝相关的新型成纤维细胞群，其中一种高表达雌激素受体-α基因（Esr1hi），另一种表达ECM改变酶（Mmp3hi），并上调促炎、促纤维化基因的表达	研究仅基于转基因小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究雌激素驱动的肌肉纤维化的细胞基础	转基因雄性小鼠（Aromhum）和野生型同窝小鼠的下腹部肌肉组织	生物医学	腹股沟疝	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	RNA-seq数据	Aromhum和野生型同窝小鼠的下腹部肌肉组织
1793	2025-03-30	Adenine base editing reduces misfolded protein accumulation and toxicity in alpha-1 antitrypsin deficient patient iPSC-hepatocytes 2021-11-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2021.06.021 PMID:34217893	研究论文	本研究应用腺嘌呤碱基编辑器纠正AATD患者iPSCs和iHeps中的Z突变，减少错误折叠蛋白积累和毒性	首次在AATD患者iPSCs和iHeps中应用腺嘌呤碱基编辑器纠正Z突变，并验证其减少错误折叠蛋白积累和毒性的效果	未提及长期安全性和治疗效果评估	探索碱基编辑技术在纠正AATD基因突变中的可行性和效用	AATD患者诱导多能干细胞(iPSCs)和iPSC来源的肝细胞(iHeps)	基因编辑	α-1抗胰蛋白酶缺乏症	腺嘌呤碱基编辑(ABE), 单细胞RNA测序, 全基因组测序	NA	基因组数据, 转录组数据	患者来源的iPSCs和iHeps
1794	2025-03-30	Single-cell profiling reveals the trajectories of natural killer cell differentiation in bone marrow and a stress signature induced by acute myeloid leukemia 2021-05, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-020-00574-8 PMID:33239726	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓中自然杀伤细胞的分化轨迹以及急性髓系白血病对其功能的影响	首次在人类骨髓中鉴定出三个NK细胞亚群，并发现AML对NK细胞功能有显著影响	研究样本可能有限，且仅关注了AML对NK细胞的影响	探究骨髓中NK细胞的分化轨迹及AML对其功能的影响	人类骨髓和脾脏中的NK细胞，以及AML患者的骨髓NK细胞	单细胞转录组学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	单细胞转录组数据	人类骨髓和脾脏中的NK细胞样本，以及AML患者的骨髓NK细胞样本
1795	2025-03-29	Single-cell RNA-seq reveals that granulosa cells are a target of phthalate toxicity in the ovary 2025-Apr-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfaf001 PMID:39752319	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了邻苯二甲酸盐在卵巢中对颗粒细胞的毒性作用	首次在单细胞水平上揭示了邻苯二甲酸盐对卵巢颗粒细胞的特异性毒性作用及其分子机制	研究仅使用小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探究邻苯二甲酸盐对卵巢细胞的毒性作用机制	小鼠卵巢颗粒细胞	生殖毒理学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	小鼠卵泡培养物(处理组和对照组)
1796	2025-03-29	Endothelial PPARδ Ablation Exacerbates Vascular Hyperpermeability via STAT1/CXCL10 Signaling in Acute Lung Injury 2025-Mar-28, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325855 PMID:39996324	研究论文	本研究探讨了PPARδ在维持血管内皮屏障完整性中的作用及其在急性肺损伤中的机制	揭示了PPARδ通过抑制STAT1/CXCL10信号通路减轻血管高通透性的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需验证	阐明PPARδ在急性肺损伤中维持血管内皮屏障功能的分子机制	内皮细胞特异性PPARδ敲除小鼠和同窝对照小鼠	分子病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用内皮细胞特异性PPARδ敲除小鼠和对照小鼠
1797	2025-03-29	Dynamic cellular composition and immune landscape revealed by single-cell transcriptome profiling in a brain arteriovenous malformation 2025-Mar-27, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01590-5 PMID:40146346	研究论文	通过单细胞转录组测序分析揭示脑动静脉畸形中的动态细胞组成和免疫景观	首次在脑动静脉畸形（bAVM）中应用单细胞RNA测序技术，揭示了细胞组成和基因表达景观的变化，特别是单核细胞与内皮细胞相互作用的抑制和NK细胞相互作用的促进	研究仅基于一个bAVM样本和三个健康对照样本，样本量较小	探索脑动静脉畸形的免疫机制和细胞功能变化	脑动静脉畸形（bAVM）和健康对照（HC）样本	单细胞转录组学	脑血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	1个bAVM样本和3个健康对照样本
1798	2025-03-29	New insights into tumor microenvironment and HPV integrations in cervical cancer pathogenesis revealed by single-cell transcriptome data 2025-Mar-27, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf027 PMID:40151001	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究宫颈癌发病机制中肿瘤微环境与人乳头瘤病毒（HPV）整合的关系	开发了一种从单细胞RNA测序数据中识别HPV整合事件的方法，并发现了新的HPV反复整合基因	未提及样本量是否足够大以覆盖所有可能的HPV整合模式	探索宫颈癌发病机制中细胞异质性与HPV整合的关联	正常患者及三个疾病阶段（HSIL、MIC、CSCC）的宫颈组织	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量，包括正常患者及三个疾病阶段的组织样本
1799	2025-03-29	scMUSCL: Multi-Source Transfer Learning for Clustering scRNA-seq Data 2025-Mar-27, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf137 PMID:40152244	research paper	提出了一种名为scMUSCL的新型迁移学习方法，用于利用多个注释参考数据集对单细胞RNA测序数据进行聚类	scMUSCL通过深度神经网络提取域和批次不变的细胞表示，无需目标数据集的聚类数量先验知识，也无需源和目标数据集之间的批次校正	NA	提高单细胞RNA测序数据的聚类性能，识别具有生物学意义的细胞簇	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	deep neural network	RNA sequencing data	20个真实数据集
1800	2025-03-29	Identification and characterization of human retinal stem cells capable of retinal regeneration 2025-Mar-26, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adp6864 PMID:40138453	研究论文	本文通过单细胞多组学和空间转录组学技术，鉴定并表征了人类视网膜中的一种新型干细胞亚群——人类神经视网膜干细胞样细胞(hNRSCs)，并探讨其在视网膜再生和移植治疗中的潜力	首次在人类胎儿视网膜中鉴定出hNRSCs这一新型干细胞亚群，并证明其具有自我更新、多向分化和视网膜再生能力	研究主要基于胎儿视网膜样本，在成人视网膜中的存在和功能需要进一步验证	探索人类视网膜干细胞的鉴定、表征及其在视网膜再生医学中的应用	人类胎儿视网膜和视网膜类器官(hROs)	再生医学	视网膜色素变性	单细胞多组学、空间转录组学	rd10小鼠模型	单细胞转录组数据、空间转录组数据	人类胎儿视网膜样本和视网膜类器官