单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1781	2025-05-18	Aboral cell types of Clytia and coral larvae have shared features and link taurine to the regulation of settlement 2025-May-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv1159 PMID:40378222	research paper	该研究通过比较三种刺胞动物幼虫的前端转录组和单细胞RNA测序数据，定义了幼虫前端细胞的共同特征，并发现了与牛磺酸摄取和分解代谢相关的基因在调节幼虫定居中的作用	首次整合多种刺胞动物幼虫的单细胞RNA测序数据，揭示了前端细胞的共同分子特征，并发现牛磺酸在调节幼虫定居中的新功能	研究仅针对三种刺胞动物物种，可能无法完全代表整个刺胞动物门的多样性	理解刺胞动物幼虫定居的细胞和分子调控机制	刺胞动物（水母、珊瑚、海葵和水螅）的幼虫	进化生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三种刺胞动物物种的幼虫
1782	2025-05-18	Intratumoral Fusobacterium nucleatum Recruits Tumor-Associated Neutrophils to Promote Gastric Cancer Progression and Immune Evasion 2025-May-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2580 PMID:39992708	研究论文	研究探讨了瘤内微生物群对胃癌进展和免疫逃逸的影响，特别是梭杆菌属（Fusobacterium nucleatum）如何通过招募肿瘤相关中性粒细胞（TAN）重塑肿瘤免疫微环境	揭示了F. nucleatum通过激活IL17/NF-κB/RelB信号通路诱导TAN招募，并促进TAN向促肿瘤亚型分化，进而增强PD-L1表达和免疫逃逸的机制	研究主要基于小鼠模型和人类胃癌组织样本，尚未在更广泛的临床环境中验证	探究瘤内微生物群对胃癌免疫微环境的影响及其在免疫逃逸中的作用	胃癌组织和瘤内微生物群，特别是Fusobacterium nucleatum	肿瘤免疫学	胃癌	16S rRNA扩增子测序，单细胞RNA测序	小鼠模型	基因测序数据，组织样本	人类胃癌组织样本和小鼠模型
1783	2025-05-18	Single-Cell RNA Sequencing of Ewing Sarcoma Tumors Demonstrates Transcriptional Heterogeneity and Clonal Evolution 2025-May-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2040 PMID:40029262	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了尤文肉瘤肿瘤的转录异质性和克隆进化	首次在尤文肉瘤中应用单细胞RNA测序揭示转录异质性和克隆进化，并鉴定出TSPAN8作为潜在治疗靶点	样本量较小（7例未治疗患者），需要更大规模研究验证发现	探究尤文肉瘤肿瘤的转录异质性和克隆进化特征，寻找新的治疗靶点	尤文肉瘤肿瘤组织、循环肿瘤细胞(CTC)及其微环境	癌症基因组学	尤文肉瘤	单细胞RNA测序、免疫荧光	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像	7例未治疗尤文肉瘤患者的肿瘤样本及循环肿瘤细胞
1784	2025-05-18	IGFBP3 enhances adipose-derived stem cell function in soft tissue injury repair via ITGB1 and ERK pathway activation 2025-May-15, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-10024-8 PMID:40369223	研究论文	本研究探讨了IGFBP3蛋白在脂肪来源干细胞（ADSCs）中对软组织损伤修复的作用及其分子机制	利用单细胞多组学技术和3D生物打印模型揭示了IGFBP3通过ITGB1和ERK通路激活促进ADSCs功能的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	阐明IGFBP3在ADSCs中介导软组织损伤修复的分子机制	脂肪来源干细胞（ADSCs）和软组织损伤修复	组织工程与再生医学	软组织损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、3D生物打印、高通量转录组学	小鼠软组织损伤模型	单细胞转录组数据、图像数据	NA
1785	2025-05-18	scRNA-seq and scATAC-seq reveal that Sertoli cell mediates spermatogenesis disorders through stage-specific communications in non-obstructive azoospermia 2025-May-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97958 PMID:40371706	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序揭示了非梗阻性无精子症中Sertoli细胞通过阶段特异性通讯介导精子发生障碍的机制	鉴定了三种新的Sertoli细胞亚型表型(SC4/未成熟型、SC7/成熟型和SC8/进一步成熟型)，并发现了生殖细胞与Sertoli细胞亚型之间存在阶段特异性匹配的相互作用模式	样本量相对有限，且仅针对特定类型的无精子症患者进行研究	探究非梗阻性无精子症中精子发生障碍的细胞类型特异性异常	梗阻性无精子症和非梗阻性无精子症患者的睾丸组织	生殖医学	男性不育症	scRNA-seq, scATAC-seq, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	梗阻性无精子症和非梗阻性无精子症患者的睾丸组织样本
1786	2025-05-18	Differential memory enrichment of cytotoxic CD4 T cells in Parkinson's disease patients reactive to α-synuclein 2025-May-14, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-025-00981-6 PMID:40368950	research paper	该研究探讨了帕金森病(PD)患者中对α-突触核蛋白(α-syn)有反应的细胞毒性CD4 T细胞的记忆富集差异	发现CELSR2在PD患者CD4效应记忆T细胞中的表达显著增加，并揭示了PD患者中细胞毒性T细胞的减少	研究样本量有限，且需要进一步验证细胞毒性T细胞在PD病理中的作用	深入了解对α-syn有反应的PD患者中T细胞亚群的扰动	帕金森病患者和健康对照组的CD4 T细胞	神经免疫学	帕金森病	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	PD患者和健康对照组
1787	2025-05-18	Single-cell RNA sequencing reveals immunological link between house dust mite allergy and childhood asthma 2025-May-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01538-6 PMID:40368964	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了儿童哮喘与屋尘螨过敏之间的免疫学联系，并探索了潜在的诊断标志物	首次在单细胞分辨率下揭示了屋尘螨过敏儿童哮喘的免疫特征，并鉴定了HLA-DR和HLA-DP作为主要标志受体	样本量较小（仅8名儿童），且年龄范围有限（4-11岁）	探索屋尘螨过敏儿童哮喘的免疫学特征，寻找潜在的诊断标志物	屋尘螨过敏的哮喘儿童	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	8名4-11岁的经医生诊断的哮喘儿童
1788	2025-05-18	The surface protein Gbp of Fusobacterium nucleatum inhibits osteogenic differentiation by inactivating the Wnt/β-catenin pathway via binding to Annexin A2 2025-May-14, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06569-1 PMID:40369630	研究论文	本研究揭示了具核梭杆菌及其效应蛋白Gbp通过结合ANXA2抑制Wnt/β-catenin通路，从而破坏成骨细胞分化的机制	首次发现具核梭杆菌的Gbp蛋白通过结合宿主蛋白ANXA2抑制Wnt/β-catenin通路，揭示了牙周炎中成骨功能障碍的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人体内的实际作用机制仍需进一步验证	阐明牙周炎中成骨细胞功能障碍的细胞和分子机制	具核梭杆菌(Fn)及其效应蛋白Gbp对成骨细胞分化的影响	分子生物学	牙周炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因集富集分析(GSEA)、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析	小鼠实验性牙周炎模型	RNA测序数据、蛋白质相互作用数据	人类牙龈组织样本(牙周炎患者和健康对照)、小鼠模型、原代成骨细胞培养
1789	2025-05-18	Disrupting lipid homeostasis with CAV2 in OSCC triggers apoptosis, lipolysis, and mitochondrial dysfunction by transcriptional repression of PPARγ 2025-May-14, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01399-6 PMID:40369665	研究论文	本研究探讨了CAV2在口腔鳞状细胞癌(OSCC)脂质稳态和进展中的作用，揭示了其通过转录抑制PPARγ触发细胞凋亡、脂解和线粒体功能障碍的机制	首次揭示了CAV2通过PPARγ/NCOR1轴调控OSCC脂质代谢的分子机制，并发现PPARγ反向激动剂T0070907可增强CAV2敲除的治疗效果	研究主要基于细胞和小鼠模型，临床转化潜力需要进一步验证	探究CAV2在OSCC脂质代谢异常和肿瘤进展中的分子机制	口腔鳞状细胞癌细胞系和裸鼠移植瘤模型	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	转录组测序、单细胞测序、RNA测序、脂质组学、分子对接、Seahorse线粒体功能分析	shRNA基因敲低模型	基因表达数据、脂质组数据、线粒体功能数据	未明确说明细胞系数量，使用裸鼠进行体内实验
1790	2025-05-18	A Cold-Active Protease Tissue Dissociation Protocol for the Preservation of the Tendon Fibroblast Transcriptome 2025-May-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5293 PMID:40364987	research paper	本文提出了一种使用冷活性蛋白酶在4°C下解离组织的方案，以保护肌腱成纤维细胞的转录组	使用冷活性蛋白酶在低温下解离组织，减少转录细胞应激，提高RNA测序数据的质量	研究主要针对斑马鱼的肌腱和韧带，对其他组织和物种的适用性尚待验证	开发一种减少转录伪影的组织解离方法，以更好地反映体内组织微环境	斑马鱼的肌腱和韧带	digital pathology	NA	bulk RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	斑马鱼肌腱和韧带组织
1791	2025-05-18	Targeting HPV for the prevention, diagnosis, and treatment of cervical cancer 2025-May-02, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjae046 PMID:39402008	综述	本文综述了人乳头瘤病毒（HPV）在宫颈癌预防、诊断和治疗中的关键作用，重点介绍了筛查和疾病干预的最新进展	整合HPV检测与现有方法（如宫颈细胞学和视觉检查）以提高筛查的敏感性和特异性，以及利用HPV感染相关生物标志物进行个性化干预	NA	探讨HPV在宫颈癌预防、诊断和治疗中的作用	宫颈癌及其与HPV感染的关系	医学研究	宫颈癌	单细胞RNA测序分析、类器官模型开发	NA	NA	NA
1792	2025-05-18	High-Viability Circulating Tumor Cells Sorting From Whole Blood at Single Cell Level Using Laser-Induced Forward Transfer-Assisted Microfiltration 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414195 PMID:39868845	research paper	该研究开发了一种激光诱导前向转移辅助微滤系统（LIFT-AMFS），用于从全血中高效富集和回收高活性的循环肿瘤细胞（CTCs）	采用激光诱导前向转移辅助微滤系统（LIFT-AMFS）和双步微滤器（DSMF）设计，实现了高捕获效率和高细胞活性的单细胞回收	NA	开发一种高效分离和分子分析循环肿瘤细胞（CTCs）的方法，以促进肿瘤转移研究和个性化治疗	循环肿瘤细胞（CTCs）	生物医学工程	肿瘤	激光诱导前向转移（LIFT）、微滤、RNA测序	NA	细胞样本、RNA测序数据	NA
1793	2025-05-18	Dissecting the Spatial and Single-Cell Transcriptomic Architecture of Cancer Stem Cell Niche Driving Tumor Progression in Gastric Cancer 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413019 PMID:39950944	研究论文	本文通过空间和单细胞RNA测序技术，解析了胃癌中癌症干细胞（CSCs）微环境的转录组架构及其在肿瘤进展中的作用	揭示了CSCs微环境中肿瘤上皮的表型可塑性及从成熟胃主细胞到CSC状态的转录轨迹，发现了iCAFs通过AREG-ERBB2轴促进肿瘤干细胞性和耐药性的新机制	样本量相对较小（32例），且仅关注了胃癌，结果在其他癌症类型中的普适性有待验证	解析胃癌中CSCs微环境的转录组特征及其在肿瘤干细胞性和进展中的作用机制	人类胃黏膜组织（32例，不同恶性阶段）	数字病理学	胃癌	空间RNA测序，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	32例人类胃黏膜组织
1794	2025-05-18	Spatiotemporal Transcriptomic Profiling Reveals the Dynamic Immunological Landscape of Alveolar Echinococcosis 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405914 PMID:39985260	research paper	该研究通过整合bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组技术，揭示了多房棘球蚴感染的宿主免疫反应机制	首次提供了多房棘球蚴感染病灶的高分辨率空间图谱，并阐明了中性粒细胞、Spp1巨噬细胞和成纤维细胞在疾病进展中的功能作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究多房棘球蚴感染的宿主免疫反应机制	感染多房棘球蚴的小鼠肝脏样本	digital pathology	echinococcosis	bulk RNA-seq, scRNA-seq, spatial transcriptomics	NA	RNA-seq数据	感染后多个时间点（最长15个月）的小鼠肝脏样本
1795	2025-05-18	Citrullination of NF-κB p65 by PAD2 as a Novel Therapeutic Target for Modulating Macrophage Polarization in Acute Lung Injury 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413253 PMID:40087815	研究论文	本文研究了PAD2通过瓜氨酸化NF-κB p65调控巨噬细胞极化在铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤中的作用，并开发了一种基于金纳米颗粒的靶向治疗策略	发现NF-κB p65上的新瓜氨酸化位点R171，并开发了一种结合PAD2抑制剂和ICAM-1抗体的金纳米颗粒靶向治疗策略	研究主要针对铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤，对其他病原体或肺损伤模型的适用性尚不明确	探索PAD2介导的瓜氨酸化在巨噬细胞极化中的作用，并开发针对急性肺损伤的新型纳米治疗方法	巨噬细胞极化、急性肺损伤	纳米医学	急性肺损伤	单细胞RNA测序、质谱蛋白质组学	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	NA
1796	2025-05-18	PLXDC1+ Tumor-Associated Pancreatic Stellate Cells Promote Desmoplastic and Immunosuppressive Niche in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415756 PMID:40091495	研究论文	本研究通过RNA测序和ATAC-seq技术分析了胰腺星状细胞（PSCs）在胰腺导管腺癌（PDAC）中的转录和表观遗传激活，揭示了其在肿瘤微环境中的异质性和功能	首次通过单细胞和空间转录组学结合ATAC-seq技术，系统鉴定了PDAC中PSCs的异质性及其在免疫抑制和纤维化微环境形成中的作用，特别是PLXDC1+ TPSCs的功能	研究主要基于转录组和表观遗传学分析，缺乏直接的体内功能验证实验	探究胰腺星状细胞在胰腺导管腺癌进展和治疗抵抗中的具体功能	胰腺星状细胞（PSCs）及其在PDAC肿瘤微环境中的亚群	肿瘤微环境研究	胰腺导管腺癌	RNA测序, ATAC-seq, 单细胞转录组测序, 空间转录组, 原位测序	NA	转录组数据, 表观遗传数据	来自PDAC组织和邻近正常组织的PSCs样本
1797	2025-05-18	Single-cell transcription reveals hepatocyte-to-cholangiocyte reprogramming and biliary gene profile in biliary atresia 2025-May-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000710 PMID:40366121	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了胆道闭锁中肝细胞向胆管细胞的重新编程过程及胆管基因特征	首次在胆道闭锁中发现肝细胞向胆管细胞的重新编程现象，并鉴定了胆管特异性标记物和转录因子	样本量较小（4例BA和3例正常对照）	解析胆道闭锁中胆管反应的细胞来源和功能	胆道闭锁患者的肝脏上皮细胞	digital pathology	biliary atresia	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	4例胆道闭锁和3例正常对照肝脏样本
1798	2025-05-18	Development and validation of tryptophan metabolism-related risk model and molecular subtypes for predicting postoperative biochemical recurrence in prostate cancer 2025-Apr-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-2025-39 PMID:40376539	研究论文	本研究开发并验证了基于色氨酸代谢的风险模型和分子亚型，用于预测前列腺癌患者术后生化复发	首次将色氨酸代谢相关基因与前列腺癌术后生化复发风险预测相结合，并构建了分子亚型分类	研究主要基于TCGA数据库，需要更多外部数据验证模型的普适性	开发前列腺癌术后生化复发的预测工具	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	差异表达分析、单变量Cox分析、LASSO回归、免疫组化、单细胞测序	多变量Cox回归模型、共识聚类	基因表达数据	TCGA-PRAD数据集中的421例前列腺癌患者
1799	2025-05-18	Cold-Induced DHRS4 Promotes Thermogenesis via Enhanced Fatty Acid β-Oxidation in Porcine Subcutaneous Adipocytes 2025-Apr-22, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani15091190 PMID:40362005	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和批量转录组分析，揭示了猪皮下脂肪组织在冷暴露下通过上调DHRS4表达促进脂肪酸β氧化和产热能力的机制	首次在缺乏经典棕色脂肪组织的大型哺乳动物（猪）中，发现冷诱导的DHRS4通过表观遗传调控促进脂肪酸β氧化和产热能力的新机制	研究仅关注了皮下脂肪组织，未涉及其他脂肪库或组织的适应性反应	探究大型哺乳动物（特别是猪）在冷暴露下脂肪组织适应性代谢重编程的表观遗传机制	猪皮下脂肪组织（subWAT）	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序，批量转录组分析	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用猪冷暴露模型
1800	2025-05-18	Integrative single-cell analysis reveals transcriptional and epigenetic regulatory features of human developmental dysplasia of the hip 2025-Mar-26, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.02.788 PMID:40154730	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序的整合分析，揭示了人类发育性髋关节发育不良（DDH）的转录和表观遗传调控特征	发现了DDH软骨中七种分子上不同的软骨细胞群体，包括一种具有独特分子特征的新型炎症性软骨细胞群体，并重建了软骨细胞的分化轨迹	NA	了解DDH发展过程中涉及的特定软骨细胞组成，识别DDH预测的有效生物标志物，并阐明驱动DDH进展的基因调控元件	人类发育性髋关节发育不良（DDH）	表观遗传学	髋关节发育不良	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq），免疫组织化学检测	NA	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	NA