单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-07-30	Integrated Multi-Omics Profiling Reveals That Highly Pyroptotic MDMs Contribute to Psoriasis Progression Through CXCL16 2025-Jul-18, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13071763 PMID:40722833	研究论文	本研究通过整合多组学数据揭示了高度焦亡的单核细胞衍生巨噬细胞（MDMs）通过CXCL16促进银屑病进展的机制	首次揭示了银屑病皮损中MDMs的过度焦亡状态及其通过CXCL16-CXCR6信号轴激活Th17细胞的免疫调控机制	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仍需进一步扩展	探究银屑病中细胞特异性焦亡模式及其免疫调控机制	银屑病患者与健康对照组的皮肤样本	生物信息学	银屑病	转录组分析、单细胞RNA测序、CIBERSORT、CellChat	GSVA、AUCell算法	转录组数据	21个转录组数据集+2个单细胞RNA测序数据集
162	2025-07-30	Spatiotemporal Heterogeneity of Tumor Glucose Metabolism Reprogramming: From Single-Cell Mechanisms to Precision Interventions 2025-Jul-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26146901 PMID:40725147	综述	本文系统总结了当前关于肿瘤葡萄糖代谢动态的知识，讨论了空间异质性和时间演化模式、单细胞代谢组学揭示的代谢亚群相互作用、葡萄糖代谢-表观遗传学-免疫学调控轴以及针对代谢脆弱性的治疗策略	整合了单细胞测序、空间组学和代谢成像等最新技术，从静态批量分析转向单细胞分辨率的时空异质性动态研究	NA	深入理解肿瘤代谢复杂性，并为开发时空精确干预提供概念框架	肿瘤葡萄糖代谢	肿瘤代谢研究	癌症	单细胞测序、空间组学、代谢成像	NA	代谢数据、组学数据	NA
163	2025-07-30	MICA+ Tumor Cells Modulate Macrophage Phenotype and Function via PPAR/EHHADH-Mediated Fatty Acid Metabolism in Hepatocellular Carcinoma (HCC) 2025-Jul-16, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17142365 PMID:40723248	研究论文	本研究探讨了MICA+肿瘤细胞通过PPAR/EHHADH介导的脂肪酸代谢调节巨噬细胞表型和功能在肝细胞癌中的作用	首次揭示了MICA表达与TAMs的相关性，以及通过PPAR/EHHADH通路调节脂肪酸代谢影响巨噬细胞极化的机制	研究主要基于体外共培养模型和生物信息学分析，需要进一步体内实验验证	探究MICA表达与肿瘤相关巨噬细胞表型转换的关联及其代谢机制	肝细胞癌肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	scRNA-seq, qPCR, IHC染色, 生物信息学分析	共培养模型	基因表达数据, 组织样本	TCGA数据库和收集的HCC肿瘤组织
164	2025-07-30	Targeting Sodium Transport Reveals CHP1 Downregulation as a Novel Molecular Feature of Malignant Progression in Clear Cell Renal Cell Carcinoma: Insights from Integrated Multi-Omics Analyses 2025-Jul-15, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15071019 PMID:40723891	研究论文	该研究通过整合多组学分析，揭示了钠离子转运相关基因CHP1在透明细胞肾细胞癌恶性进展中的下调现象，并探讨了其作为预后生物标志物的潜力	首次将CHP1下调确立为ccRCC进展的新分子特征，并发现其通过PPIA-BSG信号参与免疫相互作用及通过SLC38A1调节氨基酸转运	研究样本量相对有限（90个scRNA-seq样本），且候选靶向化合物（熊果苷和伊马替尼）的临床前验证尚未完成	构建ccRCC的细胞和转录图谱，解析恶性进展中的基因表达动态	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤组织及细胞系	癌症基因组学	肾细胞癌	scRNA-seq、bulk RNA-seq、CPTAC蛋白质组学、免疫组化、分子对接、虚拟筛选	伪时间轨迹分析、Mfuzz聚类、细胞间通讯建模	单细胞转录组数据、蛋白质组数据、临床病理数据	90个scRNA-seq样本（534,227个细胞）及配套bulk RNA-seq/蛋白质组数据
165	2025-07-30	Chemoresistance Evolution in Ovarian Cancer Delineated by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26146760 PMID:40725006	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究卵巢癌化疗耐药性的演变	利用单细胞转录组分析揭示了化疗如何重塑肿瘤微环境，并发现化疗与肿瘤病灶位置共同影响细胞簇的转录重编程	研究样本可能不足以代表所有HGSOC患者，且未探讨化疗耐药性的具体分子机制	评估化疗对高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）肿瘤微环境的影响	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者的肿瘤样本	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	来自不同肿瘤病灶位置的样本，包括有或无新辅助化疗（NACT）史的样本
166	2025-07-30	Renal Single-Cell RNA Sequencing and Digital Cytometry in Dogs with X-Linked Hereditary Nephropathy 2025-Jul-12, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani15142061 PMID:40723524	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和数字细胞计数技术，研究了患有X连锁遗传性肾病的犬类肾脏细胞基因表达	首次在犬类XLHN模型中应用scRNA-seq和数字细胞计数技术，揭示了近端肾小管细胞亚群中的差异基因表达和细胞类型比例变化	样本量较小，仅包括一只患病公犬和一只杂合母犬	探索犬类X连锁遗传性肾病(XLHN)的细胞机制	患有X连锁遗传性肾病的犬类肾脏组织	数字病理学	肾病	scRNA-seq, 数字细胞计数	机器学习	RNA测序数据	2只犬(1只患病公犬和1只杂合母犬)，共13,190个细胞
167	2025-07-30	Integrated Single-Cell Analysis Dissects Regulatory Mechanisms Underlying Tumor-Associated Macrophage Plasticity in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jul-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16070817 PMID:40725473	研究论文	通过整合单细胞RNA-seq和ATAC-seq分析，揭示了肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的表观遗传异质性和调控机制	首次在单细胞水平上解析了肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的染色质可及性图谱，并发现了与预后相关的SPP1 TAM亚群及其特异性超级增强子	研究主要基于相关性分析，需要进一步功能实验验证调控机制	探索肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的表观遗传调控机制	肝细胞癌患者的肿瘤相关巨噬细胞	单细胞组学	肝细胞癌	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	未明确说明样本数量（肝细胞癌患者）
168	2025-07-30	Gut Microbiome Alterations in Colorectal Cancer: Mechanisms, Therapeutic Strategies, and Precision Oncology Perspectives 2025-Jul-10, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17142294 PMID:40723178	综述	本文探讨了肠道微生物组在结直肠癌（CRC）发展中的关键作用及其治疗策略	结合人工智能、单细胞和空间转录组学等先进技术，探索微生物组衍生生物标志物在CRC早期检测和个性化治疗中的应用	个体间差异、因果推断和监管障碍等挑战仍需解决	研究肠道微生物组在CRC发病机制中的作用及其在精准肿瘤学中的应用	结直肠癌（CRC）患者及其肠道微生物组	精准肿瘤学	结直肠癌	遗传测序、人工智能、单细胞和空间转录组学	NA	微生物组数据、转录组数据	NA
169	2025-07-30	CXCL12 Drives Reversible Fibroimmune Remodeling in Androgenetic Alopecia Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26146568 PMID:40724819	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了CXCL12在雄激素性脱发(AGA)中驱动可逆性纤维免疫重塑的作用	首次发现CXCL12是雄激素诱导的纤维免疫重塑的中心介质，并证明其作为AGA治疗靶点的潜力	研究基于小鼠模型，人类AGA中的适用性需要进一步验证	阐明CXCL12在AGA纤维免疫功能障碍中的病理作用	雄激素性脱发(AGA)小鼠模型	单细胞转录组学	雄激素性脱发	单细胞RNA测序	小鼠AGA模型	转录组数据	未明确说明样本数量
170	2025-07-30	Precision Medicine in Hematologic Malignancies: Evolving Concepts and Clinical Applications 2025-Jul-07, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13071654 PMID:40722725	综述	本文综述了精准医学在血液系统恶性肿瘤中的应用，包括基础技术、疾病特异性进展及新兴方向	讨论了精准医学如何通过分子分析技术（如NGS、WES、RNA-seq等）和液体活检、MRD监测等工具，改进血液系统恶性肿瘤的诊断和治疗决策	面临高成本、获取不平等、缺乏标准化以及临床实践中的整合障碍等挑战	探讨精准医学在血液系统恶性肿瘤中的临床应用和未来发展方向	血液系统恶性肿瘤（如AML、ALL、CML、CLL、DLBCL等）	精准医学	血液系统恶性肿瘤	NGS、WES、RNA-seq、表观基因组学、蛋白质组学、液体活检、MRD监测	NA	分子数据、临床数据	NA
171	2025-07-30	Identification of Glycolysis-Related Genes in MAFLD and Their Immune Infiltration Implications: A Multi-Omics Analysis with Experimental Validation 2025-Jul-03, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13071636 PMID:40722708	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，识别了与MAFLD进展相关的糖酵解关键基因，并阐明了它们与免疫浸润的相互作用	首次通过整合多组学数据（包括bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学）识别了MAFLD中与糖酵解相关的关键基因，并揭示了它们与免疫浸润的关系	研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证，且实验验证仅限于小鼠模型	识别MAFLD中与糖酵解相关的关键基因，并探索它们与免疫浸润的关系	MAFLD患者和小鼠模型	生物信息学	代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, WGCNA, 机器学习	机器学习模型（未指定具体类型）	RNA-seq数据, 单细胞数据, 空间转录组数据	MAFLD患者和对照组的多个数据集（具体数量未明确说明）以及小鼠模型
172	2025-07-30	RGCN-BA: relational graph convolutional network with batch awareness for single-cell RNA sequencing clustering 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf378 PMID:40728858	research paper	本文提出了一种名为RGCN-BA的深度学习框架，用于单细胞RNA测序数据的聚类和批次效应校正	RGCN-BA首次将细胞聚类和批次效应校正整合到一个统一的模型中，利用关系图卷积网络处理批次信息	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	提高单细胞RNA测序数据分析的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	RGCN (Relational Graph Convolutional Network)	基因表达数据	未提及具体样本数量
173	2025-07-30	Dynamic changes of synergy relationship between lncRNA and immune checkpoint in cancer progression 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf370 PMID:40728857	研究论文	该研究探讨了长链非编码RNA（lncRNA）与免疫检查点（ICPs）在癌症进展中的协同关系及其动态变化	通过整合手动整理的ICPs和高置信度的lncRNA-mRNA相互作用，构建了lncRNA-ICP对，并计算了阶段特异性协同评分，揭示了关键基因如MALAT1和CRNDE在多种癌症中的广泛参与和不同模式	研究依赖于手动整理的ICPs和lncRNA-mRNA相互作用，可能存在数据覆盖不全或偏差	揭示lncRNA与ICPs在癌症进展中的协同机制及其对免疫治疗反应的影响	癌症患者中的lncRNA和免疫检查点基因	生物信息学	癌症	蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、阶段特异性协同评分、空间转录组学数据分析	NA	基因表达数据、空间转录组学数据	NA
174	2025-07-30	PU.1 regulation of type 1 dendritic cell function via NF-κB pathway in inhibition of non-small cell lung cancer progression 2025-Jul, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.jpha.2024.101154 PMID:40727943	研究论文	本研究探讨了转录因子PU.1在1型常规树突状细胞(cDC1)中的调控作用及其通过调节NF-κB信号通路在非小细胞肺癌(NSCLC)中的治疗潜力	揭示了PU.1通过NF-κB通路调控cDC1功能抑制NSCLC进展的新机制，并提出了PU.1作为NSCLC治疗新靶点的潜力	NA	探究PU.1在cDC1细胞中的调控作用及其在NSCLC治疗中的潜在应用	非小细胞肺癌(NSCLC)组织和1型常规树突状细胞(cDC1)	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞转录组测序和CIBERSORT算法	NA	转录组数据	NA
175	2025-07-30	Single-Cell Transcriptomic Analysis Unveils Key Regulators and Signaling Pathways in Lung Adenocarcinoma Progression 2025-Jun-30, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13071606 PMID:40722679	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示肺腺癌进展中的关键调控因子和信号通路	利用单细胞RNA测序技术揭示肺腺癌不同阶段的细胞类型特异性转录组变化及肿瘤微环境中的动态细胞间通讯	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证	探索肺腺癌进展的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	肺腺癌患者不同疾病阶段的单细胞转录组数据	数字病理学	肺癌	scRNA-seq	NA	转录组数据	多个肺腺癌患者队列
176	2025-07-30	Identification of Immune Hub Genes in Obese Postmenopausal Women Using Microarray and Single-Cell RNA Seq Data 2025-Jun-30, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16070783 PMID:40725440	研究论文	本研究通过微阵列和单细胞RNA测序数据识别了肥胖绝经后妇女脂肪组织中的免疫枢纽基因	首次在肥胖绝经后妇女脂肪组织中识别出关键的免疫枢纽基因，并发现NK细胞通过这些基因表达在脂肪组织炎症中起重要作用	研究样本仅限于绝经后肥胖妇女，结果可能不适用于其他人群	阐明肥胖相关免疫失调的潜在机制	肥胖绝经后妇女的脂肪组织	生物信息学	肥胖症	微阵列分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RT-qPCR	WGCNA、PPI网络分析、ssGSEA	基因表达数据	来自GEO数据库的微阵列数据集(GSE151839)和单细胞RNA-seq数据集(GSE176171)，以及肥胖和对照组斑马鱼模型
177	2025-07-30	Dissecting the Cellular Heterogeneity Underlying Liver Diseases Through the Integration of GWASs and Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jun-27, Biology DOI:10.3390/biology14070777 PMID:40723338	研究论文	通过整合GWAS和单细胞RNA测序技术，解析肝脏疾病背后的细胞异质性	首次将GWAS数据与单细胞RNA测序数据整合，揭示了肝脏疾病遗传风险信号主要定位于非实质细胞，特别是特定亚群的免疫激活或应激响应转录程序	研究仅关注了人类肝脏细胞，未涉及其他物种或组织	解析肝脏疾病的细胞异质性，揭示遗传风险的功能基础	人类肝脏细胞（约168,000个）	基因组学	肝脏疾病	GWAS, 单细胞RNA测序	scDRS	基因组数据, 转录组数据	约168,000个人类肝脏细胞
178	2025-07-30	Cell-Type Annotation for scATAC-Seq Data by Integrating Chromatin Accessibility and Genome Sequence 2025-Jun-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15070938 PMID:40723810	研究论文	提出了一种名为scAttG的深度学习框架，用于整合染色质可及性和基因组序列信息，以提高scATAC-seq数据的细胞类型注释准确性	结合了图注意力网络（GATs）和卷积神经网络（CNNs），首次同时利用染色质可及性信号和基因组序列特征进行细胞类型注释	未明确说明模型在不同批次数据间的泛化能力及计算效率	解决现有scATAC-seq细胞注释方法在数据对齐和批次效应方面的局限性	scATAC-seq数据中的细胞类型注释	生物信息学	NA	scATAC-seq	GATs, CNNs	基因组序列数据、染色质可及性数据	多个scATAC-seq数据集（未明确数量）
179	2025-07-30	Integrating Bulk RNA and Single-Cell Sequencing Data Reveals Genes Related to Energy Metabolism and Efferocytosis in Lumbar Disc Herniation 2025-Jun-24, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13071536 PMID:40722613	研究论文	通过整合批量RNA和单细胞测序数据，揭示了与腰椎间盘突出症（LDH）中能量代谢和胞葬作用相关的基因	首次结合批量RNA和单细胞测序数据，识别出与LDH相关的能量代谢和胞葬作用差异表达基因（EMERDEGs），并验证了其功能	研究主要依赖于生物信息学分析，实验验证部分仅限于RT-qPCR，缺乏更深入的体内或体外功能实验	探索LDH的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	腰椎间盘突出症（LDH）患者和对照组的转录组数据	生物信息学	腰椎间盘突出症	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR	机器学习方法	转录组数据	未明确提及样本数量，但使用了LDH和对照组的转录组数据集
180	2025-07-30	scQTLtools: An R/Bioconductor Package for Comprehensive Identification and Visualization of Single-Cell eQTLs 2025-Jun-23, Biology DOI:10.3390/biology14070743 PMID:40723304	研究论文	介绍了一个名为scQTLtools的R/Bioconductor包，用于全面识别和可视化单细胞eQTLs	开发了一个综合性的工具包，支持从预处理到可视化的端到端单细胞eQTL分析，并实现了三种统计模型以适应不同的数据特征	目前仅支持顺式eQTL映射，未来将扩展到包括反式eQTL检测	解决现有工具在功能、输入兼容性或稀疏单细胞数据的可扩展性方面的局限性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	急性髓系白血病	scRNA-seq	线性回归、泊松回归和零膨胀负二项回归	单细胞RNA测序数据	NA