单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-05-09	Hepatic stellate cell heterogeneity: Functional aspects and therapeutic implications 2025-May-08, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001386 PMID:40338161	review	本文综述了肝星状细胞（HSCs）在健康和疾病肝脏中的异质性及其在纤维化、肝分区、功能、再生和癌症中的作用	整合单细胞测序、空间转录组学、临床前和临床数据，更新了对HSC异质性在肝脏稳态和疾病中作用的理解	NA	探讨HSC异质性在肝脏稳态和疾病中的作用及其治疗潜力	肝星状细胞（HSCs）及其与肝细胞、内皮细胞、巨噬细胞/单核细胞、T细胞和肿瘤细胞的相互作用	NA	肝病	单细胞测序、空间转录组学	NA	临床前数据、临床数据	NA
162	2025-05-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Immune Landscape of Granulomatous Mastitis 2025-May-08, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02310-8 PMID:40338490	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示肉芽肿性乳腺炎的免疫图谱	首次使用单细胞RNA测序技术对肉芽肿性乳腺炎病变组织与正常乳腺组织进行比较分析，揭示了免疫细胞的浸润情况、免疫紊乱现象以及多种信号通路的异常激活	研究样本量未明确说明，可能影响结果的普遍性	探究肉芽肿性乳腺炎的免疫学特征和潜在发病机制	肉芽肿性乳腺炎病变组织和正常乳腺组织	数字病理学	乳腺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	NA
163	2025-05-09	Splicing regulatory dynamics for precision analysis and treatment of heterogeneous leukemias 2025-May-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr1471 PMID:40333990	research paper	该研究开发了一种名为OncoSplice的无监督计算工作流程，用于全面定义肿瘤分子景观，并在成人和儿童急性髓系白血病（AML）中识别了驱动遗传学的谱系	发现了超过十种先前未报告的AML分子亚型，并发现了一种主导的剪接亚型，该亚型部分模拟了突变剪接	研究主要集中在AML，未涉及其他类型的白血病或癌症	研究剪接调控在白血病中的动态变化，以进行精确分析和治疗	成人和儿童急性髓系白血病（AML）	computational biology	leukemia	long-read single-cell RNA sequencing	unsupervised computational workflow (OncoSplice)	RNA sequencing data	成人和儿童AML队列
164	2025-05-09	Patient-derived models of UBA5-associated encephalopathy identify defects in neurodevelopment and highlight potential therapeutic avenues 2025-May-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn8417 PMID:40333994	研究论文	本研究开发了患者来源的皮质器官培养模型，用于研究UBA5相关脑病的神经发育缺陷，并探索潜在的治疗途径	首次建立了人类神经元模型研究UBA5致病变异的细胞和分子后果，并评估了两种潜在治疗方式（SINEUP和CRISPRa）的效果	研究仅基于两名患者的样本，样本量较小	研究UBA5相关脑病的神经发育缺陷机制并探索潜在治疗方法	UBA5基因变异导致的脑病患者	神经科学	脑病	单细胞RNA测序，CRISPRa，SINEUP技术	患者来源的皮质器官培养模型	基因表达数据	两名UBA5基因复合杂合变异患者
165	2025-05-09	Heterogeneous pericoerulear neurons tune arousal and exploratory behaviours 2025-May-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08952-w PMID:40335695	research paper	该研究揭示了蓝斑核（LC）及其周围区域中转录、空间和功能多样化的GABA能神经元如何调节全局觉醒水平和相关行为	首次定义了LC及peri-LC区域的分子、细胞和功能多样性，揭示了这些神经元如何通过调节LC的放电模式来控制觉醒和回避行为	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探索LC及其周围神经元如何调节觉醒和回避状态	小鼠蓝斑核（LC）及其周围区域的神经元	神经科学	神经精神疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、病毒追踪	NA	基因表达数据、神经活动数据	NA
166	2025-05-09	Extended culture of 2D gastruloids to model human mesoderm development 2025-May-07, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02669-4 PMID:40335707	研究论文	该研究报道了一种扩展的2D gastruloid模型，用于模拟人类中胚层发育	通过延长培养时间至10天，发现了2至4天期间高度可重复的形态发生阶段，揭示了中胚层分化和形态发生的新机制	早期协议在超过2天后会出现组织结构丧失的问题	研究人类中胚层发育的模型	二维培养的人类多能干细胞(2D gastruloids)	干细胞生物学	NA	单细胞转录组学	2D gastruloid模型	基因表达数据	NA
167	2025-05-09	Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation 2025-May-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08973-5 PMID:40335697	research paper	该研究利用单细胞技术探究了3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤发展和治疗抵抗中的作用	揭示了大规模染色体畸变是肿瘤发生的早期事件，而单基因癌基因事件发生在晚期并通常是亚克隆的，但MYC在疾病进展过程中可以成为克隆性驱动因素	研究仅关注了已知MYC、MYCN和PRDM6改变的3/4组髓母细胞瘤病例	探究3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤发展和治疗抵抗中的作用	3/4组髓母细胞瘤	digital pathology	medulloblastoma	single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq), single-nucleus assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing (snATAC-seq), spatial transcriptomics	population genetics model	single-cell omics data, spatial transcriptomics data	一组已知MYC、MYCN和PRDM6改变的3/4组髓母细胞瘤病例
168	2025-05-09	miR142 silencing alleviates retinal inflammation by impairing mitochondrial function and reprogramming metabolism of CD4+ T cells via targeting MTFR1 2025-May-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114727 PMID:40334625	研究论文	本研究探讨了miR-142在自身免疫性葡萄膜炎中的作用及其机制，发现miR-142通过靶向MTFR1调控T细胞线粒体功能和代谢重编程	首次揭示了miR-142通过靶向MTFR1调控T细胞线粒体功能和代谢重编程在自身免疫性葡萄膜炎中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	阐明miR-142在葡萄膜炎发病机制中的作用及其分子机制	外周血单核细胞、实验性自身免疫性葡萄膜炎(EAU)模型、miR-142敲除小鼠	免疫学	葡萄膜炎	流式细胞术、单细胞测序、Seahorse分析仪、线粒体染色、电子显微镜分析、荧光素酶报告实验、Western-Blot	miR-142敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	葡萄膜炎患者外周血单核细胞、EAU模型小鼠
169	2025-05-09	Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals the Regulatory Functions of Copines Family Genes in Testicular Cancer Progression 2025-May-06, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303375462250430055914 PMID:40337972	研究论文	本研究基于单细胞数据探讨了Copines家族基因在睾丸癌不同细胞亚群中的表达模式及调控功能	首次在单细胞水平上研究Copines家族基因在睾丸癌中的调控作用	NA	探究Copines家族基因在睾丸癌中的调控机制	睾丸癌细胞亚群	数字病理学	睾丸癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
170	2025-05-09	Fate mapping in mouse demonstrates early secretory differentiation directly from Lgr5+ intestinal stem cells 2025-May-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.023 PMID:39793582	research paper	该研究通过结合定量命运映射、数学建模和单细胞RNA测序，揭示了肠道上皮细胞更新的细胞水平机制	提出了基于两个循环群体的隐窝维持模型，并验证了干细胞区室在分泌和吸收谱系命运决定中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他动物模型中验证	探究肠道上皮细胞更新的细胞水平机制及干细胞和前体细胞的行为如何确保组织维持	小鼠肠道上皮细胞，特别是Lgr5+肠道干细胞和转运扩增(TA)细胞	细胞生物学	NA	定量命运映射、数学建模、单细胞RNA测序	数学建模	单细胞RNA测序数据	三种互补的小鼠模型
171	2025-05-09	Single-cell RNA-seq identifies protracted mouse germline X chromosome reactivation dynamics directed by a PRC2-dependent mechanism 2025-May-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.028 PMID:39798575	研究论文	通过单细胞RNA测序和染色质分析，研究了小鼠原始生殖细胞中X染色体再激活的动态过程及其机制	首次在单细胞水平上精确评估了X染色体再激活的动力学，并揭示了PRC2依赖的机制在促进女性减数分裂中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究女性原始生殖细胞中X染色体再激活的分子机制及其与生殖细胞性别二态性的关系	小鼠胚胎中的原始生殖细胞（PGCs）和性腺生殖细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质分析	NA	RNA-seq数据、染色质数据	从小鼠胚胎的E9.5到E16.5阶段的生殖细胞
172	2025-05-09	Comparative spatial transcriptomics reveals root dryland adaptation mechanism in rice and HMGB1 as a key regulator 2025-May-05, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2025.04.001 PMID:40195115	研究论文	本研究通过比较旱稻和灌溉稻的根系发育，揭示了旱稻适应旱地的分子和发育机制，并发现HMGB1作为关键调控因子促进旱稻根系伸长和增粗，从而增强抗旱性	首次通过空间转录组图谱比较旱稻和灌溉稻的根系发育，发现HMGB1作为关键调控因子促进旱稻根系伸长和增粗	研究仅关注了旱稻和灌溉稻的根系发育，未涉及其他可能的抗旱机制	揭示旱稻适应旱地的分子和发育机制，为培育抗旱水稻提供遗传资源	旱稻和灌溉稻的根系	植物分子生物学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	旱稻和灌溉稻的根系样本
173	2025-05-09	Oligodendroglia vulnerability in the human dorsal striatum in Parkinson's disease 2025-May-05, Acta neuropathologica IF:9.3Q1 DOI:10.1007/s00401-025-02884-5 PMID:40323467	研究论文	该研究通过单核RNA测序和基于图像的空间转录组学技术，揭示了帕金森病中人类背侧纹状体少突胶质细胞的多样性和疾病影响	首次在帕金森病中系统性地描述了少突胶质细胞的亚类及其疾病相关变化，并发现了与疾病相关的四个特定细胞群体	研究样本量相对有限，且仅关注了背侧纹状体区域	阐明帕金森病中少突胶质细胞的多样性及其在疾病中的作用	人类尾状核和壳核(背侧纹状体)中的少突胶质细胞	神经科学	帕金森病	sn-RNA-seq, 空间转录组学, 免疫组织化学分析	NA	转录组数据, 图像数据	约200,000个少突胶质细胞核
174	2025-05-09	Integrated multiomics and Mendelian randomization identify CHIT1 as a novel sepsis biomarker and therapeutic target 2025-May-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99619-z PMID:40325173	研究论文	本研究通过整合多组学数据和孟德尔随机化方法，发现CHIT1作为脓毒症的新型生物标志物和治疗靶点	首次将CHIT1鉴定为脓毒症的新生物标志物和潜在药物靶点，揭示了其在加剧中性粒细胞过度炎症和免疫抑制中的作用	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床验证	寻找能预测脓毒症患者预后的新关键生物标志物并探索其分子机制	脓毒症患者	生物信息学	脓毒症	批量转录组测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析	单变量Cox回归模型	基因表达数据	多个GEO数据集(GSE65682等)和eQTLGen Consortium及IEU OpenGWAS项目数据
175	2025-05-09	Modulation of senescent Lepr+ skeletal stem cells via suppression of leptin-induced STAT3‒FGF7 axis activation alleviates abnormal subchondral bone remodeling and osteoarthritis progression 2025-May-05, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04342-1 PMID:40325465	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和体内外实验，揭示了瘦素受体阳性骨骼干细胞（Lepr+ SSCs）在骨关节炎（OA）进展中的衰老机制及其通过STAT3-FGF7轴加剧软骨下骨异常重塑的作用	首次揭示了Lepr+ SSCs通过瘦素-Lepr信号通路激活STAT3-FGF7轴促进OA进展的新机制，为OA治疗提供了新的靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类OA患者中进行验证	探究骨骼干细胞衰老在骨关节炎进展中的作用及其分子机制	小鼠创伤后骨关节炎（PTOA）模型中的Lepr+骨骼干细胞	骨生物学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、microCT、病理分析	小鼠PTOA模型	基因表达数据、影像数据、组织病理数据	未明确说明具体样本数量（小鼠模型）
176	2025-05-09	Subtypes of tumor-associated neutrophils and their roles in cancer immunotherapy 2025-May-05, Critical reviews in oncology/hematology DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.104763 PMID:40334802	综述	本文总结了肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在癌症免疫治疗中的亚型及其作用	利用单细胞测序技术揭示了TANs的广泛亚型，并探讨了促肿瘤和抗肿瘤亚群的区别与共性	目前仍缺乏全面的TANs分类系统	探讨肿瘤相关中性粒细胞在癌症免疫治疗中的作用及其亚型分类	肿瘤相关中性粒细胞（TANs）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞测序	NA	NA	NA
177	2025-05-09	Transcriptomic and proteomic characterization of cell and protein biomarkers of checkpoint inhibitor-induced liver injury 2025-May-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04033-z PMID:40317333	研究论文	本研究通过多组学方法分析了免疫检查点抑制剂引起的肝损伤（ChILI）患者的血液样本，揭示了T细胞克隆性、基因表达和蛋白质的变化	首次通过转录组学和蛋白质组学方法全面分析ChILI患者的血液样本，揭示了T细胞克隆性增加和PD-L1表达变化等新发现	样本量有限，且仅针对特定类型的免疫检查点抑制剂引起的肝损伤	研究免疫检查点抑制剂引起的肝损伤的免疫和分子机制，并寻找潜在生物标志物	接受免疫检查点抑制剂治疗并出现肝损伤的癌症患者	生物医学研究	肝损伤	转录组测序、单细胞RNA测序、质谱蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	ChILI患者组与未发生ChILI的对照组
178	2025-05-09	Cancer-associated fibroblasts promote EGFR-TKI resistance via the CTHRC1/glycolysis/H3K18la positive feedback loop 2025-May, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03318-y PMID:40011576	研究论文	本研究揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过CTHRC1/糖酵解/H3K18la正反馈环路促进EGFR-TKI耐药性的机制	发现CTHRC1+ CAFs通过TGF-β/Smad3信号通路增强癌细胞的糖酵解活性，并通过组蛋白乳酸化上调CTHRC1表达，形成正反馈环路	NA	探索肺癌中EGFR-TKI耐药性的机制及潜在治疗策略	肺癌患者及癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	接受EGFR-TKI治疗的肺癌患者样本
179	2025-05-09	BRAF mutation cancer, colorectal cancer, tumor associated lymph node structure and immune microenvironment study: MAPK protein kinase molecular action and SIRPG-CD47 protein signaling pathway 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142191 PMID:40101830	研究论文	本研究探讨了BRAF基因突变对结直肠癌免疫微环境重塑的影响，特别是对肿瘤相关淋巴结构成熟和功能的影响	通过单细胞RNA测序、伪时间轨迹分析和空间转录组分析，揭示了BRAF突变对T细胞亚群和B细胞亚群的影响，以及其在肿瘤免疫微环境重塑中的作用	研究样本量未明确说明，可能影响结果的普遍性	系统评估BRAF基因突变对结直肠癌免疫微环境重塑的影响	结直肠癌患者的临床样本	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、伪时间轨迹分析、空间转录组分析、免疫组织化学、多重荧光染色技术	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据	NA
180	2025-05-09	Molecular landscape of atherosclerotic plaque progression: insights from proteomics, single-cell transcriptomics and genomics 2025-May-01, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04058-2 PMID:40307879	研究论文	本研究通过蛋白质组学、单细胞转录组学和基因组学方法，深入分析了颈动脉粥样硬化斑块的分子特征，以识别潜在的生物标志物和治疗靶点	整合了数据非依赖性采集（DIA）蛋白质组学、单细胞RNA测序和孟德尔随机化（MR）技术，全面解析了斑块不同阶段的蛋白质表达谱，并验证了特定蛋白质与缺血性卒中的因果关系	样本量相对较小（87例颈动脉斑块），且主要关注颈动脉斑块，可能无法完全代表其他部位的动脉粥样硬化病变	深入了解动脉粥样硬化斑块的分子特征，识别潜在的生物标志物和治疗靶点	87例人类颈动脉粥样硬化斑块（AHA IV至VI型）	生物医学研究	心血管疾病	DIA蛋白质组学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化（MR）	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据、基因组数据	87例人类颈动脉斑块