单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-05-16	Hypoxia-associated genes as predictors of outcomes in gastric cancer: a genomic approach 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1553477 PMID:40129974	研究论文	研究缺氧相关基因在胃腺癌中的作用并构建预后模型	构建了一个基于五个H1特异性转录因子的新型预后模型，用于预测胃腺癌患者的总体生存率	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	研究缺氧相关基因对胃腺癌的影响并开发预后模型	胃腺癌(STAD)患者和细胞系	基因组学	胃癌	scRNA-seq, WGCNA, GO-BP/KEGG富集分析, LassoCox算法, qRT-PCR	LassoCox	RNA表达数据和临床数据	来自TCGA和GEO数据库的胃腺癌样本，以及GSE183904中的原发胃癌样本
162	2025-05-16	Interleukin-27-polarized HIV-resistant M2 macrophages are a novel subtype of macrophages that express distinct antiviral gene profiles in individual cells: implication for the antiviral effect via different mechanisms in the individual cell-dependent manner 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1550699 PMID:40129989	research paper	该研究探讨了IL-27极化的HIV抗性M2巨噬细胞的生物学功能和基因表达谱，揭示了其作为一种新型巨噬细胞亚型的特性	发现IL-27极化的巨噬细胞（27-Mac）是一种新型的M2巨噬细胞亚型，具有独特的抗HIV机制和基因表达谱	研究仅使用健康供体的单核细胞，未考虑HIV感染者或免疫缺陷患者的样本	研究IL-27极化的巨噬细胞（27-Mac）的生物学特性和抗HIV机制	IL-27极化的巨噬细胞（27-Mac）和M2d巨噬细胞亚型	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、p24抗原捕获试验、过氧化氢测定、吞噬试验、IsoPlexis系统	NA	基因表达数据、细胞功能数据	健康供体的单核细胞
163	2025-05-16	Myosin 1f and Proline-rich 13 are transcriptionally upregulated yet functionally redundant in CD4+ T cells during blood-stage Plasmodium infection 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0320375 PMID:40132035	研究论文	研究在实验性疟疾中，CD4+ T细胞分化为效应和记忆亚群时，Myo1f和Prr13基因的转录上调及其功能冗余性	首次在T辅助细胞中鉴定并研究了Myo1f和Prr13基因的功能，尽管这些基因在转录水平上上调，但在效应和记忆CD4+ T细胞反应中功能冗余	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类疟疾中进行验证	探究CD4+ T细胞在疟疾感染期间分化为效应和记忆亚群的分子机制	CD4+ T细胞，特别是Plasmodium chabaudi chabaudi AS感染的小鼠模型中的T细胞	免疫学	疟疾	scRNA-seq, 条件性基因敲除	NA	基因表达数据	小鼠模型中的CD4+ T细胞
164	2025-05-16	Single-cell and transcriptome analyses revealed CTHRC1 a potential therapeutic target mediating invasion and tumor microenvironment in TNBC: experimental validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1534981 PMID:40134434	研究论文	研究CTHRC1在三阴性乳腺癌（TNBC）肿瘤微环境中的关键作用及其作为潜在治疗靶点的可能性	首次系统性地分析了CTHRC1在TNBC中的表达特征及其与侵袭性基因、肿瘤免疫细胞浸润和免疫治疗的关系	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	探究CTHRC1在TNBC肿瘤微环境中的作用机制及其治疗潜力	三阴性乳腺癌（TNBC）患者样本及相关基因数据	肿瘤生物学	乳腺癌	RNA转录组分析、单细胞测序、多重免疫荧光分析	NA	RNA-seq数据、单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的TNBC患者样本数据
165	2025-05-16	Jing-Yin-Gu-Biao formula protects mice from postinfluenza Staphylococcus aureus infection by ameliorating acute lung injury and improving hypercoagulable state via inhibiting NETosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567522 PMID:40134435	研究论文	研究精银固表方（JYGBF）对流感后金黄色葡萄球菌感染的保护作用及其机制	首次揭示JYGBF通过抑制NETosis改善急性肺损伤和高凝状态	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索JYGBF对流感后金黄色葡萄球菌感染的治疗效果及作用机制	流感后金黄色葡萄球菌感染的小鼠模型	医学研究	急性呼吸道感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠感染模型	实验数据	NA
166	2025-05-16	Differential neuropilin isoform expressions highlight plasticity in macrophages in the heterogenous TME through in-silico profiling 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1547330 PMID:40134439	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了神经纤毛蛋白（NRP）异构体NRP1和NRP2在不同癌症类型中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的差异表达及其在肿瘤微环境（TME）中的作用	揭示了NRP1和NRP2在TAMs中的异构体特异性表达模式及其与肿瘤进展的不同机制，包括血管生成和肿瘤侵袭	研究仅针对ccRCC和SKCM两种癌症类型，可能无法推广到其他癌症	探讨NRP异构体在TAMs中的表达及其在肿瘤微环境中的作用	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）和皮肤黑色素瘤（SKCM）中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	digital pathology	renal cell carcinoma, melanoma	scRNA-seq, DEGA	NA	RNA sequencing data	ccRCC和SKCM肿瘤样本（具体数量未提及）
167	2025-05-16	Application and Progression of Single-Cell RNA Sequencing in Diabetes Mellitus and Diabetes Complications 2025, Journal of diabetes research IF:3.6Q2 DOI:10.1155/jdr/3248350 PMID:40135071	review	综述了单细胞RNA测序在糖尿病及其并发症研究中的应用和进展	强调了单细胞RNA测序在识别糖尿病及其并发症的新型生物标志物和免疫治疗靶点方面的创新应用	NA	探讨单细胞RNA测序在糖尿病及其并发症研究中的应用	糖尿病及其并发症	生物医学研究	糖尿病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	NA
168	2025-05-16	Programmed cell death-related prognostic genes mediate dysregulation of the immune microenvironment in triple-negative breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1563630 PMID:40145099	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析三阴性乳腺癌中的程序性细胞死亡（PCD）相关基因，揭示了PCD如何通过肿瘤微环境（TME）调控免疫微环境的失调	首次全面分析了PCD在TNBC免疫微环境中的作用，并鉴定了CEBPB+ CAF亚型作为免疫治疗预后不良的预测因子	样本量较小（仅9个TNBC样本），且研究结果需要在更大规模的临床样本中验证	探究PCD介导的微环境失调在三阴性乳腺癌发病机制中的作用	三阴性乳腺癌（TNBC）患者样本和同源小鼠模型	digital pathology	breast cancer	scRNA-seq, qRT-PCR, immunoblotting, immunohistochemical staining, multiplexed immunofluorescence	NMF, SCENIC, Monocle, CellChat, scMetabolism	RNA-seq数据, 临床样本数据	9个TNBC样本, 临床乳腺癌样本和TNBC模型小鼠
169	2025-05-16	High resolution tissue and cell type identification via single cell transcriptomic profiling 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0318151 PMID:40138334	研究论文	开发了一种高灵敏度的单细胞注释流程scTissueID，用于基于单细胞RNA测序数据准确评估单细胞图谱质量并精确确定细胞和组织类型	引入了独特的参考细胞质量区分阶段，仅针对高置信度细胞作为参考，显著提高了细胞和组织类型鉴定的准确性和一致性	未明确说明该方法在低质量或降解样本中的表现	提高法医调查中组织和细胞类型鉴定的准确性和效率	法医相关数据和人类细胞图谱(HCA)数据中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	机器学习算法	单细胞RNA测序数据	大规模比较研究，涉及法医相关数据和人类细胞图谱数据
170	2025-05-16	Pig jejunal single-cell RNA landscapes revealing breed-specific immunology differentiation at various domestication stages 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530214 PMID:40151618	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究猪空肠组织在不同驯化阶段的免疫细胞差异	首次构建了猪空肠组织的单细胞图谱，揭示了不同品种猪在免疫功能上的差异及其与驯化的关系	研究仅针对三种猪品种，可能无法全面反映所有驯化阶段的免疫变化	探究猪在驯化过程中空肠免疫功能的进化变化	野猪、金华猪和杜洛克猪的空肠组织	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	26,246个细胞
171	2025-05-16	Integrated analysis and single-cell sequencing of mitochondrial metabolism related gene molecular subtype and diagnostic model in ulcerative colitis 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0320010 PMID:40153427	research paper	该研究通过公共数据库数据和单细胞测序技术，探索了线粒体代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的分子亚型和诊断模型	首次基于机器学习方法识别与线粒体代谢相关基因(MMRG)相关的生物标志物，并分析了MMRG分子亚型与免疫浸润特征的关系	研究主要依赖公共数据库数据，缺乏大规模临床样本验证	探索溃疡性结肠炎的发病机制和潜在生物标志物	线粒体代谢相关基因(MMRG)在溃疡性结肠炎中的作用	生物信息学	溃疡性结肠炎	单细胞测序, qRT-PCR, western blot	机器学习模型	基因表达数据	NA
172	2025-05-16	A research protocol for a prospective, multicenter, cohort study on interferon therapy for chronic hepatitis B combined with metabolism-associated fatty liver disease to achieve clinical cure 2025, Frontiers in public health IF:3.0Q2 DOI:10.3389/fpubh.2025.1546182 PMID:40161022	研究论文	一项前瞻性、多中心、队列研究，探讨干扰素治疗慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病以实现临床治愈的效果	填补了慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病治疗策略的空白，并提供了重要的治疗指导	干扰素治疗常伴随副作用，可能导致患者依从性降低，影响长期随访和结果监测；代谢相关脂肪性肝病患者的异质性可能对干扰素治疗效果产生不同影响	评估聚乙二醇干扰素治疗的疗效和安全性，并阐明代谢相关脂肪性肝病对实现HBsAg清除的影响	慢性乙型肝炎患者和慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病患者	临床医学	慢性乙型肝炎, 代谢相关脂肪性肝病	单细胞转录组测序技术	NA	临床数据, 转录组数据	多中心设计，样本量未明确说明
173	2025-05-16	Harnessing single-cell and multi-omics insights: STING pathway-based predictive signature for immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1575084 PMID:40308576	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和大规模转录组数据，开发了一个基于STING通路的预测标志物（STINGsig），用于预测肺腺癌免疫治疗的响应	结合单细胞和多组学数据，开发了STING通路相关标志物，并通过小鼠模型验证了关键基因ERRFI1在增强抗肿瘤免疫和α-PD1治疗中的协同作用	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证其临床适用性	探究STING通路与肺腺癌免疫治疗响应的关系	肺腺癌患者和模型小鼠	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多色流式细胞术	101种机器学习框架	转录组数据	来自GEO和TCGA数据库的公共数据，具体样本数量未明确说明
174	2025-05-16	Natural history, immunological and genetic characteristics of preclinical inflammatory bowel disease (EARLY): study protocol for a prospective cohort study 2025, Therapeutic advances in gastroenterology IF:3.9Q1 DOI:10.1177/17562848251338647 PMID:40365077	研究论文	本研究旨在探讨炎症性肠病(IBD)在临床前期的自然史、免疫学和遗传学特征，并通过前瞻性队列研究设计，整合多组学数据以预测疾病长期预后	首次系统研究IBD临床前期的特征，整合临床与多组学数据(基因组、蛋白质组、转录组、代谢组和微生物组)进行长期预后预测	研究周期长达10年，短期内无法获得完整结果；样本来源限于结直肠癌筛查项目中发现的无症状患者	描述IBD临床前期的特征并开发疾病长期预测工具	结直肠癌筛查中发现的无症状IBD患者、新诊断的有症状IBD患者和健康对照者	数字病理	炎症性肠病	单细胞RNA测序、多组学分析(基因组/蛋白质组/转录组/代谢组/微生物组)	NA	生物样本(血液/尿液/粪便/活检组织)和多组学数据	三组队列：无症状IBD患者、有症状IBD患者(<3月病程)和健康对照者，具体数量未说明
175	2025-05-16	Decoding the Tumor Microenvironment of Myoepithelial Cells in Triple-Negative Breast Cancer Through Single-Cell and Transcriptomic Sequencing and Establishing a Prognostic Model Based on Key Myoepithelial Cell Genes 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/6454413 PMID:40365116	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和转录组测序解码了三阴性乳腺癌中肌上皮细胞的肿瘤微环境，并基于关键肌上皮细胞基因建立了预后模型	揭示了肌上皮细胞在三阴性乳腺癌发展中的作用，开发了基于CoxBoost的预后模型，并鉴定出TPD52作为潜在的治疗靶点	研究样本量未明确说明，且模型验证仅基于20个生存队列	探索肌上皮细胞在三阴性乳腺癌中的作用并开发预后模型	三阴性乳腺癌中的肌上皮细胞	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序，转录组测序，siRNA敲除	CoxBoost	RNA测序数据	NA
176	2025-05-16	Shh agonist enhances maturation in homotypic Lgr5-positive inner ear organoids 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.107345 PMID:40365278	研究论文	本研究探讨了源自同源Lgr5阳性祖细胞的耳蜗类器官中立体纤毛成熟的分子和功能机制，并与传统异源培养结果进行了比较	使用Shh激动剂促进耳蜗类器官中毛细胞立体纤毛的结构成熟，并通过单细胞RNA测序鉴定了与立体纤毛发育相关的基因表达变化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类系统中的适用性尚需验证	探索内耳再生和感觉神经性听力损失治疗的潜在方法	小鼠耳蜗Lgr5阳性祖细胞及其衍生的内耳类器官	再生医学	听力损失	磁激活细胞分选(MACS)、RNA测序(包括bulk RNA-seq和scRNA-seq)、电子显微镜、FM1-43摄取实验、微电极阵列记录	内耳类器官模型	基因表达数据、显微图像、电生理数据	小鼠耳蜗Lgr5阳性祖细胞及其衍生的内耳类器官
177	2025-05-16	Nuclear damage-induced DNA damage response coupled with IFI16-driven ECM remodeling underlies dilated cardiomyopathy 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.112247 PMID:40365289	研究论文	本研究探讨了DNA损伤反应（DDR）与IFI16在扩张型心肌病（DCM）中的作用及其与ECM重塑和心脏功能障碍的联系	揭示了DDR-IFI16轴在DCM中的新致病机制，并证明其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	探究DDR-IFI16轴在DCM中的作用及其与ECM重塑和心脏功能障碍的联系	扩张型心肌病（DCM）	心血管疾病	扩张型心肌病	生物信息学分析、qPCR、ELISA、siRNA敲除	小鼠DCM模型	转录组数据、单细胞RNA-seq数据	人类iPSC-CM模型和DCM心脏组织样本
178	2025-05-16	Apolipoprotein E promotes primary resistance to AR-targeted therapy via inducing TRIM25-mediated AR ubiquitination and sensitizes immunotherapy in prostate cancer 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.109994 PMID:40365288	研究论文	本文研究了载脂蛋白E（APOE）在前列腺癌中对AR靶向治疗的原发耐药性中的作用，并探讨了APOE高表达对免疫治疗的敏感性	揭示了APOE通过介导E3连接酶TRIM25与AR的相互作用增强AR的泛素化和降解，从而抑制AR信号通路的机制，并发现APOE高表达与抗PD-L1治疗反应增强相关	研究主要基于组织微阵列和临床队列，需要进一步在更大样本和更多临床环境中验证	探究前列腺癌对AR靶向治疗的原发耐药机制及免疫治疗敏感性	前列腺癌患者及其组织样本	肿瘤学	前列腺癌	流式细胞术、免疫共沉淀、质谱分析、单细胞RNA测序	NA	临床数据、转录组数据	组织微阵列和临床队列样本
179	2025-05-16	Genomic Exploration of Nonalcoholic Fatty Liver Disease: Insights From Gene Expression and Variation in Morbidly Obese Individuals 2025, Journal of obesity IF:3.8Q2 DOI:10.1155/jobe/9245699 PMID:40365443	研究论文	通过基因表达和变异分析探索非酒精性脂肪肝病（NAFLD）的基因组特征	整合生物信息学分析（包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）揭示了NAFLD进展中的关键基因及其变异，并发现了与代谢、免疫和脂质功能相关的新致病变异	研究主要聚焦于肥胖患者，可能无法完全代表所有NAFLD患者群体	探索NAFLD的致病机制并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	肥胖患者的肝细胞基因表达和遗传变异	基因组学	非酒精性脂肪肝病	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
180	2025-05-16	Egg-driven immunosuppression and granuloma zonation in Peyer's patches of mice with Schistosoma japonicum infection 2025, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2025.1587166 PMID:40365538	research paper	该研究揭示了日本血吸虫感染小鼠模型中卵沉积对Peyer斑块（PPs）结构和免疫功能的破坏作用，以及肠道肉芽肿的细胞组成和免疫抑制机制	首次描述了肠道肉芽肿的分层细胞分布特征，并发现卵沉积驱动B细胞凋亡、T细胞耗竭以及髓系细胞纤维化通路的激活	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类还需进一步验证	探究日本血吸虫卵沉积对Peyer斑块免疫功能和肠道肉芽肿细胞组成的影响	感染日本血吸虫的小鼠模型及其Peyer斑块	免疫学	血吸虫病	单细胞RNA测序	小鼠感染模型	基因表达数据	NA