单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-08-08	Neurobiological subtypes of adolescent depression: a multimodal integration of morphometric similarity network and spatial transcriptomics 2025-Aug-02, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03133-7 PMID:40753308	research paper	该研究通过整合形态相似性网络和空间转录组学，识别了青少年重度抑郁症的神经生物学亚型及其分子机制	首次结合形态相似性网络和空间转录组学，揭示了青少年抑郁症的两种神经生物学亚型及其分子机制，为精准治疗提供了新框架	研究样本可能不够多样化，且未涉及长期随访数据验证亚型稳定性	识别青少年重度抑郁症的神经生物学亚型及其分子机制，推动精准治疗发展	青少年重度抑郁症患者	神经科学	抑郁症	形态相似性网络分析、空间转录组学、HYDRA算法	HYDRA	神经影像数据、转录组数据	未明确说明样本数量
162	2025-08-08	Predicting Single-Cell Drug Sensitivity Utilizing Adaptive Weighted Features for Multi-Source Domain Adaptation 2025-Aug, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3553126 PMID:40111773	研究论文	本文提出了一种名为scAdaDrug的新型多源域自适应模型，用于预测单个细胞的药物反应	引入了一个即插即用模块，生成重要性感知且相互独立的权重，自适应地调节源域和目标域之间每个样本的潜在表示	未明确提及具体局限性	提高单细胞水平药物反应预测的准确性	单细胞转录组数据	机器学习	肿瘤	单细胞测序技术	多源域自适应模型	单细胞转录组数据	多个独立数据集，包括细胞系、PDX模型和临床肿瘤患者队列
163	2025-08-08	DARLIN mouse for in vivo lineage tracing at high efficiency and clonal diversity 2025-Aug, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01141-z PMID:40119004	research paper	介绍DARLIN小鼠模型，用于高效且具有克隆多样性的体内谱系追踪	DARLIN模型通过整合三个条形码阵列并结合Cas9和TdT，提高了每个条形码阵列的编辑多样性，理论上可生成10个不同的谱系条形码，并在单细胞检测中恢复超过70%细胞的谱系条形码	执行该协议需要对测序文库生成和Linux操作有一定了解	开发一种高效且具有克隆多样性的体内谱系追踪工具	小鼠模型	基因组学	NA	Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）结合	DARLIN小鼠模型	基因组数据	NA
164	2025-08-08	Selective Depletion of CCR8+Treg Cells Enhances the Antitumor Immunity of Cytotoxic T Cells in Lung Cancer by Dendritic Cells 2025-Aug, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer IF:21.0Q1 DOI:10.1016/j.jtho.2025.02.029 PMID:40056978	研究论文	该研究探讨了通过选择性清除CCR8+Treg细胞来增强细胞毒性T细胞在肺癌中的抗肿瘤免疫，并评估了抗CCR8单药及其与PD1抑制剂联合治疗的疗效和安全性	揭示了抗CCR8疗法通过重塑肿瘤微环境和破坏CCR8+Treg-C-CL5+树突状细胞相互作用，与PD1阻断协同作用的分子机制	研究主要基于小鼠模型，临床患者数据有限，需要进一步验证	探索增强肺癌抗肿瘤免疫的新策略	非小细胞肺癌（NSCLC）小鼠模型和临床患者	免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序、单细胞T细胞受体测序分析、流式细胞术、多色免疫荧光、Luminex检测	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	四个NSCLC小鼠模型和临床患者数据
165	2025-08-08	Presbycusis: Pathology, Signal Pathways, and Therapeutic Strategy 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410413 PMID:40349177	综述	本文综述了老年性耳聋的病理机制、信号通路及治疗策略，特别关注了血管纹在其中的关键作用	重点探讨了血管纹在老年性耳聋中的作用，并介绍了单细胞转录组学在该领域的应用	NA	增进对老年性耳聋中血管纹作用的理解，为个性化治疗和预防策略提供依据	老年性耳聋（特别是血管纹的作用）	NA	老年性疾病	单细胞转录组学	NA	NA	NA
166	2025-08-08	Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09010-1 PMID:40369074	研究论文	该研究利用MERFISH技术和深度学习核分割方法，构建了人类胎儿皮层发育的空间转录组图谱，揭示了皮层分层和区域特化的分子机制	发现了皮层区域特化的两种不同模式（连续渐变和离散突变），挑战了中孕期皮层区域化仅存在梯度变化的传统观点	研究仅关注胎儿发育阶段，未涉及出生后皮层发育过程	解析人类大脑皮层分层和区域特化的空间分子机制	人类胎儿大脑皮层	空间转录组学	NA	MERFISH（多重误差鲁棒荧光原位杂交）、单核RNA测序、深度学习核分割	深度学习	空间转录组数据、图像数据	超过1800万个单细胞，涵盖7个发育时间点的8个皮层区域
167	2025-08-08	Visualization of the Spiral Ganglion Neuron in Vivo Using a Novel 177Lu Nuclear Molecule Label 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504464 PMID:40387257	研究论文	本研究开发了一种新型的177Lu核分子标记方法，用于在体内可视化螺旋神经节神经元（SGNs），以评估耳蜗神经的完整性	首次使用放射性核素标记的抗VGLUT1抗体药物实现耳蜗SGNs的动物水平体内成像	研究仅在动物模型中进行，尚未应用于人类临床	开发一种新型方法，用于评估耳蜗神经的完整性，以改善人工耳蜗植入术前的评估	螺旋神经节神经元（SGNs）	数字病理	听力损失	核成像	NA	图像	小鼠和猪模型
168	2025-08-08	Activation of HTR2B Suppresses Osteosarcoma Progression through the STAT1-NLRP3 Inflammasome Pathway and Promotes OASL1+ Macrophage Production to Enhance Antitumor Immunity 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415276 PMID:40387572	研究论文	本研究探讨了HTR2B在骨肉瘤进展中的潜在作用及其通过STAT1-NLRP3炎症小体途径和促进OASL1+巨噬细胞产生来增强抗肿瘤免疫的机制	首次提出HTR2B作为骨肉瘤治疗的新靶点，揭示了其通过双重机制（直接抑制肿瘤细胞增殖和增强宿主免疫反应）发挥作用	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验的进一步验证	探索HTR2B在骨肉瘤进展中的作用及其潜在治疗价值	骨肉瘤组织和细胞系	肿瘤学	骨肉瘤	转录组测序分析、单细胞测序	NA	基因表达数据、单细胞数据	TARGET、GEO数据库中的骨肉瘤组织样本及医院收集的样本
169	2025-08-08	Association of DNA damage response signals and oxidative stress status with nivolumab efficacy in patients with Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Aug, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03032-2 PMID:40410274	研究论文	研究DNA损伤反应信号和氧化应激状态与头颈部鳞状细胞癌患者对nivolumab疗效的关联	首次在PBMCs中测量DDR相关信号，并发现其与免疫检查点抑制剂反应的相关性	样本量较小（50名患者），需要进一步验证	探索DDR相关信号和氧化应激状态作为nivolumab疗效的生物标志物	头颈部鳞状细胞癌患者	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学	NA	RNA原位数据	50名复发/转移性HNSCC患者和26名健康对照
170	2025-08-08	Remodelling hypoxic TNBC microenvironment restores antitumor efficacy of Vγ9Vδ2 T cell therapy 2025-Aug, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03045-x PMID:40437021	研究论文	本研究探讨了通过重塑缺氧的三阴性乳腺癌（TNBC）微环境来恢复Vγ9Vδ2 T细胞疗法的抗肿瘤效果	揭示了γδ T细胞在TNBC微环境中的功能异质性，并提出了通过抑制HIF-1信号通路来增强Vγ9Vδ2 T细胞疗法的新策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果尚需进一步验证	提高Vγ9Vδ2 T细胞疗法在晚期乳腺癌治疗中的疗效	三阴性乳腺癌（TNBC）微环境中的γδ T细胞	肿瘤免疫治疗	乳腺癌	流式细胞术、原子力显微镜、共聚焦激光扫描显微镜、小鼠模型	小鼠模型	scRNA-seq数据、TCGA数据、实验数据	未明确提及具体样本数量，但涉及TNBC、非TNBC及健康个体的数据
171	2025-08-08	Patterns of intra- and intertumor phenotypic heterogeneity in lethal prostate cancer 2025-Aug-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI186599 PMID:40493417	研究论文	本研究旨在定义致死性前列腺癌中肿瘤间和肿瘤内异质性的模式、程度和后果	结合原位组织学和测序方法，揭示了患者、转移灶和细胞水平的表型异质性，并发现分子亚型异质性与基因组和临床特征的关联	样本量相对较小（52名患者），且仅针对致死性前列腺癌，可能不适用于其他阶段或类型的前列腺癌	探究致死性前列腺癌的肿瘤异质性模式及其临床意义	52名转移性前列腺癌患者的630多个肿瘤样本	数字病理学	前列腺癌	原位组织学分析、测序方法、单细胞测序	NA	组织样本、测序数据	52名患者的630多个肿瘤样本
172	2025-08-08	Integrating single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, and Mendelian randomization to elucidate the role of HLA-DPA1 expression levels and non-classical monocytes in the pathogenesis of idiopathic pulmonary arterial hypertension 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145284 PMID:40545078	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、全基因组关联研究和表达数量性状位点数据，研究HLA-DPA1表达水平与非经典单核细胞在特发性肺动脉高压发病机制中的作用	首次发现HLA-DPA1在非经典单核细胞中的表达与特发性肺动脉高压的免疫失调和血管重塑密切相关	研究样本量有限，且未进行功能验证实验	阐明HLA-DPA1表达水平与非经典单核细胞在特发性肺动脉高压发病机制中的作用	特发性肺动脉高压患者的单核细胞和非经典单核细胞	生物信息学	特发性肺动脉高压	scRNA-seq, GWAS, eQTL, sc-eQTL, bulk RNA-seq	NA	RNA测序数据	特发性肺动脉高压患者和健康对照的外周血单核细胞和肺组织样本
173	2025-08-08	Temporal control of progenitor competence shapes maturation in GABAergic neuron development in mice 2025-Aug, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01999-y PMID:40629142	研究论文	本研究探讨了小鼠GABA能神经元发育中祖细胞能力的时间控制如何影响其成熟和分化	揭示了转录程序和染色质可及性如何调控GABA能神经元亚型在神经发育过程中的成熟和多样化	研究仅限于小鼠胚胎，未涉及人类或其他物种	探究祖细胞能力如何影响GABA能神经元的成熟和分化	小鼠胚胎中的GABA能投射神经元和中间神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学、染色质可及性分析、谱系追踪、出生日期标记、跨发育阶段移植和扰动测序	NA	转录组数据和染色质可及性数据	小鼠胚胎样本
174	2025-08-08	Targeting the HNRNPA2B1/HDGF/PTN Axis to Overcome Radioresistance in Non-Small Cell Lung Cancer 2025-Aug, Antioxidants & redox signaling IF:5.9Q1 DOI:10.1089/ars.2024.0808 PMID:40643435	研究论文	本研究探讨了非小细胞肺癌(NSCLC)中放射抗性的分子机制，聚焦于HNRNPA2B1/HDGF/PTN信号通路及其在自噬依赖性铁死亡调控中的作用	揭示了HNRNPA2B1/HDGF/PTN通路通过影响自噬依赖性铁死亡来促进放射抗性的新机制	研究主要基于细胞系和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	探索克服非小细胞肺癌放射抗性的潜在治疗靶点	非小细胞肺癌细胞系和小鼠肿瘤模型	癌症生物学	肺癌	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、生化染色、RT-qPCR、Western blot、MeRIP-qPCR	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	放射抗性和放射敏感性细胞系
175	2025-08-08	Gene regulatory networks and essential transcription factors for de novo-originated genes 2025-Aug, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1 DOI:10.1038/s41559-025-02747-y PMID:40659874	研究论文	本研究通过计算方法和单细胞RNA测序数据，识别了调控新生基因表达的关键转录因子	首次揭示了新生基因表达的调控程序，并识别了关键转录因子achintya和vismay的作用	研究主要基于果蝇数据，可能在其他物种中的适用性有待验证	探索新生基因表达的调控机制	新生基因及其调控转录因子	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
176	2025-08-08	Defining the Ovarian Cancer Precancerous Landscape through Modeling Fallopian Tube Epithelium Reprogramming Driven by Extracellular Vesicles 2025-Aug-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0064 PMID:40689422	研究论文	本研究通过微流体组织培养平台结合空间转录组学和蛋白质组学，探索卵巢癌来源的小细胞外囊泡（sEV）对人类输卵管上皮（hFTE）重编程的影响	开发了一种新型微流体组织培养平台，结合空间转录组学和蛋白质组学技术，首次系统研究了sEV对hFTE的短期和长期影响	研究仅针对体外培养系统，未涉及体内环境的复杂性	探索卵巢癌前病变的分子机制，特别是sEV在其中的作用	人类输卵管上皮（hFTE）和卵巢癌来源的小细胞外囊泡（sEV）	癌症生物学	卵巢癌	空间转录组学、蛋白质组学、微流体组织培养	微流体组织培养模型	转录组数据、蛋白质组数据	NA
177	2025-08-08	Integrative Single-Cell Analysis Reveals Iron Overload-Induced Senescence and Metabolic Reprogramming in Ovarian Endometriosis-Associated Infertility 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417528 PMID:40693455	研究论文	该研究通过单细胞分析揭示了铁过载在卵巢子宫内膜异位症相关不孕症中诱导衰老和代谢重编程的作用	首次整合单细胞图谱和空间转录组学技术，揭示了铁过载在卵巢子宫内膜异位症相关不孕症中的具体作用机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类卵巢样本，可能需要更大规模的临床验证	探究铁过载对卵巢子宫内膜异位症相关不孕症患者卵泡功能的影响	卵巢子宫内膜异位症相关不孕症患者的排卵前卵泡液和铁过载小鼠卵巢	数字病理学	卵巢子宫内膜异位症	单细胞分析, Stereo-seq空间转录组学	NA	单细胞数据, 空间转录组数据	OEI患者的排卵前卵泡液样本和铁过载小鼠卵巢样本
178	2025-08-08	SCENE: Signature Collection for Endometrial Cancer Prognosis 2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70762 PMID:40754672	研究论文	创建了一个名为SCENE的数据库，用于收集子宫内膜癌(EC)转录组特征与患者预后的关联信息	首次整合了EC转录组特征与多种预后指标的关联，并提供了详细的注释	仅基于PubMed文献综述，可能遗漏未发表或非英文研究	提高子宫内膜癌预后预测的准确性	子宫内膜癌患者的转录组特征	数字病理学	子宫内膜癌	scRNA-seq	NA	转录组数据	约200项研究中的700个mRNA特征、60个miRNA和150个lncRNA
179	2025-08-08	Nanoparticle-Delivered siRNA Targeting NSUN4 Relieves Systemic Lupus Erythematosus through Declining Mitophagy-Mediated CD8+T Cell Exhaustion 2025-Aug, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70311 PMID:40761479	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和m5C表观转录组测序，发现NSUN4通过调控CD74表达和CD8+T细胞耗竭在系统性红斑狼疮（SLE）发病机制中的关键作用，并验证了纳米颗粒递送siRNA靶向NSUN4的治疗潜力	首次发现CD7CD74 CD8+T细胞亚群在SLE患者中显著扩增，并揭示NSUN4通过m5C修饰调控CD74表达和CD8+T细胞耗竭的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证NSUN4靶向治疗的安全性和有效性	探究m5C修饰在系统性红斑狼疮发病机制中的作用，并寻找潜在治疗靶点	系统性红斑狼疮患者和小鼠模型中的CD8+T细胞	表观遗传学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq, m5C-seq, siRNA纳米颗粒递送	自发性和普里斯特烷诱导的SLE小鼠模型	单细胞转录组数据、表观转录组数据	SLE患者和小鼠模型的CD8+T细胞样本
180	2025-08-08	Multi-omics profiling identifies TNFRSF18 as a novel marker of exhausted CD8⁺ T cells and reveals tumour-immune dynamics in colorectal cancer 2025-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70425 PMID:40770837	研究论文	通过多组学分析揭示了结直肠癌中CD8⁺ T细胞耗竭的动态模式及其与肿瘤免疫逃逸的关系	发现TNFRSF18作为CD8⁺ T细胞耗竭的新标志物，并揭示了肿瘤细胞核糖体干性在免疫逃逸中的作用	样本量较小（6名患者，20个样本），需要在更大队列中验证	探究结直肠癌中CD8⁺ T细胞耗竭的动态演变及其对临床预后的影响	结直肠癌患者肿瘤及癌旁组织中的CD8⁺ T细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	scRNA-seq, scVDJ-seq, 空间转录组学, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 免疫组化数据	6名结直肠癌患者的20个肿瘤及癌旁组织样本