单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-06-20	Pollutant Distribution in Vertebrates Across Scales: Organs, Cells, and Organelles 2025-Jun-16, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2025.126680 PMID:40532810	综述	本文系统回顾了脊椎动物中环境污染物在器官、细胞和亚细胞水平的多尺度分布研究进展	强调了污染物生物转化带来的不确定性，并比较了纳米材料与传统污染物在分布特性上的差异	大多数研究集中在血液、肠道、肝脏和鳃/肺中污染物的细胞分布，亚细胞水平的研究较为有限	通过连接宏观积累与微观毒性机制，推进环境健康风险评估和靶向干预	脊椎动物中的环境污染物	环境健康	NA	单细胞测序等高分率技术	NA	NA	NA
162	2025-06-20	Spatial transcriptomics of Hirschsprung disease resection margins marks differential gene expression in myenteric plexus 2025-Jun-16, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.06.012 PMID:40532828	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
163	2025-06-20	Single-cell resolution uncovers neighboring cell subtypes that share steroidogenic capacity during fetal testis development 2025-Jun-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2501392122 PMID:40460128	研究论文	利用单细胞技术揭示胎儿睾丸发育过程中类固醇生成能力的细胞亚型及其空间分布	通过单分子荧光原位杂交和单细胞RNA测序技术，首次揭示了胎儿Leydig细胞在类固醇生成中的异质性和空间分布变化	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的验证	探究胎儿睾丸发育过程中单个和集体Leydig细胞对雄激素产生的贡献	小鼠胎儿睾丸中的Leydig细胞及其他间质细胞	发育生物学	NA	sm-FISH, scRNA-seq	NA	基因表达数据, 空间分布数据	从小鼠胚胎期13天到围产期的睾丸样本
164	2025-06-20	Exploring the role of LFNG in hepatoblastoma using multiomics and raise a query in proof link 2025-Jun-09, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149604 PMID:40499700	研究论文	本研究通过多组学分析探讨LFNG在肝母细胞瘤中的作用，并验证其对肿瘤免疫微环境的影响	首次结合单细胞转录组数据揭示LFNG作为细胞间通讯靶点促进肝母细胞瘤发展的机制	研究仅基于两个数据集和HUH6细胞系，样本来源有限	鉴定肝母细胞瘤中异常表达的基因并探索影响肿瘤免疫微环境的细胞间通讯靶点	肝母细胞瘤组织及HUH6细胞系	肿瘤基因组学	肝母细胞瘤	多组学分析（包括GO/KEGG富集分析、PPI网络构建、单细胞转录组分析）	NA	基因表达数据（来自GSE133039和GSE180664数据集）	两个肝母细胞瘤数据集（具体样本量未明确说明）+ HUH6细胞系
165	2025-06-20	scMetaIntegrator: a meta-analysis approach to paired single-cell differential expression analysis 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657898 PMID:40501846	研究论文	提出了一种新的元分析方法scMetaIntegrator，用于配对单细胞RNA测序数据的差异表达分析	该方法考虑了生物学重复和细胞变异性，解决了传统方法在配对scRNA-seq数据分析中的高假阳性率和假阴性率问题	未明确提及具体局限性	改进配对单细胞RNA测序数据的差异表达分析方法	配对单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	元分析方法	单细胞RNA测序数据	使用了真实和合成数据集（具体数量未提及）
166	2025-06-20	Next generation genetic screens in kinetoplastids 2025-Jun-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf515 PMID:40530689	综述	本文综述了动质体寄生虫中的遗传筛选技术及其在编码和非编码基因组区域的应用	结合基于图像和单细胞测序技术的遗传筛选方法，为细胞功能和调控机制提供了前所未有的见解	NA	探讨遗传筛选技术在动质体寄生虫基因组研究中的应用及其潜力	动质体寄生虫的编码和非编码基因组区域	遗传学	寄生虫病	CRISPR-Cas, 单细胞测序, 基于图像的筛选	NA	基因组数据, 图像数据	NA
167	2025-06-20	Prehabilitation during neoadjuvant chemotherapy results in an enhanced immune response in esophageal adenocarcinoma tumors: A randomized controlled trial 2025-Jun-03, Journal of sport and health science IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.jshs.2025.101063 PMID:40499717	research paper	该研究探讨了在新辅助化疗期间进行预康复运动训练对食管腺癌患者肿瘤免疫反应的影响	首次通过随机对照试验证明预康复运动训练能增强食管腺癌肿瘤中的免疫反应，特别是CD8+淋巴细胞和自然杀伤细胞的浸润	样本量较小（n=22），且未观察到临床结局（如生存率）的显著差异	评估预康复运动训练作为新辅助化疗期间免疫佐剂的潜在效果	局部晚期食管癌患者	肿瘤免疫学	食管腺癌	高分辨率多光谱免疫组化（mIHC）和NanoString空间转录组学	NA	组织样本和心肺功能数据	22名患者（预康复组11人，对照组11人）
168	2025-06-20	Exosomal PKM2: A Noninvasive Diagnostic Marker Linking Macrophage Metabolic Reprogramming to Gastric Cancer Pathogenesis 2025-Jun, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70056 PMID:40126044	研究论文	本研究探讨了血浆外泌体PKM2作为胃癌非侵入性诊断标志物的潜力及其在胃癌发病机制中的作用	首次揭示了外泌体PKM2通过激活巨噬细胞中SREBP1相关脂质合成途径促进胃癌发展的机制	研究样本量相对有限(216例)，且机制研究主要在体外进行	评估外泌体PKM2作为胃癌诊断标志物的潜力并阐明其促癌机制	胃癌患者和健康捐赠者的血浆样本及肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤生物标志物研究	胃癌	单细胞转录组测序分析	NA	血液样本数据	216份血液样本(来自胃癌患者和健康捐赠者)
169	2025-06-20	Association of Obesity and Innate Immune Markers With Resistance to Biologic Therapy in Psoriasis 2025-Jun-01, JAMA dermatology IF:11.5Q1 DOI:10.1001/jamadermatol.2025.0288 PMID:40172874	研究论文	探讨肥胖和先天免疫标志物与银屑病生物疗法耐药性的关联	首次揭示了表皮中失调的先天免疫反应和增强的中性粒细胞活性可能是生物疗法治疗效果持续降低的原因	样本量较小（87例患者），且为横断面研究，无法确定因果关系	阐明影响严重银屑病患者持续治疗反应的炎症微环境因素	18岁及以上患有斑块型严重银屑病的患者	皮肤病学	银屑病	空间转录组学通路分析、免疫荧光分析	NA	临床数据、基因表达数据	87例患者（24名女性，63名男性）
170	2025-06-20	Fast Encapsulation of Microbes into Dissolvable Hydrogel Beads Enables High-Throughput Microbial Single-Cell RNA Sequencing of Clinical Microbiome Samples 2025-Jun, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202500481 PMID:40200683	研究论文	本文介绍了一种名为smGel-seq的高通量单微生物RNA测序方法，用于临床微生物组样本，通过水凝胶珠封装单个微生物以减少微生物损失和输入需求	smGel-seq采用新型微通道阵列装置封装单个微生物于可溶解水凝胶珠中，并结合优化的自动化微流控平台，显著提高了微生物回收率并降低了输入需求	NA	开发一种适用于临床微生物组样本的高通量单微生物RNA测序方法	临床微生物组样本中的单个微生物	微生物组学	NA	单细胞RNA测序（mscRNA-seq），微流控技术	NA	RNA测序数据	肠道微生物组样本和临床痰液微生物组样本
171	2025-06-20	Perinatal Exposure to Lead or Diethylhexyl Phthalate in Mice: Sex-Specific Effects on Cardiac DNA Methylation and Gene Expression across Time 2025-Jun, Environmental health perspectives IF:10.1Q1 DOI:10.1289/EHP15503 PMID:40315424	研究论文	研究围产期暴露于铅或邻苯二甲酸二乙基己酯对小鼠心脏DNA甲基化和基因表达的性别特异性影响	首次研究了心脏转录组和表观基因组在雄性和雌性小鼠生命周期中的变化，以及早期化学暴露对这种编程的影响	需要进一步研究表观遗传和转录差异如何影响心血管健康，特别是在老年心血管疾病风险显著增加时	研究围产期暴露于铅或DEHP对小鼠心脏DNA甲基化和基因表达的影响	小鼠心脏	表观遗传学	心血管疾病	ERRBS, RNA-Seq, MuSiC算法	NA	DNA甲基化数据, 基因表达数据	每组至少5只雄性和5只雌性小鼠，分别在3周、5个月和10个月龄时采集心脏样本
172	2025-06-20	Single-Cell Profiling of the Microenvironment in High-Risk Neuroblastoma 2025-Jun, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70029 PMID:40536225	研究论文	通过单细胞RNA测序分析高风险神经母细胞瘤（HR-NB）的肿瘤微环境（TME），揭示了特定的免疫抑制细胞群和潜在的治疗靶点	首次在单细胞水平上揭示了HR-NB的TME景观，并确定了多个具有免疫抑制或促进肿瘤进展作用的TME细胞群	样本量较小（16个NB样本），可能影响结果的普遍性	深入理解HR-NB的复杂TME，寻找新的免疫治疗靶点和预后标志物	高风险神经母细胞瘤（HR-NB）患者的肿瘤微环境	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	SCENIC分析	RNA测序数据	16个神经母细胞瘤样本（11例HR-NB患者和5例中/低风险NB患者）
173	2025-06-20	Compromised efferocytosis during aging is related to COVID-19 severity in mice 2025-May-24, Virologica Sinica IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.virs.2025.05.008 PMID:40419113	研究论文	本研究通过建立老年小鼠COVID-19模型，揭示了衰老过程中细胞吞噬功能受损与COVID-19严重程度的关系	首次在老年小鼠模型中证实细胞吞噬功能受损与COVID-19严重程度相关，并揭示了相关分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究衰老如何影响COVID-19严重程度的免疫学机制	老年和年轻小鼠的肺部免疫反应	免疫学	COVID-19	单细胞转录组分析	小鼠疾病模型	基因表达数据	老年和年轻小鼠的肺部组织样本
174	2025-06-20	Exploring the immune environment of glioblastoma through single-cell RNA sequencing in humanized mouse models 2025-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.17.654526 PMID:40475625	研究论文	通过在人源化小鼠模型中进行单细胞RNA测序，探索胶质母细胞瘤的免疫环境	建立了一种独特的人源化胶质母细胞瘤小鼠模型，该模型利用患者来源的异种移植物（PDXs），并展示了与复发性人类胶质母细胞瘤相似的免疫细胞特征	模型仅使用了两种免疫缺陷小鼠模型，可能无法完全代表所有人类免疫反应	研究胶质母细胞瘤的免疫环境，并评估新疗法，特别是免疫疗法	人源化小鼠模型中的胶质母细胞瘤患者来源的异种移植物（PDXs）	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫组织化学	人源化小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学数据	使用了两种免疫缺陷小鼠模型，并进行了人源化处理
175	2025-06-20	Multi-omics approaches for identifying the PANoptosis signature and prognostic model via a multimachine-learning computational framework for intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Apr-15, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001352 PMID:40233411	研究论文	本研究通过多组学方法识别肝内胆管癌(ICC)的PANoptosis特征，并利用多机器学习计算框架构建预后模型	整合Cox回归分析和5种机器学习算法识别出5个核心基因，构建的PANoptosis风险评分在预测预后和临床转化方面表现出色	样本量相对有限(85个PANoptosis相关基因)，需要更多临床验证	表征ICC患者的PANoptosis特征，构建临床诊断和治疗指导模型，探索耐药相关分子机制	肝内胆管癌(ICC)患者	机器学习	肝内胆管癌	转录组学、蛋白质组学测序、单细胞转录组分析	Cox回归分析+5种机器学习算法	多组学数据(转录组、蛋白质组)	OEP001105公共队列和重庆医科大学附属第一医院的多组学数据
176	2025-06-20	Tumor-derived CD109 orchestrates reprogramming of tumor-associated macrophages to dampen immune response 2025-Apr-11, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.03.035 PMID:40220905	研究论文	该研究揭示了肿瘤源性可溶性CD109（sCD109）在免疫抑制性肿瘤微环境中的作用及其调控机制	发现sCD109作为'分泌性免疫检查点'通过双重机制（激活FcγRI/SYK/NF-κB信号通路上调CD73转录，同时竞争性结合E3连接酶TRIM21抑制CD73蛋白降解）重编程肿瘤相关巨噬细胞	研究主要基于临床前小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索iCCA中免疫抑制性分泌蛋白及其调控机制，开发提高免疫治疗疗效的新靶点	肝内胆管癌（iCCA）的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	蛋白质组学分析、单细胞转录组学、飞行时间质谱流式细胞术、RNA测序、质谱分析	NA	多组学数据（蛋白质组、转录组等）	NA（未明确说明样本数量）
177	2025-06-20	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.17.608386 PMID:39229240	研究论文	通过多组学分析探讨食管腺癌的疾病进展和治疗反应	识别了五种恶性细胞程序，并揭示了它们与表观遗传可塑性和临床结果的关联，以及预测了它们与微环境细胞类型的显著相互作用	研究结果需要在外部队列中进行进一步验证	解密食管腺癌的疾病进展和治疗反应	原发性和转移性食管腺癌肿瘤	数字病理学	食管腺癌	单核转录组和染色质可及性测序，空间分析	NA	转录组数据，染色质可及性数据，空间数据	一组原发性和转移性食管腺癌肿瘤样本
178	2025-06-20	Platelet-mediated circulating tumor cell evasion from natural killer cell killing through immune checkpoint CD155-TIGIT 2025-Mar-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000934 PMID:38779918	研究论文	研究揭示了循环肿瘤细胞（CTCs）如何通过与血小板结合上调CD155-TIGIT免疫检查点逃避免疫监视的机制	首次发现CTC-血小板粘附通过CD155-TIGIT通路逃逸NK细胞杀伤的机制，并证实阻断该通路可恢复免疫监视功能	研究主要关注CD155-TIGIT通路，未全面评估其他潜在逃逸机制	探究循环肿瘤细胞在血液传播过程中逃避免疫监视的分子机制	多种癌症患者的循环肿瘤细胞（CTCs）和血小板	肿瘤免疫学	肝癌（HCC）及其他多种癌症	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、体外/离体/体内实验	NA	基因表达数据、临床生存数据	多种癌症患者的血液样本（具体数量未说明）
179	2025-06-20	scFTAT: a novel cell annotation method integrating FFT and transformer 2025-Feb-25, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06061-z PMID:39994539	研究论文	提出了一种名为scFTAT的新型细胞注释方法，该方法整合了FFT和Transformer技术，用于单细胞RNA测序数据的自动注释	整合FFT和增强型Transformer进行自动特征学习，解决了单细胞数据高稀疏性和大规模数据手动注释繁琐的挑战	NA	开发一种高效、准确的单细胞RNA测序数据自动注释方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	基因表达数据	六个典型数据集（包括人类和小鼠组织）
180	2025-06-20	Telomemore enables single-cell analysis of cell cycle and chromatin condensation 2025-Jan-24, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf031 PMID:39878215	研究论文	该论文介绍了Telomemore工具，用于单细胞分析细胞周期和染色质凝聚状态	揭示了ATAC-seq端粒样读段不能用于推断端粒长度，但可作为染色质凝聚的生物标志物，并开发了Telomemore工具来量化非对齐的亚端粒读段	未明确提及具体局限性	开发新工具以增强单细胞数据分析能力	单细胞ATAC-seq和RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 长读长测序	NA	基因组数据	多个公共数据集和新生成的多组纤维母细胞和B细胞图谱