单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-09-06	Identification of severity related mutation hotspots in SARS-CoV-2 using a density-based clustering approach 2025-Sep-01, BioData mining IF:4.0Q1 DOI:10.1186/s13040-025-00476-3 PMID:40890768	研究论文	使用密度聚类方法识别SARS-CoV-2基因组中与疾病严重程度相关的突变热点	开发Mutclust算法分析突变密度与多样性，首次发现28个严重程度相关突变热点并揭示其与NK细胞功能的关联	样本量相对有限（387例患者），结果需在更大队列中验证	鉴定SARS-CoV-2基因组中与COVID-19患者严重程度相关的突变区域	SARS-CoV-2病毒基因组和387例COVID-19患者	生物信息学	COVID-19	密度聚类算法(Mutclust)，网络传播分析，单细胞RNA-seq	NA	基因组序列数据，多组学数据（细胞因子谱和单细胞转录组）	387例感染患者（分为中度和重度组）
162	2025-09-06	Crosstalk between heterogeneous cancer-associated fibroblast subpopulations and the immune system in breast cancer: key players and promising therapeutic targets 2025-Sep-01, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03527-z PMID:40890855	综述	本文综述了乳腺癌中异质性癌症相关成纤维细胞亚群与免疫系统的相互作用及其治疗策略	聚焦CAF亚群异质性及其与免疫系统的双向串扰，系统总结基于CAF的乳腺癌治疗新策略	NA	探讨CAF亚群与免疫系统的相互作用机制及治疗应用	乳腺癌肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞和免疫细胞	肿瘤微环境研究	乳腺癌	单细胞测序、空间转录组学	NA	基因组和转录组数据	NA
163	2025-09-06	Integrated Single-Cell RNA-Seq Reveals Immunosuppressive Mechanisms of Treg Cell Differentiation and Tumor Microenvironment Interactions in Colorectal Cancer 2025-Sep, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.71202 PMID:40891683	研究论文	通过整合单细胞RNA测序数据揭示结直肠癌中Treg细胞分化与肿瘤微环境相互作用的免疫抑制机制	首次系统鉴定TGFβ1+ Treg细胞在低分化结直肠腺癌中的扩增现象及其通过特定配体-受体对介导CD8+ T细胞功能衰竭的新机制	研究基于公共数据库的回顾性数据，需进一步实验验证机制	探索结直肠癌微环境特征并发现潜在治疗靶点	结直肠癌患者肿瘤组织中的免疫细胞（Treg细胞和CD8+ T细胞）	单细胞组学	结直肠癌	scRNA-seq, 多重免疫荧光	细胞聚类分析, 伪时间轨迹分析, 细胞通讯分析	单细胞转录组数据, 组织影像数据	整合GEO数据库三个数据集（GSE164522, GSE132465, GSE144735）的患者样本
164	2025-09-06	Dual probe ligation in situ hybridization with rolling-circle amplification for high-plex spatial transcriptomics 2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102207 PMID:40893776	研究论文	开发一种基于双探针连接和滚环扩增的高通量空间转录组学技术LISH-LnR，用于FFPE组织样本中mRNA亚型的空间定位分析	在原有连接原位杂交技术基础上引入滚环扩增，实现对降解程度不一的FFPE样本中特定mRNA亚型的高精度空间定位和高通量检测	NA	开发适用于FFPE临床样本的高通量空间转录组学检测方法	包涵体肌炎患者和儿童横纹肌肉瘤患者的固定组织标本	空间转录组学	肌肉疾病（包涵体肌炎和横纹肌肉瘤）	连接原位杂交（LISH）、滚环扩增（RCA）、迭代荧光探针杂交成像	NA	空间转录组数据、荧光成像数据	NA（提及包涵体肌炎和儿童横纹肌肉瘤患者样本，但未明确数量）
165	2025-09-06	ST-deconv: an accurate deconvolution approach for spatial transcriptome data utilizing self-encoding and contrastive learning 2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf109 PMID:40896262	研究论文	提出一种基于深度学习的空间转录组数据反卷积方法ST-deconv，整合空间信息以提升细胞类型解析精度	结合自编码器和对比学习增强相邻点空间表征，采用域对抗网络提升跨数据集泛化能力	NA	解决空间转录组数据缺乏单细胞分辨率的问题，实现高精度细胞类型反卷积	空间转录组数据（ST data）和单细胞RNA测序数据（scRNA-seq）	生物信息学	胰腺导管腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	自编码器，对比学习，域对抗网络	空间转录组数据，单细胞RNA测序数据	小鼠嗅球（MOB）和人类胰腺导管腺癌（PDAC）组织样本
166	2025-09-06	Pan-cancer analysis implicates novel insights of cholesterol biosynthesis into immunotherapy response prediction and survival prognostication 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110859 PMID:40816003	研究论文	通过泛癌分析揭示胆固醇生物合成与免疫治疗反应预测及生存预后的新关联	首次构建并验证了胆固醇生物合成相关特征（CB.SIG），并发现TNFRSF10B作为预测免疫治疗反应的泛癌生物标志物	基于公开数据集的分析，需进一步实验验证	探究胆固醇生物合成与免疫检查点抑制剂反应性的关系并开发预测模型	泛癌患者样本（包括非小细胞肺癌和乳腺癌细胞系）	计算生物学	泛癌（多种癌症类型）	scRNA-seq, CRISPR筛选, 空间转录组学, 免疫组化	机器学习模型	转录组数据	40个scRNA-seq数据集、30个TCGA泛癌队列、9个ICI转录组队列、17个CRISPR数据集
167	2025-09-06	SynchDP: A correlation based sequence alignment algorithm for synchronizing longitudinal clinical data 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110853 PMID:40825256	研究论文	提出一种基于相关性的动态规划算法SynchDP，用于对齐和同步不规则采样的临床时间序列数据	开发了能够处理不同长度和采样率的临床时间序列的新型对齐算法，并能从头组装代表性模式	NA	解决临床时间序列数据的对齐问题，以量化疾病进展相似性并发现生物标志物	COVID-19患者的纵向严重程度数据	生物信息学	COVID-19	动态规划算法，单细胞转录组分析	动态规划	临床时间序列数据，基因表达数据	NA
168	2025-09-06	Applications and prospects of spatial transcriptomics in prostate cancer research: A narrative review 2025-Sep, Current urology IF:0.9Q4 DOI:10.1097/CU9.0000000000000288 PMID:40894285	综述	本文综述了空间转录组学在前列腺癌研究中的应用与前景，重点探讨其在肿瘤微环境、异质性和临床意义方面的价值	系统总结了空间转录组学在前列腺癌这一相对研究较少领域的应用潜力，并提出了未来研究方向	现有研究仍较为有限，需要更多实证数据支持	概述空间转录组学技术原理及其在前列腺癌研究中的应用现状和发展前景	前列腺癌肿瘤组织	数字病理	前列腺癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
169	2025-09-06	PDPN+ cancer-associated fibroblasts correlate with the neoadjuvant immunotherapy response in gastric cancer 2025-Sep, APL bioengineering IF:6.6Q1 DOI:10.1063/5.0250475 PMID:40895767	研究论文	本研究探讨PDPN+癌症相关成纤维细胞（CAFs）与胃癌新辅助免疫治疗反应的相关性	首次鉴定PDPN作为CAFs亚群的标志物，并验证其与免疫治疗疗效的负相关性	样本来源限于特定临床试验和公共数据库，需进一步扩大验证	预测胃癌患者对新辅助免疫治疗的反应	胃癌患者组织样本和类器官模型	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, Western blot, 多重免疫组化/免疫荧光	GC-PDOs（胃癌患者来源类器官）	基因表达数据、蛋白质表达数据、影像数据	多个公共数据库（TCGA-STAD等）及临床试验NCT04208347的胃癌患者样本
170	2025-09-06	Patterns of Mitochondrial ATP Predict Tissue Folding 2025-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.31.673364 PMID:40909554	研究论文	研究揭示了线粒体ATP空间模式在胚胎发育过程中预测组织折叠的作用	首次发现线粒体在顶端收缩过程中局部富集并形成ATP空间模式，可计算预测组织折叠	NA	探究胚胎形态发生中化学能量空间模式与组织形态构建的关系	果蝇、鸡和小鼠的上皮细胞与组织	发育生物学	NA	时间推移成像、空间转录组学、耗氧率测量	NA	图像、基因表达、生理测量数据	多物种（果蝇、鸡、小鼠）胚胎组织样本
171	2025-09-06	The Pdgfd-Pdgfrb axis orchestrates tumor-nerve crosstalk in pancreatic cancer 2025-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672505 PMID:40909696	研究论文	本研究揭示了Pdgfd-Pdgfrb信号轴在胰腺癌中介导肿瘤-神经交互作用并促进神经周围侵袭的机制	首次发现Pdgfd信号通过协调癌细胞、神经元和胶质细胞的多方面相互作用促进神经侵袭，并证明该轴可作为治疗靶点	NA	探究胰腺导管腺癌中肿瘤-神经相互作用的分子机制及其对神经周围侵袭的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤细胞、神经及胶质细胞	肿瘤微环境研究	胰腺癌	全转录组测序、单细胞空间转录组学	NA	转录组数据、空间转录组数据	NA
172	2025-09-06	Multi-omics reveals changes in astrocyte fatty acid metabolism during early stages of Alzheimer's disease 2025-Aug-30, Neurochemistry international IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.neuint.2025.106049 PMID:40889558	研究论文	通过多组学分析揭示阿尔茨海默病早期星形胶质细胞脂肪酸代谢异常	首次结合转录组、蛋白质组和空间代谢组学动态追踪AD模型星形胶质细胞代谢变化，并验证人类早期AD样本的保守性	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证需进一步扩展	探究阿尔茨海默病早期星形胶质细胞的分子动态变化	APP/PS1转基因小鼠和野生型小鼠的星形胶质细胞，以及人类脑组织样本	多组学分析	阿尔茨海默病	转录组学、蛋白质组学、空间代谢组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质数据、代谢物空间分布数据	5个时间点（2/4/6/9/12月龄）的小鼠模型，人类早期AD与对照脑样本
173	2025-09-06	Segmentation Matters: Recognizing the Cell Segmentation Challenge in Spatial Transcriptomics 2025-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.25.672145 PMID:40909538	研究论文	探讨空间转录组学中细胞分割的挑战，并提出人工质量检查作为改进方案	系统评估多种自动分割方法，揭示不同模型的独特误差模式，并提出结合多模态成像数据与定制神经网络的未来方向	即使参数优化后，不同模型仍产生明显误差，需依赖人工验证	提高空间转录组学中神经元和非神经元细胞分割的准确性	人类感觉神经节神经元	数字病理学	神经系统疾病	探针杂交空间转录组学	多种自动分割方法（未指定具体模型）	成像数据	NA
174	2025-09-06	Leveraging Single-Cell Transcriptomics of Developing Rat Ocular Outflow Tissues for Prioritization of Congenital Glaucoma Candidate Genes 2025-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672439 PMID:40909638	研究论文	利用单细胞转录组技术分析发育期大鼠眼房水流出通路的基因表达，以优先筛选先天性青光眼候选基因	首次对发育关键期的大鼠眼房水流出组织进行单细胞RNA测序，识别出TM/SC细胞特异性高表达的395个基因，并提出先天性青光眼基因优先筛选策略	研究基于大鼠模型，需进一步验证人类组织的适用性	识别与眼房水流出通路发育相关的关键基因，为先天性青光眼的遗传机制研究提供依据	发育期大鼠的眼房水流出通路组织（小梁网和Schlemm管）	单细胞转录组学	先天性青光眼	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	86,653个角膜缘细胞，包含10,037个TM细胞和546个SC细胞
175	2025-09-06	Hematopoietic EphA4 Deficiency Alters Microglial Heterogeneity and Improves Chronic Spatial Memory After Brain Injury 2025-Aug-29, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7265717/v1 PMID:40909780	研究论文	本研究探讨造血细胞中EphA4缺失如何通过调节小胶质细胞异质性改善脑损伤后的长期空间记忆功能	首次揭示外周免疫来源的EphA4信号通过调控小胶质细胞动态影响神经免疫重塑和功能恢复的新机制	研究局限于小鼠模型，临床转化价值仍需进一步验证	探究EphA4在脑损伤后神经免疫调节和功能恢复中的作用	造血特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠	神经免疫学	脑损伤	单细胞RNA测序、骨髓嵌合模型、控制性皮质撞击损伤	动物模型	基因表达数据、行为学数据	采用骨髓嵌合小鼠模型进行实验
176	2025-09-06	spammR: an R package designed for analysis and integration of spatial multi-omic measurements 2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672472 PMID:40909542	研究论文	介绍了一个用于空间多组学数据分析和整合的R包spammR	专门针对基于质谱的空间组学数据集设计，支持样本量小、空间稀疏和高缺失值的数据，采用完全数据驱动方法	NA	开发一个能够处理多种空间组学数据的分析工具	空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学和翻译后修饰数据	生物信息学	NA	质谱分析、空间组学技术	NA	多组学测量数据和显微镜成像数据	小样本量且空间稀疏的样本
177	2025-09-06	Joint single-cell profiling of Cas9 edits and transcriptomes reveals widespread off-target events and effects on gene expression 2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.07.636966 PMID:40909645	研究论文	开发Superb-seq技术，实现单细胞水平同时检测Cas9编辑结果及其对基因表达的影响	首次在单细胞分辨率下联合测量CRISPR-Cas9的靶向和脱靶编辑事件及其功能效应	研究仅针对K562细胞系和四个染色质重塑基因，尚未在其他细胞类型或全基因组范围验证	评估CRISPR-Cas9基因组编辑的脱靶效应及其对基因表达的影响	人类K562细胞系	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), T7转录, CRISPR-Cas9编辑	NA	基因表达数据, 基因组编辑数据	10,000个K562细胞，使用7个guide RNA靶向4个基因
178	2025-09-06	A simple liquid 3D cell culture paradigm models oxidative mitochondrial metabolism of epithelial breast cancer cells with relevance for lung metastases 2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.24.671623 PMID:40909564	研究论文	本研究比较了两种3D细胞培养模型（乳腺球培养和栓子培养）在模拟乳腺癌细胞氧化代谢及肺转移潜能方面的差异	首次发现栓子培养模型能特异性模拟乳腺癌细胞的线粒体氧化代谢特征并增强其肺转移能力	研究仅针对三种乳腺癌细胞系，尚未在更广泛细胞类型或体内模型中验证	评估不同3D培养模型对乳腺癌细胞代谢特性及转移相关表型的模拟能力	乳腺癌细胞系（SUM149, IBC-3, MDA-MB-468）	癌症生物学	乳腺癌	蛋白质组学、单细胞转录组学、代谢流分析、电子显微镜	NA	分子生物学数据、显微镜图像	三种乳腺癌细胞系在两种3D培养模型中的对比研究
179	2025-09-06	Cross-species analysis identifies genotype-driven vulnerabilities in lung adenocarcinoma 2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.24.671070 PMID:40909610	研究论文	通过跨物种单细胞分析揭示肺腺癌基因型驱动的肿瘤微环境特征和代谢依赖性	首次通过人鼠跨物种保守性分析揭示致癌基因突变对肿瘤微环境的特异性免疫印记	样本量有限（57例人类和18例小鼠样本），需进一步验证	解析肺腺癌主要基因突变亚型对肿瘤细胞和微环境的特异性影响	人类和小鼠肺腺癌样本	计算生物学	肺腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	跨物种比较分析	单细胞转录组数据	57例人类样本和18例小鼠样本
180	2025-09-06	Prognostic Value and Immune Characterization of Genes Associated with Childhood Acute Leukemia applying Single-Cell RNA Sequencing 2025-Aug-27, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303420113250818064855 PMID:40910197	研究论文	本研究整合单细胞和批量转录组数据，识别儿童急性淋巴细胞白血病中关键的B细胞亚群和相关分子作为生物标志物	首次应用单细胞RNA测序技术结合多组学分析构建儿童急性白血病的预后风险模型并探索其免疫调控机制	样本量较小（仅2例患者和3例健康对照），需要更大规模验证	探究儿童急性淋巴细胞白血病的预后生物标志物和免疫特征	儿童急性淋巴细胞白血病患者和健康儿童骨髓样本	生物信息学	儿童急性白血病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 功能富集分析, 伪时间轨迹分析, 细胞通讯分析	Cox回归, LASSO回归	单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据	2例预B细胞高倍体ALL患者, 3例健康儿童骨髓样本, 511例cALL样本