单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-07-21	Medulloblastoma: biology and immunotherapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1602930 PMID:40677711	综述	本文讨论了髓母细胞瘤的生物学特性及免疫治疗的最新进展	总结了髓母细胞瘤的分子特征和免疫微环境，探讨了新旧免疫治疗方法的结合应用	未提及具体临床试验数据或治疗效果的具体数据	探讨髓母细胞瘤的生物学特性和免疫治疗的应用	髓母细胞瘤及其免疫微环境	肿瘤免疫学	髓母细胞瘤	单细胞转录组学	NA	NA	NA
162	2025-07-21	Spatial transcriptomic analysis of 4NQO-induced tongue cancer revealed cellular lineage diversity and evolutionary trajectory 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1592044 PMID:40678065	研究论文	利用空间转录组学和AI算法研究4NQO诱导的舌癌细胞谱系多样性和进化轨迹	首次结合AI分类器和空间转录组学技术，详细描绘了化学诱导舌癌的时空演变和瘤内异质性	研究基于化学诱导的舌癌模型，可能与自然发生的舌癌存在差异	阐明舌癌的细胞行为特征和肿瘤进化过程	4NQO诱导的舌癌模型	数字病理学	舌癌	空间转录组测序	AI分类器	空间转录组数据	未明确说明样本数量（舌癌组织）
163	2025-07-21	FN1 from cancer-associated fibroblasts orchestrates pancreatic cancer metastasis via integrin-PI3K/AKT signaling 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1595523 PMID:40678072	研究论文	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的FN1基因通过整合素-PI3K/AKT信号通路促进胰腺导管腺癌（PDAC）转移的分子机制	发现FN1作为PI3K通路中的关键枢纽基因，通过整合素受体激活PI3K/AKT通路，影响细胞侵袭和免疫微环境，并揭示了其双重作用	研究主要基于体外实验和临床数据分析，缺乏体内实验验证	阐明CAFs在PDAC转移中的作用及其分子机制	胰腺导管腺癌（PDAC）及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	胰腺癌	转录组测序、单细胞测序、Transwell迁移实验、Western blotting、qRT-PCR	体外共培养模型	转录组数据、单细胞测序数据、临床数据	NA
164	2025-07-21	Cooling Blood and Detoxicating Formula Treats Psoriasis Through RHCG-Related Mechanisms 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/5132158 PMID:40678620	研究论文	本研究探讨了凉血解毒方（CBDF）通过RHCG相关机制治疗银屑病的潜力	结合网络药理学、单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次揭示了CBDF中槲皮素和山奈酚等活性成分通过RHCG靶点调控炎症通路的作用机制	需要进一步的临床验证和机制研究	探索凉血解毒方治疗银屑病的分子机制	银屑病模型	分子药理学	银屑病	网络药理学、scRNA-seq、空间转录组学、分子对接	NA	基因表达数据	NA
165	2025-07-21	Evaluating transcriptional tumour microenvironment response to immunotherapy using microarray analysis: From harvesting tumours to data analysis 2025, Methods in cell biology DOI:10.1016/bs.mcb.2025.01.004 PMID:40683680	研究论文	本文介绍了一种使用微阵列转录组分析评估肿瘤对免疫疗法反应的实验方法	提出了一种成本效益高的微阵列转录组分析方法，用于评估免疫疗法的肿瘤微环境反应	该方法在需要详细转录组信息时可能不如scRNA-seq精确	评估肿瘤微环境对免疫疗法的转录反应	肿瘤微环境中的细胞和非细胞成分	数字病理学	癌症	微阵列转录组分析	NA	转录组数据	NA
166	2025-07-21	Next-generation deconvolution of the tumor microenvironment with omnideconv 2025, Methods in cell biology DOI:10.1016/bs.mcb.2025.01.003 PMID:40683686	研究论文	介绍了一种名为omnideconv的R包，用于整合多种解卷积方法，简化其使用并统一语义，以量化乳腺癌患者RNA-seq数据的细胞组成	开发了omnideconv，一个整合多种解卷积方法的R包，解决了现有方法在编程语言、计算流程和输入/输出数据方面的多样性问题	未提及具体的性能比较或在实际应用中的局限性	开发一个统一的计算工具，用于从批量RNA-seq数据中估计细胞类型比例	乳腺癌微环境中的恶性细胞和正常细胞	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	一个乳腺癌患者队列的批量RNA-seq数据
167	2025-07-21	Guidelines for the assessment of high endothelial venule functionality and health 2025, Methods in cell biology DOI:10.1016/bs.mcb.2025.02.001 PMID:40683671	指南	本文提供了评估高内皮小静脉（HEVs）功能性和健康状况的指南	开发了在应激条件下（如炎症或淋巴结转移）评估HEV变化的指南，包括通过免疫荧光染色在蛋白质水平和单细胞RNA测序在RNA水平的评估	分离和培养HEVs会导致其表型丢失，因此体内评估是唯一可靠的检查方法	评估HEVs在应激条件下的变化	高内皮小静脉（HEVs）	NA	NA	免疫荧光染色, 单细胞RNA测序	NA	蛋白质水平数据, RNA水平数据	NA
168	2025-07-21	KMT2D regulates tooth enamel development 2024-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.20.608898 PMID:39411159	research paper	该研究探讨了KMT2D基因在牙釉质发育中的具体作用	首次通过条件性敲除小鼠模型揭示了KMT2D在成釉细胞分化中的关键调控作用	研究仅在小鼠模型中进行，人类临床相关性需要进一步验证	阐明KMT2D在牙釉质形成过程中的分子机制	KMT2D条件性敲除小鼠模型和牙胚组织	发育生物学	牙釉质发育不全	RNA-seq, CUT&RUN-seq, 单细胞RNA-seq, 显微CT, 扫描电镜	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据, 影像数据, 组织学数据	KMT2D条件性敲除小鼠及其对照组
169	2025-07-21	Side- and Disease-Dependent Changes in Human Aortic Valve Cell Population and Transcriptomic Heterogeneity Determined by Single-Cell RNA Sequencing 2024-Dec-19, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15121623 PMID:39766890	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究人类主动脉瓣细胞群和转录组异质性在疾病和不同侧面的变化	首次使用单细胞RNA测序技术揭示主动脉瓣膜细胞在疾病和不同侧面的转录组异质性，并识别出与疾病相关的新型细胞亚群和基因表达模式	样本量较小（仅5名捐赠者），且仅关注了主动脉瓣膜的特定区域	探究钙化性主动脉瓣疾病（CAVD）在主动脉瓣膜不同侧面发展的分子机制	人类主动脉瓣膜细胞	生物医学研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	5名捐赠者的82,356个主动脉瓣膜细胞
170	2025-07-21	Single-Cell Analysis of Subcutaneous Fat Reveals Profibrotic Cells That Correlate With Visceral Adiposity in HIV 2024-Dec-18, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/clinem/dgae369 PMID:38820087	研究论文	该研究通过单细胞分析皮下脂肪，揭示了与HIV感染者内脏脂肪量相关的纤维化细胞	首次在HIV感染者中揭示了皮下脂肪特定细胞类型和转录程序与内脏脂肪量的关系	需要更多纵向研究来确定因果关系和机制	探究HIV感染者皮下脂肪细胞组成与内脏脂肪量的关系	HIV感染者	生物医学	HIV感染	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, CT扫描	NA	RNA测序数据, 影像数据	92名参与者进行批量RNA测序, 43名进行单细胞RNA测序
171	2025-07-21	Data-driven discovery of cell-type-directed network-correcting combination therapy for Alzheimer's disease 2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.09.627436 PMID:39713353	研究论文	本文提出了一种基于人类数据和真实世界证据的细胞类型特异性多靶点药物发现策略，用于阿尔茨海默病的治疗	结合单细胞转录组学、药物扰动数据库和临床记录，发现了一种针对神经元和胶质细胞的组合疗法	研究结果基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	开发针对阿尔茨海默病的细胞类型导向的组合疗法	阿尔茨海默病相关的神经元和胶质细胞	精准医学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学、药物扰动数据库分析	AD小鼠模型	转录组数据、临床记录	AD小鼠模型
172	2025-07-21	Single cell and TCR analysis of immune cells from AAV gene therapy-dosed Duchenne muscular dystrophy patients 2024-Dec-12, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2024.101349 PMID:39524974	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，研究了AAV基因治疗杜氏肌营养不良症患者免疫细胞的变化	首次在AAV基因治疗杜氏肌营养不良症患者中应用单细胞RNA测序和TCR测序技术，揭示了治疗后T细胞克隆型的变化及其与人类疱疹病毒感染的关系	样本量较小（仅5名参与者），且仅分析了外周血单个核细胞	探究AAV基因治疗在杜氏肌营养不良症患者中引发的免疫反应机制	接受AAV基因治疗的杜氏肌营养不良症患者	基因治疗	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序，T细胞受体测序	NA	单细胞RNA测序数据，TCR序列数据	5名参与者的外周血单个核细胞样本
173	2025-07-21	Transcriptional reprogramming primes CD8+ T cells toward exhaustion in Myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome 2024-Dec-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2415119121 PMID:39621903	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征(ME)中CD8+ T细胞向耗竭状态转变的转录重编程机制	首次在ME患者中发现CD8+ T细胞耗竭的分子特征，包括转录因子上调、染色质景观改变和代谢重编程	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步验证	阐明ME疾病中T细胞失调的基因调控状态	ME患者的CD8+ T细胞亚群和某些先天T细胞	免疫学	肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征	单细胞RNA-seq, RNA-seq, ATAC-seq, 流式细胞术	NA	基因组数据, 表观基因组数据, 蛋白质表达数据	未明确说明
174	2025-07-21	Multinucleated giant cells are hallmarks of ovarian aging with unique immune and degradation-associated molecular signatures 2024-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626649 PMID:39677686	research paper	该研究通过先进成像技术和转录组分析，揭示了卵巢衰老过程中多核巨细胞（MNGCs）的独特免疫和降解相关分子特征	首次定义了卵巢MNGCs在衰老过程中的存在及其独特的转录组特征，揭示了它们与免疫细胞（如T细胞）的紧密相互作用	MNGCs的大尺寸限制了其通过单细胞RNA测序等技术进行分离和分析	研究卵巢衰老过程中MNGCs的功能和分子特征	小鼠和非人灵长类动物的卵巢	生物医学	卵巢衰老	激光捕获显微切割和转录组分析	NA	图像和转录组数据	小鼠和非人灵长类动物的卵巢样本
175	2025-07-21	Dysregulated Treg repair responses lead to chronic rejection after heart transplantation 2024-Dec-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173593 PMID:39621314	研究论文	该研究探讨了心脏移植后慢性排斥反应中调节性T细胞（Treg）修复反应的失调机制	首次揭示了IL-33通过诱导Treg分泌Areg促进成纤维细胞增殖，从而加剧慢性排斥反应的机制	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证相对有限	阐明心脏移植后慢性排斥反应的分子机制	心脏移植模型中的调节性T细胞和成纤维细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	MHC II不匹配小鼠心脏移植模型	基因表达数据	小鼠移植模型和临床移植样本
176	2025-07-21	Single-nucleus chromatin accessibility and transcriptomic map of breast tissues of women of diverse genetic ancestry 2024-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03011-9 PMID:39122969	research paper	该研究通过单核染色质可及性和转录组分析，建立了来自不同遗传背景女性的乳腺组织图谱	整合分析揭示了10种不同的细胞类型，包括三种主要上皮亚型，并发现了未表征的标记物和基因调控网络，以及遗传背景依赖的变异性	样本量相对较小（92名女性），可能无法完全代表所有遗传背景的多样性	探索健康乳腺生物学中遗传背景依赖的变异性	92名不同遗传背景女性的乳腺组织样本	digital pathology	breast cancer	单核染色质可及性分析、转录组分析、空间转录组学	NA	单核染色质可及性数据、基因表达数据	92名女性的乳腺组织样本
177	2025-07-21	Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis 2024-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00734-0 PMID:39706866	研究论文	本文提出了一种名为基因信号模式分析（GSPA）的图信号处理方法，用于从单细胞数据中学习丰富的基因表示	首次将图信号处理技术应用于单细胞数据中的基因空间映射，并提出了GSPA方法	NA	解决单细胞测序分析中基因空间映射的问题	单细胞测序数据中的基因	生物信息学	NA	单细胞测序	图信号处理	单细胞测序数据	NA
178	2025-07-21	Human single cell RNA-sequencing reveals a targetable CD8+ exhausted T cell population that maintains mouse low-grade glioma growth 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54569-4 PMID:39609412	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究发现CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中的特殊作用及其作为治疗靶点的潜力	揭示了CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中作为肿瘤生长维持者的新功能，并提出了针对PD1/TIGIT的免疫检查点抑制治疗新策略	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能不足	探索低级别胶质瘤中CD8+耗竭T细胞的功能及其作为治疗靶点的可能性	人类和小鼠的低级别胶质瘤样本	肿瘤免疫学	低级别胶质瘤	单细胞RNA测序	Nf1-OPG小鼠模型	RNA测序数据	多个单细胞RNA测序数据集及Nf1-OPG小鼠模型
179	2025-07-21	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2024-Nov-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.11.18.24317499 PMID:39606364	研究论文	本研究整合空间转录组学和单核RNA测序数据，增强了对阿尔茨海默病相关表型的空间信息和细胞类型特异性差异基因表达分析能力	结合空间转录组学和单核RNA测序数据，提高了对阿尔茨海默病相关表型的空间信息和细胞类型特异性差异基因表达分析的检测能力	样本来源仅限于死后大脑组织，可能无法完全反映活体情况	增强对阿尔茨海默病相关表型的空间信息和细胞类型特异性差异基因表达分析	阿尔茨海默病相关表型（β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退）	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学(ST)、单核RNA测序(snRNA-seq)	深度学习工具CelEry、线性混合回归模型	基因表达数据	436个死后大脑组织的背外侧前额叶皮层(DLPFC)组织样本
180	2025-07-21	Characterizing Fibroblast Heterogeneity in Diabetic Wounds Through Single-Cell RNA-Sequencing 2024-Nov-07, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12112538 PMID:39595104	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）在糖尿病伤口愈合研究中的应用，特别是成纤维细胞的异质性分析	利用单细胞RNA测序技术探索糖尿病伤口中成纤维细胞的异质性，为改善伤口愈合提供新的治疗靶点	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证研究支持	研究糖尿病伤口愈合的机制，特别是成纤维细胞的作用	糖尿病伤口中的成纤维细胞	数字病理学	糖尿病	scRNAseq	NA	RNA测序数据	NA