单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28482 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-06-05 |
Single-cell epigenomic and transcriptomic analysis unveils the pivotal role of GATA5/ISL1+ fibroblasts in cardiac repair post-myocardial infarction
2025-Jun-03, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf101
PMID:40460294
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序技术，揭示了心肌梗死后心脏组织中GATA5/ISL1+成纤维细胞在心脏修复中的关键作用 | 首次在单细胞水平上鉴定了心肌梗死后心脏组织中的两种新型成纤维细胞亚群，并阐明了GATA5/ISL1+成纤维细胞通过调控Wnt信号通路促进心脏修复的机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 阐明心肌梗死后心脏修复的分子机制 | 心肌梗死后小鼠和人类心脏组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq, RNA测序, 蛋白质组学分析 | 小鼠心肌梗死模型 | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 蛋白质组数据 | 心肌梗死后1、3、7和14天的小鼠心脏组织及人类心肌梗死患者的瘢痕组织 |
| 162 | 2025-06-05 |
Identify the co-expressed genes of hypertensive nephropathy and diabetic nephropathy
2025-Jun-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-04679-w
PMID:40461634
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research paper | 本研究探讨了高血压肾病（HN）和糖尿病肾病（DN）在分子和病理机制上的复杂联系 | 通过差异分析发现了42个共享差异表达基因（DEGs），并通过单细胞测序分析揭示了TNFSF10和NR4A1在HN和DN细胞中的高表达 | 研究依赖于GEO数据库的样本，可能受到数据来源的限制 | 识别HN和DN的共同表达基因，为联合诊断和治疗提供新的靶点 | 高血压肾病（HN）和糖尿病肾病（DN） | 生物信息学 | 肾病 | 差异分析、GO/KEGG分析、GSEA分析、PPI网络分析、单细胞测序分析、分子对接模拟 | NA | 基因表达数据 | 训练集GSE37460和GSE142153，验证集GSE37455和GSE30529 |
| 163 | 2025-06-05 |
Epigenetic regulation of neural stem cell aging in the mouse hippocampus by Setd8 downregulation
2025-Jun-03, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00455-8
PMID:40461639
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研究论文 | 本研究探讨了Setd8下调对小鼠海马神经干细胞衰老的表观遗传调控机制 | 通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，揭示了海马神经干细胞及其子代细胞从新生儿到成熟成年阶段的染色质和转录组变化，并发现Setd8表达下降是导致年龄相关变化的关键因素 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证 | 探究表观遗传重塑与转录调控在海马神经干细胞衰老早期阶段的关系 | 小鼠海马神经干细胞及其新生成的神经元 | 表观遗传学 | 老年疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq | 小鼠模型 | 单细胞测序数据 | 不同发育阶段的小鼠海马神经干细胞和新生神经元 |
| 164 | 2025-06-05 |
CCR2+ monocytes promote memory CD8+ T-cell differentiation via membrane-bound TGF-β
2025-Jun-03, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-025-01299-2
PMID:40461701
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研究论文 | 本研究揭示了CCR2+单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8+ T细胞分化的新机制 | 整合单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8 T细胞分化的新空间机制 | 研究主要关注急性感染期间CD8 T细胞的分化机制，可能不适用于其他免疫环境 | 探究CD8 T细胞在急性感染期间分化为效应和记忆细胞的机制 | CD8 T细胞、单核细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 165 | 2025-06-05 |
Spatiotemporal and single-cell atlases to dissect regional specific cell types of the developing ovary
2025-Jun-03, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08277-4
PMID:40461746
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研究论文 | 结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，构建了从胎儿期到成年期卵巢的时空发育图谱，揭示了卵巢发育过程中的细胞异质性和分子多样性 | 首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术构建卵巢发育的时空图谱，揭示了Onecut2阳性黄体细胞的空间分布及其来源 | NA | 解析卵巢发育过程中区域特异性细胞类型 | 卵巢发育过程中的细胞类型，包括雌性生殖细胞、颗粒细胞亚型和黄体细胞 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 从胎儿期到成年期的卵巢样本 |
| 166 | 2025-06-05 |
Low-dose interleukin-2 induces clonal expansion of BACH2-repressed effector regulatory T cells following acute coronary syndrome
2025-Jun-03, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00652-y
PMID:40461772
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研究论文 | 研究低剂量白细胞介素-2（IL-2）在急性冠状动脉综合征患者中诱导效应调节性T细胞克隆扩张的机制 | 结合单细胞转录组学和T细胞受体分析，揭示了IL-2在急性冠状动脉综合征患者中克隆扩张效应T细胞的机制，并发现BACH2作为T效应程序的抑制因子 | 研究样本可能有限，且未详细讨论IL-2治疗在其他免疫介导疾病中的潜在应用 | 探索IL-2在调节T细胞反应中的作用及其在心血管疾病治疗中的潜在应用 | 急性冠状动脉综合征患者的T细胞 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、T细胞受体分析 | NA | 转录组数据、T细胞受体序列 | 未明确提及具体样本数量，但涉及急性冠状动脉综合征患者的T细胞 |
| 167 | 2025-06-05 |
Pericytes in castration-resistant prostate cancer associated with disease progression and immunotherapy response: insights from single-cell analysis
2025-Jun-03, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03838-3
PMID:40462105
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研究论文 | 通过单细胞分析揭示周细胞在去势抵抗性前列腺癌(CRPC)中的作用及其与肿瘤微环境的互作 | 首次在单细胞水平鉴定CRPC特异性周细胞亚群，揭示其通过PDGF信号促进血管生成和免疫抑制的机制，并提出PDGFR抑制剂与免疫治疗的联合策略 | 研究主要基于小鼠模型和回顾性临床数据分析，需要进一步人体试验验证 | 解析周细胞在CRPC进展和免疫治疗抵抗中的作用机制 | 去势抵抗性前列腺癌(CRPC)患者样本和小鼠模型 | 数字病理 | 前列腺癌 | 单细胞转录组测序、免疫荧光染色、RNA-seq | RM-1皮下肿瘤小鼠模型 | 单细胞转录组数据、bulk RNA-seq数据、微阵列数据 | 多个公共数据集和实验模型数据（具体样本量未明确说明） |
| 168 | 2025-06-05 |
Targeting CD39 boosts PD-1 blockade antitumor therapeutic efficacy via strengthening CD8 + TILs function and recruiting B cells in cervical cancer
2025-Jun-03, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03500-0
PMID:40462160
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research paper | 本研究探讨了靶向CD39如何通过增强CD8+TILs功能并招募B细胞来提高PD-1阻断在宫颈癌中的抗肿瘤疗效 | 发现CD39在宫颈癌患者耗竭的CD8+T细胞中高表达，并验证CD39抑制能增强CD8+TILs的细胞毒性并促进B细胞浸润，提出了一种新的联合治疗策略 | 样本量较小（仅10例患者），且研究主要基于体外实验和皮下肿瘤模型，临床前验证仍需进一步研究 | 提高免疫检查点阻断（ICBs）在宫颈癌患者中的治疗效果 | 宫颈癌患者和肿瘤微环境中的CD8+T细胞及B细胞 | 肿瘤免疫治疗 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 皮下肿瘤模型 | RNA测序数据、临床数据 | 10例宫颈癌患者（来自研究中心的队列）及TCGA数据库的队列 |
| 169 | 2025-06-05 |
DeepGFT: identifying spatial domains in spatial transcriptomics of complex and 3D tissue using deep learning and graph Fourier transform
2025-Jun-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03631-5
PMID:40462157
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research paper | 提出了一种名为DeepGFT的方法，通过结合深度学习和图傅里叶变换来识别空间转录组学中的空间域 | DeepGFT首次同时建模点间和基因间的关系，用于空间域的识别 | 未明确提及方法的计算复杂度或对大规模数据的适用性 | 提高空间转录组学中空间域识别的准确性 | 人类乳腺癌、人类淋巴结和3D果蝇数据 | digital pathology | breast cancer | spatially resolved transcriptomics (SRT) | deep learning, graph Fourier transform | spatial transcriptomics data | 涉及人类乳腺癌、人类淋巴结和3D果蝇数据，具体样本量未明确 |
| 170 | 2025-06-05 |
PSMB10 maintains the stemness of chemotherapeutic drug-resistant leukemia cells by inhibiting senescence and cytotoxic T lymphocyte-mediated killing in a ubiquitinated degradation manner
2025-Jun-03, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03420-9
PMID:40462177
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研究论文 | 本文研究了PSMB10如何通过抑制衰老和细胞毒性T淋巴细胞介导的杀伤，以泛素化降解方式维持化疗耐药白血病细胞的干性 | 揭示了PSMB10在耐药白血病干细胞（LSCs）中通过调控衰老和免疫逃逸维持干性的新机制 | 研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证有限 | 探索耐药白血病干细胞维持干性的分子机制及潜在治疗靶点 | 急性髓系白血病（AML）患者的耐药白血病干细胞 | 癌症生物学 | 白血病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、定量蛋白质组学、免疫共沉淀等 | 人类AML异种移植模型和PSMB10敲除同源小鼠骨髓移植模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据 | 临床AML患者样本及小鼠模型 |
| 171 | 2025-06-05 |
A resource for whole-body gene expression map of human tissues based on integration of single cell and bulk transcriptomics
2025-Jun-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03616-4
PMID:40462185
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research paper | 该研究通过整合单细胞和批量转录组学数据，构建了人体组织的全基因表达图谱 | 结合单细胞和批量转录组学技术，首次在31种人体组织中鉴定出557个独特的细胞簇，并通过抗体图谱验证基因表达 | 研究仅关注蛋白质编码基因，未涵盖非编码RNA等其他转录本 | 构建人体组织的全基因表达图谱，探索基因和蛋白质在细胞中的空间分布 | 人体31种主要组织和器官 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组分析、批量转录组学、抗体图谱 | NA | 转录组数据 | 31种人体组织 |
| 172 | 2025-06-05 |
Transcriptional analysis of metastatic hormone-naïve prostate cancer primary tumor biopsies reveals a relevant role for SOX11 in prostate cancer cell dissemination
2025-Jun-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03623-5
PMID:40462200
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研究论文 | 本文通过对转移性激素初治前列腺癌（mHNPC）原发肿瘤活检样本的转录组学分析，揭示了SOX11在前列腺癌细胞扩散中的关键作用 | 首次对mHNPC原发肿瘤样本进行了全面的转录组学表征，并发现了SOX11在触发异型细胞通讯中的核心作用 | NA | 探索mHNPC的分子特征及其转移机制 | 转移性激素初治前列腺癌（mHNPC）患者的原发肿瘤样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | RNA-seq（包括批量RNA-seq和单细胞RNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 173 | 2025-06-05 |
Microbiome Single Cell Atlases Generated with a Commercial Instrument
2025-Jun-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202409338
PMID:40462354
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研究论文 | 本文介绍了EASi-seq方法，通过改造商业仪器Mission Bio Tapestri的单细胞工作流程，实现对单个微生物基因组的高效测序 | 开发了EASi-seq方法，使商业仪器能够用于微生物单细胞测序，并配套开发了生物信息学流程以提高基因组分析的准确性 | NA | 开发一种适用于微生物单细胞测序的商业化解决方案 | 微生物单细胞基因组 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 每次运行可测序数万个微生物 |
| 174 | 2025-06-05 |
The Application of Omics Technologies in Type II Diabetes Mellitus Research
2025-Jun-03, Current diabetes reviews
IF:2.4Q3
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综述 | 本文探讨了组学技术在2型糖尿病研究中的应用及其最新进展 | 介绍了单细胞测序和基于LC-MS的蛋白质组学与代谢组学在揭示2型糖尿病分子机制中的创新应用 | 多组学数据整合仍面临挑战 | 探索组学技术对2型糖尿病研究的推动作用 | 2型糖尿病及其分子机制 | 生物医学 | 2型糖尿病 | 单细胞测序、LC-MS、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 组学数据 | NA |
| 175 | 2025-06-05 |
A Genetic Perspective to Reveal the Impact of Mitochondrial Dysfunction-related Genes on Diabetic Kidney Disease: A Multi-omics Study
2025-Jun-03, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究通过多组学方法探讨了线粒体功能障碍相关基因对糖尿病肾病的影响，并确定了与糖尿病肾病相关的基因，特别是那些具有显著遗传因果效应的基因 | 发现了7个与糖尿病肾病具有显著遗传因果效应的线粒体功能障碍相关基因，并深入研究了ACTN1作为治疗靶点的潜力 | NA | 探究线粒体功能障碍在糖尿病肾病进展中的作用，并寻找潜在的治疗靶点 | 线粒体功能障碍相关基因及其在糖尿病肾病中的作用 | 多组学研究 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、SMR和MR分析、共定位分析、分子动力学分析、免疫荧光 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | NA |
| 176 | 2025-06-05 |
TFcomb identifies transcription factor combinations for cellular reprogramming based on single-cell multiomics data
2025-Jun-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279955.124
PMID:40210438
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TFcomb的计算方法，利用单细胞多组学数据识别重编程转录因子及其组合 | TFcomb通过将重编程转录因子及其组合的识别建模为逆问题，并利用Tikhonov正则化保证解的泛化能力，同时设计图注意力网络增强基因调控网络 | NA | 开发一种计算方法，识别能够指导细胞状态转变的重编程转录因子及其组合 | 转录因子及其组合 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | 图注意力网络 | 单细胞多组学数据 | 人类胚胎干细胞数据和小鼠毛囊发育数据集 |
| 177 | 2025-06-05 |
Dissecting multilayer cell-cell communications with signaling feedback loops from spatial transcriptomics data
2025-Jun-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279857.124
PMID:40262896
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研究论文 | 本文提出了一种名为stMLnet的方法，用于从空间转录组数据中解析多层细胞间通讯及其信号反馈环路 | stMLnet方法首次整合空间信息和多层信号调控机制，以识别空间转录组数据中的多层细胞间通讯信号反馈环路 | NA | 开发一种能够整合空间信息和复杂信号机制的工具，以推断功能性细胞间通讯 | 空间转录组数据中的多层细胞间通讯及其信号反馈环路 | 空间转录组学 | COVID-19 | seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq | 扩散模型和质量作用模型 | 空间转录组数据 | 多种空间分辨率和基因覆盖率的ST数据，包括COVID-19感染的肺组织数据 |
| 178 | 2025-06-05 |
STCC enhances spatial domain detection through consensus clustering of spatial transcriptomics data
2025-Jun-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280031.124
PMID:40355284
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研究论文 | 本文提出了一种名为STCC的新型共识聚类框架，用于整合不同空间转录组学工具的结果，以提高空间域检测的准确性和稳定性 | 开发了STCC框架，通过多种共识策略整合现有工具的结果，显著提高了空间域检测的准确性和稳定性 | 未明确提及具体局限性，但可能包括对不同数据类型的适应性有待进一步验证 | 提高空间转录组学数据中空间域检测的准确性和稳定性 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 共识聚类策略（Onehot-based, average-based, hypergraph-based, wNMF-based） | NA | 空间转录组学数据 | 模拟数据和来自不同实验平台的真实数据 |
| 179 | 2025-06-05 |
Spatial omics enters the microscopic realm: opportunities and challenges
2025-Jun-02, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2025.05.002
PMID:40461389
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综述 | 本文综述了显微分辨率空间转录组学（μST）的最新进展、面临的挑战及未来发展方向 | 介绍了显微分辨率空间转录组学（μST）这一新兴领域，并探讨了其在细胞和亚细胞尺度上的应用潜力 | 面临每个亚微米（或微米）大小空间单元的转录本发现稀疏以及跨平台数据碎片化等问题，阻碍了数据整合和分析 | 探讨显微分辨率空间转录组学（μST）的机遇与挑战，并展望其未来发展 | 空间转录组学技术及其在显微分辨率下的应用 | 空间转录组学 | NA | 测序和成像技术 | AI驱动的空间分析 | 转录组数据 | NA |
| 180 | 2025-06-05 |
Exosomal PKM2: A Noninvasive Diagnostic Marker Linking Macrophage Metabolic Reprogramming to Gastric Cancer Pathogenesis
2025-Jun, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70056
PMID:40126044
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研究论文 | 研究探讨了血浆外泌体PKM2作为胃癌诊断标志物的潜力及其在肿瘤微环境中通过调控巨噬细胞代谢重编程促进胃癌发展的机制 | 首次发现血浆外泌体PKM2可作为早期胃癌诊断标志物，并阐明其通过SCAP/SREBP1通路调控巨噬细胞脂质合成促进胃癌发展的新机制 | 样本量相对有限（216例），且机制研究主要基于体外实验 | 探索外泌体PKM2在胃癌诊断和发病机制中的作用 | 胃癌患者和健康供体的血浆样本及肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤生物学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 血液样本数据、单细胞测序数据 | 216份血液样本（来自胃癌患者和健康供体） |