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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-11-16 |
D-dimer drives immune dysregulation in COVID-19 via chemokine modulation and inflammatory signaling
2025-Nov, Virus research
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.virusres.2025.199641
PMID:41083108
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研究论文 | 本研究探讨了D-二聚体通过调节趋化因子和炎症信号通路在COVID-19中驱动免疫失调的机制 | 首次揭示D-二聚体不仅是血栓形成的生物标志物,还能通过调节趋化因子介导的细胞募集和炎症信号通路直接参与免疫调节 | 体外实验未能在THP-1细胞中诱导IL-6表达,机制研究仍需深入 | 探究D-二聚体在COVID-19免疫调节中的作用机制 | COVID-19患者和SARS-CoV-2阴性对照人群 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 体外细胞刺激实验 | NA | 临床数据, 转录组数据, 单细胞测序数据 | 356名来自上海的参与者,包括轻度和重度COVID-19患者及阴性对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 162 | 2025-11-16 |
Brain abundant membrane attached signal protein 1 regulates macrophage polarization through EGFR/PI3K/AKT signaling in renal cell carcinoma
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148268
PMID:41093214
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研究论文 | 本研究揭示了BASP1通过激活EGFR/PI3K/AKT信号通路促进巨噬细胞向M2表型极化,从而推动肾细胞癌进展的机制 | 首次发现BASP1在肾癌巨噬细胞中的特异性表达及其通过EGFR/PI3K/AKT通路调控巨噬细胞极化的新机制 | 研究主要基于数据库分析和动物模型,缺乏临床样本验证 | 探究BASP1在肾细胞癌免疫微环境中调控巨噬细胞极化的分子机制 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)及其肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 单细胞转录组测序,WB,qRT-PCR,流式细胞术,AAV基因沉默 | NA | 转录组数据,蛋白质表达数据,细胞表型数据 | TCGA数据库样本,小鼠颅内同种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 163 | 2025-11-16 |
Mixed Molecular Subtypes Coexist in Estrogen Receptor Heterogeneous Primary Breast Cancers
2025-Nov, JCO precision oncology
IF:5.3Q1
DOI:10.1200/PO-25-00529
PMID:41237360
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析雌激素受体异质性乳腺癌,揭示不同分子亚型在肿瘤内共存的现象 | 首次在ER中等阳性乳腺癌中发现Luminal A和Luminal B分子亚型混合共存,并揭示ER阴性区域具有内分泌耐药但化疗敏感的表型特征 | 样本量较小(20例),仅针对ER中等阳性乳腺癌,未包含其他分子亚型 | 理解乳腺癌中雌激素受体表达的肿瘤内异质性,探索不同分子亚型在同一肿瘤中共存的可能性 | 20例原发性乳腺癌(10例ER异质性,10例ER高表达) | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 数字空间分析,空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 20例原发性乳腺癌样本 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx平台 | NanoString GeoMx平台配合人类全转录组图谱探针组 |
| 164 | 2025-11-16 |
CluVar: clustering of variants using autoencoder for inferring cancer subclones from single cell RNA sequencing data
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf603
PMID:41240059
|
研究论文 | 提出基于自编码器的CluVar框架,用于从单细胞RNA测序数据推断癌症亚克隆的系统发育关系 | 开发了专门针对scRNA-seq数据高丢失率特点的自定义损失函数和优化隐藏层结构 | 依赖scRNA-seq数据,仍受技术噪音和高丢失率影响 | 从单细胞RNA测序数据重建癌症亚克隆的进化轨迹 | 癌症肿瘤组织中的恶性亚克隆 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 165 | 2025-11-16 |
Integrated bulk sequencing and single-cell transcriptomic profiling implicates neutrophil-driven hypoxia in atrial fibrillation development
2025-Oct-31, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-2025-1066
PMID:41229788
|
研究论文 | 本研究通过整合批量测序和单细胞转录组分析揭示了中性粒细胞驱动的缺氧在房颤发病机制中的作用 | 首次结合批量测序和单细胞转录组数据系统分析房颤中的炎症细胞浸润特征,并建立了基于中性粒细胞相关基因的机器学习诊断模型 | 研究结果需要通过体内、体外实验和外部验证研究进一步确认 | 阐明炎症细胞在房颤发病机制中的具体作用,并建立基于机器学习的诊断模型 | 房颤患者和窦性心律患者的心脏组织样本 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 批量RNA测序,单细胞RNA测序,机器学习 | 支持向量机(SVM) | 基因表达数据 | 46个房颤样本和18个窦性心律样本 | NA | 批量RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 166 | 2025-11-16 |
Integrating transcriptomics, single-cell omics, and deep learning-based histopathological features to identify OLFML3 in bladder cancer
2025-Oct-31, Translational andrology and urology
IF:1.9Q3
DOI:10.21037/tau-2025-365
PMID:41230137
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研究论文 | 本研究通过整合转录组学、单细胞组学和深度学习技术,识别OLFML3作为膀胱癌1年内复发的关键基因,并构建预测模型 | 首次结合多组学数据与深度学习病理特征识别OLFML3在膀胱癌复发中的作用,并开发基于ResNet50的OLFML3表达预测模型 | 需要进一步研究阐明OLFML3在膀胱癌1年内复发的具体作用机制 | 提高膀胱癌复发预测准确性并改善临床管理 | 膀胱癌患者 | 数字病理 | 膀胱癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,深度学习 | ResNet50,随机森林,Cox回归 | 基因表达数据,临床信息,病理图像 | TCGA和GEO数据库中的膀胱癌患者数据,以及广东省第二人民医院的单细胞RNA测序数据 | NA | RNA-seq,scRNA-seq | NA | NA |
| 167 | 2025-11-16 |
Single-cell multi-omics and spatial transcriptomics reveal the transcriptional regulatory landscape of clear cell renal cell carcinoma
2025-Oct-31, Translational andrology and urology
IF:1.9Q3
DOI:10.21037/tau-2025-328
PMID:41230160
|
研究论文 | 通过单细胞多组学和空间转录组学技术揭示透明细胞肾细胞癌的转录调控景观 | 首次整合单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组学全面解析ccRCC的细胞异质性、表观遗传调控和转录因子网络 | 研究样本量有限,功能验证仅针对YBX3基因 | 全面表征ccRCC的细胞异质性、表观遗传调控和转录因子网络,识别具有预后和治疗意义的关键基因 | 透明细胞肾细胞癌肿瘤微环境中的细胞群体 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学, 伪时间分析, 基因集富集分析 | NA | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 168 | 2025-11-16 |
Cell-cell fusion and immunostimulatory cytokines significantly impact oncolytic vaccinia virus immunotherapeutic potential
2025-Oct-30, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.10.055
PMID:41174883
|
研究论文 | 本研究开发了一种携带IL-12和CCL21细胞因子的融合性溶瘤痘苗病毒,显著增强了系统性抗肿瘤免疫反应 | 首次将细胞融合特性与双免疫刺激细胞因子(IL-12和CCL21)结合于溶瘤病毒,通过单细胞转录组分析揭示了其对效应记忆CD8 T细胞的增强作用 | 研究基于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 提高溶瘤病毒对远端转移瘤的治疗效果 | 溶瘤痘苗病毒和鼠肿瘤模型 | 免疫治疗 | 转移性肿瘤 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 169 | 2025-11-15 |
Intratumoral SPP1+BCL2A1+ Tumor-Associated Macrophages Predict Poor Response to PD1 Blockade
2025-Oct-23, Diagnostics (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/diagnostics15212680
PMID:41225975
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现SPP1+BCL2A1+肿瘤相关巨噬细胞是预测肝细胞癌患者PD1阻断治疗反应不良的新型生物标志物 | 首次鉴定出SPP1和BCL2A1双阳性肿瘤相关巨噬细胞亚群,并证实其与免疫检查点抑制剂治疗反应不良相关 | 样本量相对较小,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 探索肝细胞癌免疫治疗反应的预测生物标志物 | 肝细胞癌患者肿瘤组织中的免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 发现队列10例,ICB队列4例,验证队列18例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 170 | 2025-11-16 |
Visceral Peritoneum Hyperpigmentation in Chickens Is Associated with DCT Expression
2025-Oct-23, Animals : an open access journal from MDPI
IF:2.7Q1
DOI:10.3390/ani15213076
PMID:41227407
|
研究论文 | 本研究探讨了鸡内脏腹膜色素沉着过度(HVP)的遗传基础及其调控机制 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定HVP相关黑色素细胞群体,发现DCT基因在HVP中过度表达并确定其多态性可作为遗传选择标记 | 研究样本量有限,功能验证实验主要在细胞水平进行,需要进一步体内验证 | 阐明鸡内脏腹膜色素沉着异常的遗传原因和分子机制 | 鸡内脏腹膜组织和黑色素细胞 | 生物信息学 | 色素沉着异常 | HPLC, bulk RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR, Western blotting, siRNA干扰 | NA | 基因表达数据, 组织切片图像 | 超过9700个高质量单细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 171 | 2025-11-16 |
Identification of two distinct uveal melanoma subtypes based on the immune cell infiltration of the primary tumour
2025-Oct-23, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04198-7
PMID:41128887
|
研究论文 | 本研究基于原发性葡萄膜黑色素瘤的免疫细胞浸润特征,识别出两种不同的肿瘤亚型 | 首次在单细胞水平揭示葡萄膜黑色素瘤的免疫异质性,发现具有特定染色体变异和信号通路活性的侵袭性黑色素细胞亚群 | 样本量有限(8例肿瘤活检),仅使用二次数据分析 | 表征葡萄膜黑色素瘤肿瘤微环境的细胞组成和免疫特征 | 原发性葡萄膜黑色素瘤肿瘤样本 | 单细胞组学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据 | 8例原发性葡萄膜黑色素瘤活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 172 | 2025-11-16 |
High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer
2025-Oct-16, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx3800
PMID:40705858
|
研究论文 | 开发了一种基于基因编辑的空间谱系追踪技术PEtracer,用于在体研究细胞状态和谱系动态 | 首次将基因编辑技术与空间转录组分析结合,实现高分辨率空间映射的细胞谱系追踪 | NA | 研究发育和疾病过程中细胞命运决定的时空动态 | 小鼠肿瘤转移模型中的细胞 | 空间生物学 | 肿瘤转移 | 基因编辑, 空间转录组 | NA | 空间转录组数据, 成像数据 | NA | NA | 单细胞测序, 空间转录组, 多模态成像 | NA | MERFISH空间转录组分析 |
| 173 | 2025-11-16 |
Mapping early human blood cell differentiation using single-cell proteomics and transcriptomics
2025-Oct-16, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr8785
PMID:40839704
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞蛋白质组学和转录组学技术,绘制了人类早期血细胞分化图谱 | 首次将单细胞质谱蛋白质组学与单细胞RNA测序整合,揭示了mRNA无法反映的干细胞功能相关蛋白质,并建立了推断细胞分化进程的翻译动态模型 | 研究仅针对CD34+造血干细胞和祖细胞,样本类型相对有限 | 解析人类早期血细胞分化过程中的分子机制 | 人类CD34+造血干细胞和祖细胞 | 单细胞多组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞质谱蛋白质组学 | 翻译动态模型 | 单细胞蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | 超过2500个人类CD34+造血干细胞和祖细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞蛋白质组学 | NA | NA |
| 174 | 2025-11-16 |
Tumor-draining lymph nodes respond to immune checkpoint inhibition and orchestrate tumor immune remodeling
2025-Oct-06, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04187-w
PMID:41051631
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研究论文 | 本研究揭示了肿瘤引流淋巴结在免疫检查点抑制剂治疗中对肿瘤免疫微环境的调控机制 | 首次通过单细胞测序技术系统阐明肿瘤引流淋巴结在免疫检查点抑制剂治疗中的具体作用机制,发现其作为肿瘤特异性T细胞的来源地 | 研究样本仅限于结直肠癌患者,需要进一步验证在其他癌症类型中的普适性 | 阐明肿瘤引流淋巴结在免疫检查点抑制剂治疗中的响应机制及其对肿瘤微环境的调控作用 | 结直肠癌患者的肿瘤引流淋巴结和肿瘤组织 | 单细胞生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | 结直肠癌患者的肿瘤引流淋巴结和肿瘤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 | NA | NA |
| 175 | 2025-11-16 |
Single-cell RNA-sequencing reveals adventitial fibroblast alterations during mouse atherosclerosis
2025-Oct-03, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示小鼠动脉粥样硬化过程中外膜成纤维细胞的动态变化 | 首次在动脉粥样硬化发生过程中对外膜细胞进行单细胞RNA测序分析,并发现SERPINH1基因在成纤维细胞中的差异表达及其功能影响 | 研究仅使用雄性Ldlr-/-小鼠模型,样本量较小(每组两个样本,每个样本来自三只小鼠的混合) | 探究外膜细胞在动脉粥样硬化中的作用及其潜在治疗靶点 | 雄性Ldlr-/-小鼠的主动脉外膜细胞和人类外膜成纤维细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, GWAS分析, 体外验证 | NA | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据 | 雄性Ldlr-/-小鼠,每组两个样本(每个样本由三只小鼠混合组成) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 176 | 2025-11-16 |
Unlocking novel T cell-based immunotherapy for hepatocellular carcinoma through neoantigen-driven T cell receptor isolation
2025-Jun-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-334148
PMID:39832892
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研究论文 | 本研究通过分离肝细胞癌患者中对新抗原反应的T细胞及其T细胞受体,探索基于T细胞的免疫治疗新策略 | 首次系统分析肝细胞癌微环境中新抗原反应性T细胞的功能特征,并发现肝灌洗液和淋巴结是反应性T细胞的重要来源 | 研究样本量较小(7名患者),需要在更大队列中验证结果 | 评估晚期肝细胞癌患者的T细胞反应,识别可用于免疫治疗的T细胞群体 | 肝细胞癌患者的肿瘤组织、肝灌洗液和肝引流淋巴结 | 免疫肿瘤学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,T细胞受体测序,生物信息学分析 | NA | 转录组数据,蛋白质组数据,测序数据 | 7名肝细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 177 | 2025-11-16 |
Upregulated haptoglobin in classical monocytes serves as a diagnostic and immunological biomarker in myocardial infarction: a cross-sectional multi-omics study
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1707912
PMID:41229424
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现结合珠蛋白(HP)在心肌梗死中显著上调,特别是在经典单核细胞中高表达,具有诊断价值 | 首次发现HP在心肌梗死患者经典单核细胞中特异性高表达,并证实其作为诊断生物标志物的价值 | 横断面研究设计,无法确定因果关系;样本量有限 | 寻找心肌梗死的可靠诊断生物标志物并了解其在免疫微环境中的作用 | 心肌梗死患者 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,qPCR,蛋白质组学,生物信息学分析 | WGCNA,免疫细胞浸润分析 | 基因表达数据,蛋白质组数据,临床样本 | 多个GEO数据集(GSE141512,GSE95368,GSE269269)和TCGA数据,外加独立验证队列(GSE66360等) | NA | 单细胞RNA-seq,蛋白质组学 | NA | NA |
| 178 | 2025-11-16 |
Uterine NK Cell Polarization Associates with Chronic Endometritis and Predisposition to Recurrent Implantation Failure
2025, International journal of women's health
DOI:10.2147/IJWH.S554069
PMID:41230044
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据揭示了子宫自然杀伤细胞极化与慢性子宫内膜炎及复发性种植失败的关联机制 | 首次通过单细胞RNA测序识别出两种功能不同的uNK细胞亚型,并建立了基于uNK2/uNK3特征比值的诊断模型 | 需要在前瞻性临床队列和功能实验中进一步验证临床效用 | 探究子宫内膜免疫微环境中uNK细胞极化与生殖健康障碍的关联机制 | 子宫内膜免疫细胞,特别是子宫自然杀伤细胞亚型 | 单细胞基因组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 逻辑回归模型 | 基因表达数据 | 51例子宫内膜样本(18例CE患者和33例正常对照) | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 179 | 2025-11-16 |
Single-cell transcriptomics reveals the brain evolution of web-building spiders
2023-12, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-023-02238-y
PMID:37919396
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示结网蜘蛛大脑进化机制 | 首次构建结网蜘蛛大脑单细胞图谱,发现蘑菇体样神经元中正选择基因与学习记忆行为的关联 | 仅分析一种结网蜘蛛物种,未涵盖所有蜘蛛多样性 | 探究蜘蛛神经系统如何进化以适应结网捕食策略 | 结网蜘蛛(Hylyphantes graminicola)和两种原始穴居蜘蛛 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,基因组测序,基因富集分析,RNA干扰实验 | NA | 单细胞转录组数据,基因组数据 | 超过30,000个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq,全基因组测序 | NA | NA |
| 180 | 2025-11-16 |
Mouse gingival single-cell transcriptomic atlas identified a novel fibroblast subpopulation activated to guide oral barrier immunity in periodontitis
2023-11-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88183
PMID:38015204
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研究论文 | 通过小鼠牙龈单细胞转录组图谱发现新型成纤维细胞亚群在牙周炎中引导口腔屏障免疫 | 首次识别出AG成纤维细胞亚群及其与中性粒细胞、ILC3细胞形成的免疫轴机制 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明牙周炎中口腔屏障免疫异常启动机制 | 小鼠牙周炎模型的牙龈组织细胞 | 单细胞转录组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠牙周炎模型牙龈组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |