单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-09-20	Distinct immune microenvironment of venous tumor thrombus in hepatocellular carcinoma at single-cell resolution 2025-Sep-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001182 PMID:40833994	研究论文	本研究通过单细胞分辨率分析肝细胞癌中静脉瘤栓的免疫微环境特征	首次在单细胞水平揭示PVTT中C5aR+ TAMs的免疫抑制作用及其临床预后价值	NA	探索肝细胞癌门静脉瘤栓(PVTT)的免疫微环境特征	肝细胞癌患者的门静脉瘤栓、原发肿瘤和血液样本	肿瘤免疫学	肝细胞癌	飞行时间质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、多重荧光免疫组化染色	NA	单细胞数据、蛋白质表达数据、基因表达数据	NA
162	2025-09-20	Cancer subclone detection based on DNA copy number in single-cell and spatial omic sequencing data 2025-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02773-5 PMID:40954304	研究论文	提出一种基于DNA拷贝数变异的癌症亚克隆检测方法Clonalscope，适用于单细胞和空间组学数据	采用嵌套中式餐厅过程进行肿瘤亚克隆的从头识别，并可整合匹配的批量DNA测序数据先验信息	NA	检测癌症亚克隆以解析肿瘤异质性和空间分布	胃肠道肿瘤及其他原发/转移肿瘤的单细胞和空间转录组数据	计算生物学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ATAC-seq, 空间转录组学	nested Chinese Restaurant Process	基因组拷贝数数据, 空间转录组数据	多种原发和转移肿瘤样本（具体数量未明确说明）
163	2025-09-20	Spatial gene expression at single-cell resolution from histology using deep learning with GHIST 2025-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02795-z PMID:40954301	研究论文	提出一种基于深度学习的框架GHIST，从组织学图像预测单细胞分辨率空间基因表达	利用亚细胞空间转录组学和多层生物信息协同关系，实现单细胞分辨率预测	NA	开发低成本高精度的空间基因表达预测方法	组织学图像和空间转录组数据	数字病理学	癌症（多种类型）	空间转录组学，深度学习	深度学习框架	图像，基因表达数据	公共数据集和TCGA数据
164	2025-09-20	Spatial transcriptome analysis of the human eyelid depicts meibomian gland cell differentiation: A pilot study 2025-Sep, Physiological reports IF:2.2Q3 DOI:10.14814/phy2.70571 PMID:40969146	研究论文	利用空间转录组学分析人类眼睑，描绘睑板腺细胞分化过程	首次提供人类睑板腺转录组空间图谱，识别了MEI-B、MEI-DIFF和MEI-DUCT三种细胞簇并解析分化轨迹	样本量较小（主要基于一名60岁男性样本，辅以三名其他老年人验证），属于初步研究	解析睑板腺分泌睑脂的转录程序及细胞分化机制	人类眼睑组织（重点关注睑板腺）	空间转录组学	眼表疾病（与睑板腺功能相关）	空间转录组学(ST)、免疫组织化学、自组织映射(SOM)、伪时间分析	NA	空间转录组数据、图像数据	1名60岁男性（主要分析样本）+3名其他老年人（验证样本）
165	2025-09-20	Targeting the hsa_circ_0000253/miR-7/COL5A2 Axis: Unveiling CCT-018159's Role in Halting Osteosarcoma Progression 2025-Sep, Journal of biochemical and molecular toxicology IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jbt.70464 PMID:40970417	研究论文	本研究探讨了hsa_circ_0000253/miR-7/COL5A2轴在骨肉瘤进展中的调控作用及CCT-018159的治疗潜力	首次揭示hsa_circ_0000253/miR-7/COL5A2轴作为骨肉瘤恶性进展的关键驱动因素，并通过分子对接鉴定CCT-018159作为潜在治疗药物	需要进一步的体内验证和临床探索	研究骨肉瘤的分子调控机制和潜在治疗方法	骨肉瘤细胞	肿瘤生物学	骨肉瘤	差异表达分析、ceRNA网络分析、功能实验、单细胞转录组学、分子对接	NA	基因表达数据	未明确样本数量（骨肉瘤细胞研究）
166	2025-09-20	A comprehensive comparison on clustering methods for multi-slice spatially resolved transcriptomics data analysis 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf471 PMID:40966657	研究论文	对多切片空间转录组学数据的聚类方法进行全面比较研究	首次系统评估七种单切片和四种多切片聚类方法，并探讨预处理技术（如空间坐标对齐和批次效应去除）对聚类性能的影响	NA	比较不同聚类方法在多切片空间转录组数据分析中的性能	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学技术	聚类算法	基因表达空间数据	两个模拟数据集和四个真实数据集
167	2025-09-20	Exploring the Oral Microbiome: Understanding its Impact on the Development of Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-Aug-16, Current microbiology IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00284-025-04377-w PMID:40819017	综述	探讨口腔微生物组与口腔鳞状细胞癌（OSCC）之间的相互作用及其在癌症发生、发展和治疗中的潜在作用	强调微生物组通过慢性炎症、基因毒性效应和免疫调节等机制促进癌变，并指出基于微生物组的策略为早期诊断和个性化治疗提供新途径	NA	分析口腔微生物组对OSCC发展的影响及其临床转化潜力	口腔微生物组与口腔鳞状细胞癌的相互作用	微生物组学与肿瘤学交叉领域	口腔鳞状细胞癌	下一代测序（NGS）、单细胞测序	NA	微生物基因组数据	NA
168	2025-09-20	Comparing Xenium 5K and Visium HD data from identical tissue slide at a pathological perspective 2025-Jul-26, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03479-4 PMID:40713820	研究论文	从病理学角度比较同一组织切片上Xenium 5K和Visium HD空间转录组数据的性能差异	首次使用同一组织切片生成的公开肺数据集，结合详细病理标注进行两种高分辨率空间转录组技术的真实比较	研究基于特定肺数据集，结果可能受组织类型和样本特性影响	比较Visium-HD和Xenium原位两种空间转录组技术的优劣，为不同研究场景选择合适方法提供依据	肺组织样本的空间转录组数据	空间转录组学	肺癌	Visium-HD测序技术, Xenium原位成像技术	NA	空间转录组数据, 病理标注数据	公开可用的肺数据集（具体样本数量未明确说明）
169	2025-09-20	An Intrinsic-hoc Framework for Heterogeneous Cellular Senescence Elucidation Using Deep Graph Representation Learning and Experimental Validation 2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662364 PMID:40631080	研究论文	提出一种名为DeepSAS的框架，利用深度图表示学习从单细胞RNA-seq数据中解析衰老细胞的异质性及其相关基因	结合深度图表示学习与实验验证，首次构建内禀-hoc框架用于衰老细胞异质性解析，并在多数据集上展示优越性能	NA	解析衰老细胞的异质性并识别衰老相关基因，以增进对衰老及年龄相关疾病的理解	衰老细胞及其相关基因	机器学习	年龄相关疾病	单细胞RNA-seq, Xenium空间转录组学	深度图表示学习	基因表达数据	健康眼细胞图谱数据和内部特发性肺纤维化数据集
170	2025-09-20	MORPH Predicts the Single-Cell Outcome of Genetic Perturbations Across Conditions and Data Modalities 2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661992 PMID:40631143	研究论文	提出MORPH框架，用于预测遗传扰动在单细胞层面的跨条件和数据模态的结果	结合基于差异的变分自编码器和注意力机制，支持预测未见过的扰动、扰动组合及新细胞环境中的扰动	NA	建模细胞对遗传扰动的响应，支持跨数据类型的预测模型	单细胞转录组学和成像数据	计算生物学	NA	单细胞转录组学、成像技术	变分自编码器(VAE)、注意力机制	基因表达数据、图像数据	NA
171	2025-09-20	MuST: multiple-modality structure transformation for single-cell spatial transcriptomics 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf405 PMID:40874816	研究论文	提出一种名为MuST的多模态结构转换方法，用于整合单细胞空间转录组数据中的多模态信息	通过拓扑发现策略和拓扑融合损失函数解决多模态不一致性问题，有效缓解模态偏差现象	NA	解决空间转录组数据中的模态偏差问题，提升多模态数据整合效果	单细胞空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	深度学习	多模态数据（转录组、空间、形态学）	NA
172	2025-09-20	Identification and validation of mitochondrial ferroptosis and immune microenvironment-related hub biomarkers in liver cirrhosis by integrated bioinformatics analysis 2025 Jul-Sep, Science progress IF:2.6Q2 DOI:10.1177/00368504251380638 PMID:40966021	研究论文	通过整合生物信息学分析识别并验证与肝硬化的线粒体铁死亡和免疫微环境相关的关键生物标志物	首次结合线粒体铁死亡相关基因与免疫微环境分析，识别肝硬化中的关键生物标志物，并通过单细胞测序和实验验证	研究依赖于公共数据库的转录组数据，样本来源和临床信息可能存在异质性	寻找肝硬化诊断和治疗的可靠生物标志物	肝硬化患者	生物信息学	肝硬化	转录组测序、WGCNA、CIBERSORTx、LASSO回归、随机森林、单细胞测序、免疫组化	机器学习方法	基因表达数据	NA
173	2025-09-20	Single-cell transcriptome of retinal myeloid cells in response to transplantation of human neurons reveals reversibility of microglial activation 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.654622 PMID:40475635	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了视网膜移植后宿主髓系细胞的激活状态及其可逆性	首次使用单细胞RNA测序技术解析视网膜移植后微胶质细胞/巨噬细胞的异质性和双向激活轨迹，证明其激活过程具有可逆性	研究仅关注移植后3天时间点的细胞状态，未评估长期动态变化；样本量相对有限	探究视网膜神经元移植后宿主髓系细胞的激活机制和细胞异质性	小鼠视网膜中的微胶质细胞和巨噬细胞	数字病理学	视网膜疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 10X Genomics Chromium, FACS, RNA Velocity分析	NA	单细胞转录组数据	每个样本最多10,000个分选的GFP阳性髓系细胞，来自3-6月龄基因敲入小鼠
174	2025-09-20	eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis 2025-Mar-24, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0342OC PMID:40126452	研究论文	研究eNAMPT作为肺纤维化新型治疗靶点及其中和抗体ALT-100的疗效	首次证实eNAMPT是肺纤维化的关键DAMP分子，并验证其中和抗体可逆转病理过程	研究主要基于小鼠模型和人类样本关联分析，需进一步临床试验验证	探索eNAMPT在肺纤维化中的作用机制并评估其作为治疗靶点的潜力	特发性肺纤维化（IPF）患者样本和博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	呼吸系统疾病研究	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNAseq）、批量RNA测序、组织生化分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、组织病理数据	人类IPF患者血液/PBMCs/肺组织样本及小鼠模型样本
175	2025-09-20	Causal differential expression analysis under unmeasured confounders with causarray 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.635593 PMID:39975097	研究论文	介绍causarray，一种针对未测量混杂因素的双重稳健因果推断框架，用于分析阵列基因组数据	整合广义混杂调整方法和半参数推断，结合灵活机器学习技术，在异质数据中稳健分离处理效应与混杂因素	NA	解决观察性基因组数据中因选择偏差和未测量混杂因素导致的因果推断挑战	自闭症风险基因和阿尔茨海默病的单细胞基因组数据	基因组学	神经发育疾病和神经退行性疾病	单细胞测序，CRISPR，Perturb-seq，转录组分析	机器学习技术	基因组阵列数据，单细胞数据	多个小鼠和人类大脑数据集（具体数量未明确说明）
176	2025-09-20	Characterisation of macrophages in healthy and diseased livers in mice: identification of necrotic lesion-associated macrophages 2025, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2025-100189 PMID:40212045	研究论文	本研究通过多重免疫荧光染色和单细胞RNA测序技术，深入表征了小鼠健康与疾病肝脏中巨噬细胞的异质性、空间分布及其在坏死病变中的作用	识别了坏死病变相关巨噬细胞新亚群（如C1q+ MoMFs），并发现其表达促坏死病变消退的关键蛋白（如Ece1）	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本验证	解析肝脏巨噬细胞在健康状态和损伤修复过程中的功能与异质性	小鼠肝脏组织中的Kupffer细胞和单核来源巨噬细胞（MoMFs）	免疫学与病理学	肝脏疾病	多重免疫荧光染色、scRNA-seq、图像分析	NA	图像数据、基因表达数据	小鼠肝脏样本（健康及ConA诱导急/慢性损伤模型）
177	2025-09-20	DWI-based Biologically Interpretable Radiomic Nomogram for Predicting 1-year Biochemical Recurrence after Radical Prostatectomy: A Deep Learning, Multicenter Study 2025, Current medical imaging IF:1.1Q3 DOI:10.2174/0115734056403104250527045320 PMID:40511648	研究论文	本研究开发了一种基于扩散加权成像和深度学习的放射组学列线图，用于预测前列腺癌根治术后1年生化复发	首次结合深度学习提取的放射组学特征与临床参数构建预测模型，并探索放射组学评分与肿瘤微环境的关联	回顾性研究设计，样本量有限（n=349），需多中心前瞻性验证	预测前列腺癌根治术后1年生化复发风险并分析肿瘤微环境特征	接受根治性前列腺切除术的前列腺癌患者	数字病理	前列腺癌	扩散加权成像（DWI），单细胞RNA测序	3D U-Net，Cox比例风险回归	医学影像，临床数据	349例患者（多中心回顾性队列），4例前瞻性单细胞测序样本
178	2025-09-20	New insights into liver injury and regeneration from single-cell transcriptomics 2025, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2025-100202 PMID:40735115	综述	本文综述了单细胞转录组学在急性肝损伤和再生研究中的最新进展与应用	揭示了肝损伤修复界面中的胎儿样和迁移性肝细胞、不同激活状态的肝星状细胞以及区域特异性内皮细胞反应等新发现	NA	总结单细胞转录组学在肝脏研究中的平台、分析方法及其对急性肝损伤和再生机制的解析	肝脏细胞（包括肝细胞、肝星状细胞、内皮细胞和巨噬细胞等）	生物信息学	急性肝病	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
179	2025-09-20	Role of endothelial cell markers in prognosis of hepatocellular carcinoma: Integrating bioinformatics analysis and experimental validation 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0331580 PMID:40956822	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和实验验证，识别了肝细胞癌中内皮细胞特异性标志物并构建了预后多基因特征	在单细胞水平探索内皮细胞在肝细胞癌中的作用，并开发了基于五个基因的新型预后特征模型	样本量相对较小（12个HCC样本），需要更大规模的外部验证	识别肝细胞癌的内皮细胞特异性标志物并构建预后预测模型	肝细胞癌患者组织样本和公开数据库数据	生物信息学	肝细胞癌	scRNA-seq, Lasso-Cox回归分析, IHC, Western blotting	多基因特征模型	单细胞转录组数据、临床预后数据、蛋白质表达数据	12个HCC样本（scRNA-seq），TCGA和ICGC队列验证
180	2025-09-20	Molecular mechanism of LncRNA MALAT1 in regulating hepatocellular carcinoma progression via the miR-383-5p/PRKAG1 axis and its role in the tumor immune microenvironment 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1613596 PMID:40958861	研究论文	本研究揭示了LncRNA MALAT1通过miR-383-5p/PRKAG1轴调控肝细胞癌进展的分子机制及其在肿瘤免疫微环境中的作用	首次系统阐明MALAT1通过竞争性结合miR-383-5p上调PRKAG1表达的新机制，并发现PRKAG1通过调控免疫细胞浸润和细胞间通讯重塑肿瘤免疫微环境	研究主要基于生物信息学分析和细胞实验，缺乏体内动物模型验证和临床样本的深入验证	探究MALAT1-PRKAG1轴在肝细胞癌发病机制中的作用和临床意义	肝细胞癌组织和细胞系	肿瘤分子生物学	肝细胞癌	多组学分析、生物信息学分析(GEPIA2、TCGA)、细胞实验、单细胞RNA测序、CIBERSORT分析、GO/KEGG富集分析	NA	基因组数据、转录组数据、单细胞测序数据	TCGA数据库中的肝细胞癌样本和对应癌旁组织