单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-05-03	BTG2-deficient mast cells remodel the tumor and tumor-draining lymph node microenvironment leading to chemotherapy resistance in breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1562700 PMID:40313959	研究论文	探讨BTG2缺陷的肥大细胞如何重塑乳腺癌肿瘤及引流淋巴结微环境，导致化疗耐药	首次揭示低BTG2表达的肥大细胞通过调节免疫微环境和成纤维细胞分化促进乳腺癌化疗耐药的机制	样本量较小（仅4例患者），需进一步扩大验证	阐明乳腺癌化疗耐药的免疫微环境机制	乳腺癌患者肿瘤组织及转移性引流淋巴结	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	单细胞转录组数据	4例乳腺癌患者（化疗敏感/耐药各2例）
162	2025-05-03	Revisiting the role of cancer-associated fibroblasts in tumor microenvironment 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1582532 PMID:40313969	综述	本文深入探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肿瘤微环境中的作用及其研究挑战	提出了CAF研究的未来方向，并强调了改进CAF靶向治疗策略的必要性	CAF的异质性和功能多样性尚未完全理解，缺乏标准化的命名和生物标志物	理解CAFs如何影响药物抵抗和免疫反应，以开发更有效的癌症治疗方法	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	癌症	单细胞转录组学、抗体、mRNA探针	NA	NA	NA
163	2025-05-03	Perivascular RELMα-positive synovial macrophages recruit monocytes at the onset of inflammatory arthritis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567661 PMID:40313955	research paper	本文研究了在炎症性关节炎发病时，RELMα阳性滑膜巨噬细胞如何招募单核细胞	首次定位了RELMα阳性巨噬细胞在滑膜间质中的位置，并揭示了其在单核细胞招募中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探索炎症性关节炎发病时单核细胞招募的机制	RELMα阳性滑膜巨噬细胞和单核细胞	免疫学	类风湿性关节炎	scRNA-seq, 报告基因小鼠模型	抗原诱导关节炎小鼠模型	基因表达数据	NA
164	2025-05-03	Single-cell RNA sequencing reveals S100A8/A9hi neutrophils-induced endothelial cell death and lymphocyte infiltration after ischemic stroke 2024-12-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151023 PMID:39579533	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究缺血性中风后中性粒细胞、内皮细胞和T细胞的转录变化及其对血脑屏障破坏的影响	揭示了S100A8/A9高表达中性粒细胞诱导的内皮细胞死亡和淋巴细胞浸润的新机制，并发现S100A8/A9抑制剂paquinimod具有神经保护作用	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的功能验证	探究缺血性中风后免疫细胞与血脑屏障之间的相互作用机制	中性粒细胞、内皮细胞和T细胞	生物医学	缺血性中风	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
165	2025-05-03	Revealing the roles of IL-7R in abdominal aortic aneurysm through integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq 2024-12-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151042 PMID:39586133	研究论文	通过整合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq分析，揭示IL-7R在腹主动脉瘤中的作用	首次通过整合单细胞和批量RNA-seq数据，发现IL-7R在腹主动脉瘤中的关键作用及其通过JAK/STAT通路促进IFN-γ分泌的机制	研究主要基于公共数据库数据，缺乏临床样本验证	探索腹主动脉瘤的发病机制及潜在治疗靶点	腹主动脉瘤组织中的基因表达及免疫细胞	生物信息学	心血管疾病	批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫荧光染色	NA	RNA-seq数据, 单细胞数据	三个批量RNA-seq数据集及单细胞RNA-seq数据
166	2025-05-03	Explainable deep neural networks for predicting sample phenotypes from single-cell transcriptomics 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae673 PMID:39814561	研究论文	开发了一个名为singleDeep的端到端流程，用于通过训练深度神经网络分析和分类单细胞RNA测序数据，以预测样本表型	提出了singleDeep，一个针对单细胞RNA测序数据优化的新型分类算法，能够提供样本表型的稳健预测和特征描述，并在诊断性能上优于传统机器学习方法和替代单细胞方法	未明确提及具体局限性，但暗示现有单细胞分析方法在可用性方面存在不足	开发适用于单细胞RNA测序数据的分类算法，用于精准医学应用中的样本表型预测	单细胞RNA测序数据	机器学习	系统性红斑狼疮, 阿尔茨海默病, 新冠肺炎	scRNA-Seq	深度神经网络	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多种疾病条件下的数据集
167	2025-05-03	scGO: interpretable deep neural network for cell status annotation and disease diagnosis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf018 PMID:39820437	research paper	介绍了一种名为scGO的深度学习框架，用于单细胞RNA测序数据的可解释性细胞状态注释和疾病诊断	scGO利用稀疏神经网络和基因本体论（GO）的内在生物学关系，提高了可解释性并降低了计算成本	未明确提及具体局限性	开发一种可解释的深度学习模型，用于细胞状态注释和疾病诊断	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	deep neural network	RNA sequencing data	多种scRNA-seq数据集
168	2025-05-03	BIOTIC: a Bayesian framework to integrate single-cell multi-omics for transcription factor activity inference and improve identity characterization of cells 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf013 PMID:39833103	研究论文	介绍了一种名为BIOTIC的贝叶斯框架，用于整合单细胞多组学数据以推断转录因子活性并改善细胞身份表征	BIOTIC是首个基于生物机制的框架，利用单细胞多组学数据建模基因表达过程，并通过变分推断定义转录因子的调控活性	未明确提及具体局限性，但模型结构可适应更多生物因素的加入，暗示当前版本可能未涵盖所有相关因素	在基因调控水平上推断转录因子活性并阐明细胞身份状态，以更深入理解转录因子与基因表达之间的复杂相互作用	单细胞多组学数据，转录因子活性，细胞身份表征	生物信息学	NA	单细胞多组学测序，单细胞转录组测序	贝叶斯模型，变分推断	单细胞多组学数据	NA
169	2025-05-03	FIND-seq: high-throughput nucleic acid cytometry for rare single-cell transcriptomics 2024-Nov, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01021-y PMID:39039320	research paper	介绍了一种名为FIND-seq的高通量核酸细胞计数技术，用于罕见单细胞转录组学研究	开发了基于RNA或DNA标记的核酸细胞计数平台FIND-seq，能够分离罕见细胞并进行转录组分析	需要具备微流体、光学和分子生物学知识	提供实验方法以访问细胞图谱中发现的细胞亚群，以及那些无法通过其他方法分离的细胞	罕见细胞，包括感染病原体的细胞、具有特定DNA突变或独特转录或剪接特征的细胞	digital pathology	HIV	FIND-seq, 单细胞转录组测序	NA	RNA或DNA序列数据	NA
170	2025-05-03	Tracking Rare Single Donor and Recipient Immune and Leukemia Cells after Allogeneic Hematopoietic Cell Transplantation Using Mitochondrial DNA Mutations 2024-Nov-01, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-23-0138 PMID:39236287	研究论文	该研究利用线粒体DNA突变追踪异基因造血干细胞移植后供体和受体的免疫及白血病细胞，为移植后监测提供了新方法	首次将线粒体DNA突变与单细胞表型分析相结合，实现0.1%-1%频率的供受体细胞同步追踪和表型鉴定	当前通量限制需要未来单细胞测序技术的进一步发展	开发移植后白血病复发监测的新方法	异基因造血干细胞移植后的供受体细胞及白血病细胞	单细胞测序技术	白血病	ASAP-seq（单细胞染色质可及性测序）	NA	单细胞多组学数据（DNA突变+表观遗传+表面标记）	未明确样本量（聚焦技术验证）
171	2025-05-03	Small Molecule Hydrogels Loading Small Molecule Drugs from Chinese Medicine for the Enhanced Treatment of Traumatic Brain Injury 2024-10-22, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c09097 PMID:39383335	研究论文	该研究开发了一种负载中药小分子药物的小分子水凝胶（GBR-gel），用于增强创伤性脑损伤（TBI）的治疗效果	GBR-gel无需额外药物负载或无活性成分，在生理条件下即可自组装，具有制备简便、成本效益高和生物相容性高等优势	研究未提及GBR-gel在长期使用中的潜在副作用或大规模生产的可行性	开发一种新型小分子水凝胶药物递送系统，用于创伤性脑损伤的及时干预	创伤性脑损伤（TBI）	生物医学工程	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	实验数据	未明确说明样本数量
172	2025-05-03	Characterization of the responses of brain macrophages to focused ultrasound-mediated blood-brain barrier opening 2024-May, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-023-01107-0 PMID:37857722	研究论文	研究聚焦超声介导的血脑屏障开放对脑巨噬细胞反应的影响	首次使用单细胞测序技术详细描述了小胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞对聚焦超声介导的血脑屏障开放的不同反应	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索聚焦超声开放血脑屏障对脑巨噬细胞的影响及其在神经退行性疾病治疗中的潜在应用	小鼠的小胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞	神经免疫学	神经退行性疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
173	2025-05-03	Role of macrophages in regression of myocardial fibrosis following alleviation of left ventricular pressure overload 2024-05-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology DOI:10.1152/ajpheart.00240.2023 PMID:38363214	research paper	该研究探讨了巨噬细胞在左心室压力超负荷缓解后心肌纤维化消退中的作用	首次揭示了巨噬细胞在压力超负荷缓解后对胶原降解和间质纤维化部分消退的潜在益处	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	确定心肌巨噬细胞表型在压力超负荷和缓解后的时间变化，以及巨噬细胞耗竭是否改变胶原降解	小鼠心肌巨噬细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	免疫组织化学、流式细胞术、RT-PCR、免疫印迹、单细胞测序分析	小鼠横向主动脉缩窄(TAC)模型	基因表达数据、蛋白质数据	控制组(非TAC)、2周和4周TAC组、2周、4周和6周unTAC组小鼠
174	2025-05-03	Loss of function of male-specific lethal 3 (Msl3) does not affect spermatogenesis in rodents 2024-May, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.669 PMID:37847071	research paper	该研究探讨了雄性特异性致死3（Msl3）在啮齿动物精子发生中的作用	研究发现Msl3在小鼠中的表达时间与果蝇和灵长类不同，且其功能丧失不影响啮齿动物的减数分裂进入	研究仅针对啮齿动物，未涉及其他哺乳动物或人类	探究Msl3在哺乳动物减数分裂进入中的作用	小鼠精子发生过程	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq，条件性敲除小鼠模型	Stra8-iCre驱动的条件性敲除小鼠	基因表达数据	条件性敲除小鼠模型
175	2025-05-03	Notch ligands are biomarkers of anti-TNF response in RA patients 2024-May, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-023-09897-2 PMID:37796367	research paper	研究Notch配体在类风湿性关节炎(RA)患者中对抗TNF治疗反应的生物标志物作用	发现RA中的Notch配体（如JAG1、DLL4）可作为抗TNF治疗反应的生物标志物，并揭示其在RA滑膜组织细胞中的表达调控机制	研究主要关注Notch配体在RA中的表达变化，未涉及其他潜在生物标志物或治疗靶点	探讨Notch通路在RA发病机制中的作用及其作为治疗反应标志物的潜力	类风湿性关节炎患者的滑膜组织细胞（包括巨噬细胞、成纤维样滑膜细胞和内皮细胞）	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、形态学研究	NA	转录组数据、形态学数据	未明确说明样本数量，但涉及RA患者的滑膜组织细胞
176	2025-05-03	SOCS3 regulates pathological retinal angiogenesis through modulating SPP1 expression in microglia and macrophages 2024-May-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.03.025 PMID:38504518	research paper	该研究揭示了SOCS3通过调节小胶质细胞和巨噬细胞中SPP1的表达在病理性视网膜血管生成中的关键作用	首次发现SOCS3/STAT3/SPP1轴在病理性视网膜血管生成中的调控机制，并证明药物激活SOCS3或阻断SPP1可显著减少病理性新生血管形成	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探究免疫系统与血管变化在眼部新生血管形成中的细胞和分子机制	小胶质细胞和巨噬细胞	分子生物学	视网膜病变	单细胞RNA测序	血管生成小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量（使用小鼠模型）
177	2025-05-03	Macrophages in necrotic liver lesion repair: opportunities for therapeutical applications 2024-05-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00053.2024 PMID:38618702	综述	本文讨论了肝脏巨噬细胞在坏死性肝脏病变修复中的作用及其潜在的治疗应用	通过更特异的巨噬细胞标记物、靶向细胞耗竭和单细胞RNA测序，揭示了单核细胞来源巨噬细胞在肝脏损伤和修复中的不同功能亚群	未明确区分驻留巨噬细胞和浸润巨噬细胞的功能差异	探讨肝脏巨噬细胞在坏死性肝脏病变修复中的作用及其治疗潜力	肝脏巨噬细胞（包括Kupffer细胞和单核细胞来源巨噬细胞）	肝脏病理学	急性肝衰竭和慢加急性肝衰竭	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
178	2025-05-03	Single-Cell RNA Sequencing Identifies Response of Renal Lymphatic Endothelial Cells to Acute Kidney Injury 2024-May-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000325 PMID:38506705	research paper	利用单细胞RNA测序技术研究小鼠肾脏淋巴管内皮细胞在急性肾损伤中的反应	首次描述了肾脏淋巴管内皮细胞的异质性，并揭示了其在急性肾损伤中调节局部免疫反应的分子途径	研究仅基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索淋巴管内皮细胞在急性肾损伤中的免疫调节作用	小鼠肾脏淋巴管内皮细胞	生物医学	急性肾损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠肾脏淋巴管内皮细胞样本
179	2025-05-03	Spatiotemporal Evolution of Developing Palate in Mice 2024-05, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241232317 PMID:38619065	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间增强分辨率组学测序技术，构建了小鼠腭部发育过程中的时空转录图谱，揭示了腭部细胞亚群的分布和功能	整合scRNA-seq和stereo-seq技术，首次在单细胞分辨率下解析了小鼠腭部发育的时空转录组特征，并鉴定了关键细胞亚群及其信号网络	研究仅针对C57BL/6J小鼠的特定胚胎阶段，人类腭部发育可能存在差异	探究腭部发育过程中的细胞群体组成及其功能机制	C57BL/6J小鼠胚胎12.5、14.5和16.5天的腭部组织	发育生物学	腭裂	scRNA-seq, stereo-seq, CellTrek	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	三个发育时间点(E12.5、E14.5、E16.5)的小鼠腭部样本
180	2025-05-03	Interleukin 21 Drives a Hypermetabolic State and CD4+ T-Cell-Associated Pathogenicity in Chronic Intestinal Inflammation 2024-05, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.01.026 PMID:38266738	research paper	该研究探讨了白细胞介素21（IL21）在调节性T细胞（Tregs）代谢状态中的作用及其在慢性肠道炎症中的致病机制	揭示了IL21通过影响线粒体-内质网接触及糖原合成酶激酶3β的功能，驱动Tregs进入高代谢状态并增强其炎症反应的新机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类临床应用的转化仍需进一步验证	阐明Tregs代谢重编程在肠道炎症中的分子机制	人类调节性T细胞和小鼠结肠炎模型	免疫学	炎症性肠病（克罗恩病）	电子显微镜、共聚焦成像、邻近连接实验、免疫印迹、质谱流式细胞术、荧光激活细胞分选、代谢组学、基因表达分析、Seahorse XF实时代谢分析仪、单细胞RNA测序	CD4+ T细胞诱导的小鼠结肠炎模型	分子生物学数据、细胞影像数据、基因表达数据	人类Tregs样本和小鼠模型（具体数量未明确说明）