单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31622 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-09-30 |
cp_measure: API-first feature extraction for image-based profiling workflows
2025-Jul-01, ArXiv
PMID:41019218
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研究论文 | 介绍cp_measure这一Python库，将CellProfiler的核心测量功能模块化为API优先的工具，用于程序化特征提取 | 将CellProfiler的特征提取能力转化为模块化API优先工具，实现与Python生态系统的无缝集成 | NA | 开发适用于机器学习工作流的自动化、可重复图像分析工具 | 生物图像中的细胞特征 | 计算生物学 | NA | 图像分析、特征提取 | NA | 图像 | NA |
| 162 | 2025-09-30 |
The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia
2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.16.647417
PMID:40568142
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研究论文 | 本研究揭示了前庭毛细胞动纤毛具有初级纤毛和运动纤毛的双重分子特征 | 首次发现前庭动纤毛同时具备初级纤毛和运动纤毛的分子特征，并证实其具有自主运动能力 | NA | 阐明前庭动纤毛的结构、分子组成和功能特性 | 前庭毛细胞和耳蜗毛细胞 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序、免疫染色、活体成像 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 成年前庭和耳蜗毛细胞、斑马鱼和人类前庭毛细胞、牛蛙和小鼠壶腹嵴毛细胞 |
| 163 | 2025-09-30 |
Longitudinal single cell RNA-sequencing reveals evolution of micro- and macro-states in chronic myeloid leukemia
2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.14.653262
PMID:40661452
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研究论文 | 通过纵向单细胞RNA测序研究慢性髓系白血病中微观和宏观状态的演化过程 | 建立理论框架解释离散疾病表型为何在单细胞尺度隐藏而在聚合宏观水平显现，并利用状态转换理论揭示细胞类型特异性贡献如何调控疾病表型状态转换 | NA | 探索单细胞与批量转录组学中编码的癌症特异性信息内容，解析离散疾病定义状态如何从固有噪声的单细胞数据中产生 | 慢性髓系白血病（CML）进展过程 | 单细胞测序分析 | 慢性髓系白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 状态转换理论 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 164 | 2025-09-30 |
Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.04.652093
PMID:40654944
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研究论文 | 通过时空图谱分析揭示热量限制对哺乳动物大脑衰老的影响机制 | 首次整合单核基因组学和空间转录组学技术，在细胞类型和脑区特异性分辨率下系统解析热量限制的抗衰老机制 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证；样本量相对有限（36个小鼠大脑） | 阐明热量限制对大脑衰老的分子和细胞机制 | 小鼠大脑组织 | 基因组学 | 神经退行性疾病 | 单核基因组学、空间转录组学 | NA | 基因组数据、空间转录组数据 | 36个小鼠大脑（超过50万个细胞）和12个脑切片 |
| 165 | 2025-09-30 |
p63 co-opts the skin Krt8-to-Krt5 transition for enamel organ development
2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.11.637463
PMID:39990386
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了p63在釉质器官发育中调控Krt8向Krt5过渡的机制 | 首次发现p63在釉质器官发育中借用皮肤发育的Krt8-to-Krt5过渡机制，通过染色质景观重塑调控细胞分化 | 研究仅基于小鼠切牙模型，早期p63敲除小鼠的发育停滞限制了对其完整功能的解析 | 阐明p63在釉质器官细胞类型分化中的具体作用机制 | 小鼠切牙釉质器官上皮细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序、轨迹重建、比较转录组分析、染色质可及性分析 | NA | 单细胞转录组数据、染色质可及性数据 | 小鼠切牙样本 |
| 166 | 2025-09-30 |
3D spatial transcriptomics reveals the molecular structure of input and output pathways in the mouse olfactory bulb
2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.639192
PMID:40060607
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研究论文 | 利用3D空间转录组学技术重建小鼠嗅球的解剖和分子组织结构 | 首次提供嗅球的全面分子图谱，揭示嗅觉上皮基因表达程序如何指导嗅球分子结构的形成 | 研究仅限于小鼠模型，未验证其他物种的适用性 | 探索脊椎大脑对称性组织原则在分子和细胞水平的具体表现 | 小鼠嗅球及其中的肾小球、僧帽细胞和颗粒细胞 | 空间转录组学 | NA | 3D空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 近一千个分子特征不同的肾小球结构 |
| 167 | 2025-09-30 |
Mucosal tissue NK cells tune their function between optimal anti-pathogen activity and tissue protection
2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.04.647286
PMID:40291684
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研究论文 | 本研究揭示了阴道黏膜组织中NK细胞在抗病原体反应和组织保护之间的平衡功能 | 首次发现阴道组织NK细胞具有独特的效应和组织保护双重功能，并在稳态和感染状态下表现出不同的功能特征 | NA | 探索黏膜组织NK细胞在病原体防御和组织保护中的平衡机制 | 人类和小鼠阴道组织中的NK细胞 | 免疫学 | 疱疹病毒感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、高参数流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 人类阴道组织样本和小鼠模型 |
| 168 | 2025-09-30 |
Multi-omics analysis of parthanatos related molecular subgroup and prognostic model development in stomach adenocarcinoma
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0332988
PMID:41004487
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研究论文 | 通过多组学分析揭示胃腺癌中parthanatos相关分子亚型并开发预后模型 | 首次系统研究parthanatos相关基因在胃腺癌中的作用，发现新的分子亚型并建立基于机器学习的预后标志物 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 探索parthanatos相关基因在胃腺癌中的分子特征和临床意义 | 胃腺癌患者和细胞系 | 生物信息学 | 胃腺癌 | 多组学分析、转录组测序、单细胞RNA测序、Western blot、集落形成、CCK-8、Transwell实验 | 机器学习算法 | 转录组数据、基因组数据、临床数据 | 公共数据库中的胃腺癌样本（具体数量未明确说明） |
| 169 | 2025-09-30 |
Integration of Single-Cell RNA and Bulk RNA Sequencing Reveals Cellular Heterogeneity and Identifies Survival-Associated Regulatory Networks in Glioblastoma
2025 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.70025
PMID:40804738
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示胶质母细胞瘤的细胞异质性并识别与生存相关的调控网络 | 首次结合单细胞和批量转录组数据识别生存相关细胞状态，发现由超级增强子调控的基因网络可预测患者生存和免疫治疗反应 | NA | 探索胶质母细胞瘤中细胞异质性和超级增强子驱动调控网络的临床意义 | 胶质母细胞瘤患者样本 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序, CellChat分析, Scissor算法, WGCNA分析 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 170 | 2025-09-30 |
Integrative Analysis of TLS-Associated Gene Signatures, Immune Infiltration and Drug Sensitivity in Pancreatic Cancer
2025 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.70038
PMID:41016829
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研究论文 | 通过整合分析三级淋巴结构相关基因特征、免疫浸润和药物敏感性，探索胰腺癌个性化治疗策略 | 首次系统分析9个TLS相关基因在胰腺癌中的综合作用，结合TMB提升生存预测，并验证关键基因对化疗药物敏感性的调控作用 | 研究样本量有限，仅通过两种细胞系进行验证，需要更大规模的临床验证 | 开发胰腺癌个性化治疗策略，探索TLS作为生物标志物的潜力 | 胰腺腺癌患者和Mia PaCa2、Jurkat细胞系 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、实时荧光定量PCR、生物信息学分析 | NA | 基因表达数据、临床数据、药物敏感性数据 | 未明确具体样本数量，包含胰腺癌患者数据和两种细胞系验证 |
| 171 | 2025-09-30 |
Function value of basement membrane-related genes in odontogenic keratocyst by bioinformatics analysis
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1658125
PMID:41018070
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研究论文 | 通过生物信息学分析基底膜相关基因在牙源性角化囊肿中的功能价值 | 首次通过整合转录组数据和单细胞RNA测序确定SPARC是牙源性角化囊肿的关键枢纽基因，并揭示其在基质成纤维细胞中的特异性过表达 | 样本量较小（12个OKC和4个正常样本），需要更大规模研究验证 | 探讨基底膜相关基因在牙源性角化囊肿发病机制中的作用 | 牙源性角化囊肿组织和正常口腔黏膜组织 | 生物信息学 | 牙源性角化囊肿 | 转录组分析、单细胞RNA测序、免疫组织化学、免疫荧光 | 蛋白-蛋白相互作用网络、基因集富集分析 | 基因表达数据 | 12个非综合征性OKC样本和4个正常口腔黏膜样本 |
| 172 | 2025-09-30 |
GADD45G as a novel prognostic biomarker and therapeutic target in glioma: integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1608710
PMID:41018072
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研究论文 | 本研究通过整合分析批量与单细胞RNA测序数据，揭示GADD45G作为胶质瘤新型预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 首次在胶质瘤中系统研究GADD45G的预后价值，并通过单细胞RNA测序揭示其在胶质母细胞瘤细胞亚群中的表达模式 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证GADD45G的具体作用机制 | 探索GADD45G在胶质瘤中的预后价值和治疗潜力 | 胶质瘤患者样本和胶质瘤细胞系 | 生物信息学 | 胶质瘤 | RNA测序、单细胞RNA测序、Western blot | Cox回归模型、Kaplan-Meier生存分析 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 整合TCGA、TARGET、GTEx、CGGA和GEO等多个数据库的胶质瘤样本数据 |
| 173 | 2025-09-30 |
Single-cell RNA profiling of colorectal granular-type laterally spreading tumor uncovers progression trajectory toward carcinoma and transcriptional signatures favoring lateral morphogenesis
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1552841
PMID:41018078
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究结直肠颗粒型侧向发育型肿瘤的转录特征及其向癌变的进展轨迹 | 首次在单细胞水平揭示LST-Gs的化生分化细胞群体及其与肿瘤进展的关联，发现Arp2/3复合物在高度分化细胞中的显著上调 | 未明确说明样本规模和具体技术限制 | 探究结直肠颗粒型侧向发育型肿瘤的形态发生机制和向癌变的进化轨迹 | 结直肠颗粒型侧向发育型肿瘤、突起型腺瘤和正常黏膜组织 | 单细胞转录组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 174 | 2025-09-30 |
Predicting the prognosis of hepatocellular carcinoma based on genes related to polyamine metabolism
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19985
PMID:41018906
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研究论文 | 基于多胺代谢相关基因构建肝细胞癌预后预测模型 | 首次基于多胺代谢相关基因对肝细胞癌进行分子分型，并鉴定出四个关键生物标志物基因 | 研究主要基于公共数据库数据，需要更多临床样本验证 | 开发肝细胞癌预后预测模型并探索潜在治疗靶点 | 肝细胞癌患者和HuH-7细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, scRNA-seq, CCK8, 伤口愈合实验, Transwell实验 | Cox回归, Lasso回归, 列线图 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 公共数据库中的肝细胞癌样本和HuH-7细胞系 |
| 175 | 2025-09-30 |
Characterization of cancer-related fibroblasts in bladder cancer and construction of CAFs-based bladder cancer classification: insights from single-cell and multi-omics analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1580986
PMID:41019085
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研究论文 | 通过单细胞和多组学分析表征膀胱癌中癌症相关成纤维细胞并构建基于CAFs的膀胱癌分型 | 首次系统鉴定膀胱癌中10种不同的CAF亚群，并建立基于pCAFs的四种膀胱癌分子亚型分类系统 | 样本量相对有限，需要进一步实验验证各亚型靶向治疗的临床效果 | 解析膀胱癌肿瘤微环境中CAFs的异质性及其对疾病进展的影响 | 膀胱癌患者组织样本中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq)、多组学分析 | 机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 未明确具体样本数量，但包含多个膀胱癌数据集 |
| 176 | 2025-09-30 |
PLK2 as a key regulator of glycolysis and immune dysregulation in polycystic ovary syndrome
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1610713
PMID:41019094
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研究论文 | 本研究揭示了PLK2作为多囊卵巢综合征中糖酵解和免疫失调的关键调控因子 | 首次通过单细胞RNA测序分析发现卵巢基质内皮细胞在PCOS中具有最高糖酵解活性，并鉴定PLK2为内皮细胞糖酵解的核心调控基因 | 研究主要基于动物模型和生物信息学分析，需要在人类样本中进行进一步验证 | 探讨多囊卵巢综合征中卵巢基质细胞糖酵解失调的分子机制 | 多囊卵巢综合征患者和DHEA诱导的PCOS大鼠模型 | 生物信息学 | 多囊卵巢综合征 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、CIBERSORT、ESTIMATE、ssGSEA算法 | DHEA诱导的PCOS大鼠模型 | RNA测序数据 | 三个独立的bulk RNA-seq数据集和单细胞RNA测序数据 |
| 177 | 2025-09-30 |
A splicing-based multitissue association study of joint transcriptomes identified susceptibility genes for osteoarthritis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1590008
PMID:41019096
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研究论文 | 本研究通过跨组织和单组织转录组关联分析结合单细胞测序技术，识别并验证了骨关节炎的易感基因LTBP1 | 首次整合跨组织/单组织TWAS分析与单细胞测序数据，系统揭示LTBP1在软骨细胞分化及信号通路调控中的动态作用 | 未明确说明样本规模及具体验证实验设计 | 探索骨关节炎的遗传基础并识别关键易感基因 | 骨关节炎相关基因表达数据和软骨细胞亚型 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 转录组关联分析(TWAS)、单细胞测序、UTMOST、FUSION、MAGMA方法 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | NA |
| 178 | 2025-09-30 |
Spatial and single-cell transcriptomics capture two distinct cell states in soybean defense response to Phakopsora pachyrhizi infection
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1637176
PMID:41019740
|
研究论文 | 本研究通过空间和单细胞转录组技术揭示大豆对锈病感染的两种不同细胞状态及其空间分布模式 | 首次结合空间转录组和单核转录组技术揭示植物免疫反应的空间协调性，发现感染区域与周边区域存在不同的防御反应状态 | 仅针对大豆-锈病互作系统进行研究，未验证其他植物-病原体系统 | 解析植物对病原体感染的免疫反应空间协调机制 | 大豆植物及其对亚洲大豆锈病病原体(Phakopsora pachyrhizi)的免疫反应 | 植物免疫学 | 植物病害 | 空间转录组学、单核RNA测序、基因共表达网络分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 179 | 2025-09-30 |
Dissecting and validation the biomarker of heart failure progression in patients with atherosclerosis by single-cell sequencing, bioinformatics, and machine learning
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1587274
PMID:41019764
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和转录组数据，结合机器学习方法鉴定出CD48作为动脉粥样硬化向心力衰竭进展的早期生物标志物 | 首次通过整合单细胞测序、转录组数据和多种机器学习算法系统筛选动脉粥样硬化向心力衰竭进展的生物标志物 | 研究基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证CD48的生物学功能 | 识别动脉粥样硬化向心力衰竭进展的早期生物标志物并探索潜在机制 | 动脉粥样硬化患者和心力衰竭患者 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、转录组测序、WGCNA、差异表达分析、机器学习 | LASSO、随机森林、SVM-RFE | 基因表达数据 | 使用多个GEO数据集（GSE28829、GSE57345、GSE53274、GSE5406、GSE59867）和人类细胞图谱平台数据 |
| 180 | 2025-09-30 |
Insights gained from single-cell analysis of chimeric antigen receptor T-cell immunotherapy in cancer
2023-11-08, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-023-00486-4
PMID:37941075
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综述 | 本文综述了单细胞分析在嵌合抗原受体T细胞免疫治疗中的应用进展 | 系统总结了单细胞测序技术如何优化CAR-T细胞受体设计、指导T细胞基因修饰和改进制造工艺 | NA | 探讨CAR-T免疫治疗在临床实践中失败的原因及单细胞分析技术的应用价值 | 嵌合抗原受体T细胞免疫治疗 | 免疫治疗 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞数据 | NA |