单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-05-11	Leveraging transcriptome-wide association studies identifies the relationship between upper respiratory flora and cell type-specific gene expression in severe respiratory disease 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322864 PMID:40343915	研究论文	本研究通过转录组范围关联研究（TWAS）探讨了上呼吸道菌群与严重流感样疾病（ILI）中免疫细胞特异性基因表达的关系	首次整合GWAS、scRNA-seq数据和TWAS方法，揭示了上呼吸道菌群通过调节免疫细胞功能影响ILI进展的分子机制	样本量相对有限（1195例GWAS数据），且仅关注了严重ILI患者	阐明上呼吸道菌群如何通过调节免疫细胞功能影响ILI疾病进展	上呼吸道菌群与免疫细胞的相互作用	生物信息学	呼吸道疾病	GWAS、scRNA-seq、TWAS、LDSC、MAGMA、scDRS、FUSION	表达数量性状位点模型	基因组数据、单细胞转录组数据	1195例严重ILI相关的GWAS数据
162	2025-05-11	scRNA-seq and scATAC-seq analyses highlight the role of TNF signaling pathway in chronic obstructive pulmonary disease model mice 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322538 PMID:40343927	研究论文	通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序分析，研究TNF信号通路在慢性阻塞性肺疾病模型小鼠中的作用	首次结合scRNA-seq和scATAC-seq技术，揭示了TNF信号通路在COPD模型小鼠中的重要作用	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类需要进一步验证	探究TNF信号通路在慢性阻塞性肺疾病发病机制中的作用	C57BL/6小鼠的肺组织样本	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	COPD小鼠模型	单细胞测序数据	未明确说明样本数量
163	2025-05-11	Multi-omics analyses and machine learning prediction of oviductal responses in the presence of gametes and embryos 2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598905 PMID:38915688	研究论文	通过多组学分析和机器学习预测，研究输卵管在配子和胚胎存在下的适应性反应	结合bulk RNA-seq、scRNA-seq和蛋白质组学数据，开发了一种基于transformer的新型机器学习模型，整合转录组学和蛋白质组学数据预测转录因子对蛋白质丰度的影响	研究主要基于小鼠模型，与人类输卵管炎症反应的比较数据有限	阐明输卵管与配子/胚胎之间的适应性相互作用机制	小鼠输卵管组织及输卵管液	生物信息学	NA	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 蛋白质组学	transformer	RNA-seq数据, 蛋白质组数据	不同交配后时间点(0.5/1.5/2.5 dpc)的小鼠远端和近端输卵管组织
164	2025-05-11	MCAM is a prognostic biomarker in patients with liver cirrhosis and HCC 2024-Oct-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000532 PMID:39992088	研究论文	本研究探讨了黑色素瘤细胞粘附分子（MCAM）在慢性肝病、肝硬化和肝细胞癌（HCC）患者中的表达，并评估了可溶性MCAM（sMCAM）作为预后血液生物标志物的潜力	首次提出sMCAM作为肝硬化和HCC的预后血液生物标志物，并证明其诊断性能与现有标志物相当	样本量相对较小，尤其是健康对照组仅有8例	评估sMCAM作为肝硬化和HCC预后血液生物标志物的潜力	慢性肝病、肝硬化和HCC患者	生物标志物研究	肝硬化和肝细胞癌（HCC）	单细胞RNA测序和免疫组织化学分析	NA	转录组数据和血浆样本	健康对照组8例，慢性肝病患者66例，肝硬化患者236例，HCC患者72例
165	2025-05-11	Modulation of blood-tumor barrier transcriptional programs improves intra-tumoral drug delivery and potentiates chemotherapy in GBM 2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.26.609797 PMID:39253453	研究论文	本研究通过调节血肿瘤屏障的转录程序，改善了药物在胶质母细胞瘤中的递送并增强了化疗效果	发现了一个与血肿瘤屏障相关的12基因特征，并确认了CDH5在这一过程中的核心作用，以及BIA作为血肿瘤屏障调节剂的双功能特性	研究主要基于小鼠模型和患者来源的异种移植模型，尚未在人体临床试验中验证	提高胶质母细胞瘤化疗药物的递送效率	胶质母细胞瘤的血肿瘤屏障	肿瘤学	胶质母细胞瘤	空间转录组学	小鼠模型和患者来源的异种移植模型	基因表达数据	患者来源的胶质母细胞瘤标本和小鼠模型
166	2025-05-11	Single-cell analysis identifies distinct CD4+ T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity-related asthma 2024-Aug-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.13.607447 PMID:39211259	研究论文	通过单细胞分析鉴定了与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+ T细胞亚型	首次在肥胖相关哮喘中识别出具有CDC42上调的CD4+ T细胞亚型及其与类固醇抵抗的关联	研究未涉及这些T细胞亚型如何具体导致类固醇抵抗的机制	探究儿童肥胖相关哮喘中CD4+ T细胞的异质性及其病理作用	肥胖相关哮喘患儿的CD4+ T细胞	免疫学	哮喘	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	肥胖哮喘、单纯肥胖和健康体重对照组的CD4+ T细胞样本
167	2025-05-11	Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles 2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.19.563173 PMID:37905060	research paper	开发了一个名为Icebear的神经网络框架，用于跨物种预测和比较单细胞转录组图谱	Icebear能够将单细胞测量分解为细胞身份、物种和批次因子，实现跨物种单细胞基因表达谱的准确预测	未明确提及具体的技术或应用限制	理解进化过程中的调控变化并将模型生物的知识转移到人类	单细胞RNA测序（scRNA-seq）图谱	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	神经网络	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
168	2025-05-11	Phylogeny and species delimitation of ciliates in the genus Spirostomum (Class, Heterotrichea) using single-cell transcriptomes 2024-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.29.596006 PMID:38854132	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术对Spirostomum属的纤毛虫进行系统发育和物种界定分析	首次利用单细胞转录组数据和基于串联和溯祖的方法进行物种树推断和界定，揭示了该属中至少存在九个隐存种	样本主要来自韩国和美国，可能无法完全代表该属的全球多样性	阐明Spirostomum属纤毛虫的系统发育关系并界定物种边界	Spirostomum属的纤毛虫	进化生物学	NA	单细胞转录组测序(scRNA-seq)	多物种溯祖模型(MSC)	转录组数据	25个物种群体(代表6个形态种)，37个群体样本和265个蛋白质编码基因
169	2025-05-11	Integrative spatial analysis reveals a multi-layered organization of glioblastoma 2024-May-09, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.03.029 PMID:38653236	研究论文	本研究结合空间转录组学、空间蛋白质组学和计算方法，揭示了胶质母细胞瘤的多层组织结构	发现了胶质瘤细胞状态的三种主要组织模式，并揭示了缺氧作为长程组织者的作用	研究结果可能不适用于无缺氧的低级别IDH突变胶质瘤	揭示胶质母细胞瘤细胞状态的组织结构	胶质母细胞瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	空间转录组学, 空间蛋白质组学, 计算方法	NA	空间转录组数据, 空间蛋白质组数据	NA
170	2025-05-11	A new dawn for the study of cell type evolution 2024-May-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.200884 PMID:38722217	综述	本文探讨了细胞类型进化研究的新方法和挑战	强调了单细胞转录组学在细胞类型进化研究中的应用，并指出了未来探索的方向	未提及具体的研究数据或样本量，可能缺乏实证支持	理解细胞类型在动物进化中的作用	细胞类型的进化和同源性	基因组学	NA	单细胞转录组学、基因编辑工具	NA	基因组数据	NA
171	2025-05-11	Deciphering the prognostic landscape of osteosarcoma: Integrating the roles of hippo pathway genes, programmed cell death, and the tumor immune microenvironment 2024-Apr-15, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24280 PMID:38622820	研究论文	本研究探讨了骨肉瘤的分子基础，重点分析了Hippo信号通路与肿瘤免疫微环境（TME）的相互作用	通过整合Hippo通路基因、程序性细胞死亡和肿瘤免疫微环境，揭示了骨肉瘤预后的新标志物和治疗靶点	研究主要基于转录组数据，需要进一步实验验证	探索骨肉瘤的分子机制和预后标志物	骨肉瘤患者样本和对照样本	数字病理学	骨肉瘤	转录组数据分析、单细胞测序	Cox回归分析、Kaplan-Meier生存分析	转录组数据	TARGET-OS数据集和GTEx对照样本
172	2025-05-11	Prediction of potential targets and toxicological insights of Astragalus in liver cancer based on network pharmacology: Integrating systems biology, drug interaction networks, and toxicological perspectives 2024-Mar-13, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24189 PMID:38476113	研究论文	本研究利用网络药理学探讨黄芪作为原发性肝癌新型治疗选择的潜力，揭示了其在分子和细胞层面的作用机制	整合系统生物学、药物相互作用网络和毒理学视角，首次在单细胞分辨率下分析黄芪对肝癌的基因表达影响	研究主要基于计算分析和体外实验，缺乏临床验证数据	探索黄芪作为肝癌治疗药物的潜在靶点和作用机制	黄芪活性成分与肝癌细胞	网络药理学	肝癌	scRNA-seq、UMAP、tSNE、qPCR、分子对接	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	40个基因(20个上调，20个下调)和15个独特的细胞簇
173	2025-05-11	Single-cell transcriptome analysis reveals intratumoral heterogeneity in lung adenocarcinoma 2024-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24048 PMID:38133212	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示肺腺癌的瘤内异质性	利用单细胞RNA测序技术深入分析肺腺癌的瘤内异质性，并开发了一个在多队列中表现良好的预后模型	研究依赖于公开数据集，可能无法涵盖所有临床情境	探索肺腺癌的瘤内异质性并开发预后模型	肺腺癌患者	数字病理	肺腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	预后模型	转录组数据	来自TCGA-LUAD (n=503)、GSE68465 (n=442)、GSE72094 (n=398)和GSE26939 (n=115)数据集的总计1458个样本
174	2025-05-11	The pluripotency factor Tex10 finetunes Wnt signaling for PGC and male germline development 2023-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.23.529824 PMID:36865339	研究论文	本文探讨了Tex10在原始生殖细胞（PGC）规范和精子发生中的晚期发育作用，揭示了其通过调节Wnt信号通路在这些过程中的关键作用	首次发现Tex10通过结合Wnt负调控基因来精细调节Wnt信号通路，从而影响PGC规范和精子发生	研究主要基于细胞和动物模型，尚未在人类系统中验证	研究Tex10在PGC规范和精子发生中的作用机制	原始生殖细胞（PGC）和雄性生殖细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	条件性敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
175	2025-05-10	Single circulating tumor cell sequencing based on improved high-porosity membranes and nanoporous microchambers 2025-May-15, Biosensors & bioelectronics IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.bios.2025.117263 PMID:39978235	研究论文	本研究开发了两种新型纳米设备——高孔隙率超薄过滤膜和纳米孔微室芯片，用于分离单个循环肿瘤细胞(CTCs)，并建立了一个高效、自动化的单细胞测序工作流程	开发了高孔隙率超薄过滤膜和纳米孔微室芯片，改进了单细胞测序技术，并解决了细胞粘附和细胞活力对测序结果的影响	研究主要基于NCI-H358细胞系和患者来源的CTCs，样本来源和数量可能有限	探索肿瘤进展、异质性和耐药机制	循环肿瘤细胞(CTCs)	数字病理学	肿瘤	单细胞测序(SCS), 纳米孔技术	NA	基因组数据	NCI-H358细胞系和患者来源的CTCs
176	2025-05-10	Loss of ADAP1/CentA1 Protects Against Autoimmune Demyelination 2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403078R PMID:40326762	研究论文	本文研究了ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫中的作用，发现其缺失可以部分抵抗实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的发展	揭示了ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫中的新功能，特别是在调节Tregs、单核细胞和NK细胞功能方面的作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关性的验证尚不充分	探究ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫疾病中的机制作用	ADAP1/CentA1缺陷小鼠和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型	神经免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	EAE小鼠模型	基因表达数据	NA
177	2025-05-10	Circadian clock-gated cell renewal controls time-dependent changes in taste sensitivity 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421421122 PMID:40339128	研究论文	研究探讨了昼夜节律钟调控的细胞更新如何影响小鼠舌上皮中味觉敏感性的时间依赖性变化	揭示了昼夜节律钟通过调控细胞周期进程影响味觉细胞群体动态变化的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究昼夜节律如何通过细胞更新调控味觉敏感性	小鼠舌上皮细胞和味蕾类器官(TBOs)	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠舌上皮细胞和味蕾类器官
178	2025-05-10	Integrated bioinformatics and experimental verification to dissect the mechanisms and bioactive ingredients of Radix Rehmanniae in treating multiple sclerosis 2025-05-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151790 PMID:40233432	研究论文	本研究通过整合生物信息学和实验验证，揭示了地黄治疗多发性硬化症的作用机制和生物活性成分	首次采用网络药理学和单细胞RNA测序技术，结合体外实验验证，系统解析了地黄治疗多发性硬化症的多成分-多靶点作用模式，并鉴定出Echinacoside和Acteoside为主要活性成分	研究主要基于体外实验和生物信息学预测，缺乏体内实验验证	阐明地黄治疗多发性硬化症的机制并鉴定其活性成分	地黄及其活性成分Echinacoside和Acteoside	生物信息学	多发性硬化症	网络药理学、单细胞RNA测序、分子对接	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	基于GSE数据库的转录组和单细胞RNA测序数据
179	2025-05-10	Single-cell transcriptomics reveals the mechanisms of lung injury induced by galt gene editing in mouse 2025-05-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151780 PMID:40233430	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了GALT基因编辑在小鼠中引起的肺损伤机制	首次使用CRISPR/Cas9技术构建Galt c.847 + 1G > T突变小鼠模型，并结合单细胞RNA测序技术分析肺组织细胞组成和信号通路变化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Galt c.847 + 1G > T突变对肺组织的影响及其分子机制	GALT基因编辑小鼠的肺组织	分子生物学	半乳糖血症	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、PCR、Western blotting	小鼠模型	基因表达数据、组织病理学数据	基因编辑小鼠的肺组织样本
180	2025-05-10	Allometry of cell types in planarians by single-cell transcriptomics 2025-May-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm7042 PMID:40333969	research paper	研究通过单细胞RNA测序技术探索了涡虫中细胞类型的异速生长关系	首次利用scRNA-seq技术研究涡虫细胞类型的异速生长，揭示了不同大小涡虫中细胞类型比例的变化及其与能量储存的关系	研究仅针对无性繁殖的涡虫，结果可能不适用于其他生物	探索细胞类型异速生长的分子和细胞机制	无性繁殖的涡虫	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	不同大小的涡虫样本