单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-06-07	Decoding neuronal wiring by joint inference of cell identity and synaptic connectivity 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.04.640006 PMID:40093165	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据和电子显微镜连接组数据，解码了果蝇腿部运动神经元回路的发育过程	开发了新型计算工具ConnectionMiner，整合scRNAseq和连接组数据，揭示了转录因子和细胞粘附分子在运动神经元分子多样性中的作用	研究仅针对果蝇腿部运动系统，结果在其他生物系统中的普适性有待验证	解析运动神经元回路在发育过程中的建立机制	果蝇腿部运动神经元和前运动神经元	神经科学	NA	scRNAseq, 电子显微镜	ConnectionMiner	基因表达数据, 连接组数据	多个时间点的果蝇腿部运动神经元
162	2025-06-07	Identification of Causal Plasma Proteins in Hepatocellular Carcinoma via Two-Sample Mendelian Randomization and Integrative Transcriptomic‒Proteomic Analysis 2025-03-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0553 PMID:39991825	研究论文	通过双样本孟德尔随机化和整合转录组-蛋白质组分析，识别与肝细胞癌（HCC）有因果关系的血浆蛋白	利用UK Biobank Pharma Proteomics Project的大规模血浆蛋白质组数据，结合孟德尔随机化方法，识别出7种与HCC有潜在因果关系的血浆蛋白，并通过单细胞RNA测序数据和分子对接验证了这些蛋白的潜在药物靶点	研究依赖于现有数据库的数据，可能受限于样本量和数据覆盖范围	识别肝细胞癌的早期诊断和治疗靶点	肝细胞癌（HCC）患者和潜在的血浆蛋白标志物	生物信息学	肝细胞癌	双样本孟德尔随机化（MR）、整合转录组-蛋白质组分析、单细胞RNA测序、分子对接	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	UK Biobank Pharma Proteomics Project的蛋白质组数据及单细胞数据集GSE166635
163	2025-06-07	transCAE: Enhancing Cell Type Annotation in Single-cell RNA-seq Data with Transfer Learning and Convolutional Autoencoder 2025-Feb-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.168936 PMID:39798891	research paper	该论文提出了一种名为transCAE的算法，通过结合迁移学习和卷积自编码器来提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性	transCAE算法整合了无监督降维和有监督细胞类型分类，充分利用参考和查询数据集的信息，显著提高了分类准确性并有效缓解了批次效应	算法的性能仍然依赖于参考数据集的质量，且在处理多平台数据时可能仍面临挑战	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	卷积自编码器(CAE)结合迁移学习	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多个参考和查询数据集
164	2025-06-07	Unveiling patterns in spatial transcriptomics data: a novel approach utilizing graph attention autoencoder and multiscale deep subspace clustering network 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giae103 PMID:39804726	研究论文	本文提出了一种名为STMSGAL的新框架，用于分析空间转录组数据，结合了图注意力自编码器和多尺度深度子空间聚类	STMSGAL框架通过构建细胞类型感知的共享最近邻图(ctaSNN)和使用图注意力自编码器及多尺度深度子空间聚类，显著提高了空间转录组数据的分析能力	NA	提高空间转录组数据的分析能力，以更好地理解组织结构和生物功能	空间转录组数据	生物信息学	乳腺癌	空间转录组学(ST)	图注意力自编码器(Graph Attention Autoencoder), 多尺度深度子空间聚类网络(Multiscale Deep Subspace Clustering Network)	空间转录组数据	4个10x Genomics Visium数据集, 1个小鼠视觉皮层STARmap数据集, 2个Stereo-seq小鼠胚胎数据集
165	2025-06-07	Characterisation of macrophages in healthy and diseased livers in mice: identification of necrotic lesion-associated macrophages 2025, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2025-100189 PMID:40212045	研究论文	本研究通过多重免疫荧光染色、高级图像分析和单细胞RNA测序技术，对小鼠健康和病变肝脏中的巨噬细胞进行了详细表征	发现坏死病变相关巨噬细胞亚群，并揭示其在坏死病灶清除中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，人类肝脏中的情况可能有所不同	探究健康和病变肝脏中巨噬细胞的异质性、空间分布及与其他细胞的相互作用	小鼠肝脏中的Kupffer细胞和单核来源巨噬细胞	免疫学	肝病	多重免疫荧光染色、高级图像分析、scRNA-seq	小鼠模型	图像数据、基因表达数据	未明确说明样本数量，使用健康和ConA处理的小鼠肝脏
166	2025-06-07	Exploring Key Genes of Glutathione Metabolism in Systemic Lupus Erythematosus Based on Mendelian Randomisation, Single-Cell RNA Sequencing and Multiple Machine Learning Approaches 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70021 PMID:40458850	研究论文	本研究通过孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习方法，探索了谷胱甘肽代谢在系统性红斑狼疮中的关键基因	结合多组学整合和多种机器学习模型，揭示了谷胱甘肽代谢通路在系统性红斑狼疮中的关键作用，并识别出LAP3基因的重要贡献	研究样本量有限，且未进行实验验证	探索系统性红斑狼疮的病因及潜在诊断和治疗靶点	系统性红斑狼疮患者及谷胱甘肽代谢相关基因	生物信息学	系统性红斑狼疮	孟德尔随机化、单细胞RNA测序、机器学习	LASSO回归、CatBoost、XGBoost、NGBoost	多组学数据、scRNA-seq数据	1400种血清代谢物及多个数据集验证
167	2025-06-07	Single-cell transcriptomics reveals cellular dynamics and chemokine CXCL2-mediated smooth muscle cell proliferation in arterial repair 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1591557 PMID:40463365	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了动脉修复中的细胞动态变化以及趋化因子CXCL2介导的平滑肌细胞增殖机制	识别了一个炎症性平滑肌细胞亚群(SMC2)，该亚群主动分泌趋化因子CXCL2，促进平滑肌细胞增殖并介导损伤后的动脉重塑	研究主要基于动物模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究PCI术后动脉修复的细胞机制及趋化因子CXCL2的作用	股动脉损伤模型中的细胞	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	NA
168	2025-06-07	Succinylation-related molecular activities in cancer: metabolic adaptations, immune landscape, and prognostic significance in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571446 PMID:40463370	research paper	该研究探讨了琥珀酰化在癌症中的分子活动，特别是其在代谢调节、肿瘤免疫微环境和结直肠癌预后中的作用	首次系统性地进行了琥珀酰化相关分子活动的泛癌分析，并构建了一个基于琥珀酰化的预后模型，同时发现了PCED1A在结直肠癌中的潜在治疗靶点作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于结直肠癌和PCED1A基因	探索琥珀酰化在癌症中的分子机制及其临床意义	泛癌样本和结直肠癌特异性样本	肿瘤生物学	结直肠癌	转录组分析、单细胞RNA测序、空间转录组分析、免疫组化、Western blotting	预后模型	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据	来自TCGA、GEO、TISCH等多个数据库的泛癌样本和结直肠癌特异性队列
169	2025-06-07	Single-cell RNA sequencing identifies two fibroblast subtypes and a Trem2+ macrophage subtype as the possible specific cellular targets in abdominal aortic aneurysms 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1551308 PMID:40463378	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，识别出两种成纤维细胞亚型和一个Trem2+巨噬细胞亚型，作为腹主动脉瘤可能的特异性细胞靶点	首次在腹主动脉瘤中识别出特定的成纤维细胞亚型和巨噬细胞亚型，并揭示了它们在疾病发展中的协同作用	研究仅基于小鼠模型，临床治疗效果尚未验证	探究腹主动脉瘤发病机制并寻找新的治疗靶点	腹主动脉瘤小鼠模型中的细胞组成和功能表型	单细胞测序	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型样本（具体数量未提及）
170	2025-06-07	Single-cell transcriptomics in colorectal cancer uncover the potential of metastasis and immune dysregulation of a cell cluster overexpressed PRSS22 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1586428 PMID:40463392	research paper	该研究通过单细胞转录组学技术，在结直肠癌中发现了一个过度表达PRSS22的细胞亚群，该亚群具有转移和免疫失调的潜力	发现了一个与结直肠癌进展、免疫失调和预后密切相关的细胞亚群，并确定了PRSS22作为其枢纽基因，具有成为新的免疫治疗靶点的潜力	样本量相对较小，仅包括25个结直肠癌和10个相邻正常组织样本	探究结直肠癌中肿瘤细胞亚群的特征及其生物学意义，寻找新的免疫治疗靶点	结直肠癌组织和相邻正常组织	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing	Boruta feature selection algorithm	RNA-seq	25个结直肠癌样本和10个相邻正常组织样本
171	2025-06-07	Unveiling the Therapeutic Potential of Baicalin in Intervertebral Disc Degeneration: Integrative Bulk and Single-Cell Transcriptome Analysis with Experimental Validation of PANoptosis Inhibition 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S519179 PMID:40463856	研究论文	本文通过整合批量转录组和单细胞RNA-seq分析，结合实验验证，探讨了PANoptosis在椎间盘退变中的作用及黄芩素的治疗潜力	首次揭示了PANoptosis在椎间盘退变中的关键作用，并验证了黄芩素通过抑制PANoptosis缓解椎间盘退变的新机制	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证有限	探索PANoptosis在椎间盘退变中的作用及黄芩素的治疗机制	椎间盘退变(IVDD)及其相关细胞死亡过程	生物医学研究	椎间盘退变	批量转录组分析、单细胞RNA-seq、体外细胞模型、动物模型	IL-1β诱导的NPC退变模型、穿刺诱导的大鼠IVDD模型	转录组数据、临床样本数据	多个公开数据集(GSE167199, GSE245147, GSE266883, GSE244889)及实验样本
172	2025-06-07	Depletion of Adipose Stroma-Like Cancer-Associated Fibroblasts Potentiates Pancreatic Cancer Immunotherapy 2025-01-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0298 PMID:39620946	研究论文	本研究探讨了表达血小板衍生生长因子受体β（Pdgfrb）和脂肪基质细胞（ASC）标记的癌症相关成纤维细胞（CAF）在胰腺导管腺癌小鼠模型中的作用，并发现靶向ASC样CAF可增强免疫检查点阻断疗法的效果	揭示了不同CAF亚群对胰腺癌进展和治疗抵抗的独特影响，特别是ASC样CAF的耗竭可增强免疫检查点阻断疗法的抗肿瘤和抗转移效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究CAF亚群在胰腺癌进展和免疫治疗抵抗中的作用，并开发新的联合治疗策略	胰腺导管腺癌小鼠模型中的CAF亚群	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序	小鼠胰腺导管腺癌模型	基因表达数据	未明确说明，但涉及雌性和雄性小鼠
173	2025-06-07	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	research paper	介绍了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组学数据	提出了一种新颖的空间感知降维方法RASP，其计算速度比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据	NA	开发一种计算高效的降维方法，以促进高分辨率空间转录组数据的分析	空间转录组学数据	生物信息学	NA	随机化两阶段主成分分析(PCA)框架	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的空间转录组数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 和 10x Xenium）
174	2025-06-07	Single-Cell Analysis of Bone Marrow CD8+ T Cells in Myeloid Neoplasms Reveals Pathways Associated with Disease Progression and Response to Treatment with Azacitidine 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0310 PMID:39485042	研究论文	通过单细胞分析骨髓CD8+ T细胞在髓系肿瘤中的作用，揭示了与疾病进展和阿扎胞苷治疗反应相关的通路	发现了CD57+CXCR3+ CD8+ T细胞亚群与阿扎胞苷治疗反应及患者生存率的关系，并揭示了IFN和TGF-β信号通路在治疗反应中的作用	样本量相对较小（104例），且仅针对髓系肿瘤患者	探究CD8+ T细胞在髓系肿瘤进展和治疗反应中的作用	骨髓CD8+ T细胞	数字病理学	髓系肿瘤（包括骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病）	质谱流式细胞术、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	104例治疗前骨髓样本
175	2025-06-07	Tumor Expression of CD83 Reduces Glioma Progression and Is Associated with Reduced Immunosuppression 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0281 PMID:39601621	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了胶质瘤中CD83表达对肿瘤进展和免疫抑制的影响	首次发现胶质瘤细胞表达CD83可抑制肿瘤生长并增强T细胞抗肿瘤反应	尚未验证CD83表达是否能增强免疫治疗效果并改善患者预后	探究胶质瘤细胞CD83表达对肿瘤微环境和免疫治疗的影响	人类和小鼠胶质瘤样本	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞RNA测序	免疫活性小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量
176	2025-06-07	DLL1/NOTCH1 signaling pathway maintain angiogenesis in meniscus development and degeneration 2024-07, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2024.106589 PMID:38772475	研究论文	研究探讨了DLL1/NOTCH1信号通路在半月板发育和退化过程中维持血管生成的作用	揭示了DLL1/NOTCH1信号通路在半月板血管生成中的关键作用，为骨关节炎治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于人类胚胎和成熟半月板组织，未涉及其他年龄段或更广泛的样本	探究半月板发育和退化过程中内皮细胞和血管的特征	人类胚胎和成熟半月板组织	生物医学	骨关节炎	单细胞RNA测序、计算机分析、多种染色技术	NA	RNA测序数据、组织学图像	人类胚胎和成熟半月板组织样本
177	2025-06-07	Defining mesenchymal stem/stromal cell-induced myeloid-derived suppressor cells using single-cell transcriptomics 2024-Jun-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.04.026 PMID:38627968	研究论文	通过单细胞转录组学定义间充质干细胞/基质细胞诱导的髓系来源的抑制细胞	揭示了MSC诱导的MDSCs的独特转录谱，并鉴定出CSF-1R作为检测和治疗性富集MDSCs的关键细胞表面标记物	RELM-γ对T细胞增殖、Treg扩增或脾细胞活化无直接影响，其具体作用机制尚不明确	探究间充质干细胞/基质细胞如何通过调节免疫细胞来缓解自身免疫性炎症	间充质干细胞/基质细胞(MSCs)及其诱导的髓系来源的抑制细胞(MDSCs)	免疫学	自身免疫性葡萄膜视网膜炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠模型和体外培养细胞
178	2025-06-07	Single-nucleus RNA sequencing demonstrates an autosomal dominant Alzheimer's disease profile and possible mechanisms of disease protection 2024-Jun-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.02.009 PMID:38417436	研究论文	通过单核RNA测序技术比较了常染色体显性阿尔茨海默病(ADAD)与散发性阿尔茨海默病的转录组差异，并探讨了可能的疾病保护机制	首次在单细胞水平上揭示了ADAD与散发性AD的转录组差异，并发现APOE3-Christchurch变异可能通过调节特定基因表达提供神经保护	样本量相对较小(27例)，且仅针对PSEN1-E280A这一特定ADAD突变进行研究	比较不同形式阿尔茨海默病的细胞水平差异并探索神经保护机制	PSEN1-E280A ADAD携带者、散发性AD患者和对照组	基因组学	阿尔茨海默病	单核RNA测序(snRNA-seq)、空间转录组学	NA	转录组数据	27例(包括ADAD携带者、散发性AD患者和对照组)
179	2024-08-07	Single-cell transcriptomics unveil a unique molecular profile of mesenchymal stem/stromal cell-induced myeloid-derived immune suppressor cells 2024-Jun-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.05.009 PMID:38795702	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
180	2025-06-07	The reparative immunologic consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596699 PMID:38895305	research paper	该研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制	提出将SCT重新构想为一种细胞疗法，通过造血祖细胞恢复免疫细胞群体，实现免疫“重置”，并揭示了SCT如何通过高维细胞表型和功能研究重建细胞免疫	研究样本来自难治性CD患者，可能不适用于所有CD患者，且HSCs的异质性可能影响SCT效果	探索SCT作为难治性CD细胞疗法的免疫修复机制及其临床效果	难治性克罗恩病患者的外周血和肠道组织样本，以及造血干细胞移植的干细胞移植物	免疫学	克罗恩病	CyTOF、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T细胞受体（TCR）测序、流式细胞术、异种移植模型	NA	外周血和肠道组织样本的免疫表型和功能数据	难治性克罗恩病患者的样本，具体数量未明确说明