单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-07-25	Integrin β1 activity controls colony morphology during human pluripotent stem cell state transitions 2025-Jul-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102538 PMID:40541174	研究论文	研究整合素β1在调控人类诱导多能干细胞（hiPSC）从初始态到启动态转变过程中对集落形态的影响	揭示了整合素β1在调控多能干细胞状态转变中的新作用，并展示了整合素抑制剂如何帮助在体外精确调控hiPSC的功能和特性	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响	探究整合素β1在调控人类诱导多能干细胞状态转变中的作用	人类诱导多能干细胞（hiPSC）	干细胞生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
162	2025-07-25	spRefine Denoises and Imputes Spatial Transcriptomics with a Reference-Free Framework Powered by Genomic Language Model 2025-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.22.649977 PMID:40631230	研究论文	介绍了一个名为spRefine的深度学习框架，利用基因组语言模型对空间转录组数据进行去噪和插补	spRefine是一个无需参考框架的深度学习模型，能够联合去噪和插补空间转录组数据，并提高数据整合的鲁棒性	未明确提及具体限制	克服空间转录组数据的高噪声和缺失基因测量问题，提高数据质量和分析准确性	空间转录组数据	空间转录组学	NA	基因组语言模型	深度学习框架	空间转录组数据	不同规模的数据集
163	2025-07-25	PROFET Predicts Continuous Gene Expression Dynamics from scRNA-seq Data to Elucidate Heterogeneity of Cancer Treatment Responses 2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.662030 PMID:40631077	研究论文	开发了一个名为PROFET的计算框架，用于从稀疏采样的单细胞RNA测序数据中重建连续的、非线性的单细胞基因表达轨迹	PROFET采用了一种新颖的Lipschitz正则化梯度流方法和神经力匹配技术，首次实现了从静态快照数据中推断连续的单细胞表达轨迹	方法在合成数据上开发，虽然在小鼠和人类数据集上进行了验证，但可能仍需更多真实世界数据的进一步验证	研究旨在解决单细胞RNA测序无法追踪连续基因表达动态变化的问题，并解析癌症治疗反应中的异质性	激素受体阳性乳腺癌细胞对CDK4/6抑制剂palbociclib的治疗反应	计算生物学	乳腺癌	scRNA-seq, 神经力匹配	PROFET框架(基于Lipschitz正则化梯度流和神经力匹配)	单细胞RNA测序数据	合成数据、小鼠和人类数据集(具体数量未明确说明)
164	2025-07-25	HMBOX1 reverses autophagy mediated 5-fluorouracil resistance through promoting HACE1-induced ubiquitination and degradation of ATG5 in colorectal cancer 2025-07, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2025.2477443 PMID:40126194	研究论文	本研究揭示了转录因子HMBOX1通过促进HACE1诱导的ATG5泛素化和降解，逆转自噬介导的5-氟尿嘧啶耐药性，从而增强结直肠癌对化疗的敏感性	首次发现HMBOX1通过调控HACE1介导的ATG5泛素化降解途径抑制自噬，进而逆转5-FU耐药性	研究主要基于体外实验和临床样本分析，缺乏动物模型验证	探索结直肠癌化疗耐药性的分子机制并寻找潜在治疗靶点	结直肠癌细胞及患者组织样本	肿瘤生物学	结直肠癌	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组化、质谱蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	结直肠癌耐药细胞系及患者组织样本（具体数量未明确说明）
165	2025-07-25	M2 Macrophage-Derived Extracellular Vesicles Reprogram Immature Neutrophils into Anxa1hi Neutrophils to Enhance Inflamed Bone Regeneration 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416159 PMID:40277454	研究论文	本研究揭示了M2巨噬细胞来源的细胞外囊泡（M2-EVs）在减轻牙周炎引起的骨丢失中的关键作用，并发现了一种具有修复特性的Anxa1中性粒细胞亚群	发现了M2-EVs通过干扰中性粒细胞成熟轨迹，促进Anxa1修复亚群的分化，从而增强炎症骨再生	未明确M2-EVs的具体作用机制及Anxa1中性粒细胞亚群在其他炎症模型中的适用性	探究M2巨噬细胞与中性粒细胞的相互作用对炎症骨再生的影响	牙周组织中的M2巨噬细胞和中性粒细胞	免疫学	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
166	2025-07-25	Gas Bubbles from Biodegradable Magnesium Implants Convey Mechanical Cues and Promote Immune Cell Stimulation 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503123 PMID:40349156	研究论文	研究生物可降解镁植入物产生的气泡对周围组织和细胞行为的影响	揭示了镁植入物降解产生的气泡通过机械和炎症途径影响组织愈合的复杂局部反应	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证	探究镁植入物降解产生的气泡对周围组织和细胞行为的生物学影响	大鼠的软组织和免疫细胞	生物医学工程	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
167	2025-07-25	Single-cell and spatial transcriptome analysis revealed cellular heterogeneity of glycosyltransferases in cervical cancer, and identified GALNT3-negative epithelial cells as a protective factor: a retrospective cohort study based on public database 2025-07-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002520 PMID:40387729	研究论文	结合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，研究糖基转移酶在宫颈癌中的作用，发现GALNT3阴性上皮细胞是保护性因素	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，系统分析糖基转移酶在宫颈癌中的异质性，并鉴定GALNT3阴性上皮细胞为保护性因素	基于公共数据库的回顾性研究，样本来源和数量可能受限	探究糖基转移酶在宫颈癌发展中的作用及其临床意义	宫颈癌上皮细胞	数字病理	宫颈癌	scRNA-seq, stRNA-seq	NA	RNA测序数据	公共数据库中的回顾性队列数据
168	2025-07-25	Evaluation of tumor pseudocapsule using computed tomography-based radiomics in pancreatic neuroendocrine tumors to predict prognosis and guide surgical strategy: a cohort study 2025-07-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002511 PMID:40395025	研究论文	本研究通过基于计算机断层扫描的放射组学评估胰腺神经内分泌肿瘤的假包膜状态，以预测预后并指导手术策略	结合放射组学和机器学习术前识别假包膜状态，为小肿瘤的手术策略提供依据	研究样本来自单一医疗中心，可能影响结果的普遍性	评估假包膜状态以预测胰腺神经内分泌肿瘤的预后和手术合理性	胰腺神经内分泌肿瘤患者	数字病理	胰腺神经内分泌肿瘤	scRNA-seq, 放射组学	机器学习	影像数据	475例胰腺神经内分泌肿瘤患者
169	2025-07-25	Blood Biomarker-Based Predictive Indicator for Liver Metastasis in Alpha-Fetoprotein-Producing Gastric Cancer and Multi-Omics Tumor Microenvironment Insights 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503499 PMID:40433893	研究论文	本研究开发了一种基于血液生物标志物的预测指标ANLiM评分，用于预测甲胎蛋白产生性胃癌（AFPGC）患者的肝转移风险，并通过多组学分析揭示了肝转移AFPGC的免疫抑制性肿瘤微环境	结合AFP和中性粒细胞-淋巴细胞比率（NLR）开发了新型预测指标ANLiM评分，并通过多组学分析揭示了AFPGC肝转移的免疫微环境特征	研究为回顾性研究，需要前瞻性研究进一步验证ANLiM评分的预测价值	开发AFPGC患者肝转移的预测指标并探索其肿瘤微环境特征	317例AFPGC患者	肿瘤学	胃癌	全外显子组测序、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序、多重免疫荧光	多变量逻辑回归模型、列线图	临床数据、多组学数据	317例AFPGC患者
170	2025-07-25	Potential of SPHK1 as a prognostic marker and therapeutic target in colorectal cancer: insights from bioinformatics and experimental analysis 2025-07-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002506 PMID:40434736	研究论文	本研究通过生物信息学和实验分析探讨了SPHK1在结直肠癌(CRC)进展中的角色及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	首次系统评估SPHK1在CRC中的预后价值及分子机制，并验证其通过调控上皮-间质转化促进肿瘤转移的功能	样本量相对有限(90例CRC组织)，且需要进一步体内实验验证治疗靶点效果	探究SPHK1在CRC进展中的分子机制及其临床转化价值	结直肠癌组织样本(90例)和细胞系	数字病理	结直肠癌	多组学分析、单细胞RNA测序、孟德尔随机化(MR)、多重荧光免疫组化	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、组织图像数据	90对CRC/正常组织样本+公开数据库(TCGA等)数据
171	2025-07-25	Microbiome Single Cell Atlases Generated with a Commercial Instrument 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409338 PMID:40462354	研究论文	本文介绍了EASi-seq方法，通过改造商业仪器Mission Bio Tapestri的单细胞工作流程，实现对单个微生物基因组的高效测序	开发了EASi-seq方法，利用商业仪器实现微生物单细胞测序，填补了微生物单细胞分析工具的空白	NA	开发一种简单易用的微生物单细胞测序方法，用于构建微生物组单细胞图谱	人类和环境微生物组中的单个微生物	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	每次运行可测序数万个微生物
172	2025-07-25	A Dual Approach with Organoid and CRISPR Screening Reveals ERCC6 as a Determinant of Cisplatin Resistance in Osteosarcoma 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500632 PMID:40476445	研究论文	本研究通过结合类器官和CRISPR筛选技术，揭示了ERCC6作为骨肉瘤顺铂耐药的关键调控因子	首次利用患者来源的骨肉瘤类器官(OSOs)和CRISPR筛选技术，系统研究了顺铂耐药机制，并鉴定出ERCC6和HNRNPM作为潜在治疗靶点	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床验证	探究骨肉瘤对顺铂化疗产生耐药的分子机制	骨肉瘤患者来源的类器官和骨肉瘤细胞系	肿瘤生物学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、CRISPR筛选、组织病理学分析	患者来源类器官模型(PDO)、CRISPR筛选模型	基因组数据、转录组数据、病理图像数据	患者来源的骨肉瘤类器官和骨肉瘤细胞系(具体数量未明确说明)
173	2025-07-25	CD206+ macrophages facilitate wound healing through interactions with Gpnmbhi fibroblasts 2025-Jul, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-025-00496-4 PMID:40495034	研究论文	本研究探讨了CD206+巨噬细胞通过与Gpnmbhi成纤维细胞相互作用促进伤口愈合的机制	揭示了CD206+巨噬细胞通过PDGF-A信号通路与Gpnmbhi成纤维细胞通信，促进伤口愈合的具体机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究CD206+巨噬细胞在伤口愈合过程中的作用机制	CD206+巨噬细胞和Gpnmbhi成纤维细胞	细胞生物学	伤口愈合障碍	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
174	2025-07-25	Identification of an immunomodulatory lncRNA signature associated with immune cell reprogramming in high-grade glioma 2025-Jul, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-025-00919-3 PMID:40527978	研究论文	本研究通过分析两种小鼠模型，探讨了长链非编码RNA（lncRNA）在高级别胶质瘤免疫微环境中的作用	首次识别了与高级别胶质瘤免疫细胞重编程相关的免疫调节lncRNA特征，并揭示了它们在肿瘤微环境中的空间分布	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证这些发现	探索lncRNA在高级别胶质瘤免疫微环境中的作用机制	高级别胶质瘤（HGGs）及其肿瘤免疫微环境（TIME）	肿瘤免疫学	高级别胶质瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	RCAS-PDGFb和RCAS-BRAF V600E小鼠模型	转录组数据	两种小鼠模型及GBM患者样本
175	2025-07-25	Bidirectional mendelian randomization and single-cell sequencing reveal T cell-mediated causal links between COPD and lung adenocarcinoma 2025-Jul-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002448 PMID:40676822	研究论文	通过双向孟德尔随机化和单细胞测序技术，研究T细胞介导的慢性阻塞性肺病（COPD）与肺腺癌（LA）之间的因果关系	首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，揭示CXCR4基因在CD4+T细胞中对肺腺癌的保护作用及其与免疫细胞的相互作用	研究样本量有限，且仅关注了CD4+T细胞亚群，未全面考察其他免疫细胞类型	探索COPD与肺腺癌之间的潜在机制联系	COPD和肺腺癌患者的CD4+T细胞	生物医学研究	肺腺癌, 慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 孟德尔随机化（MR）, 表达数量性状位点（eQTL）, 全基因组关联研究（GWAS）	NA	单细胞RNA测序数据, GWAS数据	COPD和肺腺癌患者的外周血单细胞RNA测序数据
176	2025-07-25	Mapping Genetic Associations With Functional Brain Area Alterations in Schizophrenia and Implications for Cortical Development 2025-Jul, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70688 PMID:40685676	研究论文	本研究通过识别精神分裂症患者中受影响的Brodmann区域（BAs），探索相关遗传变异及其在皮质发育中的潜在作用	首次将精神分裂症的灰质体积变化与特定脑功能区域及遗传因素联系起来，并通过单细胞RNA测序和原位杂交分析揭示相关基因在皮质发育中的表达模式	样本量相对较小（194名精神分裂症患者和330名健康对照），且主要来自台湾老龄化精神疾病队列，可能限制结果的普遍性	探索精神分裂症患者灰质体积变化的遗传基础及其在皮质发育中的作用	194名精神分裂症患者和330名健康对照	神经科学	精神分裂症	GWAS、单细胞RNA测序、原位杂交	NA	MRI图像、遗传数据	524人（194名患者和330名对照）
177	2025-07-25	Dissecting Sex-Specific Pathology in K18-hACE2 Transgenic Mice Infected With Different SARS-CoV-2 Variants 2025-Jul, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70506 PMID:40686017	research paper	该研究通过K18-hACE2转基因小鼠模型，探究了不同SARS-CoV-2变体感染后性别特异性的病理差异	揭示了不同SARS-CoV-2变体感染后性别特异性病理反应的差异，特别是Delta变体在雄性小鼠中引起的更严重炎症反应	研究仅使用了转基因小鼠模型，结果可能无法完全反映人类感染情况	理解COVID-19结局中性别偏见的差异与不同SARS-CoV-2变体的关系	K18-hACE2转基因小鼠的肺和鼻腔组织	病理学	COVID-19	空间转录组学	K18-hACE2转基因小鼠模型	组织病理学数据和转录组数据	年龄匹配的雌性和雄性K18-hACE2转基因小鼠
178	2025-07-25	Genetic Associations of Clonal Hematopoiesis With Cardioembolic Stroke: Insights From Genome-Wide Mendelian Randomization, Bulk RNA, Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70515 PMID:40702735	研究论文	本研究通过基因组范围的孟德尔随机化、批量RNA和单细胞RNA测序，探索了克隆造血与心源性栓塞性中风的遗传关联	首次通过多组学整合方法揭示了CHIP与心源性栓塞性中风的因果关系，并鉴定了关键治疗靶点PARP1和CD3G	样本量相对有限，且机制研究主要基于生物信息学分析	阐明克隆造血与缺血性中风之间的机制联系	克隆造血(CHIP)患者与心源性栓塞性中风(CES)患者	基因组学	心血管疾病	GWAS, RNA-seq, scRNA-seq, 孟德尔随机化	机器学习	基因组数据	GWAS队列数据(具体数量未明确说明)
179	2025-07-25	S-Propargyl-Cysteine Attenuates Stroke Heterogeneity via Promoting Protective Autophagy Across Multiple Neural Cell Types: Insights From Single-Cell Sequencing 2025-Jul, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70399 PMID:40702904	research paper	本研究探讨了S-炔丙基半胱氨酸（SPRC）在缺血性中风中的神经保护作用及其机制，重点关注H2S与自噬在中风后脑微环境调控中的相互作用	首次揭示了SPRC在脑缺血再灌注损伤中以不依赖经典酶CBS/3-MST的方式提供神经保护，并发现其可能通过激活保护性自噬发挥作用	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探究SPRC在缺血性中风中的神经保护机制	缺血性脑组织、神经元、大鼠和小鼠模型	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序、脑缺血再灌注损伤模型构建、基因敲除技术	动物模型（大鼠和小鼠）	基因表达数据、行为学数据、组织学数据	未明确说明具体样本数量，但使用了GSE174574数据集和大鼠/小鼠模型
180	2025-07-25	APOBEC3C-Mediated NF-κB Activation Promotes Malignant Progression of Gliomas 2025-Jul, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70224 PMID:40704619	研究论文	分析APOBEC3C在胶质瘤中的临床病理特征、免疫学特性及预后价值，并验证其介导胶质瘤恶性进展的具体机制	发现APOBEC3C是胶质瘤间质亚型的潜在生物标志物，并通过NF-κB信号通路抑制胶质瘤细胞的EMT过程	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索APOBEC3C在胶质瘤恶性进展中的作用及其潜在机制	胶质瘤患者及胶质瘤细胞	肿瘤学	胶质瘤	mRNA-seq、单细胞测序、Western blot、Transwell实验、细胞划痕实验	NA	测序数据、蛋白质数据、细胞实验数据	来自CGGA数据库的693例胶质瘤患者和TCGA数据库的697例胶质瘤患者，以及CGGA数据库的单细胞测序数据