单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31365 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-09-24 |
Smooth muscle expression of RNA editing enzyme ADAR1 controls activation of the RNA sensor MDA5 in atherosclerosis
2025-Sep-16, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00710-5
PMID:40958051
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研究论文 | 本研究揭示了平滑肌细胞中RNA编辑酶ADAR1通过调控MDA5传感器活性影响动脉粥样硬化发展的新机制 | 首次发现平滑肌细胞特异性RNA编辑对动脉粥样硬化的调控作用，并阐明ADAR1-MDA5信号轴在血管疾病中的关键功能 | NA | 探究RNA编辑酶ADAR1在冠状动脉疾病中对平滑肌细胞表型和动脉粥样硬化进程的调控机制 | 人类斑块样本、人冠状动脉平滑肌细胞、条件性基因敲除小鼠模型 | 心血管疾病研究 | 冠状动脉疾病/动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序、基因敲除模型、人类斑块分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | RNA测序数据、基因表达数据 | Athero-Express颈动脉内膜切除队列样本及实验动物模型 |
| 162 | 2025-09-24 |
RetiGene, a comprehensive gene atlas for inherited retinal diseases
2025-Sep-16, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.08.017
PMID:40961941
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研究论文 | 开发了用于遗传性视网膜疾病的综合基因图谱RetiGene | 整合变异数据、RNA测序和功能注释的专家策展基因图谱 | 需要持续更新以保持临床和科学实用性 | 解决遗传性视网膜疾病基因目录不完整的问题 | 遗传性视网膜疾病相关基因 | 生物信息学 | 遗传性视网膜疾病 | RNA测序（bulk和single-cell） | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA |
| 163 | 2025-09-24 |
Multiscale Cell-Cell Interactive Spatial Transcriptomics Analysis
2025-Sep-15, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202508358
PMID:40948400
|
研究论文 | 提出一种多尺度细胞间交互空间转录组学分析方法MCIST，整合多尺度拓扑表示与空间深度学习技术 | 首次在空间转录组分析中考虑多尺度细胞间相互作用，通过集成多尺度拓扑表示与先进空间深度学习技术实现创新 | NA | 提升空间转录组数据分析性能，特别是空间域检测任务 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 空间深度学习 | 空间基因表达数据 | 37个基准空间转录组数据集 |
| 164 | 2025-09-24 |
Systematic identification of oscillatory gene expression in single cell types
2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.02.673125
PMID:40950173
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和新型计算方法系统识别了单个细胞类型中的振荡基因表达 | 开发了识别振荡基因和细胞类型的严格统计方法，首次在胶质细胞等被忽视的细胞类型中发现振荡基因表达 | 未在神经元或肌肉细胞中检测到振荡基因表达，研究范围限于幼虫发育阶段 | 系统识别单个细胞类型中的振荡基因表达模式 | 果蝇幼虫的不同细胞类型（包括角质层生成细胞、胶质细胞等） | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、PCA分析、UMAP分析 | 统计模型 | 基因表达数据 | 识别超过5,000个振荡基因 |
| 165 | 2025-09-24 |
Absolute copy number aware CNV calling of sub-megabase segments in ultra-low coverage single-cell DNA sequencing data
2025-Sep-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf919
PMID:40973453
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研究论文 | 提出ASCENT计算方法，用于超低覆盖度单细胞DNA测序数据中的拷贝数变异检测 | 基于统计建模实现真正的绝对拷贝状态推断，无需参考样本即可检测拷贝中性杂合性缺失 | 未明确说明方法在其他癌症类型或更大样本量下的适用性 | 开发适用于超低覆盖度单细胞DNA测序数据的精确CNV检测方法 | 单细胞DNA测序数据 | 生物信息学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 全基因组测序 | 统计模型 | DNA测序数据 | 儿科B-ALL样本（具体细胞数量未明确说明） |
| 166 | 2025-09-24 |
Mining Spatial Transcriptomics Datasets using DeepSpaceDB
2025-Sep-05, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68892
PMID:40982393
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研究论文 | 介绍空间转录组学数据库DeepSpaceDB的功能及其在生物组织分析中的应用案例 | 开发了首个综合性动态空间转录组学数据库DeepSpaceDB，提供先进工具和交互功能 | 空间转录组学技术仍存在显著的技术和财务限制 | 促进空间转录组学数据的可及性和探索分析 | 小鼠脑组织样本和结直肠癌转移的鼠肝组织 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 空间转录组学技术 | NA | 空间基因表达数据 | 多个公开数据集（含小鼠脑组织和肝组织样本） |
| 167 | 2025-09-24 |
Morphogen-guided neocortical organoids recapitulate regional areal identity and model neurodevelopmental disorder pathology
2025-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.02.672952
PMID:40950130
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研究论文 | 开发了一种通过形态发生素引导生成具有区域特异性的大脑皮层类器官的方法，并用于模拟神经发育障碍 | 建立了通过短期早期暴露于前后轴形态发生素来生成区域化类器官的简便方法，首次在类器官中重现了大脑皮层区域特异性 | 当前的大脑皮层类器官模型大多无法重现这种区域化模式 | 建立能够重现大脑皮层区域特异性并模拟神经发育障碍病理的平台 | 人类新皮层类器官和脆性X综合征疾病模型 | 发育生物学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | NA |
| 168 | 2025-09-24 |
A Single-Cell Atlas of Transcriptome Changes in the Intestinal Epithelium at the Suckling-to-Weaning Transition in Male Rabbits
2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101628
PMID:40907661
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了雄性兔子肠道上皮细胞在哺乳期到断奶期过渡时的转录组变化 | 首次构建了兔子肠道上皮的单细胞图谱，发现兔子是研究BEST4+上皮细胞的理想模型（小鼠缺乏此类细胞），并揭示了固体食物摄入对各类上皮细胞的特异性转录组影响 | 研究仅针对雄性兔子，未涉及雌性个体；样本来源局限于盲肠区域 | 识别固体食物摄入诱导的肠道上皮各细胞类型的转录组变化 | 同龄同窝雄性兔子的肠道上皮细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 年龄匹配的同窝雄性兔子（具体数量未明确说明） |
| 169 | 2025-09-24 |
Assessing the impact of perfluoroalkyl substances on liver health: a comprehensive study using multi-donor human liver spheroids
2025-Sep, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109763
PMID:40914107
|
研究论文 | 本研究利用多供体人类肝脏球体模型评估全氟烷基物质对肝脏健康的影响机制 | 首次在包含多种细胞类型的人类肝脏球体模型中，通过单细胞RNA测序揭示不同PFAS化合物的性别特异性肝毒性机制 | 研究仅采用20μM单一浓度暴露，未涵盖环境相关低剂量暴露场景 | 阐明不同PFAS化合物导致人类肝功能障碍的具体细胞和分子机制 | 多供体人类肝脏球体模型（包含肝细胞、T/NK细胞和库普弗细胞等多种细胞类型） | 毒理学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序、脂质染色 | 多细胞球体模型 | 基因表达数据、成像数据 | 多供体人类肝脏球体（具体供体数量未明确说明） |
| 170 | 2025-09-24 |
Multi-omics investigation of Bisphenol A in gastrointestinal carcinogenesis: a network toxicology and molecular docking approach
2025-Sep, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109785
PMID:40939530
|
研究论文 | 通过多组学方法系统研究双酚A在三种胃肠道肿瘤中的致癌机制 | 首次整合网络毒理学与分子对接方法揭示BPA通过代谢重编程、肿瘤微环境重塑和细胞周期失调的三重致癌机制 | 研究主要基于生物信息学分析，需要实验验证支持 | 探究双酚A在胃肠道肿瘤发生中的潜在致癌机制 | 肝内胆管癌、结直肠癌和食管癌三种胃肠道肿瘤 | 生物信息学 | 胃肠道癌症 | 多组学整合分析、转录组学、单细胞转录组学、网络毒理学、分子对接 | NA | 组学数据 | 基于公共数据库的多组学数据 |
| 171 | 2025-09-24 |
Scaling up spatial transcriptomics for large-sized tissues: uncovering cellular-level tissue architecture beyond conventional platforms with iSCALE
2025-Sep, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02770-8
PMID:40954300
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研究论文 | 提出iSCALE方法实现大尺寸组织的超分辨率空间转录组分析 | 突破现有空间转录组技术局限，实现大尺度组织样本的细胞级结构自动注释 | NA | 开发适用于大尺寸组织的高分辨率空间转录组分析方法 | 多发性硬化症人脑组织样本 | 空间转录组学 | 多发性硬化症 | 空间转录组技术、免疫组织化学染色 | NA | 基因表达数据、组织图像数据 | NA |
| 172 | 2025-09-24 |
Stereo-cell: Advancing spatial single-cell biology towards clinical translation
2025-Sep, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70480
PMID:40984816
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研究论文 | 介绍新型空间单细胞测序平台Stereo-cell的技术创新及其在临床转化中的应用潜力 | 开发了整合形态学、转录组学和蛋白质组学的空间单细胞多组学分析平台，填补先进组学与传统病理学之间的技术空白 | 面临数据整合、监管合规和数字建模等重要挑战 | 推动空间单细胞生物学向临床转化发展 | 空间单细胞生物学技术平台 | 空间组学 | NA | 空间单细胞测序、多组学整合分析 | NA | 空间多组学数据（形态学、转录组、蛋白质组） | NA |
| 173 | 2025-09-24 |
CD103+CD8+ tissue-resident memory T lymphocytes of melanoma boost anti-tumour immunity and predict immunotherapy outcomes
2025-Sep, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70464
PMID:40985995
|
研究论文 | 本研究揭示CD103+CD8+组织驻留记忆T细胞在黑色素瘤中的抗肿瘤作用及免疫治疗预测价值 | 首次明确CD103作为黑色素瘤CD8+ TRM细胞的标志物，并阐明其通过整合素依赖的PI3K/AKT信号通路增强抗肿瘤功能的机制 | NA | 探究CD103+CD8+ TRM细胞在黑色素瘤抗肿瘤免疫中的作用机制及临床预测价值 | 黑色素瘤小鼠模型和患者队列中的CD8+组织驻留记忆T细胞 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 多重免疫组化、scRNA测序、空间转录组学、体内外实验 | NA | 基因表达数据、空间分布数据、临床预后数据 | 多个独立队列的黑色素瘤患者样本和小鼠模型 |
| 174 | 2025-09-24 |
Mechanical confinement governs phenotypic plasticity in melanoma
2025-Aug-27, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09445-6
PMID:40866703
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研究论文 | 本研究揭示了机械限制通过染色质重塑介导黑色素瘤表型可塑性转换的机制 | 首次发现机械限制通过HMGB2蛋白调控染色质构象，驱动肿瘤细胞在增殖态和侵袭态之间的表型转换 | NA | 探究机械微环境对黑色素瘤表型可塑性的调控机制 | 斑马鱼黑色素瘤模型和人类黑色素瘤样本 | 肿瘤生物学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学、单细胞转录组学、定量建模 | NA | 转录组数据、形态学数据 | 斑马鱼模型和人类样本（具体数量未说明） |
| 175 | 2025-09-24 |
A basophil-fibroblast pro-inflammatory axis fuels type 2 skin inflammation
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116114
PMID:40782349
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研究论文 | 通过单细胞空间转录组技术揭示嗜碱性粒细胞与成纤维细胞之间的促炎轴在2型皮肤炎症中的关键调控作用 | 首次建立小鼠2型皮肤炎症的单细胞时空图谱，发现嗜碱性粒细胞通过分泌OSM和IL-4协同激活促炎成纤维细胞的新型免疫调控机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚需进一步研究 | 解析慢性炎症性皮肤病的细胞互作机制 | 小鼠皮肤组织细胞（包括39种细胞类型） | 免疫学 | 特应性皮炎 | MERFISH（多重误差鲁棒荧光原位杂交）、scRNA-seq（单细胞RNA测序） | MC903和恶唑酮诱导的小鼠皮炎模型 | 单细胞空间转录组数据 | 约430,000个细胞 |
| 176 | 2025-09-24 |
TissueFormer: a neural network for labeling tissue from grouped single-cell RNA profiles
2025-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.17.670735
PMID:40894666
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研究论文 | 提出基于Transformer的神经网络TissueFormer，通过分析单细胞RNA谱组来推断群体水平标签 | 首次将Transformer架构应用于群体单细胞RNA数据分析，同时保留单细胞分辨率 | NA | 开发能够利用细胞组成信号预测群体水平表型的计算方法 | 小鼠大脑空间转录组数据中的细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | Transformer | 单细胞RNA表达谱 | NA |
| 177 | 2025-09-24 |
High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer
2025-Jul-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx3800
PMID:40705858
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研究论文 | 介绍PEtracer技术——一种基于prime editing的进化谱系追踪技术，可同时分析细胞状态和谱系关系 | 开发了兼容单细胞测序和多模态成像的prime editing谱系追踪技术，能够在保留组织空间结构的高分辨率下联合分析细胞状态和谱系 | NA | 绘制发育和疾病过程中细胞命运决定的时空动态图谱 | 小鼠肿瘤转移模型中的肿瘤细胞 | 生物技术 | 肿瘤转移 | prime editing, MERFISH空间转录组分析, 单细胞测序 | NA | 空间转录组数据, 成像数据 | 同系小鼠肿瘤转移模型 |
| 178 | 2025-09-24 |
A spatiotemporal atlas of orchiectomy-induced androgen deprivation-mediated modulation of cellular composition and gene expression in the mouse prostate
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.11.664414
PMID:40791419
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研究论文 | 通过整合空间转录组学和单细胞分析，构建了小鼠前列腺在睾丸切除诱导雄激素剥夺后的高分辨率时空图谱 | 首次发现并描述了一种新型ORX诱导成纤维细胞亚型，揭示了前列腺各叶特异性时空基因表达变化和细胞间通讯动态 | 研究仅限于小鼠模型，人类前列腺对ADT的反应可能存在差异 | 解析雄激素剥夺疗法下前列腺的细胞组成和基因表达时空变化规律 | 睾丸切除术后的小鼠前列腺组织（背叶、腹叶、侧叶和前叶） | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间定位数据 | 小鼠前列腺组织样本（未明确具体数量） |
| 179 | 2025-09-24 |
A statistical framework for inferring genetic requirements from embryo-scale single-cell sequencing experiments
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.03.646654
PMID:40236139
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研究论文 | 开发用于分析胚胎尺度单细胞测序数据的统计框架和软件工具 | 利用单细胞数据中的细胞类型协变模式推断基因需求和细胞间依赖关系 | NA | 建立从单细胞测序数据推断遗传需求的统计方法 | 斑马鱼胚胎单细胞图谱 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 统计框架 | 单细胞测序数据 | 数千个经过处理的斑马鱼胚胎的百万级细胞数据 |
| 180 | 2025-09-24 |
Single-cell resolution uncovers neighboring cell subtypes that share steroidogenic capacity during fetal testis development
2025-Jun-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2501392122
PMID:40460128
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研究论文 | 通过单细胞技术揭示胎儿睾丸发育过程中类固醇生成细胞亚型的空间分布与基因表达异质性 | 首次在单细胞分辨率下发现相邻间质细胞亚型通过共享类固醇生成基因实现协作性雄激素合成 | 研究局限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究胎儿莱迪希细胞在睾丸发育过程中雄激素生产的个体与集体贡献 | 小鼠胚胎期至围产期睾丸组织中的类固醇生成细胞 | 单细胞生物学 | 发育生物学 | 单分子荧光原位杂交(sm-FISH)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据、空间分布数据 | 胚胎期13天至16天的小鼠睾丸组织样本 |