单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-05-20	Single-cell transcriptome analysis reveals CD34 as a marker of human sinoatrial node pacemaker cardiomyocytes 2024-11-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54337-4 PMID:39604360	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了CD34作为人类窦房结起搏心肌细胞的标志物	首次报道了CD34作为窦房结起搏细胞的表面标志物，并鉴定了三种起搏细胞亚型	研究主要基于胎儿和干细胞来源的窦房结细胞，未涉及成人原代细胞	解析人类窦房结起搏细胞的分子特征并寻找其表面标志物	人类窦房结起搏心肌细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞/单核RNA测序	NA	单细胞转录组数据	胎儿和干细胞来源的窦房结细胞
162	2025-05-20	Spatially organized tumor-stroma boundary determines the efficacy of immunotherapy in colorectal cancer patients 2024-11-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54710-3 PMID:39592630	研究论文	本研究通过整合空间增强分辨率组学测序、单细胞RNA测序和多路成像分析，揭示了结直肠癌患者肿瘤-间质边界的空间组织和免疫状态与免疫检查点阻断疗法疗效的关系	首次将肿瘤-间质边界的空间组织和免疫状态与免疫检查点阻断疗法的疗效联系起来，并识别了影响治疗反应的关键细胞类型和分子机制	研究样本可能有限，且未涉及其他类型癌症的验证	探究结直肠癌患者对免疫检查点阻断疗法不同反应的肿瘤微环境机制	结直肠癌患者的肿瘤组织和肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	Stereo-seq, 单细胞RNA测序, 多路成像分析	NA	空间组学数据, 单细胞转录组数据, 成像数据	未明确提及具体样本数量，但包括治疗初治和接受ICB治疗的CRC患者样本
163	2025-05-20	HLA-A+ tertiary lymphoid structures with reactivated tumor infiltrating lymphocytes are associated with a positive immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma 2024-Jul, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02712-9 PMID:38762674	研究论文	本研究探讨了HLA-A阳性三级淋巴结构（TLSs）及其中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在食管鳞状细胞癌（ESCC）免疫治疗反应中的作用	首次发现HLA-A阳性TLSs及其中的TIL-T和TIL-B淋巴细胞与ESCC患者对免疫检查点阻断（ICB）治疗的临床获益相关	样本量相对有限（60例ESCC患者），且为回顾性研究	寻找ESCC免疫治疗的生物标志物并探讨其临床相关性	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	肿瘤免疫学	食管鳞状细胞癌	NanoString GeoMx数字空间分析仪、单细胞RNA测序、多重免疫组化	NA	基因表达数据、空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	42例初治ESCC肿瘤组织和60例ESCC患者
164	2025-05-20	Underrepresentation of activating KIR gene expression in single-cell RNA-seq data is due to KIR gene misassignment 2024-Jan, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350590 PMID:37944995	research paper	该文章揭示了标准单细胞RNA测序比对流程在杀伤免疫球蛋白样受体（KIR）转录本分配上的错误倾向，导致KIR表达量化的不准确	指出了标准单细胞RNA测序比对流程中KIR转录本错误分配的问题，特别是激活型KIR转录本被误分类为抑制型KIR表达	NA	研究单细胞RNA测序比对流程中KIR转录本错误分配的问题	杀伤免疫球蛋白样受体（KIR）转录本	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
165	2025-05-20	Hepatic lipid-associated macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH 2023-Nov-02, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3446960/v1 PMID:37961666	研究论文	该研究揭示了减重手术通过肝脏脂质相关巨噬细胞（LAMs）改善代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）的机制	发现减重手术（VSG）以不依赖体重减轻的方式改善MASH，并明确了TREM2在巨噬细胞修复功能中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究减重手术改善MASH的免疫调节机制	肥胖和代谢综合征患者的肝脏脂质相关巨噬细胞	医学研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量（小鼠实验）
166	2025-05-20	Single-cell RNA-sequencing of stria vascularis cells in the adult Slc26a4-/- mouse 2023-06-15, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-023-01549-0 PMID:37322474	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了成年Slc26a4-/-小鼠耳蜗血管纹细胞的基因表达，揭示了与内淋巴pH调节相关的细胞类型和分子机制	首次在Slc26a4-/-小鼠模型中通过单细胞RNA测序鉴定了表达pendrin的梭形细胞及其pH调节相关基因表达特征	研究仅限于小鼠模型，人类Pendred综合征的病理机制可能需要进一步验证	鉴定pendrin表达细胞中的pH调节因子并阐明耳蜗内淋巴pH失调的细胞致病机制	野生型和Slc26a4-/-小鼠的耳蜗血管纹细胞	单细胞转录组学	听力损失	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	野生型和Slc26a4-/-小鼠的耳蜗血管纹细胞样本
167	2025-05-19	The Role of Omics Techniques in Diabetic Wound Healing: Recent Insights into the Application of Single-Cell RNA Sequencing, Bulk RNA Sequencing, Spatial Transcriptomics, and Proteomics 2025-May-17, Advances in therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12325-025-03212-9 PMID:40381157	review	本文综述了组学技术在糖尿病足溃疡（DFU）愈合中的最新应用，包括单细胞RNA测序、批量RNA测序、空间转录组学和蛋白质组学	综述了组学技术（如scRNA-seq、bulk RNA-seq、空间转录组学和蛋白质组学）在DFU研究中的最新应用，为靶向治疗提供了新见解	未提及具体研究的样本量或实验设计的局限性	探讨组学技术在糖尿病足溃疡愈合机制研究中的应用	糖尿病足溃疡（DFUs）	digital pathology	diabetes	scRNA-seq, bulk RNA-seq, spatial transcriptomics, proteomics	NA	omics data	NA
168	2025-05-19	Anti-BCL2 therapy eliminates giant congenital melanocytic nevus by senolytic and immune induction 2025-May-16, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02247-2 PMID:40374605	research paper	该研究探讨了抗BCL2疗法通过衰老细胞清除和免疫诱导消除巨大先天性黑色素细胞痣的潜力	首次发现BCL2蛋白在GCMN的衰老和增殖细胞中表达，并证明BCL2抑制剂能有效清除GCMN细胞，同时揭示了免疫细胞在治疗中的关键作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行大规模临床试验	开发针对巨大先天性黑色素细胞痣(GCMN)的新型治疗方法	巨大先天性黑色素细胞痣(GCMN)患者细胞、异种移植模型和转基因模型	肿瘤治疗	黑色素细胞痣/皮肤肿瘤	单细胞测序、免疫染色、异种移植模型	患者来源异种移植模型(PDX)、Nras突变和Braf突变转基因模型	细胞实验数据、组织学数据、测序数据	GCMN患者细胞样本、多种动物模型
169	2025-05-19	scRNA-seq reveals transcriptional plasticity of var gene expression in Plasmodium falciparum for host immune avoidance 2025-May-16, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02008-5 PMID:40379932	research paper	该研究通过单细胞转录组学技术揭示了疟原虫var基因表达的转录可塑性及其在宿主免疫逃避中的作用	发现疟原虫除了单等位基因var基因表达外，还能同时表达多个var基因或进入几乎不表达var基因的状态，这种转录灵活性增强了寄生虫的适应能力	研究仅使用了3D7和IT4两种克隆寄生虫系，可能无法完全代表自然界中的多样性	探究疟原虫var基因表达的转录可塑性及其在免疫逃避中的机制	恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)的var基因家族	基因组学	疟疾	单细胞转录组学(scRNA-seq)、富集探针和便携式微孔系统	NA	转录组数据	3D7和IT4两种克隆寄生虫系
170	2025-05-19	Identifying Key Plasma Proteins in the Onset of Parkinson's Disease: Proteome-Wide Mendelian Randomization and Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2025-May-16, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05041-x PMID:40380075	研究论文	通过蛋白质组范围的孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析，识别帕金森病发病过程中的关键血浆蛋白	首次结合孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术，系统性地研究了血浆蛋白与帕金森病的因果关系，并揭示了潜在的治疗靶点	需要进一步的实验验证来确认这些血浆蛋白作为诊断标志物和治疗靶点的潜力	探索帕金森病的发病机制，寻找可及的血浆标志物和靶向治疗药物	帕金森病患者和2923种血浆蛋白	生物医学研究	帕金森病	孟德尔随机化分析、共定位分析、SMR分析、HEIDI测试、单细胞RNA测序、生物信息学分析	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	UK Biobank中的2923种血浆蛋白
171	2025-05-19	Resident CD24 +LCN2 + LPCs aggravate fibrosis and inflammatory progression via the recruitment of TPPP3 +COL10A1 + macrophages in NASH 2025-May-16, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2025081 PMID:40380802	研究论文	该研究探讨了驻留CD24+LCN2+肝祖细胞（LPCs）在非酒精性脂肪性肝炎（NASH）中通过招募TPPP3+COL10A1+巨噬细胞加重纤维化和炎症进展的机制	首次揭示了驻留CD24+LCN2+ LPCs在NASH中的激活及其通过促进促炎性COL10A1+TPPP3+巨噬细胞亚型的激活来推动纤维化进展的机制	研究主要基于小鼠模型和临床样本的验证，人类样本的直接实验证据可能有限	研究LPCs在NASH中的分子表型及其调控机制	非酒精性脂肪性肝炎（NASH）患者和小鼠模型中的肝祖细胞（LPCs）和巨噬细胞	分子生物学	非酒精性脂肪性肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CellChat、NicheNet	NA	RNA测序数据、临床样本数据	NASH患者和小鼠模型（CDAHFD和HFD）的样本
172	2025-05-19	O-GlcNAcylation stabilized WTAP promotes GBM malignant progression in an N6-methyladenosine-dependent manner 2025-May-15, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae268 PMID:39671515	研究论文	本文研究了O-GlcNAcylation稳定的WTAP如何通过N6-甲基腺苷依赖的方式促进胶质母细胞瘤(GBM)的恶性进展	揭示了WTAP通过O-GlcNAcylation和USP7介导的去泛素化增强蛋白稳定性，进而通过m6A修饰调控LOXL2 mRNA的稳定性，促进GBM的间质转化和免疫逃逸	未明确提及	探究m6A在GBM肿瘤免疫抑制微环境(TIME)形成中的作用机制	间质胶质母细胞瘤干细胞(MES GSCs)和髓系来源的巨噬细胞(MDMs)	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、质谱分析、RNA免疫沉淀(RIP)、共免疫沉淀	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	未明确提及
173	2025-05-19	Channel synapse mediates neurotransmission of airway protective chemoreflexes 2025-May-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.03.007 PMID:40187347	research paper	该研究揭示了小鼠喉咙中Pou2f3化学感应细胞家族通过通道突触与迷走神经元通信的机制，这些细胞表达对有害化学物质的GPCRs受体，触发吞咽和咳嗽样反射	发现了Pou2f3上皮细胞通过CALHM1/3通道突触作为气道保护反射的化学感应终端器官及其超反应性的位点	研究仅在小鼠中进行，尚未在人类中验证	研究喉咙中化学物质引发的神经反射机制，以保护气道免受吸入和感染	小鼠喉咙中的Pou2f3化学感应细胞家族和迷走神经元	神经科学	慢性咳嗽	单细胞转录组学、光遗传学刺激	Calhm3和Pou2f3敲除小鼠模型	基因表达数据、行为数据	NA
174	2025-05-19	ARHGDIB as a prognostic biomarker and modulator of the immunosuppressive microenvironment in glioma 2025-May-15, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04063-7 PMID:40372473	research paper	该研究探讨了ARHGDIB作为胶质瘤预后生物标志物及其在免疫抑制微环境中的调节作用	首次揭示ARHGDIB在胶质瘤免疫抑制微环境中的关键作用，并证明其可作为新型肿瘤相关巨噬细胞标志物	研究主要基于公共数据库分析和体外实验，需要更多体内实验验证	探究ARHGDIB在胶质瘤免疫微环境中的调控机制及其临床意义	胶质瘤患者样本和细胞系	digital pathology	glioma	qPCR, IHC, 单细胞测序, 免疫荧光	LASSO-Cox回归	基因表达数据, 组织切片图像	公共数据库数据+自有队列样本
175	2025-05-19	Targeting Setdb1 in T cells induces transplant tolerance without compromising antitumor immunity 2025-May-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58841-z PMID:40374612	研究论文	本文研究了在T细胞中靶向Setdb1基因如何在不影响抗肿瘤免疫的情况下诱导移植耐受	发现Setdb1缺失可以诱导Treg细胞分化，从而在不影响抗肿瘤免疫的情况下抑制移植排斥反应	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索选择性抑制移植排斥反应同时保持抗肿瘤免疫的方法	小鼠T细胞和移植模型	免疫学	移植排斥	RNA测序、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
176	2025-05-19	scRDEN: single-cell dynamic gene rank differential expression network and robust trajectory inference 2025-May-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01969-1 PMID:40374885	research paper	提出了一种名为scRDEN的稳健框架，用于分析单细胞RNA测序数据中的动态基因表达网络和推断细胞分化轨迹	将不稳定的基因表达值转化为相对稳定的基因-基因相互作用（全局特征）和提取差异表达顺序（网络特征），并整合不同降维方法的表达特征	NA	深入理解细胞命运决定中的异质性，分析动态调控变化并准确推断分化轨迹	人类和小鼠细胞分化的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	scRDEN	基因表达数据	五个已发表的scRNA-seq数据集
177	2025-05-19	Deciphering the role of acetylation-related gene NAT10 in colon cancer progression and immune evasion: implications for overcoming drug resistance 2025-May-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02617-w PMID:40374962	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了乙酰化相关基因NAT10在结肠癌进展和免疫逃逸中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析证实NAT10与结肠癌的因果关系及其在免疫逃逸中的作用	研究主要基于公共数据集，缺乏实验验证	探索乙酰化相关基因在结肠癌发展中的作用机制	结肠癌患者样本和公共数据库数据	癌症生物学	结肠癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 孟德尔随机化	细胞-细胞相互作用模型	基因组数据, 转录组数据	来自GSE132465、UCSC Xena和GeneCards等公共数据库的样本
178	2025-05-19	Tyrosinase in melanoma inhibits anti-tumor activity of PD-1 deficient T cells 2025-May-15, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02237-4 PMID:40375241	研究论文	本研究探讨了酪氨酸酶在黑色素瘤中如何抑制PD-1缺陷T细胞的抗肿瘤活性	首次发现酪氨酸酶在黑色素瘤中抑制T细胞的抗肿瘤活性，并证明酪氨酸酶缺失可增强PD-1缺陷T细胞的抗肿瘤效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索黑色素瘤抵抗免疫治疗的分子机制	B16黑色素瘤细胞和小鼠模型	肿瘤免疫学	黑色素瘤	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序	小鼠黑色素瘤模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用B16黑色素瘤细胞和小鼠模型
179	2025-05-19	Atf3 + senescent chondrocytes mediate meniscus degeneration in aging 2025-May-15, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-025-03566-z PMID:40375324	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了衰老半月板中Atf3+衰老软骨细胞的关键作用及其通过ANGPTL4通路驱动的退化机制	首次鉴定出Atf3+衰老软骨细胞作为衰老半月板中的关键致病细胞群，并发现其通过ANGPTL4-SDC4信号轴驱动退化	研究仅基于大鼠模型，人类半月板衰老的机制可能有所不同	阐明衰老半月板的细胞和分子机制，寻找年龄相关性半月板退化的治疗靶点	年轻(12周)和老年(24个月)大鼠的半月板组织	生物医学研究	骨关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术，免疫组化	NA	基因表达数据，组织学数据	年轻和老年大鼠的半月板组织(具体数量未明确说明)
180	2025-05-19	Characterization and prognostic of CD8 + TIM3 + CD101 + T cells in glioblastoma multiforme 2025-May-15, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01390-1 PMID:40375334	research paper	该研究旨在表征GBM中CD8+TIM3+CD101+T细胞（CCT细胞）的差异表达基因，建立GBM的预后模型并探索其临床意义	揭示了CCT细胞在GBM中的关键作用，并开发了一个包含22个基因特征的预后模型，为GBM的免疫逃逸机制提供了新见解	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	研究GBM中CCT细胞的基因表达特征及其在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用	GBM患者中的CCT细胞	digital pathology	glioblastoma multiforme	单细胞RNA测序，全基因组表达谱分析	LASSO回归	基因表达数据，临床数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的数据