单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-05-04	Exploring Cervical Adenocarcinoma: Epidemiological Insights, Diagnostic and Therapeutic Challenges, and Pathogenetic Mechanisms 2025-Jan, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70620 PMID:39840708	review	本文综述了宫颈腺癌的流行病学特征、诊断与治疗挑战以及最新研究进展	强调了宫颈腺癌与鳞状细胞癌在肿瘤微环境特征上的显著异质性，并总结了常见的临床前模型及其优缺点	对宫颈腺癌与鳞状细胞癌在发病机制上的异同理解有限	探讨宫颈腺癌的流行病学、诊断与治疗挑战及发病机制	宫颈腺癌及其与鳞状细胞癌的比较	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	文献数据	NA
162	2025-05-04	Predicting Outcomes in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Using scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq: A Model Development and Validation Study 2025-Jan, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70617 PMID:39840762	研究论文	该研究通过scRNA-seq和bulk RNA-seq数据开发并验证了一个预测食管鳞状细胞癌(ESCC)预后的模型	基于葡萄糖代谢相关基因集构建风险预后模型，并鉴定出4个枢纽基因(SERP1、CTSC、RAP2B和SSR4)	样本量相对有限，需要更多外部验证	开发ESCC预后预测模型并探索治疗选择	食管鳞状细胞癌患者	数字病理学	食管癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	风险预后模型	基因表达数据	GEO数据库8例、TCGA数据库99例、MSKCC中心140例
163	2025-05-04	Integrated Analysis of Bulk RNA Sequencing, eQTL, GWAS, and Single-Cell RNA Sequencing Reveals Key Genes in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70359 PMID:39853609	research paper	通过整合分析bulk RNA测序、eQTL、GWAS和单细胞RNA测序数据，揭示了肝细胞癌中的关键基因	发现了SERPING1和STEAP3两个基因在肝细胞癌的发生和发展中的关键作用，并揭示了它们在代谢调控和巨噬细胞激活等生物过程中的作用	研究依赖于公开数据集，可能存在样本选择偏差，且实验验证仅限于部分基因	发现肝细胞癌的新分子靶点用于检测和治疗	肝细胞癌（HCC）	digital pathology	liver cancer	bulk RNA测序, eQTL分析, GWAS, 单细胞RNA测序, Western blotting, 免疫组化, 定量PCR	NA	RNA测序数据, 临床数据	三个公开的HCC数据集（来自TCGA和GEO）
164	2025-05-04	A20 as a Potential Therapeutic Target for COVID-19 2025-Jan, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70127 PMID:39853876	review	本文探讨了A20作为COVID-19潜在治疗靶点的作用及其调控机制	提出A20作为调控COVID-19病理过程的关键因子，并探讨其在抗感染和抗炎症中的作用	研究主要基于文献综述和单细胞RNA-seq数据分析，缺乏实验验证	探索A20在COVID-19病理过程中的调控机制及其作为治疗靶点的潜力	COVID-19患者和健康个体的单细胞RNA-seq数据	医学研究	COVID-19	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	来自NCBI GEO数据库的健康个体和不同严重程度COVID-19患者的数据
165	2025-05-04	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Biomechanical Loading-Induced Imbalance in Bone and Fat, Leading to Ossification in Lumbar Intervertebral Disc Nucleus Pulposus Degeneration 2025-Jan, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31506 PMID:39854079	研究论文	通过单细胞转录组分析，研究生物力学负荷对腰椎间盘退变中髓核骨化的影响	发现了一种受生物力学负荷影响的CITED4+METRN+软骨细胞亚群，并揭示了其在髓核骨化中的作用	样本量较小（仅5例新鲜组织），且部分分析基于回顾性样本	探索腰椎间盘退变中髓核骨化的细胞机制和生物力学影响	腰椎间盘髓核组织（L3-S1节段）	单细胞转录组学	腰椎间盘退变	单细胞RNA测序、免疫组织化学、免疫荧光	NA	RNA测序数据、组织病理学图像	5例新鲜NP组织（L3-S1节段）+回顾性石蜡样本
166	2025-05-04	Exploring a pico-well based scRNA-seq method (HIVE) for simplified processing of equine bronchoalveolar lavage cells 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317343 PMID:39854349	研究论文	本研究评估了基于pico-well的HIVE™ scRNA-seq方法在处理马哮喘（EA）患者的支气管肺泡灌洗（BAL）细胞中的应用	HIVE方法具有实用优势，包括适用于野外和临床环境，以及适合处理敏感细胞的温和工作流程	HIVE方法在细胞类型代表性方面存在偏差，特别是粒细胞和肥大细胞的准确性需要进一步优化	评估HIVE™ scRNA-seq方法在马哮喘研究中的应用效果	马哮喘患者的支气管肺泡灌洗（BAL）细胞	数字病理学	马哮喘	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	马哮喘患者的BAL细胞样本
167	2025-05-04	Preliminary screening of new biomarkers for sepsis using bioinformatics and experimental validation 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317608 PMID:39854580	研究论文	通过生物信息学和实验验证筛选脓毒症的新生物标志物	筛选出S100A11、QPCT和IFITM2作为脓毒症的潜在新生物标志物，并通过生物信息学分析和qPCR验证其与患者预后的紧密关联	研究样本来源有限，仅基于公开数据库和部分实验验证，未进行大规模临床验证	筛选脓毒症的新型生物标志物	脓毒症患者的基因表达数据	生物信息学	脓毒症	加权基因共表达网络分析(WGCNA)、meta分析、生存分析、基因集富集分析(GSEA)、单细胞测序、qPCR	NA	基因表达数据	来自中国国家基因库(CNGBdb)的脓毒症数据，具体样本数量未明确说明
168	2025-05-04	Comprehensive transcriptomic analysis integrating bulk and single-cell RNA-seq with machine learning to identify and validate mitochondrial unfolded protein response biomarkers in patients with ischemic stroke 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1582252 PMID:40313716	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，结合机器学习方法，识别并验证了缺血性卒中患者中线粒体未折叠蛋白反应的生物标志物	首次综合运用生物信息学方法和机器学习技术，识别出与缺血性卒中相关的线粒体未折叠蛋白反应生物标志物，并通过实验验证了其诊断价值	研究样本量可能有限，且生物标志物的临床应用价值需要进一步验证	探索线粒体未折叠蛋白反应在缺血性卒中中的分子机制，并寻找相关生物标志物	缺血性卒中患者	生物信息学	缺血性卒中	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 机器学习, RT-qPCR	机器学习	基因表达数据	GSE58294数据集中的样本，以及人类外周血样本
169	2025-05-04	CITED2 Binding to EP300 Regulates Human Spermatogonial Stem Cell Proliferation and Survival Through HSPA6 2025, Stem cells international IF:3.8Q2 DOI:10.1155/sci/2362489 PMID:40313859	研究论文	本研究探讨了CITED2通过结合EP300调控人类精原干细胞增殖和存活的机制	揭示了CITED2在人类精原干细胞中的新功能及其通过HSPA6调节增殖和凋亡的机制	研究主要基于体外细胞系实验，未涉及体内模型验证	阐明人类精原干细胞自我更新和分化的调控机制	人类精原干细胞	生殖生物学	男性不育	单细胞测序、RNA测序、免疫共沉淀	NA	测序数据	人类睾丸GEO数据集中的单细胞测序数据
170	2025-05-04	The malignant signature gene of cancer-associated fibroblasts serves as a potential prognostic biomarker for colon adenocarcinoma patients 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1589678 PMID:40313961	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术识别并验证了与癌症相关成纤维细胞恶性相关的基因标记，特别是FNDC5基因，作为结肠腺癌患者的潜在预后生物标志物	首次通过单细胞RNA测序结合CNV推断和伪时间轨迹分析，识别出与CAFs恶性相关的基因，并验证了FNDC5作为独立预后基因的潜力	样本量相对较小（8,911个细胞），且仅在体外实验中验证了FNDC5的功能	探索癌症相关成纤维细胞在结肠腺癌中的特异性作用，并寻找潜在的预后生物标志物	结肠腺癌患者的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），CNV分析，伪时间轨迹分析	Cox回归模型，LASSO回归	单细胞RNA测序数据	8,911个来自正常和肿瘤样本的细胞
171	2025-05-04	BTG2-deficient mast cells remodel the tumor and tumor-draining lymph node microenvironment leading to chemotherapy resistance in breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1562700 PMID:40313959	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了BTG2缺陷型肥大细胞在乳腺癌肿瘤微环境和肿瘤引流淋巴结中的作用，及其与新辅助化疗耐药性的关联	首次发现低表达BTG2的肥大细胞通过IL-2分泌诱导Treg细胞产生，并通过Tryptase-PAR-2-pERK信号通路促进成纤维前体细胞分化，从而导致化疗耐药	研究样本量较小（仅4例乳腺癌患者），且机制研究主要在鼠模型中进行验证	探究乳腺癌化疗耐药性的免疫调控机制	乳腺癌患者肿瘤引流淋巴结和肿瘤组织中的肥大细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	鼠模型	RNA测序数据	4例乳腺癌患者（敏感组和耐药组各2例）
172	2025-05-04	Revisiting the role of cancer-associated fibroblasts in tumor microenvironment 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1582532 PMID:40313969	综述	本文深入探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肿瘤微环境中的作用及其研究挑战	提出了CAF研究中的标准化命名和生物标志物缺乏问题，并探讨了CAFs在免疫逃逸和治疗抵抗中的动态作用	CAFs的异质性和功能多样性尚未完全理解，现有检测方法缺乏标准化和可靠的定量测量	旨在分析CAF研究中的挑战，提出未来研究方向，并强调改进CAF靶向治疗策略的必要性	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肿瘤微环境中的作用	肿瘤生物学	癌症	单细胞转录组学、抗体检测、mRNA探针	NA	NA	NA
173	2025-05-04	Perivascular RELMα-positive synovial macrophages recruit monocytes at the onset of inflammatory arthritis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567661 PMID:40313955	research paper	该研究揭示了在炎症性关节炎发病初期，RELMα阳性的滑膜巨噬细胞如何通过分泌CCL2招募单核细胞至滑膜间质	首次定位了RELMα阳性巨噬细胞在滑膜间质及血管周围的具体位置，并阐明了它们在单核细胞招募中的作用机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类疾病中的适用性尚需验证	探究炎症性关节炎发病初期单核细胞招募的细胞机制	RELMα阳性滑膜巨噬细胞和单核细胞	免疫学	类风湿性关节炎	scRNA-seq, 报告基因小鼠模型	抗原诱导关节炎小鼠模型	基因表达数据	NA
174	2025-05-04	Development of a hypoxia-responsive macrophage prognostic model using single-cell and bulk RNA sequencing in pancreatic cancer 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322618 PMID:40315225	research paper	开发了一种基于单细胞和批量RNA测序的低氧响应性巨噬细胞预后模型，用于胰腺癌	整合单细胞RNA测序数据和TCGA-PAAD数据库，构建了一个包含13个关键基因的低氧相关预后模型，该模型在预测化疗反应和不良预后方面优于传统的临床病理特征	研究主要基于TCGA-PAAD数据库和单细胞RNA测序数据，可能受到数据来源的限制	研究胰腺导管腺癌（PDAC）中低氧肿瘤微环境的复杂动态，并构建一个低氧相关的预后模型	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	digital pathology	pancreatic cancer	scRNA-seq, bulk RNA sequencing	Cox regression, Lasso regression	RNA sequencing data	TCGA-PAAD数据库和单细胞RNA测序数据
175	2025-05-04	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing identifies and validates T cell-related prognostic model in hepatocellular carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322706 PMID:40315269	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建并验证了肝细胞癌中T细胞相关的预后模型	结合单细胞和批量RNA测序数据，识别了T细胞相关基因，并构建了一个包含PTTG1、LMNB1、SLC38A1和BATF的预后模型	样本量相对较小，仅包括10名HCC患者的单细胞数据和25名患者的组织样本	构建肝细胞癌（HCC）的T细胞相关预后模型，以改善患者分层和个性化治疗策略	肝细胞癌（HCC）患者及其T细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、免疫组化（IHC）	LASSO回归	RNA测序数据、临床数据	10名HCC患者的单细胞数据、25名患者的组织样本
176	2025-05-04	TCR transgenic clone selection guided by immune receptor analysis and single-cell RNA expression of polyclonal responders 2024-Dec-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98344 PMID:39854619	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞测序和TCR库分析快速选择最佳TCR转基因克隆的方法，并成功生成了针对SARS-CoV-2 Spike蛋白的特异性TCR转基因小鼠	结合单细胞测序和TCR库分析，无需杂交瘤筛选即可快速选择最佳TCR克隆，并生成特异性TCR转基因小鼠	方法依赖于单细胞测序和TCR库分析技术，可能对实验条件和技术要求较高	开发一种快速选择抗原特异性TCR序列并生成TCR转基因小鼠的方法	T细胞受体(TCR)转基因克隆和SARS-CoV-2 Spike蛋白特异性CD8 T细胞	免疫学	COVID-19	单细胞测序、TCR库分析、PCR克隆	CORSET8转基因小鼠模型	单细胞RNA表达数据、TCR序列数据	NA
177	2025-05-04	NK cell exhaustion in Wilson's disease revealed by single-cell RNA sequencing predicts the prognosis of cholecystitis 2024-Dec-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98867 PMID:39854622	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示威尔逊病中NK细胞耗竭与胆囊炎预后的关系	首次在威尔逊病中发现NK细胞耗竭现象，并证实其与胆囊炎不良预后的相关性	研究为回顾性临床研究，需要进一步的前瞻性研究验证	探究威尔逊病中代谢异常如何影响胆囊炎风险及预后的机制	威尔逊病患者及其肝脏免疫细胞	数字病理学	威尔逊病, 胆囊炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据, 临床数据	未明确说明样本量的威尔逊病患者队列
178	2025-05-04	scMMAE: masked cross-attention network for single-cell multimodal omics fusion to enhance unimodal omics 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf010 PMID:39851073	研究论文	提出了一种名为scMMAE的新型框架，通过掩码自编码器和交叉注意力机制融合单细胞多组学数据，以增强单组学分析	scMMAE不仅关注不同组学间的对齐，还捕捉每种组学的独特信息，并将多组学知识迁移到单组学分析中	NA	开发计算方法来整合单细胞多组学数据并提升单组学分析性能	单细胞转录组学和蛋白质组学数据	生物信息学	NA	单细胞多组学分析	掩码自编码器（masked autoencoder）与交叉注意力机制（cross-attention）	单细胞转录组和蛋白质组数据	多个单细胞队列数据（具体数量未明确说明）
179	2025-05-04	Complex hierarchical structures analysis in single-cell data with Poincaré deep manifold transformation 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae687 PMID:39851075	研究论文	提出了一种名为PoincaréDMT的方法，用于在单细胞RNA测序数据中分析复杂的层次结构	通过将高维scRNA-seq数据映射到双曲Poincaré盘，结合图拉普拉斯矩阵和结构模块，实现了全局和局部结构的保留与校正，并整合批次图减轻批次效应	未明确提及具体局限性	解决scRNA-seq数据分析中结构保留不完整和嵌入高失真等问题，有效建模多分支复杂细胞轨迹	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	PoincaréDMT	基因表达数据	模拟和真实scRNA-seq数据集
180	2025-05-04	Immunotherapy drives mesenchymal tumor cell state shift and TME immune response in glioblastoma patients 2024-08-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae085 PMID:38695342	研究论文	该研究通过单细胞RNA-seq分析，探讨了免疫检查点抑制剂nivolumab治疗胶质母细胞瘤患者时的肿瘤细胞和肿瘤微环境的表型和转录动态	发现了一种与免疫治疗相关的肿瘤细胞向间充质干细胞样状态转变的抵抗机制特征，并开发了一个潜在的免疫特征	研究样本量相对较小（76个肿瘤样本），虽然在大规模外部数据集（n=298）中验证了结果，但可能仍需更多独立研究验证	识别胶质母细胞瘤免疫治疗抵抗机制，为设计新型治疗策略提供依据	胶质母细胞瘤患者肿瘤样本	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	76个肿瘤样本（临床试验）+ 298个外部数据集样本