单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-07-16	Integrative Single-Cell Analysis Decodes Gene Expression and Chromatin Accessibility in the Developing Human Fetal Brain 2025-Jul-15, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05184-x PMID:40663269	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序，研究人类胎儿大脑发育过程中的基因表达和染色质可及性	构建了单细胞转录组和表观基因组图谱，揭示了神经细胞增殖、分化和功能成熟的关键信号通路，并预测了神经发生过程中的潜在调控元件	研究仅涵盖了8至17周妊娠期的人类胎儿脑组织，可能无法全面反映整个发育过程的动态变化	深入理解胎儿大脑发育、细胞异质性、谱系关系和转录调控网络	人类胎儿脑组织	基因组学	神经发育障碍	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	8至17周妊娠期的人类胎儿脑组织
162	2025-07-16	Testis Molecular Pathways in CAIS Unveil Testosterone/Estradiol on Germ Cell Tumor Risk in Non-Obstructive Azoospermia 2025-Jul-14, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/clinem/dgaf404 PMID:40658795	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了非梗阻性无精子症（NOA）患者睾丸体细胞中的分子通路，揭示了睾酮/雌二醇比例对生殖细胞肿瘤风险的预测价值	首次在CAIS患者睾丸体细胞中鉴定出与NOA相关的分子通路，并发现睾酮/雌二醇比例对非遗传性NOA患者睾丸生殖细胞癌的预后作用	样本量有限，特别是CAIS患者仅1例，需要更大样本验证	探索NOA不同亚型睾丸体细胞的分子特征及其与睾丸生殖细胞癌风险的关系	非梗阻性无精子症患者（包括CAIS和KS患者）的睾丸体细胞	生殖医学	男性不育症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	752例男性（120例生育能力正常，155例不育，116例NOA，18例KS，343例TGCC）
163	2025-07-16	A novel multislice framework for precision 3D spatial domain reconstruction and disease pathology analysis 2025-Jul-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280281.124 PMID:40659497	研究论文	提出了一种名为STMSC的多切片联合分析框架，用于精确的三维空间域重建和疾病病理分析	STMSC框架引入了预校正机制，能够精确识别复杂的空间域，并通过图注意力自编码器平衡不同层次的生物信息，提高了空间转录组学分析的准确性	未明确提及具体的数据集规模或实验验证的广泛性	开发一种能够全面捕捉多层生物异质性的三维空间域重建方法，以深入理解组织成分和机制	组织切片和病理数据集	数字病理	癌症	空间转录组学(ST)、H&E成像	图注意力自编码器	图像、空间转录组数据	NA
164	2025-07-16	Atlas of amnion development during the first trimester of human pregnancy 2025-Jul-14, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01696-9 PMID:40659869	研究论文	通过单细胞转录组学技术，研究人类妊娠早期羊膜的细胞类型和亚型，揭示其动态重塑过程及细胞间通讯机制	首次系统鉴定人类妊娠早期羊膜的主要细胞类型和亚型，发现上皮-间质和上皮-免疫细胞间的动态转换，揭示BMP4和TGF-β信号通路在羊膜形态发生中的协调作用	研究仅关注妊娠早期羊膜发育，未涉及妊娠中晚期的变化	阐明人类羊膜在妊娠早期的发育过程及其细胞组成和相互作用	人类妊娠早期的羊膜组织	发育生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，涉及人类、非人灵长类和体外干细胞模型
165	2025-07-16	Gene regulatory networks and essential transcription factors for de novo-originated genes 2025-Jul-14, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1 DOI:10.1038/s41559-025-02747-y PMID:40659874	研究论文	该研究通过计算方法和单细胞RNA测序数据，鉴定了调控新生基因表达的关键转录因子	首次揭示了新生基因表达的调控程序，并识别了特定转录因子在调控新生基因中的关键作用	研究主要基于果蝇模型，可能不适用于所有物种	探索新生基因表达的调控机制	新生基因及其调控转录因子	基因组学	NA	单细胞RNA测序	计算模型	RNA测序数据	NA
166	2025-07-16	CD8+GZMK+CD27+CCR7+ T cells mobilized by splenic sympathetic nerves aggravate brain ischemia‒reperfusion injury via CCL19-positive endothelial cells 2025-Jul-14, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01311-9 PMID:40659887	研究论文	本研究探讨了脾交感神经活动对缺血性中风后外周免疫的调控作用，并揭示了脾-脑-免疫轴通讯的新机制	发现了一种新型的GZMK+CD8+CD27+CCR7+ T细胞亚群（Tsa细胞），并阐明了脾交感神经系统通过ADRB2信号和CCL19-CCR7趋化轴促进Tsa细胞动员和脑浸润的机制	研究主要基于小鼠模型，在人类患者中的验证仍需进一步研究	探究脾交感神经活动在缺血性中风后免疫反应中的作用及其治疗潜力	急性缺血性中风患者和小鼠模型	神经免疫学	缺血性中风	单细胞RNA测序，脾交感神经切除术（SDN），短暂性大脑中动脉闭塞（tMCAO）模型	小鼠tMCAO模型	RNA测序数据，临床数据	急性缺血性中风患者和小鼠模型样本
167	2025-07-16	Single-cell and spatial transcriptomics map senescent vascular cells in arterial remodeling during atherosclerosis in mice 2025-Jul-14, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00889-z PMID:40660002	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统性地研究了动脉粥样硬化中衰老血管细胞的异质性	揭示了动脉粥样硬化中血管细胞衰老的转录组特征，并验证了这些特征在衰老过程中的富集	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仅限于体外实验	探索动脉粥样硬化中血管细胞衰老的异质性及其转录组特征	小鼠主动脉的血管平滑肌细胞、成纤维细胞和T细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	小鼠主动脉样本及体外培养的人血管平滑肌细胞
168	2025-07-16	Human adipose-derived mesenchymal stem cell-derived exosomes induce epithelial remodeling and anti-scar healing revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Jul-14, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03548-y PMID:40660260	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了人脂肪来源间充质干细胞外泌体（hADSC-Exos）在无疤痕愈合中的作用机制	首次利用单细胞RNA测序技术解析hADSC-Exos如何通过调控上皮细胞和成纤维细胞促进无疤痕愈合，并发现14-3-3 zeta-YAP-Hippo信号通路的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究hADSC-Exos在伤口无疤痕愈合中的分子机制	野生型和hADSC-Exos处理的小鼠伤口组织	再生医学	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序	动物模型（小鼠）	RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用术后第14天的小鼠伤口组织
169	2025-07-16	Targeted Inhibition of cGAS/STING signaling induced by aberrant R-Loops in the nucleus pulposus to alleviate cellular senescence and intervertebral disc degeneration 2025-Jul-14, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03579-5 PMID:40660286	研究论文	该研究通过单细胞RNA-seq数据分析，揭示了异常R-Loops积累通过激活cGAS/STING信号通路导致髓核细胞衰老和椎间盘退变的机制，并开发了一种靶向纳米递送平台用于治疗	首次发现R-Loops异常积累通过cGAS/STING通路导致髓核细胞衰老，并开发了靶向纳米递送平台CTP-PEG-PAMAM用于递送si-Ercc5治疗椎间盘退变	研究主要基于大鼠穿刺模型，临床转化效果尚需进一步验证	探索椎间盘退变的分子机制并开发靶向治疗策略	髓核细胞(NPCs)和椎间盘退变(IVDD)大鼠模型	分子生物学与纳米医学	椎间盘退变	单细胞RNA-seq、纳米递送技术	大鼠穿刺模型	RNA-seq数据	NA
170	2025-07-16	DnaK of Parvimonas micra extracellular vesicles interacts with the host fibroblasts BAG3-IKK-γ axis to accelerate TNF-α secretion in oral lichen planus 2025-Jul-14, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02151-5 PMID:40660385	研究论文	该研究揭示了口腔扁平苔藓(OLP)中Parvimonas micra(P. micra)及其细胞外囊泡(EVs)通过DnaK-BAG3-IKK-γ轴抑制自噬并促进TNF-α分泌的致病机制	首次发现P. micra是OLP发展中的关键病原体，并阐明其EVs通过DnaK-BAG3-IKK-γ轴调控自噬和TNF-α分泌的新机制	研究主要关注P. micra及其EVs的作用，其他口腔微生物的潜在贡献未被充分探讨	探究口腔扁平苔藓(OLP)的致病机制	非糜烂性/糜烂性OLP患者和健康个体的口腔微生物组及成纤维细胞	微生物组学	口腔扁平苔藓	微生物组分析、单细胞RNA测序、网络分析、随机森林分析、NetShift分析	NA	微生物组数据、单细胞RNA测序数据	OLP患者和健康个体的颊黏膜、唇黏膜、舌背和唾液样本
171	2025-07-16	A scRNA-seq reference contrasting living and early post-mortem human retina across diverse donor states 2025-Jul-14, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-025-00796-9 PMID:40660409	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，对比分析了活体和早期死后人类视网膜样本，建立了视网膜细胞类型比例和细胞状态的参考图谱	首次在单细胞水平对比活体与死后人类视网膜组织的转录组差异，并发现了一个新的mlCone光感受器亚群ELF1-mlCone	样本量相对有限（9个主要样本+4个验证样本），且死后样本采集时间窗口（6小时内）可能影响结果	建立活体人类视网膜的单细胞参考图谱，补充现有死后组织数据集	人类视网膜组织（活体治疗性眼球摘除样本和死后捐赠样本）	单细胞基因组学	视网膜疾病	scRNA-seq（10x Genomics 3' RNA-seq），scVI整合分析，RNA velocity，CellChat细胞通讯分析	scVI（用于批次校正的深度生成模型）	单细胞转录组数据	106,829个单细胞（来自9个未冷冻样本，包括5个活体样本+4个死后样本），外加4个独立验证样本
172	2025-07-16	SCassist: An AI Based Workflow Assistant for Single-Cell Analysis 2025-Jul-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf402 PMID:40650988	research paper	开发了一个基于AI的单细胞RNA测序数据分析辅助工具SCassist，利用大语言模型优化分析流程	整合大语言模型（如Google的Gemini、OpenAI的GPT和Meta的Llama3）到scRNA-seq分析流程中，提供参数推荐和结果解释	未提及具体性能对比实验或用户评估结果	降低单细胞RNA测序数据分析的复杂性和门槛	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	LLM（Gemini/GPT/Llama3）	基因表达数据	NA
173	2025-07-16	SIRT7 facilitates ferroptosis resistance of melanocytes via activating the SMAD3-ATF3-GPX4 signaling pathway in vitiligo 2025-Jul-12, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.07.020 PMID:40659088	研究论文	本研究探讨了SIRT7在白癜风黑色素细胞铁死亡中的潜在调控机制	揭示了SIRT7通过激活SMAD3-ATF3-GPX4信号通路保护黑色素细胞免受铁死亡的新机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类临床应用的转化仍需进一步验证	探究SIRT7在白癜风黑色素细胞铁死亡中的调控作用	白癜风患者的皮损周围皮肤和健康供体的黑色素细胞	分子生物学	白癜风	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基因敲除小鼠模型(Sirt7 MCKO)	蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，包括白癜风患者皮损组织和健康供体组织
174	2025-07-16	Single-cell spatial transcriptomics reveals immunotherapy-driven bone marrow niche remodeling in AML 2025-Jul-11, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adw4871 PMID:40632867	研究论文	通过单细胞空间转录组学技术，研究免疫治疗对急性髓系白血病（AML）患者骨髓微环境的重塑作用	结合单细胞RNA测序和单细胞空间转录组学数据，利用深度学习图像分析技术，精确量化细胞间距离，揭示免疫治疗后白血病细胞与免疫细胞间的相互作用	样本量有限，且仅针对特定免疫治疗方案（pembrolizumab和decitabine）进行研究	探索免疫治疗对AML患者骨髓微环境的影响	接受pembrolizumab和decitabine治疗的AML患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学	深度学习	图像, 转录组数据	未明确提及具体样本数量
175	2025-07-16	PIP4K2C inhibition reverses autophagic flux impairment induced by SARS-CoV-2 2025-Jul-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61759-1 PMID:40640184	研究论文	研究发现小分子抑制剂RMC-113通过抑制PIP4K2C和PIKfyve脂质激酶，逆转SARS-CoV-2诱导的自噬流障碍，从而抑制多种RNA病毒的复制	揭示了PIP4K2C在SARS-CoV-2进入、RNA复制和组装/释放中的作用，并验证了其作为抗病毒靶点的潜力	研究主要基于人类肺类器官模型，尚未在临床环境中验证	寻找广谱抗病毒药物并研究其作用机制	SARS-CoV-2及其他RNA病毒	病毒学	COVID-19	脂质组学分析、蛋白质组学、单细胞转录组学	人类肺类器官模型	分子生物学数据、转录组数据	NA
176	2025-07-16	Mineralocorticoid receptor knockout alters hippocampal CA2 neurons to become like those in CA1 2025-Jul-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08378-0 PMID:40640339	研究论文	研究探讨了矿物皮质激素受体（MR）敲除如何改变海马CA2区神经元，使其类似于CA1区神经元	揭示了MR在控制CA2神经元分子表型中的关键作用，以及MR敲除导致CA2神经元向CA1样表型转变的现象	研究主要关注发育过程中的变化，未探讨成年期MR敲除的影响	理解MR敲除对海马CA2区神经元命运或状态的影响	小鼠海马CA2区神经元	神经科学	NA	空间转录组学	条件性敲除小鼠模型	分子表型数据	未明确说明
177	2025-07-16	Antiviral Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia 2025-Jul-09, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiaf367 PMID:40628395	research paper	该研究通过比较血浆蛋白质组学和单细胞转录组学，分析了HIV-1治疗停止前后外周血单个核细胞的免疫反应	发现病毒反弹前CD16++单核细胞的显著增加及其抗病毒基因表达上调的独特转录特征	研究样本可能仅限于特定人群或条件，未提及样本多样性或长期随访数据	识别治疗停止后病毒反弹的早期信号，以延长病毒反弹时间和治愈HIV-1	HIV-1感染者的外周血单个核细胞（PBMCs）和血浆	免疫学	HIV-1感染	血浆蛋白质组学、单细胞转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	未明确提及具体样本数量，涉及治疗停止前后的PBMCs和血浆样本
178	2025-07-16	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Jul-09, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70057 PMID:40631762	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和条件性基因敲除技术，探讨了Yap和Taz在嗅觉鞘细胞（OECs）和施万细胞（SCs）发育中的不同作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	揭示了Yap和Taz在OECs和SCs发育中的不同作用，以及这些变化对嗅觉上皮发育的间接影响，同时发现GnRH-1神经元迁移不受影响	研究仅在小鼠胚胎鼻组织中进行，未涉及人类或其他模型，且对OECs发育的分子机制理解仍不完全	探讨Yap和Taz在OECs和SCs发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	小鼠胚胎鼻组织中的OECs、SCs、GnRH-1神经元	developmental biology	NA	单细胞RNA测序、条件性基因敲除	Sox10-Cre小鼠	RNA测序数据	小鼠胚胎鼻组织
179	2025-07-16	Early developmental origins of cortical disorders modeled in human neural stem cells 2025-Jul-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61316-w PMID:40634286	research paper	该研究通过人类神经干细胞探索皮质障碍的早期发育起源	揭示了皮质和神经精神障碍相关基因在人类神经干细胞中的表达动态，以及风险基因在脑组织者和皮质生成过程中的作用	研究主要基于体外和体内模型，可能无法完全模拟人类大脑发育的复杂性	探索人类大脑早期发育阶段与皮质障碍的关联	人类神经干细胞（NSCs）	神经科学	皮质障碍	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
180	2025-07-16	An amphiregulin reporter mouse enables transcriptional and clonal expansion analysis of reparative lung Tregs 2025-Jul-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187245 PMID:40626358	研究论文	本文介绍了一种新型报告小鼠模型AregThy1.1，用于研究修复性肺Treg细胞的转录和克隆扩增	开发了首个能够检测活细胞中Areg表达的报告小鼠模型，并揭示了Treg细胞在组织修复中的功能分化和克隆扩增偏好	研究主要基于小鼠模型，人类Treg细胞可能存在差异	探究调节性T细胞(Tregs)在组织修复中的作用机制	产生双调蛋白(Areg)的Treg细胞亚群	免疫学	肺损伤	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)，单细胞TCR测序	AregThy1.1报告小鼠模型	单细胞转录组数据	使用流感A和博来霉素诱导的肺损伤小鼠模型