单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-06-14	The transcriptomes, connections and development of submucosal neuron classes in the mouse small intestine 2025-Jun, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01962-x PMID:40442499	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠小肠黏膜下神经丛中神经元的组成、连接及发育过程	发现了两个潜在的分泌运动神经元类别和一个先前未被识别的黏膜下内源性初级传入神经元类别，并揭示了它们与肠嗜铬细胞的意外紧密关联	研究仅限于小鼠模型，人类肠道神经系统的可比性尚待验证	阐明肠道黏膜下神经丛的神经元组成、连接模式和发育机制	小鼠小肠黏膜下神经丛神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序、病毒介导标记、谱系追踪	NA	转录组数据、形态学数据	NA（未明确说明样本数量）
162	2025-06-14	Identification and Mapping of Human Lymph Node Stromal Cell Subsets by Combining Single-Cell RNA Sequencing with Spatial Transcriptomics 2025-Jun, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202451218 PMID:40498289	研究论文	该研究通过结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，鉴定了人类淋巴结基质细胞的亚型并绘制了它们的空间分布	首次全面定义了10种人类淋巴结基质细胞亚型的基因特征，并通过空间转录组学预测了它们在淋巴结组织中的定位	研究仅基于13个淋巴结供体的数据，样本量相对有限	揭示人类淋巴结基质细胞的异质性及其空间分布特征	人类淋巴结基质细胞(LNSCs)	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	9267个淋巴结基质细胞，来自13个淋巴结供体
163	2025-06-14	T2T-CHM13 versus hg38: accurate identification of immunoglobulin isotypes from scRNA-seq requires a genome reference matched for ancestry 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf074 PMID:40503052	研究论文	本文探讨了使用不同基因组参考（T2T-CHM13与hg38）在单细胞RNA测序中准确识别免疫球蛋白同种型的重要性	揭示了基因组参考的祖先匹配性对免疫球蛋白同种型准确识别的影响，并展示了T2T-CHM13在欧洲样本中的优越性能	T2T-CHM13在东亚样本中未能满足'一个细胞一个抗体'的原则	研究基因组参考的祖先匹配性对单细胞RNA测序中免疫球蛋白同种型识别的影响	B细胞和抗体分泌细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及欧洲和东亚的样本
164	2025-06-14	Grape-Derived Exosome-Like Nanovesicles Effectively Ameliorate Skin Photoaging by Protecting Epithelial Cells 2025-Jun, Journal of food science IF:3.2Q2 DOI:10.1111/1750-3841.70309 PMID:40504599	研究论文	本研究探讨了葡萄来源的外泌体样纳米颗粒（GENs）对光老化皮肤的效果及其初步作用机制	首次发现葡萄来源的外泌体样纳米颗粒（GENs）能有效减少紫外线对皮肤的损伤并促进皮肤修复与再生	研究尚未深入探讨GENs的具体分子机制及其长期使用的安全性	探索新型抗光老化治疗方法	光老化皮肤及上皮细胞	皮肤医学	皮肤光老化	单细胞测序	NA	体外和体内实验数据	未明确说明样本数量
165	2025-06-14	RNA binding proteins PCBP1 and PCBP2 regulate pancreatic β cell translation 2025-May-30, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102175 PMID:40451383	研究论文	本研究探讨了RNA结合蛋白PCBP1和PCBP2在调节胰腺β细胞翻译中的作用及其对葡萄糖稳态的影响	揭示了PCBP1和PCBP2在维持β细胞mRNA翻译中的协同作用及其对葡萄糖稳态的关键调控机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类β细胞中的适用性尚需进一步验证	探究PCBP1和PCBP2在β细胞稳态和翻译调控中的作用	小鼠β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot、RNA免疫沉淀、CRISPR-Cas9、shRNA、嘌呤霉素标记	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质印迹数据	基因修饰小鼠的β细胞
166	2025-06-14	Insulin-Degrading Enzyme Regulates mRNA Processing and May Interact with the CCR4-NOT Complex 2025-May-28, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14110792 PMID:40497968	研究论文	该研究探讨了胰岛素降解酶（Ide）在mRNA处理和蛋白质稳态中的潜在作用	发现Ide可能与CCR4-NOT复合物相互作用，共同调控基因表达和蛋白质稳态	研究提出的模型是推测性的，需要进一步实验验证	阐明Ide在细胞生理学和蛋白质稳态中的更广泛功能	人类和小鼠Ide蛋白及CCR4-NOT复合物	分子生物学	NA	蛋白质组学、转录组学、邻近生物素化技术	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	NA
167	2025-06-14	Molecular Fingerprint of Endocannabinoid Signaling in the Developing Paraventricular Nucleus of the Hypothalamus as Revealed by Single-Cell RNA-Seq and In Situ Hybridization 2025-May-27, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14110788 PMID:40497964	研究论文	通过单细胞RNA测序和原位杂交技术，揭示了小鼠下丘脑室旁核发育过程中内源性大麻素信号传导的分子指纹	首次描述了PVN中2-AG和AEA信号传导的时空图谱，特别是在神经元发育过程中的表达模式	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	探索下丘脑室旁核发育过程中内源性大麻素信号传导的分子机制	小鼠下丘脑室旁核的神经元和星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序、原位杂交、免疫组织化学	NA	RNA-seq数据、图像数据	小鼠胎儿和出生后发育阶段的样本
168	2025-06-14	Huangqi decoction ameliorated intestinal barrier dysfunction via regulating NF-κB signaling pathway in slow transit constipation model mice 2025-May-27, World journal of gastrointestinal surgery IF:1.8Q2 DOI:10.4240/wjgs.v17.i5.106000 PMID:40502512	研究论文	研究黄芪汤通过调节NF-κB信号通路改善慢传输型便秘模型小鼠的肠道屏障功能障碍	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组测序技术，揭示了黄芪汤通过抑制NF-κB信号通路恢复肠道屏障功能的分子机制	研究仅在小鼠模型和LS174T细胞系中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究黄芪汤是否通过下调NF-κB信号通路和恢复肠道屏障功能来缓解慢传输型便秘	KM小鼠和LS174T细胞系	消化系统疾病研究	慢传输型便秘	单细胞RNA测序, 空间转录组测序, 免疫组织化学, Western blot	动物模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据	KM小鼠分组（对照组、模型组和黄芪汤治疗组）和LS174T细胞系
169	2025-06-14	Efficacy, safety and exploratory analysis of neoadjuvant tislelizumab (a PD-1 inhibitor) plus nab-paclitaxel followed by epirubicin/cyclophosphamide for triple-negative breast cancer: a phase 2 TREND trial 2025-May-26, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02254-3 PMID:40414961	研究论文	评估tislelizumab联合nab-paclitaxel和表柔比星/环磷酰胺作为三阴性乳腺癌新辅助治疗的有效性和安全性	首次在II期TREND试验中评估tislelizumab联合化疗作为三阴性乳腺癌新辅助治疗的疗效，并进行了单细胞RNA测序等多种组学分析	单臂研究设计，缺乏对照组，样本量较小（53例患者）	确定三阴性乳腺癌患者从新辅助免疫治疗中获益的最佳化疗方案和特定人群	三阴性乳腺癌患者	肿瘤学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, TCR-seq, cyTOF, WES	NA	临床数据，组学数据	53例三阴性乳腺癌患者（44例完成治疗）
170	2025-06-14	The cGAS/STING Pathway: Friend or Foe in Regulating Cardiomyopathy 2025-May-25, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14110778 PMID:40497954	review	该论文综述了cGAS/STING信号通路在心肌病炎症中的作用，并探讨了其调节机制及潜在治疗靶点	整合了人类单细胞RNA测序数据和系统文献综述，识别了现有分子干预措施并突出了有前景的治疗靶点	cGAS/STING通路在心肌病相关炎症中的确切分子机制仍不清楚且存在争议，未来研究需验证这些发现并促进其临床转化	探讨cGAS/STING信号通路在心肌病炎症中的作用及其调节机制	心肌病相关的炎症反应及cGAS/STING信号通路	心血管疾病研究	心肌病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	NA
171	2025-06-14	Dissecting PTPN7-driven aggressiveness in IDH-wildtype astrocytomas: multi-omics, clinical validation, and spatial transcriptomics for prognostic insights 2025-May-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02662-5 PMID:40413344	研究论文	本研究探讨了PTPN7在IDH野生型星形细胞瘤中的预后意义、空间分布及免疫相关功能，旨在阐明其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	首次全面评估PTPN7在胶质瘤中的预后价值和免疫调节作用，并利用空间转录组学揭示其分布特征	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证PTPN7的具体作用机制	探索PTPN7作为胶质瘤预后生物标志物和免疫治疗靶点的潜力	IDH野生型星形细胞瘤	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫组化	Cox生存分析、CIBERSORT免疫去卷积	mRNA表达数据、蛋白质表达数据	TCGA和CGGA数据库样本、70例免疫组化验证病例
172	2025-06-14	Functional heterogeneity and clinical implications of CD4+ T cell subtypes in high-grade serous ovarian carcinoma 2025-May-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3 DOI:10.5306/wjco.v16.i5.104138 PMID:40503412	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了高级别浆液性卵巢癌中CD4+ T细胞亚型的功能异质性及其临床意义	首次在高级别浆液性卵巢癌中系统描述了CD4+ T细胞亚型的空间分布特征，并鉴定出与不良预后相关的Treg3亚型	样本量相对有限（42例患者），且仅分析了附件组织和腹水样本	阐明CD4+ T细胞亚型在高级别浆液性卵巢癌中的功能异质性和组织特异性分布，寻找治疗靶点	42例高级别浆液性卵巢癌患者的附件组织和腹水样本	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督聚类分析	单细胞转录组数据	42例高级别浆液性卵巢癌患者
173	2025-06-14	Study on Liver Sinusoidal Endothelial Cell Fenestrations Based on Cellular Omics-Structure Integration Technology and Its Application in Metabolic Diseases 2025-May-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.653525 PMID:40475559	研究论文	本研究开发了一种新的细胞组学-结构整合技术平台（COSI），用于在单细胞水平同时获取基因表达谱和超分辨率细胞结构信息	开发了能够同时获取单细胞基因表达谱和超分辨率荧光图像的整合技术平台，填补了现有空间组学和细胞生物学研究的空白	未明确说明技术平台在临床应用中的具体限制条件	研究肝窦内皮细胞窗孔形成的分子机制及其在代谢疾病中的应用	原代肝窦内皮细胞	细胞生物学	代谢疾病	单细胞转录组学、超分辨率荧光显微镜、电子显微镜、深度学习分辨率增强	深度学习	基因表达数据、超分辨率图像数据	未明确说明具体样本数量，但包括原代肝窦内皮细胞以及NASH和糖尿病小鼠模型
174	2025-06-14	Single-cell RNA sequencing reveals SLC31A1-mediated M2 polarization of macrophages promotes malignant progression in triple-negative breast cancer 2025-May-14, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06191-0 PMID:40360897	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示SLC31A1介导的巨噬细胞M2极化促进三阴性乳腺癌恶性进展的机制	首次发现SLC31A1在三阴性乳腺癌髓系细胞（特别是巨噬细胞亚群）中的过表达，并阐明其通过诱导巨噬细胞M2极化促进肿瘤恶性表型的新机制	研究主要基于体外实验，需要进一步体内实验验证；临床样本量有限	探究三阴性乳腺癌免疫微环境中的关键调控因子及其作用机制	三阴性乳腺癌组织样本和细胞系	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq, qPCR, 流式细胞术, Transwell实验, 划痕实验, 铜离子和H2O2检测	NA	单细胞转录组数据, 分子生物学实验数据	未明确说明样本数量（三阴性乳腺癌组织）
175	2025-06-14	In situ profiling of plasma cell clonality with image-based single-cell transcriptomics 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.09.653118 PMID:40463110	研究论文	本文介绍了一种名为BCR-MERFISH的图像单细胞转录组学方法，用于在组织中分析浆细胞的克隆性	开发了BCR-MERFISH技术，结合V基因使用和转录组分析，首次在组织原位区分浆细胞克隆	目前仅在细胞培养和小鼠模型中验证，尚未应用于人类样本	研究浆细胞在组织中的克隆多样性和分布模式	小鼠肠道中的浆细胞	数字病理学	NA	BCR-MERFISH（B细胞受体多重误差鲁棒荧光原位杂交）	NA	图像和转录组数据	细胞培养和小鼠肠道组织样本
176	2025-06-14	Epidermal Loss of PRMT5 Leads to the Emergence of an Atypical Basal Keratinocyte-Like Cell Population and Defective Epidermal Stratification 2025-May-07, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.008 PMID:40339790	research paper	研究PRMT5在皮肤发育中的作用及其缺失对表皮分层和角质形成细胞的影响	首次揭示了PRMT5通过抑制Cdkn1a防止基底角质形成细胞衰老的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类皮肤中验证	探究PRMT5在表皮发育和角质形成细胞维持中的作用	PRMT5条件性敲除小鼠的表皮组织和角质形成细胞	developmental biology	ectodermal dysplasia, harlequin ichthyosis	single-cell RNA sequencing, ATAC-seq	conditional knockout mouse model	genomic data, transcriptomic data	PRMT5条件性敲除小鼠的表皮组织
177	2025-06-14	Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants 2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110460 PMID:39993695	研究论文	本研究利用数字空间分析技术，对一名患者的4次肾活检样本进行空间转录组学分析，探究急性抗体介导排斥反应（AMR）中肾小球的分子特征	首次在AMR中定位了天然免疫细胞（如NK细胞和巨噬细胞）的分子特征，并揭示了HLA II类抗原在肾小球中的上调表达	样本量较小（仅1名患者的4次活检），且治疗后足细胞转录本未恢复的机制尚不明确	探究急性抗体介导排斥反应中肾小球的分子变化特征	肾移植患者的活检样本（特别是肾小球）	数字病理学	肾脏疾病	Digital Spatial Profiling（数字空间分析）	NA	空间转录组数据	1名患者的4次肾活检样本
178	2025-06-14	GAEDGRN: reconstruction of gene regulatory networks based on gravity-inspired graph autoencoders 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf232 PMID:40415678	研究论文	提出了一种基于重力启发图自编码器的新型框架GAEDGRN，用于从单细胞RNA测序数据重建高分辨率基因调控网络	GAEDGRN通过重力启发图自编码器(GIGAE)捕捉基因调控网络中的复杂有向网络拓扑结构，并设计了基因重要性评分计算方法	未明确提及具体局限性	从单细胞RNA测序数据重建高分辨率基因调控网络以深入了解疾病发病机制	基因调控网络(GRNs)	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图自编码器(GIGAE)	基因表达数据	三种GRN类型的七种细胞类型
179	2025-06-14	The spatial transcriptome of the late-stage embryonic and postnatal mouse brain reveals spatiotemporal molecular markers 2025-Apr-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95496-8 PMID:40210990	研究论文	本研究通过空间转录组分析探索了小鼠大脑发育过程中的时空基因表达调控	发现了脉络丛、梨状皮层和丘脑的新分子标记物，以及能够确定发育阶段背侧内梨状核(DEn)的新分子标记物	研究主要集中在小鼠模型，人类大脑发育的适用性尚需验证	理解大脑发育过程中细胞和分子水平的基因表达调控	胚胎晚期和出生后小鼠大脑	空间转录组学	NA	空间转录组分析	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了公开可用的小鼠数据集
180	2025-06-14	Timing neural development and regeneration 2025-Apr, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102976 PMID:40010202	综述	本文综述了哺乳动物神经祖细胞时间身份调控机制的最新进展及其在胶质细胞向神经元重编程策略中的潜在治疗应用	整合时间身份规范与促神经因子过表达以提高重编程效率并扩大从重编程哺乳动物胶质细胞生成的神经元亚型范围	NA	探讨哺乳动物神经祖细胞时间身份的调控机制及其在神经再生治疗中的潜在应用	哺乳动物神经祖细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA