单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-05-01	Tumor-initiating cells escape tumor immunity via CCL8 from tumor-associated macrophages in mice 2025-Jan-07, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI180893 PMID:39774471	研究论文	本研究揭示了肿瘤起始细胞(TICs)通过肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)中的CCL8逃避免疫清除的机制	首次阐明了TICs通过GAS6/AXL/MERTK信号通路与调节性TAMs相互作用并分泌CCL8来逃避免疫清除的具体机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性有待进一步验证	探究肿瘤起始细胞逃避免疫清除的分子机制	肿瘤起始细胞(TICs)和调节性肿瘤相关巨噬细胞(Reg-TAMs)	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、双重组酶谱系追踪、化学抑制剂、条件性双敲除小鼠模型	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量(使用小鼠模型)
162	2025-05-01	Single-cell RNA sequencing identifies CXADR as a fate determinant of the placental exchange surface 2025-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55597-w PMID:39747179	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究小鼠滋养层干细胞在分化早期阶段的命运决定因子CXADR，揭示其在小鼠胎盘迷路两层合胞体分化动态中的调控作用	首次发现CXADR作为胎盘交换表面命运决定因子，揭示了滋养层干细胞分化过程中未被怀疑的细胞谱系多样化轨迹和调控因子	研究仅基于小鼠模型，人类胎盘中的相关机制仍需进一步验证	解析滋养层细胞谱系分化的分子机制，为理解人类妊娠健康与疾病提供依据	小鼠滋养层干细胞	单细胞基因组学	妊娠并发症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明数量的小鼠滋养层干细胞样本
163	2025-05-01	Orthologous marker groups reveal broad cell identity conservation across plant single-cell transcriptomes 2025-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55755-0 PMID:39747890	research paper	提出了一种名为Orthologous Marker Gene Groups (OMGs)的新计算方法，用于识别植物单细胞转录组中的细胞类型，并促进跨物种细胞类型的快速比较	开发了OMGs方法，无需跨物种数据整合即可准确确定物种间细胞相似性，并推出了用户友好的OMG浏览器工具	依赖于已发表的单细胞数据，可能受限于数据质量和注释的准确性	提高植物单细胞RNA测序中细胞类型识别的准确性并研究细胞类型的保守性	植物单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	15种不同植物物种的100万个细胞，268个细胞簇
164	2025-05-01	Physiological premature aging of ovarian blood vessels leads to decline in fertility in middle-aged mice 2025-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55509-y PMID:39747922	研究论文	该研究通过全器官成像和单细胞测序技术，揭示了中年小鼠卵巢血管过早老化导致生育能力下降的机制	首次发现卵巢血管内皮细胞老化是导致卵巢血管密度下降的主要原因，而非VEGFA不足，并验证了红景天苷对改善卵巢血管功能和生育能力的潜在治疗作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究中年女性生育能力下降的机制并寻找潜在干预策略	中年雌性小鼠的卵巢血管系统	生殖生物学	生殖衰老	全器官成像、单细胞测序、基因修饰小鼠模型	NA	图像数据、单细胞测序数据	未明确说明数量的小鼠样本
165	2025-05-01	Single-nuclei RNA-sequencing fails to detect molecular dysregulation in the preeclamptic placenta 2025-Jan, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2024.12.011 PMID:39733647	research paper	该研究通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单核RNA测序(snRNA-seq)比较了两种方法在检测胎盘分子失调方面的效果	揭示了在早发型子痫前期(EPE)中，scRNA-seq在检测基因、分子和成熟转录本方面的优势，以及snRNA-seq在采样成熟合体滋养层细胞方面的效率	snRNA-seq在所有胎盘细胞类别中都存在环境滋养层污染，且对绒毛外滋养层、基质、血管系统和免疫细胞的转录本分析不够全面	比较scRNA-seq和snRNA-seq在胎盘转录组学研究中的敏感性和细胞类型检测能力	早发型子痫前期(EPE)和早期特发性对照(ECT)的胎盘样本	基因组学	子痫前期	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA-seq数据	45,836个细胞和27,078个核，来自10例EPE和3例ECT（细胞数据），7例EPE和2例ECT（核数据）
166	2025-05-01	Dissecting tumor transcriptional heterogeneity from single-cell RNA-seq data by generalized binary covariance decomposition 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01997-z PMID:39747597	research paper	该研究提出了一种名为广义二元协方差分解（GBCD）的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中解析肿瘤转录异质性	GBCD方法能够将转录异质性分解为可解释的组分，包括患者特异性、数据集特异性以及与疾病亚型相关的共享组分，且在存在强烈肿瘤间异质性的情况下，比现有方法产生更可解释的结果	NA	解析肿瘤转录异质性，识别与癌症进展相关的转录变异模式	胰腺导管腺癌的单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	广义二元协方差分解（GBCD）	单细胞RNA测序数据	NA
167	2025-05-01	Decoding the role of SLC25A5 in osteosarcoma drug resistance and CD8+ T cell exhaustion: The therapeutic potential of phyllanthin 2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.156291 PMID:39752785	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据集全面分析肿瘤免疫微环境（TIME），探讨SLC25A5在骨肉瘤耐药性和CD8+ T细胞耗竭中的作用，并评估phyllanthin的治疗潜力	首次揭示了SLC25A5在骨肉瘤中的致病作用及其通过改变TIME和促进CD8+ T细胞耗竭影响化疗敏感性的机制，并提出phyllanthin作为新型治疗剂	研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验，缺乏体内实验验证	探究骨肉瘤的发病机制及耐药性，寻找新的治疗策略	骨肉瘤细胞及其肿瘤免疫微环境	digital pathology	osteosarcoma	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	多个单细胞RNA测序数据集
168	2025-05-01	Refining breast cancer genetic risk and biology through multi-ancestry fine-mapping analyses of 192 risk regions 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02031-y PMID:39753771	research paper	通过多祖先精细定位分析192个风险区域，优化乳腺癌遗传风险和生物学理解	识别了332个独立的乳腺癌风险关联信号，包括131个先前未报告的信号，并将50个信号的因果变异缩小到单个变异	因果变异和目标基因大部分仍未知	优化乳腺癌遗传风险和生物学理解	172,737名女性乳腺癌病例和242,009名对照（非洲、亚洲和欧洲血统）	genetics	breast cancer	genome-wide association study, single-cell RNA sequencing, in vitro experiments	NA	genomic data	172,737 cases and 242,009 controls
169	2025-05-01	Blood DNA virome associates with autoimmune diseases and COVID-19 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02022-z PMID:39753770	研究论文	该研究通过分析日本人群的全基因组测序数据，探讨了血液DNA病毒组与自身免疫疾病及COVID-19的关联	首次在人群规模上系统量化了血液DNA病毒组的两个成分（内源性HHV-6和anellovirus），并揭示了它们与自身免疫疾病及COVID-19的关联	研究主要基于日本人群，结果在其他人群中的普适性有待验证	探索人类病毒组与自身免疫及感染性疾病的关系	6,321名日本个体，包括自身免疫疾病患者（银屑病、类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮等）、COVID-19患者及健康对照	基因组学	自身免疫疾病, COVID-19	全基因组测序, 长读长测序, 单细胞RNA测序	GWAS	基因组数据	6,321名日本个体
170	2025-05-01	Linking tumor immune infiltration to enhanced longevity in recurrence-free breast cancer 2025-Jan, ESMO open IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.esmoop.2024.104109 PMID:39765189	研究论文	本研究探讨了B细胞/免疫球蛋白(IGG)特征与乳腺癌患者死亡率风险的关系，发现高IGG特征表达与死亡风险显著降低相关	揭示了IGG特征与乳腺癌患者长期生存的显著关联，特别是在无复发情况下，并识别出与B细胞和T细胞克隆性相关的关键基因子集	研究主要基于回顾性数据分析，需要前瞻性研究验证	探索肿瘤免疫浸润与乳腺癌患者长期生存的关系	9638名乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	空间GeoMx分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9638名乳腺癌患者(来自三个数据集)
171	2025-05-01	Exploring the therapeutic potential of fibroadipogenic progenitors in muscle disease 2025 Jan-Feb, Journal of neuromuscular diseases IF:3.2Q2 DOI:10.1177/22143602241298545 PMID:39973455	review	探讨纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）在肌肉疾病中的治疗潜力	利用单细胞RNA测序等新技术深入分析FAPs的功能和特化，揭示其在健康和疾病中的作用	NA	探索FAPs在肌肉疾病中的作用及潜在治疗干预	纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）	肌肉生物学	肌病和肌营养不良	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
172	2025-05-01	Intercellular Communication Network of CellChat Uncovers Mechanisms of Kidney Fibrosis Based on Single-Cell RNA Sequencing 2025, Kidney & blood pressure research IF:2.3Q2 DOI:10.1159/000545209 PMID:40112793	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析细胞间通讯网络，探讨了Empagliflozin在非糖尿病慢性肾病模型中减缓肾纤维化的潜在机制	利用单细胞RNA测序技术揭示Empagliflozin通过调节TGF-β信号通路和MIF途径中的细胞间通讯，减少M2巨噬细胞数量，从而减缓肾纤维化的新机制	研究仅基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究Empagliflozin在非糖尿病慢性肾病中减缓肾纤维化的作用机制	5/6肾切除大鼠模型	数字病理学	慢性肾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	三组大鼠：假手术组、5/6肾切除安慰剂组和5/6肾切除Empagliflozin治疗组
173	2025-05-01	Multi-omics Analysis of Histone-related Genes in Osteosarcoma: A Multidimensional Integrated Study Revealing Drug Sensitivity and Immune Microenvironment Characteristics 2025 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338251336275 PMID:40241525	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据和大规模临床信息，系统分析了骨肉瘤中组蛋白修饰的空间异质性及其临床意义	首次系统揭示了骨肉瘤中组蛋白修饰的空间异质性及其临床意义，提出了'表观遗传-免疫'调控网络假说，并开发了基于组蛋白修饰的预后模型	NA	探索骨肉瘤中组蛋白修饰的空间异质性及其临床意义，开发预后模型并提出精准治疗策略	骨肉瘤微环境中的细胞类型及其组蛋白修饰特征	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	LASSO Cox回归	RNA测序数据、临床信息	NA
174	2025-05-01	A novel Wnt/β-catenin signaling gene signature for progression and metastasis of gastric cancer 2025, Oncology research IF:2.0Q3 DOI:10.32604/or.2024.054366 PMID:40296906	研究论文	本研究通过分析Wnt/β-catenin信号通路相关基因，开发了一个用于预测胃癌进展和转移的五基因特征	发现AEBP1和TCF3在细胞核内的协同作用可增强Wnt信号通路相关基因的表达，促进胃癌的侵袭、迁移和恶性转移	研究未涉及大规模临床验证，且基因特征的普适性有待进一步验证	开发预测胃癌预后的基因特征并探索其分子机制	胃癌细胞及相关基因	癌症研究	胃癌	LASSO回归、单细胞RNA测序、双荧光素酶报告基因检测	基因特征模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
175	2025-05-01	Ginkgo biloba extract EGb 761® ameliorates cognitive impairment and alleviates TNFα response in 5xFAD Alzheimer's disease model mice 2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.156327 PMID:39778487	research paper	研究银杏叶提取物EGb 761®在5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠中改善认知障碍和减轻TNFα反应的药理作用	揭示了EGb 761®通过多模式活性改善认知缺陷，包括性别特异性和非性别特异性机制，特别是对疾病相关小胶质细胞阶段2（DAM2）的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探究EGb 761®在阿尔茨海默病中的药理作用及其分子机制	5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	5xFAD小鼠模型	基因表达数据、行为测试数据	8周大的5xFAD和野生型小鼠
176	2025-05-01	Integrated bulk RNA and single-cell analysis with experimental validation reveal oxidative stress-related diagnostic biomarkers for osteoporosis 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322326 PMID:40299834	研究论文	本研究通过整合批量RNA和单细胞分析，结合实验验证，揭示了与氧化应激相关的骨质疏松症诊断生物标志物	首次发现CHRM2在成骨分化中的负调控作用，并评估其作为骨质疏松症生物标志物的潜力	研究样本量未明确说明，且未进行大规模临床验证	探索骨质疏松症的诊断生物标志物和治疗靶点	骨质疏松症患者和健康对照组的细胞类型分布及CHRM2基因	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明
177	2025-05-01	scRNA-Seq-Based Transcriptome Profiling and Relevant Bioinformatics Approaches to Uncover Novel Insights in Studying Human Spermatogenesis 2025, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-82990-1_9 PMID:40301258	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索人类精子发生过程中的转录组变化及其在病理条件下的表现	揭示了Sertoli细胞在支持生殖细胞发育中的关键作用，并识别了与精子发生失败相关的细胞信号、线粒体活动和转录调控的破坏	NA	研究人类精子发生的细胞和分子机制，特别是在病理条件下的变化	人类精子发生过程中的Sertoli细胞、Leydig细胞和生殖细胞	生物信息学	非梗阻性无精子症	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
178	2025-05-01	Computational Approaches in Spatial Transcriptomics for the Study of Mammalian Spermatogenesis 2025, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-82990-1_8 PMID:40301257	review	本文综述了用于研究哺乳动物精子发生的空间转录组学计算方法	介绍了空间转录组学技术如何将男性生育研究从单细胞水平扩展到二维空间坐标系统，并探讨了新的计算方法以提取生物学见解	NA	研究哺乳动物精子发生的转录动态及其在原生组织环境中的基因表达模式	啮齿动物和人类睾丸中的精子发生过程	computational biology	male infertility	spatial transcriptomics (ST), single-cell RNA sequencing	NA	spatial gene expression data	NA
179	2025-05-01	SAE1 May Play a Pro-Carcinogenic Role in Pancreatic Adenocarcinoma: A Comprehensive Study Integrating Multiple Pieces of Evidence 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70017 PMID:40302186	研究论文	本研究通过整合多种证据探讨了SAE1在胰腺腺癌(PAAD)中的促癌作用	首次全面评估SAE1在PAAD中的作用，整合了mRNA数据、免疫组化、CRISPR修饰细胞系分析和单细胞RNA测序等多种技术手段	未明确说明样本量大小，且机制研究仍需进一步验证	探究SAE1在胰腺腺癌发生发展中的作用机制	胰腺腺癌(PAAD)	肿瘤生物学	胰腺癌	mRNA分析、免疫组化、CRISPR、单细胞RNA测序、ChIP-Seq、分子对接模型	分子生物学实验模型	基因表达数据、蛋白质数据、临床数据	NA
180	2025-05-01	Construction of a Prognostic Model for Cervical Cancer Related to lncRNA Based on Differential Co-expression Network and Functional Study of Key Gene EGFR-AS1 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.108429 PMID:40302795	研究论文	本研究基于差异共表达网络构建了与宫颈癌相关的lncRNA预后模型，并研究了关键基因EGFR-AS1的功能	利用多组学数据和单细胞测序数据，结合随机森林算法和共表达网络技术，构建了33-lncRNA-CESC模型，并发现EGFR-AS1与FAM83B的相互作用通过EGFR信号通路影响宫颈癌发展	NA	提高宫颈癌患者的个性化治疗水平	宫颈癌患者	数字病理	宫颈癌	多组学数据分析、单细胞测序、随机森林算法、共表达网络技术	随机森林	多组学数据、单细胞测序数据	NA