单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-09-10	Plasma exosomes from individuals with type 2 diabetes drive breast cancer aggression in patient-derived organoids 2025-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.13.612950 PMID:39345362	研究论文	研究2型糖尿病患者血浆外泌体通过调控肿瘤微环境免疫细胞驱动乳腺癌侵袭性的机制	首次开发保留肿瘤浸润淋巴细胞的患者来源类器官模型，揭示糖尿病外泌体通过免疫抑制和肿瘤异质性增强促进癌症进展的新通路	研究基于体外类器官模型，需进一步体内验证；样本量未明确说明	探究2型糖尿病代谢异常如何通过外泌体影响乳腺癌进展和免疫微环境	2型糖尿病患者血浆外泌体及乳腺癌患者来源类器官	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序，患者来源类器官培养	NA	分子生物学数据，基因表达数据	NA
162	2025-09-10	Large-scale single-cell profiling of stem cells uncovers redundant regulators of shoot development and yield trait variation 2025-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.04.583414 PMID:38496543	研究论文	通过大规模单细胞分析揭示植物茎尖干细胞调控因子及其与产量性状的关联	首次在玉米和拟南芥中高效捕获茎尖干细胞并进行跨物种保守调控因子鉴定，发现核糖体相关RNA结合蛋白和糖激酶基因家族等新型候选调控因子	NA	挖掘植物茎尖干细胞调控因子以指导作物工程化提高产量	玉米和拟南芥的茎尖干细胞	植物单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	数千个干细胞表达细胞（包含野生型和突变体）
163	2025-09-10	Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data 2025-Apr-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.12.589216 PMID:38659857	研究论文	本研究系统评估了单细胞/核RNA测序数据中基因表达定量测量的精确性与准确性，并提出了优化实验设计的实用指南	首次基于大规模数据（23个数据集，超过360万个细胞）系统评估sc/snRNA-Seq的定量性能，开发了VICE工具用于数据质量评估，并建立了基于证据的实验设计阈值	研究主要基于技术重复和样本匹配数据评估性能，可能未涵盖所有生物学变异来源	评估单细胞/核RNA测序技术在基因表达定量测量中的精确性和准确性，并制定可靠的实验设计指南	单细胞和单核RNA测序数据，来自339个样本的3,682,576个细胞，特别是单核吞噬细胞的跨物种数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, snRNA-Seq, RNA测序	NA	基因表达数据，测序数据	23个数据集，包含3,682,576个细胞，来自339个样本
164	2025-09-10	Intercellular signaling reinforces single-cell level phenotypic transitions and facilitates robust re-equilibrium of heterogeneous cancer cell populations 2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.03.631250 PMID:39803530	研究论文	通过单细胞RNA测序数据和数学模型探讨细胞间信号如何影响癌细胞表型动态和肿瘤异质性	采用多尺度推断方法揭示细胞间通信强化表型转换并维持群体水平肿瘤异质性的机制	NA	探索细胞间通信在癌症表型可塑性中的作用	小细胞肺癌(SCLC)及其他多种癌症类型的癌细胞	计算生物学	肺癌	scRNA-seq, 数学建模	基于动力系统的数学模型	单细胞RNA测序数据	NA
165	2025-09-10	Comparative single cell analysis of transcriptional bursting reveals the role of genome organization on de novo transcript origination 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.591771 PMID:38746255	研究论文	通过比较单细胞转录爆发分析揭示基因组组织对新生转录本起源的作用	开发新统计方法识别跨物种细胞类型核心基因集，并首次揭示X染色体转录爆发动力学的进化保守性降低	仅针对三种近缘物种进行研究，时间跨度2500-3000万年	探究基因组组织对精子发生过程中转录爆发和新生基因起源的调控机制	三种近缘物种的精子发生过程细胞	单细胞基因组学	NA	scRNA-Seq, RNA FISH, 成像技术	统计模型	单细胞转录组数据	三种近缘物种的精子发生细胞
166	2025-09-10	Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes 2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.17.643803 PMID:40166160	研究论文	通过整合单细胞RNA测序数据和HMO浓度测量，揭示人类乳腺细胞中母乳低聚糖生物合成的基因调控程序	首次在单细胞水平识别HMO合成基因的差异表达模式，并提名与HMO浓度相关的候选基因及潜在转录调控因子	研究基于相关性分析，需要后续功能实验验证候选基因的具体作用机制	解析人类乳腺中母乳低聚糖生物合成的细胞和分子机制	人类乳腺上皮细胞亚群	单细胞组学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据、浓度测量数据	NA
167	2025-09-10	Response to anti-angiogenic therapy is affected by AIMP protein family activity in glioblastoma and lower-grade gliomas 2025-Mar-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.13.643116 PMID:40161601	研究论文	本研究探讨AIMP蛋白家族在胶质瘤血管生成中的作用及其作为抗血管生成治疗反应预测生物标志物的价值	首次揭示AIMP1/2/3表达与胶质瘤血管生成的关联，并发现AIMP2高表达亚组对抗血管生成治疗具有更好反应	回顾性研究设计，需要前瞻性验证	研究AIMP蛋白在胶质瘤血管生成中的作用及其作为治疗预测标志物的潜力	胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤患者样本	数字病理学	胶质瘤	转录组分析、表观遗传分析、蛋白质组学、单细胞转录组测序	Cox比例风险模型	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、蛋白质组数据	来自TCGA、CGGA、Rembrandt、Gravendeel、BELOB和REGOMA试验的多队列胶质瘤样本，以及四个单细胞转录组数据集
168	2025-09-10	NAD+ prevents chronic kidney disease by activating renal tubular metabolism 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181443 PMID:40059824	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示NAD+补充通过激活肾近端小管代谢（特别是脂肪酸氧化）延缓慢性肾脏病进展的机制	首次在Alport综合征模型中结合单核RNA测序和空间转录组学技术，发现NAD+补充对近端小管细胞的特异性保护作用并揭示性别差异	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证	探究NAD+补充防治慢性肾脏病的分子机制及作用细胞类型	Alport综合征模型小鼠的肾组织及近端小管细胞	代谢组学	慢性肾脏病	RNA测序（bulk RNA-seq、单核RNA-seq）、空间转录组学、正交成像技术、生化检测	NA	转录组数据、空间基因表达数据、生化指标	Alport综合征模型小鼠（未注明具体数量，含两性样本）
169	2025-09-10	Metabolic stress and age drive inflammation and cognitive decline in mice and humans 2025-Mar, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.70060 PMID:40110679	研究论文	本研究探讨代谢应激和年龄如何通过炎症机制导致小鼠和人类认知功能下降	结合小鼠高脂饮食模型和人类尸检样本的空间转录组学与单细胞RNA测序，揭示了代谢应激诱导认知障碍的炎症机制，并发现SPP1基因作为潜在治疗靶点	研究主要基于动物模型和有限的人类尸检样本，可能需要更大样本量验证	阐明代谢应激因素（肥胖、代谢综合征、糖尿病）导致认知障碍的免疫炎症机制	高脂饮食喂养的小鼠模型以及阿尔茨海默病和2型糖尿病患者的死后脑组织	神经科学	阿尔茨海默病和2型糖尿病	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类尸检脑组织样本（具体数量未明确说明）
170	2025-09-10	mTOR signaling regulates multiple metabolic pathways in human lung fibroblasts after TGF-β and in pulmonary fibrosis 2025-Feb-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00189.2024 PMID:39745695	研究论文	本研究探讨mTOR和ATF4在TGF-β处理后的人肺成纤维细胞中调控多种代谢通路的机制及其在肺纤维化中的作用	首次全面揭示mTOR和ATF4不仅调控氨基酸稳态，还影响糖酵解和线粒体电子传递链等代谢途径，并通过单细胞RNA-seq数据验证其在患者肺中的病理相关性	研究主要基于体外细胞模型和公共数据集分析，缺乏直接体内功能验证	阐明mTOR信号通路在肺成纤维细胞代谢重编程中的作用机制	人肺成纤维细胞和特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织	分子生物学	肺纤维化	RNA测序(RNA-seq)、代谢组学分析、单细胞RNA-seq数据分析	NA	转录组数据、代谢物数据、单细胞测序数据	人肺成纤维细胞系及公共IPF患者单细胞RNA-seq数据集
171	2025-09-10	CD226 identifies effector CD8+ T cells during tuberculosis and costimulates recognition of Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.22.634303 PMID:39896604	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了CD226在结核病期间效应CD8+ T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞中的关键共刺激作用	首次发现CD226是区分功能性和耗竭性CD8+ T细胞谱系的最显著差异表达基因，并证实其对抗原识别和效应功能的关键作用	研究仅限于C57BL/6J小鼠模型，未涉及人类样本或其他动物模型	探究慢性结核感染期间肺实质CD8+ T细胞多样性变化及其识别机制	C57BL/6J小鼠的肺实质CD8+ T细胞和结核分枝杆菌感染的巨噬细胞	免疫学	结核病	scRNA-seq, IFNγ-eYFP报告基因系统	NA	单细胞转录组数据	感染6周和41周的C57BL/6J小鼠肺组织样本
172	2025-09-10	Isotope Encoded Spatial Biology Identifies Amyloid Plaque-Age-Dependent Structural Maturation, Synaptic Loss, and Increased Toxicity 2025-Jan-22, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5829037/v1 PMID:39975899	研究论文	通过同位素编码空间生物学技术研究Aβ斑块年龄依赖性结构成熟、突触损失及毒性增加	结合质谱成像与稳定同位素标记实现Aβ斑块时间戳记，首次实现斑块衰老的空间追踪并与单斑块空间转录组学关联	研究基于Aβ敲入小鼠模型，结果向人类阿尔茨海默病的直接推广需谨慎	阐明阿尔茨海默病中Aβ斑块形成、成熟及神经毒性发展的过程	Aβ敲入小鼠模型中的淀粉样斑块	空间生物学	阿尔茨海默病	质谱成像、稳定同位素标记、空间转录组学、高光谱共聚焦显微镜	NA	质谱成像数据、转录组数据、显微镜图像	10至18月龄个体小鼠脑切片
173	2025-09-10	Rethinking large scale phylogenomics with EukPhylo v1.0, a flexible toolkit to enable phylogeny-informed data curation and analyses of diverse eukaryotic lineages 2025-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.19.607962 PMID:39416055	研究论文	介绍EukPhylo v1.0工具包，用于系统发育信息的数据筛选和真核生物谱系分析	提供模块化、用户友好的流程，通过系统发育信息去除污染并改进真核生命树估计	NA	解决微生物真核生物系统基因组学分析中的挑战，特别是不可培养谱系	真核生物、细菌和古菌的多样物种	生物信息学	NA	单细胞测序、组学分析	NA	基因组序列数据	来自1,000种不同物种的500个保守基因家族
174	2025-09-10	Restoring Mitochondrial Quantity and Quality to Reverse Warburg Effect and Drive Tumor Differentiation 2024-Dec-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5494402/v1 PMID:39711563	研究论文	本研究通过联合使用视黄酸和线粒体解偶联剂恢复肿瘤线粒体功能，诱导神经母细胞瘤分化并抑制增殖	首次提出以线粒体为核心的治疗策略，通过协同增强线粒体生物合成和呼吸作用驱动肿瘤分化	研究主要基于神经母细胞瘤模型，在其他肿瘤类型中的适用性尚需验证	探索恢复肿瘤线粒体数量和质量的方法及其对肿瘤分化的影响	神经母细胞瘤细胞和原位移植瘤模型	肿瘤代谢研究	神经母细胞瘤	U-C-葡萄糖/谷氨酰胺同位素示踪、单细胞RNA测序	NA	代谢组学数据、转录组数据	原位神经母细胞瘤异种移植模型
175	2025-09-10	Diethylhexyl phthalate induces immune dysregulation and is an environmental immune disruptor 2024-12-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136244 PMID:39442302	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯（DEHP）对小鼠免疫系统的抑制作用及其在脓毒症中的恶化效应	首次在单细胞分辨率层面系统阐述DEHP通过抑制炎症信号和热休克蛋白表达导致免疫失调的机制，并建立其与环境免疫干扰现象的关联	研究局限于小鼠模型，人类免疫系统的直接响应仍需进一步验证	探究DEHP对免疫系统的影响及其作为环境免疫干扰物的潜在危害	小鼠脾脏组织及外周血免疫细胞	免疫毒理学	免疫系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），盲肠结扎穿刺（CLP）模型	NA	基因表达数据	小鼠脾脏组织样本（具体数量未明确说明）
176	2025-09-10	Pulmonary surfactant biogenesis blockage mediated polyhexamethylene guanidine disinfectant induced pulmonary fibrosis 2024-12-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136307 PMID:39488979	研究论文	本研究探讨了聚六亚甲基胍消毒剂通过阻断肺表面活性物质生物合成诱导肺纤维化的机制	首次揭示PHMG通过破坏自噬流导致肺表面活性物质生物合成阻断的具体分子机制	NA	阐明PHMG消毒剂吸入暴露诱导肺纤维化的毒理学机制	肺泡II型上皮细胞(AT2细胞)	毒理学	肺纤维化	scRNA-seq分析	NA	单细胞转录组数据	NA
177	2025-09-10	NAD + activates renal metabolism and protects from chronic kidney disease in a model of Alport syndrome 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.580911 PMID:38464264	研究论文	本研究通过Alport综合征小鼠模型揭示NAD+补充通过激活近端肾小管细胞代谢发挥肾脏保护作用的机制	首次在Alport小鼠中应用单核RNA测序和空间转录组学技术，并首次在该模型中报道转录水平的性别差异	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需验证	探究NAD+补充保护慢性肾脏病的机制及参与细胞类型	Alport综合征小鼠模型	代谢组学	慢性肾脏病	RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学、正交成像技术、生化检测	NA	转录组数据、图像数据、生化数据	Alport综合征小鼠模型（两性）
178	2025-09-10	Nerve-associated macrophages control adipose homeostasis across lifespan and restrain age-related inflammation 2024-Oct-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.12.618004 PMID:39416197	研究论文	本研究通过单细胞测序揭示了脂肪组织巨噬细胞（ATMs）在衰老过程中的多样性变化，并发现神经相关巨噬细胞（NAMs）对抑制年龄相关炎症的关键作用	首次使用血管内标记技术结合单细胞测序定义了寿命周期中驻留ATMs的多样性变化，并鉴定出CD38+年龄相关巨噬细胞（AAMs）新亚群和CD169+神经相关巨噬细胞（NAMs）的功能重要性	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证；单细胞测序技术虽然精确但样本量相对有限	探究脂肪组织巨噬细胞如何调控年龄相关炎症（inflammaging）及其在脂肪稳态维持中的作用机制	小鼠内脏白色脂肪组织（VAT）中的巨噬细胞亚群，特别是神经相关巨噬细胞（NAMs）	免疫学与衰老生物学	年龄相关炎症性疾病	单细胞测序、血管内标记、正交验证	NA	单细胞转录组数据	不同年龄阶段的小鼠脂肪组织样本（具体数量未明确说明）
179	2025-09-10	Chronic social defeat stress induces meningeal neutrophilia via type I interferon signaling 2024-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.30.610447 PMID:39257811	研究论文	研究慢性社交挫败压力通过I型干扰素信号诱导脑膜中性粒细胞增多的机制	首次揭示慢性压力通过I型干扰素信号通路驱动颅骨骨髓来源的中性粒细胞向脑膜迁移	研究局限于小鼠模型，人类相关性尚待验证	探究压力相关障碍中脑膜免疫反应的机制	小鼠	神经免疫学	压力相关障碍	细胞计数术、免疫组化、全组织透明化、单细胞测序	NA	细胞数据、基因表达数据	未明确说明样本数量的小鼠模型
180	2025-09-10	Coxsackievirus B infection invokes unique cell-type specific responses in primary human pancreatic islets 2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.23.604861 PMID:39211206	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了柯萨奇病毒B感染在人类原代胰岛中引发细胞类型特异性转录反应	首次在单细胞分辨率下证明CVB感染虽以相似速率感染所有胰岛细胞类型，但诱导独特的细胞特异性转录反应，特别是β、α和导管细胞反应最强	研究使用人类尸体胰岛，可能无法完全反映活体生理环境；时间点仅限于24和48小时	探究柯萨奇病毒B感染对人类胰岛不同细胞类型的特异性影响及其与1型糖尿病的关系	人类原代胰岛细胞（包括β细胞、α细胞、导管细胞等）	生物医学研究	1型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	人类尸体胰岛样本，经CVB或poly(I:C)处理24和48小时