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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-11-15 |
Deciphering cell-type-and temporally specific matrisome expression signatures in human cortical development and neurodevelopmental disorders via scRNA-seq meta-analysis
2025-Nov-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64381-3
PMID:41219193
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序荟萃分析揭示人类皮质发育过程中细胞类型特异性和时间特异性的基质组表达特征及其与神经发育障碍的关联 | 首次通过大规模scRNA-seq荟萃分析系统描绘人类皮质发育过程中细胞类型特异性和时间特异性的基质组表达动态,并揭示其与神经发育障碍的关联 | 研究仅基于转录组数据,缺乏蛋白质水平验证;样本时间窗口限于孕8-26周;数据来源于不同研究的整合 | 阐明人类皮质发育过程中细胞类型特异性基质组基因表达特征及其在神经发育障碍中的潜在作用 | 人类皮质发育过程中的各种细胞类型及其基质组基因表达 | 单细胞转录组学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | 荟萃分析 | 单细胞转录组数据 | 37个供体,孕8-26周,来自6项独立研究 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 162 | 2025-11-15 |
In-silico discovery of druggable molecular signatures that drive dengue fever to severe dengue fever highlighting common pathogenesis through single-cell RNA-Seq analysis
2025-Nov-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-23000-3
PMID:41219276
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析发现登革热向重症登革热转变的关键分子特征和候选药物 | 整合多个单细胞RNA测序数据集,识别出与登革热疾病进展相关的关键细胞类型和宿主基因,并通过计算药物筛选推荐候选治疗药物 | 研究基于计算分析,需要实验验证;样本来源和数量可能存在限制 | 探索登革热向重症登革热发展的分子机制并发现潜在治疗靶点 | 登革热和重症登革热患者样本 | 生物信息学 | 登革热 | 单细胞RNA测序, 细胞间通讯分析, 差异表达分析, 蛋白质相互作用网络分析, 分子对接, ADME/T分析 | PPI网络分析, 分子对接模型 | 单细胞RNA测序数据 | 两个数据集(GSE220969和GSE154386),具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 163 | 2025-11-15 |
Exploring drug resistance via intercellular crosstalk using spatial transcriptomics in high-grade serous ovarian carcinoma
2025-Nov-11, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01122-1
PMID:41219363
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学探索高级别浆液性卵巢癌中细胞间通讯与PARP抑制剂耐药性的关系 | 首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序数据,发现midkine信号通路在PARP抑制剂耐药中的作用,并鉴定出SDC4受体表达与患者生存期的关联 | 样本量较小(仅8个肿瘤样本),需要在更大队列中验证发现 | 探索高级别浆液性卵巢癌中PARP抑制剂耐药机制 | 高级别浆液性卵巢癌患者的肿瘤样本 | 空间转录组学 | 卵巢癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 | 8个高级别浆液性卵巢癌肿瘤样本 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 10x Visium | Visium空间转录组平台 |
| 164 | 2025-11-15 |
Molecular mechanisms and genetic predisposition to osteoarthritis and osteosarcoma through Mendelian inheritance patterns
2025-Nov-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03917-x
PMID:41219646
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研究论文 | 通过孟德尔遗传方法系统分析骨关节炎和骨肉瘤的遗传变异特征和细胞分子网络 | 首次结合GWAS和单细胞RNA测序系统阐明两种骨科疾病的遗传易感机制和细胞异质性特征 | NA | 探究骨关节炎和骨肉瘤的遗传易感性和分子机制 | 骨关节炎和骨肉瘤的遗传变异及细胞分子网络 | 生物信息学 | 骨科疾病 | GWAS, 单细胞RNA测序, t-SNE降维分析, 蛋白互作网络分析 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 165 | 2025-11-15 |
Integrated bulk and single-cell transcriptomics identifies shared and specific immune signatures in Takayasu Arteritis
2025-Nov-11, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-025-03673-x
PMID:41219777
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研究论文 | 通过整合外周血T细胞亚群的bulk RNA测序和主动脉组织的单细胞RNA测序,揭示高安动脉炎中CD4⁺和CD8⁺ T细胞的共享和特异性免疫特征 | 首次整合外周血T细胞亚群的bulk转录组和主动脉组织的单细胞转录组分析,发现EGR1作为跨区室一致上调的关键转录调节因子 | 样本量较小(8例初治TAK患者外周血,3例TAK患者主动脉组织),需更大规模验证 | 寻找高安动脉炎的机制性生物标志物和治疗靶点 | 高安动脉炎患者的外周血CD4⁺和CD8⁺ T细胞及主动脉组织 | 生物信息学 | 高安动脉炎 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 基因富集分析, 蛋白质相互作用网络分析, 细胞间通讯分析 | NA | 转录组数据 | 8例初治TAK患者外周血+3例健康对照,3例TAK患者主动脉组织+3例动脉粥样硬化对照 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 166 | 2025-11-15 |
Delineating transcriptomic signatures of in vitro human skeletal muscle models in comparison to in vivo references
2025-Nov-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102684
PMID:41135530
|
研究论文 | 通过大规模转录组数据分析比较体外人类骨骼肌模型与体内参考组织的转录组特征差异 | 首次对39项研究中400多个样本进行大规模转录组比较分析,系统评估体外骨骼肌模型的保真度 | 研究基于现有公开数据集,可能受原始实验设计差异影响 | 评估体外骨骼肌模型在转录组水平上对体内组织的再现程度 | 人类骨骼肌体外模型(2D和3D)及体内参考组织 | 转录组学 | NA | RNA测序,包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 超过400个样本,涵盖39项研究 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 167 | 2025-11-15 |
Multi-omics analyses reveal DjTcf4 critical for proper timing of differentiation in planarian regeneration
2025-Nov-11, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116551
PMID:41231672
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示DjTcf4在涡虫再生过程中对细胞分化时机的关键调控作用 | 首次构建涡虫再生过程中的3D空间转录组图谱,结合单细胞多组学分析发现DjTcf4网络在发育模式形成中的非经典功能 | 研究聚焦于涡虫头部再生过程,其他组织再生机制仍需进一步探索 | 阐明涡虫再生过程中关键转录因子调控细胞发育轨迹的机制 | 日本三角涡虫(Dugesia japonica)的再生芽基组织 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组, 基因组重注释 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组 | NA | NA |
| 168 | 2025-11-15 |
Microglial HMOX1 drives retinal angiogenesis via modulation of endothelial STAT3 signaling
2025-Nov-11, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 本研究揭示小胶质细胞HMOX1通过调控内皮STAT3信号通路驱动视网膜血管生成的新机制 | 首次发现小胶质细胞HMOX1在缺氧条件下通过旁分泌信号激活内皮STAT3-VEGF轴驱动病理性血管生成 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究小胶质细胞HMOX1在视网膜血管生成中的作用及其分子机制 | 早产儿视网膜病变小鼠模型、小胶质细胞、内皮细胞 | 分子生物学 | 早产儿视网膜病变 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 细胞共培养 | 氧诱导视网膜病变小鼠模型 | 基因表达数据, 细胞功能数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 169 | 2025-11-15 |
De novo truncating variant in the FBRSL1 gene caused neurodevelopmental disorders, epilepsy, congenital heart disease, and facial dysmorphism
2025-Nov-11, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115549
PMID:41232796
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序和斑马鱼模型验证,发现FBRSL1基因新发截断变异导致神经发育障碍、癫痫、先天性心脏病和面部畸形 | 首次将FBRSL1基因确定为多系统发育障碍的致病基因,并通过单细胞RNA测序揭示其在神经前体细胞中的高表达 | 研究样本量较小,仅分析了5名患者,需要更大规模的研究验证 | 探究FBRSL1基因在发育障碍中的致病作用 | 携带FBRSL1基因变异的患者和斑马鱼模型 | 遗传学 | 神经发育障碍 | 全外显子测序, 单细胞RNA测序, 斑马鱼基因敲除 | 斑马鱼模型, 类器官模型 | 基因组数据, 转录组数据 | 5名患者和斑马鱼模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 170 | 2025-11-15 |
Integrating computational pathology and multi-transcriptomics to characterize glioblastoma heterogeneity and identify prognostic biomarkers
2025-Nov-11, Human pathology
IF:2.7Q2
DOI:10.1016/j.humpath.2025.105982
PMID:41232838
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研究论文 | 整合计算病理学和多组学转录组数据表征胶质母细胞瘤异质性并识别预后生物标志物 | 首次将全切片图像病理特征与批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学相结合,开发机器学习预后模型并识别BCL2A1+单核细胞的关键作用 | 样本量相对有限,验证集C指数(0.616)较低,需要更大规模验证 | 改善胶质母细胞瘤预后并识别治疗靶点 | 胶质母细胞瘤患者组织样本 | 计算病理学 | 胶质母细胞瘤 | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Lasso+plsRcox机器学习模型 | 图像, 转录组数据 | TCGA-GBM数据集(训练集60%, 验证集40%) | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 171 | 2025-11-15 |
Integrated bulk and single-cell RNA sequencing analysis reveals cuproptosis-related proteins in Crohn's disease
2025-Nov-11, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148990
PMID:41232892
|
研究论文 | 本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序分析,揭示了克罗恩病中铜死亡相关蛋白的作用机制 | 首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术系统研究铜死亡相关蛋白在克罗恩病中的作用,并构建了诊断模型 | 研究结果需要进一步的实验验证,单细胞分析仅为初步假设生成性发现 | 探索铜死亡相关蛋白在克罗恩病中的作用机制 | 克罗恩病患者炎症组织和对照组织 | 生物信息学 | 克罗恩病 | RNA测序, RT-qPCR, 生物信息学分析 | 诊断模型 | 基因表达数据 | 批量测序494例样本,单细胞测序25,121个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 172 | 2025-11-15 |
Extracellular vesicle-induced lipid dysregulation drives liver premetastatic niche formation in colorectal cancer
2025-Nov-10, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-334851
PMID:40562522
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研究论文 | 本研究揭示了结直肠癌细胞来源的细胞外囊泡通过诱导肝脏脂质积累促进肝转移前微环境形成的机制 | 首次发现高转移性结直肠癌细胞通过细胞外囊泡传递促脂肪生成脂质驱动肝脏转移前微环境形成 | NA | 阐明结直肠癌细胞来源的细胞外囊泡促进肝转移前微环境形成的分子机制 | 结直肠癌细胞、肝转移前微环境、细胞外囊泡、库普弗细胞 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 脂质组学、单细胞测序、类器官培养 | NA | 脂质组数据、单细胞测序数据、临床样本数据 | 小鼠模型和结直肠癌患者肿瘤样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 173 | 2025-11-15 |
Investigating prognostic features in high-grade serous ovarian cancer through gene regulatory network inference with single-cell transcriptomic profiles
2025-Nov-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-22937-9
PMID:41214061
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据推断基因调控网络,识别高级别浆液性卵巢癌的预后特征 | 开发了结合单细胞RNA测序分析、元细胞构建、基因调控网络推断和预后预测的分类流程,证明基于调控子的特征比差异表达特征更有效 | 需要同时具备用于GRN推断的单细胞数据和具有临床结果的大块RNA-seq数据才能推广到其他癌症类型 | 识别高级别浆液性卵巢癌的预后特征 | 高级别浆液性卵巢癌患者 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,大块RNA测序,基因调控网络推断 | 二元分类模型 | 单细胞转录组数据,大块RNA测序数据 | 118,173个细胞(来自HGSOC患者),1,211个元细胞,342名TCGA HGSOC患者 | NA | 单细胞RNA-seq,大块RNA-seq | NA | NA |
| 174 | 2025-11-15 |
Perfluorooctanoic acid disrupts splenic immunity and antiviral responses in the LCMV model: Insights from single-cell transcriptomics
2025-Nov-10, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
DOI:10.1016/j.envpol.2025.127367
PMID:41224070
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了全氟辛酸对脾脏免疫系统和抗病毒反应的破坏机制 | 首次在LCMV病毒感染模型中系统阐明PFOA通过细胞类型特异性机制导致免疫抑制的分子通路 | 研究仅使用雌性C57BL/6J小鼠,样本量相对有限 | 探究全氟辛酸对免疫系统的影响及其在病毒感染期间的细胞类型特异性机制 | 雌性C57BL/6J小鼠的脾脏免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | LCMV Clone 13病毒感染模型 | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 对照组5522个细胞 vs PFOA高剂量组4741个细胞,共13个注释细胞簇 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 175 | 2025-11-15 |
Sex-specific associations between phthalate exposure and stroke risk: a cross-sectional study integrating molecular mechanisms of vascular dysfunction
2025-Nov-10, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003762
PMID:41235807
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研究论文 | 本研究通过横断面分析探讨了邻苯二甲酸盐暴露与中风风险之间的性别特异性关联,并揭示了潜在的分子机制 | 首次发现邻苯二甲酸盐暴露与女性中风风险的特异性关联,并通过网络毒理学和分子对接分析揭示了内皮细胞特异性KDR-AKT1-MAPK8信号通路的作用机制 | 横断面研究设计无法确定因果关系,研究依赖自我报告的中风诊断 | 评估邻苯二甲酸盐暴露与中风风险之间的关联,特别关注性别特异性差异 | 8,184名美国国家健康与营养调查(NHANES)参与者(4,140名女性和4,044名男性) | 环境流行病学 | 中风 | 加权分位数和(WQS)回归,网络毒理学,蛋白质-蛋白质相互作用映射,Friends算法,分子对接分析,单细胞RNA测序 | WQS回归模型 | 尿液代谢物浓度数据,分子对接数据,单细胞RNA测序数据 | 8,184名参与者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 176 | 2025-11-15 |
Integrative epidemiological and spatial multi-omics analyses reveal SPP1⁺ macrophages with senescence-like features as key mediators linking NO₂ exposure to coronary heart disease
2025-Nov-09, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.140429
PMID:41232188
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研究论文 | 本研究通过整合流行病学数据和空间多组学分析,揭示了NO₂暴露通过生物衰老途径增加冠心病风险的机制 | 首次发现SPP1⁺巨噬细胞作为具有衰老样特征的NO₂响应细胞,在动脉粥样硬化斑块中富集,并建立了NO₂暴露-生物衰老-冠心病风险的完整因果链 | 研究主要基于中国人群数据,结果在其他人群中的普适性需要进一步验证 | 探究环境污染物NO₂通过生物衰老机制影响冠心病风险的因果关系和分子机制 | 中国天津的17,412名个体,包括13,886名冠心病患者和3,526名对照 | 环境流行病学, 多组学分析 | 冠心病, 心血管疾病 | 倾向评分匹配, 孟德尔随机化, 空间转录组学, 单细胞转录组学, 批量转录组学 | 中介分析, 因果推断模型 | 流行病学数据, 基因表达数据, 空间定位数据 | 17,412名个体(13,886例患者+3,526对照) | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 批量转录组学 | NA | NA |
| 177 | 2025-11-15 |
Pro-osteogenic implants inhibit local excessive B cell maturation via neutrophils-derived CD52 signaling to enhance osseointegration
2025-Nov-07, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了促骨生成植入物通过中性粒细胞来源的CD52信号抑制局部B细胞过度成熟以增强骨整合的机制 | 首次发现促骨生成植入物通过中性粒细胞-CD52-SiglecG轴间接抑制B细胞成熟,揭示了B细胞在骨整合中的关键作用及新型免疫调节机制 | 研究基于小鼠胫骨植入模型,尚未在人类临床环境中验证 | 探究B细胞在植入性生物材料介导的骨整合过程中的作用机制 | 小鼠胫骨植入模型中的免疫细胞和骨髓间充质基质细胞 | 免疫学 | 骨科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 178 | 2025-11-15 |
A novel information-theoretic approach reveals loss of effective biomolecular communication in aging muscle cells
2025-Nov-06, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences
DOI:10.1093/gerona/glaf195
PMID:40920357
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研究论文 | 本研究应用信息论方法分析骨骼肌单细胞RNA-seq数据,揭示衰老过程中肌肉细胞生物分子通讯效率的下降 | 首次将信息论方法应用于单细胞RNA-seq数据,量化衰老过程中转录因子与靶基因间通讯效率的损失 | 研究仅基于转录组数据,未考虑其他分子层面的调控机制 | 探究衰老过程中生物分子通讯效率的变化规律 | 年轻、中年和老年动物的骨骼肌细胞 | 生物信息学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | 信息论模型 | 单细胞转录组数据 | 年轻、中年和老年三个年龄组的动物骨骼肌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 179 | 2025-11-15 |
Spatial Multiomics Defines a Shared Tumor Infiltrative Signature at the Resection Margin in High-Grade Gliomas
2025-Nov-03, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4708
PMID:40759029
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研究论文 | 本研究通过空间多组学技术定义了高级别胶质瘤切除边缘的共享肿瘤浸润特征 | 首次在匹配的肿瘤核心和边缘区域生成单核多组学数据集,结合空间转录组学识别出跨HGG亚型的共享浸润特征 | 样本量较小(4例用于单核测序,2例用于空间转录组学),需要更大队列验证 | 研究高级别胶质瘤切除边缘的残留病变生物学特征 | 高级别胶质瘤患者的肿瘤核心和边缘组织 | 数字病理学 | 脑胶质瘤 | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学, CRISPR/Cas9, 染色质免疫沉淀测序 | 计算分析包括功能富集、差异分析、RNA速度和伪时间分析 | 单细胞多组学数据、空间转录组数据 | 4例不同亚型的4级高级别胶质瘤(36,811个snRNA-seq核,30,705个snATAC-seq核),外加2例用于空间转录组学 | NA | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 180 | 2025-11-15 |
Insulin signalling-associated cell fate promotes neoplastic invasiveness in non-functioning pituitary gonadotroph adenoma via cis-regulatory elements activation
2025-Nov, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03122-1
PMID:40935899
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序数据揭示了胰岛素信号相关细胞命运通过顺式调控元件激活促进无功能性垂体促性腺激素腺瘤的侵袭性 | 首次发现胰岛素信号相关细胞命运驱动肿瘤侵袭性,并识别了SREBF1和IGF2BP2相关顺式调控元件在染色质互作重建中的关键作用 | 样本量相对有限(3例单细胞测序患者),需要更大规模研究验证 | 探究无功能性垂体促性腺激素腺瘤侵袭性的分子机制 | 无功能性垂体促性腺激素腺瘤患者和原代细胞系 | 单细胞多组学 | 垂体腺瘤 | scRNA-seq, scATAC-seq, 顺式共可及网络分析 | NA | 单细胞转录组数据,单细胞表观基因组数据 | 3例NFGA患者(单细胞测序),210例患者队列验证,3个原代细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |