单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-06-12	l-Cysteine Alleviates Peritoneal Fibrosis by Repressing PKM2 in Peritoneal Mesothelial Cells 2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500229R PMID:40497367	研究论文	本文探讨了l-半胱氨酸通过抑制PKM2减轻腹膜纤维化的机制	揭示了PKM2通过乙酰化组蛋白H3K9促进SNAI2表达，进而促进腹膜纤维化的分子机制，并发现l-半胱氨酸可阻断这一过程	分子机制研究尚未完全阐明，临床转化效果需进一步验证	探究腹膜纤维化的分子机制及潜在治疗策略	腹膜间皮细胞及腹膜纤维化患者	分子生物学	腹膜纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫共沉淀、染色质免疫沉淀、基因沉默技术	NA	基因表达数据	长期腹膜透析患者的流出液细胞
162	2025-06-12	Engineering CRISPR System-Based Bacterial Outer Membrane Vesicle Potentiates T Cell Immunity for Enhanced Cancer Immunotherapy 2025-Jun-11, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202501565 PMID:40495695	研究论文	本研究开发了一种基于CRISPR系统的工程化细菌外膜囊泡(OMV)，用于增强T细胞免疫以改善癌症免疫治疗效果	首次将CRISPR系统与OMV结合，实现了多基因的高效包装和递送，显著增强了T细胞的趋化和激活能力	研究仅在鼠模型和人源化小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	开发新型癌症基因治疗平台以克服免疫治疗耐药性	膀胱癌和乳腺癌肿瘤模型	基因治疗	膀胱癌, 乳腺癌	CRISPR系统, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	鼠MB49和B16F10肿瘤模型, 人源化小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及两种鼠肿瘤模型和人源化小鼠模型
163	2025-06-12	Filtering for Highly Variable Genes and High-Quality Spots Improves Phylogenetic Analysis of Cancer Spatial Transcriptomics Visium Data 2025-Jun-11, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2024.0614 PMID:40495757	research paper	该研究探讨了在Visium空间转录组数据中进行系统发育分析的预处理和建模方法，以提高重建的拓扑关系和分支长度估计的准确性	提出使用高变基因和考虑组织覆盖斑点中RNA捕获异质性的方法，改进了空间转录组数据的系统发育分析	未提及具体样本量或实验验证的详细结果	改进癌症空间转录组数据的系统发育分析方法	Visium空间转录组数据	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics, RNA-seq	NA	spatial transcriptomics data	NA
164	2025-06-12	Single-Cell RNA Sequencing Study on Two Synovial Derived Tumors in the Temporomandibular Joint 2025-Jun-11, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.70003 PMID:40495754	research paper	通过单细胞RNA测序研究颞下颌关节中两种滑膜来源肿瘤的细胞组成和分化轨迹	首次使用单细胞RNA测序技术分析SC和D-TSGCT的细胞组成、分化轨迹及细胞间通讯，并验证FLS在SC初期的软骨分化潜能	研究仅针对颞下颌关节的两种特定肿瘤，可能不适用于其他部位的类似肿瘤	探究颞下颌关节滑膜软骨瘤病（SC）和弥漫性腱鞘巨细胞瘤（D-TSGCT）的细胞组成及分化轨迹	滑膜软骨瘤病（SC）和弥漫性腱鞘巨细胞瘤（D-TSGCT）	digital pathology	temporomandibular joint tumors	single-cell RNA sequencing, cell culture, morphological experiments	NA	RNA sequencing data, cell morphology data	未明确提及样本数量
165	2025-06-12	C-C Chemokine Receptor 2 is a Tissue Biomarker for Abdominal Aortic Aneurysmal and Occlusive Disease 2025-Jun-11, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000006778 PMID:40495781	研究论文	评估CCR2作为主动脉疾病严重程度的组织生物标志物，特别是在腹主动脉瘤（AAA）患者中的应用	首次提出CCR2作为AAA疾病严重程度的组织生物标志物，并通过单细胞RNA测序数据集验证其在人类AAA组织中的表达	样本量较小（42例），且仅针对特定类型的主动脉疾病进行研究	寻找能够监测AAA进展和预测破裂风险的组织生物标志物	腹主动脉瘤（AAA）、破裂腹主动脉瘤（rAAA）、主动脉髂动脉闭塞性疾病（AOD）及正常腹主动脉（NAA）患者	生物标志物研究	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序	NA	组织样本、RNA测序数据	42例主动脉组织样本
166	2025-06-12	Novel GABAAR antagonists target networked gene hubs at the leading-edge in high-grade gliomas 2025-Jun-11, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf143 PMID:40497637	研究论文	该研究通过基因共表达网络分析识别高级别胶质瘤中的关键离子通道基因，并验证了GABAAR拮抗剂对肿瘤生长的抑制作用	首次发现GABAAR基因在高级别胶质瘤前沿的富集，并验证了GABAAR拮抗剂对肿瘤侵袭和增殖的抑制作用	研究主要基于体外模型（GBOs），未在体内模型中验证药物效果	识别高级别胶质瘤中关键的离子通道基因并寻找靶向药物	高级别胶质瘤（包括弥漫性中线胶质瘤和胶质母细胞瘤）	肿瘤生物学	胶质瘤	RNAseq、scRNA-seq、空间转录组学、免疫组织化学	WGCNA	基因表达数据、组织切片图像	患者来源的胶质母细胞瘤外植体类器官（GBOs）
167	2025-06-12	Patterns of intra- and inter-tumor phenotypic heterogeneity in lethal prostate cancer 2025-Jun-10, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI186599 PMID:40493417	research paper	本研究旨在定义致死性前列腺癌中肿瘤间和肿瘤内表型异质性的模式、程度和后果	结合原位组织学和测序方法，分析了52名mPC患者的630多个肿瘤样本，揭示了患者、转移和细胞水平的表型异质性	样本量相对较小，可能无法完全代表所有mPC患者的异质性	探索致死性前列腺癌的肿瘤间和肿瘤内表型异质性	52名转移性前列腺癌（mPC）患者的630多个肿瘤样本	digital pathology	prostate cancer	in situ tissue-based and sequencing approaches, single-cell sequencing	NA	tissue samples, sequencing data	630 tumor samples from 52 mPC patients
168	2025-06-12	Eutopic macrophages facilitate endometriosis progression via ferroptosis-mediated release of S100A9 2025-Jun-10, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf027 PMID:40493892	研究论文	本研究探讨了子宫内膜异位症中S100A9+巨噬细胞亚群通过铁死亡介导的S100A9释放促进疾病进展的机制	首次发现子宫内膜异位症患者子宫内膜中S100A9+巨噬细胞亚群比例显著增加，并通过铁死亡机制释放S100A9促进血管生成	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	阐明子宫内膜异位症发病机制并寻找潜在治疗靶点	子宫内膜异位症患者子宫内膜组织和巨噬细胞	生殖医学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、体外细胞实验、小鼠模型	子宫内膜异位症小鼠模型	基因表达数据、组织样本	未明确说明样本数量，涉及患者组织和动物模型
169	2025-06-12	Spatial Transcriptomics Unveils the Blueprint of Mammalian Lung Development 2025-Jun-10, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf053 PMID:40493888	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，构建了小鼠肺部发育的全景图谱，揭示了从假腺期到肺泡期的基因表达模式和调控机制	整合空间表观基因组数据，发现新的TF-增强子驱动的调节子（eRegulons），并揭示了肺泡AT1和AT2细胞的不同发育轨迹及胶原通路在肺泡形成中的作用	研究仅基于小鼠模型，结果在人类肺部发育中的适用性尚需验证	理解哺乳动物肺部发育过程中复杂的细胞和分子调控机制	小鼠肺部发育过程中的细胞类型和基因表达模式	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	空间基因表达数据	覆盖小鼠肺部从早期假腺期到肺泡期的多个发育阶段
170	2025-06-12	NRF2 modulates WNT signaling pathway to enhance photodynamic therapy resistance in oral leukoplakia 2025-Jun-10, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00256-w PMID:40494896	研究论文	本研究探讨了NRF2通过调节WNT信号通路增强口腔白斑光动力疗法耐药性的机制	首次揭示了NRF2通过激活WNT信号通路在口腔白斑光动力疗法耐药性中的作用，并提出了NRF2抑制作为增强治疗效果的策略	样本量相对较小（n=117），且机制研究主要在动物模型中进行	探究口腔白斑对光动力疗法产生耐药性的关键调控通路	口腔白斑患者样本和4NQO诱导的小鼠口腔白斑模型	癌症生物学	口腔白斑	单细胞RNA测序	动物模型	RNA测序数据	117例患者样本（3例敏感，3例耐药）和动物模型
171	2025-06-12	Pioneer factor ETV2 safeguards endothelial cell specification by recruiting the repressor REST to restrict alternative lineage commitment 2025-Jun-10, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00660-y PMID:40495012	research paper	研究ETV2如何通过招募抑制因子REST来限制内皮细胞谱系以外的其他细胞命运，从而保护内皮细胞的特异性	揭示了ETV2作为先驱因子通过招募REST抑制非内皮细胞谱系基因的创新机制	研究主要基于体外诱导多能干细胞模型，可能不完全反映体内内皮细胞分化的复杂性	探索ETV2在内皮细胞谱系特异性中的分子机制	人诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞	发育生物学	NA	CUT&RUN, scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组和染色质可及性数据	NA
172	2025-06-12	METRNL represses beta-to-alpha cell trans-differentiation to maintain beta cell function under diabetic metabolic stress in mice 2025-Jun-10, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06459-7 PMID:40495021	研究论文	本研究探讨了METRNL蛋白在糖尿病代谢压力下维持β细胞功能和防止β细胞向α细胞转分化中的作用	首次揭示了METRNL在维持β细胞身份和功能中的关键作用，并阐明了其通过KLF6通路防止β细胞转分化的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究METRNL在糖尿病代谢压力下对β细胞功能的保护机制	小鼠胰岛β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，葡萄糖刺激胰岛素分泌(GSIS)检测	基因敲除小鼠模型	基因表达数据，蛋白质数据	使用高脂饮食(HFD)喂养小鼠和db/db糖尿病小鼠模型
173	2025-06-12	CD206+ macrophages facilitate wound healing through interactions with Gpnmbhi fibroblasts 2025-Jun-10, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-025-00496-4 PMID:40495034	研究论文	本文研究了CD206+巨噬细胞通过与Gpnmbhi成纤维细胞的相互作用促进伤口愈合的机制	揭示了CD206+巨噬细胞通过PDGF-A信号通路与Gpnmbhi成纤维细胞通讯，促进伤口愈合的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究CD206+巨噬细胞在伤口愈合过程中的作用机制	CD206+巨噬细胞和Gpnmbhi成纤维细胞	细胞生物学	伤口愈合	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	NA
174	2025-06-12	TORC: Target-Oriented Reference Construction for supervised cell-type identification in scRNA-seq 2025-Jun-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03614-6 PMID:40495172	研究论文	本文提出了一种名为TORC的目标导向参考构建策略，用于单细胞RNA测序数据中的监督细胞类型识别	开发了TORC策略，首次解决了参考数据选择和构建的问题，减轻了参考与目标数据间数据分布和细胞类型组成的差异	未提及具体的技术限制或应用范围限制	提高单细胞RNA测序数据中监督细胞类型识别的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	模拟和真实数据分析
175	2025-06-12	Integration of single-cell and spatial transcriptomics by SEU-TCA reveals the spatial origin of early cardiac progenitors 2025-Jun-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03633-3 PMID:40495257	研究论文	开发了一种名为SEU-TCA的方法，通过转移成分分析提高单细胞空间映射的准确性，并应用于小鼠原肠胚形成期的空间基因表达和调控网络活动研究	提出SEU-TCA方法，显著提升单细胞空间映射的准确性，并成功应用于识别由Irx1调控的前第二心区祖细胞	未提及具体的技术限制或数据局限性	提高单细胞空间转录组学中单细胞空间信息的获取准确性，并探索发育生物学中的基因表达和调控网络	小鼠原肠胚形成期的单细胞和空间转录组数据	空间转录组学	心血管疾病	单细胞转录组测序、空间转录组测序	转移成分分析(TCA)	单细胞和空间转录组数据	多个单细胞和空间转录组数据集，具体样本数量未提及
176	2025-06-12	Integrated muti-omics data and machine learning reveal CD151 as a key biomarker inducing chemoresistance in metabolic syndrome-related early-onset left-sided colorectal cancer 2025-Jun-09, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01634-w PMID:40484863	研究论文	本研究通过整合多组学数据和机器学习方法，揭示了CD151作为代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌化疗耐药的关键生物标志物	首次将CD151识别为代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌的关键生物标志物，并揭示了其在基质重塑和化疗耐药中的作用	研究主要基于医院队列，样本代表性可能有限	阐明代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌的遗传和分子机制，并寻找关键生物标志物	代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌患者	数字病理学	结肠直肠癌	scRNA-seq, qRT-PCR, western blotting, IHC染色	random forest, SVM-RFE	基因表达数据	医院队列中的EOCRC患者
177	2025-06-12	Machine learning algorithms integrate bulk and single-cell RNA data to reveal the crosstalk and heterogeneity of NOTCH and autophagy activity following idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jun-09, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115017 PMID:40494203	研究论文	本研究通过整合批量RNA和单细胞RNA数据，利用机器学习算法揭示了特发性肺纤维化（IPF）中NOTCH和自噬活性的异质性及其相互关系	首次在单细胞水平上揭示了IPF中NOTCH和自噬活性的异质性及其一致性，并鉴定了同时调控这两个通路的关键基因IGFBP7、PPIC和RUNX1	研究主要基于转录组数据，虽然进行了蛋白质水平的验证，但功能实验仍需进一步深入	探究IPF中NOTCH和自噬通路的异质性及其相互关系	特发性肺纤维化（IPF）患者样本	机器学习	肺纤维化	scRNA-seq, BulkRNA-seq, Western blotting	eXtreme Gradient Boosting, Boruta, random forest, LASSO, GBM, SVM-RFE	RNA测序数据, 蛋白质表达数据	未明确说明样本数量
178	2025-06-12	SERPINA1 is a new frontier in cancer immunotherapy and drug targeting by pan-cancer analysis 2025-Jun-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02832-5 PMID:40483643	research paper	该研究通过泛癌分析探讨了SERPINA1在癌症免疫治疗和药物靶向中的潜在作用	首次将SERPINA1作为癌症免疫治疗和靶向治疗的新靶点进行系统研究	研究主要基于数据库分析，需要更多实验验证	探索SERPINA1在癌症免疫治疗和靶向治疗中的潜在应用价值	SERPINA1基因及其在多种癌症中的表达和作用	癌症研究	多种癌症（特别提到乳腺癌和胶质瘤）	多组学数据库分析、单细胞测序	NA	mRNA和蛋白质表达数据、甲基化和突变数据	基于多组学数据库的泛癌样本（未明确具体数量）
179	2025-06-12	Establishment of M2 macrophage-related prognostic signature in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Jun-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02838-z PMID:40483657	研究论文	本研究探讨了M2巨噬细胞在胰腺导管腺癌(PDAC)中的潜在通讯和临床意义，并构建了与M2标志基因相关的预后特征	首次通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了M2巨噬细胞的分化途径及其与恶性PDAC细胞的相互作用，并构建了基于M2标志基因的预后模型	研究结果仅为初步发现，需要通过体外/体内实验进一步验证这些特征基因或配体-受体对在巨噬细胞发育中的作用	探索M2巨噬细胞在PDAC微环境中的功能意义及其临床价值	胰腺导管腺癌(PDAC)中的M2巨噬细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), bulk RNA测序, LASSO算法	预后模型	RNA测序数据	NA
180	2025-06-12	Glutamate transporter SLC1A6 promotes resistance to immunotherapy in cancer 2025-Jun-07, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04074-4 PMID:40481876	研究论文	本研究探讨了谷氨酸转运体SLC1A6在癌症免疫治疗抵抗中的作用及其机制	首次揭示了SLC1A6在免疫治疗抵抗中的关键作用，并提出了靶向SLC1A6作为改善免疫治疗反应的新策略	研究主要基于膀胱癌和肺癌数据，其他癌症类型的普适性尚需验证	探究SLC1A6在癌症免疫治疗抵抗中的作用机制	膀胱癌和肺癌患者样本及肿瘤模型	肿瘤免疫学	膀胱癌, 肺癌	单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光染色	NA	转录组数据, 单细胞数据	膀胱癌和肺癌患者队列数据及体内肿瘤模型