单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-09-29	Cutting-edge tools for unveiling the dynamics of plasmid-host interactions 2025-May, Trends in microbiology IF:14.0Q1 DOI:10.1016/j.tim.2024.12.013 PMID:39843314	综述	本文综述了用于揭示质粒-宿主相互作用动态的前沿技术工具	批判性评估单细胞测序、荧光技术和Hi-C等高分辨率技术在质粒-宿主相互作用研究中的应用，并探讨CRISPR噬菌体工程等新兴技术的潜力	NA	研究质粒介导的抗生素抗性基因在复杂微生物组中的传播机制	质粒-宿主相互作用和抗生素抗性基因传播	微生物组学	抗生素耐药性	单细胞测序、荧光技术、Hi-C、CRISPR噬菌体工程	NA	基因组数据、染色质构象数据	NA
162	2025-09-29	New Multiomic Studies Shed Light on Cellular Diversity and Neuronal Susceptibility in Parkinson's Disease 2025-Mar, Movement disorders : official journal of the Movement Disorder Society IF:7.4Q1 DOI:10.1002/mds.30097 PMID:39812497	综述	本文综述多组学技术在帕金森病细胞多样性和神经元易感性研究中的最新进展	整合空间转录组学、表观基因组学和蛋白质组学等多组学方法研究帕金森病	NA	揭示帕金森病神经元易感性网络并筛选疾病修饰因子用于新疗法开发	多巴胺能神经元和神经胶质细胞	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序、空间转录组学、表观基因组学、蛋白质组学	NA	多组学数据	NA
163	2025-09-29	Local genetic covariance analysis with lipid traits identifies novel loci for early-onset Alzheimer's Disease 2025-Mar, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011631 PMID:40096060	研究论文	通过脂质性状的局部遗传协方差分析识别早发性阿尔茨海默病的新基因位点	首次使用SUPERGNOVA方法分析EOAD与脂质性状的局部遗传协方差，并发现ANKDD1B、CUZD1和MS4A64三个新的致病基因	研究依赖于公开数据库的汇总统计数据，样本量存在差异（EOAD: 19,668 vs 脂质性状: 1,320,016）	探索早发性阿尔茨海默病与脂质通路的共享遗传结构	早发性阿尔茨海默病患者和血脂性状人群	遗传学	阿尔茨海默病	全基因组关联分析(GWAS)、SUPERGNOVA局部遗传协方差分析、eQTL共定位分析、单细胞RNA测序	多性状遗传协方差分析模型	基因组汇总统计数据、转录组数据、蛋白质组数据、DNA甲基化数据	EOAD样本19,668例，血脂性状样本1,320,016例
164	2025-09-29	ScLineageAtlas: a comprehensive single-cell genomics database for characterizing cellular clones in cancer 2025-Jan-18, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baaf046 PMID:40996711	研究论文	介绍ScLineageAtlas单细胞基因组学数据库，用于表征多种癌症类型的细胞克隆	首个综合性的单细胞谱系图谱数据库，整合了13种癌症类型的24个单细胞RNA测序数据集，并提供细胞克隆的空间可视化	数据库目前仅包含24个处理过的单细胞RNA测序数据集，覆盖的癌症类型和样本数量有限	通过表征细胞克隆关系来研究癌症发生发展的机制	多种癌症类型的单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	先进计算方法	单细胞RNA测序数据	24个处理过的单细胞RNA测序数据集，涵盖13种不同癌症类型
165	2025-09-29	Single-cell splicing QTL analysis in pancreatic islets 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1657895 PMID:41000275	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胰腺胰岛中的剪接数量性状位点	首次在单细胞水平识别胰腺胰岛α和β细胞特异性剪接QTL，发现四个影响CDC42基因的新变异位点	样本量有限，统计功效有待提升	探索遗传变异对单细胞水平选择性剪接的调控机制	胰腺胰岛中的α和β细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、CTAT基因分型流程、Streka2、RSEM、sQTLseeker2	NA	单细胞RNA测序数据	8个全长单细胞RNA测序胰腺胰岛数据集
166	2025-09-29	Novel diagnostic biomarkers associated with macrophage-microglia in spinal cord injury 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1634014 PMID:41000385	研究论文	本研究通过生物信息学分析和机器学习方法识别脊髓损伤中与巨噬细胞-小胶质细胞相关的潜在诊断生物标志物	首次结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法筛选出EMP3、GNGT2和SGPL1作为脊髓损伤的新型诊断标志物	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于体外模型，需要进一步体内实验确认	探索脊髓损伤中巨噬细胞-小胶质细胞相关的诊断生物标志物	脊髓损伤相关的基因表达数据和巨噬细胞-小胶质细胞	生物信息学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、机器学习算法、qPCR、WGCNA分析	多种机器学习算法	基因表达数据	基于GEO数据库的多个数据集，包含损伤前后样本对比
167	2025-09-29	Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomics reveals the prognostic value and underlying mechanisms of crotonylation in ovarian cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1596080 PMID:41000388	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据分析，揭示巴豆酰化在卵巢癌中的预后价值及作用机制	首次系统研究巴豆酰化在卵巢癌肿瘤微环境中的作用，构建基于巴豆酰化的预后模型并发现其与免疫治疗敏感性的关联	研究基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证巴豆酰化的具体分子机制	开发基于巴豆酰化的卵巢癌预后模型并探索其靶向治疗潜力	卵巢癌患者	生物信息学	卵巢癌	单细胞RNA测序，批量转录组测序，AUCell算法，WGCNA，GSEA，机器学习算法	机器学习预后模型	转录组数据	卵巢癌患者的单细胞和批量转录组数据集
168	2025-09-29	Integrating single-cell omics and materials science for uveal melanoma: from mechanistic insights to precision therapeutics 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1661889 PMID:41001023	综述	整合单细胞组学与材料科学前沿技术，探索葡萄膜黑色素瘤从机制研究到精准治疗的新范式	首次系统整合单细胞多组学技术与智能生物材料，提出跨越机制发现与转化工程的跨学科治疗新范式	NA	通过多学科交叉方法解决葡萄膜黑色素瘤的治疗挑战	葡萄膜黑色素瘤及其肿瘤微环境	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	scRNA-seq, scATAC-seq, 空间转录组学, CRISPR-Cas9系统	NA	单细胞组学数据	NA
169	2025-09-29	Positional information modulates transient regeneration-activated cell states during vertebrate appendage regeneration 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110737 PMID:39286507	研究论文	本研究揭示了非洲鳉鱼尾部鳍再生过程中位置信息通过瞬时再生激活细胞状态调控再生速度的机制	首次发现基底表皮中的瞬时再生激活细胞状态能够传递位置信息，并通过CRISPR-Cas9技术证明ECM修饰因子可解耦截肢位置与再生生长速率的关系	研究仅限于非洲鳉鱼尾部鳍再生模型，尚未验证在其他脊椎动物或组织中的普适性	探究脊椎动物附肢再生过程中位置信息传递的分子机制	非洲鳉鱼的尾部鳍再生过程	发育生物学	组织再生	单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9基因编辑	NA	基因表达数据、组织形态数据	非洲鳉鱼尾部鳍再生样本
170	2025-09-29	KRT17high/CXCL8+ Tumor Cells Display Both Classical and Basal Features and Regulate Myeloid Infiltration in the Pancreatic Cancer Microenvironment 2024-Jun-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-1421 PMID:37851080	研究论文	通过单细胞RNA测序识别胰腺导管腺癌中KRT17high/CXCL8+中间亚型肿瘤细胞及其对肿瘤微环境的影响	首次发现KRT17high/CXCL8+中间亚型癌细胞具有独特细胞因子谱，能局部和系统性调节髓系细胞浸润	样本量相对有限（18例PDAC样本），需要更大规模研究验证	表征胰腺导管腺癌中间亚型肿瘤细胞的特性及其在肿瘤微环境中的作用	人类PDAC样本、患者来源的PDAC类器官、匹配的血液和肿瘤样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、患者来源类器官培养、纵向血液分析	NA	单细胞RNA测序数据、类器官功能数据、血液免疫分析数据	18例人类PDAC样本，匹配的血液和肿瘤样本，患者来源PDAC类器官
171	2025-09-29	Analysis of Donor Pancreata Defines the Transcriptomic Signature and Microenvironment of Early Neoplastic Lesions 2023-06-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0013 PMID:37021392	研究论文	本研究首次通过脑死亡供体胰腺组织揭示了早期胰腺肿瘤病变的转录组特征和微环境	首次利用无热缺血时间的供体胰腺组织，结合多重免疫组化、单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统表征了健康成人胰腺和早期胰腺上皮内瘤变的微环境特征	样本量相对有限（30例供体），且仅针对脑死亡供体组织，可能存在选择偏倚	探究健康成人胰腺和早期胰腺肿瘤病变的转录组特征及微环境差异	30例不同年龄和种族的脑死亡供体胰腺组织，包含胰腺上皮内瘤变（PanIN）病变	数字病理	胰腺癌	多重免疫组化（multiplex IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	组织样本、转录组数据、空间转录组数据	30例脑死亡供体胰腺组织
172	2025-09-29	It is better to light a candle than to curse the darkness: single-cell transcriptomics sheds new light on pancreas biology and disease 2023-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2022-329313 PMID:36997301	综述	本文综述单细胞转录组学技术如何革新我们对胰腺生物学和疾病进展的理解	利用单细胞RNA测序技术首次发现胰腺中未被描述的上皮和基质细胞类型及状态，揭示疾病进展中细胞群体变化	NA	探讨单细胞转录组学技术对胰腺生物学和疾病研究的推动作用	胰腺组织及其在疾病状态下的细胞组成	生物信息学	胰腺导管腺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	NA
173	2025-09-29	Uncovering the spatial landscape of molecular interactions within the tumor microenvironment through latent spaces 2023-04-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2023.03.004 PMID:37080163	研究论文	开发了一种名为SpaceMarkers的生物信息学算法，通过空间转录组数据的潜在空间分析推断细胞间相互作用引起的分子变化	提出首个通过潜在空间分析从空间转录组数据中推断细胞间相互作用分子变化的算法	NA	揭示肿瘤微环境中分子相互作用的空间景观	转移性、侵袭性和前驱性病变以及免疫治疗处理的组织样本	生物信息学	肿瘤	空间转录组学，scRNA-seq	潜在空间分析，迁移学习	空间转录组数据，单细胞RNA测序数据	NA
174	2024-08-09	The Transcriptome of Hepatic Fibrosis Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2020-05, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.31155 PMID:32017148	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
175	2025-09-28	Glycoprotein Ib-CD11b + monocyte-derived macrophages mediate atherosclerosis-exacerbated psoriatic inflammation 2025-Nov-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123960 PMID:40945652	研究论文	本研究揭示了动脉粥样硬化加剧银屑病炎症的新机制，发现CD11b+单核细胞来源的巨噬细胞通过GPIb-CD11b轴在两种疾病相互作用中起核心作用	首次发现血小板来源的GPIb通过GPIb-CD11b轴促进巨噬细胞M1极化，揭示了动脉粥样硬化与银屑病共病的共享炎症机制	样本量有限，机制研究主要在动物模型和体外实验中进行验证	阐明动脉粥样硬化与银屑病共病的分子机制	银屑病合并动脉粥样硬化患者、小鼠模型、巨噬细胞和血小板	免疫学	银屑病和动脉粥样硬化	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、体外功能实验、小鼠模型	咪喹莫特诱导的银屑病小鼠模型	单细胞转录组数据、临床样本数据	初治银屑病合并动脉粥样硬化患者的皮肤活检样本（具体数量未明确说明）
176	2025-09-28	Single-cell RNA sequencing reveals early cell dynamics of MSC-based therapy in long bone critical-size defects in mice 2025-Nov, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.08.007 PMID:40995603	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示小鼠长骨临界尺寸缺损中MSC疗法早期的细胞动态变化	首次在临界尺寸骨缺损模型中应用scRNA-seq技术解析MSC治疗早期（1周）的局部微环境细胞组成和互作网络	研究仅观察治疗后1周时间点，缺乏长期疗效评估；样本来源于小鼠模型，临床转化需进一步验证	阐明MSC在骨缺损愈合早期调控局部微环境的分子机制	BALB/c雄性小鼠的股骨临界尺寸缺损模型	单细胞组学	骨缺损	单细胞RNA测序（scRNA-seq），UMAP降维分析，Louvain聚类	NA	单细胞转录组数据	小鼠随机分为三组（空白组/支架组/支架+MSC组），每组样本量未明确说明
177	2025-09-28	Integrated multi-omics profiling identifies Cmpk1 as a monocyte-specific therapeutic target for renal ischemia-reperfusion injury 2025-Nov-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123924 PMID:40848967	研究论文	本研究通过整合多组学分析发现Cmpk1是肾脏缺血再灌注损伤中单核细胞特异的治疗靶点	首次揭示单核细胞特异性核苷酸代谢重编程在肾缺血再灌注损伤中的核心作用，并确定Cmpk1为关键调控因子	研究主要聚焦于单核细胞，其他免疫细胞类型的贡献尚未完全阐明	解析肾脏缺血再灌注损伤中细胞特异性代谢重编程机制并识别治疗靶点	肾脏缺血再灌注损伤模型中的单核细胞	生物医学研究	急性肾损伤	多组学整合分析（批量转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序、空间转录组学）、体外缺氧复氧模型、体内基因敲低	机器学习优先排序	组学数据、功能验证数据	未明确说明具体样本数量，但包含体外和体内实验验证
178	2025-09-28	Tectorigenin could alleviate SA-AKI via reducing M1-like polarization of macrophages through KLF4/NF-κB pathway 2025-Oct-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115300 PMID:40829320	研究论文	本研究探讨鸢尾素通过KLF4/NF-κB通路调控巨噬细胞M1型极化缓解脓毒症相关急性肾损伤的作用机制	首次揭示鸢尾素通过KLF4/NF-κB信号通路调控巨噬细胞极化状态在SA-AKI中的治疗作用	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未进行临床验证	探究鸢尾素对脓毒症相关急性肾损伤的治疗潜力及分子机制	LPS诱导的SA-AKI小鼠模型、RAW264.7巨噬细胞系、原代腹膜巨噬细胞和HK-2肾小管上皮细胞	病理机制研究	脓毒症相关急性肾损伤	流式细胞术、单细胞测序分析、Transwell共培养、HE染色、透射电镜、siRNA转染	动物疾病模型	实验数据	未明确样本数量的小鼠模型和细胞系
179	2025-09-28	Novel role of splicing factor U2AF2 in the tumour microenvironment and its clinical prognostic value: a comprehensive pan-cancer analysis and experimental validation with a focus on COAD 2025-Oct-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115410 PMID:40854264	研究论文	通过多组学分析和实验验证揭示剪接因子U2AF2在结肠腺癌中的致癌机制及其临床预后价值	首次系统性阐明U2AF2通过异常RNA剪接驱动恶性转化和重塑肿瘤免疫微环境的双重致癌机制	研究主要聚焦结肠腺癌，其他癌症类型的普适性需进一步验证	阐明U2AF2在结肠腺癌中的致癌机制和临床预后价值	结肠腺癌患者组织样本、HCT116和HCT8细胞系	肿瘤生物学	结肠癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、转录组分析	细胞系敲低模型	转录组数据、临床数据、单细胞测序数据	公共数据库结肠腺癌数据集及实验细胞系
180	2025-09-28	VCPIP1 ameliorates sepsis-associated encephalopathy by promoting microglia autophagy via the PI3K/AKT/mTOR pathway 2025-Oct-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115417 PMID:40865405	研究论文	本研究揭示VCPIP1通过PI3K/AKT/mTOR通路调控小胶质细胞自噬改善脓毒症相关脑病的作用机制	首次发现VCPIP1在SAE海马小胶质细胞中的关键调控作用及其通过PI3K/AKT/mTOR通路调节自噬的新机制	研究基于小鼠CLP模型，临床转化价值需进一步验证	探讨VCPIP1在脓毒症相关脑病发病机制中的作用及治疗靶点潜力	小鼠脓毒症模型海马组织及小胶质细胞	神经科学	脓毒症相关脑病	生物信息学分析、单细胞RNA测序、小鼠CLP模型	动物疾病模型	基因表达数据、行为学数据、分子生物学数据	小鼠模型实验样本