单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-07-24	Transcriptomic analysis of mouse TRAMP cell lines and tumors provide insights into shared pathways and therapeutic targets 2024-Oct, Cell insight DOI:10.1016/j.cellin.2024.100184 PMID:39175940	研究论文	本研究通过比较不同小鼠前列腺癌模型的基因表达谱，重点关注TRAMP转基因模型及其衍生细胞系，并扩展到相关基因工程小鼠模型和人类前列腺癌数据集	发现了TC2R肿瘤中与侵袭性肿瘤行为和不良生存相关的基因特征，并在人类样本中通过单细胞RNA-seq验证了免疫细胞景观的变化	研究主要基于小鼠模型，人类数据集的验证仍需进一步扩展	探索前列腺癌的共享通路和治疗靶点	TRAMP转基因小鼠模型及其衍生细胞系(TC2, TC2R)和人类前列腺癌数据集	转录组学	前列腺癌	RNA测序(RNA-seq), 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	多种小鼠模型(TRAMP, TC2, TC2R)和人类前列腺癌数据集
162	2025-07-24	Lysosomal dysfunction-derived autophagy impairment of gingival epithelial cells in diabetes-associated periodontitis with altered protein acetylation 2024-09, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111273 PMID:38950874	研究论文	本研究探讨了糖尿病相关牙周炎中牙龈上皮细胞溶酶体功能障碍导致的自噬障碍及其与炎症反应的关系	揭示了高糖环境下溶酶体功能障碍通过阻断自噬流加剧炎症反应的机制，并发现相关蛋白质乙酰化修饰的改变	研究主要基于体外细胞实验和部分临床样本分析，需要更多体内实验验证	探索糖尿病相关牙周炎中牙龈上皮细胞过度炎症反应的分子机制	糖尿病相关牙周炎患者的牙龈上皮细胞和体外培养的人牙龈上皮细胞	分子病理学	牙周炎/糖尿病并发症	单细胞RNA测序、免疫组化分析、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	临床牙龈上皮样本和体外培养的人牙龈上皮细胞
163	2025-07-24	Machine Learning Uncovers Vascular Endothelial Cell Identity Genes by Expression Regulation Features in Single Cells 2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.27.609808 PMID:39253493	研究论文	本文介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于在单细胞水平上识别细胞身份基因	SCIG方法利用细胞身份基因独特的遗传序列特征和单细胞RNA-seq数据，无需与其他细胞比较即可识别细胞身份基因	NA	识别细胞身份基因以理解细胞分化、发育和细胞身份失调相关疾病	血管内皮细胞	机器学习	NA	单细胞RNA-seq	机器学习	基因表达数据	人类内皮细胞图谱数据
164	2025-07-24	Epsins oversee smooth muscle cell reprograming by influencing master regulators KLF4 and OCT4 2024-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.08.574714 PMID:39131381	研究论文	本文探讨了Epsins如何通过影响主调控因子KLF4和OCT4来调控平滑肌细胞的重编程，从而影响冠状动脉疾病的进程	揭示了Epsins在平滑肌细胞重编程中的新作用，特别是通过调节OCT4和KLF4来促进有益细胞类型的生成并抑制有害泡沫细胞的形成	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，人类数据的验证仍需进一步研究	探索平滑肌细胞重编程在冠状动脉疾病中的作用及Epsins的调控机制	平滑肌细胞、Epsins蛋白、主调控因子KLF4和OCT4	分子生物学	冠状动脉疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、全基因组关联研究(GWAS)	NA	RNA测序数据、GWAS数据	小鼠动脉粥样硬化斑块中的平滑肌细胞及人类冠状动脉疾病样本
165	2025-07-24	Dysregulation of phosphoenolpyruvate carboxykinase in cancers: A comprehensive analysis 2024-08, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111198 PMID:38697449	研究论文	该研究全面分析了磷酸烯醇丙酮酸羧激酶（PEPCK）在多种癌症中的失调情况及其潜在机制	首次全面分析了PEPCK在33种癌症中的表达及其与临床预后、基因突变和免疫浸润的相关性，并重点研究了PCK2在胶质母细胞瘤中的作用	研究主要基于公共数据库分析，部分结果需要通过更多实验验证	探究PEPCK在泛癌中的失调机制及其作为预测生物标志物的潜力	33种癌症类型，特别是胶质母细胞瘤（GBM）	癌症研究	泛癌（包括胶质母细胞瘤等多种癌症）	TCGA数据分析、GEO和CGGA数据库分析、体外和体内实验	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据、临床数据	TCGA数据库中33种癌症类型的样本
166	2025-07-24	Blocking the MIR155HG/miR-155 axis reduces CTGF-induced inflammatory cytokine production and α-SMA expression via upregulating AZGP1 in hypertrophic scar fibroblasts 2024-08, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111202 PMID:38729323	研究论文	本研究探讨了MIR155HG/miR-155轴在肥厚性瘢痕成纤维细胞中通过上调AZGP1减少CTGF诱导的炎性细胞因子产生和α-SMA表达的机制	揭示了MIR155HG/miR-155/AZGP1轴在调控肥厚性瘢痕中细胞因子产生和α-SMA表达的新机制	研究主要基于体外模型，缺乏体内实验验证	探究MIR155HG在肥厚性瘢痕形成中的分子机制	肥厚性瘢痕成纤维细胞(HSFBs)	分子生物学	皮肤纤维化疾病	单细胞测序、qRT-PCR、western blotting、ELISA、双荧光素酶报告基因检测	体外细胞模型	基因表达数据、蛋白质数据	临床样本和体外培养的HSFBs
167	2025-07-24	CXCR4-mediated neutrophil dynamics in periodontitis 2024-08, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111212 PMID:38719020	研究论文	本研究通过生物信息学方法识别与牙周炎相关的关键免疫相关致病基因，并分析免疫细胞的浸润和功能	揭示了CXCR4在牙周炎中的关键作用及其通过调节中性粒细胞动态促进疾病发展的机制	研究结果需要进一步的临床和实验验证以确认CXCR4作为治疗靶点的潜力	识别牙周炎中的关键免疫相关致病基因并分析免疫细胞的功能	牙周炎患者和动物模型中的免疫细胞	生物信息学	牙周炎	scRNA-seq, 加权相关网络分析, LASSO, 蛋白质-蛋白质相互作用网络构建	NA	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	临床样本和动物模型
168	2025-07-24	GeneSurfer Enables Transcriptome-wide Exploration and Functional Annotation of Gene Co-expression Modules in 3D Spatial Transcriptomics Data 2024-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.05.602230 PMID:39005368	research paper	介绍GeneSurfer，一个用于探索3D空间转录组数据中基因共表达模式的交互式工具	GeneSurfer提供了转录组范围内的基因过滤和基于空间局部共表达的基因聚类功能，支持多切片3D渲染和实时基因本体注释	未提及具体的技术限制或数据集的局限性	开发一个工具来探索和分析3D空间转录组数据中的基因共表达模式	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	使用Allen Brain Cell Atlas的数据，但未提及具体样本数量
169	2025-07-24	Integration analysis of cell division cycle-associated family genes revealed potential mechanisms of gliomagenesis and constructed an artificial intelligence-driven prognostic signature 2024-07, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111168 PMID:38599441	研究论文	本研究通过整合分析细胞分裂周期相关(CDCA)基因家族，揭示了胶质瘤发生的潜在机制，并构建了一个人工智能驱动的预后标志物	首次系统研究了CDCA基因家族在胶质瘤中的作用，开发了基于机器学习的CDCA基因家族评分(MLCS)预后模型	研究结果需要在更大样本量的独立队列中进行验证	阐明CDCA基因家族成员在胶质瘤中的作用机制并开发预后预测模型	胶质瘤患者和胶质瘤细胞	数字病理学	胶质瘤	scRNA-seq分析、空间转录组测序分析、机器学习算法	机器学习模型(未指定具体类型)	多组学数据、基因表达数据	8个胶质瘤队列
170	2025-07-24	Deafness DFNB128 Associated with a Recessive Variant of Human MAP3K1 Recapitulates Hearing Loss of Map3k1-Deficient Mice 2024-Jun-27, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15070845 PMID:39062623	research paper	该研究通过微阵列和外显子测序技术，在一个巴基斯坦近亲家族中发现了与非综合征性耳聋相关的新型隐性变异基因MAP3K1	首次在人类中发现MAP3K1基因的隐性变异与非综合征性耳聋相关，并验证了该基因在小鼠模型中的听力损失表型	研究仅在一个家族中发现该变异，样本量较小，需要更多病例验证	探索导致罕见非综合征性耳聋的新基因变异	巴基斯坦近亲家族中的耳聋患者	遗传学	耳聋	微阵列、外显子测序、单细胞转录组测序	小鼠模型	基因序列数据、转录组数据	一个巴基斯坦家族中的两个同胞群体
171	2025-07-24	Autophagy unrelated transcriptional mechanisms of hydroxychloroquine resistance revealed by integrated multi-omics of evolved cancer cells 2024-Apr, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2024.2402191 PMID:39299930	研究论文	通过多组学方法揭示羟基氯喹耐药性的非自噬相关转录机制	研究发现羟基氯喹耐药性的主要机制是转录可塑性，而非自噬或溶酶体途径	研究仅针对OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结直肠癌细胞，可能不适用于其他癌症类型	探究羟基氯喹耐药性的分子机制	OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结直肠癌细胞	肿瘤学	卵巢癌, 结直肠癌	RNA-seq, exome-seq, scRNA-seq, CRISPR-Cas9筛选	NA	基因组数据, 转录组数据	两种癌细胞系（OVCAR3和CCL218）
172	2025-07-24	Niche-DE: niche-differential gene expression analysis in spatial transcriptomics data identifies context-dependent cell-cell interactions 2024-01-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03159-6 PMID:38217002	research paper	提出了一种名为niche-DE的新统计方法，用于识别空间转录组数据中由细胞间相互作用驱动的局部基因表达变化	开发了niche-DE和niche-LR两种方法，专注于细胞类型特异性空间生态位相关基因的识别及配体-受体信号机制的揭示	未提及具体的技术限制或数据适用性的详细讨论	研究空间转录组数据中细胞间相互作用对局部基因表达的影响	空间转录组数据中的细胞类型及其基因表达	生物信息学	NA	空间转录组学	niche-DE, niche-LR	空间转录组数据	NA
173	2025-07-24	Inflammatory Alterations to Renal Lymphatic Endothelial Cell Gene Expression in Mouse Models of Hypertension 2024, Kidney & blood pressure research IF:2.3Q2 DOI:10.1159/000539721 PMID:38972305	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了高血压模型中肾脏淋巴内皮细胞的炎症性基因表达变化	首次揭示了高血压条件下肾脏淋巴内皮细胞的转录组多样性增加及炎症相关基因和通路的显著变化	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	评估高血压条件下肾脏淋巴内皮细胞的具体变化	小鼠肾脏中的CD31+和podoplanin+细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用血管紧张素II诱导和盐敏感的高血压小鼠模型
174	2025-07-24	CD36 restricts lipid-associated macrophages accumulation in white adipose tissues during atherogenesis 2024, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2024.1436865 PMID:39156133	研究论文	本研究探讨了CD36在动脉粥样硬化过程中对白色脂肪组织中脂质相关巨噬细胞积累的限制作用	通过单细胞RNA测序技术结合细胞代谢和功能分析，发现了一组以前未定义的ATM亚群，称为“不健康巨噬细胞”，并揭示了CD36在调节脂质代谢和炎症平衡中的新作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究CD36在动脉粥样硬化过程中对白色脂肪组织中巨噬细胞异质性和功能的调控机制	白色脂肪组织中的巨噬细胞亚群	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、细胞代谢和功能分析	饮食诱导的动脉粥样硬化小鼠模型	基因表达数据	使用CD36-null和ApoE/CD36双缺失小鼠模型
175	2025-07-24	A single-cell transposable element atlas of human cell identity 2023-Dec-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.28.573568 PMID:38234829	研究论文	开发了一个名为Stellarscope的工具和分析流程，用于单细胞转座子元件位点水平分析，并构建了人类PBMCs中转座子表达图谱	首次在单细胞水平上量化转座子元件表达，并发现转座子元件表达能区分细胞类型和定义新的细胞亚群	转座子元件表达的量化仍面临重复序列内容和基因模型不明确的挑战	研究转座子元件在人类生物学中的影响	人类PBMCs（外周血单个核细胞）	基因组学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	期望最大化算法	RNA测序数据	NA
176	2025-07-24	DNA methylation-mediated Rbpjk suppression protects against fracture nonunion caused by systemic inflammation 2023-Dec-05, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI168558 PMID:38051594	research paper	该研究探讨了系统性炎症如何通过DNA甲基化介导的Rbpjk抑制影响骨折不愈合，并提出了通过表观遗传修饰的前体细胞局部治疗来恢复骨再生的方法	揭示了NF-κB/Dnmt3b/Rbpjk轴在炎症性骨再生中的共同机制，并展示了通过表观遗传修饰前体细胞恢复骨再生的潜在治疗方法	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究系统性炎症对骨折愈合的影响及其分子机制	前体细胞和小鼠模型	表观遗传学	骨折不愈合	单细胞RNA测序	遗传动物模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但使用了多种遗传修饰的小鼠模型
177	2025-07-24	Multiomic analyses implicate a neurodevelopmental program in the pathogenesis of cerebral arachnoid cysts 2023-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-023-02238-2 PMID:36879130	研究论文	通过多组学分析探讨神经发育程序在脑蛛网膜囊肿发病机制中的作用	首次整合患者-父母三重外显子组、单细胞RNA测序转录组和患者医疗记录的自然语言处理数据，揭示了脑蛛网膜囊肿的发病机制	研究结果仅为初步指示，需进一步验证	阐明脑蛛网膜囊肿的发病机制	617例患者-父母三重外显子组、152,898个人类大脑和小鼠脑膜单细胞RNA测序转录组及患者医疗记录	数字病理学	脑蛛网膜囊肿	外显子组测序、单细胞RNA测序、自然语言处理	NA	基因组数据、转录组数据、文本数据	617例患者-父母三重外显子组、152,898个单细胞RNA测序样本
178	2025-07-24	Probing regenerative heterogeneity of corticospinal neurons with scRNA-Seq 2023-Feb-21, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2588274/v1 PMID:36865182	研究论文	通过单细胞RNA测序技术探究皮质脊髓神经元再生异质性	利用scRNA-Seq技术深入分析罕见再生神经元，发现抗氧化反应和线粒体生物合成在皮质脊髓神经元再生中的重要性，并开发了一种再生分类器（RC）	研究仅涉及数百个表型鉴定的皮质脊髓神经元，样本量较小	探究皮质脊髓神经元再生异质性的分子机制	皮质脊髓神经元	神经科学	脊髓损伤	scRNA-Seq	Garnett（监督分类方法）	单细胞RNA测序数据	数百个表型鉴定的皮质脊髓神经元
179	2025-07-24	HIV-1 activates oxidative phosphorylation in infected CD4 T cells in a human tonsil explant model 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1172938 PMID:37325659	研究论文	本研究利用人类扁桃体组织外植体模型，探究了HIV-1感染对不同淋巴组织细胞类型的转录组变化影响	首次揭示了HIV-1感染的CD4+ T细胞中线粒体氧化磷酸化途径的上调，以及未感染巨噬细胞中NLRP3炎症小体通路基因表达的增加	研究仅使用了体外扁桃体组织模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探究HIV-1感染在淋巴组织中诱导的特定转录组变化及其与慢性炎症的关系	健康人类供体的扁桃体组织外植体	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	人类扁桃体外植体模型	基因表达数据	NA
180	2025-07-24	Generation of human islet cell type-specific identity genesets 2022-04-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29588-8 PMID:35440614	研究论文	通过单细胞转录组学元分析，识别并构建了描述人类胰岛α、β、γ和δ细胞身份的基因集	这些基因集比之前发表的基因集更能定义胰岛细胞身份，并揭示了胚胎胰腺发育或实验设置中细胞身份变化的遗传机制	未明确提及研究的局限性	开发用于评估胰岛细胞身份的可靠工具，以支持基于细胞的糖尿病治疗	人类胰岛α、β、γ和δ细胞	生物医学	糖尿病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA