单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-06-15	Dynamic evolution of venetoclax resistance in acute myeloid leukemia unveiled by longitudinal single-cell RNA-seq 2025-Jun-05, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217853 PMID:40482912	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序揭示了急性髓系白血病中venetoclax耐药的动态演化	首次在单细胞分辨率下系统描绘了venetoclax治疗期间骨髓微环境重塑的动态变化，并提出了预测治疗反应的预后标志物和克服耐药性的临床可行策略	研究样本量有限，且主要基于DAV治疗方案，结果在其他治疗方案中的普适性需要进一步验证	阐明venetoclax治疗AML过程中骨髓微环境重塑的机制并开发克服耐药的策略	接受DAV治疗的AML患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	配对的治疗前后AML患者骨髓样本（具体数量未明确提及）
162	2025-06-15	Single-cell RNA sequencing analysis reveals a lack of CXCL13+ T cell subsets associated with the recurrence of cervical squamous cell carcinoma following concurrent chemoradiotherapy 2025-Jun-04, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04083-3 PMID:40464813	research paper	通过单细胞RNA测序分析，研究宫颈鳞状细胞癌在同步放化疗后复发的机制，发现CXCL13+ T细胞亚群的缺失与复发相关	首次构建了宫颈鳞状细胞癌患者在同步放化疗前的肿瘤微环境细胞图谱，并揭示了CXCL13+ T细胞亚群在非复发肿瘤中的重要作用	样本量较小，仅包括6名患者，可能影响结果的普遍性	探索宫颈鳞状细胞癌在同步放化疗后复发的细胞和分子机制	宫颈鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境细胞	digital pathology	cervical cancer	single-cell RNA sequencing, 10×单细胞测序	random forest	单细胞RNA测序数据	6名宫颈鳞状细胞癌患者（3名复发，3名未复发）
163	2025-06-15	Potential regulatory mechanism of overexpression of phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U on the glycolytic pathway in hepatocellular carcinoma 2025-Jun-03, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149603 PMID:40473062	研究论文	探讨磷脂酰肌醇聚糖锚定生物合成U类（PIGU）在肝细胞癌（HCC）糖酵解中的潜在分子调控机制	首次综合运用公共数据库、CRISPR敲除筛选分析及单细胞RNA测序技术，揭示PIGU在HCC糖酵解通路中的调控作用及其对细胞周期的影响	研究主要基于体外细胞实验和公共数据库分析，缺乏体内动物模型验证	探索PIGU在HCC糖酵解中的分子调控机制	肝细胞癌（HCC）细胞系SMMC-7721和Huh7	癌症研究	肝细胞癌	RNA测序（bulk RNA和scRNA-seq）、CRISPR敲除筛选、免疫组化（IHC）、蛋白质组学、细胞功能实验（增殖、迁移、侵袭、细胞周期和凋亡检测）	NA	RNA测序数据、蛋白质组学数据、细胞实验数据	3773例HCC样本（bulk RNA）、234例HCC样本（IHC和蛋白质组学）、22861个HCC细胞（scRNA-seq）
164	2025-06-15	OrthologAL: a Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf311 PMID:40392208	research paper	介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据进行质量感知的人类化转换	OrthologAL通过与BioMart接口访问Ensembl数据库中的不同基因集，无需用户生成代码即可实现直系同源转换，便于将非人类转录组数据应用于药物转录组学数据库	NA	促进非人类转录组的人类直系同源转换，并将药物转录组学数据库应用于临床前研究模型	单细胞、单核和空间转录组数据，包括髓母细胞瘤患者来源的异种移植模型以及小鼠和大鼠脊髓损伤模型	生物信息学	髓母细胞瘤, 脊髓损伤	单细胞转录组学, 空间转录组学	Shiny应用程序, Seurat对象	基因表达数据	包括来自GSE129730、GSE213240、GSE234774和E-MTAB-11720等多个数据集的样本
165	2025-06-15	Combined spatially resolved metabolomics and spatial transcriptomics reveal the mechanism of RACK1-mediated fatty acid synthesis 2025-Jun, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.13752 PMID:39425259	研究论文	该研究通过结合空间分辨代谢组学和空间转录组学，揭示了RACK1通过AKT/mTOR/SREBP1信号通路促进脂肪酸合成，从而推动宫颈癌细胞生长的机制	首次整合空间分辨代谢组学和空间转录组学技术，揭示了RACK1在宫颈癌脂肪酸合成中的调控作用及其分子机制	研究仅针对宫颈癌细胞，未在其他类型癌症中验证RACK1的作用	探究RACK1在宫颈癌细胞脂肪酸合成中的调控机制	宫颈癌细胞	癌症代谢研究	宫颈癌	空间分辨代谢组学、空间转录组学、染色质免疫沉淀、免疫共沉淀、Western blotting	NA	代谢组数据、转录组数据	NA
166	2025-06-15	Autophagy-related gene SQSTM1 predicts the prognosis of hepatocellular carcinoma 2025-Jun, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110358 PMID:40378566	研究论文	本研究通过结合生物信息学和实验方法，构建了一个基于自噬相关基因的预测模型，以预测肝细胞癌（HCC）的预后，并筛选出核心基因SQSTM1作为潜在的治疗靶点	构建了一个新的基于自噬相关基因的风险预测模型，并验证了其优于现有模型的效果，同时通过单细胞测序数据确定了核心基因SQSTM1在肿瘤相关巨噬细胞中的分布	研究主要依赖于公开数据集，缺乏独立临床队列的验证	阐明自噬途径在肝细胞癌中的作用，并识别潜在的治疗靶点	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	生物信息学分析、单细胞测序、药物敏感性分析	机器学习结合蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA、GEO和ICGC数据集中的HCC样本
167	2025-05-25	Confronting the challenge of cell segmentation in spatial transcriptomics 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02717-z PMID:40410420	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
168	2025-06-15	Novel PAP-targeted CAR-T therapy enhances antitumor efficacy through CoupledCAR approach 2025-May-31, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011238 PMID:40449956	research paper	该研究提出了一种新型的PAP靶向CAR-T疗法，通过CoupledCAR方法增强抗肿瘤效果	首次证明PAP是前列腺癌CAR-T疗法的特异性靶点，并开发了CoupledCAR平台技术，无需肿瘤抗原即可扩增肿瘤靶向CAR-T细胞	研究主要基于体外和体内实验，尚未进行临床试验验证	开发针对前列腺癌的新型CAR-T疗法，解决现有疗法靶点缺乏和CAR-T细胞扩增受限的问题	前列腺癌细胞和CAR-T细胞	肿瘤免疫治疗	前列腺癌	scRNA-Seq, 免疫组化染色	CAR-T	基因表达数据, 免疫组化数据	NA
169	2025-06-15	Essential role of CD56dimNKG2C+ NK cells trained by SARS-CoV-2 vaccines in protecting against COVID-19 2025-May-30, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.031 PMID:40450518	research paper	该研究探讨了SARS-CoV-2疫苗通过训练特定NK细胞亚群在预防COVID-19中的关键作用	揭示了灭活COVID-19疫苗通过训练CD56dimNKG2C+ NK细胞和M2样巨噬细胞在先天免疫保护中的新机制	研究发现老年参与者在加强接种后这些适应性细胞存在缺陷，可能导致保护不足	评估疫苗在先天免疫层面的保护效果	NK细胞、巨噬细胞和T细胞在SARS-CoV-2感染中的保护作用	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	使用恒河猴模型和人类参与者进行研究
170	2025-06-15	Chaperonin containing TCP1 subunit 5 as a novel pan-cancer prognostic biomarker for tumor stemness and immunotherapy response: insights from multi-omics data, integrated machine learning, and experimental validation 2025-May-27, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04071-7 PMID:40423850	研究论文	本研究通过多组学数据和机器学习方法，揭示了CCT5在泛癌中的预后价值和免疫治疗响应预测作用	首次全面评估CCT5在33种癌症类型中的表达模式，并开发了基于CCT5的免疫治疗响应预测模型CCT5.Sig	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探究CCT5在泛癌进展中的作用及其作为免疫治疗响应预测标志物的潜力	33种癌症类型的肿瘤组织	生物信息学	泛癌	多组学分析（包括bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学）	机器学习模型	多组学数据	23个免疫检查点阻断队列（n=1394），涵盖8种癌症类型
171	2025-06-15	Analyses of single-cell RNA sequencing uncover the role of intratumoral Helicobacter pylori in shaping tumor progression and immunity in gastric cancer 2025-May-24, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04048-6 PMID:40411560	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示了肿瘤内幽门螺杆菌在胃癌中塑造肿瘤进展和免疫的作用	使用SAHMI流程系统地恢复和去噪人类临床组织中的微生物信号，并在单细胞转录组水平上检查肿瘤-微生物相互作用	研究仅针对胃癌，未涉及其他类型的肿瘤	探究肿瘤内微生物群与胃癌发生和发展的关系	胃癌组织中的幽门螺杆菌及其与宿主细胞的相互作用	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、荧光原位杂交、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、图像数据	大型胃癌队列
172	2025-06-15	Dynamic Expression and Functional Implications of the Cell Polarity Gene, Dchs1, During Cardiac Development 2025-May-24, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14110774 PMID:40497950	研究论文	本研究探讨了细胞极性基因Dchs1在心脏发育过程中的动态表达及其功能意义	首次生成了Dchs1-HA敲入小鼠模型，揭示了Dchs1在非心肌细胞谱系中的动态表达模式及其在心脏发育中的潜在分子机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类心脏发育中的适用性需要进一步验证	阐明Dchs1在心脏发育过程中的功能作用和分子机制	Dchs1基因及其在心脏发育过程中的表达模式	发育生物学	先天性心脏病	免疫组织化学、Western blotting、单细胞转录组学	Dchs1-HA敲入小鼠模型	基因表达数据、蛋白质定位数据	不同发育阶段的小鼠心脏组织样本
173	2025-06-15	Low-Strength Type I Interferon Signaling Promotes CAR T-Cell Treatment Efficacy 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.13.653878 PMID:40463198	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了I型干扰素（IFN-I）信号在CD19导向的CAR T细胞治疗中的关键作用，并提出了一种通过低强度IFN-I信号增强CAR T细胞疗效的新策略	首次发现低强度IFN-I信号可以增强CAR T细胞的细胞毒性和体内疗效，而高强度IFN-I信号则会产生负面影响，这一发现为改进CAR T细胞治疗提供了新思路	研究样本量较小（仅8名患者），需要在更大规模的临床试验中验证	探索提高CD19导向CAR T细胞治疗复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤（r/r DLBCL）疗效的方法	复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤患者和CAR T细胞	免疫治疗	弥漫大B细胞淋巴瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	8名r/r DLBCL患者
174	2025-06-15	ARHGDIB as a prognostic biomarker and modulator of the immunosuppressive microenvironment in glioma 2025-May-15, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04063-7 PMID:40372473	研究论文	本研究探讨了ARHGDIB作为胶质瘤预后生物标志物及其在免疫抑制微环境中的调节作用	首次揭示了ARHGDIB在胶质瘤免疫抑制微环境中的关键作用，并证实其作为肿瘤相关巨噬细胞的新型标志物	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多临床样本验证	探究ARHGDIB在胶质瘤免疫微环境中的调控机制及其预后价值	胶质瘤患者样本和细胞系	肿瘤免疫学	胶质瘤	qPCR, IHC, 单细胞测序, 免疫荧光	LASSO-Cox回归	mRNA表达数据, 蛋白质表达数据	公共数据库数据+自建队列样本
175	2025-06-15	Din Oversees Mesenchymal Stem Cell Homeostasis in Mouse Incisors 2025-May-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6568233/v1 PMID:40470223	research paper	该研究揭示了预测基因Din在小鼠门牙间充质干细胞（MSCs）稳态中的关键作用	通过新开发的敲除小鼠模型，首次发现Din基因对MSCs稳态的调控作用及其在干细胞特性、运动性、衰老和分化潜能中的多重影响	研究仅限于小鼠门牙模型，尚未验证在其他组织或人类中的普适性	探究维持小鼠门牙间充质干细胞稳态的分子机制	小鼠门牙中的间充质干细胞（MSCs）	干细胞生物学	NA	基因敲除模型、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组学、蛋白质组学、GLISA检测	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量，使用基因敲除小鼠模型进行研究
176	2025-06-15	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2025-May-05, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100447 PMID:40329537	研究论文	该研究通过整合空间转录组学（ST）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，增强了阿尔茨海默病（AD）相关表型的空间信息差异基因表达（DGE）分析能力	首次整合ST和snRNA-seq数据进行空间信息的细胞类型特异性（CTS）DGE分析，显著提高了AD相关表型的基因检测能力	ST数据样本量较小可能影响分析效力	增强AD相关表型的空间信息差异基因表达分析能力	阿尔茨海默病（AD）相关表型（β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退）	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq）	线性混合模型	基因表达数据	436个死后大脑的背外侧前额叶皮层（DLPFC）组织中的约150万个细胞
177	2025-06-15	scATD: a high-throughput and interpretable framework for single-cell cancer drug resistance prediction and biomarker identification 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf268 PMID:40501071	research paper	提出了一种名为scATD的高通量、可解释的单细胞癌症耐药性预测和生物标志物识别框架	scATD框架利用大型语言模型进行高通量药物敏感性预测，无需针对不同患者单细胞数据集进行模型微调，提高了预测速度和临床适用性	未明确提及具体局限性	开发一个能够快速预测单细胞水平癌症药物敏感性的高通量框架	单细胞RNA测序数据	digital pathology	cancer	single-cell RNA sequencing	scATD-sf, scATD-gf, scATD-sf-dist (基于scFoundation和Geneformer大型语言模型)	单细胞基因表达数据	未明确提及具体样本量
178	2025-06-15	Showcasing the Comprehensive Understanding of Cellular Profiling and Human Neurophysiology 2025-May, Journal of pharmacy & bioallied sciences DOI:10.4103/jpbs.jpbs_46_25 PMID:40511047	research paper	本文系统性地探讨了细胞分析与人神经生理学的交叉领域，旨在揭示它们在理解神经过程、细胞反应及疾病中的相互作用	采用单细胞RNA测序和电生理学方法，探索人类样本中的细胞异质性和神经生理学表型，为设计高特异性治疗方案提供基础	NA	理解细胞分析与人神经生理学在神经过程和疾病中的相互作用	人类样本中的细胞异质性和神经生理学表型	分子生物学与神经科学	NA	单细胞RNA测序, 电生理学方法	NA	分子数据, 电生理数据	NA
179	2025-06-15	A tumor necrosis factor-α-responsive cryptic promoter drives overexpression of the human endogenous retrovirus ERVK-7 2025-Apr-30, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.108568 PMID:40316021	研究论文	本文揭示了人类内源性逆转录病毒ERVK-7在肺腺癌中的复杂调控机制及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	发现了ERVK-7的两个新转录本ERVK-7.long和ERVK-7.short，并阐明了它们在肺腺癌中的细胞类型特异性起源和炎症信号调控机制	研究主要聚焦于肺腺癌，对其他癌症类型的适用性尚不明确	探究ERVK-7在肺腺癌中的表达调控机制及其临床意义	人类内源性逆转录病毒ERVK-7及其在肺腺癌中的表达	分子生物学	肺腺癌	单细胞转录组测序、表观遗传学图谱分析	NA	RNA-seq数据、表观遗传数据	NA
180	2025-06-15	Organ-specific microenvironments drive divergent T cell evolution in acute graft-versus-host disease 2025-Jan-29, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.ads1298 PMID:39879321	research paper	该研究探讨了在急性移植物抗宿主病（aGVHD）中，组织特异性微环境如何驱动T细胞在不同器官中的分化演变	揭示了肺和肝脏中T细胞在aGVHD期间的转录组差异及其与克隆扩增的关系，表明这种分化与抗原特异性无关	研究基于非人灵长类动物模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究组织特异性微环境在aGVHD中对T细胞编程的影响	非人灵长类动物模型中的T细胞	免疫学	急性移植物抗宿主病	多参数流式细胞术、群体转录组分析、单细胞RNA测序和TCR测序	NA	转录组数据、单细胞数据	NA