单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-09-28	Choroid Plexus Fibroblast-ILC2 Niche Promotes Adult Hippocampal Neurogenesis after Traumatic Brain Injury 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415984 PMID:40605604	研究论文	本研究揭示创伤性脑损伤后脉络丛中ILC2细胞的积累及其通过调节免疫微环境和促进海马神经发生改善神经功能的机制	首次发现脉络丛成纤维细胞-ILC2生态位在TBI后促进成年海马神经发生的作用机制	NA	探究创伤性脑损伤后脉络丛的结构变化和免疫细胞浸润特征及其对神经再生的影响	创伤性脑损伤小鼠模型、脉络丛组织、海马组织	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序、单核RNA测序、组织学分析	NA	基因表达数据、组织学图像数据	NA
162	2025-09-28	Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000961 PMID:40626838	综述	本文概述了空间转录组学平台及其在HIV组织持久性研究中的应用工作流程	提出将空间转录组学技术应用于HIV组织持久性机制研究的路线图，实现HIV感染细胞与微环境的高分辨率分析	靶向捕获中目标数量增加会降低灵敏度，需避免报告生物学意义不明的特征	探讨空间转录组学在揭示HIV组织持久性机制及指导治疗策略中的应用	HIV感染的组织细胞及其微环境	空间转录组学	HIV/艾滋病	空间转录组学、ATAC-seq、蛋白质捕获、T细胞受体测序	NA	空间转录组数据	NA
163	2025-09-28	The Evolutionary Trajectory and Prognostic Value of GITR+ Tregs Reprogramed by Tumor-Intrinsic PD-1/c-MET Signaling in Pancreatic Cancer 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500806 PMID:40673866	研究论文	本研究揭示了胰腺癌中肿瘤内在PD-1/c-MET信号通路通过驱动GITR⁺ Tregs的积累促进免疫逃逸的新机制	首次发现MET-IL-23-STAT4轴调控GITR⁺ Tregs介导的免疫逃逸，并证实MET抑制剂与GITR激动剂的协同抗肿瘤作用	研究主要基于胰腺导管腺癌模型，在其他癌症类型中的普适性需进一步验证	探究肿瘤内在PD-1/c-MET信号通路的免疫调控功能及其在胰腺癌免疫逃逸中的作用机制	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的T细胞亚群，特别是GITR⁺调节性T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序、磷酸化蛋白检测、原位肿瘤模型	NA	基因表达数据、蛋白质磷酸化数据、临床预后数据	胰腺癌患者组织样本及原位PDAC小鼠模型
164	2025-09-28	Enhanced Media Optimize Bovine Myogenesis in 2D and 3D Models for Cultivated Meat Applications 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413998 PMID:40720723	研究论文	通过多组学分析和小分子调控开发优化培养基，增强牛肌源性祖细胞在2D和3D模型中的肌源性分化能力	首次通过多组学方法系统表征牛MPC分化分子图谱，并开发出能同时促进肌细胞分化和维持祖细胞特性的增强培养基	未提及具体样本规模和研究局限性	优化培养肉生产技术中肌源性祖细胞的分化效率	牛肌源性祖细胞（MPCs）	组织工程	NA	多组学分析（批量转录组、单细胞转录组、蛋白质组学）、组织工程	NA	分子组学数据	NA
165	2025-09-28	Neuro-immuno-stromal context in colorectal cancer: An enteric glial cell-driven prognostic model via machine learning predicts survival, recurrence, and therapy response 2025-Sep-01, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114733 PMID:40914542	研究论文	基于肠道胶质细胞相关基因构建机器学习预后模型，用于预测结直肠癌患者的生存、复发和治疗反应	首次整合肠道胶质细胞和结直肠癌相关基因表达构建预后模型，并系统评估其与肿瘤微环境、免疫调节和治疗反应的关系	需要进一步验证临床适用性	开发结直肠癌预后预测模型	结直肠癌患者	机器学习	结直肠癌	RNA测序（包括bulk和单细胞RNA测序）	RSF随机森林算法	基因表达数据	NA
166	2025-09-28	Role of Tunneling Nanotubes in Arachidonic Acid Transfer and Macrophage Function Reprogramming in Intrahepatic Cholangiocarcinoma 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500148 PMID:40552574	研究论文	本研究揭示了隧道纳米管通过转移花生四烯酸重编程巨噬细胞功能促进肝内胆管癌进展的机制	首次阐明TNTs介导的肿瘤源性脂肪酸转移在巨噬细胞表型重编程中的关键作用，发现AA通过PI3K-AKT通路驱动TAMs向促瘤表型转化	研究主要基于异种移植模型，人类临床样本验证尚待完善	探究隧道纳米管在肿瘤微环境中调控巨噬细胞功能的分子机制	肝内胆管癌肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序、脂质组学、代谢组学、转录组分析、体外和体内实验	NA	基因组数据、代谢物数据、实验观测数据	未明确说明具体样本数量，但包含体外细胞实验和异种移植模型
167	2025-09-28	Maximizing Efficacy of Cancer Nanovaccines and Immune Cells Landscape in Responders and Non-Responders to Immunotherapy 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416756 PMID:40574416	研究论文	本研究通过优化纳米疫苗尺寸和配方开发高效癌症疫苗，并利用单细胞测序分析免疫细胞特征	确定≤400纳米和2.5微米为纳米/微米疫苗最佳尺寸，发现治愈小鼠的TCR/BCR多样性更高，并鉴定出可区分免疫疗法应答者的生物标志物	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用效果需进一步验证	最大化癌症疫苗疗效并揭示免疫治疗应答差异的细胞机制	荷瘤小鼠（黑色素瘤、肺癌、胰腺癌模型）及癌症患者样本	免疫治疗	癌症（多癌种）	单细胞测序、纳米疫苗制备技术	NA	单细胞测序数据、免疫细胞受体数据	21个样本（包含小鼠和人类样本）
168	2025-09-28	Integrative Single-Cell and Machine Learning Analysis Reveals Immune Microenvironment Remodelling in Lymph Node Metastasis of Lung Adenocarcinoma 2025-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70859 PMID:40988131	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习分析揭示了肺腺癌淋巴结转移中的免疫微环境重塑机制	首次整合单细胞测序与多组学特征开发了LNRScore风险预测模型，并鉴定出HMGA1作为转移进展的核心基因	研究样本量有限，需要更大规模队列验证模型的临床适用性	解析肺腺癌淋巴结转移的肿瘤微环境特征并建立预后预测模型	肺腺癌患者的转移性和非转移性淋巴结组织	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序、机器学习、功能验证实验	集成机器学习模型	单细胞转录组数据、多组学数据	未明确样本数量（涉及转移和非转移淋巴结样本）
169	2025-09-28	Integrative Multi-Omics Features Stratify Metabolic and Immune Subtypes in Glioma 2025-Sep, JCO precision oncology IF:5.3Q1 DOI:10.1200/PO-24-00928 PMID:41004701	研究论文	本研究通过整合多组学数据和MRI影像组学特征，对胶质瘤的代谢和免疫亚型进行分层分析	首次将基因组学、转录组学与MRI影像组学相结合，开发了代谢-免疫分类器并实现无创亚型预测	NA	改进胶质瘤分类方法，实现更精准的个性化治疗策略	1,720例胶质瘤患者	数字病理	胶质瘤	转录组测序、单细胞RNA测序、空间转录组测序、MRI影像组学	机器学习算法	基因组数据、转录组数据、医学影像数据	1,720例胶质瘤患者样本
170	2025-09-28	DeCoST: unveiling cell type heterogeneity in spatial transcriptomics based on inter-domain alignment and Gaussian kernel conditional autoregressive 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf490 PMID:40991330	研究论文	提出一种基于跨域对齐和高斯核条件自回归模型的空间转录组学细胞类型解卷积新方法DeCoST	首次整合高斯核条件自回归模型利用空间上下文信息，并采用域适应技术解决单细胞与空间转录组数据间的平台效应	NA	开发空间转录组数据细胞类型解卷积的计算框架	人类胰腺导管腺癌、小鼠嗅球和小鼠脑组织样本	生物信息学	胰腺癌	空间转录组学	条件自回归模型、域适应技术	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	模拟数据集及真实案例（人类胰腺癌、小鼠嗅球和脑样本）
171	2025-09-28	Assessing tissue-specific gene expression of essential genes from human and mouse 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf487 PMID:40991328	研究论文	开发了一种名为scEssentials的统计方法，用于评估人类和小鼠必需基因的组织特异性表达	利用单细胞RNA测序图谱首次在组织水平系统研究必需基因的表达稳健性和特异性	方法主要基于转录组数据，未直接验证基因功能必要性	建立评估必需基因在多种细胞类型中表达特征的计算框架	人类和小鼠的必需基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR-Cas9	统计框架	单细胞转录组数据	超过60种细胞类型的单细胞图谱数据
172	2025-09-28	CX3CR1-TLR4 Axis as a Shared Neuroimmune Target in COVID-19 and Epilepsy: Integrative Transcriptomics and Gabapentin Repositioning 2025-Aug-31, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13092133 PMID:41007696	研究论文	本研究通过整合转录组学分析发现COVID-19与癫痫存在共享的CX3CR1-TLR4-NF-κB炎症轴，并提出加巴喷丁作为潜在的双重作用免疫调节剂	首次揭示COVID-19与癫痫的共享免疫基因组机制，发现CX3CR1-TLR4核心免疫模块，并提出加巴喷丁的新免疫调节功能	研究基于公共数据库的回顾性分析，需要实验验证和临床前研究确认机制	探索COVID-19与癫痫的共享免疫炎症转录组特征及药物重定位治疗潜力	COVID-19患者外周血单核细胞和颞叶癫痫伴海马硬化患者的脑组织样本	生物信息学	COVID-19与癫痫	单细胞RNA-seq、批量RNA-seq、GO/KEGG富集分析、PPI网络分析、药物重定位分析	生物网络分析（cytoHubba）、转录调控网络分析	基因表达数据	来自公共数据库GSE149689和GSE256068的RNA-seq数据集
173	2025-09-28	Bulk and Single-Cell Transcriptomes Reveal Exhausted Signature in Prognosis of Hepatocellular Carcinoma 2025-Aug-30, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16091034 PMID:41009979	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据揭示肝细胞癌中T细胞耗竭特征与预后的关联	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据系统分析HCC中T细胞耗竭特征，并建立26基因预后标志	NA	表征肝细胞癌中T细胞耗竭相关的转录特征及其预后价值	肝细胞癌患者样本	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq）	LASSO回归分析	基因表达数据	NA
174	2025-09-28	APOBEC3B Promotes SARS-CoV-2 Through Activation of PKR/eIF2⍺ and AMPD2 Dysregulation 2025-Aug-28, Viruses DOI:10.3390/v17091176 PMID:41012606	研究论文	本研究揭示APOBEC3B通过激活PKR/eIF2α通路和调控AMPD2表达促进SARS-CoV-2感染的新机制	首次发现A3B在重症COVID-19患者中过表达并通过双重机制（PKR/eIF2α应激反应和AMPD2代谢调控）促进病毒感染的机制	不同细胞系中A3B作用机制存在差异，具体分子通路需要进一步验证	阐明APOBEC3B在SARS-CoV-2感染过程中的分子作用机制	COVID-19患者支气管肺泡灌洗液细胞、Caco-2细胞系、A549-ACE2细胞系	分子生物学	COVID-19	单细胞RNA测序、批量RNA测序、Geneformer机器学习模型、基因敲低	Transformer	基因表达数据	重症与轻症COVID-19患者的BALF细胞样本及体外细胞系模型
175	2025-09-28	Transcriptome Analysis Unravels CD4+ T-Cell and Treg-Cell Differentiation in Ovarian Cancer 2025-Aug-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15091241 PMID:41008548	研究论文	通过转录组分析揭示卵巢癌中CD4+ T细胞和调节性T细胞的分化特征	整合七个多中心单细胞RNA-seq数据集构建元数据资源，首次系统描绘卵巢癌浸润T细胞的分化轨迹和功能状态	研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限	解析卵巢癌肿瘤微环境中T细胞亚群的分化机制	卵巢癌患者的肿瘤浸润CD4+ T细胞和调节性T细胞	生物信息学	卵巢癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、BayesPrism算法	NA	单细胞转录组数据、批量转录组数据	七个数据集共137,648个单细胞，五个独立批量RNA-seq队列
176	2025-09-28	Diagnosis of Periodontitis via Neutrophil Degranulation Signatures Identified by Integrated scRNA-Seq and Deep Learning 2025-Aug-26, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16091005 PMID:41009952	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学和深度学习技术，识别了牙周炎中中性粒细胞脱颗粒的关键生物标志物并构建诊断模型	首次结合单细胞RNA测序、分层加权基因共表达网络分析和卷积神经网络，系统揭示牙周炎致病性中性粒细胞亚群及其脱颗粒特征	NA	建立牙周炎的早期诊断模型和精准干预策略	人类牙龈组织样本	数字病理学	牙周炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分层加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)	卷积神经网络(CNN)、机器学习	基因表达数据、免疫细胞谱数据	多个队列的牙龈组织样本（具体数量未明确说明）
177	2025-09-28	Enhanced M2 Polarization of Retinal Microglia in Streptozotocin-Induced Diabetic Mice upon Autoimmune Stimulation 2025-Aug-22, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13092049 PMID:41007615	研究论文	本研究探讨糖尿病环境对实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎发展的影响及视网膜小胶质细胞的活化状态	首次通过单细胞RNA测序揭示糖尿病环境中视网膜小胶质细胞向抗炎M2表型极化的现象	研究仅限于链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠模型，未验证其他糖尿病模型	研究糖尿病环境对自身免疫性眼病发展及小胶质细胞活化的影响	野生型小鼠和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠	免疫学	糖尿病性视网膜病变	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学、眼底镜检查、光学相干断层扫描	NA	基因表达数据、病理图像数据、细胞定量数据	野生型和糖尿病小鼠模型（具体数量未明确说明）
178	2025-09-28	Precision T cell correction platform for inborn errors of immunity 2025-Aug-12, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.018 PMID:40808259	研究论文	开发基于CRISPR-Cas9和同源定向修复的T细胞单核苷酸变异精准校正平台，用于治疗先天性免疫缺陷病	首次建立高效T细胞SNV校正平台，实现高达80%的校正效率并验证功能恢复，通过多组学分析证实安全性	不适用于晚期疾病、存在炎症或急性感染的患者	开发精准基因编辑平台用于先天性免疫缺陷病的自体T细胞治疗	T细胞及四种先天性免疫缺陷病模型（STAT1功能增益、软骨毛发发育不全、ADA2缺陷、自身免疫性多内分泌病-念珠菌病-外胚层营养不良）	基因治疗	先天性免疫缺陷病	CRISPR-Cas9基因编辑、同源定向修复、GUIDE-seq、单细胞RNA测序、长读长基因组测序、蛋白质组学分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	四种疾病模型实验数据
179	2025-09-28	Transcriptomic profiling of mink spleen infected by Aleutian mink disease virus: Insight into immune response 2025-Aug-12, Research in veterinary science IF:2.2Q1 DOI:10.1016/j.rvsc.2025.105842 PMID:41005216	研究论文	通过转录组学分析水貂感染阿留申病病毒后脾脏的基因表达变化，揭示宿主免疫反应机制	首次系统揭示AMDV感染后水貂脾脏的转录组动态变化，鉴定出8个直接参与免疫应答的关键差异表达基因	研究仅聚焦脾脏组织，未涉及其他靶器官；采用传统RNA测序而非单细胞测序	解析水貂对阿留申病病毒感染的宿主免疫反应机制	12只AMDV阴性黑色雄性水貂（4组全同胞，每组3只）	转录组学	阿留申病	RNA测序（Illumina TruSeq™建库，HiScanSQ测序平台）	差异表达分析、基因富集分析	转录组测序数据	12只水貂脾脏组织（感染后第0/1/2/7天四个时间点）
180	2025-09-28	Spatial multi-omics reveals the potential involvement of SPP1+ fibroblasts in determining metabolic heterogeneity and promoting metastatic growth of colorectal cancer liver metastasis 2025-Aug-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.004 PMID:40340245	研究论文	本研究通过空间多组学技术揭示了结直肠癌肝转移中SPP1+成纤维细胞在代谢异质性和促进转移生长中的关键作用	首次结合空间转录组学、空间代谢组学和单细胞RNA测序技术，系统解析CRLM的微观空间结构特征	样本量有限（仅2例未治疗患者的新鲜样本），需要更大规模验证	探究结直肠癌肝转移的关键微观区域特征及其分子机制	结直肠癌肝转移患者的手术样本	数字病理学	结直肠癌肝转移	空间转录组学、空间代谢组学、单细胞RNA测序、免疫荧光、RT-qPCR、非靶向代谢组学	NA	空间组学数据、单细胞测序数据、代谢组学数据	12例新鲜手术样本（来自2例患者）+ 92例冰冻组织样本（来自40例患者）