单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-06-13	Insights into Keratinocyte and Immunologic Landscape in Cutaneous Graft-Versus-Host Disease through Single-Cell Transcriptomics 2025-Jul, JID innovations : skin science from molecules to population health DOI:10.1016/j.xjidi.2025.100373 PMID:40492027	研究论文	通过单细胞转录组学揭示皮肤移植物抗宿主病（GVHD）中角质形成细胞和免疫细胞的复杂反应	首次使用单细胞RNA测序技术比较慢性GVHD与健康对照样本的转录组，揭示了角质形成细胞和免疫细胞的非免疫和免疫学变化	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	探讨皮肤GVHD的发病机制，特别是角质形成细胞和其他皮肤结构细胞的作用	慢性GVHD患者的表皮和真皮样本与健康对照样本	单细胞转录组学	皮肤移植物抗宿主病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
162	2025-06-13	Spatial transcriptomics of progression gene signature and tumor microenvironment leading to progression in mycosis fungoides 2025-Jun-24, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014495 PMID:40163757	研究论文	本研究通过空间转录组学分析了蕈样肉芽肿（MF）进展过程中的基因特征和肿瘤微环境变化	首次利用CD3、CD4和CD30形态标记进行空间分辨转录组分析，揭示了MF从斑片期到斑块期再到肿瘤期进展过程中的关键基因表达变化和肿瘤微环境特征	样本量相对有限，且仅针对MF这一特定类型的皮肤T细胞淋巴瘤进行研究	探索MF进展过程中的转录组表达变化和肿瘤微环境特征，以识别早期MF患者进展的风险因素	蕈样肉芽肿（MF）患者	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	空间转录组学分析，免疫组织化学染色	NA	转录组数据，免疫组织化学数据	未明确说明具体样本数量，但包括不同阶段的MF患者样本
163	2025-06-13	SOAR elucidates biological insights and empowers drug discovery through spatial transcriptomics 2025-Jun-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt7450 PMID:40498826	研究论文	介绍了一个名为SOAR的空间转录组学平台，该平台整合了3461个样本的数据，用于生物发现和药物研发	SOAR平台首次系统地整合了多种空间转录组学技术的数据，揭示了巨噬细胞极性在肿瘤微环境中的作用，并发现了潜在的抗癌药物	未明确提及样本的多样性是否足够覆盖所有相关疾病类型或技术平台	通过空间转录组学数据促进生物发现和药物研发	3461个样本，涵盖13个物种、42种组织类型和19种空间转录组学技术	空间转录组学	肿瘤和溃疡性结肠炎	空间转录组学技术	NA	基因表达和位置数据	3461个样本
164	2025-06-13	Current concepts in the pathogenesis and clinical management of lymphangioleiomyomatosis 2025-Jun-13, Current opinion in pulmonary medicine IF:2.8Q2 DOI:10.1097/MCP.0000000000001185 PMID:40501369	review	本文综述了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）的发病机制和临床管理的最新进展，包括病理机制的理解、新型治疗方法以及未来诊断和治疗方向	探讨了激素途径、免疫系统相互作用、mTOR信号抑制及LAM微环境在联合治疗中的作用，以及单细胞RNA测序和空间转录组学等新技术在LAM研究中的应用	NA	总结LAM研究的最新进展，推动从基础研究到靶向治疗的转化	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）及其相关病理机制和治疗方法	NA	淋巴管平滑肌瘤病	单细胞RNA测序、空间转录组学、人工智能	NA	NA	NA
165	2025-06-13	NOTCH1 dimeric signaling is essential for T-cell leukemogenesis and leukemia maintenance 2025-Jun-12, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027020 PMID:40009499	research paper	该研究揭示了NOTCH1二聚体信号在T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）发生和维持中的关键作用	发现了NOTCH1二聚体信号依赖的基因特征，包括HES4转录因子，并揭示了其在T-ALL细胞中的抗凋亡机制	研究主要基于合成模型和患者来源的异种移植模型，临床样本的直接验证有限	探究NOTCH1二聚体信号在T-ALL发生和维持中的作用机制	人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs）和T-ALL细胞	肿瘤生物学	T细胞急性淋巴细胞白血病	RNA/染色质免疫沉淀测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、测序数据	脐带血来源的HSPCs和患者来源的T-ALL异种移植模型
166	2025-06-13	Triggering Mechanisms of Hepatocyte Repopulation during liver Regeneration 2025-Jun-12, Biomolecules & therapeutics IF:3.0Q2 DOI:10.4062/biomolther.2025.035 PMID:40500106	review	本文综述了肝再生过程中肝细胞再生的触发机制及其分子和细胞机制	总结了利用谱系追踪和空间转录组学等先进技术研究肝细胞再生来源的最新发现	再生肝细胞的确切来源仍存在争议	阐明肝再生过程中肝细胞增殖的触发机制及新生肝细胞的来源	肝细胞再生过程	NA	NA	谱系追踪, 空间转录组学	NA	NA	NA
167	2025-06-13	MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems 2025-Jun-12, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.263927 PMID:40501363	研究论文	介绍了一个名为MatriCom的网络应用和R包，用于从单细胞RNA测序数据推断ECM组分之间以及不同细胞群与ECM之间的通讯系统	开发了MatriCom工具，利用独特的MatriComDB数据库，包含超过25,000个经过筛选的相互作用，从表达数据中推断相互作用，并考虑了ECM蛋白相互作用的特定规则	NA	推断ECM组分之间以及细胞与ECM之间的通讯系统，以揭示ECM组装和细胞/ECM相互作用的保守和多样化机制	ECM组分和细胞群	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	单细胞RNA测序数据	46个健康成人组织的scRNA-Seq数据集
168	2025-06-13	Disruption of Morrbid alleviates autoinflammatory osteomyelitis in Pstpip2-deficient mice 2025-Jun-12, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.052176 PMID:40503910	研究论文	本研究探讨了Morrbid基因在Pstpip2缺陷小鼠中缓解自身炎症性骨髓炎的作用	发现Morrbid与Pstpip2在成熟髓系细胞中共表达，并证实Morrbid缺失能显著抑制CRMO症状的起始和进展	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究Morrbid基因在慢性复发性多灶性骨髓炎(CRMO)中的致病机制及潜在治疗靶点	Pstpip2缺陷小鼠模型	免疫学	骨髓炎	单细胞转录组分析	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	Pstpip2-/-和Pstpip2-/-Morrbid-/-复合突变小鼠
169	2025-06-13	How single-cell transcriptomics of Hydractinia is informing the evolution of cnidarian sensory systems 2025-Jun-12, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icaf090 PMID:40504553	研究论文	本文探讨了利用单细胞转录组学技术研究水螅（Hydractinia）感觉系统的进化	更新了水螅成虫的单细胞转录组图谱，探索了细胞生物学和细胞类型表达谱，并验证了细胞类型特异性标记的空间表达模式	NA	深入了解水螅感觉系统的进化及其细胞生物学	水螅（Hydractinia）的细胞类型和感觉系统	生物信息学	NA	单细胞转录组学、CRISPR/Cas9基因敲除、shRNA敲低、合成RNA过表达	NA	转录组数据	两种水螅物种（H. symbiolongicarpus和H. echinata）的实验室克隆系
170	2025-06-13	Machine learning-driven construction and validation of an intra-tumoral heterogeneity-associated prognostic model for bladder urothelial carcinoma 2025-Jun-11, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2025.2516767 PMID:40500142	研究论文	本研究基于肿瘤内异质性相关基因构建了膀胱尿路上皮癌的预后模型	结合LASSO和随机生存森林算法开发了14基因预后特征，并在多个独立验证队列中表现出强预测性能	研究主要依赖公共队列数据，缺乏前瞻性临床验证	构建膀胱尿路上皮癌的预后预测模型	膀胱尿路上皮癌患者	机器学习	膀胱癌	转录组测序、单细胞RNA测序	LASSO、随机生存森林	转录组数据、临床数据	多个公共队列数据集
171	2025-06-13	CD73 inhibitor AB680 suppresses glioblastoma in mice by inhibiting purine metabolism and promoting P2RY12+ microglia transformation 2025-Jun-11, Acta pharmacologica Sinica IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41401-025-01585-9 PMID:40500344	研究论文	本研究探讨了CD73抑制剂AB680在胶质母细胞瘤(GBM)中的抗肿瘤效果及其机制	发现AB680通过抑制嘌呤代谢和促进P2RY12+小胶质细胞转化来抑制GBM	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索AB680在GBM治疗中的潜在应用	胶质母细胞瘤(GBM)小鼠模型和人类GBM样本	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	代谢组学分析、scRNA-seq、snRNA-seq	小鼠GBM模型	代谢组数据、单细胞RNA测序数据	G422-GBM小鼠模型和人类GBM样本
172	2025-06-13	Stem cell fate decisions: Substates and attractors 2025-Jun-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102532 PMID:40499510	review	本文综述了人类多能干细胞在基因表达异质性方面的研究，强调了它们占据不同亚稳态的能力及其对分化结果的影响	提出了一种新的方法来模拟荧光标记分布随时间变化的序列，认为亚稳态之间的转变可能由确定性混沌和基因表达的随机波动共同调控	NA	探讨干细胞命运决定的机制，特别是基因表达异质性和亚稳态的作用	人类多能干细胞	细胞生物学	NA	单细胞转录组学、荧光标记动态分析	NA	基因表达数据	NA
173	2025-06-13	Differentiation of lung tissue-resident c-Kit+ cells into microvascular endothelial cells alleviates pulmonary vascular remodeling 2025-Jun-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.01.010 PMID:39909047	研究论文	本研究探讨了肺部组织驻留的c-Kit+细胞分化为微血管内皮细胞对缓解肺血管重塑的作用	揭示了肺部c-Kit+细胞通过分化为成熟内皮细胞在肺血管重塑中的保护作用，并发现通过AAV增强Nr2f2表达可促进这一分化过程	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证	探究肺部c-Kit+细胞分化在肺血管重塑中的作用及其潜在治疗策略	肺部组织驻留的c-Kit+细胞及其分化的内皮细胞	细胞生物学	肺高血压	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SU5416/低氧（SuHx）诱导的肺血管重塑小鼠模型	基因表达数据	SuHx诱导的小鼠模型及肺高血压患者样本
174	2025-06-13	Spatial transcriptomics reveals tryptophan metabolism restricting maturation of intratumoral tertiary lymphoid structures 2025-Jun-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.011 PMID:40185093	research paper	该研究利用空间转录组学技术揭示了色氨酸代谢在肝细胞癌中限制肿瘤内三级淋巴结构成熟的机制	首次发现恶性细胞塑造的色氨酸富集代谢微环境会导致三级淋巴结构成熟偏离，并证明抑制色氨酸代谢可促进肿瘤内三级淋巴结构成熟	研究仅针对肝细胞癌，其他癌症类型中的情况尚不明确	探究三级淋巴结构成熟的影响因素及其与免疫治疗的关系	肝细胞癌(HCC)中的三级淋巴结构(TLSs)	digital pathology	liver cancer	spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomic data	NA
175	2025-06-13	Radiotherapy promotes cuproptosis and synergizes with cuproptosis inducers to overcome tumor radioresistance 2025-Jun-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.031 PMID:40215978	research paper	该研究揭示了放疗通过上调铜转运蛋白1（CTR1）和消耗线粒体谷胱甘肽来诱导线粒体铜水平升高，从而触发铜死亡（cuproptosis），并提出通过靶向铜死亡来克服肿瘤放射抗性的治疗策略	首次揭示了放疗与铜死亡之间的联系，并发现通过铜离子载体治疗可以增强铜死亡，从而克服肿瘤的放射抗性	研究主要基于食管癌模型，其他类型癌症的适用性尚待验证	探索放疗如何诱导铜死亡以及如何利用这一机制克服肿瘤放射抗性	食管癌细胞和患者来源的异种移植模型	肿瘤学	食管癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	患者肿瘤样本和细胞系模型
176	2025-06-13	eIF5A maintains intestinal epithelial homeostasis by sustaining intestinal stem cells 2025-Jun-09, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00243-z PMID:40488929	研究论文	本文探讨了真核翻译起始因子5A（eIF5A）在维持肠道上皮稳态中的作用，特别是在肠道干细胞（ISCs）的维持方面	揭示了eIF5A通过调控线粒体翻译维持肠道干细胞的新机制	研究主要基于小鼠模型和肠道类器官，人类相关性的验证尚不充分	阐明eIF5A在肠道上皮稳态维持中的分子机制	小鼠肠道上皮细胞和肠道类器官	细胞生物学	肠道疾病	条件性基因敲除、质谱分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠肠道上皮细胞和肠道类器官
177	2025-06-13	Prognostic and immune modulatory effects of ammonia-induced cell death in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Jun-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02508-0 PMID:40490575	research paper	本研究探讨了氨诱导的细胞死亡（ACD）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的预后意义及免疫调节作用	首次将氨死亡特征（ADS）确立为HNSC的新型预后生物标志物，并揭示了其与肿瘤进展和免疫抑制的关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究ACD在HNSC中的预后价值和免疫调节机制	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）	digital pathology	head and neck squamous cell carcinoma	随机生存森林（RSF）、单样本基因集富集分析（ssGSEA）、肿瘤免疫表型追踪（TIP）分析、单细胞RNA测序	RSF	转录组数据	NA
178	2025-06-13	Single-cell chromatin accessibility profiling reveals regulatory mechanisms and evolution in pig brains 2025-Jun-09, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02263-2 PMID:40490756	研究论文	通过单细胞染色质可及性分析，揭示了猪脑的调控机制及其进化特征	首次在猪脑中进行大规模单细胞染色质可及性分析，并比较了家猪与野猪的细胞类型特异性调控景观	研究仅聚焦于大脑皮层和小脑，未涵盖其他脑区	探索猪脑的调控机制及其在进化过程中的变化	家猪和野猪的大脑皮层及小脑细胞	生物医学	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病）	单细胞染色质可及性分析、单细胞RNA测序	NA	单细胞测序数据	71,798个细胞（来自家猪和野猪的大脑皮层及小脑）
179	2025-06-13	Comprehensive analysis of immunoglobulin expression in the mouse brain from embryonic to adult stages 2025-Jun-09, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03457-9 PMID:40490799	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据和Ig库分析，揭示了从小鼠胚胎到成年阶段大脑中免疫球蛋白（Ig）的表达谱	首次全面描述了Ig在大脑中从胚胎到成年阶段的表达谱，并发现小胶质细胞和第六层皮质丘脑神经元中Ig的表达模式及其对脂多糖的反应与B细胞不同	研究仅基于小鼠模型，尚未验证在人类大脑中的表达情况	阐明Ig在小鼠大脑中从胚胎到成年阶段的表达情况及其可能的非经典免疫功能	小鼠大脑中的免疫球蛋白（Ig）表达	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、Ig库分析	NA	RNA测序数据	从小鼠胚胎到成年阶段的多个发育时期的大脑样本
180	2025-06-13	Dysbiosis of the gut microbiome may contribute to the pathogenesis of oral lichen planus through Treg dysregulation 2025-Jun-09, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.05.009 PMID:40499683	研究论文	本研究探讨了肠道菌群失调与口腔扁平苔藓（OLP）发病机制之间的关系，特别是通过调节性T细胞（Treg）功能失调的角度	首次将肠道菌群失调与OLP的发病机制联系起来，特别是通过SCFA产生菌减少影响Treg功能的新机制	样本量未明确说明，且未进行干预性研究验证因果关系	探究肠道菌群失调是否通过影响Treg功能参与OLP的发病机制	OLP患者的粪便、唾液样本及病变组织	免疫学	口腔扁平苔藓	16S rRNA基因分析、质谱分析、多重免疫荧光、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	微生物组数据、转录组数据、蛋白质组数据	OLP患者的粪便、唾液和血液样本（具体数量未说明）