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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2026-06-16 |
Establishment of a prognostic model for hepatocellular carcinoma patients based on bioinformatics analysis and exploration of prognostic biomarker EPPK1
2026-Apr-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-48984-4
PMID:42031825
|
研究论文 | 基于生物信息学分析建立肝细胞癌预后模型并探索预后生物标志物EPPK1 | 通过整合转录组、蛋白质组和单细胞测序数据,首次发现并验证EPPK1在肝细胞癌中的特异性高表达及其与免疫浸润和空间转录组学的关联 | 研究主要基于公开数据库(如TCGA-LIHC)进行生物信息学分析,体外功能实验验证相对有限,未涉及大规模临床样本的独立验证 | 利用生物信息学方法识别肝细胞癌预后相关基因EPPK1,并评估其作为诊断和预后生物标志物的潜在价值 | 肝细胞癌患者,包括转录组、蛋白质组和单细胞测序数据 | 生物信息学 | 肝癌 | 生物信息学分析, 单细胞测序, 空间转录组学, 免疫浸润分析, 虚拟扰动技术 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞测序数据, 空间转录组数据 | 基于TCGA-LIHC数据集,具体样本数量未在摘要中明确给出 | NA | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 162 | 2026-06-16 |
A tumor microenvironment integrated (TMI) staging system for pancreatic ductal adenocarcinoma based on cancer-associated fibroblast and molecular consensus signatures
2026-Apr-25, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05091-0
PMID:42033556
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研究论文 | 基于癌症相关成纤维细胞和分子共识特征,提出胰腺导管腺癌的肿瘤微环境整合分期系统 | 将肿瘤分子亚型、基质肌成纤维细胞CAF比例与临床分期整合,首次提出TMI分期系统,优于传统AJCC分期,并发现FN1是关键信号蛋白 | TMI分期在风险一致性上弱于AJCC分期,且可能需更大规模验证 | 改进胰腺导管腺癌预后预测系统的准确性 | 胰腺导管腺癌患者的肿瘤组织样本及相关分子数据 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、分子特征聚类 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 发现队列320例,验证队列156例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 163 | 2026-06-16 |
CD71+ erythroid progenitor cells with mitochondrial retention were associated with inferior prognosis among patients with end-stage renal disease
2026-Apr-25, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-026-05009-6
PMID:42035018
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研究论文 | 探索终末期肾病(ESRD)患者中CD71+红系祖细胞(EPC)与不良预后(包括心血管疾病和死亡率)的关联 | 首次揭示CD71+EPC在ESRD中通过线粒体滞留和功能障碍参与无效的代偿性髓外造血,并与不良预后相关 | 研究主要基于患者样本和小鼠模型,需要进一步验证结果在更大人群中的适用性 | 阐明ESRD贫血的机制及其与不良预后的关联 | 终末期肾病患者、5/6部分肾切除(PNx)小鼠 | 数字病理学 | 终末期肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、病理影像 | ESRD患者与健康对照者 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 164 | 2026-06-16 |
Identification and validation of an intratumor heterogeneity-related prognostic signature in triple-negative breast cancer: a study based on integrative machine learning and single-cell sequence
2026-Apr-25, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-026-02291-y
PMID:42035196
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研究论文 | 基于整合机器学习和单细胞测序,构建并验证了三阴性乳腺癌瘤内异质性相关的预后标志物模型 | 通过整合十种机器学习算法和单细胞RNA测序数据,首次建立了基于瘤内异质性特征(IRS)的预后模型,并深入解析了核心基因在CD8+ T细胞和巨噬细胞中的特异性分布及信号通路交互网络 | 研究主要依赖公共数据库数据,缺乏大型前瞻性临床队列的外部验证,且IRS模型在免疫治疗反应预测中的效果仍需更多独立队列证实 | 开发能定量评估三阴性乳腺癌瘤内异质性并预测预后及治疗反应的生物标志物模型 | 三阴性乳腺癌患者 | 机器学习, 单细胞测序 | 乳腺癌 | 单细胞测序、qRT-PCR、机器学习 | StepCox[backward] + GBM | 转录组数据、单细胞基因表达数据 | METABRIC训练集和多个GEO验证集(具体样本数量未在摘要中说明) | NA | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 165 | 2026-06-16 |
Bibliometric analysis of single-cell RNA sequencing in tumor microenvironment
2026-Apr-24, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05073-2
PMID:42032150
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文献计量学分析 | 对单细胞RNA测序在肿瘤微环境研究中的文献进行计量学分析 | 首次对1999年至2024年间单细胞RNA测序在肿瘤微环境领域的187篇文献进行系统文献计量学分析,揭示了国家、机构和关键词的分布格局 | 仅基于Web of Science核心合集数据库,且数据截止至2024年7月,可能遗漏其他来源的新近文献 | 分析单细胞RNA测序在肿瘤微环境研究中的应用现状,识别研究热点和未来方向 | 187篇关于单细胞RNA测序在肿瘤微环境中应用的文献 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 文献元数据 | 187篇文献 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 166 | 2026-06-16 |
A method for CRISPR/Cas9-induced genetic barcoding and lineage tracing in sheep
2026-Apr-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-49093-y
PMID:42031935
|
研究论文 | 开发了一种基于CRISPR/Cas9的绵羊遗传条形码与细胞谱系追踪方法 | 首次将PiggyBac转座子与CRISPR/Cas9基因编辑工具结合,在绵羊基因组中构建可遗传的条形码区域,实现多时间点细胞谱系追踪 | 未提及与单细胞测序技术的实际结合效果及在绵羊胚胎发育中的全面验证 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 167 | 2026-06-16 |
IST: an ontology-guided attention-based autoencoder for interpretable analysis of single-cell transcriptomic data
2026-Apr-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-50009-z
PMID:42032017
|
研究论文 | 提出了一个名为IST的基于注意力机制的框架,用于整合基因本体知识以进行单细胞转录组数据的可解释分析 | 将基因本体结构直接融入模型架构,利用注意力机制捕获上下文相关的基因活动,并通过相关损失确保学习到的基因活动与已知基因功能关系对齐 | 未在文摘中明确提及具体局限性 | 实现单细胞转录组数据的生物学可解释分析,整合先验知识以提高下游洞察力 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于注意力机制的自编码器 | 基因表达数据 | 三个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 168 | 2026-06-16 |
Fludarabine disrupts the STAT1/AhR interaction to attenuate type 1 diabetes by inducing tolerogenic dendritic cells along with targeting effector T cells
2026-Apr-23, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-026-01483-8
PMID:42026463
|
研究论文 | 氟达拉滨通过破坏STAT1/AhR相互作用诱导耐受性树突状细胞并靶向效应T细胞,从而减轻1型糖尿病 | 首次发现氟达拉滨通过破坏STAT1与AhR的相互作用,促进AhR核转位,进而诱导耐受性树突状细胞,并靶向效应T细胞,恢复免疫耐受,为1型糖尿病提供新的免疫代谢治疗候选药物 | NA | 探究氟达拉滨在1型糖尿病中恢复免疫稳态的机制及其治疗效果 | 1型糖尿病患者和动物模型中的树突状细胞、CD4+效应T细胞和调节性T细胞 | 机器学习和免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序、RNA-seq、ChIP-qPCR、Co-IP/MS、CESTA、透射电子显微镜、Seahorse分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据、RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、RNA-seq | NA | NA |
| 169 | 2026-06-16 |
Integrated in vitro and multi-cohort cross-omics analysis of HTLV-1-associated lung pathology reveals a RelA-dependent mechanism for monocyte recruitment and differentiation
2026-Apr-23, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-026-01482-9
PMID:42026465
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研究论文 | 通过体外共培养和多队列跨组学分析,揭示HTLV-1相关肺病理中RelA依赖的单核细胞募集和分化机制 | 首次整合体外共培养模型与多队列跨组学数据(包括单细胞转录组、表观基因组、病毒互作组和多祖先全基因组关联研究),阐明NF-κB RelA/p65依赖的CSF-1诱导在HTLV-1相关肺病理中驱动单核细胞趋化和巨噬细胞分化的机制 | 体外模型可能无法完全复现体内复杂的微环境,且仅使用A549细胞系和特定T细胞株,未涵盖其他细胞类型和原代细胞 | 探究HTLV-1暴露如何通过上皮细胞信号通路引发肺部炎症,特别是单核细胞募集和分化的分子机制 | HTLV-1感染相关肺病理(如支气管扩张)中上皮-髓系炎症轴的作用机制 | 数字病理学 | HTLV-1相关肺病 | RNA-seq, CRISPR/Cas9, RT-qPCR, 单细胞RNA-seq, 表观基因组学, 病毒互作组学, 全基因组关联研究 | NA | 转录组、表观基因组、病毒互作组、基因变异 | 体外:A549细胞与MT-2/MT-4/Jurkat细胞共培养;体内:HTLV-1感染者、HAM/TSP患者和特发性肺纤维化患者的公开数据 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 全基因组关联研究 | NA | NA |
| 170 | 2026-06-16 |
The dynamic landscape of alternative splicing during silicosis progression
2026-Apr-23, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-026-03683-6
PMID:42026633
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研究论文 | 本研究揭示了矽肺病进展过程中可变剪接的动态景观,并发现Clec4e-RI剪接异构体可能通过调节巨噬细胞相关炎症反应在疾病发病机制中发挥关键作用 | 首次系统描绘矽肺病进展中的可变剪接动态景观,发现大多数差异表达的可变剪接事件与基因表达变化无关,揭示了剪接调控作为独立于转录调控的病理调节关键层面 | 未提及具体研究限制 | 探究可变剪接在矽肺病发病机制中的动态变化及其功能意义 | 矽肺病小鼠模型中的RNA测序数据和单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 矽肺病 | RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型样本,具体数量未明确 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 171 | 2026-06-16 |
Single-cell analysis highlights the role of CD4+ IFN-I-related T cells in Behcet's uveitis during Interferonα-2a therapy
2026-04-22, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-026-00810-7
PMID:42021381
|
研究论文 | 通过单细胞分析揭示了干扰素α-2a治疗白塞病葡萄膜炎期间CD4+ IFN-I相关T细胞的作用机制 | 首次在单细胞水平上阐明了IFNα-2a通过恢复CD4+ IFN-I相关T细胞频率并调控LLT1-CD161相互作用抑制NK细胞炎症表型的治疗机制 | 未提及具体局限性 | 研究IFNα-2a治疗活动性白塞病葡萄膜炎时CD4+ IFN-I相关T细胞的作用机制 | 白塞病伴活动性葡萄膜炎患者、经IFNα-2a治疗4个月的患者、活动性白塞病患者及健康对照的外周血单个核细胞 | 单细胞分析 | 白塞病 | scRNA-seq, bulk mRNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 批量mRNA测序数据 | 活动性葡萄膜炎BD患者、IFNα-2a治疗后BD患者、活动性BD患者及健康对照 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 整合内部和公共scRNA-seq数据 |
| 172 | 2026-06-16 |
ADAMDEC1 predicts prognosis and immunotherapy response in a pan-cancer study with experimental validation
2026-Apr-22, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04977-3
PMID:42018213
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研究论文 | 通过泛癌分析及实验验证,揭示ADAMDEC1在肿瘤预后和免疫治疗反应中的预测作用 | 首次系统性阐明ADAMDEC1在多种癌症中具有组织特异性预后价值,并发现其预测免疫治疗反应的潜力可与传统生物标志物相媲美 | 文中未提及具体局限性 | 探究ADAMDEC1在泛癌中的作用及其作为预后生物标志物和免疫治疗靶点的价值 | ADAMDEC1基因及其在多种癌症中的表达、预后、免疫浸润和治疗反应 | 机器学习 | 泛癌(包括低级别胶质瘤、葡萄膜黑色素瘤、卵巢癌、皮肤黑色素瘤、食管癌等) | 单细胞RNA测序、免疫组化、基因集富集分析 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、组织微阵列图像 | 食管癌组织微阵列样本48例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 173 | 2026-06-16 |
YBX1/PPIB axis promotes post-maturation arteriovenous fistula stenosis via enhancing endothelial to mesenchymal transition
2026-Apr-22, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-49568-y
PMID:42020533
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序揭示了YBX1/PPIB轴通过促进内皮-间充质转化导致动静脉瘘成熟后狭窄的机制 | 首次发现YBX1作为上游转录因子直接调控PPIB表达,揭示YBX1/PPIB轴驱动内皮-间充质转化并促进动静脉瘘成熟后狭窄的新机制 | 研究主要基于体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证,且样本量可能有限 | 阐明动静脉瘘成熟后狭窄的细胞异质性和分子机制 | 动静脉瘘成熟后狭窄患者与匹配的非狭窄血管组织 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 动静脉瘘成熟后狭窄患者与匹配的非狭窄血管组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 174 | 2026-06-16 |
A multimodal approach integrating NK cell-associated gene signatures and pathomics to predict colon adenocarcinoma prognosis
2026-Apr-22, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-49584-y
PMID:42020555
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研究论文 | 提出了一种整合自然杀伤细胞相关基因特征与病理组学的多模态方法,用于预测结肠腺癌预后 | 首次将自然杀伤细胞相关基因特征、病理组学特征与临床变量整合至多模态预后框架,并利用深度学习提取组织病理图像特征,提高了结肠腺癌预后预测准确性 | 没有明确提及局限性 | 构建并验证一个整合单细胞RNA测序、转录组、病理组学和临床数据的多模态预后框架,用于预测结肠腺癌预后 | 结肠腺癌患者 | 机器学习, 数字病理学 | 结肠腺癌 | 单细胞RNA测序, LASSO回归, 深度学习 | Clustering-constrained Attention Multiple Instance Learning模型 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据, 全切片病理图像, 临床数据 | 458份TCGA-COAD全切片图像及对应临床数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 175 | 2026-06-16 |
Evolutionary Trajectory of Radioresistance in Lung Cancer Brain Metastasis Organoids
2026-Apr-21, Biological procedures online
IF:3.7Q1
DOI:10.1186/s12575-026-00339-z
PMID:42010399
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研究论文 | 本研究利用肺癌脑转移患者来源类器官模拟临床放射反应,通过单细胞RNA测序揭示放射抵抗的进化轨迹和分子代谢机制 | 首次在单细胞分辨率下描绘肺癌脑转移放射抵抗的进化轨迹,揭示了乏氧-上皮间充质转化亚群在放射抵抗中的关键作用以及病毒模拟反应和代谢可塑性新机制 | 未提及 | 解析肺癌脑转移获得性放射抵抗的分子和代谢机制 | 肺癌脑转移患者来源类器官(PDOs) | 自然语言处理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 放射治疗前后配对的肺癌脑转移患者来源类器官样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 文库构建 |
| 176 | 2026-06-16 |
ENTPD3 as a novel regulator of endometrial receptivity: suppressing EMT via the ATP-P2Y2 axis in patients with recurrent implantation failure
2026-Apr-21, Cellular & molecular biology letters
IF:9.2Q1
DOI:10.1186/s11658-026-00927-7
PMID:42014997
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研究论文 | 揭示了复发性植入失败患者中ENTPD3通过ATP-P2Y2轴抑制上皮-间充质转化从而损害子宫内膜容受性的新机制 | 首次发现ENTPD3作为子宫内膜容受性的新调控因子,通过水解ATP并激活P2Y2信号通路抑制上皮-间充质转化,导致复发性植入失败 | 未提及具体研究限制 | 探究复发性植入失败中子宫内膜容受性受损的分子机制 | 复发性植入失败患者和健康对照组的子宫内膜样本以及小鼠模型 | 数字病理学 | 复发性植入失败 | 单细胞RNA测序、实时定量PCR、蛋白质印迹、免疫组化、腺病毒转导 | 小鼠模型、Ishikawa细胞系 | 基因表达数据、蛋白质表达数据、胚胎植入影像数据 | 复发性植入失败患者和健康对照组的子宫内膜样本(具体数量未提及)及小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics Chromium平台用于单细胞RNA测序 |
| 177 | 2026-06-16 |
Integrated single-cell and spatial transcriptomics reveal divergent immunological and stromal programs in peritoneal versus ovarian endometriosis
2026-Apr-20, BMC women's health
DOI:10.1186/s12905-026-04456-5
PMID:42010552
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研究论文 | 整合单细胞和空间转录组学揭示腹膜型与卵巢型子宫内膜异位症中免疫和基质程序的差异 | 首次通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,系统揭示了腹膜型和卵巢型子宫内膜异位症在细胞生态、免疫微环境和治疗靶点上的根本差异,提出了“免疫热”与“免疫冷”亚型概念 | 研究基于公开数据,样本来源有限,且缺乏功能实验验证,结论需进一步验证 | 解析腹膜型和卵巢型子宫内膜异位症中免疫微环境的亚型特异性作用及发病机制 | 对照子宫内膜、异位子宫内膜、腹膜型子宫内膜异位症和卵巢型子宫内膜异位症的组织样本 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 81,676个单细胞和60个空间转录组片段 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 178 | 2026-06-16 |
Spatial profiling of chronic liver disease: a pilot spatial case series
2026-Apr-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-49400-7
PMID:42010014
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研究论文 | 通过空间转录组学分析慢性肝病(包括酒精相关肝病、代谢功能障碍相关脂肪性肝炎和慢性丙型肝炎)的组织空间结构 | 首次利用基于测序的空间转录组学对多种病因的慢性肝病进行空间病例系列研究,并结合病毒感知工作流程实现原位检测丙型肝炎病毒RNA | 样本量较小,仅4例经过质控并纳入核心分析,且部分样本(乙型肝炎病毒分析)未纳入主要下游分析 | 阐明慢性肝病在不同病因背景下(酒精相关肝病、代谢功能障碍相关脂肪性肝炎、慢性丙型肝炎)的空间组织特征 | 酒精相关肝病、代谢功能障碍相关脂肪性肝炎和慢性丙型肝炎患者的肝组织样本 | 数字病理学 | 慢性肝病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 8例肝组织样本,其中4例通过质控纳入核心分析 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 基于测序的空间转录组学平台,采用病毒感知工作流程用于原位检测肝炎病毒RNA |
| 179 | 2026-06-16 |
ASCL2 drives colorectal cancer metastasis through transcriptional activation of TDGF1
2026-Apr-20, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-026-01213-6
PMID:42009994
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研究论文 | 通过整合多组学和实验验证,揭示ASCL2通过转录激活TDGF1驱动结直肠癌转移的机制 | 首次通过单细胞RNA测序和伪时间轨迹分析发现ASCL2是结直肠癌转移转变的关键调控因子,并验证ASCL2-TDGF1轴在转移中的作用 | 部分功能研究可能依赖体外和异种移植模型,临床样本分析样本量有限 | 阐明结直肠癌转移的分子机制 | 结直肠癌恶性上皮细胞亚群、关键调控因子ASCL2和TDGF1 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、拷贝数变异推断、伪时间轨迹分析、双荧光素酶报告基因实验、染色质免疫沉淀、皮下异种移植和尾静脉注射转移模型 | NA | 单细胞RNA测序数据、临床样本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 180 | 2026-06-16 |
PCSK6 and clinical outcomes in the Pulmonary Fibrosis Foundation Patient Registry
2026-Apr-20, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-026-03642-1
PMID:42010571
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研究论文 | 分析PCSK6在肺纤维化患者中对呼吸系统预后的影响,并评估其在纤维化肺中的表达 | 首次在广泛纤维化间质性肺病(ILD)队列中评估PCSK6与临床预后的关联,并利用单细胞RNA测序揭示其在HAS1+成纤维细胞中的高表达 | 研究样本来自单一注册数据库,可能存在选择偏倚;部分结果仅适用于特发性肺纤维化(IPF)亚组,未涵盖所有纤维化ILD类型 | 探究PCSK6在纤维化间质性肺病(ILD)患者中对呼吸系统结局的预测价值 | 肺纤维化患者(包括特发性肺纤维化及其他纤维化ILD) | 机器学习 | 肺纤维化、特发性肺纤维化 | ELISA、单细胞RNA测序 | Cox比例风险模型 | 血浆蛋白浓度数据、单细胞转录组数据 | 428名纤维化ILD参与者 | 纳 | 单细胞RNA-seq | 纳 | 纳 |