单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-06-26	Protocol for deep-learning-driven cell type label transfer in single-cell RNA sequencing data 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103768 PMID:40232935	研究论文	提出了一种基于深度学习的单细胞RNA测序数据中细胞类型标签转移的协议	使用SIMS（可扩展、可解释的机器学习方法）进行细胞类型标签转移，提供了数据准备、模型训练和预测可视化的详细步骤	未提及具体性能比较或实际应用案例	开发一种用于单细胞RNA测序数据中细胞类型标签转移的协议	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	SIMS	RNA测序数据	NA
162	2025-06-26	Protocol for characterizing craniopharyngioma subtypes and their microenvironments using single-cell RNA sequencing and immunohistochemistry 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103760 PMID:40238632	研究论文	本文提出了一种全面的单细胞RNA测序和免疫组化方案，用于分析颅咽管瘤亚型及其肿瘤微环境	使用单细胞分辨率技术详细描述颅咽管瘤亚型的细胞组成、免疫细胞网络和分子特征	未提及样本量或实验结果的统计显著性	开发一种分析颅咽管瘤亚型及其微环境的综合方案	颅咽管瘤组织及其微环境	数字病理学	颅咽管瘤	单细胞RNA测序, 免疫组化	NA	RNA测序数据, 免疫组化图像	NA
163	2025-06-26	Protocol for preparing fresh frozen soybean tissues for spatial transcriptomics 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103790 PMID:40272979	研究论文	本文提出了一种制备新鲜冷冻大豆组织用于空间转录组学的方案	针对植物组织在空间转录组学应用中的组织制备难题，提出了专门针对大豆组织的解决方案	方案仅针对大豆组织，未验证在其他植物组织上的适用性	开发适用于植物组织的空间转录组学样本制备方法	大豆组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
164	2025-06-26	Protocol for the imputation of stimulus-induced single-cell gene expression trajectories from time-series scRNA-seq data 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103811 PMID:40343799	研究论文	提出一种从时间序列单细胞RNA测序数据中推断单细胞基因表达轨迹的方法	通过计算步骤（降维、转移概率矩阵计算、样条插值和反卷积）推断单细胞基因表达轨迹，用于研究异质性刺激响应	方法依赖于时间序列scRNA-seq数据，可能受数据质量和时间点密度的影响	开发一种计算协议以推断单细胞基因表达轨迹	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
165	2025-06-26	Protocol for isolating and characterizing human vitreous immune cell infiltrates by flow cytometry and single-cell transcriptomic studies 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103830 PMID:40382772	研究论文	本文提出了一种定制化的流程，用于通过流式细胞术和单细胞转录组学分离和表征人类玻璃体中的免疫细胞浸润	开发了一种新的手术修改和样本收集方法，以最大化从人类玻璃体样本中获取免疫细胞的产量	未提及样本量大小或具体实验结果	优化人类玻璃体免疫细胞浸润的分离和表征方法	人类玻璃体中的免疫细胞浸润	生物医学研究	NA	流式细胞术, 单细胞转录组学	NA	细胞样本, 转录组数据	NA
166	2025-06-26	Protocol for high-quality RNA sequencing, cell surface protein analysis, and genotyping in single cells using TARGET-seq 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103832 PMID:40408252	研究论文	本文介绍了一种优化的TARGET-seq+协议，用于在单细胞水平结合RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和基因分型	开发了TARGET-seq+，提高了单细胞RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和基因分型的灵敏度	未提及具体的局限性	优化单细胞水平的RNA测序、蛋白表达分析和基因分型技术，以研究体细胞突变在癌前和癌组织中的影响	单细胞	基因组学	癌症	RNA-seq, scRNA-seq, 基因分型	NA	RNA序列数据、蛋白表达数据、基因型数据	未提及具体样本数量
167	2025-06-26	Protocol to decipher complex spatial transcriptomics data using STMiner 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103838 PMID:40411788	研究论文	本文提出了一种使用STMiner解析复杂空间转录组数据的协议	开发了一个无需额外参考数据即可应用于不同分辨率和平台的协议	未提及具体性能指标或与其他方法的比较	解决复杂空间转录组数据分析中的挑战	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	STMiner	空间转录组数据	NA
168	2025-06-26	Molecular mechanism of potently neutralizing human monoclonal antibodies against severe fever with thrombocytopenia virus infection 2025-Jun-20, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00533-25 PMID:40539781	研究论文	本文研究了针对严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)的强效中和人源单克隆抗体的分子机制	从SFTS幸存者中通过单细胞RNA-seq获得多种单克隆抗体，并发现其中SD4、SD12和SD22具有高中和活性，特别是SD4和SD22对不同病毒基因型表现出32-83 pM的中和活性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	开发针对SFTSV的有效治疗方法和疫苗设计基础	严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)及其单克隆抗体	病毒学与免疫学	严重发热伴血小板减少综合征	单细胞RNA-seq、X射线晶体学	NA	分子结构数据、动物实验数据	多种人源单克隆抗体(包括SD4、SD12、SD22)和小鼠模型
169	2025-06-26	Distinct transcriptomic signatures in pulmonary tissue resident and vascular resident-like T cells in nonhuman primates 2025-Jun-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112745 PMID:40546965	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了恒河猴肺血管相关（ivs+）CD8 T细胞与间质（ivs-）T细胞的转录组特征差异	研究发现ivs+ T细胞并非被动的血液污染物，而是一个独特的、具有细胞毒性效应功能的'类驻留'群体，丰富了我们对血管内免疫的理解	研究样本仅限于非人灵长类动物（恒河猴），人类相关性的验证需要进一步研究	探索肺血管相关和间质T细胞的转录组特征差异及其在免疫监视中的作用	恒河猴肺血管相关（ivs+）和间质（ivs-）CD8 T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序、流式细胞术、血管内染色（ivs）	NA	转录组数据、流式细胞数据	恒河猴样本（具体数量未明确说明）
170	2025-06-26	Regulation of cGAS-STING pathway with inhalable nanozyme in acute lung injury 2025-Jun-20, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123521 PMID:40554963	research paper	该研究通过吸入式纳米酶调控cGAS-STING通路，缓解急性肺损伤	首次发现CAL纳米片能结合受损DNA并有效抑制cGAS-STING通路介导的炎症反应	研究尚未进行临床试验验证其临床效果	开发针对急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征的新型治疗方法	急性肺损伤(ALI)和急性呼吸窘迫综合征(ARDS)	生物医学工程	急性肺损伤	转录组分析结合单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
171	2025-06-26	Spatial Transcriptomics in Thyroid Cancer: Applications, Limitations, and Future Perspectives 2025-Jun-19, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14120936 PMID:40558562	review	本文综述了空间转录组学在甲状腺癌研究中的应用、局限性及未来展望	利用空间转录组学技术揭示甲状腺癌肿瘤微环境的异质性、肿瘤进化及细胞间相互作用	技术限制包括分辨率低、测序深度不足、需要高质量样本及复杂的数据处理过程	探讨空间转录组学在甲状腺癌研究中的应用及其对个性化治疗的推动作用	甲状腺癌样本及其肿瘤微环境	digital pathology	thyroid cancer	spatial transcriptomics (ST)	NA	gene expression data with spatial context	NA
172	2025-06-26	Muscle Spatial Transcriptomic Reveals Heterogeneous Profiles in Juvenile Dermatomyositis and Persistence of Abnormal Signature After Remission 2025-Jun-19, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14120939 PMID:40558566	研究论文	本研究旨在探究青少年皮肌炎（JDM）患者治疗前后肌肉分子特征的空间异质性	首次在JDM肌肉中识别出空间分布的病理特征，并发现这些特征在缓解期后仍持续存在	样本量较小，仅分析了4例JDM肌肉活检	理解JDM患者肌肉病理生理学特征及预测复发的生物标志物	青少年皮肌炎（JDM）患者的肌肉组织	空间转录组学	青少年皮肌炎	空间转录组学分析、标准化形态计量学	无监督参考自由反卷积	空间转录组数据	4例JDM肌肉活检（2例不同临床严重度，2例治疗前后对比）
173	2025-06-26	Decoding Cellular Landscapes: Unravelling Periodontitis and Periapical Periodontitis at the Single-Cell Frontier 2025-Jun-18, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2025.100851 PMID:40554261	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据，揭示了牙周炎和根尖周炎在关键基因表达和细胞异质性方面的差异	首次在单细胞水平上比较了牙周炎和根尖周炎的基因表达和细胞异质性，并鉴定了疾病特异性关键基因和关键细胞类型	研究仅基于公开数据集，未进行独立样本验证；样本量相对较小	阐明牙周炎和根尖周炎在关键基因表达和细胞异质性方面的差异	牙周炎和根尖周炎患者的牙槽骨组织	单细胞转录组学	牙周疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，实时定量PCR	NA	单细胞RNA测序数据	来自GEO数据库的两个数据集(GSE171213和GSE181688)
174	2025-06-26	TREM-1 as a potential biomarker for malignant transformation risk in oral leukoplakia: Insights from bioinformatics and dual immunofluorescence analysis 2025-Jun-18, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156088 PMID:40555060	研究论文	本研究通过生物信息学分析和双标免疫荧光技术探讨了TREM-1在口腔白斑恶性转化中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	首次将TREM-1与口腔白斑恶性转化风险联系起来，并通过单细胞RNA测序确定巨噬细胞是主要的TREM-1表达细胞	虽然TREM-1表达与恶性转化显著相关，但Cox回归未能在临床样本中确认这一关联	探索TREM-1在口腔白斑恶性转化中的作用机制及其作为预后生物标志物的潜力	口腔白斑(OLK)患者和对照组的组织样本	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	生物信息学分析, 单细胞RNA测序, 双标免疫荧光	Cox回归模型, Kaplan-Meier分析	基因表达数据, 组织图像数据	69例OLK组织和63例对照组织
175	2025-06-26	Acquired resistance to immunotherapy by physical barriers with cancer cell-expressing collagens in non-small cell lung cancer 2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2500019122 PMID:40498460	研究论文	本研究探讨了非小细胞肺癌中癌细胞表达的胶原蛋白如何通过形成物理屏障导致获得性免疫治疗耐药性	揭示了肿瘤细胞通过表达胶原蛋白形成物理屏障的固有机制，提出通过破坏这些屏障或敲除相关基因可恢复肿瘤对免疫治疗的敏感性	研究主要基于小鼠模型和肿瘤类器官，临床转化效果需进一步验证	探究非小细胞肺癌获得性免疫治疗耐药性的肿瘤细胞固有机制	非小细胞肺癌小鼠模型和肿瘤类器官	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序、电子显微镜检测	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、显微图像	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型和肿瘤类器官
176	2025-06-26	Antlers on does: An unexpected role of macrophages in deer biology 2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424448122 PMID:40512783	研究论文	本研究揭示了雄激素通过巨噬细胞调控鹿角生长的分子机制	首次发现巨噬细胞在鹿角生成中的关键作用，并证明通过CCL2或LPS局部注射可诱导雌鹿长角	分子调控网络的具体机制仍需进一步探索	解析雄激素调控鹿角再生的分子机制	梅花鹿的鹿原基骨膜(AP)组织	发育生物学	NA	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、组织学数据	梅花鹿和裸鼠移植模型
177	2025-06-26	STAMP: Single-cell transcriptomics analysis and multimodal profiling through imaging 2025-Jun-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.027 PMID:40532697	research paper	介绍了一种名为STAMP的新型单细胞转录组分析和多模态成像分析方法	STAMP方法通过结合转录组学和蛋白质组学成像平台，消除了测序成本，实现了数百万细胞的成本效益高的单细胞基因组学分析	NA	克服单细胞RNA测序在可扩展性、高成本和细胞破坏方面的限制	外周血单个核细胞、细胞系和干细胞	digital pathology	NA	单细胞转录组学、蛋白质组学成像	NA	RNA、蛋白质和H&E图像数据	10,962,092个高质量细胞/核和6,030,429,954个转录本
178	2025-06-26	Integrated Multiomics Analysis and Machine Learning Approaches in Bladder Cancer: Unveiling the Impact of Immunogenic Cell Death and Its Key Gene SLC2A3 on Prognosis and Personalized Treatment Strategies 2025-Jun-17, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.5c01496 PMID:40547707	研究论文	本研究通过整合多组学分析和机器学习方法，揭示了免疫原性细胞死亡（ICD）及其关键基因SLC2A3在膀胱癌预后和个性化治疗策略中的影响	首次基于ICD建立风险特征，并通过机器学习算法识别SLC2A3作为关键基因，探索其在精准治疗中的潜在价值	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，缺乏外部验证队列	探索ICD相关基因在膀胱癌预后和个性化治疗中的作用	膀胱癌患者样本和正常样本	生物信息学	膀胱癌	多组学分析、机器学习算法	组合机器学习算法（101种）和个体机器学习算法（10种）	基因表达数据、单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的膀胱癌和正常样本
179	2025-06-26	Liver metastasis or peritoneal metastasis: single-cell RNA sequencing reveals the organotropism in colorectal cancer is driven by distinct partial-EMT processes 2025-Jun-17, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217880 PMID:40553883	research paper	通过单细胞RNA测序揭示结直肠癌肝转移和腹膜转移中器官趋向性由不同的部分上皮间质转化过程驱动	首次在单细胞水平上揭示了结直肠癌肝转移和腹膜转移中肿瘤细胞的不同部分上皮间质转化状态及其标记物	研究样本量有限，未涉及其他转移器官的比较	探索结直肠癌转移器官趋向性的分子机制	结直肠癌肝转移和腹膜转移的肿瘤细胞及其微环境	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，但涉及CRLM和CRPM两组样本
180	2025-06-26	Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization and colocalization analyses uncover cell-specific mechanisms in atherosclerotic cardiovascular disease 2025-Jun-17, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.06.001 PMID:40555237	研究论文	本研究提出了一种结合单细胞水平顺式孟德尔随机化与共定位分析的单细胞转录组关联研究流程，用于揭示免疫细胞中基因表达对动脉粥样硬化性心血管疾病风险的细胞特异性影响	开发了一种新的单细胞TWAS流程，结合了单细胞水平的顺式孟德尔随机化和共定位分析，能够发现传统批量RNA测序TWAS所遗漏的细胞特异性基因-结果关联	单细胞eQTL数据集的样本量相对较小	揭示免疫细胞中基因表达对动脉粥样硬化性心血管疾病风险的细胞特异性影响	14种免疫细胞类型	基因组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组化	孟德尔随机化(MR), 共定位分析	单细胞转录组数据, GWAS数据	未明确说明具体样本量，但提到sc-eQTL数据集样本量相对较小